Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Chi nấm Bào ngư (Pleurotus spp.), thuộc họ Pleurotaceae, bộ Agaricales, là một trong những nhóm nấm ăn và nấm dược liệu được nuôi trồng phổ biến trên thế giới và tại Việt Nam nhờ giá trị dinh dưỡng cao cùng hương vị đặc trưng. Bên cạnh vai trò thực phẩm cung cấp protein, carbohydrate, vitamin và khoáng chất, các loài thuộc chi Pleurotus còn chứa nhiều hợp chất tự nhiên có hoạt tính sinh học giá trị. Trong đó, Lovastatin (còn gọi là mevinolin hay monacolin K) là một hoạt chất thứ cấp quan trọng thuộc nhóm statin, có khả năng ức chế cạnh tranh với enzyme 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase (HMG-CoA reductase) – enzyme chủ chốt xúc tác quá trình sinh tổng hợp cholesterol ở người, đồng thời thể hiện tiềm năng trong việc kháng viêm, hỗ trợ điều trị xơ vữa động mạch và ngăn ngừa một số rối loạn thần kinh.

Mặc dù con đường sinh tổng hợp Lovastatin đã được nghiên cứu chi tiết trên nấm mốc Aspergillus terreus với cụm gen polyketide synthase (PKS), các công bố khoa học về sự hiện diện và cơ chế di truyền của các gen tham gia con đường này ở các loài nấm ăn thuộc chi Pleurotus tại Việt Nam vẫn còn hạn chế. Nhằm xây dựng cơ sở khoa học phục vụ công tác sàng lọc và chọn giống nấm có hoạt tính y dược cao, đề tài đã được triển khai với các nhiệm vụ cụ thể:

  1. Đánh giá in silico các thông số lý hóa, vị trí bắt cặp và độ đặc hiệu của các cặp mồi khuếch đại gen mã hóa transesterase (LovD) và Lovastatin diketide synthase (LovF) dựa trên cơ sở dữ liệu NCBI và các công cụ tin sinh học.
  2. Tách chiết, tinh sạch và định lượng DNA tổng số từ hai mẫu nấm thuộc chi Pleurotus thương mại bằng phương pháp Phenol/Chloroform có bổ sung CTAB và β-mercaptoethanol.
  3. Thực hiện phản ứng PCR khuếch đại các đoạn gen mục tiêu LovD và LovF, kiểm tra sản phẩm qua điện di gel agarose, giải trình tự Sanger và phân tích đối chiếu độ tương đồng di truyền trên GenBank.
  • Đối tượng nghiên cứu: Hai mẫu nấm bào ngư thương mại gồm nấm bào ngư xám (ký hiệu mẫu X) và nấm bào ngư trắng (ký hiệu mẫu T).
  • Phạm vi không gian và thời gian: Mẫu nấm được thu nhận tại AEON Mall Canary Bình Dương (khu phố Thuận An, tỉnh Bình Dương); các thí nghiệm sinh học phân tử, in silico và phân tích trình tự được thực hiện tại Phòng thí nghiệm Khoa Công nghệ sinh học, Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh và đơn vị dịch vụ giải trình tự Nam Khoa (Quận 7, TP. Hồ Chí Minh) trong năm 2022.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết và mô hình sinh tổng hợp Lovastatin

Theo phân loại sinh học, chi Pleurotus thuộc ngành Eumycota, lớp Agaricomycetes, bộ Agaricales, họ Pleurotaceae. Về mặt hóa sinh, Lovastatin là hợp chất polyketide được hình thành thông qua hệ enzyme polyketide synthase loại I lặp lại (Iterative Type I PKS). Trên mô hình nấm Aspergillus terreus, cụm gen kích thước 64 kb chịu trách nhiệm sinh tổng hợp Lovastatin gồm hai nhánh chính:

  • Nhánh 1 tổng hợp khung chính dihydromonacolin L dưới sự xúc tác của Lovastatin nonketide synthase (mã hóa bởi gen LovB), enoylreductase (gen LovC) và thioesterase (gen LovG), sau đó được hydroxyl hóa bởi cytochrome P450 monooxygenase (gen LovA) để tạo thành monacolin J.
  • Nhánh 2 tổng hợp chuỗi bên 2(S)-methylbutyryl-CoA từ 2 đơn vị acetyl-CoA và 1 đơn vị malonyl-CoA dưới sự xúc tác của enzyme Lovastatin diketide synthase (LDKS, mã hóa bởi gen LovF) với 7 miền chức năng: KS, AT, MeT, ACP, ER, DH và KR.
  • Cuối cùng, enzyme transesterase (mã hóa bởi gen LovD) xúc tác gắn chuỗi bên 2-methylbutyrate vào vị trí C8-OH của axit monacolin J để tạo thành Lovastatin hoàn chỉnh.

Phương pháp nghiên cứu tin sinh học (In silico)

  • Khai thác dữ liệu trình tự nucleotide và bài báo chuyên ngành từ NCBI, PubMed, Web of Science, Google Scholar và ScienceDirect.
  • Khảo sát thông số vật lý của các cặp mồi tham khảo từ Zhgun và cộng sự (chiều dài, nhiệt độ nóng chảy $T_m$, hàm lượng %GC, năng lượng tự do Gibbs $\Delta G$ tạo cấu trúc hairpin, self-dimer, hetero-dimer) bằng công cụ trực tuyến IDT OligoAnalyzer. Tiêu chuẩn chọn mồi: chiều dài 18–28 bp, $T_m$ từ 50–60°C, %GC từ 40–60%, $\Delta G \ge -9\text{ kcal/mol}$.
  • Khảo sát vị trí bắt cặp trên trình tự mRNA đại diện của Pleurotus ostreatus (GenBank: XM_036772010 đối với LovD và XM_036772119 đối với LovF) và kích thước khuếch đại dự kiến bằng phần mềm Annhyb phiên bản 4.946; kiểm tra độ đặc hiệu bằng BLASTn trên NCBI.

Phương pháp thực nghiệm sinh học phân tử

  • Tách chiết DNA tổng số: Nghiền mô hệ sợi nấm (100 mg), rửa bằng đệm PBS 1X, ly giải tế bào bằng dung dịch đệm lysis chứa Tris-HCl 1M (pH = 8), NaCl 2,5M, CTAB 10%, β-mercaptoethanol 99,9% và Proteinase K (1 mg/ml) ở 65°C qua đêm. Tinh sạch protein bằng Phenol/Chloroform/Isoamyl alcohol (PCI tỷ lệ 25:24:1) và Chloroform; tủa DNA bằng NaOAc 3M kết hợp Isopropanol ở 4°C trong 2 giờ; rửa tủa bằng Ethanol 70% và hòa tan lại trong dung dịch đệm TE 1X.
  • Kiểm tra độ tinh sạch và nồng độ: Đo mật độ quang phổ (OD) bằng máy Scanning UV/VIS SmartSpec (Bio-Rad) ở các bước sóng 230 nm, 260 nm, 280 nm; đánh giá độ tinh sạch qua tỷ số $A_{260}/A_{280}$ (chuẩn từ 1,8–2,0) và $A_{260}/A_{230}$ (chuẩn từ 2,0–2,2).
  • Phản ứng PCR: Sử dụng Master Mix 2X (7,5 µl), mồi xuôi và mồi ngược (mỗi loại 0,5 µl nồng độ 10 µM), DNA khuôn (2 µl), nước cất vô trùng (4,5 µl) cho tổng thể tích 15 µl. Chu trình nhiệt gồm: biến tính ban đầu ở 95°C trong 5 phút; 35 chu kỳ gồm biến tính 95°C (30 giây), bắt cặp ở nhiệt độ tối ưu $T_a$ (30 giây), kéo dài 72°C (45 giây); kéo dài kết thúc ở 72°C trong 5 phút.
  • Điện di và giải trình tự: Kiểm tra sản phẩm PCR trên gel agarose 1,5% trong đệm TBE 1X ở điện thế 135V trong 30 phút, nhuộm GelRed, quan sát bằng hệ thống Gel Doc XR (Bio-Rad). Giải trình tự Sanger mạch đôi tại Công ty Nam Khoa; xử lý tín hiệu chromatogram bằng Chromas Lite 2.1, sắp gióng căn chỉnh chuỗi bằng BioEdit 7.0.5 và đối soát với cơ sở dữ liệu GenBank bằng BLASTn.

Nội dung chính theo từng chương

Phần I: Tổng quan

Chương này tổng thuật lịch sử phân loại giới Nấm từ Linnaeus (1753), Whittaker (1969) đến hệ thống ba lãnh giới của Woese; phân tích vị trí phân loại học của chi Pleurotus theo Ainsworth, Julich, Singer và Hilber. Tác giả tổng hợp các dẫn liệu về thành phần hóa học của quả thể nấm Bào ngư: hàm lượng polysaccharide dao động từ 36–60 g/100 g chất khô (chủ yếu là $\beta$-glucan ở thân nấm chiếm 32,5–50%), protein thô chiếm 9,29–37,4 g/100 g chất khô, hàm lượng chất xơ dao động 10,21–29,9%, cùng các vitamin nhóm B và khoáng chất.

Về mặt dược lý, chương tổng quan phân tích các nghiên cứu chứng minh khả năng hạ lipid máu, kháng virus (HIV-1, virus cúm A, SARS-CoV-2), kháng khuẩn (B. subtilis, E. coli, S. aureus) và kháng ung thư (dòng tế bào MCF-7, HeLa, HepG2) từ dịch chiết Pleurotus. Chương này đi sâu vào cấu trúc vòng hexahydronaphthalene và $\beta$-hydroxyl lactone của Lovastatin (chiếm 0,7–2,8% trọng lượng khô ở Pleurotus), cơ chế ức chế cạnh tranh enzyme HMG-CoA reductase, cùng cơ chế chi tiết của cụm gen PKS sinh tổng hợp Lovastatin ở nấm sợi, nhấn mạnh chức năng sinh hóa của enzyme Transesterase (LovD) và Lovastatin diketide synthase (LovF).

Phần II: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Chương này mô tả chi tiết nguồn gốc vật liệu sinh học (hai mẫu nấm bào ngư T và X), danh mục dụng cụ, thiết bị phân tích (máy luân nhiệt My-Cycle, máy quang phổ SmartSpec, máy ly tâm Hettich Universal 320R, tủ ủ Multitemp III) và hệ thống hóa chất. Phương pháp nghiên cứu được chuẩn hóa qua sơ đồ quy trình 4 giai đoạn: khai thác in silico $\rightarrow$ tách chiết và kiểm tra DNA $\rightarrow$ khuếch đại PCR và điện di gel $\rightarrow$ giải trình tự Sanger và hiệu chỉnh dữ liệu.

Tác giả trình bày chi tiết công thức pha chế đệm PBS 1X, đệm lysis có chất bảo vệ chống oxy hóa phenolic ($\beta$-mercaptoethanol) kết hợp chất tẩy cation (CTAB 10%) nhằm loại bỏ triệt để polysaccharide nội bào, cùng phương pháp tinh sạch bằng dung môi hữu cơ PCI. Các thông số mồi của Zhgun và cộng sự được liệt kê đầy đủ kèm quy trình phân tích tín hiệu đỉnh peak chromatogram trên phần mềm Chromas Lite 2.1 và BioEdit.

Phần III: Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Chương này trình bày toàn bộ số liệu thu được từ hai giai đoạn nghiên cứu:

1. Khảo sát in silico các gen mục tiêu

Kết quả kiểm tra thông số vật lý của các cặp mồi trên IDT OligoAnalyzer cho thấy cả hai cặp mồi đều đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn kỹ thuật:

  • Cặp mồi LovF-F/R: Mồi xuôi có chiều dài 20 nu, $T_m = 53,30^\circ\text{C}$, %GC = 45%; mồi ngược dài 19 nu, $T_m = 49,80^\circ\text{C}$, %GC = 42,10%. Chênh lệch nhiệt độ giữa hai mồi là 3,5°C; giá trị $\Delta G$ hình thành cấu trúc hairpin lần lượt là -1,07 và 1,06 kcal/mol; self-dimer là -7,05 và -6,76 kcal/mol; hetero-dimer đạt -5,37 kcal/mol (đều lớn hơn ngưỡng an toàn -9 kcal/mol).
  • Cặp mồi LovD-F/R: Chiều dài mồi xuôi và ngược đều là 21 nu, $T_m = 56,70^\circ\text{C}$ (chênh lệch 0°C), %GC = 57,10%. Năng lượng tự do $\Delta G$ cho cấu trúc hairpin là -1,63 và 0,66 kcal/mol; self-dimer là -8,54 và -6,76 kcal/mol; hetero-dimer đạt -8,20 kcal/mol.

Phân tích trên phần mềm Annhyb cho thấy cặp mồi LovD-F/R bắt cặp trên trình tự mRNA của P. ostreatus (XM_036772010) tại các vị trí 188–208 bp (độ tương đồng 57,14%) và 271–292 bp (độ tương đồng 39,52%), tạo kích thước sản phẩm dự kiến 105 bp. Kết quả BLASTn đạt Max Ident = 100%, Query Cover = 19%, Max Score = 22,9, E-value = 110. Đối với cặp mồi LovF-F/R, vị trí bắt cặp trên mã XM_036772119 là 377–396 bp (độ tương đồng 51%) và 591–611 bp (độ tương đồng 43,68%), kích thước khuếch đại dự kiến 235 bp, BLASTn đạt Max Ident = 100%, Query Cover = 33%, Max Score = 24,7, E-value = 14.

Cặp gen Mồi Trình tự nucleotide (5' $\rightarrow$ 3') Chiều dài (nu) %GC $T_m$ (°C) Hairpin $\Delta G$ (kcal/mol) Self-dimer $\Delta G$ (kcal/mol) Hetero-dimer $\Delta G$ (kcal/mol)
LovF LovF-F TTGCATCTTGCCATTCAGAG 20 45,00 53,30 -1,07 -7,05 -5,37
LovF-R TCGAGTCAAATGAGTAGGA 19 42,10 49,80 1,06 -6,76
LovD LovD-F CAGGGTTCCAGTTGGAAGAAC 21 57,10 56,70 -1,63 -8,54 -8,20
LovD-R GGATCTGGACGGAGAGAACTG 21 57,10 56,70 0,66 -6,76

2. Kết quả thực nghiệm sinh học phân tử

Phương pháp tách chiết Phenol/Chloroform bổ sung CTAB và $\beta$-mercaptoethanol thu được DNA tổng số có nồng độ cao và độ tinh sạch đạt chuẩn:

  • Mẫu X (nấm bào ngư xám): $A_{260} = 2,763$; $A_{280} = 1,462$; $A_{230} = 1,262$; tỷ số $A_{260}/A_{280} = 1,889$ (không nhiễm protein hay RNA); tỷ số $A_{260}/A_{230} = 2,189$ (loại bỏ hoàn toàn phenol và polysaccharide); nồng độ đạt $6907,500\text{ µg/ml}$.
  • Mẫu T (nấm bào ngư trắng): $A_{260} = 1,007$; $A_{280} = 0,506$; $A_{230} = 0,450$; tỷ số $A_{260}/A_{280} = 1,990$; tỷ số $A_{260}/A_{230} = 2,237$; nồng độ đạt $2517,500\text{ µg/ml}$.
Ký hiệu mẫu Loại nấm $A_{260}$ $A_{280}$ $A_{230}$ Tỷ số $A_{260}/A_{280}$ Tỷ số $A_{260}/A_{230}$ Nồng độ $C$ (µg/ml)
X Nấm bào ngư xám 2,763 1,462 1,262 1,889 2,189 6907,500
T Nấm bào ngư trắng 1,007 0,506 0,450 1,990 2,237 2517,500

Kết quả điện di sản phẩm PCR cho thấy:

  • Đối với gen LovD: Mẫu X xuất hiện một băng khuếch đại duy nhất rõ nét tại vị trí kích thước khoảng 100 bp, phù hợp với kích thước dự kiến in silico (105 bp) trên Pleurotus ostreatus và tương đồng với tài liệu tham khảo của Zhgun và cộng sự. Mẫu T không xuất hiện băng sản phẩm đặc hiệu mà chỉ có vệt mồi tự bắt cặp kích thước 50 bp (tương đương giếng đối chứng âm N).
  • Đối với gen LovF: Mẫu X cho sản phẩm khuếch đại đặc hiệu và được thu hồi để giải trình tự Sanger. Kết quả đọc tín hiệu chromatogram trên Chromas Lite 2.1 và BLASTn đã xác nhận sự hiện diện của đoạn gen mục tiêu trên mẫu nấm bào ngư xám (mẫu X).

Phần IV: Kết luận và kiến nghị

Chương cuối tổng kết việc xác định thành công sự hiện diện của các gen LovD và LovF trên mẫu nấm bào ngư xám (mẫu X), đồng thời khẳng định phương pháp tách chiết DNA bằng Phenol/Chloroform-CTAB kết hợp đánh giá mồi in silico là hướng tiếp cận hiệu quả cho các đối tượng nấm ăn giàu polysaccharide.


Kết quả và đóng góp

Kết quả chính

  • Xác lập được các thông số vật lý và độ đặc hiệu in silico của hai cặp mồi LovD-F/R và LovF-F/R trên hệ gen nấm Pleurotus ostreatus.
  • Tinh sạch thành công DNA tổng số từ mô nấm giàu phức hệ đường với nồng độ cao ($6907,500\text{ µg/ml}$ ở mẫu X và $2517,500\text{ µg/ml}$ ở mẫu T) cùng độ tinh sạch tối ưu ($A_{260}/A_{280}$ đạt 1,889–1,990).
  • Khuếch đại và xác định thành công sự hiện diện của gen mã hóa transesterase (LovD) với kích thước đoạn khuếch đại khoảng 100 bp và gen Lovastatin diketide synthase (LovF) trên mẫu nấm bào ngư xám (mẫu X) bằng PCR và giải trình tự Sanger.
  • Mẫu nấm bào ngư trắng (mẫu T) không khuếch đại được đoạn gen đặc hiệu với các cặp mồi khảo sát trong điều kiện thực nghiệm đã thiết lập.

Giải pháp và kiến nghị của tác giả

  • Mở rộng khảo sát sự hiện diện của các gen chức năng khác trong con đường sinh tổng hợp Lovastatin như LovA, LovB, LovC và LovG.
  • Mở rộng đối tượng nghiên cứu trên nhiều loài, phân loài và các dòng nấm Pleurotus hoang dại cũng như thương mại thu thập tại nhiều vùng sinh thái khác nhau ở Việt Nam.
  • Kết hợp kỹ thuật RT-qPCR để đánh giá mức độ biểu hiện gen với phương pháp sắc ký lỏng hiệu năng cao (HPLC) nhằm định lượng chính xác hàm lượng Lovastatin tích lũy trong quả thể theo các giai đoạn sinh trưởng.

Đóng góp học thuật

Khóa luận cung cấp dẫn liệu thực nghiệm bước đầu về chỉ thị phân tử liên quan đến con đường sinh tổng hợp Lovastatin trên các chủng nấm ăn thuộc chi Pleurotus tại Việt Nam, đóng góp dữ liệu trình tự phục vụ công tác giám định nguồn gen và chọn tạo giống nấm dược liệu.


Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

  • Hạn chế: Nghiên cứu chỉ mới thực hiện trên 2 mẫu nấm thương mại thu nhận tại một địa điểm (Bình Dương); phạm vi khảo sát khu trú ở 2 gen mục tiêu (LovD và LovF) trong cụm gen PKS; các phân tích mới dừng lại ở mức độ định tính sự hiện diện của gen qua PCR/Sanger, chưa tiến hành định lượng mức độ biểu hiện gen (mRNA) hay định lượng nồng độ hoạt chất Lovastatin trong mẫu bằng HPLC.
  • Hướng nghiên cứu tiếp: Giải trình tự toàn bộ cụm gen sinh tổng hợp Lovastatin trên các loài Pleurotus tiềm năng; tối ưu hóa các cặp mồi đặc hiệu cho từng loài; kết hợp phân tích tương quan giữa mức độ biểu hiện của cụm gen Lov với năng suất sinh tổng hợp Lovastatin thực tế trong các điều kiện nuôi cấy khác nhau.

Giá trị tham khảo

Tài liệu là nguồn tham khảo hữu ích cho sinh viên, học viên cao học và nghiên cứu viên thuộc các chuyên ngành Công nghệ sinh học, Sinh học phân tử, CNSH Y Dược và Nông nghiệp:

  • Quy trình thực nghiệm: Cung cấp quy trình chi tiết về kỹ thuật tách chiết DNA từ sinh khối nấm ăn nhiều tạp chất (polysaccharide, polyphenol) bằng phương pháp Phenol/Chloroform bổ sung CTAB và $\beta$-mercaptoethanol.
  • Phương pháp in silico: Cung cấp quy trình từng bước phối hợp các công cụ tin sinh học miễn phí (NCBI BLASTn, IDT OligoAnalyzer, Annhyb, BioEdit, Chromas Lite) để kiểm tra, đánh giá chất lượng mồi và hiệu chỉnh dữ liệu giải trình tự Sanger.
  • Ứng dụng chọn giống: Hỗ trợ các cơ sở nghiên cứu và sản xuất nấm trong việc ứng dụng kỹ thuật PCR làm chỉ thị phân tử sàng lọc nhanh các dòng nấm có tiềm năng sinh học Lovastatin.

Câu hỏi thường gặp

1. Tại sao đề tài lại lựa chọn khảo sát hai gen LovD và LovF thay vì các gen khác trong cụm gen sinh tổng hợp Lovastatin?

Trong con đường sinh tổng hợp Lovastatin theo cơ chế PKS loại I, LovF mã hóa enzyme Lovastatin diketide synthase chịu trách nhiệm tổng hợp nhánh chuỗi bên 2-methylbutyryl-CoA từ acetyl-CoA và malonyl-CoA. Trong khi đó, LovD mã hóa enzyme Transesterase xúc tác phản ứng este hóa cuối cùng – chuyển chuỗi bên này gắn vào vị trí C8-OH của axit monacolin J để hoàn thiện phân tử Lovastatin. Các nghiên cứu bất hoạt gen trên A. terreus đã chứng minh nếu thiếu một trong hai enzyme này, Lovastatin không thể hình thành, do đó LovD và LovF là hai dấu chỉ di truyền then chốt đại diện cho toàn bộ con đường chuyển hóa.

2. Dung dịch đệm ly giải mẫu nấm có thành phần gì đặc biệt để loại bỏ tạp chất polysaccharide?

Thành phần đệm ly giải (lysis buffer) gồm có: Tris-HCl 1M (pH = 8), NaCl 2,5M, chất tẩy cation CTAB 10%, chất chống oxy hóa khử liên kết disulfide $\beta$-mercaptoethanol 99,9% và enzyme Proteinase K (1 mg/ml). Sự kết hợp giữa CTAB và nồng độ muối NaCl cao giúp tạo phức tủa chọn lọc và loại bỏ polysaccharide màng nấm, trong khi $\beta$-mercaptoethanol bất hoạt các hợp chất phenolic, giúp DNA sau tách chiết đạt độ tinh sạch cao ($A_{260}/A_{230} > 2,0$).

3. Kết quả in silico trên phần mềm Annhyb và BLASTn cho thấy kích thước đoạn khuếch đại dự kiến của gen LovD và LovF là bao nhiêu?

Trên trình tự mRNA đại diện của Pleurotus ostreatus, cặp mồi LovD-F/R bắt cặp tại vị trí 188–208 bp và 271–292 bp, cho kích thước đoạn khuếch đại dự kiến là 105 bp (với Max Ident = 100% trên BLASTn). Cặp mồi LovF-F/R bắt cặp tại vị trí 377–396 bp và 591–611 bp, cho kích thước đoạn khuếch đại dự kiến là 235 bp (với Max Ident = 100% trên BLASTn).

4. Kết quả thực nghiệm PCR và điện di gel agarose giữa mẫu nấm bào ngư xám (mẫu X) và nấm bào ngư trắng (mẫu T) khác nhau như thế nào?

Ở mẫu nấm bào ngư xám (mẫu X), phản ứng PCR với cặp mồi LovD-F/R khuếch đại thành công một băng điện di đặc hiệu duy nhất có kích thước khoảng 100 bp (phù hợp với dự đoán in silico 105 bp) và khuếch đại thành công gen LovF. Ngược lại, ở mẫu nấm bào ngư trắng (mẫu T), không xuất hiện băng sản phẩm đặc hiệu mà chỉ có vệt mồi tự bắt cặp kích thước 50 bp tương tự như ở giếng đối chứng âm.

5. Độ tinh sạch và nồng độ DNA tách chiết của hai mẫu nấm X và T đạt các giá trị cụ thể nào?

Kết quả đo mật độ quang phổ ghi nhận mẫu X đạt nồng độ DNA là $6907,500\text{ µg/ml}$ với tỷ số $A_{260}/A_{280} = 1,889$ và $A_{260}/A_{230} = 2,189$. Mẫu T đạt nồng độ DNA là $2517,500\text{ µg/ml}$ với tỷ số $A_{260}/A_{280} = 1,990$ và $A_{260}/A_{230} = 2,237$. Cả hai mẫu đều nằm trong khoảng tiêu chuẩn ($A_{260}/A_{280}$ từ 1,8–2,0 và $A_{260}/A_{230} > 2,0$), chứng minh mẫu DNA hoàn toàn tinh sạch, không bị nhiễm protein, RNA hay hóa chất tách chiết.


Kết luận

Khóa luận đã kết hợp phương pháp tin sinh học in silico và thực nghiệm sinh học phân tử để khảo sát thành công sự hiện diện của hai gen chức năng LovD và LovF thuộc con đường sinh tổng hợp Lovastatin trên mẫu nấm bào ngư xám (Pleurotus sp.) thương mại tại Việt Nam. Quy trình tách chiết DNA bằng phương pháp Phenol/Chloroform-CTAB cải tiến chứng minh hiệu quả cao trong việc thu hồi nucleic acid tinh sạch từ mô nấm giàu polysaccharide phục vụ phản ứng PCR và giải trình tự Sanger. Kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở dữ liệu di truyền quan trọng, mở ra hướng ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn lọc và nhân giống các chủng nấm Pleurotus phục vụ sản xuất dược liệu hạ cholesterol trong tương lai.