Mở đầu là hoạt động đàn áp lực lƣợng cách mạng và quần chúng yêu chuộng hoà bình ngay sau Hiệp định Genève. Trọng điểm của các cuộc bắt giam, bắn giết là những vùng giải phóng, vùng căn cứ cách mạng trong kháng chiến chống Pháp. Song song đó, chính quyền Ngô Đình Diệm còn đẩy mạnh thực hiện các biện pháp về chính trị - quân sự - kinh tế - xã hội ở miền Nam, theo định hƣớng của đế quốc Mỹ, tạo thế chia cắt lâu dài đất nƣớc. Chính quyền Ngô Đình Diệm gây ra các cuộc thảm sát đẫm máu ở hầu kết các tỉnh/thành miền Nam.
Nhiều vụ đàn áp, sát hại dẫm máu do quân đội và lực lƣợng cảnh sát của Ngô Đình Diệm gây ra. Nặng nề nhất là các địa phƣơng từng là căn cứ cách mạng và những nơi phong trào kháng chiến phát triển mạnh trƣớc đây nhƣ: Cam Lộ, Hƣớng Điền, Duy Xuyên, Vĩnh Trinh, Chợ Đƣợc, Củ Chi, Mỏ Cày… Nhiều nơi, ngƣời dân hàng ngày phải hứng chịu không khí tang tóc, u ám, kềm kẹp 11 đến “ngạt thở” mà chƣa có phƣơng cách này để có thể thoát ra. Để kiểm soát nhân dân, Ngô Đình Diệm tổ chức Liên gia, chia các hộ dân thành các loại A, B, C. Trong đó, A là thành phần nguy hiểm gồm: cán bộ, đảng viên tham gia kháng chiến cũ.
Loại B là thân nhân những ngƣời đi tập kết, có dính díu với loại A. Loại C là những ngƣời không liên quan đến hai loại trên. Việc chia các hộ dân bằng cách phân loại theo thành phần nhằm để cơ quan an ninh và cảnh sát dễ dàng kiểm soát, kềm kẹp và theo dõi lẫn nhau. Từ giữa năm 1955, chính quyền Ngô Đình Diệm gia tăng các hoạt động đàn áp, khủng bố phong trào yêu nƣớc bằng chính sách “Tố cộng, diệt cộng” và đƣợc nâng lên thành quốc sách hàng đầu.
Triển khai thực hiện “quốc sách” này, chính quyền Ngô Đình Diệm huy động toàn bộ nguồn lực, dùng toàn bộ lực lƣợng quân sự, an ninh, hành chính, tình báo, thông tin, tuyên truyền…để tiến hành cuộc khủng bố, đàn áp toàn diện lực lƣợng cách mạng. Riêng ở Sài Gòn - Chợ Lớn, chính quyền Ngô Đình Diệm dành “42% ngân sách chung của đô thành Sài Gòn cho các cuộc vây ráp, lùng sục, bắt bớ” (Ban Tổng kết chiến tranh Thành uỷ Thành phố Hồ Chí Minh (2015), tr. Chính quyền Sài Gòn - Chợ Lớn huy động quân đội, cảnh sát, công an, mật vụ, chỉ điểm “lùng sục, bắt bớ, đánh đập, bắn giết, dùng mọi hình phạt dã man nhất, những cuộc tàn sát đẫm máu nhất vừa để không bỏ sót, vừa khủng bố tinh thần những ngƣời còn lại” (Thƣợng tƣớng Trần Văn Trà (2005), Kết thúc cuộc chiến tranh 30 năm, tr. Chúng bắt giam, bắn giết, cô lập tất cả những ngƣời mà nghi là Việt cộng, có tham gia kháng chiến và những ngƣời đối lập, gây hoang mang trong lực lƣợng cách mạng và quần chúng nhân dân nhằm tiêu diệt một cách triệt để lực lƣợng cách mạng trong thành phố.
Cũng từ năm 1955, chính quyền Ngô Đình Diệm lần lƣợt ban hành các chỉ thị, đạo dụ và luật với mục tiêu duy nhất là tiêu diệt những ngƣời kháng chiến cũ và đàn áp những ngƣời đối lập, không ủng hộ chính quyền nhƣ: Chỉ thỉ số 4 ngày 12 20/3/1956 với nhiều nội dung “kiểm soát nhân dân hết sức nghiệt ngã”1, Hiến Pháp Cộng hoà ngày 26/10/1956, Dụ 47, Dự luật đặt Cộng sản ra ngoài vòng pháp luật. Các văn bản pháp lý này là cơ sở để cho quân đội và lực lƣợng cảnh sát tiến hành các cuộc đàn áp, bố ráp, khủng bố, “tấn công ồ ạt và vô điều kiện vào lực lƣợng cách mạng” (Ban Biên soạn Lịch sử Tây Nam Bộ kháng chiến (2010), tr.90) đang hoạt động và bám trụ ở miền Nam. Hỗ trợ cho cỗ máy quân sự trong chính sách “Tố cộng, diệt cộng” là bộ máy thông tin, tuyên truyền khổng lồ của chính quyền Việt Nam Cộng hòa. Chúng đƣợc vận hành tối đa nhằm tuyên truyền cho chủ nghĩa quốc gia, thuyết Duy linh - Nhân Vị,… Hàng loạt các tờ báo, chủ bút, các đài phát thanh do chính quyền Ngô Đình Diệm chỉ đạo hàng ngày phát tin những nội dung vu khống những ngƣời cộng sản, hô hào các khẩu hiệu vu khống miền Bắc xâm lƣợc, chia cắt đất nƣớc, xuyên tạc nội dung Hiệp định.
Bộ máy thông tin, tuyên truyền khổng lồ “có liên hệ với hệ thống chiến tranh tâm lý của Mỹ ở Đông Nam Á, đƣợc Mỹ cung cấp tiền bạc và phƣơng tiện hoạt động rất hiện đại” (Ban Chấp hành Đảng bộ Cộng sản Việt Nam Thành phố Hồ Chí Minh (2010), tr. Ngoài ra, chính quyền Ngô Đình Diệm còn tổ chức hơn 100 đoàn với gần 4000 nhân viên chuyên nghiệp, hơn 1 vạn nhân viên cấp cơ sở thực hiện hoạt động tố cộng trong dân chúng. Sau nhiều năm bị khủng bố liên tiếp, Đảng bộ miền Nam bị tổn thất nghiêm trọng. Cách mạng miền Nam “bị đẩy vào bƣớc khó khăn chƣa từng thấy, trải qua một thời kỳ thoái trào nguy ngập tƣởng chừng không thể gƣợng dậy nổi” (Ban Chỉ đạo tổng kết chiến tranh trực thuộc Bộ Chính trị (1996), tr.
Các báo về tình hình cách mạng miền Nam của XUNB gửi ra Trung ƣơng về những thiệt hại mà chính phủ Mỹ - Diệm gây ra đối với nhân dân miền Nam ngày một khẩn thiết hơn. Trƣớc tình thế khó khăn đó, nhân dân miền Nam chỉ có một con đƣờng duy nhất là vùng lên dùng bạo lực cách mạng đánh đổ chính quyền Mỹ - Diệm tàn bạo. Trong hoàn cảnh đó, đồng chí Lê Duẩn, Bí thƣ XUNB đã soạn thảo “Đề cƣơng cách mạng miền 1 Theo chỉ thị này hễ những ai không ủng hộ chính quyền Ngô Đình Diệm thì mặc nhiên bị gán là Việt cộng. Đề cƣơng cách mạng đã bám sát thực tiễn phong trào các tỉnh miền Tây, miền Đông Nam bộ và Sài Gòn - Chợ Lớn; đánh giá đúng âm mƣu của chính quyền Mỹ - Diệm và nguyện vọng của nhân dân; khả năng và sự phát triển tất yếu của cách mạng miền Nam.
Đề cƣơng nêu rõ: “Để chống lại Mỹ - Diệm chỉ có con đƣờng cách mạng, ngoài con đƣờng cách mạng không còn con đƣờng nào khác” (Hội đồng Chỉ đạo biên soạn Lịch sử Nam Bộ kháng chiến (2010), tr. Đề cƣơng cách mạng miền Nam nhƣ một bƣớc chuẩn bị cơ sở lý luận và thực tiễn để Trung ƣơng đề ra Nghị quyết 15 về cách mạng miền Nam ba năm sau đó. Hội nghị lần thứ 15 Ban Chấp hành Trung ƣơng Đảng mở rộng cho các đồng chí lãnh đạo Đảng bộ Nam bộ và Khu ủy khu V, vùng Tây Nguyên dự bắt đầu từ ngày 5/2/1959. Hội nghị quyết định thông qua Nghị quyết lịch sử về cách mạng miền Nam.
Nghị quyết nêu rõ “Đế quốc Mỹ và bè lũ tay sai chẳng những xâm chiếm miền Nam, ngăn cản sự phát triển của xã hội miền Nam mà còn ráo riết chuẩn bị chiến tranh hòng xâm chiếm cả nƣớc ta, phá hoại toàn bộ sự nghiệp cách mạng của nhân dân ta”. Vì vậy, mâu thuẫn cơ bản trong xã hội Việt Nam cần giải quyết là mâu thuẫn giữa chủ nghĩa đế quốc xâm lƣợc, giai cấp địa chủ phong kiến và tƣ sản mại bản thống trị miền Nam với dân tộc Việt Nam, nhân dân cả nƣớc Việt Nam; nói cách khác mâu thuẫn trong xã hội Việt Nam là mâu thuẫn giữa con đƣờng xã hội chủ nghĩa ở miền Bắc với con đƣờng tƣ bản chủ nghĩa ở miền Nam. Nghị quyết xác định hai nhiệm vụ chiến lƣợc của cách mạng Việt Nam do Đảng lãnh đạo là tiến hành đồng thời “Cách mạng xã hội chủ nghĩa ở miền Bắc và cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân ở miền Nam”. Trong tác phẩm “Phong trào Đồng Khởi (1959 – 1960) trong kháng chiến chống Mỹ cứu nước (1954 – 1975) của các tác giả Bùi Thị Thu Hà, Vũ Thị Hòa, Nguyễn Xuân Trƣờng có nhắc đến sự đổi mới trong Nghị quyết Trung ƣơng 15 khi xác định con đƣờng phát triển cơ bản của cách mạng Việt Nam là khởi nghĩa giành chính quyền về tay nhân dân.
Theo tình hình cụ thể và yêu cầu hiện tại của cách mạng thì con đƣờng đó là lấy sức mạnh của quần chúng, dựa vào lực lƣợng chính trị của quần chúng là chủ yếu, kết hợp với lực lƣợng vũ trang 14 để đánh đổ quyền thống trị của đế quốc và phong kiến, dựng lên chính quyền cách mạng nhân dân”. Nghị quyết 15 là một cột mốc quan trọng trong quá trình chống Mỹ cứu nƣớc của nhân dân Việt Nam, trực tiếp là đồng bào ở tiền tuyến lớn miền Nam. Nghị quyết ra đời trên cơ sở, đƣờng lối chiến lƣợc cơ bản về cách mạng Việt Nam về mục tiêu và nhiệm vụ trƣớc mắt của nhân dân miền Nam. Vì vậy nó đáp ứng đúng yêu cầu, nguyện vọng tha thiết của nhân dân miền Nam muốn đứng dậy cầm vũ khí đấu tranh để tự vệ và buộc Mỹ - Diệm phải nghiêm chỉnh thi hành Hiệp định Genève để giải phóng miền Nam thống nhất đất nƣớc.
Từ giữa năm 1959, ở miền Nam đã nổ ra các cuộc nổi dậy diệt ác, phá kìm của đồng bào Bình Định, Quảng Ngãi, Phú Yên và Tây Nguyên thuộc Khu V nhƣ: Vĩnh Thạnh - Bình Định, Bác Ái - Bình Thuận, Đắc Lây - Kon Tum, tiếp đến là các xã vùng núi Trà Bồng - Quảng Ngãi. Lần đầu tiên, các cuộc nổi dậy đã có sự tham gia của các nhóm vũ trang, du kích tại chỗ triệt phá bộ máy kìm kẹp, mở đƣờng cho quần chúng nhân dân đấu tranh chính trị giành chính quyền dƣới hình thức Ủy ban Nhân dân tự quản. Các cuộc nổi dậy diệt ác, phá kìm này bắt đầu tạo nên sự chuyển thế cho cách mạng miền Nam. Ở Nam bộ, từ các “lõm” căn cứ, “làng rừng” chiếu đấu, với các đội vũ trang tự vệ của các địa phƣơng cũng đã nổ ra nhiều cuộc nổi dậy, diệt ác, phá kềm.
Nhiều trận đánh vũ trang kết hợp với sự nổi dậy của quần chúng ở Xẻo Rô (Rạch Giá), Gò Quản Cung (Kiến Phong),. đã tiêu diệt hàng trăm tên địch, hỗ trợ nhân dân vùng dậy giành chính quyền. Tháng 10/1959, tại Tây Ninh, đƣợc sự hỗ trợ của lực lƣợng vũ trang, nhân dân các huyện Châu Thành, Dƣơng Minh Châu, Bến Cầu đã nổi dậy thắng lợi. Đầu năm 1960, xuất hiện một làn sóng đồng khởi bắt đầu từ 3 xã là Định Thủy, Bình Khánh và Phƣớc Hiệp, sau đó nhanh chóng lan ra toàn huyện Mỏ Cày, Giồng Trôm, Thạnh Phú, Ba Tri, Châu Thành, Bình Đại (Bến Tre).
Trong phong trào Đồng khởi, đơn vị vũ trang đầu tiên của Bến Tre đã đƣợc thành lập để bảo vệ thành quả cách mạng vừa giành đƣợc.