Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài lutraria rhynchaena jonas 1844 theo hướng tăng trưởng

Tài liệu nghiên cứu Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài lutraria rhynchaena jonas 1844 theo, tổng hợp lý thuyết và thực hành, cung cấp kiến thức chuyên

• Tác giả: Triệu Anh Tuấn
• Người hướng dẫn: PGS. TS Nguyễn Xuân Viết
• Trường học: Trường Đại học Sư phạm Hà Nội
• Chuyên ngành: Di truyền học
• Đề tài: Nghiên Cứu Phát Triển Chỉ Thị Phân Tử Cho Chọn Giống Tu Hải Tăng Trưởng
• Loại tài liệu: luận án tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2023
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN
• 1.1. Tính cấp thiết của đề tài
• 1.2. Mục tiêu nghiên cứu
• 1.3. Nội dung nghiên cứu
• 1.4. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài
• 1.5. Đối tượng, phạm vi giới hạn của luận án
• 1.6. Những đóng góp mới của luận án
• 1.7. TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU
• 2. CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Vật liệu nghiên cứu
• 2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 2.3. Phương pháp nghiên cứu
• 2.3.1. Điều tra thành phần loài tu hài, hiện trạng nghề nuôi tu hài tại Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài
• 2.3.2. Phương pháp xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L.
• 2.3.3. Phương pháp giải trình tự toàn bộ hệ gene tu hài L.
• 2.3.4. Phương pháp giải trình tự hệ gene phiên mã tu hài L.
• 2.3.5. Phương pháp phát triển chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài
• 2.3.6. Phương pháp phân tích, xử lý dữ liệu
• 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên tại huyện Vân Đồn, hiện trạng và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh
• 3.1.1. Khảo sát thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên tại huyện Vân Đồn
• 3.1.2. Đánh giá hiện trạng và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn hiện nay
• 3.2. Xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L.
• 3.2.1. Khảo sát dữ liệu để xây dựng mã vạch DNA vùng gen 16S rRNA, COI của giống Lutraria trên hệ thống mã vạch quốc tế
• 3.2.2. Xây dựng cây phát sinh chủng loại cho các loài tu hài
• 3.2.3. Xây dựng mã vạch DNA để nhận dạng tu hài L.
• 3.3. Giải trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã của tu hài L.
• 3.3.1. Tách chiết và tinh sạch DNA
• 3.3.2. Thiết lập thư viện và giải trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã tu hài
• 3.3.3. Ước lượng kích thước hệ gene tu hài
• 3.3.4. Lắp ráp hệ gene của tu hài L.
• 3.3.5. Ước lượng dị hợp tử, trình tự lặp lại và tìm kiếm đa hình
• 3.3.6. Lắp ráp hệ gene phiên mã
• 3.3.7. Dự đoán và chú thích hệ gene tu hài. So sánh đặc điểm hệ gene L. rhynchaena với các loài hai mảnh vỏ
• 3.4. Sàng lọc, tuyển chọn và phát triển chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài
• 3.4.1. Giải trình tự ezRAD-Seq ở tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm
• 3.4.2. Xây dựng cơ sở dữ liệu, sàng lọc các SNP ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm
• 3.4.3. Sàng lọc outlier loci ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm
• 3.4.4. Sàng lọc chỉ thị SNP tiềm năng ở tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm
• 3.4.5. Thiết kế mồi và nhân đoạn trình tự chứa chỉ thị SNP tiềm năng sàng lọc được ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm
• 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT
• CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI LUẬN ÁN
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Chỉ Thị Phân Tử Cho Tu Hài Tăng Trưởng

Nghiên cứu về chỉ thị phân tử trong chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena) theo hướng tăng trưởng là một lĩnh vực đầy tiềm năng. Tu hài, một loài nhuyễn thể hai mảnh vỏ có giá trị kinh tế cao, đang ngày càng được ưa chuộng. Tuy nhiên, việc sản xuất giống vẫn còn nhiều hạn chế, dẫn đến thoái hóa giống và tăng trưởng chậm. Nghiên cứu này tập trung vào việc phát triển các chỉ thị phân tử, đặc biệt là SNP, để hỗ trợ chọn giống, cải thiện năng suất và chất lượng tu hài. Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gene thế hệ mới (NGS) mở ra cơ hội lớn để khám phá hệ gene của tu hài và xác định các marker liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Điều này có ý nghĩa quan trọng trong việc nâng cao hiệu quả nuôi trồng và đáp ứng nhu cầu thị trường ngày càng tăng. Theo báo cáo của Tổng cục Thủy sản, thị trường cần khoảng 100 triệu con giống cấp I mỗi năm [13].

1.1. Giới Thiệu Chung Về Tu Hài Lutraria rhynchaena

Tu hài (Lutraria rhynchaena Jonas, 1844) là loài nhuyễn thể hai mảnh vỏ sống ở vùng nước biển ấm, độ mặn 25-30‰ [11]. Chúng lọc ăn mùn bã hữu cơ, tảo khuê và sinh vật phù du [10]. Tại Việt Nam, tu hài phân bố và được nuôi nhiều ở Quảng Ninh, Hải Phòng và Khánh Hòa. Thịt tu hài giàu dinh dưỡng, đạm và khoáng chất, đặc biệt là các axit amin không thay thế [5]. Tổng diện tích nuôi tu hài ước tính khoảng 1.000 ha, sản lượng đạt 2.621,6 tấn, thu nhập trên 200 tỷ đồng/năm [13]. Nhu cầu tiêu thụ tu hài tăng cao thúc đẩy mở rộng diện tích nuôi, kéo theo nhu cầu lớn về con giống chất lượng.

1.2. Tầm Quan Trọng Của Chọn Giống Trong Nuôi Tu Hài

Chọn giống đóng vai trò then chốt trong việc cải thiện năng suất và chất lượng tu hài. Phương pháp sản xuất giống truyền thống dẫn đến thoái hóa giống, tăng trưởng chậm và dễ nhiễm bệnh [8]. Quyết định 1664/QĐ-Tg ngày 04/10/2021 nhấn mạnh phát triển nuôi trồng thủy sản bền vững, hạn chế tác động tiêu cực đến môi trường [2]. Điều này đòi hỏi khai thác và phát triển giống bản địa, ứng dụng các chương trình chọn giống khoa học để tăng tỷ lệ sống, tăng trưởng nhanh và khả năng chống chịu. Chọn giống với sự hỗ trợ của chỉ thị phân tử là hướng đi đầy hứa hẹn.

II. Thách Thức Thoái Hóa Giống Tu Hài Giải Pháp Chỉ Thị SNP

Một trong những thách thức lớn nhất trong nuôi tu hài là tình trạng thoái hóa giống do phương pháp sản xuất truyền thống. Giao phối cận huyết dẫn đến tăng trưởng chậm, không đồng đều và dễ bị nhiễm bệnh. Để giải quyết vấn đề này, việc ứng dụng các kỹ thuật chọn giống hiện đại, đặc biệt là sử dụng chỉ thị phân tử, là vô cùng cần thiết. Chỉ thị SNP (Single Nucleotide Polymorphism) được xem là một trong những công cụ hiệu quả và chính xác nhất để xác định các gene liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Việc phát triển và ứng dụng chỉ thị SNP sẽ giúp các nhà chọn giống nhanh chóng tạo ra những giống tu hài mới có năng suất và chất lượng cao hơn. Theo nghiên cứu [89], chỉ thị SNP có thể xuất hiện ở vùng gen mã hóa, tác động trực tiếp đến tính trạng quan tâm.

2.1. Hậu Quả Của Thoái Hóa Giống Trong Nuôi Tu Hài

Thoái hóa giống gây ra nhiều hệ lụy cho nghề nuôi tu hài. Tăng trưởng chậm làm kéo dài thời gian nuôi, tăng chi phí và giảm lợi nhuận. Sự không đồng đều về kích thước gây khó khăn trong thu hoạch và chế biến. Tu hài thoái hóa dễ bị nhiễm bệnh, gây thiệt hại lớn về kinh tế. Việc duy trì và cải thiện chất lượng giống là yếu tố then chốt để đảm bảo sự phát triển bền vững của ngành nuôi tu hài.

2.2. Ưu Điểm Của Chỉ Thị SNP Trong Chọn Giống

Chỉ thị SNP có nhiều ưu điểm so với các loại chỉ thị phân tử khác. Chúng có độ chính xác cao, dễ dàng phân tích và có thể được sử dụng để đánh giá di truyền ở quy mô lớn. Chỉ thị SNP cũng có thể được sử dụng để xác định các gene liên quan đến các tính trạng phức tạp, chẳng hạn như tăng trưởng và khả năng chống bệnh. Việc sử dụng chỉ thị SNP trong chọn giống giúp tăng tốc quá trình chọn lọc và cải thiện hiệu quả chọn giống.

2.3. Ứng Dụng Kỹ Thuật Giải Trình Tự Gene Thế Hệ Mới NGS

Kỹ thuật giải trình tự gene thế hệ mới (NGS) đã mở ra một kỷ nguyên mới cho nghiên cứu di truyền và chọn giống. NGS cho phép giải trình tự toàn bộ hệ gene của một sinh vật trong thời gian ngắn và với chi phí thấp. Dữ liệu từ NGS có thể được sử dụng để phát hiện các chỉ thị SNP, xác định các gene liên quan đến các tính trạng quan trọng và đánh giá đa dạng di truyền. Việc ứng dụng NGS trong nghiên cứu tu hài sẽ giúp các nhà khoa học hiểu rõ hơn về cơ sở di truyền của các tính trạng quan trọng và phát triển các phương pháp chọn giống hiệu quả hơn.

III. Phương Pháp Xây Dựng Mã Vạch DNA Cho Tu Hài Lutraria rhynchaena

Xây dựng mã vạch DNA là một phương pháp quan trọng để nhận dạng chính xác loài tu hài (Lutraria rhynchaena). Mã vạch DNA sử dụng các đoạn gene đặc trưng để phân biệt các loài khác nhau. Trong nghiên cứu này, các vùng gene COI và 16S rRNA được sử dụng để xây dựng mã vạch DNA cho tu hài. Việc xây dựng mã vạch DNA giúp xác định chính xác loài tu hài trong các nghiên cứu di truyền và chọn giống, đồng thời hỗ trợ truy xuất nguồn gốc sản phẩm. Kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở khoa học quan trọng để nhận dạng chính xác loài tu hài phục vụ trực tiếp cho đề tài luận án về lấy mẫu nghiên cứu giải trình tự hệ gene.

3.1. Lựa Chọn Vùng Gene COI Và 16S rRNA

Vùng gene COI (Cytochrome C Oxidase subunit I) và 16S rRNA là hai vùng gene phổ biến được sử dụng trong xây dựng mã vạch DNA. COI có tốc độ tiến hóa nhanh, phù hợp để phân biệt các loài gần nhau. 16S rRNA có tốc độ tiến hóa chậm hơn, phù hợp để phân biệt các nhóm loài lớn hơn. Việc sử dụng cả hai vùng gene giúp tăng độ chính xác của mã vạch DNA.

3.2. Quy Trình Xây Dựng Mã Vạch DNA

Quy trình xây dựng mã vạch DNA bao gồm các bước sau: thu thập mẫu, tách chiết DNA, khuếch đại vùng gene mục tiêu bằng PCR, giải trình tự DNA và phân tích dữ liệu. Trình tự DNA thu được được so sánh với các trình tự đã biết trong cơ sở dữ liệu để xác định loài. Mã vạch DNA được tạo ra có thể được sử dụng để nhận dạng loài một cách nhanh chóng và chính xác.

3.3. Ứng Dụng Của Mã Vạch DNA Trong Nghiên Cứu Tu Hài

Mã vạch DNA có nhiều ứng dụng trong nghiên cứu tu hài. Nó có thể được sử dụng để xác định chính xác loài tu hài trong các nghiên cứu di truyền và chọn giống. Mã vạch DNA cũng có thể được sử dụng để truy xuất nguồn gốc sản phẩm tu hài, giúp bảo vệ người tiêu dùng và ngăn chặn gian lận thương mại. Ngoài ra, mã vạch DNA có thể được sử dụng để theo dõi sự phân bố và đa dạng di truyền của tu hài trong tự nhiên.

IV. Giải Pháp Phát Triển Chỉ Thị SNP Liên Quan Tăng Trưởng Tu Hài

Phát triển chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng là một bước quan trọng trong việc cải thiện năng suất tu hài. Nghiên cứu này sử dụng kỹ thuật giải trình tự ezRAD-Seq để xác định các SNP khác nhau giữa nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Các SNP này sau đó được sàng lọc và đánh giá để xác định những SNP có liên quan chặt chẽ đến tính trạng tăng trưởng. Việc sử dụng chỉ thị SNP giúp các nhà chọn giống chọn lọc những cá thể có tiềm năng tăng trưởng cao, từ đó cải thiện năng suất của quần thể tu hài. Một số chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tu hài được phát hiện là có giá trị khoa học ứng dụng đối với công tác chọn giống tu hài theo hướng tăng trưởng ở Việt Nam.

4.1. Kỹ Thuật Giải Trình Tự ezRAD Seq

ezRAD-Seq (Enzyme Restriction-site Associated DNA sequencing) là một kỹ thuật giải trình tự DNA cho phép xác định các SNP trên toàn bộ hệ gene một cách hiệu quả và tiết kiệm chi phí. Kỹ thuật này sử dụng enzyme giới hạn để cắt DNA thành các đoạn nhỏ, sau đó chọn lọc các đoạn DNA có kích thước phù hợp và giải trình tự. Dữ liệu giải trình tự được sử dụng để xác định các SNP khác nhau giữa các cá thể hoặc nhóm cá thể.

4.2. Sàng Lọc Và Đánh Giá Chỉ Thị SNP

Sau khi xác định được các SNP, cần tiến hành sàng lọc và đánh giá để xác định những SNP có liên quan chặt chẽ đến tính trạng tăng trưởng. Các phương pháp thống kê và tin sinh học được sử dụng để phân tích dữ liệu và xác định các SNP có ảnh hưởng đáng kể đến tính trạng tăng trưởng. Các SNP này sau đó được sử dụng để phát triển các marker di truyền có thể được sử dụng trong chọn giống.

4.3. Ứng Dụng Chỉ Thị SNP Trong Chọn Giống Tu Hài

Chỉ thị SNP có thể được sử dụng để chọn lọc những cá thể tu hài có tiềm năng tăng trưởng cao. Các nhà chọn giống có thể sử dụng các marker di truyền dựa trên SNP để xác định những cá thể mang các allele có lợi cho tăng trưởng. Những cá thể này sau đó được sử dụng để tạo ra thế hệ con có năng suất cao hơn. Việc sử dụng chỉ thị SNP giúp tăng tốc quá trình chọn lọc và cải thiện hiệu quả chọn giống.

V. Kết Quả Cơ Sở Dữ Liệu Phân Tử Hệ Gene Tham Chiếu Tu Hài

Nghiên cứu này đã thành công trong việc xây dựng cơ sở dữ liệu phân tử và hệ gene tham chiếu cho tu hài (Lutraria rhynchaena). Dữ liệu trình tự hệ gene của tu hài trong kết quả của đề tài luận án là có giá trị đối với khoa học nghiên cứu hệ gene, là cơ sở để khai thác và phát triển bộ chỉ thị phân tử cho các nhà nghiên cứu chọn tạo giống tu hài. Với bộ dữ liệu hệ gene lần đầu tiên cung cấp được hệ gene tham chiếu tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844).

5.1. Ý Nghĩa Của Hệ Gene Tham Chiếu

Hệ gene tham chiếu là một bản đồ hoàn chỉnh của hệ gene của một loài. Nó cung cấp thông tin về vị trí và chức năng của tất cả các gene trong hệ gene. Hệ gene tham chiếu là một công cụ quan trọng cho các nhà nghiên cứu di truyền và chọn giống. Nó có thể được sử dụng để xác định các gene liên quan đến các tính trạng quan trọng, phát triển các marker di truyền và đánh giá đa dạng di truyền.

5.2. Ứng Dụng Của Cơ Sở Dữ Liệu Phân Tử

Cơ sở dữ liệu phân tử chứa thông tin về các chỉ thị phân tử, trình tự DNA và các dữ liệu di truyền khác. Cơ sở dữ liệu này có thể được sử dụng để xác định các gene liên quan đến các tính trạng quan trọng, phát triển các marker di truyền và đánh giá đa dạng di truyền. Cơ sở dữ liệu phân tử là một công cụ quan trọng cho các nhà nghiên cứu di truyền và chọn giống.

VI. Kết Luận Tiềm Năng Ứng Dụng Chỉ Thị Phân Tử Trong Chọn Giống

Nghiên cứu này đã chứng minh tiềm năng ứng dụng của chỉ thị phân tử, đặc biệt là chỉ thị SNP, trong chọn giống tu hài. Việc phát triển và ứng dụng các chỉ thị phân tử liên quan đến tính trạng tăng trưởng sẽ giúp các nhà chọn giống tạo ra những giống tu hài mới có năng suất và chất lượng cao hơn. Nghiên cứu này cũng cung cấp cơ sở dữ liệu phân tử và hệ gene tham chiếu cho tu hài, mở ra nhiều cơ hội cho các nghiên cứu di truyền và chọn giống trong tương lai. Một số chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng được phát triển có ý nghĩa phục vụ công tác chọn tạo giống tu hài theo hướng tăng trưởng nhờ chỉ thị phân tử.

6.1. Hướng Nghiên Cứu Tiếp Theo

Các nghiên cứu tiếp theo nên tập trung vào việc xác định các gene liên quan đến các tính trạng quan trọng khác, chẳng hạn như khả năng chống bệnh và chất lượng thịt. Cần có thêm các nghiên cứu để đánh giá hiệu quả của việc sử dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống tu hài ở quy mô lớn. Ngoài ra, cần có các nghiên cứu để phát triển các phương pháp chọn giống hiệu quả hơn, chẳng hạn như chọn giống dựa trên toàn bộ hệ gene (GWS).

6.2. Đề Xuất Cho Ngành Nuôi Tu Hài

Ngành nuôi tu hài cần đầu tư vào nghiên cứu và phát triển các phương pháp chọn giống hiện đại, đặc biệt là sử dụng chỉ thị phân tử. Cần có các chương trình đào tạo để nâng cao năng lực của các nhà chọn giống và người nuôi tu hài. Ngoài ra, cần có các chính sách hỗ trợ để khuyến khích việc ứng dụng các công nghệ mới trong ngành nuôi tu hài.

Trích đoạn nội dung tài liệu

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nô ̣i – 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 9.21 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS. TS Nguyễn Xuân Viết PGS. TS Thái Thanh Bình Hà Nô ̣i - 2023 i LỜI CAM ĐOAN Tôi là Triệu Anh Tuấn, Nghiên cứu sinh (NCS) khóa 36, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội chuyên ngành Di truyền học, mã số: 9.21, xin cam đoan Luận án là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các nội dung, kết quả nghiên cứu phân tích, đánh giá do chính tôi thực hiện trên cơ sở các nguồn số liệu đã thu thập được. Các tài liệu tham khảo trong luận án là cơ sở lý luận để đánh giá tổng quan, so sánh, phân tích và thảo luận đã được trích dẫn đầy đủ và đúng theo quy định.

Nội dung và kết quả trong luận án đảm bảo độ tin cậy, tính khoa học, không trùng lặp và đã được NCS công bố một phần trên các tạp chí chuyên ngành uy tín trong và ngoài nước. Hà Nội , ngày 15 tháng 04 năm 2023 NGHIÊN CỨU SINH Triệu Anh Tuấn ii LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, cho phép nghiên cứu sinh xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc tới PGS. Nguyễn Xuân Viết và PGS. Thái Thanh Bình là những người hướng dẫn đã tận tình chỉ bảo và giúp đỡ nghiên cứu sinh trong suốt thời gian thực hiện đề tài luận án.

Nghiên cứu sinh xin cảm ơn Ban Lãnh đạo Trường cao đẳng kinh tế, kỹ thuật và Thủy sản và các anh, chị công tác tại phòng Công nghệ sinh học của nhà trường đã tạo mọi điều kiện trong suốt thời gian nghiên cứu thực hiện luận án. Xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, Ban chủ nhiệm khoa Sinh học, phòng Sau đại học và toàn thể các thầy cô đã tạo mọi điều kiện tốt nhất trong thời gian học tập tại nhà Trường. Xin cảm ơn Uỷ ban nhân dân tỉnh Phú Thọ, Trường Đại học Hùng Vương đã hỗ trợ kinh phí học tập, Phòng Khoa học và Công nghệ tạo điều kiện về thời gian để nghiên cứu sinh học tập và hoàn thành luận án. Xin được cảm ơn Giáo sư Christopher Austin cùng cộng sự tại Trung tâm Công nghệ Genomics, Trường Đại học tổng hợp Deakin, Geelong, Australia đã giúp đỡ NCS thực hiện đề tài luận án.

Xin cảm ơn Hội nông dân huyện Vân Đồn, ông Hà Văn Ninh và ông Nguyễn Hồng Quang đã hỗ trợ NCS trong quá trình khảo sát, thu mẫu, tiến hành thí nghiệm. NCS xin được cảm ơn gia đình, bạn bè, anh chị em đồng nghiệp đã động viên, khích lệ và sẵn sàng giúp đỡ trong suốt những tháng năm học tập và thực hiện luận án. Xin trân trọng cảm ơn! Hà Nội, ngày 15 tháng 4 năm 2023 NGHIÊN CỨU SINH Triệu Anh Tuấn iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN. ii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT.

vi DANH MỤC BẢNG. viii DANH MỤC HÌNH. Tính cấp thiết của đề tài. Mục tiêu nghiên cứu.

Nội dung nghiên cứu. Ý nghiã khoa học và thực tiễn của đề tài. Đối tượng, phạm vi giới hạn của luận án. Những đóng góp mới của luận án.

TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU. Giới thiệu chung về tu hài. Vị trí phân loại học. Phân bố tự nhiên.

Một số đặc điểm cấu tạo tu hài. Tình hình nuôi và khai thác tu hài. Nghiên cứu chọn giống theo hướng tăng trưởng. Chọn lọc dựa trên kiểu hình.

Chọn lọc theo kiểu gene. Chỉ thị phân tử và ứng dụng trong nghiên cứu nhuyễn thể hai mảnh vỏ. Chỉ thị phân tử. Chỉ thị phân tử ứng dụng trong nghiên cứu phân loại.

Chỉ thị phân tử ứng dụng trong nghiên cứuxây dựng mã vạch DNA ở một số loài. Chỉ thị SNP ứng dụng trong nghiên cứu ở các loài hai mảnh vỏ. Nghiên cứu giải trình tự hệ gene ở loài hai mảnh vỏ. Một số nghiên cứu di truyền phân tử ở tu hài.

32 iv CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Vật liệu nghiên cứu. Thời gian và địa điểm nghiên cứu.

Phương pháp nghiên cứu. Điều tra thành phần loài tu hài, hiện trạng nghề nuôi tu hài tại Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài. Phương pháp xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L. Phương pháp giải trình tự toàn bộ hệ gene tu hài L.

Phương pháp giải trình tự hệ gene phiên mã tu hài L. Phương pháp phát triển chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài. Phương pháp phân tích, xử lý dữ liệu. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN.

Thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên tại huyện Vân Đồn, hiện trạng và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh. Khảo sát thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên tại huyện Vân Đồn. Đánh giá hiện trạng và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn hiện nay. Xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L.

Khảo sát dữ liệu để xây dựng mã vạch DNA vùng gen 16S rRNA, COI của giống Lutraria trên hệ thống mã vạch quốc tế. Xây dựng cây phát sinh chủng loại cho các loài tu hài. Xây dựng mã vạch DNA để nhận dạng tu hài L. Giải trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã của tu hài L.

Tách chiết và tinh sạch DNA. Thiết lập thư viện và giải trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã tu hài. Ứơc lượng kích thước hệ gene tu hài. Lắp ráp hệ gene của tu hài L.

Ước lượng dị hợp tử, trình tự lặp lại và tìm kiếm đa hình. Lắp ráp hệ gene phiên mã. Dự đoán và chú thích hệ gene tu hài. So sánh đặc điểm hệ gene L.

rhynchaena với các loài hai mảnh vỏ. Sàng lọc, tuyển chọn và phát triển chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài. Giải trình tự ezRAD-Seq ở tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Xây dựng cơ sở dữ liệu, sàng lọc các SNP ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm.

Sàng lọc outlier loci ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Sàng lọc chỉ thị SNP tiềm năng ở tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Thiết kế mồi và nhân đoạn trình tự chứa chỉ thị SNP tiềm năng sàng lọc được ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. 93 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT.

96 CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI LUẬN ÁN. 98 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 1PL vi DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết Từ Tiếng Anh Nghĩa Tiếng Việt tắt BAC Bacterial artificial chromosome Nhiễm sắc thể vi khuẩn nhân tạo bp Base pair Cặp base BOLDS Barcode Of Life Data Systems Hệ thống cơ sở dữ liệu mã vạch sống BUSCO Benchmarking Universal Single- Bộ trình tự tham chiếu Copy Orthologs BWA Burrowr-Wheerler Alignment Tool Công cụ dóng hàng COI Cytochrome C Oxidase subunit I Vùng gene COI CS Cộng sự CSDL Data base Cơ sở dữ liệu CSIRO Commonwealth Scientific and Tổ chức nghiên cứu khoa học và Industrial Research Organisation công nghiệp khối thịnh vượng chung Dam DNA adenine methylase Enzyme metyl hóa Adenine DNA DNA Acid Deoxyribonucleic Axid Đêoxyribônucleic, DNA ĐVTM Động vật thân mềm EBV Estimated Breeding Value Giá trị chọn giống ước tính EST Expressed Sequence Tag Đoạn trình tự biểu hiện EzRAD Enzyme Restriction-site Associated DNA liên kết vị trí enzym cắt hạn DNA chế FAO Food and Agriculture Organization Tổ chức Nông lương thế giới GWS Genome Wide Selection Chọn lọc dựa trên toàn bộ hệ gen Hi-C High-throughput chromosome Chụp cấu trúc nhiễm sắc thể conformation capture thông lượng cao NCS Nghiên cứu sinh vii NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự thế hệ mới ONT Oxford Nanopore Technology Công nghệ đọc dài PB Pacific Biosciences Khoa học sinh học Thái Bình Dương PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp QTL Quantitative Trait Loci Locus tính trạng số lượng RAPD Randomly Amplified Polymorphism Đa hình DNA khuếch đại ngẫu DNA nhiên RNA Ribonucleic Acid Acid Ribonucleic RFLP Restriction Fragment Length Đa hình độ dài đoạn cắt hạn chế Polymorphism SAM Sequence Alignment/ Map Dóng hàng trình tự/ bản đồ SD Standard Deviation Độ lệch chuẩn SNP Single Nucleotide Polymorphism Đa hình nucleotic đơn SPB Sample Purification Beads Hạt tinh sạch mẫu TSLR TruSeq Synthetic Long Read Tổng hợp đọc dài bằng TruSeq WGS Whole Genome Sequencing Giải trình tự toàn bộ hệ gene viii DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Thành phần phản ứng PCR để khuếch đại thư viện EzRAD.

Thành phần loài tu hài phân bố tại huyện Vân Đồn. Hiện trạng nghề nuôi tu hài (L. rhynchaena) tại Vân Đồn năm 2019. Mã số truy cập và kích thước trình tự DNA gene 16S rRNA, COI của các loài trong giống Lutraria trên GenBank.

Mức độ tương đồng trình tự DNA vùng gene 16S rRNA của tu hài L. rhynchaena với trình tự DNA của các loài tu hài đã công bố trên GenBank (%). Mức độ tương đồng trình tự DNA vùng gene COI của tu hài L. rhynchaena với trình tự gene COI của các loài tu hài đã công bố trên GenBank (%).

Các vị trí sai khác nucleotide trên trình tự vùng gene 16S rRNA (437 bp) của 5 loài tu hài trong nghiên cứu. Các vị trí sai khác nucleotide trên trình tự vùng gene COI (615 bp) của 5 loài tu hài trong nghiên cứu. Kết quả giải trình tự toàn bộ hệ gene tu hài (L. Kết quả giải trình tự hệ gene phiên mã tu hài (L.

Kết quả lắp ráp và chú thích hệ gene tu hài. Giá trị chọn giống ước tính cho tính trạng tăng trưởng giữa hai nhóm tu hài. Tóm tắt kết quả xử lý giải trình tự. Thống kê SNP trong 12 gene liên quan tính trạng tăng trưởng ở tu hài.

Thông tin về SNP sau sàng lọc ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Kết quả xử lý dữ liệu trình tự dựa trên hệ gene tham chiếu (dDocent và Stacks) và contig của nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm. Số lượng biến dị phát hiện ở hai nhóm tu hài tăng trưởng nhanh, tăng trưởng chậm và kiểu biến dị phân tử .