Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Theo số liệu từ Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), gánh nặng bệnh tật do ung thư đang gia tăng trên phạm vi toàn cầu với hơn 14 triệu ca mắc mới mỗi năm và dự báo sẽ vượt mốc 21 triệu ca vào năm 2030, trong đó cứ 6 ca tử vong thì có 1 ca do ung thư. Thống kê của Tổ chức Ung thư Toàn cầu (GLOBOCAN) năm 2020 ghi nhận Việt Nam có 182.563 ca mắc mới và 122.690 ca tử vong do ung thư; tỷ suất mắc mới xếp thứ 91/185 và tỷ suất tử vong xếp thứ 50/185 (tăng bậc so với năm 2018 lần lượt là 99/185 và 56/185). Tính trên 100.000 dân, có 159 người được chẩn đoán mắc mới và 106 người tử vong vì ung thư. Các loại ung thư phổ biến nhất ở cả hai giới bao gồm ung thư gan, phổi, vú, dạ dày và đại trực tràng.

Thực trạng đáng lưu ý tại Việt Nam là có đến 80% bệnh nhân ung thư được chẩn đoán ở giai đoạn muộn, dẫn đến tiên lượng xấu và giảm hiệu quả điều trị. Dữ liệu y văn cho thấy tỷ lệ sống sau 5 năm khi phát hiện bệnh ở giai đoạn tại chỗ so với giai đoạn di căn xa chênh lệch rõ rệt: ung thư vú là 99% so với 29%, đại trực tràng là 91% so với 14%, phổi là 72% so với 7%, dạ dày là 70% so với 6%, và gan là 35% so với 3%. Việc phát hiện sớm giúp tăng tỷ lệ sống sau 5 năm lên gấp 4 lần.

Tuy nhiên, các phương pháp tầm soát truyền thống hiện nay còn bộc lộ nhiều điểm hạn chế:

  • Chụp X-quang, chụp cắt lớp vi tính (CT Scanner) gây phơi nhiễm tia X tích lũy và khó phát hiện tổn thương nhỏ ở vị trí phức tạp.
  • Chụp cộng hưởng từ (MRI) có chi phí cao, hạn chế trên bệnh nhân mang kim loại hoặc mắc hội chứng sợ không gian kín.
  • Nội soi dạ dày - đại trực tràng là thủ thuật xâm lấn, gây khó chịu và tiềm ẩn nguy cơ biến chứng thủng hoặc rách niêm mạc.
  • Xét nghiệm Pap smear có độ nhạy dao động từ 50–75% và phụ thuộc lớn vào người đọc mẫu; xét nghiệm PSA có tỷ lệ dương tính giả do phì đại lành tính hoặc viêm tuyến tiền liệt.
  • Sinh thiết mô truyền thống tuy là tiêu chuẩn vàng nhưng mang tính xâm lấn cao, nguy cơ chảy máu, nhiễm trùng và thường chỉ thực hiện được khi khối u đã hình thành rõ rệt.

Phương pháp sinh thiết lỏng (Liquid biopsy) dựa trên việc phân tích DNA tự do ngoại bào (cfDNA) và DNA khối u lưu hành (ctDNA) trong máu ngoại vi mở ra hướng tiếp cận không xâm lấn, cho phép phát hiện các biến đổi phân tử từ giai đoạn sớm. Dù vậy, các xét nghiệm ctDNA trên thế giới có chi phí rất cao, chưa phù hợp để triển khai đại trà tại Việt Nam.

Khóa luận được thực hiện nhằm giải quyết hai mục tiêu nghiên cứu cụ thể:

  1. Mô tả đặc điểm bệnh ung thư được phát hiện tại một số cơ sở y tế khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long bằng phương pháp sinh thiết lỏng.
  2. Đánh giá giá trị dự đoán dương tính của phương pháp sinh thiết lỏng SPOT-MAS.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng: Những trường hợp được chỉ định xét nghiệm sàng lọc ung thư bằng phương pháp sinh thiết lỏng, thỏa mãn các tiêu chuẩn chọn mẫu (không có tiền sử mắc hoặc nghi ngờ mắc ung thư, không truyền máu hoặc cấy ghép tủy xương trong 3 năm gần nhất) và đồng ý thực hiện các kỹ thuật chẩn đoán khẳng định khi có kết quả sinh thiết lỏng dương tính.
  • Phạm vi không gian: Các cơ sở y tế tại khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long (phối hợp cùng Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản và Công ty TNHH Gene Solutions Lab / GENECARE).
  • Phạm vi thời gian: Thu thập và theo dõi số liệu từ tháng 06/2022 đến tháng 05/2023.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết và công nghệ ứng dụng

Khóa luận vận dụng các nguyên lý sinh học phân tử về dấu ấn sinh học khối u lưu hành trong tuần hoàn ngoại vi:

  • cfDNA (Cell-free DNA): Các đoạn phân tử DNA ngoại bào tự do phóng thích vào máu từ quá trình chết tế bào tự nhiên, có kích thước trung bình khoảng 170 bp.
  • ctDNA (Circulating tumor DNA): Đoạn DNA ngoại bào có nguồn gốc từ tế bào khối u mang các đột biến sinh dưỡng (somatic mutations). Hàm lượng ctDNA chiếm tỷ lệ biến động từ tổng thể cfDNA, có thể xuống thấp dưới 0,01% (tần suất alen đột biến - VAF: Variant Allele Fraction).
  • Các kỹ thuật phân tích phân tử: Kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) kết hợp công nghệ Safe-SeqS (giảm thiểu sai số khuếch đại); các phương pháp PCR giọt kỹ thuật số (ddPCR) và BEAMing.
  • Phương pháp SPOT-MAS (Screening for Presence Of Tumor by Methylation And Size of cfDNA): Quy trình xét nghiệm sinh thiết lỏng đa phương thức phát triển tại Việt Nam, phân tích đồng thời 4 biến đổi đặc trưng của cfDNA từ một quy trình chuẩn bị thư viện duy nhất (xử lý bisulfite):
    1. Tình trạng siêu methyl hóa (hyper-methylation) tại 450 vùng mục tiêu liên quan đến các gen ức chế khối u.
    2. Cấu hình giảm methyl hóa (hypo-methylation) trên toàn bộ hệ gen khối u.
    3. Bất thường về số lượng bản sao đoạn nhiễm sắc thể (CNA) và biến đổi cấu trúc NST.
    4. Phân bố kích thước đặc trưng của các đoạn phân tử cfDNA do khối u phóng thích.

Phương pháp nghiên cứu

  • Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang kết hợp hồi cứu và tiến cứu.
  • Cỡ mẫu và phương pháp chọn mẫu: Cỡ mẫu tính theo công thức ước lượng một tỷ lệ trong quần thể, sử dụng hệ số thiết kế $DE = 1,5$ (do chọn mẫu cụm các cơ sở y tế) và dự phòng 10% mất mẫu, xác định cỡ mẫu lý thuyết là 2.782 đối tượng. Thực tế nghiên cứu đã thu thập được 2.795 bệnh nhân thông qua phương pháp chọn mẫu cụm ngẫu nhiên.
  • Quy trình thu thập và phân tích mẫu:
    • Bước 1: Thu thập mẫu máu: Lấy 10 mL máu tĩnh mạch vào ống chuyên dụng Streck Cell-Free DNA BCT, bảo quản và vận chuyển ở nhiệt độ phòng về phòng xét nghiệm trung tâm trong vòng 5 ngày (trung bình 2 ngày). Loại bỏ các mẫu có chỉ số tán huyết (Hb) $> 100$.
    • Bước 2: Tách chiết cfDNA: Mẫu máu được ly tâm hai lần ($1.600 \times g$ trong 10 phút ở 4°C và $16.000 \times g$ trong 10 phút ở 4°C) để tách huyết tương và bảo quản ở $-80^\circ\text{C}$. Tách chiết cfDNA bằng bộ hóa chất MagMAX Cell-Free DNA Isolation Kit trên máy tự động KingFisher Flex Magnetic 96DW (Thermo Fisher). Đo nồng độ cfDNA bằng hệ thống QuantiFluor dsDNA System (Promega).
    • Bước 3: Thực hiện thử nghiệm SPOT-MAS: Phân tích mẫu cfDNA, đánh giá tín hiệu ctDNA, phân loại kết quả dương tính/âm tính và dự đoán nguồn gốc cơ quan của khối u.
    • Chẩn đoán khẳng định: Các trường hợp ctDNA dương tính được thực hiện các kỹ thuật cận lâm sàng chuyên sâu (CT Scanner, MRI, nội soi dạ dày/đại tràng, giải phẫu bệnh/sinh thiết mô) để chẩn đoán xác định.
  • Phương pháp xử lý số liệu: Nhập liệu và phân tích bằng phần mềm Microsoft Excel và IBM SPSS 22.0.
    • Biến định tính trình bày dưới dạng tần số và tỷ lệ phần trăm (%).
    • Biến định lượng phân phối chuẩn trình bày bằng giá trị trung bình $\pm$ độ lệch chuẩn; biến định lượng không phân phối chuẩn mô tả bằng trung vị (Median), khoảng tứ phân vị (IQR) và khoảng giá trị (Range).
    • Kiểm định mối liên quan giữa các biến định tính bằng kiểm định Chi-bình phương ($\chi^2$).
    • So sánh sự khác biệt trung vị giữa các nhóm bằng kiểm định phi tham số Mann-Whitney U test. Ngưỡng ý nghĩa thống kê được xác định khi $p < 0,05$.

Nội dung chính theo từng chương

Đặt vấn đề và Tổng quan tài liệu

Phần mở đầu hệ thống hóa tình hình dịch tễ học ung thư tại Việt Nam và trên thế giới, nhấn mạnh sự gia tăng của các loại ung thư đường tiêu hóa, gan, phổi và vú. Tác giả phân tích các yếu tố nguy cơ chính tại Việt Nam gồm già hóa dân số (tuổi thọ trung bình đạt 73,6 tuổi), mức độ gia tăng dân số (xấp xỉ 97,8 triệu người), hành vi hút thuốc lá (chiếm 30% nguyên nhân gây ung thư chung và 90% ung thư phổi), lạm dụng rượu bia, chế độ ăn uống nhiều chất béo động vật/thực phẩm chế biến sẵn (chiếm 35% nguy cơ), tình trạng ít vận động và ô nhiễm môi trường.

Về mặt công nghệ, tác giả tổng quan các phương pháp sinh thiết lỏng quốc tế như CANCERSEEK (16 gen và 8 dấu ấn protein), PANSEER (595 vùng methyl hóa), DELFI (đánh giá kích thước đoạn DNA) và GALLERI/GRAIL (sàng lọc hơn 50 loại ung thư dựa trên 100.000 vùng trình tự methyl hóa). Đồng thời, tác giả đối chiếu với các công trình nghiên cứu sinh thiết lỏng trong nước:

  • Nghiên cứu của Nguyễn Trọng Hiếu (2022) về quy trình SPOT-MAS trên 285 bệnh nhân ung thư giai đoạn I–IIIa và 222 người khỏe mạnh (đạt độ nhạy 73,9%, độ đặc hiệu 95,9%, giá trị tiên đoán dương 95,4% trên 4 loại ung thư gan, phổi, vú, đại trực tràng).
  • Nghiên cứu của Nguyễn Hưng Long và cộng sự (2020) khảo sát đột biến gen EGFR trên 60 bệnh nhân ung thư phổi kháng Erlotinib (phát hiện 56,7% có đột biến, trong đó đột biến T790M chiếm 22,5%).
  • Nghiên cứu của Nguyễn Hoàng Vân Anh và cộng sự (2021) trên 64 bệnh nhân phẫu thuật ung thư vú, đại trực tràng, dạ dày, gan nhằm theo dõi tồn dư khối u sau mổ bằng ctDNA cá thể hóa.
  • Nghiên cứu của Đặng Huỳnh Anh Thư (2021) trên 55 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ (đạt độ nhạy 86,2%, độ đặc hiệu 94,6% trong phát hiện đột biến EGFR qua ctDNA).
  • Nghiên cứu của Hà Hữu Hoàng Hải (2023) trên 31 bệnh nhân ung thư phổi kháng EGFR-TKIs thế hệ 1 (tỷ lệ mang đột biến EGFR-T790M phát hiện bằng sinh thiết lỏng là 35,5%).

Chương II: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu

Chương II mô tả chi tiết thiết kế nghiên cứu mô tả hồi cứu kết hợp tiến cứu trên cỡ mẫu 2.795 bệnh nhân. Văn bản thiết lập cụ thể tiêu chuẩn lựa chọn, tiêu chuẩn loại trừ (loại 5 mẫu có chỉ số tán huyết $> 100$), cùng sơ đồ thu thập và xử lý mẫu bệnh phẩm theo 3 bước chuẩn hóa từ thu thập máu bằng ống Streck BCT, ly tâm kép, tách chiết cfDNA bằng KingFisher Flex, đo nồng độ bằng QuantiFluor dsDNA và phân tích đa biến dấu ấn sinh học SPOT-MAS. Tác giả cũng trình bày hệ thống công thức tính độ nhạy (Se), độ đặc hiệu (Sp), giá trị tiên đoán dương (PPV) và giá trị tiên đoán âm (NPV), cũng như các nguyên tắc chấp thuận đạo đức nghiên cứu y sinh học đã được Hội đồng khoa học Trường Đại học Võ Trường Toản thông qua.

Chương III: Kết quả nghiên cứu

Chương kết quả thể hiện các dữ liệu thực nghiệm qua hệ thống bảng biểu và biểu đồ thống kê:

1. Đặc điểm nhân khẩu học và lâm sàng của quần thể nghiên cứu ($n = 2.795$)

  • Giới tính: Nữ giới chiếm 58% ($n = 1.615$), nam giới chiếm 42% ($n = 1.180$).
  • Độ tuổi: Trung vị là 51 tuổi (dao động từ 40 đến 88 tuổi); nhóm $\le 50$ tuổi chiếm 51,09% ($n = 1.428$), nhóm $> 50$ tuổi chiếm 48,91% ($n = 1.367$).
  • Hành vi nguy cơ: Tỷ lệ hút thuốc lá là 14,1% ($n = 385/2.725$); tỷ lệ sử dụng rượu bia thường xuyên là 19,8% ($n = 540/2.725$).
  • Tiền sử bệnh lý và di truyền: Tỷ lệ nhiễm viêm gan siêu vi B là 6,0% ($n = 151/2.520$ người xét nghiệm); viêm gan siêu vi C là 0,68% ($n = 17/2.582$ người xét nghiệm). Tỷ lệ tiền sử gia đình có người thân mắc $\ge 2$ loại ung thư là 2,6% ($n = 70/2.692$).
  • Xét nghiệm gen: Trong 1.218 bệnh nhân đủ điều kiện làm xét nghiệm chuyên sâu, ghi nhận 21 trường hợp mang đột biến di truyền ung thư (1,72%); trong nhóm 21 người này có 10 trường hợp đồng thời có ctDNA dương tính (47,62%).

2. Khảo sát phân bố nồng độ cfDNA trong huyết tương

Yếu tố phân tích Phân nhóm Số lượng ($n$) Trung vị cfDNA (ng/mL) Khoảng tứ phân vị (IQR) Khoảng giá trị (Range) Giá trị $p$ (Mann-Whitney U)
Tổng thể mẫu Toàn bộ đối tượng 2.795 3,6 2,4 – 5,7 0,6 – 52,9 —
Nhóm tuổi $\le 50$ tuổi 1.428 3,3 2,4 – 4,5 0,6 – 39,0 $p < 0,001$
$> 50$ tuổi 1.367 3,9 2,7 – 5,7 0,6 – 52,9
Giới tính Nam 1.180 3,3 2,4 – 4,8 0,6 – 51,9 $p < 0,001$
Nữ 1.615 3,9 2,7 – 5,4 1,2 – 39,0
Hút thuốc lá Có hút thuốc 385 3,9 2,7 – 5,4 1,2 – 22,5 $p < 0,001$
Không hút thuốc 2.410 3,6 2,4 – 5,1 0,6 – 51,9
Sử dụng rượu bia Có sử dụng 539 3,9 2,7 – 5,4 1,2 – 22,5 $p = 0,08$ (không có ý nghĩa)
Không sử dụng 2.256 3,6 2,4 – 5,1 0,6 – 52,9
Viêm gan B / C Có nhiễm 404 3,9 3,0 – 5,4 1,2 – 24,6 $p < 0,001$
Không nhiễm 2.391 3,6 2,4 – 5,1 0,6 – 51,9
Yếu tố nguy cơ cao Có nguy cơ cao 887 3,9 3,0 – 5,4 0,6 – 51,9 $p < 0,001$
Không có nguy cơ 1.908 3,6 2,4 – 4,8 0,6 – 39,0

Ghi chú thêm: Nhóm đối tượng nữ giới dưới 51 tuổi có nồng độ cfDNA trung vị thấp nhất trong toàn bộ nghiên cứu, đạt 3,0 ng/mL (IQR: 2,1 – 4,2).

3. Kết quả phát hiện ctDNA và đối chiếu chẩn đoán xác định

Chỉ số khảo sát Số lượng ($n$) Tỷ lệ (%)
Tổng số đối tượng có kết quả theo dõi hoàn chỉnh 2.792 100,0%
- ctDNA dương tính (+) 10 0,36%
- ctDNA âm tính (-) 2.782 96,64%
Kết quả chẩn đoán khẳng định trên nhóm ctDNA(+) ($n=10$)
- Ung thư xác định (Dương tính thật) 6 60,0%
- Không ung thư (Dương tính giả) 4 40,0%
Giá trị tiên đoán dương (PPV) — 60,0%

4. Đặc điểm lâm sàng của nhóm bệnh nhân ctDNA(+) ($n = 10$)

  • Giới tính: Nam giới chiếm 30% ($n = 3$), nữ giới chiếm 70% ($n = 7$).
  • Độ tuổi: Nhóm tuổi $\le 50$ có 1 ca (10%), nhóm $> 50$ tuổi có 9 ca (90%). Tuổi trung bình là $60,5 \pm 6,8$ tuổi (nhỏ nhất 46 tuổi, lớn nhất 67 tuổi).
  • Bệnh kèm theo: Ghi nhận 6 ca có bệnh nền phối hợp (chiếm 60%), bao gồm: đái tháo đường type 2, đau vùng thượng vị, viêm dạ dày, tăng huyết áp, nhiễm Echinococcus và đau dây thần kinh liên sườn; 4 ca không có bệnh kèm theo (40%).

Chương IV: Bàn luận

Chương IV phân tích sâu về mối tương quan giữa nồng độ cfDNA huyết tương với các yếu tố nhân khẩu học và bệnh lý. Tác giả chỉ ra rằng nồng độ cfDNA tăng cao có ý nghĩa thống kê ở nhóm bệnh nhân lớn tuổi ($> 50$ tuổi), nhóm có tiền sử hút thuốc lá, nhiễm virus viêm gan B/C và mang các yếu tố nguy cơ ung thư cao ($p < 0,001$). Về giá trị tầm soát, tỷ lệ phát hiện ctDNA dương tính trong quần thể sàng lọc là 0,36% ($10/2.792$), đạt giá trị tiên đoán dương PPV là 60% khi đối chiếu với các phương pháp chẩn đoán hình ảnh và mô bệnh học xác định. Tác giả đối chiếu kết quả này với các thử nghiệm quốc tế lớn (như DETECT-A đạt PPV 28,3%, PATHFINDER đạt PPV 43,1%) để khẳng định tiềm năng ứng dụng thực tiễn của quy trình SPOT-MAS tại các cơ sở y tế tuyến khu vực.

Kết quả và đóng góp

Kết quả định lượng chính

  • Khảo sát trên quần thể thực tế gồm 2.795 đối tượng tại khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long, xác định nồng độ cfDNA huyết tương nền tảng có trung vị là 3,6 ng/mL (IQR: 2,4 – 5,7; range: 0,6 – 52,9 ng/mL).
  • Xác lập mối liên quan có ý nghĩa thống kê giữa nồng độ cfDNA tăng cao với các biến số: tuổi $> 50$ (trung vị 3,9 vs 3,3 ng/mL; $p < 0,001$), giới tính nữ (3,9 vs 3,3 ng/mL; $p < 0,001$), hút thuốc lá (3,9 vs 3,6 ng/mL; $p < 0,001$), nhiễm viêm gan B/C (3,9 vs 3,6 ng/mL; $p < 0,001$) và nhóm mang yếu tố nguy cơ cao (3,9 vs 3,6 ng/mL; $p < 0,001$). Biến số thói quen sử dụng rượu bia chưa ghi nhận sự khác biệt có ý nghĩa thống kê về nồng độ cfDNA ($p = 0,08$).
  • Trong 2.792 đối tượng có dữ liệu theo dõi lâm sàng đầy đủ, phương pháp phát hiện 10 trường hợp có ctDNA dương tính (tỷ lệ 0,36%). Chẩn đoán xác định khẳng định 6 ca mắc ung thư và 4 ca không ung thư, tương ứng giá trị tiên đoán dương (PPV) đạt 60,0%.
  • 90% số ca ctDNA dương tính tập trung ở nhóm bệnh nhân trên 50 tuổi (tuổi trung bình $60,5 \pm 6,8$) và 70% là nữ giới.

Đóng góp của đề tài

  • Cung cấp bộ dữ liệu thực chứng quy mô lớn ($n = 2.795$) về nồng độ cfDNA và tỷ lệ phát hiện ctDNA trong cộng đồng sàng lọc tại khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long.
  • Xác thực giá trị lâm sàng và hiệu quả sàng lọc phát hiện sớm của công nghệ sinh thiết lỏng đa phương thức SPOT-MAS trong điều kiện cơ sở y tế thực tế tại Việt Nam, đóng góp cơ sở dữ liệu đối chứng với các nghiên cứu tầm soát ung thư trên thế giới.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế được ghi nhận từ phạm vi nghiên cứu

  • Số lượng trường hợp phát hiện ctDNA dương tính và xác định ung thư thực tế còn nhỏ ($n = 10$ ca ctDNA dương tính, 6 ca ung thư xác định), phản ánh đặc tính của một nghiên cứu sàng lọc trên quần thể nguy cơ hỗn hợp trong thời gian 1 năm.
  • Tỷ lệ đối tượng thực hiện đầy đủ gói xét nghiệm gen chuyên sâu SPOT-MAS mới đạt 43,58% ($1.218/2.795$), do rào cản chi phí và điều kiện tiếp cận xét nghiệm kỹ thuật cao của người dân tại địa bàn.
  • Thời gian theo dõi dọc (1 năm) chưa đủ dài để đánh giá toàn diện diễn tiến của 4 trường hợp có ctDNA dương tính nhưng chưa phát hiện khối u trên chẩn đoán hình ảnh tại thời điểm sàng lọc ban đầu (các ca dương tính giả tiềm ẩn nguy cơ xuất hiện khối u muộn).

Hướng nghiên cứu tiếp theo

  • Thiết lập chương trình theo dõi dọc dài hạn (longitudinal cohort) đối với nhóm đối tượng có nồng độ cfDNA tăng cao bất thường hoặc có tín hiệu ctDNA dương tính nhưng kết quả chẩn đoán hình ảnh bước đầu chưa ghi nhận khối u.
  • Mở rộng phạm vi nghiên cứu đa trung tâm với cỡ mẫu lớn hơn tại nhiều tỉnh thành nhằm nâng cao tính đại diện dịch tễ.
  • Đánh giá sâu hơn về năng lực phân loại và định vị cơ quan khởi phát khối u (Tissue-of-Origin) của phương pháp sinh thiết lỏng khi áp dụng trên các nhóm ung thư biểu mô cụ thể.

Giá trị tham khảo

Tài liệu khóa luận có giá trị tham khảo chuyên môn đối với các nhóm đối tượng:

  • Bác sĩ lâm sàng đa khoa và chuyên khoa Ung bướu: Tham khảo số liệu dịch tễ học sàng lọc, giá trị tiên đoán dương (PPV) của sinh thiết lỏng và quy trình phối hợp giữa xét nghiệm phân tử với chẩn đoán hình ảnh/giải phẫu bệnh trong tiếp cận phát hiện sớm ung thư.
  • Học viên, sinh viên ngành Y khoa và Y học dự phòng: Nắm bắt phương pháp thiết kế nghiên cứu dịch tễ học mô tả cắt ngang trên quy mô lớn, kỹ năng xử lý biến số cận lâm sàng phân phối không chuẩn bằng các phép kiểm định phi tham số (Mann-Whitney U test).
  • Cán bộ kỹ thuật và nghiên cứu viên Sinh học phân tử / Di truyền y học: Tham khảo quy trình chuẩn hóa từ khâu lấy mẫu máu tĩnh mạch bằng ống Streck BCT, ly tâm phân đoạn, tách chiết tự động MagMAX trên KingFisher Flex, định lượng nồng độ cfDNA bằng QuantiFluor dsDNA và các nguyên lý phân tích đa dấu ấn phân tử SPOT-MAS.

Các phần đáng tham khảo trực tiếp trong văn bản:

  • Quy trình kỹ thuật thu thập, xử lý và bảo quản mẫu sinh thiết lỏng tại mục 2.3.1.
  • Bảng tổng hợp đối chiếu nồng độ cfDNA theo từng phân nhóm dịch tễ và nguy cơ bệnh lý tại Chương III.

Câu hỏi thường gặp

1. Phương pháp sinh thiết lỏng SPOT-MAS sử dụng trong nghiên cứu phân tích đồng thời những dấu ấn sinh học nào?

Phương pháp SPOT-MAS phân tích đồng thời 4 dấu ấn phân tử đặc trưng trên cfDNA từ một quy trình xử lý bisulfite duy nhất:

  1. Sự siêu methyl hóa tại 450 vùng mục tiêu của các gen liên quan đến quá trình ức chế/tăng trưởng khối u.
  2. Cấu hình giảm methyl hóa trên toàn bộ hệ gen khối u.
  3. Biến đổi về số lượng bản sao đoạn nhiễm sắc thể (CNA) và bất thường cấu trúc NST.
  4. Phân bố chiều dài đoạn phân tử cfDNA do tế bào khối u giải phóng vào máu.

2. Nồng độ cfDNA huyết tương có mối liên quan như thế nào với các đặc điểm của đối tượng nghiên cứu?

Nồng độ cfDNA trung vị chung của mẫu nghiên cứu là 3,6 ng/mL. Nồng độ này tăng cao có ý nghĩa thống kê ($p < 0,001$) ở các nhóm:

  • Nhóm tuổi $> 50$ tuổi (3,9 ng/mL) so với nhóm $\le 50$ tuổi (3,3 ng/mL).
  • Nhóm nữ giới (3,9 ng/mL) so với nam giới (3,3 ng/mL).
  • Nhóm có tiền sử hút thuốc lá (3,9 ng/mL) so với không hút thuốc (3,6 ng/mL).
  • Nhóm nhiễm virus viêm gan B hoặc C (3,9 ng/mL) so với không nhiễm (3,6 ng/mL).
  • Nhóm mang yếu tố nguy cơ cao (3,9 ng/mL) so với không có yếu tố nguy cơ (3,6 ng/mL). Riêng yếu tố sử dụng rượu bia ghi nhận nồng độ cfDNA ở nhóm có uống là 3,9 ng/mL và không uống là 3,6 ng/mL, nhưng sự khác biệt chưa đạt ý nghĩa thống kê ($p = 0,08$).

3. Tỷ lệ phát hiện ctDNA dương tính và giá trị tiên đoán dương (PPV) của phương pháp sinh thiết lỏng trong đề tài đạt bao nhiêu?

Trong tổng số 2.792 bệnh nhân có kết quả theo dõi chẩn đoán hoàn chỉnh, xét nghiệm phát hiện 10 trường hợp có ctDNA dương tính, chiếm tỷ lệ 0,36%. Khi tiến hành chẩn đoán khẳng định chuyên sâu, có 6 trường hợp được xác định mắc ung thư (dương tính thật) và 4 trường hợp không mắc ung thư (dương tính giả), tương ứng giá trị tiên đoán dương tính (PPV) của phương pháp đạt 60,0%.

4. Bệnh nhân có kết quả ctDNA dương tính trong nghiên cứu có những đặc điểm lâm sàng nào nổi bật?

Trong 10 trường hợp ctDNA dương tính:

  • Về giới tính: 70% là nữ giới ($n = 7$) và 30% là nam giới ($n = 3$).
  • Về độ tuổi: 90% thuộc nhóm trên 50 tuổi ($n = 9$), tuổi trung bình là $60,5 \pm 6,8$ tuổi (từ 46 đến 67 tuổi).
  • Về bệnh kèm theo: 60% trường hợp có bệnh nền phối hợp ($n = 6$), bao gồm đái tháo đường type 2, đau thượng vị, viêm dạ dày, tăng huyết áp, nhiễm ký sinh trùng Echinococcus và đau dây thần kinh liên sườn.

5. Tiêu chuẩn kỹ thuật thu thập và xử lý mẫu máu sinh thiết lỏng được khóa luận quy định như thế nào?

Mẫu máu ngoại vi (10 mL) được lấy vào ống chuyên dụng Streck Cell-Free DNA BCT và vận chuyển ở nhiệt độ phòng về phòng xét nghiệm trong vòng tối đa 5 ngày (trung bình 2 ngày). Các mẫu có chỉ số tán huyết (Hb) $> 100$ bị loại bỏ. Quá trình xử lý tách chiết huyết tương thực hiện qua hai lần ly tâm ($1.600 \times g$ trong 10 phút ở 4°C và $16.000 \times g$ trong 10 phút ở 4°C), tách chiết cfDNA bằng kit MagMAX trên hệ thống KingFisher Flex Magnetic 96DW và định lượng bằng hệ thống QuantiFluor dsDNA.

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Trần Ngọc Trang đã tiến hành khảo sát thực chứng trên 2.795 đối tượng tại khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long nhằm đánh giá đặc điểm dịch tễ và nồng độ cfDNA huyết tương trong mối tương quan với các yếu tố nguy cơ ung thư. Nghiên cứu đã xác định nồng độ cfDNA huyết tương tăng cao rõ rệt ở nhóm người cao tuổi, nữ giới, người hút thuốc lá và người có tiền sử nhiễm viêm gan siêu vi B/C. Với tỷ lệ phát hiện ctDNA dương tính đạt 0,36% và giá trị tiên đoán dương tính PPV đạt 60,0% trên nhóm theo dõi chẩn đoán xác định, công trình đã minh chứng tính khả thi và tiềm năng hỗ trợ phát hiện sớm ung thư của công nghệ sinh thiết lỏng đa phương thức SPOT-MAS trong thực hành y tế tại Việt Nam.