mở đầu của thời kỳ đồ đá mới, khoảng 10.000 năm TCN, tại phần còn lại của thế giới. Các công cụ thời kỳ đồ đá cũ Nhật Bản do đó thể hiện những đặc điểm tiêu biểu của thời kỳ đồ đá giữa và thời kỳ đồ đá mới từ những năm 30.2 Thời kỳ Jomon Thời kỳ Jomon đặt theo tên hiện vật khảo cổ là thứ đồ gốm có trang trí hình xoắn thừng. Vào khoảng thời gian cách đây hơn 10.000 năm lãnh thổ Nhật Bản và đất liền nối nhau ở phía nam qua Hàn Quốc và phía bắc qua Hokkaidō và Sakhalin, tạo thành một biển nội địa ở giữa. Những khu định cư ổn định xuất hiện vào khoảng năm 10.000 TCN tương ứng với nền văn hóa đồ đá giữa hoặc, theo một số tranh cãi, văn hóa đồ đá mới, nhưng mang những đặc điểm của cả hai nền văn hóa đó.
Những tổ tiên xa của tộc người Ainu của Nhật Bản hiện đại, những thành viên đa dạng của nền văn hóa Jōmon (10.000 – 300 TCN) để lại những di chỉ khảo cổ rõ ràng nhất. Nhiều di tích khai quật được trong giai đoạn này cho thấy thời kỳ đầu và trung kỳ Jōmon đã diễn ra một sự bùng nổ về dân số. Hai thời kỳ này tương ứng với thời tiền sử Holocene Climatic Optimum (từ 4000 đến 2000 TCN) khi nhiệt độ cao hơn bây giờ vài độ C và mực nước biển cao hơn từ 2 đến 3 mét. Những di chỉ đồ gốm mang tính nghệ thuật cao, như các bình gốm nung lửa có trang trí, được tìm thấy trong gian đoạn này.
Vào cuối thời Jōmon, theo nghiên cứu khảo cổ học, một thay đổi quan trọng đã diễn ra. Các hình thức nông nghiệp sơ khai đã phát triển thành việc canh tác trên các ruộng lúa và xuất hiện sự kiểm soát của chính quyền. Rất nhiều nhân tố văn hóa Nhật Bản có thể khởi nguồn từ thời kỳ này và phản ánh lại những cuộc di cư từ phía nam lục địa châu Á và phía nam Thái Bình Dương. Trong những nhân tố này có các truyền thuyết về Thần đạo, các tục lệ hôn nhân, các phong cách kiến trúc và những phát triển về kỹ thuật như đồ sơn mài, những cây cung được kéo mỏng, kỹ thuật chế tác đồ kim loại và đồ thủy tinh.3 Thời kỳ Yayoi Yayoi được coi là thời kỳ mà xã hội nông nghiệp thể hiện đầy đủ những đặc điểm trọn vẹn của nó lần đầu tiên ở quần đảo Nhật Bản.
Lúa được trồng ở những vùng đầm lầy đất phù sa, kê, lúa mạch và lúa mì được trồng ở những vùng đất cao hơn. Nông cụ, vũ khí bằng đồng, thiếc và sắt đã được mang tới từ lục địa châu Á và được sử dụng phổ biến. Những người Yayoi đầu tiên có thể đã xuất hiện ở miền bắc Kyūshū và sau đó chuyển lên hòn đảo lớn nhất Nhật Bản Honshū, nơi họ nhanh chóng thay thế người thời kỳ Jōmon bản địa. Người Yayoi cũng chế tác ra những chiếc chuông dùng cho nghi lễ, gương và vũ khí bằng đồng.
Vào thế kỷ I, họ bắt đầu sử dụng các công cụ nông nghiệp và vũ khí bằng sắt. Khi dân số người Yayoi tăng lên, xã hội của họ trở nên phức tạp hơn. Họ dệt len, sống định cư trong những ngôi làng làm nông nghiệp, xây dựng các kiến trúc bằng đá và gỗ, bắt đầu xuất hiện những người giàu có sở hữu nhiều đất và tích trưc được nhiều lương thực dẫn đến việc phân chia ra các đẳng cấp xã hội khác nhau. Sự phát triển này có thể bắt nguồn từ nền văn hóa làm thủy lợi và trồng lúa nước ở lưu vực sông Dương Tử miền nam Trung Quốc.
Xã hội Yayoi dần phát triển thành một xã hội với sự thống trị của tầng lớp quý tộc quân đội và những lãnh địa được tổ chức theo mô hình gia tộc, đặc điểm nổi bật của thời Kofun sau đó. Thời kỳ Asuka Thời kỳ Asuka kéo dài từ năm 538 đến năm 710, mặc dù giai đoạn khởi đầu của thời kỳ này có thể trùng với giai đoạn cuối của thời kỳ Kofun. Quốc gia Yamato, ra đời trong thời kỳ Kofun, phát triển rất nhanh trong thời kỳ Asuka. Nhiều cung điện hoàng gia được xây dựng trong vùng ở thời kỳ này.
Thời kỳ Asuka được biết đến với những thay đổi quan trọng về nghệ thuật, xã hội và chính trị. Những thay đổi này có nguồn gốc vào cuối thời Kofun, nhưng chịu nhiều ảnh hưởng của sự xuất hiện của đạo Phật ở Nhật Bản. Phật giáo xuất hiện đánh dấu một thay đổi lớn trong xã hội Nhật Bản. Thời kỳ Asuka còn được phân biệt với các thời kỳ khác bởi sự thay đổi tên của quốc gia từ Oa quốc Yamato thành Nhật Bản phục hồi quyền lực của vương quốc Đại Hòa.
Các cố gắng đầu tiên để tạo nên hiến pháp và một hệ thống giai cấp chính thức. Thánh Đức Thái Tử quảng bá cho đạo Phật.4 Thời kì Nara Đây là thời định đô dầu tiên của Thiên hoàng. Kinh đô Nara được xây dựng theo kiểu mẫu Trường An nhà Đường. chịu ảnh hưởng rất lớn của văn hóa Trung Quốc.
Phật giáo trở thành quốc giáo. 710 kinh đô Nara được khởi công xây dựng có tên là Heijokyo. 712 sử thi Kojiki được viết bằng tiếng Nhật. 718 sử thư Nihonshoki (Nhật Bản thư kỉ) hay Nihongi (Nhật Bản kỉ) được viết bằng Hán văn.
Khoảng 760 bộ Manyoshu (Vạn diệp tập) hợp tuyển thơ ca 4500 bài, viết bằng chữ Nhật gọi là Manyogana (Vạn diệp giả danh). 784 kinh đô dời sang Nagaoka. Thời kì Heian Đây là thời đại quý tộc, công gia. Quyền lực từ Thiên hoàng chuyển dần sang dòng họ Fujiwara.
Thật sự từ năm 898 có thể gọi là thời kì Fujiwara. Các tư tưởng, nghệ thuật từ Trung Quốc du nhập vào Nhật Bản dần dần được Nhật Bản hoá. Sự phát triển của chữ viết Kana tạo thuận lợi nền văn học Nhật Bản thực sự.5 Thời Kamakura Thời kỳ Kamakura là một thời kỳ trong lịch sử Nhật Bản đánh dấu sự thống trị của Mạc phủ Kamakura, chính thức thiết lập năm vào 1192 bởi shogun Kamakura đầu tiên , đánh dấu sự chuyển dịch sang nền kinh tế dựa trên đất đai và sự tập trung kỹ thuật quân sự hiện đại vào tay tầng lớp võ sĩ. Các lãnh chúa yêu cầu sự phục vụ trung thành của các chư hầu, đổi lại họ được ban thưởng thái ấp.
Chủ thái ấp áp dụng các luật lệ quân sự địa phương. Bất chấp khởi đầu mạnh mẽ, Yoritomo không thể củng cố quyền lãnh đạo của gia tộc mình một cách lâu dài. Sự bất đồng trong nội bộ gia tộc đã từ lâu tồn tại trong gia tộc Minamoto, mặc dù Yoritomo đã tiêu diệt những kẻ thách thức chính với quyền lực của mình. Khi ông đột ngột qua đời năm 1199, con trai ông Minamoto no Yoriie trở thành Shogun và người đứng đầu trên danh nghĩa của nhà Minamoto, nhưng Yoriie không thể kiểm soát được các gia tộc chiến binh ở phía Đông.
Cho đến đầu thế kỷ 13, một Nhiếp chính được bổ nhiệm cho Shogun, đó là Hōjō Tokimasa—một thành viên của gia tộc Hōjō, một nhánh của gia tộc Taira đã tự mình liên minh với gia tộc Minamoto năm 1180. Người đứng đầu gia tộc Hōjō được lập làm nhiếp chính cho Shogun trong thời này được gọi là Shikken, mặc dù sau đó những vị trí được tạo ra với quyền lực tương tự như Tokuso và Rensho. Thường thì Shikken cũng là Tokuso và Rensho. Dưới thời Hōjō, Shogun trở thành một bù nhìn không còn quyền lực.
Vài thành tựu về hành chính quan trọng đạt được dưới thời nhiếp chính Hōjō. Năm 1225, nhiếp chính thứ 3 Hōjō Yasutoki thành lập Hội đồng Quốc gia, trao cơ hội cho các lãnh chúa quân sự khác thực hiện quyền tư pháp và lập pháp tại Kamakura. Nhiếp chính Hōjō chủ trì hội đồng, một hình thức cùng lãnh đạo thành công. Việc áp dụng bộ luật quân sự đầu tiên của Nhật Bản — Goseibai Shikimoku—năm 1232 phản ánh sự chuyển dịch về bản chất từ triều đình sang xã hội quân sự hóa.
Trong khi việc thực thi pháp luật tại Kyoto vẫn dựa trên các nguyên tác Nho giáo 500 năm tuổi, bộ luật mới là các văn bản bắt buộc thi hành cao, nhấn mạnh vào nhiệm vụ của những người quản lý về dân sự và quân sự, đưa ra phương tiện để giải quyết các tranh chấp đất đai, và thành lập các quy tắc về quyền thừa kế. Nó súc tích và rõ ràng, quy định việc trừng phạt người vi phạm, và vẫn có hiệu lực trong vòng 635 năm sau.6 Thời Muromachi (1333 – 1603) Thời Muromachi là một bộ phận của lịch sử Nhật Bản hoạt động từ khoảng năm 1336 đến 1573. Thời kỳ đánh dấu sự cai trị của Mạc phủ Muromachi hoặc Ashikaga được chính thức thành lập năm 1338 bởi Shogun Muromachi đầu tiên, Ashikaga Takauji, hai năm sau khi ngắn gọn tân chính kemmu (1333-1336) cai trị đế quốc đã được đưa đến một gần. Thời kỳ kết thúc vào năm 1573 khi vị tướng quân thứ 15 và cuối cùng của dòng này, Ashikaga Yoshiaki, bị Oda Nobunaga đuổi ra khỏi thủ đô ở Kyoto.
Từ góc độ văn hóa, thời kỳ này có thể được chia thành thời kỳ Kitayama và Higashiyama (sau thế kỷ 15 - đầu thế kỷ 16). Những năm đầu từ 1336 đến 1392 của thời Muromachi được gọi là thời kỳ Nanboku-chō hoặc Bắc và Nam. Thời kỳ này được đánh dấu bằng sự kháng cự liên tục của những người ủng hộ Hoàng đế Go- Daigo, hoàng đế đứng sau Phục hồi Kenmu. Những năm từ 1465 đến cuối thời Muromachi còn được gọi là thời kỳ Sengoku hay thời Chiến Quốc.7 Thời Edo ( Thời kì Tokugawa) Thời kỳ Edo , còn gọi là thời kỳ Tokugawa, kéo dài từ năm 1603 đến năm 1868.
Năm 1600, Tokugawa Ieyasu đánh bại liên quân bốn mươi Daimyo miền Tây tại Sekigahara và nắm chính quyền. Tokugawa Ieyasu được bổ nhiệm làm shōgun (Các thái ấp được những người tùy tùng của Shogun cai quản, tuy nhiên quyền lực ở đây rất lớn) Thành lập bộ luật hợp pháp cho các gia đình quý tộc, tạo điều kiện cho chế độ Mạc phủ kiểm soát triều đình và Thiên hoàng. Hệ thống 4 đẳng cấp sĩ, nông, công, thương được thừa nhận, cùng với việc hôn nhân giới hạn trong những người ở cùng một đẳng cấp. Ở từng đẳng cấp, mối quan hệ chủ-tớ phong kiến được thiết lập.
Buôn bán và đạo Ki-tô một lần nữa lại phát triển thịnh vượng trong thời gian ngắn, tuy nhiên, cũng như Hideyoshi, Mạc phủ Tokugawa ngày càng e ngại đạo Ki-tô và bắt đầu những biện pháp đàn áp với mức độ ngày càng tăng. Tới thời kỳ của Mạc phủ Tokugawa thì đạo Ki- tô hoàn toàn bị cấm tại Nhật Bản.