Mở đầu bài biểu dâng sách, Ngô Sĩ Liên đã trực tiếp trình bày lối viết sử của mình “ theo Mã Sử biên niên nhưng thẹn vì chắp vá còn thô, học Lân kinh so việc đâu dám mong cẩn nghiêm sánh kịp”(1,T102). Kinh Xuân Thu ( Lân kinh) của Khổng Tử ra đời vào thế kỷ thứ VI trước công nguyên với những từ ngữ nghiêm khắc khô khan. Sử ký do Tư Mã Thiên biên soạn vào thế kỷ I trước công nguyên thấm đẫm chất văn chương. Nghĩa là Ngô Sĩ Liên đã vận dụng tổng hợp cả hai phương pháp viết sử truyền thống của người Trung Quốc: lối viết biên niên theo bộ Xuân Thu và lối viết kỷ truyện theo Sử ký của Tư Mã Thiên.
Đồng thời Ngô Sĩ Liên đã nhắc đến Mã sử và khẳng định theo Mã sử có nghĩa là ông đã ảnh hưởng của Mã sử nhiều. Trong Đại Việt sử ký toàn thư, Ngô Sĩ Liên đã rất nhiều lần nhắc đến những nhân vật lịch sử quan trọng được Tư Mã Thiên ghi chép trong sử ký. Trong phần Bản kỷ hai lần tác giả nhắc đến Lưu Bang Hán Cao Tổ. Lần thứ nhất khi Lý Chiêu Hoàng nhường ngôi cho Trần Cảnh trong bài chiếu có viết “ Nay trẫm suy đi tính lại một mình, duy có Trần Cảnh là người có văn chất đủ vẻ, thực thể các quân tử hiền nhân, uy nghi đường hoàng, có tư chất thánh thần văn võ, dù đến Hán Cao Tổ, Đường Thái Tông cũng không hơn được”(1, T339,340) 13 Lần thứ hai là trường hợp thượng hoàng Nghệ Tông được tin thắng trận giết chết Chế Bồng Nga, Nghệ Tông nói “cầm cự nhau lâu ngày mới được gặp nhau, có khác gì Hán Cao Tổ thấy đầu Hạng Vũ”(2,T180) Ở kỷ nhà Trần, Ngô Sĩ Liên còn so sánh Trần Hưng Đạo như Quách Tử Nghi nhà Đường.
Ông có công lao cùng các vua Trần thế kỷ XIII chung sức vượt qua khó khăn khiến cho thiên hạ đã tan mà lại hợp, xã tắc đã nguy mà lại yên, suốt đời Trần không còn nạn ngoại xâm nhà Hồ nữa. Công lao ấy là lớn lắm. Đôi khi ông còn so sánh vua Đại Việt còn hơn cả vua Trung Hoa “ Việc dấy quân nhân nghĩa của vua Lê Thái Tổ có thể rực rỡ hơn cả Thang Vũ”… Như vậy việc nhắc đến tên tuổi của các nhân vật lịch sử nổi tiếng Trung Hoa trong sử ký là một minh chứng khẳng định sự ảnh hưởng của Bắc sử đối với những trí thức Đại Việt là rất lớn. Theo PGS_TS Hoàng Văn Lâu thì do ảnh hưởng của lối viết kỷ truyện trong sử ký của Tư Mã Thiên nên “Trong Đại Việt sử ký toàn thư có rất nhiều “truyện” về các nhân vật lịch sử từ các bậc đế vương, các bà thái hậu hoàng phi, các hoàng tử, công chúa, các văn thần võ tướng, các văn nhân mặc khách cho tới các nhân vật không có địa vị to tát gì trong xã hội”(7, T207).
Nét nổi bật trong bút pháp “truyện”(bút pháp tự sự ) trong Đại Việt sử ký toàn thư là khắc hoạ chân dung nhân vật qua những chi tiết ngoại hình, chi tiết về nguồn gốc xuất thân có tính li kỳ, miêu tả hành động, ngôn ngữ đối thoại giữa các nhân vật và còn đặt nhân vật vào những mối mâu thuẫn, những tình huống truyện …Thậm chí các nhà sử học còn biết chọn lọc sắp xếp các chi tiết thành một sâu chuỗi các sự việc. Các sự việc này được sắp xếp theo trật tự trước sau để lột tả tính cách nhân vật. Như đoạn kể sau đây về hoàng đế Thái Tông thuộc kỷ nhà Trần: “Xưa Thượng hoàng còn hàn vi, lấy người con gái thôn Bà Liệt (thuộc huyện Tây Chân ). Người đó có mang thì bị thượng hoàng ruồng bỏ.
Đến khi Bà Liệt ra đời, thượng hoàng không nhận con. Lớn lên, Bà Liệt khôi ngô giỏi võ nghệ, xin xung vào đội 14 đánh vật. Một hôm, Bà Liệt đánh cầu với người trong đội, người kia vật ngã Bà Liệt, bóp cổ suýt tắc thở. Thượng hoàng thét lên “con ta đấy”.
Người ấy sợ hãi lạy tạ”(2,T13). Như vậy sự kiên gan của nhà vua làm sao chiến thắng được tình phụ tử. Đến lúc nguy nan nhất liên quan đến tính mạng của con trai mình thượng hoàng buộc phải lên tiếng. Câu chuyện không chỉ là một sâu chuỗi sự việc lối tiếp nhau mà còn đầy kịch tính làm cho người đọc phải hồi hộp theo dõi.
Nhiều khi các nhà sử học còn dừng lại ở những sự việc khác thường, những tình huống có vấn đề hay những thói quen kỳ quặc để phác hoạ tính cách. Như đoạn viết về viên độc bạ Trần Cụ “Bấy giờ có viên độc bạ Trần Cụ tính khoan hậu, cẩn thận thật thà, giỏi nghề đánh cá, bắn nỏ và chơi cầu. Vua sai dạy thái tử các nghề ấy”. Mỗi hành động của cụ đều tỉ mỉ, cầu kỳ “mỗi khi sắp đánh đàn thì cắt đầu dây buộc lại cho chặt rồi mới gảy.
Có người hỏi cớ làm sao, cụ trả lời “Nếu khúc đàn chưa hết mà dây đứt thì làm thế nào ?”. Cụ làm cầu thì cân nhắc các múi da, cho mười hai múi cân nhau, duy ba múi ở miệng cầu là chỗ cái bong bóng lợn vào thì hơi mỏng và nhẹ để cân đối với sức nặng ở đầu bong bóng …Nhà ông ta ở và thuyền có hai cửa đối nhau, xếp đặt bày biện các thứ phải cân đối ngay ngắn”. Đặc biệt cụ có những nguyên tắc bất di bất dịch không bao giờ thay đổi “Cụ người Cứu Liên vốn có mối hận với người Cứu Liên, thề rằng không bao giờ đặt chân lên đất ấy nữa. Sau này về trở về Cứu Liên thì đi thuyền, đến khi lên bộ thì đi kiệu cho tới khi đến giường mới xuống kiệu, thức ngủ, ăn uống đều ở trên giường.
Khi nào chơi xem vườn ao thì lại sai khiêng giường đến chỗ đó hết hứng lại trở về, lại ngồi kiệu lên thuyền…cứ như thế cho đến lúc hết đời chưa hề dẫm một bước lên đất Cứu Liên”(2,T89-90). Như vậy ở đây các nhà sử học có cách khắc hoạ nhân vật rất sinh động, chú ý đến những chi tiết thể hiện tính cách kỳ quặc. Dấu ấn của lối viết kỷ truyện trong Đại Việt sử ký toàn thư còn được thể hiện ở những tình huống gay cấn mà các nhà sử học lựa chọn để đưa vào trong chính sử. Như đoạn viết về Thái sư Trần Thủ Độ “ Thủ Độ có lần duyệt định số hộ khẩu, 15 Quốc Mẫu xin riêng cho một người làm câu đương.
Thủ Độ gật đầu, biên lấy họ tên và quê quán người đó. Khi duyệt đến xã nọ, hỏi rằng : tên mỗ ở đâu. Người ấy mừng rỡ chạy đến. Thủ Độ bảo hắn : Ngươi vì có công chúa xin cho làm chức câu đương không ví như người câu đương khác được, phải chặt một ngón chân để phân biệt với người khác”.
Người đó kêu van xin thôi mãi mới tha cho, từ ấy trở đi không ai dám đến nhà thăm vì việc riêng nữa”(2, T34). Qua đây ta thấy Trần Thủ Độ là người làm việc rất công minh không vì tình riêng mà trao giao chức vụ cho ai cả. Cách chọn sự việc của các sử gia trong tình huống này rất nghệ thuật với chi tiết chặt ngón chân gây ấn tượng mạnh. Sở dĩ có cách chép sử giàu dấu ấn của lối viết kỷ truyện như trên là do mục đích chép sử của các nhà nho.
Họ muốn nêu gương dăn dạy và giáo dục cho đời sau bằng những câu truyện lịch sử. Bài học lịch sử là những luân lý của Nho giáo, là đạo đức làm người. Nhìn chung lối viết kỷ truyện trong Đại Việt sử ký toàn thư đã tạo màu sắc tự sự cho tác phẩm. Viết Đại Việt sử ký toàn thư các bậc thần sử không chỉ ảnh hưởng của lối viết kỷ truyện trong sử ký của Tư Mã Thiên mà còn ảnh hưởng lối viết biên niên theo Kinh Xuân Thu của Khổng Tử.
Lối viết biên niên ghi sự việc xẩy ra từng ngày, từng tháng, năm nọ tiếp năm kia, các sự kiện trong ngoài nước cùng đời đều nghi chép đầy đủ cả. Lối viết biên niên trong Kinh Xuân Thu cũng là lối viết “bao biếm” “một chữ được khen thì vinh hơn hoa cổn bị chê một câu thì nặng hơn rìu búa”. Ảnh hưởng của lối viết biên niên được thể hiện ngay qua những lời bình sử. Các nhà sử học thường lấy ngay phép tắc trong Kinh Xuân Thu làm chuẩn mực để đánh giá các nhân vật lịch sử.
Sở dĩ có điều này bởi bản thân Kinh Xuân Thu là một bộ sử được viết theo lối biên niên nhưng đồng thời cũng là một bộ kinh điển của Nho gia Ngô Sĩ Liên đứng trên lập trường tư tưởng của nho gia để phê phán Lê Đại Hành, tác giả khẳng định “Tam cương là đạo thường của muôn đời không thể một 16 ngày rối loạn, khi Lê Đại Hành giữ chức nhiếp chính, Vệ Vương còn nhỏ nhưng vẫn là vua, thế mà Đại Hành lại xưng làm phó vương, rắp tâm làm điều bất lợi. Đạo làm tôi không được làm điều rắp tâm, rắp tâm ắt phải giết. Đó là phép của sách Xuân Thu người người đều nêu lên để thi hành”(1, T221). Ông còn cho rằng “Làm vua mà không biết Xuân Thu tất phải chịu cái tiếng cầm đầu tội ác, làm tôi mà không biết nghĩa Xuân Thu tất mắc vào tội cướp ngôi giết vua, tức là Minh Vương, Ai Vương là Lữ Gia vậy”(2, T152).
Nhìn chung tư tưởng nho gia đã thấm sâu vào đời sống tinh thần của các bậc sử gia và đã trở thành kim chỉ nam để biên soạn lịch sử. Họ đã đứng trên đạo đức của nho giáo như : tam tòng tứ đức, tam cương ngũ thường… để nhìn nhận, đánh giá các nhận các nhân vật lịch sử. Ngô Sĩ Liên phê phán Lê Đại Hành thông dâm với vợ của vua rồi nghiễm nhiên lập làm hoàng hậu thì không còn gì hổ thẹn hơn nữa. Việc Đinh Tiên Hoàng lập 5 hoàng hậu cùng một lúc làm rối loạn nhân luân, tác giả viết: “ Từ xưa chỉ lập hoàng hậu một người để chủ việc nội trị mà thôi, chưa từng nghe nói lập đến năm người.
Tiên hoàng không kê cứu khảo cổ học mà bề tôi đương thời lại không có ai biết sửa cho đúng đến nỗi chìm đắm trong tình riêng…Sau đến hai triều Lê, Lý cũng phần nhiều bắt trước làm theo. Ấy là do Tiên Hoàng khởi xướng sự rối loạn thứ bậc vậy”. Cũng quan điểm ấy ông phê phán vua Trần Nghệ Tông đem công chúa Huy Ninh chịu tang chồng mới được 6 tháng mà đem ngả cho Quý Ly thế là làm hỏng nhân luân bắt đầu từ vua.