Khảo Sát Vi Khuẩn Escherichia Coli Sinh Beta-Lactamase Trên Gà Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long

Nghiên cứu khảo sát vi khuẩn Escherichia coli sinh beta lactamase phổ rộng trên gà tại các trại chăn nuôi ở đồng bằng sông Cửu Long.

• Tác giả: Bùi Thị Lê Minh
• Người hướng dẫn: PGS. Lưu Hữu Mãnh
• Trường học: Trường Đại Học Cần Thơ
• Chuyên ngành: Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi
• Đề tài: Nghiên Cứu Vi Khuẩn Escherichia Coli Sinh Beta-Lactamase Trên Gà Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long
• Loại tài liệu: Luận án tốt nghiệp tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2018
• Địa điểm: Cần Thơ

Mục lục chi tiết

• LỜI CẢM TẠ
• TÓM TẮT
• ABSTRACT
• LỜI CAM KẾT KẾT QUẢ
• 1. CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU
• 1.1. Tính cấp thiết của luận án
• 1.2. Mục tiêu nghiên cứu
• 1.3. Những điểm mới của luận án
• 2. CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 2.1. Tổng quan về vi khuẩn Escherichia coli
• 2.1.1. Lịch sử phát hiện
• 2.1.2. Phân loại vi khuẩn Escherichia coli gây bệnh
• 2.1.3. Đặc điểm hình thái và đặc tính nuôi cấy
• 2.1.4. Đặc tính sinh hóa
• 2.1.5. Cấu trúc kháng nguyên
• 2.1.6. Các yếu tố độc lực
• 2.1.7. Độc tố đường ruột và cơ chế sinh bệnh
• 2.1.8. Sức đề kháng
• 2.1.9. Dịch tễ học
• 2.2. Thuốc kháng sinh và cơ chế tác động của thuốc kháng sinh
• 2.3. Đề kháng kháng sinh và phân loại đề kháng
• 2.3.1. Đề kháng giả
• 2.3.2. Đề kháng thật
• 2.3.3. Cơ chế đề kháng kháng sinh của vi khuẩn
• 2.3.3.1. Tạo men phân hủy thuốc
• 2.3.3.2. Thay đổi tính thấm của tế bào vi khuẩn
• 2.3.3.3. Biến đổi vị trí gắn kết
• 2.3.3.4. Bơm đẩy thuốc kháng sinh
• 2.4. Những lợi ích và tác động tiêu cực của việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi
• 2.5. Tổng quan về beta-lactamase phổ rộng
• 2.5.1. Lịch sử và di truyền của beta-lactamase phổ rộng
• 2.5.2. Phân loại beta-lactamase phổ rộng
• 2.5.3. Phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng
• 2.6. Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL
• 2.6.1. Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trên người
• 2.6.2. Tình hình nghiên cứu E. coli sinh ESBL trong chăn nuôi gà
• 3. CHƯƠNG 3: PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 3.1. Nội dung, thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 3.2. Phương tiện nghiên cứu
• 3.3. Phương pháp nghiên cứu
• 3.3.1. Phương pháp thu thập mẫu
• 3.3.2. Phương pháp nuôi cấy và phân lập E. coli sinh ESBL
• 3.3.3. Phương pháp khảo sát tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL với kháng sinh
• 3.3.4. Phương pháp xác định gen CTX-M, TEM và SHV
• 3.3.5. Phương pháp phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây dựng cây phả hệ di truyền
• 3.3.6. Các chỉ tiêu theo dõi
• 3.3.7. Phương pháp phân tích thống kê
• 4. CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 4.1. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại hộ gia đình và trang trại
• 4.1.1. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà theo tỉnh
• 4.1.2. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà theo quy mô chăn nuôi
• 4.1.3. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà thịt theo lứa tuổi
• 4.1.4. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà tiêu chảy
• 4.1.5. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên trứng
• 4.1.6. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trong môi trường chăn nuôi
• 4.1.7. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên người chăn nuôi
• 4.2. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại cơ sở giết mổ
• 4.2.1. Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên gà
• 4.2.2. Kết quả phân lập E. coli sinh ESBL trên môi trường giết mổ
• 4.3. Sự đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL
• 4.3.1. Tính nhạy cảm kháng sinh của E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gà
• 4.3.2. Tính đa kháng thuốc kháng sinh của E. coli sinh ESBL
• 4.4. Kết quả xác định các gen CTX-M, TEM và SHV
• 4.5. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen TEM, CTX-M và xây dựng cây phả hệ di truyền
• 5. CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT
• 5.1. Kết luận
• 5.2. Đề xuất
• DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC

Tóm tắt

I. Tổng quan về Nghiên Cứu Vi Khuẩn Escherichia coli Sinh Beta Lactamase

Nghiên cứu về Escherichia coli sinh beta-lactamase trên gà tại Đồng Bằng Sông Cửu Long đang trở thành một vấn đề cấp thiết trong lĩnh vực thú y và an toàn thực phẩm. Vi khuẩn này không chỉ gây ra các bệnh lý nghiêm trọng cho gia cầm mà còn ảnh hưởng đến sức khỏe con người thông qua chuỗi thực phẩm. Việc hiểu rõ về sự lưu hành và đặc tính kháng sinh của E. coli sinh beta-lactamase là rất quan trọng để phát triển các biện pháp kiểm soát hiệu quả.

1.1. Tính cấp thiết của nghiên cứu vi khuẩn E. coli sinh beta lactamase

Sự gia tăng của E. coli sinh beta-lactamase trong chăn nuôi gà đã gây ra nhiều lo ngại về an toàn thực phẩm. Nghiên cứu này nhằm xác định mức độ lưu hành và các yếu tố liên quan đến sự phát triển của vi khuẩn này trong môi trường chăn nuôi.

1.2. Mục tiêu nghiên cứu và phương pháp thực hiện

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xác định sự lưu hành của E. coli sinh beta-lactamase trên gà và đánh giá tính nhạy cảm của vi khuẩn này đối với các loại kháng sinh phổ biến. Phương pháp thu thập mẫu và phân lập vi khuẩn sẽ được thực hiện tại các trang trại và cơ sở giết mổ.

II. Vấn đề và Thách thức Liên Quan Đến Nhiễm Khuẩn E

Nhiễm khuẩn E. coli sinh beta-lactamase đang gia tăng tại Đồng Bằng Sông Cửu Long, gây ra nhiều thách thức cho ngành chăn nuôi. Việc phát hiện và kiểm soát sự lây lan của vi khuẩn này là rất cần thiết để bảo vệ sức khỏe cộng đồng và an toàn thực phẩm.

2.1. Tình hình nhiễm khuẩn E. coli trên gà

Tỉ lệ nhiễm khuẩn E. coli sinh beta-lactamase trên gà tại Đồng Bằng Sông Cửu Long đã được ghi nhận ở mức cao, với nhiều yếu tố môi trường và con người góp phần vào sự lây lan của vi khuẩn này.

2.2. Các yếu tố ảnh hưởng đến sự phát triển của vi khuẩn

Các yếu tố như điều kiện chăn nuôi, vệ sinh môi trường và sự tiếp xúc của người chăn nuôi với gà nhiễm khuẩn đều có ảnh hưởng lớn đến sự phát triển của E. coli sinh beta-lactamase.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu E

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp hiện đại để phân lập và xác định tính nhạy cảm của E. coli sinh beta-lactamase. Các mẫu được thu thập từ nhiều nguồn khác nhau để đảm bảo tính đại diện và chính xác của kết quả.

3.1. Phương pháp thu thập mẫu và phân lập vi khuẩn

Mẫu được thu thập từ các hộ gia đình, trang trại và cơ sở giết mổ. Phương pháp phân lập vi khuẩn sẽ được thực hiện bằng kỹ thuật đĩa kết hợp để xác định sự hiện diện của E. coli sinh beta-lactamase.

3.2. Phương pháp xác định tính nhạy cảm với kháng sinh

Tính nhạy cảm của E. coli sinh beta-lactamase sẽ được kiểm tra bằng phương pháp khuếch tán trên thạch với nhiều loại kháng sinh khác nhau để đánh giá khả năng kháng thuốc của vi khuẩn.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu và Ứng Dụng Thực Tiễn

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỉ lệ lưu hành của E. coli sinh beta-lactamase trên gà tại Đồng Bằng Sông Cửu Long là rất cao. Những phát hiện này có thể giúp cải thiện các biện pháp quản lý và kiểm soát nhiễm khuẩn trong chăn nuôi.

4.1. Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh beta lactamase

Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh beta-lactamase trên gà ở hộ gia đình và trang trại đã được xác định, cho thấy sự khác biệt rõ rệt giữa các nguồn gà khác nhau.

4.2. Đặc tính kháng sinh của vi khuẩn

Vi khuẩn E. coli sinh beta-lactamase cho thấy khả năng kháng cao đối với nhiều loại kháng sinh, điều này đặt ra thách thức lớn cho việc điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn trong chăn nuôi.

V. Kết Luận và Tương Lai của Nghiên Cứu

Nghiên cứu về E. coli sinh beta-lactamase trên gà tại Đồng Bằng Sông Cửu Long đã chỉ ra sự cần thiết phải có các biện pháp kiểm soát hiệu quả. Tương lai của nghiên cứu này sẽ tập trung vào việc phát triển các chiến lược phòng ngừa và điều trị hiệu quả hơn.

5.1. Đề xuất các biện pháp kiểm soát

Cần thiết phải triển khai các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn hiệu quả trong chăn nuôi, bao gồm cải thiện vệ sinh và quản lý kháng sinh.

5.2. Hướng nghiên cứu tiếp theo

Nghiên cứu tiếp theo sẽ tập trung vào việc xác định các yếu tố di truyền và cơ chế kháng thuốc của E. coli sinh beta-lactamase để phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả hơn.

Nội dung chính

Tổng quan luận án

Bệnh truyền nhiễm do vi khuẩn Escherichia coli (E. coli) là một trong những nguyên nhân gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi gia cầm công nghiệp cũng như nông hộ. Việc sử dụng kháng sinh liên tục với mục đích phòng trị bệnh và kích thích sinh trưởng trong thời gian dài đã tạo áp lực chọn lọc, dẫn đến sự gia tăng nhanh chóng của các chủng E. coli đề kháng kháng sinh. Đặc biệt, các chủng E. coli sinh beta-lactamase phổ rộng (Extended Spectrum Beta-Lactamase - ESBL) có khả năng thủy phân phần lớn các kháng sinh nhóm beta-lactam (bao gồm penicillin, cephalosporin thế hệ mở rộng và monobactam), đồng thời thường mang gen đồng kháng với nhiều nhóm kháng sinh khác như aminoglycoside, fluoroquinolone, tetracycline và sulfonamide. Tại Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) – khu vực có mật độ chăn nuôi gia cầm lớn – dữ liệu về dịch tễ học, mức độ lưu hành, kiểu hình đa kháng thuốc và đặc tính phân tử của các gen sinh ESBL truyền lây trong chuỗi chăn nuôi, giết mổ và con người còn nhiều khoảng trống.

Luận án tiến sĩ chuyên ngành Bệnh lý học và Chữa bệnh vật nuôi (mã số 62 64 01 02) của nghiên cứu sinh Bùi Thị Lê Minh, thực hiện tại Trường Đại học Cần Thơ dưới sự hướng dẫn khoa học của PGS. Lưu Hữu Mãnh và PGS. Nguyễn Nhựt Xuân Dung vào năm 2018, được triển khai nhằm giải quyết các mục tiêu cụ thể sau:

1. Xác định sự lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà nuôi ở quy mô trang trại, hộ gia đình; các yếu tố liên quan gồm trứng gà, người chăn nuôi gà, thịt gà tại cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ ở một số tỉnh ĐBSCL.
2. Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL đối với 14 loại kháng sinh thuộc các nhóm thường sử dụng trong thú y và y tế.
3. Đánh giá sự tương đồng di truyền của các gen CTX-M và TEM ở các chủng vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ trứng, người chăn nuôi và môi trường chăn nuôi.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

• Đối tượng nghiên cứu: Vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ các mẫu phân gà, phủ tạng (gan, phổi), thân thịt gà, vỏ trứng, phân người chăn nuôi, cùng các mẫu môi trường chuồng trại (nước sinh hoạt, thức ăn máng ăn, nước máng uống, không khí) và cơ sở giết mổ (sàn giết mổ, nước vặt lông, nước thải).
• Phạm vi không gian: 304 hộ gia đình, 104 trang trại chăn nuôi gà công nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm trên địa bàn 4 tỉnh thuộc vùng ĐBSCL gồm Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang và Sóc Trăng.
• Phạm vi thời gian: Luận án hoàn thành và bảo vệ năm 2018.

---

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Tổng quan tài liệu của luận án hệ thống hóa các công trình nghiên cứu trong và ngoài nước về vi khuẩn E. coli, cơ chế tác động của kháng sinh, cơ chế đề kháng và sự phân bố của các men ESBL:

• Các nghiên cứu quốc tế: Blanc và cộng sự (2006) ghi nhận tỉ lệ nhiễm E. coli sinh ESBL trên gà tại Catalonia (Tây Ban Nha) là 59,8%; Smet và cộng sự (2008) phát hiện 45% gà 5 tuần tuổi tại Bỉ mang chủng này; Costa và cộng sự (2009) báo cáo tỉ lệ 38,2% tại Bồ Đào Nha; Mamza và cộng sự (2010) ghi nhận 11,1% gà tại Nigeria nhiễm E. coli sinh ESBL; Overdevest và cộng sự (2011) tại Hà Lan ghi nhận 79,8% mẫu thịt gà tại cửa hàng và 74,2% bệnh nhân điều trị nội trú dương tính với E. coli sinh ESBL. Báo cáo của CDC Hoa Kỳ (2017) cho thấy gánh nặng điều trị và tử vong lớn liên quan đến vi khuẩn đường ruột sinh ESBL với chi phí y tế trực tiếp khoảng 20 tỉ USD/năm và tổn thất năng suất 35 tỉ USD/năm.
• Các nghiên cứu trong nước: Van Thi Thu Hao và cộng sự (2008) khảo sát tại TP. Hồ Chí Minh phát hiện tỉ lệ nhiễm ESBL trên thịt gà là 89,5%, thịt heo 75% và phân gà 95%. Võ Thành Thìn và cộng sự (2011) ghi nhận 61,96% chủng E. coli phân lập từ heo tiêu chảy ở Nam Trung Bộ và Tây Nguyên mang gen TEM và 0,54% mang gen SHV. Bùi Thị Ba và cộng sự (2013) ghi nhận tỉ lệ mang gen TEM là 64,70% và SHV là 11,76% trên trâu bò khỏe mạnh tại Nam Trung Bộ. Hồ Thị Kim Hoa và cộng sự (2013) ghi nhận trong chất thải chăn nuôi có 82,22% mẫu mang gen TEM, 8,89% mang SHV và không phát hiện CTX-M.

Vị trí của luận án: Luận án tập trung giải quyết khoảng trống nghiên cứu mang tính hệ thống tại ĐBSCL bằng cách không chỉ khảo sát trên đàn gà ở hai phương thức chăn nuôi (trang trại tập trung và nông hộ) mà còn mở rộng liên kết dịch tễ sang người chăm sóc trực tiếp, vỏ trứng, sản phẩm thân thịt, phủ tạng tại lò mổ và các thành phần môi trường xung quanh, kết hợp phân tích kiểu gen (TEM, CTX-M, SHV) và giải trình tự nucleotide nhằm xác định quan hệ tương đồng di truyền học phân tử.

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết và phân loại

• Sinh học và dịch tễ vi khuẩn E. coli: Trực khuẩn Gram âm thuộc họ Enterobacteriaceae. Phân loại theo cơ chế sinh bệnh học gồm các nhóm đường ruột (EPEC, ETEC, EIEC, EHEC, EAEC, DAEC) và ngoài đường ruột (ExPEC, bao gồm APEC gây bệnh trên gia cầm, UPEC gây nhiễm trùng niệu và MNEC gây viêm màng não). Cấu trúc kháng nguyên gồm kháng nguyên thân O (lipopolysaccharide), kháng nguyên lông H (protein), kháng nguyên vỏ K (polysaccharide/protein) và kháng nguyên bám dính F (pili/fimbriae). Cơ chế gây bệnh liên quan đến độc tố ruột gồm độc tố không chịu nhiệt LT (hoạt hóa adenylcyclase làm tăng cAMP) và độc tố chịu nhiệt ST/EAST1 (hoạt hóa guanylcyclase làm tăng cGMP).
• Cơ chế đề kháng và phân loại beta-lactamase: Vi khuẩn kháng thuốc qua 4 cơ chế: tiết enzyme phân hủy, biến đổi tính thấm màng ngoài (porin), biến đổi điểm đích (PBP, tiểu đơn vị ribosome 30S/50S, DNA gyrase/topoisomerase) và hệ thống bơm đẩy chủ động (efflux pump). Phân loại ESBL theo Ambler (lớp A, B, C, D) và Bush-Jacoby-Medeiros (nhóm 1, 2, 3, 4). Các họ gen ESBL phổ biến gồm blaTEM, blaSHV và blaCTX-M (thường định vị trên plasmid có thể truyền ngang qua tiếp hợp, chuyển nạp hoặc biến nạp).

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

• Thiết kế chọn mẫu: Mẫu được thu thập tại 304 hộ gia đình, 104 trang trại gà công nghiệp và 12 cơ sở giết mổ tại 4 tỉnh: Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang, Sóc Trăng.
• Quy trình phân lập và định danh:
  • Tăng sinh mẫu trong môi trường canh thang Tryptone Soy Broth (TSB) hoặc Buffered Peptone Water (BPW).
  • Nuôi cấy phân lập trên thạch MacConkey (MC), Eosin Methylene Blue (EMB) và thạch chọn lọc Tryptone Bile X-Glucuronide (TBX) chứa chất chỉ thị BCIG (phát hiện enzyme β-D-Glucuronidase tạo khuẩn lạc màu xanh lá).
  • Định danh sinh hóa bằng bộ thử nghiệm IMViC (Indole dương tính, Methyl Red dương tính, Voges-Proskauer âm tính, Citrate âm tính) và phản ứng trên thạch Kligler Iron Agar (KIA: lên men lactose và glucose, sinh hơi, H2S âm tính).
• Xác định kiểu hình sinh ESBL: Áp dụng phương pháp đĩa kết hợp (combination disk method) theo chuẩn Viện Tiêu chuẩn Lâm sàng và Xét nghiệm Hoa Kỳ (CLSI 2014) sử dụng các đĩa kháng sinh cefotaxime (Ct 30 µg), cefotaxime/clavulanic acid (Tc 30/10 µg), ceftazidime (Cz 30 µg) và ceftazidime/clavulanic acid (Zc 30/10 µg). Sự gia tăng đường kính vòng vô khuẩn ≥ 5 mm đối với đĩa kết hợp so với đĩa đơn xác định vi khuẩn sinh ESBL.
• Thử nghiệm kháng sinh đồ: Sử dụng phương pháp khuếch tán đĩa giấy trên thạch Mueller-Hinton Agar (MHA) theo chuẩn CLSI với 14 loại kháng sinh: Ampicillin (10 µg), Cefaclor (30 µg), Cefuroxime (30 µg), Gentamicin (10 µg), Streptomycin (10 µg), Kanamycin (30 µg), Amikacin (30 µg), Tetracycline (30 µg), Doxycycline (30 µg), Norfloxacin (10 µg), Ofloxacin (5 µg), Trimethoprim/sulfamethoxazole (1,25/23,75 µg), Fosfomycin (200 µg), Colistin (10 µg).
• Phương pháp sinh học phân tử:
  • Chiết tách DNA tổng số và thực hiện phản ứng PCR với các cặp mồi đặc hiệu để phát hiện gen blaTEM, blaCTX-M và blaSHV.
  • Giải trình tự nucleotide các sản phẩm PCR được thực hiện tại Công ty Macrogen (Seoul, Hàn Quốc).
  • So sánh độ tương đồng chuỗi nucleotide với cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI) bằng công cụ BLAST.
  • Xây dựng cây phả hệ di truyền bằng phần mềm MEGA 6.0 theo phương pháp Maximum-Likelihood.
• Phân tích số liệu: Dữ liệu được xử lý thống kê mô tả, tính tỉ lệ phần trăm bằng các phần mềm thống kê chuyên dụng.

---

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Giới thiệu

Chương này nêu rõ tính cấp thiết của đề tài xuất phát từ nguy cơ lan truyền vi khuẩn đa kháng thuốc trong chuỗi thực phẩm có nguồn gốc gia cầm tại ĐBSCL. Tác giả xác lập 3 mục tiêu nghiên cứu cụ thể và tóm tắt những đóng góp mới của đề tài về mặt dịch tễ học thực địa, đặc tính kháng thuốc và quan hệ phát sinh loài của các gen kháng sinh phân lập từ nhiều nguồn liên quan.

Chương 2: Tổng quan tài liệu

Nội dung chương 2 tổng hợp cơ sở lý luận về phân loại sinh học, đặc điểm hình thái, đặc tính nuôi cấy, các yếu tố độc lực (APEC, fimbriae F1/P/curli, intimin eae, hệ thống thu nhận sắt iutA, iroN, fepA), các loại enterotoxin (LT, ST, EAST1) và sức đề kháng của E. coli. Chương này phân tích chi tiết cơ chế tác dụng của các nhóm kháng sinh, 4 cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn Gram âm, phân loại hệ thống enzyme beta-lactamase (Ambler và Bush-Jacoby-Medeiros), cấu trúc chuỗi polypeptide và các đột biến acid amin then chốt trên TEM-1 (vị trí 104, 164, 238, 240) và SHV-1 (vị trí 238, 240). Đồng thời, tác giả tổng thuật phương pháp phát hiện ESBL theo tiêu chuẩn CLSI và lược khảo các công trình nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên người, gia cầm và môi trường trên phạm vi toàn cầu và tại Việt Nam.

Chương 3: Phương tiện và phương pháp nghiên cứu

Trình bày chi tiết cỡ mẫu, thiết kế nghiên cứu và quy trình thu thập mẫu tại 4 tỉnh (Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang, Sóc Trăng) bao gồm: 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm. Mô tả cụ thể các hóa chất, môi trường nuôi cấy (TSB, BPW, MC, EMB, TBX, KIA, MHA), nồng độ đĩa kháng sinh, thành phần phản ứng PCR, trình tự nucleotide của các cặp mồi chuyên biệt (TEM, CTX-M, SHV), chu trình nhiệt phản ứng PCR, phương pháp giải trình tự gen tại Macrogen (Hàn Quốc), và các thuật toán so sánh BLAST cùng việc thiết lập cây phả hệ di truyền qua phần mềm MEGA 6.0 bằng phương pháp Maximum-Likelihood.

Mẫu thu thập (Gà, người, trứng, môi trường, lò mổ)
Tăng sinh (TSB/BPW) & Phân lập trên thạch (TBX/MC/EMB)
Định danh sinh hóa (IMViC, KIA) -> Xác định chủng E. coli
Thử nghiệm đĩa kết hợp (Ct, Tc, Cz, Zc theo CLSI) -> Phát hiện E. coli sinh ESBL
Kháng sinh đồ khuếch tán thạch      PCR phát hiện gen kháng              Giải trình tự nucleotide (Macrogen)
(14 loại kháng sinh)                (TEM, CTX-M, SHV)                    & Phân tích phát sinh loài (MEGA 6.0)

Chương 4: Kết quả và thảo luận

Chương 4 trình bày các số liệu thực nghiệm và phân tích chuyên sâu qua 5 nội dung chính:

1. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại hộ gia đình và trang trại

• Tỉ lệ lưu hành chung của E. coli sinh ESBL trên đàn gà khảo sát tại ĐBSCL đạt 62,01%.
• Phân bố theo phương thức chăn nuôi: Gà nuôi tại trang trại công nghiệp có tỉ lệ nhiễm (70,32%) cao hơn gà nuôi tại quy mô hộ gia đình (58,89%).
• Phân bố theo lứa tuổi: Vi khuẩn hiện diện ở gà ở mọi lứa tuổi khảo sát.
• Phân bố trên người chăn nuôi và trứng: 62,5% người chăn nuôi trực tiếp có mang vi khuẩn E. coli sinh ESBL. Trên vỏ trứng gà, mẫu thu từ hộ gia đình có 6,0% nhiễm vi khuẩn, trong khi mẫu vỏ trứng thu tại trang trại chuồng lồng không phát hiện vi khuẩn sinh ESBL (0%).
• Môi trường chăn nuôi: Vi khuẩn được phát hiện trong các mẫu nước sinh hoạt, thức ăn máng ăn, nước máng uống và không khí chuồng nuôi.

2. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL tại cơ sở giết mổ

Khảo sát tại 12 cơ sở giết mổ gia cầm ghi nhận sự phân bố vi khuẩn trên các loại mẫu phủ tạng, thân thịt và môi trường giết mổ:

Loại mẫu tại cơ sở giết mổ	Số mẫu dương tính / Tổng số mẫu	Tỉ lệ (%)
Phân gà tại lò mổ	87 / 180	48,33%
Gan gà	21 / 180	11,67%
Thân thịt gà	20 / 180	11,11%
Phổi gà	9 / 180	5,00%
Môi trường (sàn mổ, nước vặt lông, nước thải)	Dương tính	Ghi nhận sự hiện diện

3. Sự đề kháng kháng sinh và tính đa kháng

Thử nghiệm tính nhạy cảm với 14 loại kháng sinh trên các chủng phân lập từ gà và người chăn nuôi cho thấy sự tương đồng cao về kiểu hình kháng thuốc:

• Đề kháng cao: Ampicillin (96,67% - 98,87%), Cefaclor (92,60% - 97,50%), Cefuroxime (91,40% - 100%), Trimethoprim/Sulfamethoxazole (75,00% - 81,24%).
• Còn nhạy cảm cao: Amikacin (94,17% - 94,73%), Fosfomycin (92,20% - 96,67%), Colistin (83,33% - 86,13%).
• Hiện tượng đa kháng (Multidrug Resistance):
  • Chủng phân lập từ gà biểu hiện đa kháng từ 2 đến 14 loại kháng sinh, tổng hợp được 359 kiểu hình đa kháng khác nhau.
  • Chủng phân lập từ người chăn nuôi biểu hiện đa kháng từ 3 đến 13 loại kháng sinh với 40 kiểu hình đa kháng.

Kháng sinh thử nghiệm	Mức độ nhạy cảm / Đề kháng chính
Ampicillin	Đề kháng rất cao (96,67% - 98,87%)
Cefaclor	Đề kháng rất cao (92,60% - 97,50%)
Cefuroxime	Đề kháng rất cao (91,40% - 100%)
Trimethoprim/Sulfamethoxazole	Đề kháng cao (75,00% - 81,24%)
Amikacin	Nhạy cảm cao (94,17% - 94,73%)
Fosfomycin	Nhạy cảm cao (92,20% - 96,67%)
Colistin	Nhạy cảm cao (83,33% - 86,13%)

4. Kết quả xác định các gen blaTEM, blaCTX-M và blaSHV

• Gen TEM chiếm tỉ lệ phổ biến nhất với 86,21%, tiếp đến là gen CTX-M với 84,15%, và gen SHV với 54,68%.
• Đa số các chủng E. coli sinh ESBL mang đồng thời tổ hợp nhiều gen kháng (TEM + CTX-M + SHV).

5. Phân tích trình tự nucleotide và cây phả hệ di truyền

• Phân tích chuỗi nucleotide cho thấy các gen CTX-M phân lập có độ tương đồng cao với phân nhóm CTX-M-3, và các gen TEM tương đồng cao với TEM-1 trên Ngân hàng gen quốc tế (GenBank - NCBI).
• Cây phả hệ di truyền thiết lập bằng phương pháp Maximum-Likelihood qua phần mềm MEGA 6.0 chứng minh mối quan hệ di truyền rất gần gũi giữa các chủng E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ trứng, người chăm sóc và môi trường chuồng nuôi.

Chương 5: Kết luận và đề xuất

Tổng kết toàn bộ các kết quả đạt được về dịch tễ học, tỉ lệ kháng thuốc, kiểu gen và đưa ra các đề xuất ứng dụng trong giám sát dịch tễ thú y, kiểm soát việc dùng kháng sinh trong chăn nuôi và an toàn vệ sinh thực phẩm.

---

Kết quả và những đóng góp mới

Những đóng góp mới của luận án

1. Dữ liệu dịch tễ học toàn diện: Cung cấp số liệu có hệ thống về tỉ lệ lưu hành cao của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà nuôi trang trại (70,32%) và hộ gia đình (58,89%) tại vùng ĐBSCL. Xác định sự hiện diện đồng thời của vi khuẩn trên vỏ trứng (hộ gia đình: 6%), người chăn nuôi trực tiếp (62,5%), thân thịt và phủ tạng tại lò mổ (thịt: 11,11%, gan: 11,67%, phổi: 5,00%), cũng như trong các thành phần môi trường chăn nuôi và giết mổ.
2. Đặc tính nhạy cảm kháng sinh: Xác định được phổ kháng thuốc rộng của các chủng ESBL đối với các cephalosporin và nhóm trimethoprim/sulfamethoxazole, ghi nhận hàng trăm kiểu hình đa kháng (359 kiểu ở gà, 40 kiểu ở người). Đồng thời chỉ ra các kháng sinh vẫn giữ được hiệu lực diệt khuẩn cao đối với các chủng này gồm Amikacin, Fosfomycin và Colistin.
3. Bằng chứng di truyền học phân tử: Xác định được ưu thế lưu hành của hai nhóm gen blaTEM (86,21%) và blaCTX-M (84,15%) so với blaSHV (54,68%). Phân tích cây phả hệ di truyền chứng minh sự tương đồng cao về trình tự nucleotide giữa các gen CTX-M-3 và TEM-1 từ các nguồn mẫu khác nhau, cung cấp bằng chứng về sự lan truyền ngang của các gen đề kháng giữa gia cầm, môi trường sống và người tiếp xúc trực tiếp.

Kiến nghị và giải pháp đề xuất

• Tăng cường kiểm soát và quản lý chặt chẽ việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi gà, đặc biệt là các kháng sinh nhóm beta-lactam và các nhóm kháng sinh quan trọng dùng chung cho người và động vật.
• Thực hiện nghiêm ngặt các biện pháp an toàn sinh học tại chuồng nuôi: khử trùng định kỳ nguồn nước uống, thức ăn, xử lý chất thải chăn nuôi và không khí chuồng trại.
• Nâng cao điều kiện vệ sinh thú y tại các cơ sở giết mổ gia cầm; kiểm soát việc pha lóc thịt trực tiếp trên sàn nhằm hạn chế vấy nhiễm chéo từ phân và môi trường vào thân thịt.
• Trang bị bảo hộ lao động và tuyên truyền vệ sinh cá nhân cho người chăn nuôi gia cầm để hạn chế nguy cơ lây truyền vi khuẩn đa kháng sang người.

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

• Hạn chế: Nghiên cứu tập trung thu thập mẫu tại 4 tỉnh đại diện của vùng ĐBSCL (Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang, Sóc Trăng) và tập trung khảo sát 3 nhóm gen ESBL phổ biến nhất (TEM, CTX-M, SHV). Chưa mở rộng phân tích các nhóm gen kháng hiếm gặp khác hoặc các cơ chế kháng qua enzyme carbapenemase/AmpC mở rộng.
• Hướng nghiên cứu tiếp: Mở rộng địa bàn điều tra sang toàn bộ các tỉnh ĐBSCL; theo dõi động thái phát tán plasmid mang gen kháng qua các thử nghiệm tiếp hợp in vitro; nghiên cứu sâu hơn về mối liên hệ kiểu gen của các chủng vi khuẩn bằng các kỹ thuật phân tích xung điện trường (PFGE) hoặc giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS).

---

Giá trị tham khảo

• Đối với nghiên cứu sinh và học viên sau đại học chuyên ngành Thú y, Vi sinh vật học, Bệnh lý học vật nuôi: Là tài liệu tham khảo chuẩn mực về quy trình phân lập, thử nghiệm kiểu hình ESBL theo chuẩn CLSI, kỹ thuật sinh học phân tử định danh gen kháng và phân tích cây phả hệ di truyền.
• Đối với cơ quan quản lý dịch tễ thú y và cán bộ y tế dự phòng (One Health): Cung cấp cơ sở dữ liệu dịch tễ thực tế phục vụ xây dựng kế hoạch hành động quốc gia về phòng chống kháng thuốc (AMR), đánh giá nguy cơ lây truyền vi khuẩn kháng thuốc từ chuỗi sản xuất thực phẩm sang người tiêu dùng.
• Đối với người chăn nuôi và kỹ thuật viên trang trại: Cung cấp thông tin thực tiễn để lựa chọn kháng sinh điều trị phù hợp (tránh các kháng sinh đã đề kháng cao như ampicillin, cephalosporin thế hệ cũ), chú trọng các biện pháp an toàn sinh học và vệ sinh trứng ấp.

---

Câu hỏi thường gặp

1. Tỉ lệ lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà và người chăn nuôi tại ĐBSCL là bao nhiêu?

Theo kết quả nghiên cứu trong luận án, tỉ lệ lưu hành E. coli sinh ESBL trên gà tại ĐBSCL là 62,01% (trong đó gà nuôi ở trang trại nhiễm 70,32%, cao hơn gà ở hộ gia đình là 58,89%). Người chăn nuôi tiếp xúc trực tiếp với gà có tỉ lệ nhiễm vi khuẩn sinh ESBL ở mức cao là 62,5%.

2. Mức độ vấy nhiễm E. coli sinh ESBL trên vỏ trứng và sản phẩm giết mổ được ghi nhận như thế nào?

Trên vỏ trứng gà, mẫu thu thập từ hộ gia đình có tỉ lệ nhiễm là 6,0%, trong khi mẫu từ trang trại nuôi lồng không phát hiện vi khuẩn (0%). Tại 12 cơ sở giết mổ, tỉ lệ nhiễm trên phân gà là 48,33% (87/180 mẫu), gan là 11,67% (21/180 mẫu), thân thịt gà là 11,11% (20/180 mẫu) và phổi là 5,0% (9/180 mẫu). Môi trường sàn mổ, nước vặt lông và nước thải đều ghi nhận sự hiện diện của vi khuẩn.

3. Các chủng E. coli sinh ESBL trong nghiên cứu đề kháng và còn nhạy cảm với những loại kháng sinh nào?

Các chủng E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người đề kháng rất cao đối với Ampicillin (96,67% - 98,87%), Cefaclor (92,60% - 97,50%), Cefuroxime (91,40% - 100%) và Trimethoprim/Sulfamethoxazole (75,00% - 81,24%). Ngược lại, các chủng này còn nhạy cảm cao với Amikacin (94,17% - 94,73%), Fosfomycin (92,20% - 96,67%) và Colistin (83,33% - 86,13%).

4. Tỉ lệ xuất hiện các gen kháng TEM, CTX-M, SHV và đặc điểm di truyền học của chúng ra sao?

Tỉ lệ phát hiện gen TEM đạt cao nhất với 86,21%, tiếp theo là CTX-M (84,15%) và SHV (54,68%), phần lớn các chủng mang đồng thời cả 3 gen. Phân tích trình tự chuỗi nucleotide cho thấy sự tương đồng rất cao với các biến thể CTX-M-3 và TEM-1 trên GenBank. Cây phả hệ phân tích bằng phần mềm MEGA 6.0 xác nhận các gen này ở gà, trứng, người và môi trường có quan hệ di truyền rất gần gũi.

---

Kết luận

Luận án tiến sĩ của tác giả Bùi Thị Lê Minh đã khảo sát toàn diện thực trạng lưu hành và đặc tính sinh học phân tử của vi khuẩn E. coli sinh beta-lactamase phổ rộng (ESBL) trên chuỗi chăn nuôi và giết mổ gia cầm tại 4 tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long. Kết quả nghiên cứu xác định tỉ lệ nhiễm ESBL cao trên đàn gà (62,01%), người chăn nuôi (62,5%), cùng sự hiện diện phổ biến của vi khuẩn trong sản phẩm giết mổ và môi trường chăn nuôi. Đa số các chủng phân lập biểu hiện tính đa kháng thuốc phức tạp đối với nhiều kháng sinh nhóm beta-lactam và sulfonamide nhưng vẫn duy trì tính nhạy cảm cao với amikacin, fosfomycin và colistin. Việc phân tích kiểu gen và cây phát sinh loài đã chứng minh ưu thế của gen TEM và CTX-M cùng quan hệ di truyền mật thiết giữa các chủng phân lập từ gia cầm và con người, cung cấp cơ sở khoa học quan trọng cho công tác kiểm soát đề kháng kháng sinh và vệ sinh an toàn thực phẩm theo định hướng Một sức khỏe (One Health).

Trích đoạn nội dung tài liệu

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ BÙI THỊ LÊ MINH KHẢO SÁT VI KHUẨN ESCHERICHIA COLI SINH BETA-LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG LUẬN ÁN TỐT NGHIỆP TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 CÁN BỘ HƢỚNG DẪN PGS. LƢU HỮU MÃNH 2018 LỜI CẢM TẠ Trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án, ngoài sự nổ lực và phấn đấu của bản thân, tôi đã nhận được sự giúp đỡ của rất nhiều người. Nhân đây, tôi gửi lời cảm ơn chân thành đến những người đã luôn quan tâm, lo lắng và hỗ trợ tận tình cho tôi trong suốt thời gian qua. Trước tiên, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến ba mẹ và những người thân yêu trong gia đình.

Cám ơn ba mẹ đã không quản khó khăn, vất vả, luôn bên cạnh động viên và là chỗ dựa tinh thần vững chắc để giúp tôi có thể tiếp bước trên con đường học vấn đến ngày hôm nay. Cảm ơn chồng và các con của tôi đã tạo điều kiện tốt cho tôi có thời gian học tập, luôn giành cho tôi tất cả tình yêu, sự khuyến khích và ủng hộ tôi trong thời gian học tập và hoàn thành luận án tiến sĩ. Tôi xin chân thành cảm ơn PGS. Lưu Hữu Mãnh và PGS.

Nguyễn Nhựt Xuân Dung đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, dành nhiều thời gian và công sức giúp cho tôi có định hướng đúng đắn trong quá trình học tập, thực hiện nghiên cứu và hoàn thành luận án tiến sĩ. Thầy và cô là người đã khơi dậy và truyền cho tôi lòng tự tin, niềm đam mê nghiên cứu khoa học. Xin chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu trường Đại học Cần Thơ, Ban Chủ nhiệm Khoa Nông nghiệp và Sinh học ứng dụng, Ban Chủ nhiệm Bộ môn Thú y đã tạo điều kiện cho tôi được học tập nâng cao trình độ chuyên môn. Cảm ơn quý thầy cô và các bạn đồng nghiệp đã động viên và giúp đỡ tôi trong suốt thời gian học tập.

Xin gửi lời cảm ơn đến các cán bộ của Chi cục thú y, Trạm thú y, các chủ hộ và trại chăn nuôi ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Sóc Trăng, Hậu Giang và các học viên cao học, sinh viên đã đồng hành với tôi trong quá trình thực hiện luận án. Kính chúc mọi người thật dồi dào sức khỏe, hạnh phúc và thành công trong cuộc sống. Bùi Thị Lê Minh i TÓM TẮT Luận án được thực hiện để nghiên cứu về E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng bằng sông Cửu Long.

Mục tiêu của luận án là (i) Xác định sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trên gà ở quy mô chăn nuôi trang trại và hộ gia đình, các yếu tố có liên quan như trứng gà, người chăn nuôi, thịt gà ở cơ sở giết mổ và các yếu tố môi trường tại khu vực chăn nuôi và cơ sở giết mổ gia cầm ở một số tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long; (ii) Xác định đặc tính đề kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL đối với một số loại kháng sinh được sử dụng phổ biến trên gà và (iii) Đánh giá sự tương đồng di truyền của các gen CTX-M và TEM ở vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, trứng, người chăn nuôi và môi trường chăn nuôi.

Mẫu nghiên cứu được thu thập từ 304 hộ gia đình, 104 trang trại nuôi gà công nghiệp và 12 cơ sở giết mổ gia cầm ở tỉnh Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang và Sóc Trăng. coli sinh ESBL được phân lập bằng phương pháp đĩa kết hợp. Tính nhạy cảm của E. coli sinh ESBL đối với kháng sinh được kiểm tra bằng phương pháp khuếch tán trên thạch; 14 loại kháng sinh thử nghiệm là ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin và colistin.

coli sinh ESBL chọn lọc được từ phương pháp đĩa kết hợp và kết quả kháng sinh đồ được dùng để xác định sự hiện diện các gen TEM, CTX-M và SHV bằng phương pháp PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Phân tích trình tự nucleotide của các gen được thực hiện tại công ty Macrogen, Hàn Quốc. Kết quả phân tích trình tự nucleotide của gen TEM và CTX-M được so sánh tương đồng di truyền với các gen TEM và CTX-M trên thế giới trong cơ sở dữ liệu Ngân hàng gen thuộc Trung tâm Quốc gia về Thông tin Công nghệ Sinh học, Hoa kỳ (NCBI) bằng chương trình Blast. Phần mềm Mega 6.0 được sử dụng để xây dựng cây phả hệ di truyền bằng phương pháp Maximum-likelihood.

Kết quả nghiên cứu thu được như sau: (i) Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở Đồng bằng sông Cửu Long là 62,01%. Tỉ lệ lưu hành vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên gà ở hộ gia đình (58,89%) thấp hơn trên gà ở trang trại (70,32%).

Gà ở mọi lứa tuổi đều nhiễm E. coli sinh ESBL. Người chăn nuôi tiếp xúc trực tiếp với gà nhiễm E. coli sinh ESBL với tỉ lệ cao 62,5%.

coli sinh ESBL không được phát hiện ở vỏ trứng gà từ trang trại trong khi có 6% vỏ trứng gà từ hộ gia đình nhiễm E. coli sinh ESBL. Các yếu tố môi trường chăn nuôi gồm nước sinh hoạt, thức ăn ở máng ăn, nước ở máng uống và không khí chuồng nuôi đều có sự hiện của vi khuẩn E. coli sinh ESBL.

Tại 12 cơ sở giết mổ, tỉ lệ nhiễm vi khuẩn E. coli sinh ESBL trên mẫu phân, thịt, gan và phổi lần lượt là 48,33% (87/180), 11,11% (20/180), 11, 67% (21/180) và 5% (9/180). coli sinh ESBL cũng được phát hiện trong các yếu tố môi trường như sàn giết mổ, nước vặt lông và nước thải. ii (ii) Vi khuẩn E.

coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi gần như tương đồng về sự nhạy cảm và đề kháng các loại kháng sinh. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi đề kháng cao với ampicillin (96,67- 98,87%), cefaclor (92,6-97,5%), cefuroxime (91,4-100%) và trimethoprim/sulfamethoxazole (75,0-81,24%). coli sinh ESBL phân lập từ gà đa kháng 2 – 14 trong khi các vi khuẩn này phân lập từ người chăn nuôi đa kháng 3-13 loại kháng sinh. Có 359 kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E.

coli sinh ESBL phân lập từ gà trong khi kiểu hình đa kháng kháng sinh ở E. coli sinh ESBL phân lập từ người chăn nuôi gà là 40 kiểu. Tuy nhiên, các vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà và người chăn nuôi đều nhạy cảm cao đối với amikacin (94,17- 94,73%), fosfomycin (92,20-96,67%) và colistin (83,33-86,13%).

(iii) Các gen TEM, SHV và CTX-M được phát hiện với tỉ lệ cao trên vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ các loại mẫu thu thập ở hộ gia đình, trang trại và cơ sở giết mổ. Tỉ lệ lưu hành gen TEM (86,21%) và CTX-M (84,15%) cao hơn tỉ lệ lưu hành gen SHV (54,68%). Sự lưu hành đồng thời các gen TEM, CTX-M, SHV trên một vi khuẩn chiếm ưu thế.

Trình tự nucleotide của các gen CTX-M và TEM có sự tương đồng rất cao với các gen CTX-M-3 và TEM-1 được công bố trên Ngân hàng gen. Các gen CTX-M và TEM trên vi khuẩn E. coli sinh ESBL phân lập từ gà, vỏ trứng, người chăn nuôi và các yếu tố môi trường chăn nuôi có mối quan hệ di truyền gần nhau. Từ khóa: Đề kháng kháng sinh, gà, E.

coli, ESBL, CTX-M, SHV, TEM iii ABSTRACT The dissertation was carried out to research on ESBL producing E. coli in chickens in Mekong Delta. The aims of the dissertation were: (i) To determine the prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in industrial farms and small households, relative factors such as eggs, chicken rearers, chicken meat in slaughterhouses and the environmental factors of husbandry regions and slaughterhouses in Mekong Delta; (ii) To determine the antibiotic resistance characterization of ESBL producing E.

coli isolated to the most commonly antibiotics used for chickens and (iii) To evaluate the homologeneity of CTX-M and TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from chicken, egg, chicken rearer and husbandry environment. Samples were collected from 304 households, 104 industrial chicken farms, and 12 chicken slaughterhouses in Vinh Long, Tra Vinh, Hau Giang and Soc Trang provinces. coli was isolated by combination disk method.

The antibiotic resistance of bacteria was performed by disk diffusion method. Fourteen antibiotics including ampicillin, cefaclor, cefuroxime, gentamicin, streptomycin, kanamycin, amikacin, tetracycline, doxycycline, norfloxacin, ofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, fosfomycin and colistin were tested. coli isolates selected from the results of combination disk method and antimicrobial susceptibility test were determined TEM, SHV and CTX-M genes by PCR method with specific primers. Analyzing genetic sequences of nucleotides of genes encoding ESBL was carried out at Macrogen company, Korea.

The genetic homologeneity were compared to the data base of genebank of National Center for Biotechnology Information (NCBI) by Blast software.0 software was used for building phylogenetic tree and used Maximum-likelihood method. The results are as follows: (i) The prevalence of ESBL producing E. coli on chickens in the Mekong Delta was 62. The prevalence of them on chickens in households (58.89%) was slower than on chickens in in industrial farms (70.

The all of chicken ages were infected. The farmers (chicken rearers) contacted directly to poultry were infected at high rate 62. coli were not detected in egg shells from industrial farms while egg shells from households infected 6%. The husbandry environmental factors including domestic water, feed and water in trough, air were all detected ESBL producing E.

At slaughterhouses, the prevalence of them in feacal, meat, liver and lung samples were 48. coli were also detected in the environmental factors such as floor, removing feather water and waste water. (ii) Susceptibility and antibiotic resistance of ESBL producing E. coli isolated from chickens and farmers seem to be similarity.

They were highly resistant iv to ampicillin (96.4-100%) and trimethoprim/sulfamethoxazole (75. coli isolated from chickens were multiresistant to 2–14 antibiotics while those isolated from farmers were multiresistant to 3-13 antibiotics. There were 359 antibiotic multiresistant phenotypes in ESBL producing E. coli isolated from chicken while those from farmers were 40.

However, these bacteria were highly sensitive to amikacin (94. (iii) TEM, SHV and CTX-M genes were highly detected in ESBL producing E. coli isolated from the all of samples collected in households, farms and slaughterhouses. The prevalence of TEM (86.15%) genes was higher than the prevalence of SHV gene (54.

The occurence of TEM, CTX-M, SHV gene combination in a bacteria was popular. Nucleotide sequences of TEM and CTX-M genes were significantly correlative TEM-1 and CTX-M-3 genes published on Gen Bank. CTX-M and TEM genes in ESBL producing E. coli isolated from chickens, egg shells, farmers and husbandry environment factors had the high genetic homologeneity.

Key words: Antibiotic resistance, chickens, E.