Luận án tiến sĩ: Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp từ thực phẩm tại TP.HCM

• Người hướng dẫn: PGS. TS Nguyễn Hoàng Khuê Tú
• Trường học: Trường Đại học Nông Lâm TP. HCM
• Chuyên ngành: Khoa học Sinh học
• Đề tài: Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hồ Chí Minh
• Loại tài liệu: luận án
• Năm xuất bản: 2020
• Địa điểm: TP. HCM

• LỜI CẢM ƠN
• TÓM TẮT
• SUMMARY
• KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
• MỤC LỤC
• DANH MỤC CÁC BẢNG
• MỞ ĐẦU. MỞ ĐẦU
• MỞ ĐẦU.1. Đóng góp mới của luận án
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN
• 1.1. Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp. trên thế giới
• 1.2. Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp. tại Việt Nam
• 1.3. Thực trạng sử dụng và tồn dư kháng sinh
• 1.4. Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella spp. trên thế giới
• 1.5. Tình hình kháng kháng sinh của Salmonella spp. tại Việt Nam
• 1.6. Đặc điểm sinh học của Salmonella spp.
• 1.6.1. Đặc điểm hình thái
• 1.6.2. Đặc tính nuôi cấy
• 1.6.3. Đặc tính sinh hóa
• 1.7. Hệ gen của Salmonella spp.
• 1.7.1. Cơ chế kháng aminoglycoside của Salmonella spp.
• 1.7.2. Cơ chế kháng β-lactam của Salmonella spp.
• 1.7.3. Cơ chế kháng phenicol của Salmonella spp.
• 1.7.4. Cơ chế kháng quinolone của Salmonella spp.
• 1.7.5. Cơ chế kháng tetracycline của Salmonella spp.
• 1.7.6. Cơ chế kháng sulfonamide/trimethoprim của Salmonella spp.
• 1.8. Tình hình nghiên cứu gen kháng kháng sinh của Salmonella spp.
• 1.9. Yếu tố di truyền di động
• 1.9.1. Integron nhóm 3, 4 và 5
• 1.9.2. Gen cassette
• 2. CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Môi trường nuôi cấy, hóa chất, thuốc thử dùng phân lập Salmonella spp.
• 2.2. Môi trường dùng khảo sát tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.3. Hóa chất sinh học phân tử
• 2.4. Chủng chuẩn vi sinh vật dùng làm kiểm soát
• 2.5. Phương pháp
• 2.5.1. Phương pháp xác định cỡ mẫu
• 2.5.2. Phương pháp lấy và bảo quản mẫu
• 2.5.3. Phương pháp phân lập Salmonella spp.
• 2.5.3.1. Chuẩn bị mẫu thử và huyền phù ban đầu
• 2.5.3.2. Tăng sinh sơ bộ không chọn lọc
• 2.5.3.3. Tăng sinh chọn lọc
• 2.5.4. Phương pháp xác định serovar của Salmonella spp.
• 2.5.5. Khảo sát tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.5.1. Lựa chọn kháng sinh thử nghiệm
• 2.5.5.2. Phương pháp xác định tính nhạy với kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.6. Ly trích DNA của Salmonella spp.
• 2.5.7. Phương pháp phát hiện Salmonella spp. bằng kỹ thuật PCR
• 2.5.8. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm phân tử liên quan đến sự đa kháng của Salmonella
• 2.5.8.1. Khảo sát sự hiện diện plasmid không tương hợp của các chủng Salmonella
• 2.5.8.2. Khảo sát sự hiện diện của các nhóm integron và vùng gen cassette
• 2.5.8.3. Khảo sát sự hiện diện gen kháng kháng sinh của Salmonella spp.
• 2.5.9. Thành phần và quy trình nhiệt của các phản ứng s-PCR
• 2.5.10. Thành phần và quy trình nhiệt của các phản ứng m-PCR
• 2.5.11. Điện di và đọc kết quả
• 2.5.12. Giải trình tự thế hệ mới
• 2.5.13. Phương pháp xử lý số liệu
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Xác định tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. đối với các nhóm thực phẩm
• 3.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.1. Khả năng kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.2. Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.2.3. Khả năng kháng từng loại kháng sinh của các chủng Salmonella spp. theo nguồn phân lập
• 3.3. Kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp.
• 3.3.1. Kết quả xác định serovar của Salmonella spp.
• 3.3.2. Mức độ kháng từng loại kháng sinh của serovar theo nguồn phân lập
• 3.4. Sự hiện diện các nhóm integron của Salmonella
• 3.5. Đặc điểm vùng gen cassette của Salmonella dương tính với integron 1, 2
• 3.6. Đặc điểm plasmid của Salmonella spp.
• 3.7. Sự hiện diện gen mã hóa sinh ESBL
• 3.8. Sự hiện diện gen kháng nhóm tetracyline
• 3.9. Sự hiện diện gen kháng nhóm phenicol
• 3.10. Sự hiện diện gen kháng nhóm quinolon
• 3.11. Sự hiện diện gen kháng nhóm aminoglycoside
• 3.12. Sự hiện diện gen kháng nhóm sulfonamide
• 3.13. Phân tích mối quan hệ các nhóm gen kháng với cơ chế đa kháng của Salmonella
• 3.14. Đánh giá chất lượng giải trình tự
• 3.15. Lắp ráp de novo và xác định nguồn gốc contigs
• 3.16. Kết quả giải trình tự nhiều locus (MLST) và xác định serotype
• 3.17. Phân tích nhóm gen kháng liên quan yếu tố di truyền di động
• 3.18. Phân tích các nhóm gen kháng kháng sinh của Salmonella
• 3.18.1. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm β-lactam
• 3.18.2. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm phenicol
• 3.18.3. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm quinolon
• 3.18.4. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm aminoglycoside
• 3.18.5. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm tetracycline
• 3.18.6. Nhóm gen liên quan đến kháng nhóm sulfonamide/trimethoprim
• KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• DANH MỤC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC

I. Giới thiệu và bối cảnh nghiên cứu

Nghiên cứu này tập trung vào tính kháng kháng sinh của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại TP.HCM. Kháng kháng sinh là một vấn đề nghiêm trọng trong y tế công cộng, đặc biệt khi liên quan đến bệnh truyền qua thực phẩm. Salmonella spp. là một trong những vi khuẩn gây bệnh phổ biến nhất, và sự kháng thuốc của chúng làm giảm hiệu quả điều trị. Nghiên cứu này nhằm đánh giá tình trạng kháng thuốc của Salmonella spp. từ các nguồn thực phẩm khác nhau, đồng thời phân tích các yếu tố di truyền liên quan đến khả năng kháng thuốc.

1.1. Tình hình kháng kháng sinh toàn cầu

Kháng kháng sinh đang trở thành mối đe dọa toàn cầu, với dự đoán sẽ gây ra 10 triệu ca tử vong hàng năm vào năm 2050. Salmonella spp. là một trong những tác nhân chính gây ra các vụ ngộ độc thực phẩm, với hơn 93,8 triệu ca nhiễm và 155.000 ca tử vong hàng năm. Sự gia tăng tình trạng kháng thuốc của Salmonella spp., đặc biệt là đa kháng, đang làm giảm hiệu quả điều trị và tăng tỷ lệ tử vong.

1.2. Tình hình tại Việt Nam

Tại TP.HCM, việc giám sát kháng kháng sinh trong thực phẩm chưa được hệ thống hóa. Nghiên cứu này là một nỗ lực để hiểu rõ hơn về tình trạng kháng thuốc của Salmonella spp. từ các nguồn thực phẩm phổ biến như thịt, hải sản và rau củ. Kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp dữ liệu quan trọng cho việc xây dựng các chính sách an toàn thực phẩm và kiểm soát bệnh truyền qua thực phẩm.

II. Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu được thực hiện tại Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm TP.HCM từ tháng 9/2019 đến tháng 9/2020. Các mẫu thực phẩm được thu thập từ các chợ bán lẻ trên địa bàn thành phố. Phương pháp xét nghiệm bao gồm phân lập Salmonella spp., xác định tính kháng kháng sinh, và phân tích các yếu tố di truyền như integron và plasmid. Các kỹ thuật nghiên cứu vi sinh và phân tích phân tử được áp dụng để đánh giá toàn diện tình trạng kháng thuốc của các chủng Salmonella spp..

2.1. Phân lập và xác định vi khuẩn

Các mẫu thực phẩm được xử lý và nuôi cấy trên môi trường chọn lọc để phân lập Salmonella spp.. Sau đó, các chủng vi khuẩn được xác định bằng các phương pháp sinh hóa và phân tử. Phương pháp xét nghiệm PCR được sử dụng để xác nhận sự hiện diện của Salmonella spp. và các gen kháng thuốc.

2.2. Đánh giá tính kháng kháng sinh

Tính kháng kháng sinh của các chủng Salmonella spp. được đánh giá bằng phương pháp kháng sinh đồ. Các kháng sinh được sử dụng bao gồm ampicillin, streptomycin, chloramphenicol, và sulfamethoxazole/trimethoprim. Kết quả cho thấy tỷ lệ kháng thuốc cao đối với các kháng sinh này, trong khi ceftazidime có hiệu quả cao trong việc ức chế Salmonella spp..

III. Kết quả và thảo luận

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. trong các mẫu thực phẩm là 16,84%, với tỷ lệ cao nhất ở nhóm thịt (43,16%). Các chủng Salmonella spp. kháng nhiều loại kháng sinh, đặc biệt là ampicillin và streptomycin. Nghiên cứu cũng phát hiện sự hiện diện của các integron và plasmid liên quan đến tính kháng thuốc. Các gen kháng thuốc như blaTEM và blaCTX được tìm thấy với tỷ lệ cao, cho thấy sự phức tạp của cơ chế kháng thuốc ở Salmonella spp..

3.1. Tỷ lệ nhiễm Salmonella spp.

Tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. cao nhất ở nhóm thịt (43,16%), tiếp theo là hải sản (23,95%) và rau củ (0,26%). Không có mẫu trứng nào nhiễm Salmonella spp.. Kết quả này phản ánh nguy cơ cao từ các sản phẩm thịt trong việc lây truyền bệnh truyền qua thực phẩm.

3.2. Đặc điểm kháng kháng sinh

Các chủng Salmonella spp. kháng nhiều loại kháng sinh, với tỷ lệ kháng ampicillin và streptomycin lên đến 52%. Ceftazidime là kháng sinh hiệu quả nhất với tỷ lệ nhạy cảm 96%. Sự hiện diện của các integron và plasmid cho thấy cơ chế kháng thuốc phức tạp, đòi hỏi các biện pháp kiểm soát chặt chẽ hơn.

IV. Kết luận và đề xuất

Nghiên cứu này cung cấp cái nhìn toàn diện về tình trạng kháng thuốc của Salmonella spp. từ thực phẩm tại TP.HCM. Kết quả cho thấy sự cần thiết của việc tăng cường giám sát và kiểm soát an toàn thực phẩm, đặc biệt là đối với các sản phẩm thịt. Các biện pháp can thiệp cần tập trung vào việc giảm thiểu sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi và cải thiện quy trình chế biến thực phẩm để ngăn ngừa bệnh truyền qua thực phẩm.

4.1. Đề xuất chính sách

Cần thiết lập hệ thống giám sát liên tục kháng kháng sinh trong thực phẩm, đặc biệt là các sản phẩm thịt. Các chính sách an toàn thực phẩm cần được cập nhật để đối phó với tình trạng kháng thuốc ngày càng gia tăng.

4.2. Hướng nghiên cứu tương lai

Nghiên cứu sâu hơn về các yếu tố di truyền liên quan đến kháng kháng sinh của Salmonella spp. sẽ giúp hiểu rõ hơn về cơ chế kháng thuốc và phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả hơn.