Xác Định Gen Kháng Thuốc Của Chủng Vi Khuẩn Salmonella Đa Kháng Từ Thịt Tươi Ở Hà Nội

Nghiên cứu xác định gen kháng thuốc của vi khuẩn salmonella đa kháng từ thịt tươi tại Hà Nội, góp phần nâng cao an toàn thực phẩm.

• Tác giả: Trần Thị Hoài Thu
• Người hướng dẫn: TS. Võ Thị Bích Thủy
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Xác định gen kháng thuốc của chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng phân lập từ thịt tươi ở một số địa điểm tại Hà Nội
• Loại tài liệu: luận văn
• Năm xuất bản: 2016
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• MỤC LỤC
• DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH MỤC BẢNG
• DANH MỤC ẢNH, HÌNH
• TRÍCH YẾU LUẬN VĂN
• 1. CHƯƠNG 1: TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
• 2. CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 2.1. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU VỀ VI KHUẨN SALMONELLA VÀ BỆNH DO CHÚNG GÂY RA
• 2.1.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới
• 2.1.2. Tình hình nghiên cứu ở trong nước
• 3. CHƯƠNG 3: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 3.1. Địa điểm nghiên cứu
• 3.2. Thời gian nghiên cứu
• 3.3. Đối tượng/vật liệu nghiên cứu
• 3.4. Vật liệu nghiên cứu
• 3.5. Nội dung nghiên cứu
• 3.6. Phương pháp nghiên cứu
• 3.6.1. Phương pháp nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella spp.
• 3.6.2. Phương pháp xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh
• 3.6.3. Phương pháp định typ bằng phản ứng huyết thanh học
• 3.6.4. Phương pháp xác định một số gen kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng bằng phương pháp RT-PCR
• 3.6.5. Phương pháp xử lý số liệu
• 4. CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 4.1. Kết quả nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella
• 4.2. Kết quả xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trong mẫu thịt lợn, gà
• 4.3. Kết quả giám định các đặc tính sinh hóa của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được
• 4.4. Kết quả kiểm tra khả năng mẫn cảm với kháng sinh của vi khuẩn Salmonella phân lập được
• 4.5. Kết quả định typ chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng phân lập được
• 4.6. Kết quả phát hiện và đánh giá gen kháng thuốc của chủng Salmonella đa kháng phân lập được
• 4.7. Kết quả tách chiết RNA tổng số của chủng Salmonella đa kháng phân lập được
• 4.8. Kết quả RT-PCR phát hiện gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng
• 4.9. Kết quả đánh giá gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng
• 5. CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Gen Kháng Thuốc Salmonella Tại Hà Nội

Nghiên cứu về gen kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella đang trở thành một vấn đề cấp thiết, đặc biệt khi chúng ta xem xét sự gia tăng của các chủng Salmonella đa kháng thuốc trong thịt tươi tại Hà Nội. Sự lây lan của các chủng vi khuẩn này không chỉ đe dọa an toàn thực phẩm mà còn gây ra những nguy cơ nghiêm trọng cho sức khỏe cộng đồng. Việc hiểu rõ về cơ chế kháng kháng sinh và sự phân bố của các gen kháng kháng sinh trong vi khuẩn Salmonella là vô cùng quan trọng để phát triển các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa hiệu quả. Nghiên cứu này tập trung vào việc xác định các gen kháng thuốc phổ biến trong các chủng Salmonella phân lập từ thịt lợn và thịt gà được bán tại các chợ ở Hà Nội, từ đó đánh giá mức độ đề kháng kháng sinh và nguy cơ tiềm ẩn đối với người tiêu dùng.

1.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu Salmonella kháng thuốc

Nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc đánh giá thực trạng kháng thuốc của vi khuẩn Salmonella tại Hà Nội. Kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp thông tin quan trọng cho các cơ quan quản lý an toàn thực phẩm và các nhà hoạch định chính sách để đưa ra các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa hiệu quả. Ngoài ra, nghiên cứu này cũng góp phần nâng cao nhận thức của cộng đồng về nguy cơ kháng kháng sinh và tầm quan trọng của việc sử dụng kháng sinh một cách hợp lý.

1.2. Mục tiêu và phạm vi nghiên cứu gen kháng thuốc

Mục tiêu chính của nghiên cứu là xác định sự có mặt và mức độ biểu hiện của một số gen kháng thuốc của chủng Salmonella gây bệnh phân lập từ thịt tươi ở một số địa điểm tại Hà Nội. Nghiên cứu cũng nhằm cảnh báo hiện tượng kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn Salmonella gây bệnh cho người lây truyền qua sản phẩm có nguồn gốc động vật, từ đó đưa ra biện pháp nhằm giảm sự kháng kháng sinh của vi khuẩn Salmonella trong thực phẩm tươi sống.

II. Thách Thức Từ Salmonella Đa Kháng Thuốc Trong Thịt Tươi

Sự xuất hiện của Salmonella đa kháng thuốc trong thịt tươi là một thách thức lớn đối với an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng. Việc sử dụng kháng sinh rộng rãi trong chăn nuôi đã tạo điều kiện cho sự phát triển và lan rộng của các chủng vi khuẩn này. Thịt nhiễm Salmonella có thể gây ra các bệnh nhiễm trùng nghiêm trọng ở người, đặc biệt là ở trẻ em, người già và những người có hệ miễn dịch suy yếu. Ngộ độc thực phẩm do Salmonella không chỉ gây ra các triệu chứng khó chịu như tiêu chảy, nôn mửa và đau bụng mà còn có thể dẫn đến các biến chứng nguy hiểm, thậm chí tử vong. Do đó, việc kiểm soát và ngăn chặn sự lây lan của Salmonella đa kháng thuốc trong chuỗi cung ứng thực phẩm là vô cùng quan trọng.

2.1. Nguy cơ ngộ độc thực phẩm từ thịt nhiễm Salmonella

Việc tiêu thụ thịt nhiễm Salmonella có thể dẫn đến ngộ độc thực phẩm với các triệu chứng như tiêu chảy, sốt, đau bụng và nôn mửa. Trong một số trường hợp nghiêm trọng, nhiễm trùng Salmonella có thể lan rộng ra ngoài đường ruột và gây ra các biến chứng nguy hiểm như nhiễm trùng máu, viêm màng não và viêm khớp. Theo tài liệu, từ năm 2000 đến 2006 ở Việt Nam đã có hàng trăm vụ ngộ độc, trong đó tỷ lệ ngộ độc do vi sinh vật chiếm 35 - 55%.

2.2. Tác động của kháng sinh trong chăn nuôi đến Salmonella

Việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi, đặc biệt là sử dụng không đúng cách hoặc lạm dụng, đã tạo ra áp lực chọn lọc, thúc đẩy sự phát triển của các chủng Salmonella kháng thuốc. Các gen kháng kháng sinh có thể lây lan giữa các vi khuẩn thông qua các cơ chế như truyền plasmid và gen di động, dẫn đến sự gia tăng của các chủng Salmonella đa kháng thuốc.

2.3. Ảnh hưởng của Salmonella kháng thuốc đến sức khỏe cộng đồng

Sự gia tăng của Salmonella kháng thuốc gây khó khăn cho việc điều trị các bệnh nhiễm trùng do Salmonella. Các kháng sinh thông thường có thể không còn hiệu quả, đòi hỏi phải sử dụng các kháng sinh mạnh hơn, đắt tiền hơn và có nhiều tác dụng phụ hơn. Điều này không chỉ làm tăng chi phí điều trị mà còn làm tăng nguy cơ thất bại trong điều trị và kéo dài thời gian nằm viện.

III. Phương Pháp Xác Định Gen Kháng Thuốc Salmonella Đa Kháng

Nghiên cứu này sử dụng một loạt các phương pháp vi sinh vật và sinh học phân tử để xác định các gen kháng thuốc trong các chủng Salmonella đa kháng thuốc phân lập từ thịt tươi. Các phương pháp bao gồm phân lập Salmonella từ mẫu thịt, xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh, định typ bằng phản ứng huyết thanh học, tách chiết RNA, tổng hợp cDNA và RT-PCR để phát hiện và đánh giá các gen kháng kháng sinh. Kết quả từ các phương pháp này sẽ cung cấp thông tin chi tiết về các gen kháng thuốc phổ biến trong các chủng Salmonella tại Hà Nội.

3.1. Quy trình phân lập và xác định Salmonella từ thịt

Quy trình phân lập Salmonella bao gồm các bước như làm giàu mẫu trong môi trường BPW (Buffer Peptone Water), cấy chuyển lên các môi trường chọn lọc như XLD (Xylose Lysine Desoxycholate) và BSA (Bismuth Sulphite Agar), và xác định bằng các xét nghiệm sinh hóa. Các chủng Salmonella được xác định sẽ được lưu trữ để sử dụng cho các xét nghiệm tiếp theo.

3.2. Phương pháp xác định khả năng kháng kháng sinh kháng sinh đồ

Khả năng kháng kháng sinh của các chủng Salmonella được xác định bằng phương pháp kháng sinh đồ sử dụng đĩa giấy tẩm kháng sinh. Vùng ức chế xung quanh đĩa giấy được đo và so sánh với các tiêu chuẩn của CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) để xác định mức độ mẫn cảm hoặc kháng thuốc của vi khuẩn.

3.3. Kỹ thuật RT PCR phát hiện gen kháng kháng sinh

Kỹ thuật RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) được sử dụng để phát hiện và định lượng các gen kháng kháng sinh trong các chủng Salmonella. RNA được chiết xuất từ vi khuẩn, chuyển đổi thành cDNA và khuếch đại bằng PCR sử dụng các cặp mồi đặc hiệu cho từng gen kháng thuốc. Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose để xác định sự có mặt của gen.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Gen Kháng Thuốc Salmonella Tại Hà Nội

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm Salmonella trong các mẫu thịt tươi tại các chợ ở Hà Nội là đáng báo động. Nhiều chủng Salmonella phân lập được có khả năng kháng nhiều loại kháng sinh, bao gồm cả các kháng sinh thường được sử dụng trong điều trị nhiễm trùng ở người. Nghiên cứu cũng xác định được một số gen kháng thuốc phổ biến trong các chủng Salmonella, như tetA, cat-1, cmlA và floR, mã hóa khả năng kháng tetracycline, chloramphenicol và phenicol. Những kết quả này cho thấy nguy cơ tiềm ẩn đối với an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng do sự lây lan của Salmonella đa kháng thuốc.

4.1. Tỷ lệ nhiễm Salmonella trong thịt lợn và thịt gà

Nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm Salmonella trong thịt lợn và thịt gà tại các chợ ở Hà Nội là 21,67%, trong đó, thịt lợn chiếm 20,0%, thịt gà chiếm 23,3%. Tỷ lệ này cho thấy sự ô nhiễm Salmonella trong thịt tươi là một vấn đề đáng quan tâm.

4.2. Mức độ kháng kháng sinh của các chủng Salmonella phân lập

Các chủng Salmonella phân lập được có khả năng kháng cao với streptomycine (83,3%), tetracycline (66,7%), chloramphenicol (50%), amoxicillin (50%), trimethoprime/sulfamethoxazol (50%) và ampicillin (50%). Các chủng được lựa chọn có khả năng đa kháng kháng sinh với 4 - 7 loại kháng sinh.

4.3. Phát hiện các gen kháng thuốc phổ biến tetA cat 1 cmlA floR

Nghiên cứu đã phát hiện 4 kiểu gen kháng sinh là tetA, cat-1, cmlA, floR kháng tetracycline, chloramphenicol và phenicol của chủng Salmonella đa kháng. Tỷ lệ kháng chloramphenicol khá cao, đặc biệt là tỷ lệ kiểu gen cmlA với 83,7% ở chủng L5 (nguồn gốc thịt lợn).

V. Ứng Dụng Và Giải Pháp Kiểm Soát Salmonella Kháng Thuốc

Kết quả nghiên cứu này có thể được sử dụng để phát triển các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa sự lây lan của Salmonella đa kháng thuốc trong chuỗi cung ứng thực phẩm. Các biện pháp này bao gồm tăng cường kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm tại các chợ và lò mổ, khuyến khích sử dụng kháng sinh một cách hợp lý trong chăn nuôi, và nâng cao nhận thức của người tiêu dùng về nguy cơ kháng kháng sinh. Ngoài ra, cần có các nghiên cứu sâu hơn về cơ chế kháng thuốc của Salmonella để phát triển các phương pháp điều trị hiệu quả hơn.

5.1. Biện pháp kiểm soát Salmonella tại các chợ và lò mổ

Cần tăng cường kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm tại các chợ và lò mổ để đảm bảo rằng thịt được xử lý và bảo quản đúng cách. Các biện pháp vệ sinh như rửa tay, khử trùng dụng cụ và bề mặt tiếp xúc với thịt cần được thực hiện nghiêm ngặt để ngăn ngừa sự lây lan của Salmonella.

5.2. Hướng dẫn sử dụng kháng sinh hợp lý trong chăn nuôi

Cần có các hướng dẫn và quy định rõ ràng về việc sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi để đảm bảo rằng kháng sinh chỉ được sử dụng khi cần thiết và theo chỉ định của bác sĩ thú y. Việc sử dụng kháng sinh để kích thích tăng trưởng cần được loại bỏ hoàn toàn.

5.3. Nâng cao nhận thức cộng đồng về kháng kháng sinh

Cần nâng cao nhận thức của cộng đồng về nguy cơ kháng kháng sinh và tầm quan trọng của việc sử dụng kháng sinh một cách hợp lý. Người tiêu dùng cần được khuyến khích mua thịt từ các nguồn uy tín và nấu chín thịt kỹ trước khi ăn.

VI. Kết Luận Và Hướng Nghiên Cứu Về Gen Kháng Thuốc Salmonella

Nghiên cứu này đã cung cấp những bằng chứng quan trọng về sự lây lan của Salmonella đa kháng thuốc trong thịt tươi tại Hà Nội. Kết quả nghiên cứu cho thấy cần có các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa hiệu quả để bảo vệ an toàn thực phẩm và sức khỏe cộng đồng. Trong tương lai, cần có các nghiên cứu sâu hơn về cơ chế kháng thuốc của Salmonella, sự lây lan của gen kháng kháng sinh và tác động của Salmonella đa kháng thuốc đối với sức khỏe con người.

6.1. Tóm tắt kết quả chính và ý nghĩa của nghiên cứu

Nghiên cứu đã xác định được tỷ lệ nhiễm Salmonella cao trong thịt tươi tại Hà Nội, mức độ kháng kháng sinh đáng báo động của các chủng Salmonella phân lập và sự có mặt của các gen kháng thuốc phổ biến. Kết quả nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc cảnh báo nguy cơ kháng kháng sinh và định hướng các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa.

6.2. Hướng nghiên cứu tiếp theo về Salmonella kháng thuốc

Các hướng nghiên cứu tiếp theo có thể tập trung vào việc nghiên cứu cơ chế kháng thuốc của Salmonella, sự lây lan của gen kháng kháng sinh giữa các vi khuẩn và tác động của Salmonella đa kháng thuốc đối với sức khỏe con người. Ngoài ra, cần có các nghiên cứu về hiệu quả của các biện pháp kiểm soát và phòng ngừa khác nhau để đưa ra các khuyến nghị dựa trên bằng chứng.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Tình trạng ô nhiễm vi sinh vật trên thực phẩm tươi sống đang là mối đe dọa trực tiếp đến sức khỏe cộng đồng và an ninh lương thực. Theo thống kê của Bộ Y tế, các vụ ngộ độc thực phẩm do vi sinh vật tại Việt Nam chiếm tỷ lệ từ 35% đến 55% tổng số vụ ngộ độc được ghi nhận hàng năm. Trong đó, trực khuẩn Salmonella là tác nhân hàng đầu gây ra các ca nhiễm trùng đường ruột cấp tính và ngộ độc thực phẩm nghiêm trọng. Thực trạng giết mổ thủ công, điều kiện bảo quản thiếu đồng bộ tại các chợ dân sinh cùng thói quen lạm dụng kháng sinh trong chăn nuôi gia súc, gia cầm đã đẩy nhanh tốc độ lan truyền của các chủng vi khuẩn đa kháng thuốc (Multidrug-Resistant - MDR) từ chuỗi thực phẩm sang người.

Nghiên cứu được tiến hành nhằm xác định tỷ lệ lưu hành của vi khuẩn Salmonella spp., phân tích mức độ nhạy cảm và kháng lại 10 loại kháng sinh thông dụng, đồng thời định danh các chủng đa kháng và xác định sự có mặt, mức độ biểu hiện của các gen kháng thuốc chuyên biệt bao gồm tetA, cat-1, cmlA và floR. Phạm vi nghiên cứu bao gồm 60 mẫu thịt lợn và thịt gà tươi thu thập tại 3 chợ đầu mối thuộc khu vực nội thành Hà Nội trong giai đoạn từ tháng 8 năm 2015 đến tháng 10 năm 2016.

Kết quả thu được mang ý nghĩa khoa học và thực tiễn sâu sắc khi cung cấp hệ thống số liệu dịch tễ học phân tử chuẩn xác: 21,67% mẫu thịt tươi nhiễm Salmonella, các chủng vi khuẩn phân lập mang đặc tính đa kháng từ 4 đến 7 loại kháng sinh và mang các gen kháng thuốc nhóm tetracycline, phenicol với tỷ lệ biểu hiện vượt mức 80%. Đây là nguồn cơ sở dữ liệu quan trọng phục vụ cảnh báo nguy cơ dịch tễ, hỗ trợ phát triển các kit chẩn đoán phân tử phát hiện nhanh trong 6 giờ và định hướng chính sách quản lý kháng sinh thú y tại Việt Nam.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu được xây dựng trên nền tảng hệ thống phân loại kháng nguyên Kauffmann-White, cho phép định danh hơn 3000 serotype (huyết thanh) của giống Salmonella dựa trên phức hợp kháng nguyên thân O (lipopolysaccharide chịu nhiệt), kháng nguyên lông H (protein flagellin nhạy cảm nhiệt độ) và kháng nguyên vỏ K (Vi). Về mặt di truyền, đề tài ứng dụng học thuyết tiến hóa chọn lọc tự nhiên của Darwin kết hợp cơ chế truyền gen kháng thuốc theo chiều ngang (Horizontal Gene Transfer) thông qua plasmid, transposon và integron trong quần thể vi khuẩn gram âm.

Các khái niệm trọng tâm xuyên suốt nghiên cứu gồm:

1. Trực khuẩn Salmonella enterica: Vi khuẩn gram âm, kỵ khí tùy tiện, thuộc họ Enterobacteriaceae, có khả năng sinh độc tố đường ruột (enterotoxin) và nội độc tố (endotoxin).
2. Tính đa kháng thuốc (Multidrug Resistance - MDR): Hiện tượng vi khuẩn đề kháng đồng thời từ 3 nhóm kháng sinh trở lên.
3. Gen kháng kháng sinh (Antibiotic Resistance Genes - ARGs): Các đoạn mã di truyền kiểm soát cơ chế bơm tống thuốc chủ động (efflux pump) hoặc enzym phân hủy kháng sinh (tetA, tetB, cat-1, cmlA, floR).
4. Phản ứng phiên mã ngược và khuếch đại chuỗi polymerase (RT-PCR): Kỹ thuật sinh học phân tử chuyển hóa RNA tổng số thành cDNA để định lượng biểu hiện gen đích so sánh với gen nội sinh 16S rRNA.

Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu tiến hành thu thập tổng cộng 60 mẫu thịt tươi (gồm 30 mẫu thịt lợn và 30 mẫu thịt gà) được lấy ngẫu nhiên vào khung giờ 7 giờ sáng tại 3 chợ đầu mối lớn trên địa bàn Hà Nội. Trọng lượng mỗi mẫu thịt đạt chuẩn 25 gram theo quy chuẩn kiểm nghiệm vi sinh thực phẩm.

Hệ thống phương pháp phân tích thực nghiệm bao gồm:

• Quy trình nuôi cấy, phân lập vi khuẩn chuẩn hóa theo ISO 6579:2005: Mẫu được tăng sinh sơ bộ trong nước đệm peptone (BPW) ở 37 độ C trong 24 giờ, tăng sinh chọn lọc trên môi trường MSRV (41,5 độ C) và Mueller-Kauffmann (37 độ C), ria cấy phân lập trên thạch chuyên biệt Rambach và XLT4. Việc kiểm tra đặc tính sinh hóa được thực hiện trên thạch nghiêng Kligler, môi trường Lysine Decarboxylase (LDC), Simon Citrate và Urease. Lý do lựa chọn quy trình này là độ nhạy cao, hạn chế tối đa vi khuẩn tạp nhiễm và đảm bảo tính thống nhất với tiêu chuẩn quốc tế.
• Đánh giá khả năng mẫn cảm kháng sinh: Sử dụng phương pháp khuếch tán khoanh giấy kháng sinh trên thạch Mueller-Hinton (Kirby-Bauer) đối với 10 loại kháng sinh (amoxicillin, ampicillin, cephalothin, ceftazidime, chloramphenicol, ciprofloxacin, gentamycin, streptomycin, tetracycline, trimethoprim/sulfamethoxazol). Kết quả đường kính vòng vô khuẩn được đối chiếu trực tiếp với thang tiêu chuẩn lâm sàng CLSI 2011.
• Định type huyết thanh học: Áp dụng phản ứng ngưng kết trên phiến kính và trong ống nghiệm với bộ kháng huyết thanh chuẩn đa giá và đơn giá của hãng Denka Seiken (Nhật Bản) theo khóa phân loại Kauffmann-White Popoff.
• Kỹ thuật sinh học phân tử RT-PCR: Tách chiết RNA tổng số từ sinh khối vi khuẩn đạt nồng độ $10^8$ CFU/ml bằng phương pháp Trizol-Chloroform, tổng hợp cDNA bằng enzym mMLV-RT và thực hiện phản ứng PCR với các cặp mồi đặc hiệu khuếch đại các gen tetA, tetB, cat-1, cmlA, floR. Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1%, nhuộm Ethidium Bromide và phân tích mật độ quang học so sánh với gen tham chiếu 16S rRNA trên hệ thống Quantity One.
• Thời gian triển khai thực nghiệm: Từ tháng 8 năm 2015 đến tháng 10 năm 2016 tại Viện Thú y Quốc gia và Viện Nghiên cứu Hệ gen (Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam).

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

Nghiên cứu đã ghi nhận 4 phát hiện quan trọng mang tính cảnh báo cao:

Thứ nhất, tỷ lệ nhiễm Salmonella spp. tổng thể trên thịt tươi bán lẻ tại Hà Nội đạt mức 21,67% (13/60 mẫu dương tính). Phân tích chi tiết theo loại thịt cho thấy tỷ lệ nhiễm ở thịt gà là 23,3% (7/30 mẫu), cao hơn so với thịt lợn ở mức 20,0% (6/30 mẫu). Toàn bộ 13 chủng phân lập đều có 100% phản ứng sinh hóa đặc trưng theo ISO 6579:2005 (lên men glucose, sinh $H_2S$, sử dụng Simmon Citrate, dương tính LDC, âm tính với lactose và urease; 76,92% chủng sinh hơi).

Thứ hai, 13 chủng Salmonella phân lập có mức độ đề kháng kháng sinh đặc biệt nghiêm trọng. Tần suất kháng cao nhất thuộc về streptomycin với tỷ lệ 83,3%, tiếp theo là tetracycline với 66,7%. Bốn loại kháng sinh gồm amoxicillin, ampicillin, chloramphenicol và trimethoprim/sulfamethoxazol đều ghi nhận tỷ lệ kháng lên tới 50,0%. Các chủng được kiểm tra đều thể hiện kiểu hình đa kháng từ 4 đến 7 loại kháng sinh khác nhau.

Thứ ba, công tác định type huyết thanh trên các chủng đa kháng đã định danh chính xác 2 serovar gây bệnh: chủng Salmonella Rissen (ký hiệu G7) phân lập từ mẫu thịt gà và chủng Salmonella Meleagridis (ký hiệu L5) phân lập từ mẫu thịt lợn.

Thứ tư, phân tích sinh học phân tử bằng RT-PCR đã phát hiện sự tồn tại của 4 kiểu gen kháng kháng sinh gồm tetA (kháng tetracycline), cat-1, cmlA và floR (kháng nhóm phenicol). Trong đó, kiểu gen cmlA đạt tỷ lệ biểu hiện vượt trội lên đến 83,7% ở chủng L5 (S. Meleagridis từ thịt lợn). Tỷ lệ mang và biểu hiện gen kháng kháng sinh ở các mẫu thịt lợn cao hơn đáng kể so với thịt gà.

Thảo luận kết quả

Tỷ lệ nhiễm vi khuẩn 21,67% khẳng định mức độ ô nhiễm vi sinh vật đáng báo động tại các chợ truyền thống, vi phạm nghiêm trọng Tiêu chuẩn Việt Nam TCVN 7046:2009 (quy định không được có Salmonella trong 25g thịt tươi). Nguyên nhân chính là do quy trình giết mổ gia súc, gia cầm tại Hà Nội phần lớn còn mang tính thủ công, tạm bợ. Việc mổ gia cầm trên nền xi măng, nhúng nước sôi chung và sử dụng dao thớt không khử trùng dẫn đến lây nhiễm chéo dịch phân vào thân thịt. Điều này giải thích vì sao tỷ lệ ô nhiễm ở thịt gà (23,3%) lại cao hơn thịt lợn (20,0%). Kết quả này tương đồng với các công bố của Đỗ Ngọc Thúy (tỷ lệ nhiễm trung bình 30%) và Viện Pasteur TP.HCM (32,26%).

Mức độ đề kháng cao đối với streptomycin (83,3%) và tetracycline (66,7%) phản ánh hệ quả trực tiếp của việc sử dụng tràn lan hai nhóm kháng sinh này trong phòng trị bệnh và kích thích tăng trọng gia súc nhiều thập kỷ qua. Đáng lo ngại, chloramphenicol dù đã bị cấm sử dụng trong chăn nuôi nhưng tỷ lệ vi khuẩn kháng thuốc vẫn chiếm 50,0%, với sự biểu hiện mạnh mẽ của gen cmlA (83,7%) và floR. Điều này chứng minh plasmid mang gen kháng thuốc có khả năng duy trì, nhân bản và phát tán bền vững trong quần thể vi sinh vật ngay cả khi áp lực chọn lọc từ môi trường giảm xuống.

Toàn bộ dữ liệu thực nghiệm về tỷ lệ ô nhiễm giữa các chợ, phổ đa kháng 10 loại kháng sinh và mức độ phiên mã của các gen tetA, cat-1, cmlA, floR có thể được trực quan hóa thông qua biểu đồ cột so sánh tỷ lệ nhiễm khuẩn, biểu đồ nhiệt (heat map) thể hiện kiểu hình đa kháng và bảng ma trận tương quan giữa kiểu gen RT-PCR với kiểu hình kháng kháng sinh thực tế.

Đề xuất và khuyến nghị

Nhằm kiểm soát tình trạng ô nhiễm vi khuẩn và ngăn chặn nguy cơ lây lan các gen kháng thuốc qua chuỗi thực phẩm, luận văn đưa ra 4 nhóm giải pháp chiến lược:

1. Tái cấu trúc và kiểm soát quy trình giết mổ gia súc, gia cầm:

• Động từ hành động: Xóa bỏ 100% các điểm giết mổ gia cầm tự phát trên vỉa hè, di dời vào các cơ sở giết mổ tập trung đáp ứng tiêu chuẩn vệ sinh thú y.
• Target metric: Giảm tỷ lệ ô nhiễm Salmonella trên thân thịt gia súc, gia cầm tươi xuống dưới 5% tại các chợ đầu mối.
• Timeline: Giai đoạn 2026 - 2028.
• Chủ thể thực hiện: Chi cục Thú y Hà Nội phối hợp với Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn.

2. Siết chặt quản lý kê đơn và cấm sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi:

• Động từ hành động: Thanh tra, đình chỉ lưu hành và xử phạt nghiêm hành vi bổ sung kháng sinh nhóm tetracycline, phenicol vào thức ăn chăn nuôi nhằm mục đích kích thích tăng trọng.
• Target metric: Giảm 40% dư lượng kháng sinh và hạn chế sự phát sinh các chủng đa kháng mới trên đàn vật nuôi.
• Timeline: Giai đoạn 2026 - 2030.
• Chủ thể thực hiện: Cục Chăn nuôi, Cục Thú y và Thanh tra Bộ Nông nghiệp & PTNT.

3. Nâng cấp chuỗi bảo quản lạnh tại các chợ dân sinh:

• Động từ hành động: Đầu tư quầy bàn inox chuyên dụng, trang bị tủ mát bảo quản thịt tươi ở nhiệt độ dưới 4 độ C trong suốt thời gian bày bán, phân tách riêng biệt khu thịt sống và thực phẩm chín.
• Target metric: 100% tiểu thương tại các chợ loại 1 và loại 2 tuân thủ điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, triệt tiêu sự tăng sinh vi khuẩn trong 8 giờ kinh doanh.
• Timeline: Giai đoạn 2027 - 2029.
• Chủ thể thực hiện: Ban Quản lý các chợ quận/huyện và các hộ tiểu thương kinh doanh thịt.

4. Ứng dụng công nghệ sinh học phân tử trong giám sát dịch tễ:

• Động từ hành động: Chuyển giao và thương mại hóa các bộ kit Real-time PCR phát hiện nhanh trực khuẩn Salmonella và các gen kháng thuốc (tetA, cmlA, floR).
• Target metric: Rút ngắn thời gian xét nghiệm từ 5 ngày (phương pháp nuôi cấy truyền thống) xuống dưới 6 giờ, nâng cao độ nhạy phát hiện vi khuẩn mang gen kháng thuốc.
• Timeline: Giai đoạn 2026 - 2027.
• Chủ thể thực hiện: Các phòng thí nghiệm trọng điểm, Viện Thú y Quốc gia, Viện Nghiên cứu Hệ gen.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

Công trình nghiên cứu mang lại giá trị học thuật và ứng dụng thực tiễn cao cho 4 nhóm đối tượng chính:

1. Giảng viên, nghiên cứu sinh và học viên chuyên ngành Thú y, Vi sinh vật học, Công nghệ sinh học:

• Lợi ích & Use case: Khai thác chi tiết quy trình phân lập chuẩn ISO 6579:2005, phương pháp định type huyết thanh học theo Kauffmann-White và quy trình kỹ thuật RT-PCR định lượng biểu hiện gen kháng thuốc so sánh với gen nội sinh 16S rRNA để phục vụ các công trình nghiên cứu sâu về sinh học phân tử vi sinh.

2. Cơ quan quản lý nhà nước về Vệ sinh an toàn thực phẩm và Chi cục Thú y:

• Lợi ích & Use case: Sử dụng bộ số liệu thực địa về tỷ lệ ô nhiễm 21,67% và bản đồ kháng thuốc của các serotype S. Rissen, S. Meleagridis tại Hà Nội làm căn cứ xây dựng chính sách quy hoạch lò mổ và ban hành tiêu chuẩn kiểm dịch thịt gia súc, gia cầm.

3. Bác sĩ thú y, chuyên gia dịch tễ và kỹ sư quản lý trang trại chăn nuôi:

• Lợi ích & Use case: Tham khảo dữ liệu đề kháng của 10 loại kháng sinh để xây dựng phác đồ điều trị bệnh nhiễm khuẩn đường ruột hợp lý, luân chuyển nhóm kháng sinh khoa học, chấm dứt việc dùng thuốc không hiệu quả do vi khuẩn đã mang gen kháng tetA, cmlA, floR.

4. Doanh nghiệp chế biến thực phẩm và chuỗi siêu thị bán lẻ:

• Lợi ích & Use case: Nhận diện chính xác các điểm kiểm soát tới hạn (CCP) trong khâu giết mổ, sơ chế và vận chuyển, từ đó hoàn thiện hệ thống quản lý chất lượng HACCP và ISO 22000 nhằm ngăn ngừa lây nhiễm chéo vi khuẩn Salmonella.

Câu hỏi thường gặp

Tỷ lệ nhiễm khuẩn Salmonella trên thịt tươi tại các chợ Hà Nội trong nghiên cứu là bao nhiêu?

Nghiên cứu kiểm tra 60 mẫu thịt tươi và ghi nhận tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trung bình là 21,67%. Trong đó, thịt gà có tỷ lệ nhiễm 23,3% (7/30 mẫu), cao hơn so với thịt lợn ở mức 20,0% (6/30 mẫu), cho thấy nguy cơ mất an toàn vệ sinh thực phẩm cao tại các chợ đầu mối.

Chủng Salmonella phân lập được thể hiện mức độ đề kháng mạnh nhất với những loại kháng sinh nào?

Trong 10 loại kháng sinh khảo nghiệm, vi khuẩn kháng mạnh nhất với streptomycin (83,3%) và tetracycline (66,7%). Ngoài ra, 50,0% các chủng phân lập có khả năng kháng đồng thời amoxicillin, ampicillin, chloramphenicol và trimethoprim/sulfamethoxazol, hình thành các chủng đa kháng từ 4 đến 7 nhóm kháng sinh phổ biến.

Những gen kháng thuốc cụ thể nào đã được phát hiện bằng kỹ thuật RT-PCR?

Bằng kỹ thuật RT-PCR, nghiên cứu đã phát hiện 4 kiểu gen kháng thuốc gồm tetA (kháng tetracycline), cat-1, cmlA và floR (kháng phenicol). Đáng chú ý, kiểu gen cmlA đạt mức độ biểu hiện 83,7% ở chủng Salmonella Meleagridis (L5) phân lập từ thịt lợn, khẳng định cơ chế kháng thuốc ở cấp độ di truyền.

Nguyên nhân nào khiến thịt gà có tỷ lệ nhiễm Salmonella cao hơn thịt lợn?

Nguyên nhân chủ yếu do quy trình giết mổ gia cầm tại các chợ khảo sát còn thủ công, vặt lông và mổ trực tiếp trên nền xi măng. Nước nhúng lông và dụng cụ mổ không được tiệt trùng định kỳ khiến vi khuẩn Salmonella từ chất chứa trong manh tràng và lông da dễ dàng nhiễm chéo vào thân thịt.

Đề tài mang lại đóng góp thực tiễn quan trọng nhất là gì?

Đề tài cung cấp bức tranh toàn diện về dịch tễ học phân tử của chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng (S. Rissen và S. Meleagridis) tại Hà Nội. Kết quả này tạo tiền đề khoa học vững chắc để phát triển các bộ kit RT-PCR chẩn đoán nhanh trong 6 giờ và xây dựng giải pháp kiểm soát kháng sinh thú y.

Kết luận

• Tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trên thịt tươi tại các chợ đầu mối nội thành Hà Nội ở mức 21,67% (thịt gà 23,3%, thịt lợn 20,0%), vi phạm nghiêm trọng quy chuẩn an toàn thực phẩm TCVN 7046:2009.
• 100% chủng Salmonella phân lập mang đầy đủ các đặc tính sinh vật hóa học đặc trưng theo tiêu chuẩn quốc tế ISO 6579:2005.
• Vi khuẩn thể hiện tính đa kháng cao từ 4 đến 7 loại kháng sinh, trong đó tỷ lệ đề kháng cao nhất đối với streptomycin (83,3%), tetracycline (66,7%) và chloramphenicol (50,0%).
• Định danh thành công 2 serotype nguy cơ cao là Salmonella Rissen trên thịt gà (chủng G7) và Salmonella Meleagridis trên thịt lợn (chủng L5).
• Kỹ thuật RT-PCR đã phát hiện và chứng minh sự biểu hiện của 4 kiểu gen kháng thuốc trọng điểm (tetA, cat-1, cmlA, floR), với tỷ lệ biểu hiện gen cmlA lên đến 83,7% ở chủng phân lập từ thịt lợn.

Công trình đã có đóng góp to lớn trong việc làm sáng tỏ cơ chế di truyền phân tử của hiện tượng đa kháng thuốc ở vi khuẩn truyền qua thực phẩm, mở ra hướng ứng dụng công nghệ PCR chẩn đoán nhanh phục vụ kiểm dịch. Trong giai đoạn 2026 - 2027, các nghiên cứu tiếp theo cần tập trung tối ưu hóa phản ứng Multiplex PCR phát hiện đồng thời nhiều gen kháng và mở rộng giám sát trên chuỗi cung ứng thịt khép kín đến năm 2030.

Hãy khai thác và trích dẫn ngay toàn văn luận văn thạc sĩ này để cập nhật các quy trình chuẩn sinh học phân tử và chung tay hành động vì một nền nông nghiệp an toàn, không lạm dụng kháng sinh!

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM TRẦN THỊ HOÀI THU XÁC ĐỊNH GEN KHÁNG THUỐC CỦA CHỦNG VI KHUẨN SALMONELLA ĐA KHÁNG THUỐC PHÂN LẬP TỪ THỊT TƯƠI Ở MỘT SỐ ĐỊA ĐIỂM TẠI HÀ NỘI Chuyên ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Người hướng dẫn khoa học: TS. Võ Thị Bích Thủy PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2016 c LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu do tôi trực tiếp thực hiện với sự giúp đỡ của cán bộ, công nhân viên Phòng Hệ gen học vi sinh - Viện nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam dưới sự hướng dẫn khoa học của TS. Võ Thị Bích Thủy.

Các số liệu, kết quả trình bày trong luận văn là trung thực và chưa từng được công bố trong công trình nghiên cứu nào khác. Các tài liệu trích dẫn đều được chỉ rõ nguồn gốc xuất xứ, tên tác giả. Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Tác giả luận văn Trần Thị Hoài Thu i c LỜI CẢM ƠN Trước tiên tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Võ Thị Bích Thủy, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình thực hiện luận văn tốt nghiệp.

Tôi xin chân thành cảm ơn thầy giáo PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Trưởng Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm - Khoa thú y – Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã đóng góp những ý kiến quý báu giúp tôi trong quá trình hoàn thiện luận văn này. Tôi xin chân thành cám ơn tập thể cán bộ Phòng Hệ gen học vi sinh, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, tập thể Bộ môn Vệ sinh thú y, Viện Thú y Quốc gia đã tạo điều kiện thuận lợi, tận tình giúp đỡ và động viên trong suốt quá trình hoàn thiện luận văn này. Tôi xin được bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Ban quản lý đào tạo – Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt hai năm học vừa qua.

Cuối cùng, tôi xin được gửi lời cảm ơn chân thành tới tập thể cán bộ Trung tâm Nghiên cứu ứng dụng và Chuyển giao công nghệ Thú y, gia đình và bạn bè đồng nghiệp đã động viên, cổ vũ và giúp đỡ trong suốt quá trình thực hiện và hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2016 Tác giả luận văn Trần Thị Hoài Thu ii c MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục. iii Danh mục chữ viết tắt.v Danh mục bảng.

vi Danh mục ảnh, hình. vii Trích yếu luận văn. viii Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài.

Mục tiêu nghiên cứu. Tổng quan tài liệu. Tình hình nghiên cứu về vi khuẩn salmonella và bệnh do chúng gây ra. Tình hình nghiên cứu trên thế giới.

Tình hình nghiên cứu ở trong nước. Ô nhiễm salmonella trong thực phẩm có nguồn gốc động vật. Một số đặc điểm của vi khuẩn salmonella. Đặc điểm hình thái.

Đặc tính nuôi cấy. Đặc tính sinh hoá. Sức đề kháng của vi khuẩn Salmonella. Cấu trúc kháng nguyên của vi khuẩn Salmonella.

Các yếu tố gây bệnh của Salmonella. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella. Hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn. Hiện tượng kháng thuốc của Salmonella.

Gen kháng kháng sinh. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Thời gian nghiên cứu.

Đối tượng/vật liệu nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu.

Phương pháp nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella spp. Phương pháp xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh. Phương pháp định typ bằng phản ứng huyết thanh học. Phương pháp xác định một số gen kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng bằng phương pháp RT-PCR.

Phương pháp xử lý số liệu. Kết quả và thảo luận. Kết quả nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella. Kết quả xác định tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp.

trong mẫu thịt lợn, gà. Kết quả giám định các đặc tính sinh hóa của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được. Kết quả kiểm tra khả năng mẫn cảm với kháng sinh của vi khuẩn salmonella phân lập được.

Kết quả định typ chủng vi khuẩn salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả phát hiện và đánh giá gen kháng thuốc của chủng Salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả tách chiết RNA tổng số của chủng Salmonella đa kháng phân lập được. Kết quả RT-PCR phát hiện gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng.

Kết quả đánh giá gen kháng kháng sinh của chủng Salmonella đa kháng. Kết luận và kiến nghị .55 Tài liệu tham khảo .57 iv c DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ACMSF Advisory Committee on the Microbiological Safety of Food BGA Brilliant Green Agar BHI Brain Heart Infusion BLAST Basic Local Alignment Search Tool BPW Buffer Peptone Water BSA Bismuth Sulphite Agar CDC Center for Diease Control and Prevention CIRAD Centre International de Reseaux Agriculture and Development CLSI Clinical Laboratory Standards Instittute Cs Cộng sự DEPC- DW Diethylpyrocarbonate Distilled water DNA Deoxyribonucleic Acid FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations ISO International Organization for Standardization LCD Lysine Decarboxylase broth MK Muller kauffmann MSRV Modified Semisolid Rappaport Vassiliadis NCBI National Center for Biotechnology Information RNA RibonucleicAcid RT-PCR Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam Tp Thành phố TSI Triple Sugar Iron VSATTP Vệ sinh an toàn thực phẩm XLD Xylose Lysine Desoxycholate XLT4 Xylose Lysine Tergitol 4 v c DANH MỤC BẢNG Bảng 3. Bảng đánh giá mức độ mẫn cảm của vi khuẩnvới một số loại kháng sinh. Trình tự các cặp mồi đặc hiệu xác định gen kháng kháng sinh.

Tỷ lệ phân lập vi khuẩn Salmonella spp. từ các mẫu thịt. Kết quả giám định đặc tính nuôi cấy và hình thái khuẩn lạc của các chủng Salmonella spp. trong quá trình phân lập.

Kết quả giám định một số đặc tính sinh hoá của các chủng vi khuẩn Salmonella spp. phân lập được. Kết quả kiểm tra mức độ mẫn cảm với một số loại khángsinh của các chủng vi khuẩn Salmonellaspp. phân lập được.

Mức độ kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn Salmonella phân lập được. Kết quả kháng chloramphenicol và tetracycline của chủng vi khuẩn Salmonella phân lập được. Kết quả xác định serotype của 2 chủng vi khuẩn Salmonella đa kháng sinh. Nồng độ RNA của chủng Salmonella sau khi tách chiết .46 vi c DANH MỤC ẢNH, HÌNH Hình 4.

Vi khuẩn Salmonella trên môi trường MSRV. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch XLT4. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Rambach. Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Kligler.

Vi khuẩn Salmonella trên môi trường thạch Kligler. Vi khuẩn Salmonella trong môi trường Lysine decarboxylase broth (LDC). Vi khẩn Salmonella trên môi trường thạch nghiêng Simmoncitrate. Vi khuẩn Salmonella trong môi trường Ureaza broth.

Tần số kháng kháng sinh của các chủng Salmonella phân lập được. Kết quả kiểm tra RNA 6 chủng Salmonella L5, G7, L2(1), L2(2), G1(1), G1(2). Kết quả RT – PCR phát hiện sự có mặt của gen tetB mã hóa kháng tetracycline của chủng Salmonella đa kháng. Kết quả RT - PCR phát hiện gen floR mã hóa kháng phenicol của chủng Salmonella đa kháng nguồn gốc từ gà G7.

Kết quả RT – PCR phát hiện gen cmlA mã hóa kháng chloramphenicol của chủng Salmonella đa kháng nguồn gốc từ lợn L5. Tỷ lệ biểu hiện gen tetA/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR. Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen cat-1/16SrRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR.

Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen cmlA/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR. Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh. Tỷ lệ biểu hiện gen floR/16S rRNA của chủng Salmonella đa kháng được phân tích bằng phương pháp RT-PCR.

Gen 16SrRNA (house keeping gene) được dùng để so sánh .53 vii c TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Trần Thị Hoài Thu Tên Luận văn: Xác định gen kháng thuốc của chủng vi khuẩ Salmonella đa kháng phân lập từ thịt tươi ở một số địa điểm tại Hà Nội. Ngành: Thú y Mã số: 60 64 01 01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu 60 mẫu thực phẩm nguồn gốc động vật (thịt lợn, thịt gà) bày bán tại các chợ Hà Nội được kiểm tra để xác định sự có mặt và mức độ biểu hiện của một số gen kháng thuốc của chủng Salmonella gây bệnh. Phương pháp nghiên cứu Phương pháp lấy mẫu, nuôi cấy, phân lập vi khuẩn Salmonella, xác định khả năng mẫn cảm với kháng sinh, định typ bằng phản ứng huyết thanh học. Phương pháp tách chiết RNA tổng số, tổng hợp cDNA, thiết kế mồi, RT-PCR và điện di agarogel.

Kết quả chính và kết luận - Tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Salmonella spp. trong các mẫu thịt thu thập từ một số chợ tự do trên địa bàn Hà Nội là 21,67% trong đó, thịt lợn chiếm 20,0%, thịt gà chiếm 23,3%. - Các chủng vi khuẩn Salmonella được kiểm tra đều mang các đặc tính sinh vật hóa học đặc trưng như các tài liệu trong và ngoài nước đã mô tả. - Trong số 13 chủng Salmonella phân lập được khi kiểm tra mức độ mẫn cảm với 10 loại kháng sinh thông dụng đều kháng cao với streptomycine (chiếm tỷ lệ 83,3%), tetracycline (chiếm tỷ lệ 66,7%), tiếp theo là kháng chloramphenicol (50%), amoxicillin (50%), trimethoprime/sulfamethoxazol (50%), ampicillin (50%).Các chủng được lựa chọn có khả năng đa kháng kháng sinh với 4 - 7 loại kháng sinh.

- Từ các chủng Salmonella đa kháng thực hiện định typ: 2 serovar đã được xác định là S. Rissen có mặt ở mẫu thịt gà (G7) S. Meleagridis có mặt ở mẫu có nguồn gốc thịt lơn (L5). - Đã tách chiết thành công các mẫu RNA tổng số và tổng hợp được cDNA phục vụ cho tiến hành thí nghiệm RT-PCR.

- Phát hiện 4 kiểu gen kháng sinh là tetA, cat-1, cmlA, floR kháng tetracycline, chloramphenicol và phenicol của chủng Salmonella đa kháng. viii c - Tỷ lệ kháng chloramphenicol khá cao, đặc biệt là tỷ lệ kiểu gen cmlA với 83,7% ở chủng L5(nguồn gốc thịt lợn). - Mẫu thịt lợn có tỷ lệ gen kháng sinh chủng Salmonella đa kháng cao hơn mẫu thịt gà. ix c THESIS ABSTRACT Master candidate: Tran Thi Hoai Thu Thesis title: Determination of resistance genes multidrug-resistant Salmonella strains isolated from fresh meat in some places in Hanoi.