Nghiên cứu sự lưu hành của avian metapneumovirus (aMPV) ở gà nuôi tại miền Bắc Việt Nam

Nghiên cứu sự lưu hành của avian metapneumovirus ở gà nuôi tại miền Bắc Việt Nam, cung cấp thông tin quan trọng cho ngành chăn nuôi.

• Tác giả: Lê Bá Hiệp
• Người hướng dẫn: PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Nghiên cứu sự lưu hành của Avian Metapneumovirus (aMPV) ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
• Loại tài liệu: luận văn
• Năm xuất bản: 2020
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 2. DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• 3. DANH MỤC BẢNG
• 4. DANH MỤC HÌNH
• 5. TRÍCH YẾU LUẬN VĂN
• 6. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
• 7. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
• 8. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA NGHIÊN CỨU
• 9. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 9.1. HIỂU BIẾT VỀ AVIAN METAPNEUMOVIRUS
• 9.1.1. Cấu trúc virus
• 9.1.2. Phân loại virus
• 9.1.3. Đặc tính sinh miễn dịch
• 9.1.4. Sức đề kháng của virus
• 9.1.5. Các phương pháp xét nghiệm aMPV thường quy
• 9.2. BỆNH DO AVIAN METAPNEUMOVIRUS GÂY RA
• 9.2.1. Lịch sử và Phân bố
• 9.2.2. Tổn thất kinh tế
• 9.2.3. Loài mắc bệnh
• 9.2.4. Phòng và trị bệnh
• 9.3. MỘT SỐ NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƯỚC VỀ AMPV
• 9.3.1. Nghiên cứu trong nước
• 9.3.2. Nghiên cứu nước ngoài
• 10. ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 10.1. ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU
• 10.1.1. Địa bàn lấy mẫu nghiên cứu
• 10.1.2. Nơi thực hiện các kỹ thuật phòng thí nghiệm
• 10.2. THỜI GIAN NGHIÊN CỨU
• 10.3. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU
• 10.3.1. Đối tượng nghiên cứu
• 10.3.2. Vật liệu nghiên cứu
• 10.4. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
• 10.4.1. Sự lưu hành kháng thể kháng aMPV
• 10.4.2. Sự lưu hành của aMPV ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc
• 10.5. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 10.5.1. Phương pháp lấy mẫu
• 10.5.2. Phương pháp tách ARN
• 10.5.3. Phương pháp tổng hợp cDNA
• 10.5.4. Phương pháp RT-PCR phát hiện và định aMPV
• 10.5.5. Phương pháp phân tích trình tự gen
• 10.5.6. Phương pháp ELISA gián tiếp
• 10.5.7. Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học
• 10.5.8. Xử lý số liệu
• 11. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
• 11.1. SỰ LƯU HÀNH KHÁNG THỂ KHÁNG aMPV
• 11.1.1. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo địa phương
• 11.1.2. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo giống gà
• 11.1.3. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo lứa tuổi gà
• 11.1.4. So sánh sự biến động hiệu giá kháng thể giữa nhóm các nhóm gà hướng thịt dương tính với kháng thể kháng aMPV
• 11.1.5. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo loại hình chuồng trại
• 11.1.6. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo quy mô chăn nuôi
• 11.2. SỰ LƯU HÀNH CỦA aMPV Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC
• 11.2.1. Kiểm tra khả năng phát hiện aMPV của phản ứng RT-PCR
• 11.2.2. Kết quả phát hiện aMPV trong mẫu bệnh phẩm
• 11.2.3. Phân tích trình tự gen các chủng aMPV phát hiện được ở miền Bắc
• 11.2.4. Phân tích mối liên hệ di truyền các chủng aMPV ở miền Bắc
• 12. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng Quan Về Avian Metapneumovirus aMPV ở Gà Nuôi

Avian metapneumovirus (aMPV), trước đây gọi là Turkey rhinotracheitis virus (TRTV), là một trong hai thành viên của chi Metapneumovirus, họ Paramyxoviridae. Thành viên còn lại là Human Metapneumovirus (hMPV). Virus aMPV có quan hệ gần gũi với các virus gây viêm đường hô hấp ở người, bò, cừu và dê. Việc nghiên cứu về aMPV và sự lưu hành của nó ở gà nuôi là rất quan trọng để hiểu rõ hơn về dịch tễ học và phát triển các biện pháp phòng chống hiệu quả. Theo Pringle (1998), aMPV và hMPV cùng thuộc chi Metapneumovirus, nhấn mạnh mối liên hệ giữa bệnh ở gia cầm và người.

1.1. Cấu trúc và Phân loại của Avian Metapneumovirus

Virion aMPV có dạng tua đa hình, thường là hình cầu tròn với đường kính 80-120 nm, đôi khi lớn hơn. Hệ gen là ARN không phân đoạn, chuỗi đơn, mạch âm, dài khoảng 13.4kb, mã hóa 9 protein. Các subtypes aMPV có thể được phân biệt bằng giải trình tự gen hoặc phản ứng trung hòa với kháng thể đơn dòng. Trước đây, aMPV được xếp vào họ Paramyxoviridae, nhưng sau đó được phân loại lại. Cấu trúc gen của aMPV bao gồm các protein như nucleoprotein (N), phosphoprotein (P), matrix protein (M), fusion protein (F), và glycoprotein (G).

1.2. Đặc tính Sinh miễn dịch và Sức đề kháng của aMPV

Hệ gen ARN của aMPV được bao bọc bởi protein nucleocapsid (N), liên kết với phosphoprotein (P) và protein polymerase lớn (L) tạo thành phức hợp ribonucleoprotein xoắn ốc. Phức hợp này là khuôn mẫu để sao chép mARN và bộ gen. aMPV chia sẻ đặc điểm với các thành viên khác trong phân họ Pneumovirinae, bao gồm các gen kỵ nước nhỏ (SH) và ma trận thứ hai (M2). Các protein cấu trúc quan trọng là protein F (bám và hợp nhất màng) và protein G (bám vào thụ thể tế bào).

II. Vấn Đề Dịch Tễ Học aMPV ở Gà Nuôi Miền Bắc Việt Nam

Chăn nuôi gia cầm ở Việt Nam đã phát triển mạnh mẽ, từ quy mô nhỏ, phân tán sang chăn nuôi tập trung, quy mô lớn. Tuy nhiên, việc tăng đàn nhanh chóng và mở rộng quy mô cũng đi kèm với các thách thức về dịch bệnh. Theo Tổng Cục Thống Kê (2019), tổng đàn gia cầm cả nước đạt 467 triệu con, tăng 14,2% so với năm 2018. Sự lưu hành của các bệnh mới hoặc thể bệnh mới, như avian metapneumovirus, đang trở thành mối quan ngại lớn. Hầu hết các bệnh này thường liên quan đến hội chứng hô hấp phức hợp, ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất và tỷ lệ hao hụt của đàn gà.

2.1. Hội chứng Hô hấp Phức hợp và Vai trò của aMPV

Hội chứng hô hấp phức hợp ở gà là một bệnh lý phức tạp, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất và tỷ lệ hao hụt của đàn gà. Các nghiên cứu xác định vai trò và sự tồn tại của các mầm bệnh truyền nhiễm trong hội chứng hô hấp ở gà tại Việt Nam còn hạn chế. Gần đây, nhiều trang trại ghi nhận các triệu chứng như sưng mặt, phù gáy, tích dịch sau gáy ở đàn gà, nghi ngờ là hội chứng sưng phù đầu (APV) do avian metapneumovirus gây ra.

2.2. Sự Cần Thiết Nghiên Cứu về aMPV tại Miền Bắc

Việc xác định sự tồn tại của virus aMPV ở gia cầm chăn nuôi tại miền Bắc Việt Nam là rất quan trọng. Điều này cung cấp cơ sở khoa học cho việc khuyến cáo sử dụng vaccine, chẩn đoán và xét nghiệm bệnh tại các trang trại gà. Nghiên cứu này nhằm làm rõ sự lưu hành của aMPV ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc, từ đó đưa ra các biện pháp phòng chống hiệu quả.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu Dịch Tễ Học Avian Metapneumovirus

Nghiên cứu này sử dụng các phương pháp dịch tễ học để xác định sự lưu hành của aMPV ở gà nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Các phương pháp bao gồm thu thập mẫu huyết thanh và bệnh phẩm, xét nghiệm ELISA và RT-PCR, giải trình tự gen và phân tích thống kê. Mục tiêu là xác định tỷ lệ dương tính với kháng thể aMPV, phát hiện sự hiện diện của virus aMPV và xác định subtype aMPV đang lưu hành.

3.1. Thu thập Mẫu và Xét nghiệm ELISA Phát hiện Kháng thể aMPV

Mẫu huyết thanh được thu thập ngẫu nhiên từ các trang trại gà theo các đặc điểm dịch tễ (địa phương, giống loài, tuổi, quy mô chăn nuôi, phương thức chăn nuôi). Kỹ thuật ELISA gián tiếp (indirect ELISA) được sử dụng để phát hiện kháng thể kháng aMPV. Kết quả xét nghiệm ELISA cho phép xác định tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo các yếu tố dịch tễ khác nhau.

3.2. RT PCR và Giải trình tự Gen Xác định Sự Lưu Hành aMPV

Mẫu bệnh phẩm (xương ống cuộn, khí quản) được thu thập từ gà có biểu hiện của hội chứng sưng phù đầu. Phương pháp RT-PCR sử dụng bộ mồi giải trình tự gen mã hóa gen G (Ga/Gy) của aMPV được ứng dụng để xác nhận sự hiện diện của aMPV. Sản phẩm RT-PCR được giải trình tự bằng phương pháp Sanger. Các phần mềm tin sinh học chuyên dụng được sử dụng để phân tích trình tự và xây dựng cây phát sinh chủng loại.

3.3. Phân tích Thống kê Dịch tễ học và Xử lý Số liệu

Dữ liệu thu thập được từ xét nghiệm ELISA và RT-PCR được phân tích thống kê để xác định các yếu tố nguy cơ liên quan đến sự lưu hành của aMPV. Các phương pháp thống kê như kiểm định chi bình phương, hồi quy logistic được sử dụng để đánh giá mối liên hệ giữa các yếu tố dịch tễ và tỷ lệ nhiễm aMPV. Xử lý số liệu giúp đưa ra các kết luận chính xác về tình hình dịch tễ học aMPV tại miền Bắc.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Tỷ Lệ Nhiễm aMPV ở Gà Miền Bắc

Nghiên cứu đã thu thập 359 mẫu huyết thanh gà từ 29 trang trại thuộc 10 tỉnh thành ở miền Bắc để xác định sự lưu hành của kháng thể kháng aMPV. Kết quả cho thấy có sự dương tính kháng thể kháng aMPV ở đàn gà nuôi tại 8/10 tỉnh, thành phố, với tỷ lệ dương tính trung bình theo mẫu là 36,2% (130/359). Các đàn gà này thuộc nhiều giống khác nhau, song đều dương tính với kháng thể kháng aMPV.

4.1. Tỷ lệ Dương tính Huyết thanh học theo Địa phương và Giống Gà

Kết quả cho thấy tỷ lệ dương tính huyết thanh học khác nhau giữa các địa phương và giống gà. Gà trắng siêu thịt có tỷ lệ thấp nhất (8,2%), tiếp đến là nhóm gà lai (35,0%) và cao nhất là nhóm gà bản địa (48,8%). Sự khác biệt này có thể liên quan đến điều kiện chăn nuôi, mật độ chăn nuôi và khả năng miễn dịch của từng giống gà.

4.2. Tỷ lệ Dương tính Huyết thanh học theo Lứa tuổi và Loại hình Chuồng trại

Tỷ lệ dương tính trung bình ở các nhóm tuổi là 23,1% (22-42 ngày tuổi); 33,2% (43-90 ngày tuổi); 61,5% (91-120 ngày tuổi) và 36,4% (>120 ngày tuổi). Gà nuôi ở mọi quy mô và phương thức chăn nuôi đều phát hiện thấy kháng thể kháng aMPV. Cụ thể, tỷ lệ dương tính dao động từ 24,8% - 63,1% theo quy mô và dao động từ 8,2% - 41,8% theo phương thức chăn nuôi.

V. Phân Lập và Phân Tích Gen Các Chủng Avian Metapneumovirus

Để xác nhận sự tồn tại của virus trong các trường hợp nghi ngờ bệnh, 38 mẫu gộp (3-5 mẫu gà/mẫu gộp) từ 38 trang trại có nghi ngờ bệnh đã được xét nghiệm. Kết quả phát hiện được aMPV trong 3/38 mẫu, chiếm tỷ lệ 7,9%. Sau khi giải trình tự gen và phân tích trình tự gen đã khẳng định 3 chủng aMPV phát hiện được tại miền Bắc thuộc serotype B và cùng nhóm với các chủng virus phân bố ở châu Âu, châu Mỹ và châu Á.

5.1. Kết quả RT PCR và Phân tích Trình tự Gen aMPV

Ứng dụng phản ứng RT-PCR với cặp mồi Ga/Gy đặc hiệu cho chẩn đoán định tính virus Avian metapneumovirus trên các đàn gà nuôi tại miền Bắc. Kết quả phân tích trình tự gen cho thấy các chủng aMPV phát hiện được thuộc serotype B, tương đồng với các chủng aMPV ở châu Âu, châu Mỹ và châu Á.

5.2. Mối Liên Hệ Di truyền của Các Chủng aMPV ở Miền Bắc

Phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy các chủng aMPV ở miền Bắc có mối liên hệ di truyền gần gũi với các chủng aMPV khác trên thế giới. Điều này cho thấy có thể có sự lan truyền virus giữa các khu vực địa lý khác nhau. Việc hiểu rõ mối liên hệ di truyền này có ý nghĩa quan trọng trong việc theo dõi sự tiến hóa của virus và phát triển các biện pháp phòng chống hiệu quả.

VI. Kết Luận và Đề Xuất Biện Pháp Phòng Chống aMPV

Nghiên cứu này đã khẳng định sự tồn tại của virus Avian metapneumovirus ở gà nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Kết quả huyết thanh học và phân lập virus cho thấy aMPV đang lưu hành rộng rãi trong các đàn gà. Việc sử dụng vaccine phòng bệnh và áp dụng các biện pháp quản lý dịch bệnh là cần thiết để giảm thiểu thiệt hại do aMPV gây ra.

6.1. Đề xuất Sử dụng Vaccine và Quản lý Dịch bệnh aMPV

Dựa trên kết quả nghiên cứu, khuyến cáo sử dụng vaccine phòng bệnh aMPV cho các đàn gà có nguy cơ cao. Đồng thời, cần tăng cường công tác quản lý dịch bệnh, kiểm soát lưu hành con giống và áp dụng các biện pháp vệ sinh chuồng trại để ngăn chặn sự lây lan của virus.

6.2. Hướng Nghiên cứu Tiếp theo về Avian Metapneumovirus

Cần tiếp tục nghiên cứu về sự tiến hóa của virus aMPV, đánh giá hiệu quả của các loại vaccine hiện có và phát triển các biện pháp chẩn đoán nhanh chóng và chính xác hơn. Nghiên cứu sâu hơn về các yếu tố nguy cơ liên quan đến sự lưu hành của aMPV cũng là cần thiết để đưa ra các biện pháp phòng chống hiệu quả hơn.

Trích đoạn nội dung tài liệu

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM LÊ BÁ HIỆP NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CỦA AVIAN METAPNEUMOVIRUS (aMPV) Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM Ngành: Thú y Mã số: 8.01 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ NHÀ XUẤT BẨN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2020 c LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam kết luận văn này được hoàn thành trên kết quả nghiên cứu thực tế của tôi trong khuôn khổ đề tài tiềm năng cấp Bộ: “Nghiên cứu sự lưu hành của Avian Metapneumovirus (aMPV) trong bệnh hô hấp phức hợp ở gà nuôi tại miền Bắc", Ban hành kèm theo Quyết định số 4757/QĐ-BNN-KHCN ngày 12 tháng 12 năm 2019 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT, giai đoạn 2020-2021. Các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng được ai công bố trong bất kỳ nghiên cứu nào liên quan trong cùng lĩnh vực. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc.

Hà Nội, ngày… tháng… năm 2020 Tác giả luận văn Lê Bá Hiệp i c LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, các em sinh viên thực tập đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn.

Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám Đốc, cán bộ nhân viên phòng chẩn đoán, xét nghiệm thú y Greenlab, Công ty Cổ phần Medion Việt Nam đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp, đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày… tháng… năm 2020 Tác giả luận văn Lê Bá Hiệp ii c MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN. ii MỤC LỤC.

iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT. vi DANH MỤC BẢNG. vii DANH MỤC HÌNH. viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN.

ix THESIS ABSTRACT. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA NGHIÊN CỨU.

TỔNG QUAN TÀI LIỆU. HIỂU BIẾT VỀ AVIAN METAPNEUMOVIRUS. Cấu trúc virus. Phân loại virus.

Đặc tính sinh miễn dịch. Sức đề kháng của virus. Các phương pháp xét nghiệm aMPV thường quy. BỆNH DO AVIAN METAPNEUMOVIRUS GÂY RA.

Lịch sử và Phân bố. Tổn thất kinh tế. Loài mắc bệnh. Phòng và trị bệnh.

MỘT SỐ NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƯỚC VỀ AMPV. Nghiên cứu trong nước. Nghiên cứu nước ngoài. ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU. Địa bàn lấy mẫu nghiên cứu. Nơi thực hiện các kỹ thuật phòng thí nghiệm. THỜI GIAN NGHIÊN CỨU.

ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU VÀ VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU.

Sự lưu hành kháng thể kháng aMPV. Sự lưu hành của aMPV ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Phương pháp lấy mẫu.

Phương pháp tách ARN. Phương pháp tổng hợp cDNA. Phương pháp RT-PCR phát hiện và định aMPV. Phương pháp phân tích trình tự gen.

Phương pháp ELISA gián tiếp. Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học. Xử lý số liệu. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN.

SỰ LƯU HÀNH KHÁNG THỂ KHÁNG aMPV. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo địa phương. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo giống gà. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo lứa tuổi gà.

So sánh sự biến động hiệu giá kháng thể giữa nhóm các nhóm gà hướng thịt dương tính với kháng thể kháng aMPV. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo loại hình chuồng trại. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo quy mô chăn nuôi. SỰ LƯU HÀNH CỦA aMPV Ở GÀ NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC.

Kiểm tra khả năng phát hiện aMPV của phản ứng RT-PCR. Kết quả phát hiện aMPV trong mẫu bệnh phẩm. Phân tích trình tự gen các chủng aMPV phát hiện được ở miền Bắc. Phân tích mối liên hệ di truyền các chủng aMPV ở miền Bắc.

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ. 55 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 56 v c DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Diễn giải Aa : Amino acid aMPV : Avian metapneumovirus aMPV/A : Avian metapneumovirus subtype A aMPV/B : Avian metapneumovirus subtype B aMPV/C : Avian metapneumovirus subtype C aMPV/D : Avian metapneumovirus subtype D ARN : Axit ribonucleic Bp : Base pair dNTP : Deoxyribonucleotide triphosphate E. coli : Escherichia coli ELISA : Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay HI : Hemagglutination inhibition hMPV : Human metapneumovirus IBV : Infectious Bronchitis virus iELISA : Indirect Enzyme-Linked Immunosorbent Assay ILT : Infectious laryngotracheitis IPT : Immunoperoxidase Technique kb : Kilobase kDa : Kilodalton mRNA : Messenger Ribonucleic acid Nt/Nu : Nucleotide OCT : Optimal cutting temperature ORT : Ornithobacterium rhinotracheale PBS : Phosphat Buffer Saline RSV : Respiratory syncytial virus RT-PCR : Reverse transcription polymerase chain reaction SNT : Serum neutralization test SHS : Swollen head syndrome TCID50 : Median Tissue Culture Infectious Dose TRT : Turkey rhinotracheitis VNT : Virus Neutralisation Test vi c DANH MỤC BẢNG Bảng 2.

Trình tự mồi giám định và xác định subtype aMPV. Các vacxin đang lưu hành tại Việt Nam đã được cấp phép bởi cục thú y. Trình tự mồi đặc hiệu giám định và định aMPV. Kết quả xác định dương tính huyết thanh học theo số mẫu và theo trại ở các địa phương.

Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo giống gà. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo loại hình chuồng trại. Tổng hợp triệu chứng, bệnh tích ở gà nghi mắc bệnh do aMPV. Tổng hợp kết quả phát hiện aMPV ở mẫu bệnh phẩm.

48 vii c DANH MỤC HÌNH Hình 2. Cấu trúc bộ gen của các thành viên họ Pneumovirus và Paramyxoviridae. Mối liên hệ di truyền giữa aMPV và hMPV dựa vào trình tự bộ gen. Phản ứng ELISA phát hiện kháng thể kháng aMPV.

Tỷ lệ dương tính kháng thể kháng aMPV theo địa điểm. Tỷ lệ dương tính huyết thanh học theo lứa tuổi. Sự biến động kháng thể của các nhóm gà hướng thịt dương tính với kháng thể kháng aMPV theo nhóm tuổi. Tỷ lệ dương tính kháng thể kháng aMPV theo quy mô chăn nuôi.

Kết quả phân tích tính đặc hiệu của phản ứng RT-PCR. Triệu chứng và bệnh tích ở gà nghi mắc bệnh do aMPV. Kết quả phản ứng RT-PCR phát hiện aMPV trong mẫu. Trình tự nucleotide 1- 220 của gen mã hóa protein G.

Trình tự nucleotide 221- 429 của gen mã hóa protein G. Trình amino acid của gen mã hóa protein G. Cây phát sinh chủng loại aMPV dựa vào gen mã hóa protein G. Nhánh cây phát sinh chủng loại dẫn tới chủng aMPV ở Việt Nam.

54 viii c TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Lê Bá Hiệp Tên Luận văn: Nghiên cứu sự lưu hành của Avian metapneumovirus (aMPV) ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam Ngành: Thú y Mã số: 8 64 01 01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu - Trả lời câu hỏi có/không có Avian metapneumovirus lưu hành ở gà nuôi tại một số tỉnh miền Bắc – Việt Nam; - Xác định được subtype Avian metapneumovirus lưu hành tại một số tỉnh miền Bắc – Việt Nam. Phương pháp nghiên cứu Để nghiên cứu các nội dung: - Nghiên cứu sự lưu hành huyết thanh học của aMPV ở gà nhà theo các đặc điểm dịch tễ (địa phương, giống loài, tuổi, quy mô chăn nuôi, phương thức chăn nuôi). Các mẫu huyết thanh được thu thập ngẫu nghiên (7-21 mẫu/trang trại) theo các đặc điểm dịch tễ và ứng dụng kỹ thuật ELISA gián tiếp (indirect ELISA) để phát hiện kháng thể kháng aMPV. - Các mẫu bệnh phẩm (xương ống cuộn, khí quản) thu được từ gà có biểu hiện của hội chứng sưng phù đầu do aMPV dưới dạng mẫu gộp 3- 5 mẫu/mẫu gộp, mỗi trường hợp trại là một mẫu gộp: Phương RT-PCR sử dụng bộ mồi giải trình tự gen mã hóa gen G (Ga/Gy) của aMPV đã được ứng dụng cho xác nhận aMPV trong các mẫu.

Sản phẩm RT- PCR được giải trình tự bằng phương pháp Sanger. Các phần mềm tin sinh học chuyên dụng như BioEdit, DnaSP, MEGA và BEAST được sử dụng để phân tích trình tự và xây dựng cây phát sinh chủng loại. Kết quả chính và kết luận Nghiên cứu này đã được thực hiện thu thập 359 mẫu huyết thanh gà, từ 29 trang trại thuộc 10 tỉnh thành ở miền Bắc nhằm xác định sự lưu hành của kháng thể kháng aMPV. Kết quả, xác định được dương tính kháng thể kháng aMPV ở đàn gà nuôi tại 8/10 tỉnh, thành phố miền Bắc, với tỷ lệ dương tính trung bình theo mẫu là 36,2% (130/359).

Các đàn gà này thuộc nhiều giống khác nhau, song đều dương tính với kháng thể kháng aMPV, trong đó gà trắng siêu thịt có tỷ lệ thấp nhất (8,2%), tiếp đến là nhóm gà lai (35,0%) và cao nhất là nhóm gà bản địa (48,8%). Tỷ lệ dương tính trung bình ở các nhóm tuổi là 23,1% (22- 42 ngày tuổi); 33,2% (43- 90 ngày tuổi); 61,5% (91- 120 ix c ngày tuổi) và 36,4% (> 120 ngày tuổi). Gà nuôi ở mọi quy mô và phương thức chăn nuôi đều phát hiện thấy kháng thể kháng aMPV. Cụ thể, tỷ lệ dương tính dao động từ 24,8% - 63,1% theo quy mô và dao động từ 8,2% - 41,8% theo phương thức chăn nuôi.

Thực tế rằng các đàn gà này chưa từng dùng vacxin Avian metapneumovirus, điều này có thể ngờ rằng đã có sự phơi nhiễm tự nhiên với Avian metapneumovirus. Để xác nhận sự tồn tại của virus trong các trường hợp nghi ngờ bệnh, 38 mẫu gộp (3 -5 mẫu gà/mẫu gộp) từ 38 trang trại có nghi ngờ bệnh (Gà đẻ, gà hậu bị và gà hướng thịt). Kết quả phát hiện được aMPV trong 3/38 mẫu, chiếm tỷ lệ 7,9%.