Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Curcumin là một polyphenol tự nhiên chiết xuất từ củ nghệ (Curcuma longa L.), sở hữu nhiều hoạt tính sinh học có giá trị y dược như kháng oxy hóa, kháng viêm, kháng khuẩn, kháng nấm, làm liền vết thương, kìm hãm tế bào ung thư và hỗ trợ điều trị các bệnh lý thoái hóa thần kinh như Alzheimer. Tuy nhiên, rào cản lớn nhất hạn chế ứng dụng thực tiễn của curcumin trong y học là độ bền sinh học kém và độ sinh khả dụng thấp. Hợp chất này hầu như không tan trong nước và môi trường acid, kém bền vững dưới tác động của ánh sáng và môi trường kiềm, đồng thời bị hấp thu kém, chuyển hóa nhanh và đào thải với tỷ lệ lớn khi đưa vào cơ thể. Bên cạnh đó, quy trình chiết xuất và phân lập curcumin tinh khiết từ tự nhiên đòi hỏi chi phí cao và kỹ thuật phức tạp, gây trở ngại cho việc cải biến hóa học trực tiếp trên nguồn nguyên liệu tự nhiên.

Cấu trúc phân tử của curcumin bao gồm hai nhân phenyl mang nhóm thế, hai nhóm carbonyl ($>C=O$) và hệ liên kết đôi liên hợp ($>C=C<$). Hoạt tính sinh học của curcumin phụ thuộc trực tiếp vào các trung tâm phản ứng này. Nhằm khắc phục các nhược điểm về độ tan và tính kém bền, việc tổng hợp các dẫn xuất curcumin thông qua thay đổi nhóm thế trên vòng thơm hoặc đóng vòng dị vòng tại cầu nối trung tâm được xác định là hướng nghiên cứu trọng tâm nhằm tạo ra các phân tử có hoạt tính chống oxy hóa cao và sinh khả dụng tốt hơn.

Khóa luận tốt nghiệp của sinh viên Nguyễn Võ Kim Phượng (ngành Công nghệ Kỹ thuật Hóa học, chuyên ngành Hóa hữu cơ, Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật TP. Hồ Chí Minh) xác định 4 nhiệm vụ nghiên cứu cụ thể được đánh số như sau:

  1. Khảo sát độ hấp thụ của các dẫn xuất curcumin.
  2. Khảo sát hoạt tính chống oxy hóa của một số dẫn xuất curcumin bằng phương pháp thử hoạt tính bắt gốc tự do DPPH.
  3. Khảo sát tốc độ phản ứng của một số dẫn xuất curcumin.
  4. Xác định mối liên hệ cấu trúc và hoạt tính qua phần mềm.

Đối tượng nghiên cứu của đề tài là 16 dẫn xuất của curcumin (được ký hiệu từ 1 đến 16) do TS. Hoàng Minh Hảo (Khoa Công nghệ Hóa học và Thực phẩm) tổng hợp và cung cấp. Phạm vi nghiên cứu được thực hiện bằng phương pháp thực nghiệm in vitro kết hợp mô phỏng hóa tin tại Phòng thí nghiệm Bộ môn Công nghệ Hóa học, Trường Đại học Sư phạm Kỹ thuật TP. Hồ Chí Minh, trong thời gian từ ngày 15/12/2019 đến ngày 15/08/2020.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu được xây dựng trên nền tảng lý thuyết về hóa học curcuminoid, hóa học các gốc tự do, cơ chế chống oxy hóa và phương pháp nghiên cứu mối quan hệ định lượng giữa cấu trúc và hoạt tính sinh học (QSAR):

  • Cấu trúc và tính chất hóa học của Curcumin: Hỗn hợp curcuminoid tự nhiên gồm ba thành phần chính: curcumin (~77%), demethoxycurcumin (DMC, ~17%) và bisdemethoxycurcumin (BDMC, ~3%). Phân tử curcumin là một diarylheptanoid dạng bis-$\alpha,\beta$-diketone không bão hòa (công thức phân tử $C_{21}H_{20}O_6$, khối lượng phân tử 368,38 g/mol, nhiệt độ nóng chảy 179–183°C, $pK_a = 8$). Phân tử tồn tại ở dạng hỗ biến keto-enol đối xứng, có khả năng tham gia phản ứng cộng hydro, phản ứng phân hủy quang hóa và kiềm hóa, phản ứng tạo phức chelate với ion kim loại chuyển tiếp ($Zn^{2+}$, $Cu^{2+}$, $Fe^{3+}$, $Ni^{2+}$), phản ứng dị vòng hóa isoxazole và phản ứng nhường hydro của nhóm -OH phenolic hoặc nguyên tử hydro linh động tại carbon methylene $C_4$.
  • Lý thuyết về gốc tự do và phản ứng chống oxy hóa: Các dạng oxy hoạt động (ROS bao gồm $O_2^{\bullet-}$, $HO^\bullet$, $H_2O_2$, $ROO^\bullet$, $ROOH$, $^1O_2$, $O_3$) và các dạng nitơ hoạt động (RNS bao gồm $NO^\bullet$, $ONOO^-$, $ONOOH$, $NO_2$) được sinh ra từ các quá trình nội sinh (chuỗi hô hấp tế bào, phản ứng viêm, enzyme xanthine oxidase, NADPH oxidase) hoặc ngoại sinh (bức xạ ion hóa, khói thuốc lá, ozone). Chất chống oxy hóa trung hòa gốc tự do theo hai cơ chế chính: cơ chế chuyển nguyên tử hydro (HAT - Hydrogen Atom Transfer) và cơ chế chuyển một electron (SET - Single Electron Transfer).
  • Khung lý thuyết QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship): Sử dụng các thông số mô tả phân tử 2D (descriptors) để mô hình hóa và tìm kiếm mối tương quan giữa đặc tính cấu trúc phân tử với hoạt tính sinh học ($IC_{50}$, $pIC_{50}$) thông qua các công cụ thống kê và khai phá dữ liệu.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm và xử lý số liệu bao gồm:

  • Phương pháp đo quang phổ hấp thụ tử ngoại - khả kiến (UV-Vis): Sử dụng máy quang phổ UV-Vis Hitachi quét dải bước sóng từ 200 nm đến 550 nm với tốc độ quét 400 nm/phút để xác định bước sóng hấp thụ cực đại ($\lambda_{max}$) và đánh giá hiện tượng dịch chuyển phổ (chuyển dịch đỏ, chuyển dịch xanh) do ảnh hưởng của các nhóm thế và vòng dị vòng. Dung môi sử dụng là ethanol 99,5%.
  • Phương pháp thử hoạt tính khử gốc tự do DPPH: Dung dịch DPPH ($1,1\text{-diphenyl-2-picrylhydrazyl}$) nồng độ 100 $\mu M$ phản ứng với các nồng độ mẫu thử khác nhau (từ 0,33 $\mu M$ đến 1000 $\mu M$), ủ trong bóng tối 30 phút ở nhiệt độ phòng. Đo độ hấp thụ quang tại bước sóng 517 nm. Sử dụng Trolox làm chất đối chứng dương. Khả năng chống oxy hóa được tính theo phần trăm ức chế: $$%I = \frac{A_c - A_s}{A_c} \times 100%$$ Trong đó $A_c$ là độ hấp thụ của mẫu kiểm soát (không chứa dẫn xuất) và $A_s$ là mật độ quang của dung dịch chứa mẫu thử.
  • Xác định giá trị $IC_{50}$: Sử dụng mô hình hồi quy phi tuyến tính logistic 4 tham số trên phần mềm Origin 2020: $$Y = \frac{a - d}{1 + (X / c)^b} + d$$ (với $Y$ là phần trăm ức chế, $X$ là nồng độ, $a$ là tiệm cận dưới, $d$ là tiệm cận trên, $b$ là hệ số độ dốc và $c$ là giá trị nồng độ tương ứng $IC_{50}$).
  • Phương pháp khảo sát động học: Đo biến thiên mật độ quang tại 517 nm theo chu kỳ mỗi phút một lần liên tục trong 30 phút ở nồng độ cố định 33 $\mu M$ để xác định tốc độ khử gốc tự do.
  • Phương pháp hóa tin và mô phỏng phân tử: Vẽ cấu trúc phân tử 2D trên phần mềm ChemDraw 18.0; xuất mã SMILES và tối thiểu hóa năng lượng trên phần mềm MOE (tiêu chuẩn dừng khi độ chênh lệch năng lượng giữa hai cấu dạng liên tiếp đạt 0,05 kJ/mol); tính toán 184 thông số mô tả 2D. Ứng dụng phần mềm Rapidminer Community Edition 5 để sàng lọc descriptor qua các bước: loại bỏ thuộc tính có trên 80% giá trị bằng 0, loại thông số có độ lệch chuẩn nhỏ hơn 0,5, loại thông số có hệ số tương quan chéo lớn hơn 0,9, chọn các thông số có tương quan với $pIC_{50}$ lớn hơn 0,07 và chuẩn hóa dữ liệu về khoảng [0, 1].
Hạng mục Tên thiết bị / Hóa chất Hãng sản xuất / Xuất xứ
Thuốc thử gốc tự do DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) Tokyo Chemical, Nhật Bản
Chất đối chứng dương Trolox Hãng chuẩn phân tích
Dung môi pha chế Ethanol 99,5% Cung cấp bởi phòng thí nghiệm
Máy đo quang phổ Máy quang phổ UV-Vis Hitachi, Nhật Bản
Cân phân tích Cân phân tích 4 số Precisa, Thụy Sĩ
Thiết bị hòa tan Bể rửa siêu âm Elma, Đức
Dụng cụ đo quang Cuvette thủy tinh, cuvette thạch anh Chrom Tech, Hoa Kỳ
Phần mềm hóa tin ChemDraw 18.0, MOE, Rapidminer 5.0, Origin 2020 PerkinElmer, CCG, RapidMiner, OriginLab

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan

Chương 1 hệ thống hóa cơ sở lý luận về cấu trúc, tính chất lý hóa và hoạt tính sinh học của curcuminoid. Curcumin có công thức phân tử $C_{21}H_{20}O_6$, độ tan tốt trong dimethylsulfoxide, acetone, ethanol, dầu, không tan trong nước, hấp thụ cực đại tại bước sóng khoảng 420–430 nm. Tác giả phân tích cụ thể mối quan hệ cấu trúc - hoạt tính (pharmacophore) của curcumin: nhóm para-hydroxyl trên nhân thơm chịu trách nhiệm chính cho hoạt tính chống oxy hóa; nhóm $\beta$-diketone và hệ liên kết đôi liên hợp quyết định hoạt tính kháng viêm và ức chế tế bào ung thư. Chương này làm rõ nguồn gốc nội sinh và ngoại sinh của các gốc tự do ROS, RNS cũng như vai trò sinh lý và tác hại bệnh lý của chúng đối với màng tế bào, lipid, protein và DNA.

Phần tổng quan tài liệu phân tích các công trình nghiên cứu trong và ngoài nước: các nghiên cứu quốc tế của W. và cộng sự về khả năng ức chế peroxy hóa lipoprotein LDL của dẫn xuất phenolic curcumin, nghiên cứu 3D-QSAR của Hui Wang và Xi Zheng về hoạt tính ức chế enzyme ALDH1, và mô hình QSAR sử dụng thuật toán di truyền của Ikechukwu Ogadimma Alisi. Về tình hình nghiên cứu trong nước, tác giả dẫn chứng các kết quả nghiên cứu tổng hợp dẫn xuất phenylpyrazole của Phan Thị Hoàng Anh (Trường ĐH Bách Khoa TP.HCM), dẫn xuất pyrazole và isoxazole của Đào Hùng Cường và Lê Hải Lợi (Đại học Đà Nẵng), dẫn xuất isoxazolcurcumin (IOZ) và hydrazinocurcumin (HC) của Lê Xuân Tiến, cũng như các hợp chất flo hóa của Đặng Thị Mĩ Lệ và Đỗ Thị Xuân Vui (Đại học Nông Lâm). Từ các hạn chế về độ tan và tính phức tạp trong phân lập tự nhiên, chương 1 khẳng định tính cấp thiết của việc tổng hợp 16 dẫn xuất curcumin và ứng dụng phần mềm MOE, Rapidminer để khảo sát hoạt tính chống oxy hóa.

Chương 2: Thực nghiệm và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết đối tượng, hóa chất, thiết bị và quy trình thực nghiệm. Đối tượng nghiên cứu gồm 16 dẫn xuất curcumin được chia thành hai nhóm khung cấu trúc:

  • Khung A: Khung mở mạch chứa nhóm 5-hydroxyhepta-1,4,6-trien-3-one mang các nhóm thế khác nhau trên hai vòng phenyl (như dẫn xuất 1, 2, 3, 4, 8, 9, 11, 12, 15).
  • Khung B: Khung đóng vòng dị vòng isoxazole (dẫn xuất 5), pyrazole (dẫn xuất 6, 10, 13, 14, 16) hoặc phenyl pyrazole (dẫn xuất 7).

Tác giả trình bày quy trình chuẩn bị mẫu thử: cân chính xác 10 mg mỗi dẫn xuất, hòa tan và định mức thành 10 mL bằng ethanol, đánh siêu âm để hòa tan hoàn toàn tạo dung dịch gốc. Dung dịch DPPH $100\ \mu M$ được pha chế bằng cách hòa tan 0,0039 g DPPH trong 100 mL ethanol và bảo quản trong bình bọc giấy bạc tránh ánh sáng. Quy trình thử nghiệm DPPH được tiến hành bằng cách phối trộn dung dịch mẫu thử với dung dịch DPPH theo tỷ lệ thể tích phù hợp, ủ 30 phút trong bóng tối ở nhiệt độ phòng và đo độ hấp thụ tại 517 nm song song với mẫu kiểm soát (control) và mẫu trắng (blank).

Chương 2 mô tả chi tiết quy trình xử lý số liệu trên phần mềm Origin 2020 để dựng đường cong hồi quy logistic 4 tham số và xác định $IC_{50}$. Đồng thời, tác giả thiết lập quy trình tính toán trên phần mềm MOE để tối thiểu hóa năng lượng cấu trúc phân tử và tính toán 184 thông số mô tả 2D, sau đó xuất dữ liệu sang Rapidminer Community Edition 5 để sàng lọc thông số mô tả theo các toán tử: Remove Useless Attributes (loại bỏ thuộc tính có độ lệch chuẩn dưới 0,5), Remove Correlated Attributes (loại bỏ tương quan chéo trên 0,9), Weight by Correlation và Select by Weights (chọn các thuộc tính có tương quan bình phương với $pIC_{50}$ lớn hơn 0,07) và Normalize (chuẩn hóa giá trị về thang đo 0–1).

Chương 3: Kết quả và bàn luận

Chương 3 trình bày các phát hiện thực nghiệm và phân tích dữ liệu chuyên sâu:

  • Đặc điểm dung dịch và phổ hấp thụ UV-Vis: Quan sát cảm quan cho thấy dung dịch gốc của các dẫn xuất đóng vòng pyrazole 6, 10, 13, 14, 16 dường như không có màu do hệ liên hợp của nhóm carbonyl ($>C=O$) trong mạch chính đã bị triệt tiêu sau phản ứng đóng vòng. Chất 5 (mang vòng isoxazole) có màu nhạt hơn chất 7 (mang vòng phenyl pyrazole) do cấu trúc chất 7 có thêm một nhân thơm làm tăng tính đa nhân của hệ liên hợp.
  • Phân tích bước sóng hấp thụ cực đại ($\lambda_{max}$): Curcumin chuẩn (chất 2) thể hiện đỉnh hấp thụ cực đại ở 428 nm trong dung môi ethanol 99,5%, phù hợp với công bố của Pẻret-Almeida và cộng sự (2005). Các nhóm thế gắn trên vòng thơm làm dịch chuyển bước sóng theo trật tự: nhóm -OH ($\sim 418$ nm) > nhóm $-OCH_3$ (394–396 nm) > nhóm -F (390 nm). Khi đóng vòng dị vòng tại cầu nối diketone, bước sóng hấp thụ bị chuyển dịch xanh rõ rệt về vùng 300–360 nm do sự mất đi của liên hợp carbonyl; trong đó vòng pyrazole cho bước sóng hấp thụ dài hơn vòng isoxazole và vòng phenyl pyrazole (310 nm > 306 nm > 304 nm).
  • Hoạt tính ức chế gốc tự do DPPH: Kết quả thực nghiệm khẳng định hoạt tính chống oxy hóa phụ thuộc chặt chẽ vào sự hiện diện của nhóm phenolic (-OH). Các dẫn xuất giữ lại nhóm -OH trên vòng thơm thể hiện giá trị $IC_{50}$ thấp (hoạt tính mạnh). Ngược lại, khi nhóm -OH phenol bị thay thế hoàn toàn bằng nguyên tử flo (-F) hoặc các nhóm thế khác, hoạt tính khử gốc DPPH suy giảm nghiêm trọng hoặc mất hoàn toàn.
  • Tương quan cấu trúc và thông số mô tả (QSAR descriptors): Sau khi thực hiện quy trình sàng lọc qua Rapidminer từ 184 thông số ban đầu, nghiên cứu xác định được 3 thông số mô tả có hệ số tương quan chặt chẽ nhất với hoạt tính chống oxy hóa ($IC_{50}$ và $pIC_{50}$):
    1. log P (o/w): Hệ số phân bố octanol/nước, phản ánh tính ưa béo (lipophilicity) và khả năng hòa tan qua màng tế bào.
    2. log S: Độ tan trong nước của phân tử ở trạng thái cân bằng.
    3. lip_don: Số lượng nhóm cho liên kết hydro theo quy tắc Lipinski (chủ yếu đại diện bởi số lượng nhóm -OH phenolic).

Kết quả và đóng góp

Nghiên cứu đã hoàn thành việc đo đạc, tổng hợp và đối chiếu đặc điểm quang phổ UV-Vis của 16 dẫn xuất curcumin, làm rõ sự biến đổi cấu trúc phân tử so với curcumin tự nhiên:

Hợp chất Nhóm thế / Dị vòng Đỉnh hấp thụ $\lambda_{max}$ (nm) Đặc điểm cấu trúc so với Curcumin (Chất 2)
Chất 2 (Curcumin) Khung A: $R_1 = OH; R_2 = OCH_3; R_3 = H$ 428 Cấu trúc đối chứng chuẩn, dạng tinh thể màu cam đỏ
Chất 1 Khung A: $R_1 = R_2 = R_3 = H$ Vùng 300–420 Mất đồng thời nhóm -OH và $-OCH_3$
Chất 3 Khung A: $R_1 = OCH_3; R_2 = R_3 = H$ 394–396 Thay thế nhóm -OH bằng nhóm $-OCH_3$
Chất 4 Khung A: $R_2 = OCH_3; R_1 = R_3 = H$ 394–396 Mất nhóm -OH tại vị trí para
Chất 5 Khung B: $R_1 = R_2 = R_3 = H; X = O$ (Isoxazole) 306 Mất nhóm -OH, $-OCH_3$; đóng vòng isoxazole
Chất 6 Khung B: $R_1 = R_2 = R_3 = H; X = NH$ (Pyrazole) 310 Mất nhóm -OH, $-OCH_3$; đóng vòng pyrazole
Chất 7 Khung B: $R_1 = R_2 = R_3 = H; X = N-C_6H_5$ 304 Đóng vòng phenyl pyrazole, tăng thêm một vòng thơm
Chất 8 Khung A: $R_1 = R_2 = F; R_3 = H$ 390 Mất -OH, $-OCH_3$; gắn -F tại vị trí para và meta
Chất 9 Khung A: $R_1 = OH; R_2 = R_3 = H$ 418 Mất nhóm $-OCH_3$, chỉ còn nhóm -OH phenolic
Chất 10 Khung B: $R_1 = OH; R_2 = R_3 = H; X = NH$ Vùng 300–360 Đóng vòng pyrazole; có nhóm -OH, mất nhóm $-OCH_3$
Chất 11 Khung A: $R_2 = F; R_1 = R_3 = H$ 390 Mất -OH, $-OCH_3$; gắn -F tại vị trí meta
Chất 12 Khung A: $R_1 = F; R_2 = R_3 = H$ 390 Mất -OH, $-OCH_3$; gắn -F tại vị trí para
Chất 13 Khung B: $R_1 = R_2 = F; R_3 = H; X = NH$ Vùng 300–360 Đóng vòng pyrazole; gắn -F tại vị trí meta và para
Chất 14 Khung B: $R_1 = OH; R_2 = OCH_3; R_3 = H; X = NH$ 330 Đóng vòng pyrazole; bảo tồn nhóm -OH và $-OCH_3$
Chất 15 Khung A: $R_3 = F; R_1 = R_2 = H$ 390 Mất -OH, $-OCH_3$; gắn -F tại vị trí ortho
Chất 16 Khung B: $R_3 = F; R_1 = R_2 = H; X = NH$ Vùng 300–360 Đóng vòng pyrazole; gắn -F tại vị trí ortho

Các đóng góp chính của đề tài bao gồm:

  • Xác thực vai trò cấu trúc của nhóm phenolic: Nghiên cứu chứng minh bằng thực nghiệm rằng nhóm thế flo hóa (-F) mặc dù có thể làm tăng độ ổn định của phân tử nhưng khi thay thế trực tiếp vào vị trí của nhóm -OH phenolic sẽ làm mất hoàn toàn hoạt tính chống oxy hóa. Hoạt tính khử gốc tự do DPPH đạt mức cao nhất khi trong phân tử có mặt nhóm -OH phenolic tự do.
  • Làm rõ hiệu ứng quang phổ liên hợp: Phân tích quang phổ UV-Vis chứng minh hiện tượng chuyển dịch xanh khi thay thế nhóm carbonyl liên hợp bằng các nhân dị vòng azole (pyrazole, isoxazole), giải thích cơ sở lý hóa khiến các dung dịch dẫn xuất pyrazole không còn mang màu vàng cam đặc trưng của curcumin tự nhiên.
  • Sàng lọc thành công thông số mô tả phân tử: Ứng dụng thành công chuỗi công cụ phần mềm (ChemDraw $\rightarrow$ MOE $\rightarrow$ Rapidminer $\rightarrow$ Origin) để xử lý dữ liệu và xác định được 3 thông số mô tả then chốt (log P (o/w), log S, lip_don) có mối liên hệ mật thiết với hoạt tính $IC_{50}$.
  • Đề xuất định hướng nghiên cứu: Tác giả kiến nghị trong các nghiên cứu thiết kế thuốc hoặc dẫn xuất curcumin mới nhằm phòng và điều trị ung thư, cần tập trung duy trì và tối ưu hóa các dẫn xuất chứa nhóm -OH phenolic thay vì loại bỏ hoặc thay thế nhóm này bằng các halogen.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Khóa luận còn tồn tại một số hạn chế đã được giảng viên hướng dẫn (TS. Nguyễn Vinh Tiến) và giảng viên phản biện (TS. Hoàng Minh Hảo) chỉ ra trong phiếu đánh giá:

  • Đề tài chưa xây dựng được một cách định lượng hoàn chỉnh phương trình hồi quy toán học đa biến (QSAR) liên kết giữa các thông số mô tả cấu trúc và hoạt tính khử gốc tự do DPPH của các dẫn xuất curcumin, mà mới chỉ dừng lại ở bước sàng lọc và định tính mối tương quan của 3 thông số mô tả chính.
  • Do lượng hóa chất của một số dẫn xuất tổng hợp được còn hạn chế, các thử nghiệm tại nồng độ cao (như 1000 $\mu M$) hầu hết chỉ tiến hành được một lần đo lặp, làm giảm tính đại diện thống kê tại nồng độ này.
  • Cách diễn đạt và hành văn ở một số phần còn thiếu chặt chẽ, chưa truyền đạt hết các phân tích chuyên sâu về cơ chế phản ứng gốc tự do.

Hướng nghiên cứu tiếp theo được đề xuất:

  • Mở rộng tổng hợp thư viện dẫn xuất curcumin có bảo tồn nhóm -OH phenolic và đa dạng hóa các nhóm thế trợ điện tử nhằm tìm kiếm các hợp chất có hoạt tính chống oxy hóa mạnh hơn curcumin tự nhiên.
  • Gia tăng số lượng hợp chất khảo sát để xây dựng mô hình toán học QSAR định lượng hoàn chỉnh với các chỉ số thống kê ($R^2$, $q^2$) đạt chuẩn, phục vụ thiết kế phân tử thuốc trên máy tính.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là tài liệu tham khảo hữu ích cho sinh viên, học viên cao học và cán bộ nghiên cứu thuộc các chuyên ngành Công nghệ Kỹ thuật Hóa học, Hóa hữu cơ, Hóa dược và Công nghệ Thực phẩm:

  • Về phương pháp thực nghiệm: Đồ án cung cấp quy trình chi tiết từng bước về phép thử hoạt tính bắt gốc tự do DPPH trên máy đo quang phổ UV-Vis, cách thiết lập dung dịch gốc, mẫu kiểm soát (control) và mẫu trắng (blank) nhằm loại bỏ sai số đo quang.
  • Về xử lý số liệu: Khóa luận hướng dẫn cụ thể phương pháp ứng dụng phần mềm Origin 2020 để hồi quy dữ liệu thực nghiệm theo mô hình đường cong logistic 4 tham số nhằm xác định chỉ số $IC_{50}$ chính xác hơn so với phương pháp ngoại suy tuyến tính thông thường.
  • Về phương pháp hóa tin (Chemoinformatics): Tài liệu cung cấp quy trình xử lý dữ liệu từ việc tối thiểu hóa năng lượng trên MOE đến các bước sàng lọc thuộc tính trên Rapidminer Community Edition 5, có thể áp dụng làm mẫu quy trình cho các nghiên cứu sàng lọc chất có hoạt tính sinh học.

Câu hỏi thường gặp

1. Khóa luận khảo sát bao nhiêu dẫn xuất curcumin và các dẫn xuất này được biến đổi dựa trên những phản ứng nào?
Nghiên cứu khảo sát 16 dẫn xuất curcumin (được đánh số từ 1 đến 16). Các dẫn xuất này được tổng hợp dựa trên hai hướng biến đổi cấu trúc chính: thay đổi các nhóm thế (-OH, $-OCH_3$, -F) tại các vị trí ortho, meta, para trên hai vòng phenyl và phản ứng đóng vòng dị vòng (isoxazole, pyrazole, phenyl pyrazole) thay thế nhóm $\beta$-diketone ở cầu nối trung tâm.

2. Tại sao dung dịch gốc của các dẫn xuất mang dị vòng pyrazole (chất 6, 10, 13, 14, 16) lại không có màu như curcumin tự nhiên?
Dung dịch gốc của các hợp chất này gần như không màu do nhóm carbonyl ($>C=O$) mang tính liên hợp trong mạch heptadiene của curcumin đã tham gia phản ứng ngưng tụ và đóng vòng dị vòng pyrazole, làm mất đi hệ liên hợp carbonyl mang màu vốn có của phân tử curcuminoid.

3. Việc thay thế nhóm -OH phenolic bằng nguyên tử Flo (-F) ảnh hưởng như thế nào đến hoạt tính chống oxy hóa của các dẫn xuất?
Kết quả thử nghiệm ức chế gốc tự do DPPH cho thấy việc thay thế nhóm -OH phenol bằng nguyên tử flo (-F) làm suy giảm nghiêm trọng hoặc mất hoàn toàn hoạt tính chống oxy hóa. Nhóm -OH phenolic là trung tâm nhường nguyên tử hydro cho gốc DPPH, do đó việc giữ lại nhóm chức này là điều kiện quyết định để duy trì giá trị $IC_{50}$ thấp (hoạt tính mạnh).

4. Mô hình toán học nào được tác giả sử dụng trên phần mềm Origin 2020 để tính toán giá trị $IC_{50}$?
Tác giả sử dụng mô hình hồi quy phi tuyến tính logistic 4 tham số: $$Y = \frac{a - d}{1 + (X / c)^b} + d$$ Trong đó $Y$ là phần trăm ức chế (%I), $X$ là nồng độ dẫn xuất, $a$ là tiệm cận dưới, $d$ là tiệm cận trên, $b$ là hệ số độ dốc và $c$ chính là nồng độ tại điểm uốn tương ứng với mức ức chế 50% gốc tự do ($IC_{50}$).

5. Ba thông số mô tả phân tử (descriptors) nào được xác định có tương quan tốt nhất với hoạt tính chống oxy hóa sau khi sàng lọc qua Rapidminer?
Ba thông số mô tả được xác định có hệ số tương quan tốt nhất với giá trị $IC_{50}$ và $pIC_{50}$ gồm: log P (o/w) (hệ số phân bố octanol/nước thể hiện tính ưa béo), log S (thông số độ tan trong nước ở trạng thái cân bằng) và lip_don (số lượng nhóm cho liên kết hydro theo quy tắc Lipinski).

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của sinh viên Nguyễn Võ Kim Phượng đã khảo sát thành công đặc tính quang phổ UV-Vis và hoạt tính khử gốc tự do DPPH của 16 dẫn xuất curcumin, kết hợp phân tích động học phản ứng quang phổ ở nồng độ 33 $\mu M$. Kết quả thực nghiệm khẳng định vai trò quyết định của nhóm -OH phenolic đối với hoạt tính chống oxy hóa, trong khi việc đưa nhóm thế flo vào vị trí này làm mất đi khả năng khử gốc tự do. Thông qua việc ứng dụng phần mềm MOE và Rapidminer Community Edition 5, đề tài đã sàng lọc được 3 thông số mô tả phân tử (log P (o/w), log S, lip_don) có mối tương quan chặt chẽ nhất với hoạt tính sinh học, tạo cơ sở dữ liệu định hướng cho việc thiết kế và tổng hợp các dẫn xuất curcumin mới trong nghiên cứu dược phẩm.