Đánh Giá Đa Dạng Di Truyền Của Mười Lăm Loài Dendrobium Sử Dụng Chỉ Thị SRAP

Khóa luận nghiên cứu đa dạng di truyền của mười lăm loài dendrobium bằng cách sử dụng dấu hiệu srap, góp phần vào công nghệ sinh học.

• Tác giả: Nguyen Tran Tuyet Nhi
• Người hướng dẫn: Assoc. Dr. Nguyen Bao Quoc
• Trường học: Nong Lam University
• Chuyên ngành: Biotechnology
• Đề tài: Đánh Giá Đa Dạng Di Truyền Của Mười Lăm Loài Dendrobium Sử Dụng Chỉ Thị SRAP
• Loại tài liệu: Graduation Thesis
• Năm xuất bản: 2019-2023
• Địa điểm: Thu Duc City

Mục lục chi tiết

• ACKNOWLEDGEMENTS
• AFFIRMATION AND COMMITMENT
• 1. CHAPTER 1: Introduction
• 2. CHAPTER 2
• 2.1. Classification of dendrobium in Viet Nam
• 2.2. The significance of genetic diversity
• 2.3. Markers for assessment of genetic diversity
• 2.4. Some molecular markers used to study the genetic diversity
• 3. MATERIALS AND METHODS
• 4. CHAPTER 4: RESULTS AND DISCUSSIONS
• 4.1. DNA extraction of 15 dendrobium species
• 4.2. Genetic diversity analysis among dendrobium species
• 4.3. Genetic distance and cluster analysis of 15 dendrobium species
• 4.4. The effectiveness of using the SRAP marker in genetic diversity
• 4.5. Genetic relationships of 15 dendrobium species
• CONCLUSION AND SUGGESTION
• REFERENCES
• LIST OF ABBREVIATIONS
• LIST OF TABLES
• LIST OF FIGURES

Tóm tắt

I. Tổng Quan Về Đánh Giá Đa Dạng Di Truyền Của Dendrobium

Đánh giá đa dạng di truyền của các loài Dendrobium là một lĩnh vực nghiên cứu quan trọng trong sinh học và bảo tồn. Các loài Dendrobium không chỉ có giá trị thẩm mỹ mà còn có nhiều ứng dụng trong y học và dinh dưỡng. Việc hiểu rõ về đa dạng di truyền giúp bảo tồn nguồn gen quý giá của các loài này. Nghiên cứu này sử dụng chỉ thị SRAP để phân tích sự đa dạng di truyền của mười lăm loài Dendrobium, từ đó cung cấp thông tin cần thiết cho các nỗ lực bảo tồn.

1.1. Đặc Điểm Của Các Loài Dendrobium

Các loài Dendrobium có sự đa dạng lớn về hình dáng, màu sắc và kích thước. Chúng thường được phân loại dựa trên các đặc điểm hình thái như lá, hoa và thân. Sự đa dạng này không chỉ làm cho Dendrobium trở thành loài hoa yêu thích mà còn là đối tượng nghiên cứu hấp dẫn trong sinh học.

1.2. Tầm Quan Trọng Của Đánh Giá Di Truyền

Đánh giá di truyền giúp xác định mối quan hệ giữa các loài Dendrobium, từ đó hỗ trợ trong việc bảo tồn và phát triển giống. Việc sử dụng các chỉ thị phân tử như SRAP cho phép phân tích chính xác hơn về sự đa dạng di truyền, giúp bảo vệ nguồn gen quý hiếm.

II. Thách Thức Trong Đánh Giá Đa Dạng Di Truyền Dendrobium

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về đa dạng di truyền của Dendrobium, nhưng vẫn tồn tại nhiều thách thức trong việc thu thập và phân tích dữ liệu. Sự tương đồng giữa các loài trong giai đoạn không ra hoa có thể dẫn đến nhầm lẫn trong việc xác định loài. Hơn nữa, sự biến đổi khí hậu và khai thác quá mức cũng làm giảm đa dạng di truyền của các loài này.

2.1. Khó Khăn Trong Việc Phân Loại

Việc phân loại các loài Dendrobium gặp khó khăn do sự tương đồng về hình thái. Nhiều loài có hình dáng gần giống nhau, dẫn đến nhầm lẫn trong quá trình nghiên cứu. Điều này đòi hỏi các phương pháp phân tích di truyền chính xác hơn để xác định đúng loài.

2.2. Ảnh Hưởng Của Biến Đổi Khí Hậu

Biến đổi khí hậu đang ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường sống của các loài Dendrobium. Sự thay đổi về nhiệt độ và độ ẩm có thể làm giảm khả năng sinh trưởng và phát triển của chúng, từ đó ảnh hưởng đến đa dạng di truyền.

III. Phương Pháp Sử Dụng Chỉ Thị SRAP Trong Nghiên Cứu

Chỉ thị SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) là một công cụ mạnh mẽ trong việc đánh giá đa dạng di truyền. Phương pháp này cho phép phát hiện các đoạn DNA đa hình, từ đó cung cấp thông tin về mối quan hệ di truyền giữa các loài Dendrobium. Nghiên cứu này đã sử dụng 30 chỉ thị SRAP để phân tích 15 loài Dendrobium, cho thấy sự đa dạng di truyền phong phú.

3.1. Nguyên Tắc Hoạt Động Của SRAP

SRAP hoạt động dựa trên nguyên tắc khuếch đại các đoạn DNA liên quan, cho phép phát hiện sự đa hình trong gen. Phương pháp này có ưu điểm là dễ thực hiện và cho kết quả nhanh chóng, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí trong nghiên cứu.

3.2. Lợi Ích Của Việc Sử Dụng SRAP

Việc sử dụng SRAP trong nghiên cứu di truyền mang lại nhiều lợi ích, bao gồm khả năng phát hiện đa hình cao và tính chính xác trong việc xác định mối quan hệ di truyền. Điều này giúp nâng cao chất lượng nghiên cứu và bảo tồn các loài Dendrobium.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Đánh Giá Đa Dạng Di Truyền

Kết quả nghiên cứu cho thấy 15 loài Dendrobium được phân tích có sự đa dạng di truyền đáng kể. Sử dụng chỉ thị SRAP, 142 đoạn DNA đa hình đã được phát hiện, cho thấy sự phong phú trong nguồn gen của các loài này. Phân tích cho thấy các loài Dendrobium được chia thành năm nhóm khác nhau dựa trên mối quan hệ di truyền.

4.1. Phân Tích Đo Đạc Đa Dạng Di Truyền

Phân tích cho thấy chỉ số đa dạng di truyền theo Shannon và Nei lần lượt là 0.402 và 0.190, cho thấy mức độ đa dạng di truyền thấp trong các loài Dendrobium. Điều này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc bảo tồn nguồn gen.

4.2. Mối Quan Hệ Giữa Các Loài Dendrobium

Kết quả phân tích cho thấy các loài Dendrobium được chia thành năm nhóm với hệ số tương đồng thấp nhất là 0.724. Điều này cho thấy sự khác biệt rõ rệt giữa các loài, đồng thời cũng chỉ ra rằng cần có các biện pháp bảo tồn hiệu quả hơn.

V. Ứng Dụng Thực Tiễn Của Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền

Nghiên cứu về đa dạng di truyền của Dendrobium không chỉ có giá trị trong lĩnh vực khoa học mà còn có ứng dụng thực tiễn trong bảo tồn và phát triển giống. Thông qua việc hiểu rõ về di truyền, các nhà nghiên cứu có thể phát triển các giống mới có chất lượng cao hơn, đồng thời bảo tồn các loài quý hiếm.

5.1. Phát Triển Giống Mới

Nghiên cứu đa dạng di truyền giúp phát triển các giống Dendrobium mới có khả năng thích ứng tốt hơn với điều kiện môi trường. Điều này không chỉ nâng cao năng suất mà còn bảo tồn nguồn gen quý hiếm.

5.2. Bảo Tồn Nguồn Gen

Việc đánh giá đa dạng di truyền là cơ sở để xây dựng các chương trình bảo tồn hiệu quả. Các biện pháp bảo tồn cần được thực hiện kịp thời để đảm bảo sự tồn tại của các loài Dendrobium trong tương lai.

VI. Kết Luận Và Tương Lai Của Nghiên Cứu Đa Dạng Di Truyền

Kết luận từ nghiên cứu cho thấy sự đa dạng di truyền của các loài Dendrobium là rất quan trọng cho việc bảo tồn và phát triển giống. Nghiên cứu này mở ra hướng đi mới trong việc ứng dụng các chỉ thị phân tử như SRAP để đánh giá di truyền. Tương lai của nghiên cứu này sẽ tiếp tục tập trung vào việc bảo tồn và phát triển các giống Dendrobium quý hiếm.

6.1. Hướng Đi Mới Trong Nghiên Cứu

Nghiên cứu sẽ tiếp tục mở rộng để khám phá thêm nhiều loài Dendrobium khác, từ đó cung cấp thông tin quý giá cho công tác bảo tồn. Việc áp dụng công nghệ mới sẽ giúp nâng cao hiệu quả nghiên cứu.

6.2. Tầm Quan Trọng Của Bảo Tồn

Bảo tồn đa dạng di truyền không chỉ là trách nhiệm của các nhà khoa học mà còn là của toàn xã hội. Cần có sự hợp tác giữa các tổ chức và cá nhân để bảo vệ nguồn gen quý giá này cho các thế hệ tương lai.

Nội dung chính

Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Chi Hoàng thảo (Dendrobium) là một trong những chi lớn nhất thuộc họ Lan (Orchidaceae), chỉ đứng sau chi Bulbophyllum, với khoảng 1.400 đến 1.800 loài phân bố rộng khắp các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới châu Á, châu Úc. Tại Việt Nam, chi Dendrobium sở hữu tính đa dạng hình thái và số lượng loài cao nhất trong họ Lan với khoảng 107 loài (chiếm tỷ lệ lớn trong tổng số gần 900 loài lan được ghi nhận). Các loài Dendrobium không chỉ mang lại giá trị thẩm mỹ, kinh tế cao trong ngành hoa cảnh thương mại mà còn là nguồn dược liệu cổ truyền quý giá, chứa nhiều hoạt chất sinh học phục vụ sản xuất thực phẩm chức năng và dược phẩm.

Tuy nhiên, nguồn tài nguyên di truyền của các loài Dendrobium bản địa tại Việt Nam đang đứng trước nguy cơ suy giảm nghiêm trọng do tác động tiêu cực của biến đổi khí hậu, sự thu hẹp sinh cảnh rừng tự nhiên và tình trạng khai thác quá mức phục vụ thương mại. Bên cạnh đó, việc du nhập và lai tạo ồ ạt các giống lan ngoại lai làm gia tăng nguy cơ xói mòn nguồn gen bản địa quý hiếm. Ở giai đoạn sinh dưỡng (khi cây chưa ra hoa), việc nhận diện và phân loại các loài Dendrobium thuần túy dựa trên các chỉ thị hình thái gặp nhiều khó khăn do sự tương đồng lớn về thân, rễ và lá giữa các loài có quan hệ huyết thống gần. Do đó, việc ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại nhằm định danh chính xác và đánh giá mức độ đa dạng di truyền là nhiệm vụ cấp thiết để phục vụ công tác bảo tồn, lưu giữ và khai thác hiệu quả nguồn gen.

Mục tiêu và nội dung nghiên cứu của đề tài được xác định cụ thể như sau:

1. Tuyển chọn các cặp mồi SRAP (Sequence-Related Amplified Polymorphism) có khả năng khuếch đại ổn định và tạo tỷ lệ đa hình cao trên bộ gen của các loài lan nghiên cứu.
2. Xác định đa hình phân tử của các chỉ thị SRAP được sàng lọc trên tập hợp mẫu thực vật.
3. Đánh giá mức độ đa dạng di truyền và thiết lập mối quan hệ di truyền giữa 15 loài Dendrobium đại diện.

Đối tượng nghiên cứu bao gồm 15 loài Dendrobium (tổng cộng 45 mẫu lá từ 45 cá thể khỏe mạnh, 3 cá thể/loài) được thu thập tại bộ sưu tập lan ở huyện Hóc Môn, Thành phố Hồ Chí Minh. Nghiên cứu được triển khai thực hiện trong thời gian từ tháng 7/2023 đến tháng 12/2023 tại Phòng thí nghiệm Bệnh học Phân tử và Chẩn đoán (Molecular Pathogenesis and Diagnostics - RIBE 302-304), Viện Công nghệ Sinh học và Môi trường, Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết và hệ thống chỉ thị phân tử

Đa dạng di truyền là cơ sở quyết định khả năng thích ứng, sinh tồn và tiến hóa của quần thể thực vật trước những biến động môi trường. So với các chỉ thị hình thái và chỉ thị isozyme vốn chịu nhiều ảnh hưởng của điều kiện ngoại cảnh và giai đoạn phát triển, chỉ thị phân tử dựa trên DNA thể hiện tính ưu việt vượt trội: ổn định, độ lặp lại cao, không bị chi phối bởi các tương tác biểu hiện gen hay môi trường.

Trong nghiên cứu này, kỹ thuật SRAP (Sequence-Related Amplified Polymorphism) được lựa chọn nhờ sở hữu các đặc tính kỹ thuật ưu việt so với những hệ thống chỉ thị DNA truyền thống khác:

• So với RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA): SRAP có nhiệt độ gắn mồi ổn định hơn, độ lặp lại cao hơn và giảm thiểu hiện tượng âm tính/dương tính giả.
• So với AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) và RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism): SRAP không đòi hỏi quy trình cắt enzyme phức tạp, loại bỏ bước lai phóng xạ nguy hiểm và có chi phí vận hành thấp hơn đáng kể.
• So với SSR (Simple Sequence Repeat): SRAP có thể áp dụng trực tiếp cho các đối tượng chưa có thông tin giải trình tự toàn bộ hệ gen mà không cần giải mã trước trình tự đoạn lặp.

Kỹ thuật SRAP sử dụng các cặp mồi xuôi (Me dài 17 nucleotide, hướng tới các vùng exon giàu GC) kết hợp với mồi ngược (Em dài 18 nucleotide, hướng tới các vùng intron và promoter giàu AT). Phản ứng PCR khuếch đại trực tiếp các vùng mã hóa mở (ORFs), tạo ra các đoạn DNA có kích thước dao động phổ biến từ 100 đến 1.000 cặp base (bp).

Quy trình thực nghiệm và phân tích dữ liệu

1. Tách chiết DNA tổng số: Thực hiện theo phương pháp CTAB (Cetyltrimethylammonium bromide) cải tiến từ 1 g mô lá tươi được nghiền mịn trong nitơ lỏng. Dịch mô được ủ trong đệm chiết CTAB 3% (chứa 1,4 M NaCl, 20 mM EDTA, 100 mM Tris-HCl pH 8,0 và 1% 2-mercaptoethanol) ở 65°C trong 30 phút; sau đó tủa DNA bằng isopropanol, rửa bằng ethanol 70% và xử lý enzyme RNase (10 µg/mL tại 37°C trong 30 phút) để loại bỏ RNA tạp nhiễm.
2. Kiểm tra chất lượng và nồng độ DNA:
   • Đo mật độ quang học ở bước sóng 260 nm và 280 nm (tỷ lệ $OD_{260}/OD_{280}$) bằng máy quang phổ vi tích cực NanoDrop One/OneC UV-Vis (Thermo Scientific).
   • Kiểm tra tính toàn vẹn của DNA trên gel agarose 1,0% nhuộm GelRed.
   • Chạy PCR nội chuẩn với cặp mồi universal đặc hiệu cho gen ti thể COX (cytochrome oxidase, primer F3: 5'-TAATATTAAGGGCCTATAGCTCAGTTGG-3' và B3: 5'-CACGGATCTTCACTTATTTACAGCTT-3') nhằm khẳng định mẫu DNA đủ tiêu chuẩn khuếch đại PCR.
3. Phản ứng SRAP-PCR:
   • Sử dụng 30 cặp mồi tổ hợp từ 5 mồi xuôi (Me1 đến Me5) và 6 mồi ngược (Em1 đến Em6).
   • Thể tích phản ứng 25 µL gồm: 5 µL đệm MyTaq 10X, 0,25 µL MyTaq DNA Polymerase, 1 µL mỗi mồi xuôi/ngược (nồng độ 10 µM), 2 µL DNA khuôn (nồng độ 5 ng/µL) và 15,75 µL nước cất khử ion.
   • Chu trình nhiệt trên máy Mastercycler Nexus GSX1: Biến tính ban đầu ở 95°C trong 7 phút; 5 chu kỳ đầu vận hành ở độ nghiêm ngặt thấp (biến tính 95°C trong 1 phút, gắn mồi 35°C trong 45 giây, kéo dài 72°C trong 1 phút); 35 chu kỳ tiếp theo vận hành ở độ nghiêm ngặt cao (biến tính 95°C trong 1 phút, gắn mồi 46°C trong 45 giây, kéo dài 72°C trong 2 phút); kéo dài chuỗi kết thúc ở 72°C trong 10 phút và giữ ở 4°C.
   • Điện di sản phẩm PCR trên gel agarose 1,5% trong đệm TBE 0,5X ở điện thế 50 V trong 45 phút, chụp ảnh bản gel dưới ánh sáng tử ngoại bằng hệ thống gel-doc.
4. Xử lý số liệu tin sinh học:
   • Sử dụng phần mềm Gelanalyzer 19.1 để xác định vị trí và kích thước các vạch DNA dựa trên thang chuẩn HyperLadder 1kb.
   • Xây dựng ma trận nhị phân (1: có băng, 0: không có băng).
   • Phân tích di truyền bằng phần mềm NTSYSpc 2.1: Tính toán hệ số tương đồng di truyền Simple Matching (SM), xây dựng cây phân loại di truyền (dendrogram) theo phương pháp UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) và phân tích tọa độ chính PCoA (Principal Coordinate Analysis).
   • Đánh giá chỉ số thông tin đa hình (PIC), chỉ số chỉ thị (MI).
   • Phân tích phương sai phân tử AMOVA (999 phép hoán vị) và các thông số quần thể: số alen quan sát ($Na$), số alen hiệu quả ($Ne$), chỉ số đa dạng Shannon ($I$), độ đa dạng gen Nei ($H$) trên phần mềm GenAlEx 6.5 và Minitab 16.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Giới thiệu (Introduction)

Chương này tổng quan về vị trí phân loại, tầm quan trọng kinh tế và sinh thái của chi Lan hoàng thảo (Dendrobium). Nội dung làm rõ thực trạng thu hẹp môi trường sống tự nhiên, sự suy giảm nguồn gen bản địa tại Việt Nam do tác động nhân tạo và áp lực thị trường. Tác giả chỉ ra lỗ hổng trong các nghiên cứu phân loại hình thái truyền thống và khẳng định tính tất yếu của việc ứng dụng chỉ thị SRAP để khảo sát cấu trúc di truyền, phục vụ công tác định danh và bảo tồn nguồn gen Dendrobium.

Chương 2: Tổng quan tài liệu (Overview)

Nội dung chương 2 tập trung phân tích sâu hai mảng lý thuyết chính:

1. Thực vật học và phân loại chi Dendrobium tại Việt Nam: Mô tả chi tiết đặc điểm hình thái thích nghi của rễ (lớp mô xốp velamen hút ẩm, chứa lục lạp), thân giả hành (lưu trữ nước và dinh dưỡng, hỗ trợ quang hợp), lá (dạng phiến đa dạng, rụng theo mùa khô), cụm hoa và quả nang chứa hàng triệu hạt không có phôi nhũ phụ thuộc nấm cộng sinh để nảy mầm.
2. Cơ sở khoa học của các hệ thống chỉ thị phân tử: Tổng quan nguyên lý, phạm vi ứng dụng, ưu điểm và nhược điểm của các loại chỉ thị DNA phổ biến gồm RAPD, RFLP, AFLP, SSR, SCAR và SRAP trong đánh giá đa dạng di truyền thực vật.

Chương 3: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu (Materials and Methods)

Chương 3 trình bày chi tiết danh mục 15 loài lan Dendrobium khảo nghiệm, các thông số kỹ thuật của trang thiết bị, hóa chất và quy trình thực nghiệm chuẩn hóa.

Ký hiệu	Tên loài khoa học	Ký hiệu	Tên loài khoa học
S1	Dendrobium farmeri	S9	Dendrobium unicum
S2	Dendrobium amabile	S10	Dendrobium anosmum
S3	Dendrobium aphyllum	S11	Dendrobium primulinum
S4	Dendrobium densiflorum	S12	Dendrobium hercoglossum
S5	Dendrobium pulchellum	S13	Dendrobium friedericksianum
S6	Dendrobium transparens	S14	Dendrobium secundum
S7	Dendrobium signatum	S15	Dendrobium cumulatum
S8	Dendrobium ellipsophyllum	-	-

Chương này cũng mô tả cấu trúc chu trình nhiệt hai pha của kỹ thuật SRAP-PCR, bảng trình tự mồi của gen nội chuẩn COX và các cặp mồi SRAP, cùng phương pháp thiết lập ma trận nhị phân phục vụ xử lý dữ liệu đa hình.

Chương 4: Kết quả và thảo luận (Results and Discussions)

Nội dung chương 4 trình bày các kết quả thực nghiệm đạt được:

• Tách chiết và kiểm định chất lượng DNA: Tỷ lệ hấp thụ $OD_{260}/OD_{280}$ của dịch chiết DNA dao động từ 1,172, nồng độ DNA trung bình đạt 167 ng/µL. Sản phẩm PCR với mồi nội chuẩn COX Universal đều cho vạch sáng rõ, kích thước dưới 400 bp trên tất cả 15 mẫu, khẳng định chất lượng DNA đạt yêu cầu cho các phản ứng khuếch đại tiếp theo.
• Hiệu quả khuếch đại và tính đa hình của chỉ thị SRAP: Trong 30 cặp mồi thử nghiệm, có 16 cặp mồi khuếch đại thành công và cho các vạch phân giải rõ ràng (14 cặp mồi còn lại không cho sản phẩm hoặc vạch mờ). Tổng số băng DNA nhân bản được là 198 băng, trung bình 12,38 băng/cặp mồi (dao động từ 6 băng ở cặp Me5-Em5 đến 27 băng ở cặp Me2-Em6). Trong đó, có 142 băng thể hiện tính đa hình (chiếm tỷ lệ trung bình 76%), trung bình đạt 8,875 băng đa hình/cặp mồi (dao động từ 3 băng ở cặp Me5-Em3 đến 20 băng ở cặp Me2-Em6).

Chỉ số di truyền / Tham số phân tử	Giá trị ghi nhận
Số cặp mồi SRAP nhân bản thành công	16 / 30 cặp
Tổng số băng khuếch đại ($nB$)	198 băng (trung bình 12,38 băng/cặp)
Tổng số băng đa hình ($nPB$)	142 băng (trung bình 8,875 băng/cặp)
Tỷ lệ băng đa hình trung bình ($PB%$)	76% (dao động từ 57% đến 100%)
Giá trị PIC ($Polymorphic\ Information\ Content$)	0,18 – 0,99 (trung bình 0,891)
Số alen quan sát trung bình ($Na$)	~ 1,307
Số alen hiệu quả trung bình ($Ne$)	1,307 (dao động đến 1,421)
Chỉ số đa dạng di truyền Shannon ($I$)	0,402 (dao động từ 0,140 đến 0,504)
Hệ số đa dạng gen Nei ($H$)	0,190 (dao động từ 0,099 đến 0,259)
Biên độ hệ số tương đồng di truyền (SM)	0,617 – 0,827

• Đánh giá đa dạng di truyền quần thể: Các thông số di truyền thể hiện mức độ đa dạng ở mức trung bình - thấp. Chỉ số Shannon ($I$) trung bình đạt 0,402, trong đó mẫu S1 (D. farmeri) có chỉ số cao nhất ($I = 0,504$), còn S10 (D. anosmum) có chỉ số thấp nhất. Hệ số Nei ($H$) trung bình là 0,190, với S7 (D. signatum) đạt cao nhất ($H = 0,259$) và S1 đạt thấp nhất ($H = 0,099$). Giá trị alen hiệu quả ($Ne = 1,307$) thấp phản ánh hiện tượng thắt cổ chai di truyền (bottleneck) do suy giảm số lượng cá thể trong tự nhiên và giao phối cận huyết.
• Phân tích khoảng cách di truyền và cây phân loại UPGMA: Phân tích ma trận tương đồng Simple Matching (SM) cho thấy hệ số tương đồng giữa các cặp loài nằm trong khoảng từ 0,617 đến 0,827. Hai cặp có mối quan hệ di truyền gần gũi nhất với hệ số tương đồng cao nhất (0,827) là S10 (D. anosmum) bắt cặp với S11 (D. primulinum), và S13 (D. friedericksianum) bắt cặp với S14 (D. secundum). Sự khác biệt di truyền lớn nhất ghi nhận giữa mẫu S6 (D. transparens) và S8 (D. ellipsophyllum) (hệ số 0,628), cũng như giữa S4 (D. densiflorum) và S8 (hệ số 0,617).

Dựa trên ngưỡng tương đồng di truyền 0,724, sơ đồ phân cụm UPGMA chia 15 loài lan thành 5 nhóm chính (Clade I đến Clade V):

• Clade I: Gồm 3 loài có quan hệ hình thái và nguồn gốc gần gũi: S1 (D. farmeri), S2 (D. amabile), S3 (D. aphyllum).
• Clade II: Gồm duy nhất loài S4 (D. densiflorum).
• Clade III: Là nhóm lớn nhất gồm 9 loài, tiếp tục phân nhánh thành 2 phân nhóm phụ:
  • Phân nhóm C: Gồm 7 loài S5 (D. pulchellum), S9 (D. unicum), S12 (D. hercoglossum), S13 (D. friedericksianum), S14 (D. secundum), S10 (D. anosmum), S11 (D. primulinum).
  • Phân nhóm D: Gồm 2 loài S15 (D. cumulatum) và S8 (D. ellipsophyllum).
• Clade IV: Gồm duy nhất loài S6 (D. transparens).
• Clade V: Gồm duy nhất loài S7 (D. signatum).

Chương 5: Kết luận và kiến nghị (Conclusion and Suggestion)

Tổng kết các đóng góp chính về khả năng ứng dụng của 16 cặp mồi SRAP và cấu trúc phân cụm của 15 loài lan Dendrobium. Đưa ra các khuyến nghị về việc phát triển thêm các hệ thống chỉ thị phân tử đồng trội và gen ứng viên nhằm nâng cao độ tin cậy trong các chương trình chọn giống.

Kết quả và đóng góp

Nghiên cứu mang lại những kết quả định lượng và đóng góp chuyên môn cụ thể:

1. Sàng lọc thành công hệ thống chỉ thị phân tử: Xác định được 16 cặp mồi SRAP tối ưu có tính đa hình cao trên bộ gen chi Dendrobium. Hệ thống mồi này khuếch đại thành công 198 băng, trong đó có 142 băng đa hình với chỉ số PIC trung bình đạt 0,891, vượt trội hơn so với các chỉ thị SCoT trong các công bố đối chứng trước đây (PIC ~ 0,43).
2. Cung cấp dữ liệu di truyền chuẩn xác về 15 loài Dendrobium bản địa: Xác lập đầy đủ hệ thống chỉ số sinh học phân tử bao gồm $Na \approx 1,307$, $Ne = 1,307$, $I = 0,402$, $H = 0,190$ và ma trận tương đồng di truyền SM từ 0,617 đến 0,827.
3. Phân nhóm di truyền rõ ràng: Thiết lập cây phân loại UPGMA phân chia 15 loài thành 5 nhóm riêng biệt ở ngưỡng tương đồng 0,724, phản ánh sự tương quan chặt chẽ giữa dữ liệu phân tử và các đặc trưng hình thái (rễ, thân giả hành, hoa).
4. Ý nghĩa tiên phong: Đây là công trình thực nghiệm đầu tiên tại Việt Nam chứng minh tính khả thi, hiệu quả và độ tin cậy của chỉ thị SRAP trong việc phân tích cấu trúc di truyền trên chi Lan hoàng thảo (Dendrobium). Kết quả là cơ sở khoa học trực tiếp hỗ trợ định danh các giống lan ở giai đoạn chưa ra hoa và định hướng bố trí các cặp lai bố mẹ có khoảng cách di truyền phù hợp.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Khóa luận ghi nhận các hạn chế và hướng mở rộng nghiên cứu:

• Hạn chế về quy mô mẫu: Nghiên cứu mới thực hiện trên 15 loài thu thập từ một vườn sưu tập tập trung tại huyện Hóc Môn (TP.HCM), chưa phản ánh toàn diện biến dị di truyền của các quần thể hoang dại ngoài tự nhiên trải dài qua các phân vùng địa lý sinh thái khác nhau tại Việt Nam.
• Đặc tính kỹ thuật của chỉ thị: Chỉ thị SRAP là chỉ thị phân tử kiểu trội (dominant marker), không có khả năng phân biệt trực tiếp giữa cá thể đồng hợp tử và dị hợp tử như các chỉ thị đồng trội (co-dominant marker).
• Ảnh hưởng của tạp chất tế bào: Dịch chiết lá lan chứa hàm lượng polysaccharide và hợp chất polyphenol cao, ảnh hưởng nhất định đến độ tinh sạch và chất lượng thu hồi DNA.
• Hướng nghiên cứu tiếp:
  • Tiếp tục mở rộng đánh giá đa dạng di truyền bằng việc kết hợp thêm các chỉ thị phân tử khác (đặc biệt là vi vệ tinh - microsatellite/SSR, hoặc phát triển chỉ thị SCAR từ các đoạn băng SRAP đặc hiệu).
  • Khai thác các gen ứng viên và mở rộng nghiên cứu trên các quần thể tự nhiên nhằm phục vụ công tác bảo tồn gen ex-situ và in-situ, đồng thời hỗ trợ chọn tạo giống lan thương phẩm.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là tài liệu tham khảo chuyên khảo hữu ích cho:

• Sinh viên và học viên cao học ngành Công nghệ Sinh học, Nông nghiệp, Lâm sinh và Sinh học thực vật: Cung cấp tài liệu thực hành hoàn chỉnh về quy trình tách chiết DNA mô thực vật khó tính (chứa nhiều chất nhầy), kỹ thuật chạy PCR nội chuẩn với gen COX, và thiết kế chu trình nhiệt hai pha cho kỹ thuật SRAP-PCR.
• Các nhà nghiên cứu chọn tạo và bảo tồn thực vật: Cung cấp bộ thông số mồi SRAP chi tiết, quy trình tin sinh học phân tích ma trận nhị phân trên các phần mềm chuyên dụng như NTSYSpc 2.1 (UPGMA, PCoA) và GenAlEx 6.5 (AMOVA, tính toán các chỉ số $Na$, $Ne$, $I$, $H$, PIC).
• Các cơ sở bảo tồn nguồn gen hoa lan và doanh nghiệp nuôi cấy mô: Cung cấp công cụ phân tử hỗ trợ định danh nhanh các loài Dendrobium quý hiếm ngay từ giai đoạn cây con trong bình mô, tránh nhầm lẫn hình thái và tối ưu hóa việc ghép cặp lai tạo giống mới.

Câu hỏi thường gặp

1. Tại sao nghiên cứu cần sử dụng gen ti thể COX làm nội chuẩn trước khi phân tích SRAP? Gen COX Universal (cytochrome oxidase) là gen giữ nhà (housekeeping gene) hiện diện ổn định trong hệ gen ti thể thực vật. Việc chạy PCR với cặp mồi COX Universal (F3-B3) tạo ra đoạn khuếch đại đặc hiệu dưới 400 bp giúp kiểm chứng độc lập xem mẫu DNA tách chiết có bị đứt gãy, lẫn chất ức chế PCR (như polyphenol, polysaccharide) hay không, đảm bảo chất lượng khuôn DNA trước khi tiến hành phản ứng SRAP-PCR hàng loạt.

2. Cặp mồi SRAP nào cho số lượng băng đa hình cao nhất và thấp nhất trong nghiên cứu? Trong số 16 cặp mồi nhân bản thành công, cặp mồi Me2-Em6 tạo ra số băng đa hình cao nhất với 20 băng (trên tổng số 27 băng khuếch đại). Ngược lại, cặp mồi Me5-Em3 tạo ra số băng đa hình thấp nhất với 3 băng đa hình.

3. Những cặp loài Dendrobium nào có quan hệ di truyền gần gũi nhất và xa nhất? Theo ma trận tương đồng Simple Matching (SM), hai cặp loài có quan hệ di truyền gần gũi nhất với hệ số tương đồng cao nhất là 0,827 gồm: cặp Dendrobium anosmum (S10) – Dendrobium primulinum (S11), và cặp Dendrobium friedericksianum (S13) – Dendrobium secundum (S14). Cặp có khoảng cách di truyền xa nhất là giữa Dendrobium densiflorum (S4) và Dendrobium ellipsophyllum (S8) với hệ số tương đồng thấp nhất là 0,617 (và cặp S6 – S8 là 0,628).

4. Dựa trên phân tích UPGMA, 15 loài lan Dendrobium được phân chia thành mấy nhóm? Ở ngưỡng hệ số tương đồng di truyền 0,724, thuật toán UPGMA phân chia 15 loài lan Dendrobium thành 5 nhóm (Clade): Clade I (gồm 3 loài: S1, S2, S3), Clade II (1 loài: S4), Clade III (gồm 9 loài: S5, S8, S9, S10, S11, S12, S13, S14, S15; chia thành 2 nhánh phụ C và D), Clade IV (1 loài: S6) và Clade V (1 loài: S7).

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Nguyễn Trần Tuyết Nhi đã ứng dụng thành công kỹ thuật chỉ thị phân tử SRAP để đánh giá mức độ đa dạng và xác lập mối quan hệ di truyền giữa 15 loài lan thuộc chi Dendrobium tại Việt Nam. Nghiên cứu đã sàng lọc được 16 cặp mồi SRAP có khả năng khuếch đại cao (198 băng tổng số, 142 băng đa hình, PIC trung bình 0,891) và phân chia tập hợp mẫu thành 5 nhóm di truyền rõ rệt bằng phương pháp UPGMA. Dữ liệu thực nghiệm này cung cấp cơ sở khoa học đáng tin cậy phục vụ công tác định danh phân tử, bảo tồn nguồn gen lan quý hiếm và hỗ trợ định hướng công tác chọn tạo giống Dendrobium trong tương lai.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY FACULTY OF BIOLOGICAL SCIENCES GRADUATION THESIS GENETIC DIVERSITY OF FIFTEEN DENDROBIUM SPECIES USING SRAP MARKERS Major : BIOTECHNOLOGY Student implementation : NGUYEN TRAN TUYET NHI Student code : 18126117 Academic year : 2019-2023 Thu Duc City, 03/2024 MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY-HO CHI MINH CITY FACULTY OF BIOLOGICAL SCTENCES GRADUATION THESIS GENETIC DIVERSITY OF FIFTEEN DENDROBIUM SPECIES USING SRAP MARKERS Supervisor Student Assoc. DrNGUYEN BAO QUOC NGUYEN TRAN TUYET NHI Thu Duc City, 03/2024 ACKNOWLEDGEMENTS First and foremost, my deepest heartfelt gratitude goes to my Supervisor, Assoc. Nguyen Bao Quoc, for his patience and wisdom, his gentle guidance, and for helping me evaluate my thesis in a detailed and analytical way. I would want to thank my wonderful senior, Nguyen Mai Nghiep.

For him deep, fascinating discussions with me about this thesis throughout my last college semester. I consider myself really fortunate to have had such amazing labmates with whom I exchanged views and ideas. I would also like to thank my pals and wish them the best for all of the laughs and great times. Furthermore, I have spent four years of my life studying here.

Through it all, I have been fortunately to learn and be a better version of myself. I also deeply thank everyone at Faculty of Biological Sciences whom I met and learned knowledge and skills from them. I must say I am proud to be a student of Nong Lam University. In addition to the help in terms of knowledge, I also thank Proffesor Bui Cach Tuyen for the support facilitate and support the process of collecting dendrobium samples.

Thank you to the Faculty of Biological Sciences, Nong Lam University lecturers for their enthusiastic help and guidance in achieving the best results for this thesis. Last, but never least, my family have been enormously supportive of me. So, to my parents, thank you for always being by my side and for being completely gorgeous, funny and loving. AFFIRMATION AND COMMITMENT I am Nguyen Tran Tuyet Nhi, student code: 18126117, Class: DH19SHB, Faculty of Biological Sciences, Nong Lam University, Ho Chi Minh City.

[hereby declare: This 1s my own graduation thesis, the data and information in the research are completely honest and objective. I take full responsibility to the board for these commitments. Thu Duc City, April 2024 Performer Nguyen Tran Tuyet Nhi ll ABSTRACT Dendrobium species have been widely utilized for various purposes, not just for their aesthetic appeal but also for their nutritional and medicinal properties. The identification and evaluation of genetic diversity within denrobium species play a crucial role in supporting conservation efforts aimed at preserving the genetic resources of these unique species.

In this study, SRAP — Sequence Related Amplified Polymorphism molecular markers will be used to study the genetic diversity present in currently conserved orchid in Vietnam. Sixteen highly polymorphic primes out of thirty SRAP markers employed amplifying in 30 individuals from 15 dendrobium species generate 142 polymorphic fragments. The analysis revealed that a total of 198 bands were amplified, of which 142 polymorphic bands. SRAP markers showed the values of polymorphism information content (PIC) ranged from 0.5 with the mean value of 0.

The average value of Shannon's Information Index (I) and Nei (H) were 0. Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) clustering and principal coordinate analysis was performed based on the similarity matrix used to analyze specifically the genetic relationship between denrobium species. The results show that the species in this study are divided into five groups with the lowest similarity coefficient of 0.724 and the highest of 0. Keywords: dendrobium, SRAP, genetic diversity.

1H TÓM TẮT Dendrobium được sử dụng rộng rãi không những vì vẻ đẹp thâm mỹ mà còn vì tính chất dinh dưỡng và được học. Nhận biết và đánh giá đa dạng di truyền trong các loài déndrobium đóng vai tri quan trọng trong việc hỗ trợ bảo về nguồn gen của các loài động vật quý hiếm. Trong nghiên cứu này chỉ thị phân tử SRAP sẽ được sử dụng dé nghiên cứu sự đa dạng di truyền của 1 số giống dendrobium ở Việt Nam. Trong số 30 primer SRAP được sử dụng, 16 môi có biểu hiện các đoạn sản pham khuéch dai.

Khuéch dai thanh cong 198 band với 142 band đa hình. Chi thi phân tử SRAP biểu hiện giá tri thong tin da hình (PIC) từ 0,08 đến 0,5 với giá trị trung bình 0,4. Tat cả 15 giống dendrobium trong nghiên cứu bang chi thị phân tử SRAP có mức độ da dang thấp, chi số đa dạng di truyền theo Shannon (I) và chỉ số đa dạng di truyền theo Nei (H) trung bình lần lượt là 0,402 và 0,190. Dựa vào phương pháp UPGMA và PcoA được thực hiện dựa trên ma trận tương đồng được sử dung dé phân tích mối quan hệ di truyền giữc các nhóm.

Nghiên cứu này được chia làm năm nhóm với hệ số tương đồng thấp nhất là 0,724 và cao nhất là 0,827. Từ khóa: Lan dẹndrobium., SRAP, da dang di truyền. IV TABLE OF CONTENTS Page ACKNOWLEDGEMENTS.cscsisnssesscnnssssstnseasscononsnasinassnnvheensnasineassneutnnentietausnasnlsnucsvebaansinns 1 AFFIRMATION AND COMMITMENT .:c:ccecssceceseeseseeeeseeceseeceeceseeeeseseeeeeeeseeeeeeeees il CHAPTER 00010949)9)0/9019)01525. 1 pI Melba hi coXeh Nic bic) i eee ee eee ee ee 1 1D, OUCCV Cement eee een ee 2 IE6NeU.

2 CHAPTER 2 CV ERNE W vsesass: conan nner ere EET 4 2 eADCNGPODIOT OV LVIEW toanggiidtstiistlllitiiBdiusSiablptitb84DBndNSibSgpsfiistioislsskGlskbäseisistrisosskodna 4 2. Classification of dendrobium in Viet Nam. S- SĂcSc Series 5 2:1»3; MOTPh0]G6VOE(G6HNHODHÍTT tudnng tù dh tt gi GIENHAS43.6036401381G013/G013638014008339000 0008 6 2a, ROOUS scenceuserescssenssnamnsnscasma (GG8019095008386.ES0010020Đ818 6 la 905: Dị TT casxseeeevisssvbihtigiaESkEASAG1SESGCETTESSGIS5/006GSEVESRESIMSREENESLSESSIIDRGIGISS.HBSISSUĐRMIGEAHESEESEESES 6 2c 1231 LOBV CS secsscsseeeer T015 00SEÄBHĐ4USEESEESS3R0ST3S3SSESECSGEEESABSSSESSSSESAEHSABSEBRESHGS8236:S.S83880/8S0/20805 6 Pd 350i LÔ WIDÍÑỸ tung nhang gà ti 5 :Ô: FEUHS 8S sennansenninbiiendnndibnliS115513304455855E5ESSESSESESESSSTSSEESG)SSSG5SSES5189EESEVESEEESSE vị 222:: CIGIGHIGTGIUETSTE St E003 GR HH NGAHIIGIGSGGINSHEXGDASRIBBEESEISDEASSEAHGEEEIEIHIIGIIGNHBNSSiNBSN. LJEHTHTHOÍsss6sáxss65208 0116101111 1215358304361551615189181495345313338482535455E4BELASSHEEG43461043353604483586858004658 8 2.

Lhe signticance of genetic diversity vcscosescesssvessessnesnsounnsssacommnsenscsmnscesmreemmpemsuenerars 8 2.3: Markers forassessment Of GIVGrSuty ssc. ccrssesacessessecuanecee ceevteeaerecssacaman mexacmaaanomaaass 9 2. Some molocular markers used to study the genetic dIVeTSIfy. SRAP - Related Amplified Polymorphism.

RAPD — Random Amplified Polymorphic DNA. RFLP — Restriction Fragment Length Polymorphism. AFLP - Amplified Fragment Lenght Polymorph1Isims. SCAR - Sequence Characterized Amplified Region.

MATERIALS AND METHOIDS. -- 555cc c+cs+ezrrrrrrrrrrrrrree 14 Biol. Tinie andsplacexO£ Stay) wee. vncesvseresewaenva'omceiecaorra rite 08Ttgi.nR/ZÔChủngh mn dora tinea eee 14 E6 cáo.

14 B Din SIIDIGGS Mi THE STUY San sssiesooinaesiAio403101E<8S0-GG0:403880253244B5S0349300S00À-4988g©SH99001383494B1800880380. Equipment and 1001S scsiscccssnisessrscantsvsissencemnarisasgn setaatvuaes sdeneunas de usuen sta tueanste teen seeuses 14 3.iccroncenrcnearntedenateanenndennnaredmacnianenesennncsnnanssenmamesnaneneuneneauacsemnantantnesennnnsanen 14 BLD ho MIC HO DÌSHussssstesseaasosssSrosgtiotocogurSogpoBtdosu3gi30ìg0090iT3lsãngg000010N. SH HH HH g0.10 le g0 17 SUDA) DIN A: CnalliibyrCIHeiG haces ecercsienmiswaterten ir tse sates cote ene arate peo et iam ce 17 3. SRAP-PCR Makers anaÏyS1S.---- -- S5 S121 231223111113 131211 1111 H1 TH Ho TH TH ng Hy 20 CHAPTER 4.

RESULTS AND DISCUSSIONS.Ặ LH, 22 A LAINGSULIS! esp aces career tee ae Ee 22 4. DNA extraction of 15 dendrobium species. Quanility DNA: Che Khosessissasiaisiaesoealisriosgbeuskvesuonlndindnouili-iuueadaLgkudutiokesoodigircbazrôstiourdsd2gi 22 4. Genetic diversity analysis among dendrobium SpeC1€S.

Genetic distance and cluster analysis of 15 dendrobium specl1es. 28 UP co on. The effectiveness of using the SRAP marker in genetic dIVerSIty. Genetic diversity among 15 dendrobium species.

Genetic relationships of 15 dendrobium species. CONCLUSION AND SUGGESTION .cccscssscssseceseesesecsseeeseeseeneoes 31 REFERENCES saceeaaaaadeeiiuiiiobibodietoosbobiEESL101358058DA421615SELISS42383383898383355SG:XBESE4E.SE08 32 VI LIST OF ABBREVIATIONS AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism bp: Base pair CTAB: Cetyltrimethylammonium bromua DNA: Deoxyribo nucleic acid EDTA: Ethylenediamine Tetraacetic Acid et al: and others Kb: Kilobase pairs MI: Marker Index OD: Optical Density GCP: Generation challenge programme PCR: Polymerase chain reaction RAPD: Random amplification of polymorphic DNA SSR: Simple Sequence Reapead SRAP: Sequencce — Ralated Amplified Polymorphism TBE: Tris — Borate — EDEA TE: Tris/EDTA UPGMA: Unweighted pair group method of arithmetic averages UV: Untralviolet VI LIST OE TABLES Page Table 3. List of dendrobium species used in the study. Sequence information for COX Universal primers (Dickinson, 2015).

DNA absorbance ratio and concentration measurermenIfS. Primer information, scored bands and discriminating power statistics. Genetic diversity parameters of dendrobium species analyzed. 26 Vill LIST OF FIGURES Page Figure 2.

Demdrobiuin fOr ine si.ceccccccccccccceccecccesceseeeeesesssseseeasseseessseseessceseeseeeseesseeseesenses 5 HI0UIEE 3.) 7)efidPhoi BH GHINHH QTE see sec dang Hi go EAGHH:RXRRHL3h/4H8HE3Gì-824G4B.cccceccesccescevseeseeseeeseeseteseeseceseesecsseeseeeeeseeeeeeseenseeseessens 15 Eionre 3:3 Dendrobium SIEHHĂHlTccssasgsgtsgi431433335615338388SSGNGEAGS943883G-2SSQBBSSSS33881413014G138838388038638 15 Figure 09.5 Dendrobium transpar ens PP nnẺnn8n6.6 PCR témperattive CYC lin Prot le ¡scsaecssssesstsasesoesieisseskEDSEESE01350163. Agarose gel electrophoresis of total DNA of dendrobium spec1es. Agarose gel electrophoresis of COX-PCR production L: Ladder 1Kb, (-): HECAUVS COMO.caneeacreemeenlneen eye eT EEE Ee ee 23 Figure 4. The electrophoresis results on a 1.5% agarose gel with Me5 — Em6 primer; LD: Ladder TẾ, (=) Sie Salve CORO se seisobeeosgtsgdG004SSGi83804GiiG0g305031xSDNh8SSg5300380008G00-3G/38105EE3SU 25 ibe CHAPTER 1.

Introduction Dendrobium is the second largest genus in the Orchidacease (flowing by Bulbophyllum), which is one of the largest genera of tropical orchids and 1s widely grown commercially, with a significant economic impact on several ASEAN countries. Some denrobium species is used as medicinal herbs, including D. Many Dendrobium plants have been used as ingredients for nutraceutical beverages and food products, that make a market and medicinal demand. In line with the trend of human consumption, dendrobium products have grown a diverse range of uses (Bao et al.

In general, the Orchidaceae family comprises perennial herbaceous plants (occasionally partially woody at the base). They either inhabit soil, crevices, rocky surfaces, or adopt epiphytic 66 lifestyles, often clinging and hanging suspended on the bark of other woody plants. Orchids are widely distributed across the Earth, making them a global family. They are found from 68th parallel north latitude to 56th parallel south, spanning from near the North Pole to the southernmost islands.

However, the central distribution of this family is 1n tropical regions, especially in the America and Southeast Asia. Asia 1s particularly rich in species, including the genera dendrobium (1400 species), Coe/ogyne (200 species), and Vanda (60 specie coconut genetic resources). When there is a clear understanding, the work of storing and utilizing crop biodiversity will be optimized. The natural habitats of native dendrobium species in Vietnam are increasingly diminishing due to climate change and excessive human exploitation.

This poses a risk of losing the genetic resources of not only orchids in general but also specifically dendrobium species. Additionally, the introduction and hybridization of numerous new dendrobium varieties contribute to the gradual neglect of many indigenous species. Therefore, the timely identification and assessment of genetic diversity in dendrobium species in Vietnam are crucial for the preservation of this valuable orchid group. In light of this reality, numerous research initiatives have been undertaken to preserve the diversity of orchid species, notably within the Orchid Collection of the Biotechnology Center in Ho Chi Minh City (Duong Hoa Xo ef a/.

As of the end of 1 2019, this collection has amassed nearly 400 orchid varieties, with 190 of them belonging to the dendrobium genus. These specimens have undergone identification and classification based on morphological characteristics. There are many studies in application Several marker systems, including morphological, biochemical, and molecular (DNA) markers, can be utilized to evaluate genetic diversity. In light of recent developments in genomics research, the value of DNA markers has greatly increased.

Utilizing multiple marker systems, the genetic diversity of crop plants can be accessible at the species level, the population level, among germplasm accessions, and at the individual genotype level, such as among pure lines or clones. The advantages of the SRAP technology include suitability for work on anonymous genomes; applicability to problems where only limited quantities of DNA are available; efficiency; and low expense. SRAP markers were used to conduct research on the diversity and genetics of some coconut varieties mentioned in the topic. The goal in the study is to improve the quality of the seeds and get a high yield while preserving genetic diversity coconut varieties in Vietnam.

Several studies have been conducted to apply molecular markers to support diversity assessment, genetic mapping, and construction of genetic linkage maps.