Luận văn thạc sĩ công nghệ sinh học định danh và xây dựng quy trình phát hiện vi khuẩn acinetobacter baumannii có trong mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân điều trị tại bệnh viện đa khoa tỉnh bình dương bằng kỹ thuật sinh học phân tử

Luận văn thạc sĩ công nghệ sinh học nghiên cứu quy trình phát hiện vi khuẩn Acinetobacter baumannii trong mẫu bệnh phẩm tại Bình Dương.

• Tác giả: Trương Thị Thu An
• Người hướng dẫn: TS. Nguyễn Tú Anh
• Trường học: Đại học Quốc gia TP. HCM
• Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
• Đề tài: Phát hiện vi khuẩn Acinetobacter baumannii trong mẫu bệnh phẩm bằng kỹ thuật sinh học phân tử
• Loại tài liệu: luận văn thạc sĩ
• Năm xuất bản: 2014
• Địa điểm: TP. Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CÁM ƠN
• LỜI CAM ĐOAN
• 1. CHƯƠNG 1: TONG QUAN TÀI LIEU
• 1.1. VI KHUAN CHI ACINETOBACTER
• 1.1.1. DNA nhiễm sắc thể của Acinetobacter baumannii
• 1.1.2. Khả năng gây bệnh
• 1.2. NHIEM KHUAN BỆNH VIEN
• 1.2.1. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện
• 1.2.1.1. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện trên thế giới
• 1.2.1.2. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện ở Việt Nam
• 2. CHƯƠNG 2: VAT LIEU VA PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Đối tượng nghiên CỨU
• 2.2. Vật liệu nghiÊn CỨU
• 2.3. Dụng cụ và thiẾt bị
• 2.4. Môi trường nuôi cây vi khuẩn
• 2.5. Định danh vi khuẩn bằng phương pháp giải trình tự gen 16S rDNA
• 2.6. Phân lập vi khuẩn
• 2.7. Nuôi cấy vi khuẩn
• 2.8. Tách chiết DNA vi khuẩn
• 2.9. Khuếch đại đoạn gen 16S rDNA bằng PCR
• 2.10. Tinh sạch sản phẩm PCR
• 2.11. Phát hiện nhanh A. baumannii bằng kỹ thuật multiplex PCR
• 2.12. Lựa chọn cặp mồi đặc hiệu
• 2.13. Khuếch đại trình tự DNA đặc hiệu bằng multiplex PCR
• 2.14. Phát hiện trình tự DNA đặc hiệu
• 3. CHƯƠNG 3: KET QUA VA BAN LUẬN
• 3.1. Phân lập vi khuẩn
• 3.2. Định danh vi khuẩn bằng phương pháp giải trình tự gen 16S rDNA
• 3.2.1. Tách chiết DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn
• 3.2.2. PCR khuếch đại gen 16S rDNA
• 3.2.3. Giải trình tự 16S rDNA vi khuẩn
• 3.3. Phát hiện nhanh A. baumannii bằng kỹ thuật multiplex PCR
• 4. CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VA DE NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Giới thiệu về vi khuẩn Acinetobacter baumannii

Vi khuẩn Acinetobacter baumannii là một trong những tác nhân chính gây nhiễm khuẩn bệnh viện. Chúng thuộc nhóm vi khuẩn Gram âm, có khả năng sống sót lâu dài trong môi trường bên ngoài và kháng lại nhiều loại kháng sinh. Theo thống kê, tỷ lệ nhiễm khuẩn do A. baumannii đã gia tăng đáng kể trong những năm gần đây, đặc biệt là ở các bệnh viện. Vi khuẩn này thường gây ra các bệnh lý nghiêm trọng như viêm phổi mắc phải trong bệnh viện, nhiễm khuẩn máu và nhiễm khuẩn vết thương. Việc phát hiện nhanh và chính xác A. baumannii là rất quan trọng để điều trị kịp thời và hiệu quả cho bệnh nhân. "Nhiễm khuẩn bệnh viện do A. baumannii có thể làm tăng tỷ lệ tử vong từ 19-64% ở những bệnh nhân thở máy".

1.1. Đặc điểm sinh học của Acinetobacter baumannii

Vi khuẩn A. baumannii có kích thước khoảng 1,0-1,5 µm x 1,5-2,5 µm, hiếu khí và có khả năng tạo thành khóm khuẩn lạc trơn nhẵn. Chúng phát triển tốt trên môi trường có 5% máu cừu và môi trường MacConkey. Đặc biệt, A. baumannii có khả năng kháng lại nhiều loại kháng sinh, điều này làm cho việc điều trị trở nên khó khăn hơn. "Khả năng kháng thuốc của A. baumannii đã trở thành một thách thức lớn trong điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện".

II. Phương pháp phát hiện vi khuẩn Acinetobacter baumannii

Phương pháp phát hiện A. baumannii chủ yếu dựa vào kỹ thuật sinh học phân tử, đặc biệt là kỹ thuật PCR. Kỹ thuật này cho phép phát hiện nhanh chóng và chính xác vi khuẩn trong mẫu bệnh phẩm. Việc sử dụng kỹ thuật multiplex PCR giúp xác định các gen bảo tồn của A. baumannii, từ đó rút ngắn thời gian chẩn đoán. "Phát hiện nhanh A. baumannii bằng kỹ thuật multiplex PCR đã cho thấy hiệu quả cao trong việc xác định vi khuẩn trong các mẫu bệnh phẩm". Kỹ thuật này không chỉ giúp phát hiện vi khuẩn mà còn có thể xác định các gen kháng thuốc, từ đó hỗ trợ trong việc lựa chọn phác đồ điều trị phù hợp.

2.1. Kỹ thuật PCR trong phát hiện vi khuẩn

Kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction) là một phương pháp mạnh mẽ trong sinh học phân tử, cho phép khuếch đại một đoạn DNA cụ thể. Trong nghiên cứu này, kỹ thuật PCR được sử dụng để khuếch đại gen 16S rDNA của A. baumannii. "Việc khuếch đại gen 16S rDNA giúp xác định chính xác loài vi khuẩn, từ đó hỗ trợ trong việc chẩn đoán và điều trị". Kỹ thuật này không chỉ nhanh chóng mà còn có độ nhạy và độ đặc hiệu cao, giúp phát hiện vi khuẩn ngay cả trong những mẫu bệnh phẩm có số lượng vi khuẩn thấp.

III. Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Nghiên cứu đã tiến hành phân tích 14 mẫu bệnh phẩm từ bệnh nhân điều trị tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Dương. Kết quả cho thấy 11/14 mẫu dương tính với A. baumannii thông qua kỹ thuật multiplex PCR. "Kết quả này cho thấy tỷ lệ nhiễm A. baumannii trong bệnh viện là rất cao, điều này cần được chú ý trong công tác kiểm soát nhiễm khuẩn". Việc phát hiện nhanh chóng và chính xác vi khuẩn này không chỉ giúp cải thiện kết quả điều trị mà còn giảm thiểu nguy cơ lây nhiễm trong bệnh viện.

3.1. Ý nghĩa thực tiễn của nghiên cứu

Nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc nâng cao khả năng phát hiện và chẩn đoán nhiễm khuẩn do A. baumannii. Việc áp dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong chẩn đoán giúp rút ngắn thời gian và tăng độ chính xác trong việc xác định vi khuẩn. "Định danh và phát hiện nhanh A. baumannii sẽ góp phần quan trọng trong việc điều trị hiệu quả và giảm thiểu tỷ lệ tử vong do nhiễm khuẩn bệnh viện". Điều này không chỉ có lợi cho bệnh nhân mà còn giúp các cơ sở y tế nâng cao chất lượng dịch vụ chăm sóc sức khỏe.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Nhiễm khuẩn bệnh viện là một thách thức lớn đối với hệ thống y tế toàn cầu, với tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện dao động từ 5% đến 11,5% tại Việt Nam và trung bình 6,7% trên thế giới. Vi khuẩn Gram âm, đặc biệt là Acinetobacter baumannii, đã trở thành nguyên nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện, chiếm tới 78% các trường hợp nhiễm khuẩn Gram âm và có khả năng đề kháng cao với nhiều loại kháng sinh. Tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Dương, tỷ lệ nhiễm A. baumannii trong các mẫu bệnh phẩm Gram âm lên đến 30,8%, gây ra các bệnh lý nghiêm trọng như viêm phổi bệnh viện, nhiễm khuẩn máu, nhiễm khuẩn vết thương với tỷ lệ tử vong cao từ 19% đến 64%.

Mục tiêu nghiên cứu là định danh chính xác vi khuẩn A. baumannii bằng phương pháp giải trình tự gen 16S rDNA và xây dựng quy trình phát hiện nhanh vi khuẩn này trong mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân điều trị tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Dương bằng kỹ thuật multiplex PCR. Nghiên cứu được thực hiện trên 14 mẫu bệnh phẩm thu thập từ các khoa lâm sàng trong khoảng thời gian từ tháng 01 đến tháng 06 năm 2014. Kết quả nghiên cứu có ý nghĩa quan trọng trong việc rút ngắn thời gian chẩn đoán, nâng cao hiệu quả điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện, góp phần giảm tỷ lệ tử vong và chi phí điều trị.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu dựa trên các lý thuyết và mô hình sau:

• Gen 16S rRNA: Đây là gen mã hóa tiểu đơn vị nhỏ của ribosome vi khuẩn, có vùng bảo tồn xen kẽ vùng biến đổi, cho phép định danh và phân loại vi khuẩn chính xác thông qua giải trình tự. Vùng ITS 16S-23S rRNA có tốc độ biến đổi nhanh hơn gen 16S rRNA, giúp phân biệt các loài Acinetobacter hiệu quả hơn.
• Gen recA: Gen bảo tồn cao trong chi Acinetobacter, mã hóa protein tham gia sửa chữa DNA, được sử dụng làm mục tiêu phát hiện đặc hiệu trong kỹ thuật multiplex PCR.
• Kỹ thuật PCR và Multiplex PCR: PCR là phương pháp khuếch đại DNA nhanh chóng và nhạy, multiplex PCR cho phép khuếch đại đồng thời nhiều đoạn DNA đặc hiệu, giúp phát hiện nhanh và chính xác nhiều mục tiêu trong cùng một phản ứng.
• Colony-PCR: Phương pháp PCR trực tiếp trên khuẩn lạc, tiết kiệm thời gian và công sức trong việc chuẩn bị mẫu DNA.

Các khái niệm chính bao gồm: nhiễm khuẩn bệnh viện, vi khuẩn Gram âm, Acinetobacter baumannii, giải trình tự gen 16S rDNA, multiplex PCR, gen recA, vùng ITS 16S-23S rRNA.

Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu sử dụng 14 mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân điều trị nội trú tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Dương, đã được định danh sơ bộ bằng phương pháp sinh hóa. Vi khuẩn được phân lập trên môi trường MacConkey, nuôi cấy trong môi trường Tryptic Soy Broth (TSB) ở 37 °C. DNA nhiễm sắc thể được tách chiết bằng phương pháp hóa học kết hợp enzyme, kiểm tra chất lượng bằng điện di gel agarose.

Đoạn gen 16S rDNA (~1500 bp) được khuếch đại bằng PCR với cặp mồi 27F và 1492R, tối ưu hóa các thông số phản ứng như nồng độ MgSO4, dNTPs, enzyme Taq polymerase và nhiệt độ gắn mồi. Sản phẩm PCR được tinh sạch và gửi giải trình tự tại công ty chuyên nghiệp. Kết quả giải trình tự được phân tích bằng phần mềm DNA Star và so sánh với cơ sở dữ liệu HOMD 16S rRNA RefSeq.

Phát hiện nhanh A. baumannii được thực hiện bằng kỹ thuật multiplex PCR sử dụng hai cặp mồi đặc hiệu: cặp mồi phát hiện gen recA (425 bp) đặc hiệu chi Acinetobacter và cặp mồi phát hiện vùng ITS 16S-23S rRNA (208 bp) đặc hiệu loài A. baumannii. Phản ứng multiplex PCR được tối ưu hóa về nhiệt độ gắn mồi, nồng độ enzyme, MgSO4 và dNTPs. Colony-PCR cũng được áp dụng trực tiếp trên khuẩn lạc để rút ngắn thời gian phát hiện.

Quá trình nghiên cứu diễn ra từ tháng 01 đến tháng 06 năm 2014, với các bước chính: phân lập vi khuẩn, tách chiết DNA, khuếch đại và giải trình tự gen 16S rDNA, xây dựng và tối ưu quy trình multiplex PCR, phân tích kết quả.

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

1. Phân lập và định danh vi khuẩn bằng giải trình tự 16S rDNA: Trong 5 mẫu bệnh phẩm được phân lập và giải trình tự, có 4 mẫu được xác định là Acinetobacter baumannii với độ tương đồng trình tự từ 97,6%, mẫu còn lại thuộc chi Acinetobacter với độ tương đồng thấp hơn 93,2%. Kết quả này cho thấy phương pháp giải trình tự 16S rDNA có độ chính xác cao trong định danh vi khuẩn, vượt trội so với phương pháp sinh hóa truyền thống.

2. Phát hiện nhanh A. baumannii bằng multiplex PCR: Trong 14 mẫu bệnh phẩm nhiễm cầu trực khuẩn Gram âm, 11 mẫu (78,6%) được xác định nhiễm A. baumannii khi phát hiện đồng thời hai băng DNA đặc hiệu 425 bp (gen recA) và 208 bp (vùng ITS 16S-23S rRNA). Ba mẫu còn lại (21,4%) chỉ phát hiện băng DNA 425 bp, cho thấy nhiễm vi khuẩn thuộc chi Acinetobacter nhưng không phải loài baumannii.

3. Tối ưu hóa quy trình multiplex PCR: Nhiệt độ gắn mồi tối ưu là 51 °C, nồng độ enzyme Taq polymerase 1,4 UI, MgSO4 3,0 mM và dNTPs 0,6 mM cho kết quả sản phẩm PCR đặc hiệu, rõ ràng trên gel agarose 1,5%. Quy trình này cho phép phát hiện nhanh, chính xác và tiết kiệm thời gian so với phương pháp giải trình tự.

4. Ứng dụng colony-PCR: Phương pháp này cho phép phát hiện trực tiếp từ khuẩn lạc mà không cần tách chiết DNA, rút ngắn thời gian phát hiện xuống còn vài giờ, phù hợp với yêu cầu chẩn đoán lâm sàng nhanh.

Thảo luận kết quả

Kết quả định danh bằng giải trình tự 16S rDNA khẳng định tính chính xác và độ tin cậy của phương pháp này trong việc phân loại vi khuẩn Acinetobacter, đặc biệt khi các phương pháp sinh hóa truyền thống gặp khó khăn do kết quả không rõ ràng hoặc vi khuẩn khó nuôi cấy. Việc phát hiện 4/5 mẫu là A. baumannii phù hợp với báo cáo của ngành về tỷ lệ nhiễm cao của loài này trong các bệnh viện tại Việt Nam.

Quy trình multiplex PCR được xây dựng dựa trên gen recA và vùng ITS 16S-23S rRNA cho thấy độ đặc hiệu và nhạy cao, phù hợp để phát hiện nhanh A. baumannii trong mẫu bệnh phẩm. Tỷ lệ phát hiện 78,6% A. baumannii trong 14 mẫu bệnh phẩm phù hợp với các nghiên cứu trong nước và quốc tế, cho thấy sự phổ biến và nguy cơ cao của vi khuẩn này trong môi trường bệnh viện.

Việc tối ưu hóa các thông số phản ứng PCR giúp giảm thiểu sản phẩm không đặc hiệu, tăng cường độ nhạy và độ chính xác, đồng thời tiết kiệm chi phí và thời gian xét nghiệm. Colony-PCR là một bước tiến quan trọng trong ứng dụng thực tiễn, giúp rút ngắn thời gian chẩn đoán, hỗ trợ bác sĩ trong việc lựa chọn phác đồ điều trị kịp thời.

Dữ liệu có thể được trình bày qua biểu đồ tần suất phát hiện A. baumannii trong các mẫu bệnh phẩm và bảng so sánh kết quả định danh bằng giải trình tự 16S rDNA và multiplex PCR, giúp minh họa rõ ràng hiệu quả của phương pháp mới.

Đề xuất và khuyến nghị

1. Áp dụng quy trình multiplex PCR trong chẩn đoán lâm sàng: Khuyến nghị các phòng xét nghiệm bệnh viện triển khai kỹ thuật multiplex PCR để phát hiện nhanh vi khuẩn A. baumannii, giảm thời gian chẩn đoán từ vài ngày xuống còn vài giờ, nâng cao hiệu quả điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn.

2. Đào tạo nhân viên kỹ thuật: Tổ chức các khóa đào tạo chuyên sâu về kỹ thuật PCR và multiplex PCR cho kỹ thuật viên phòng xét nghiệm nhằm đảm bảo quy trình thực hiện chính xác, hạn chế sai sót và ngoại nhiễm.

3. Tăng cường giám sát và kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện: Sử dụng kết quả phát hiện nhanh để theo dõi tình hình nhiễm khuẩn do A. baumannii, từ đó xây dựng các biện pháp phòng ngừa hiệu quả, giảm tỷ lệ lây nhiễm chéo trong bệnh viện.

4. Nghiên cứu mở rộng và cập nhật kỹ thuật: Khuyến khích nghiên cứu tiếp tục mở rộng quy mô mẫu, áp dụng các kỹ thuật sinh học phân tử mới như real-time PCR hoặc giải trình tự thế hệ mới để nâng cao độ nhạy và khả năng phát hiện đa dạng chủng vi khuẩn.

Các giải pháp trên nên được thực hiện trong vòng 12-18 tháng, phối hợp giữa các phòng xét nghiệm, khoa lâm sàng và ban quản lý bệnh viện nhằm nâng cao chất lượng chăm sóc bệnh nhân và kiểm soát nhiễm khuẩn hiệu quả.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

1. Nhân viên phòng xét nghiệm y học: Nắm vững quy trình tách chiết DNA, PCR và multiplex PCR để áp dụng trong chẩn đoán vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện, nâng cao kỹ năng xét nghiệm phân tử.

2. Bác sĩ lâm sàng và chuyên gia kiểm soát nhiễm khuẩn: Hiểu rõ về đặc điểm vi khuẩn A. baumannii, phương pháp phát hiện nhanh để đưa ra phác đồ điều trị hợp lý và biện pháp kiểm soát lây nhiễm hiệu quả.

3. Nhà nghiên cứu trong lĩnh vực công nghệ sinh học và vi sinh y học: Tham khảo phương pháp nghiên cứu, tối ưu hóa kỹ thuật PCR và ứng dụng sinh học phân tử trong định danh vi khuẩn, làm cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo.

4. Quản lý bệnh viện và cơ quan y tế: Sử dụng kết quả nghiên cứu để xây dựng chính sách kiểm soát nhiễm khuẩn, đầu tư trang thiết bị và đào tạo nhân lực phù hợp nhằm nâng cao chất lượng dịch vụ y tế.

Câu hỏi thường gặp

1. Tại sao cần phát hiện nhanh Acinetobacter baumannii trong bệnh viện?
   A. baumannii là tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện phổ biến, có khả năng đề kháng cao với nhiều kháng sinh, gây tăng tỷ lệ tử vong và chi phí điều trị. Phát hiện nhanh giúp bác sĩ điều trị kịp thời, giảm lây lan và kiểm soát dịch bệnh hiệu quả.

2. Phương pháp giải trình tự 16S rDNA có ưu điểm gì so với phương pháp sinh hóa?
   Giải trình tự 16S rDNA cho kết quả chính xác, nhanh hơn, đặc biệt hữu ích khi vi khuẩn khó nuôi cấy hoặc kết quả sinh hóa không rõ ràng. Phương pháp này giúp phân loại vi khuẩn đến mức loài với độ tin cậy cao.

3. Multiplex PCR khác gì so với PCR đơn giản?
   Multiplex PCR cho phép khuếch đại đồng thời nhiều đoạn DNA đặc hiệu trong một phản ứng, tiết kiệm thời gian, chi phí và hóa chất, đồng thời tăng hiệu quả phát hiện đa mục tiêu so với PCR đơn giản.

4. Colony-PCR có thể thay thế hoàn toàn phương pháp tách chiết DNA không?
   Colony-PCR tiện lợi và nhanh chóng, phù hợp cho phát hiện nhanh trong phòng xét nghiệm lâm sàng. Tuy nhiên, tách chiết DNA vẫn cần thiết cho các nghiên cứu sâu hơn hoặc khi cần độ tinh sạch cao của mẫu.

5. Làm thế nào để hạn chế sai số và ngoại nhiễm trong kỹ thuật PCR?
   Cần thực hiện nghiêm ngặt quy trình phòng thí nghiệm, sử dụng hóa chất và dụng cụ sạch, phân chia khu vực thao tác riêng biệt, sử dụng enzyme UNG để loại bỏ DNA ngoại nhiễm và đào tạo kỹ thuật viên bài bản.

Kết luận

• Định danh vi khuẩn A. baumannii bằng giải trình tự 16S rDNA cho kết quả chính xác với độ tương đồng trên 97%.
• Quy trình multiplex PCR phát hiện nhanh A. baumannii dựa trên gen recA và vùng ITS 16S-23S rRNA có độ nhạy và đặc hiệu cao.
• Tỷ lệ nhiễm A. baumannii trong mẫu bệnh phẩm tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Dương là khoảng 78,6%.
• Colony-PCR là phương pháp nhanh, tiện lợi, phù hợp ứng dụng trong chẩn đoán lâm sàng.
• Nghiên cứu góp phần xây dựng quy trình phát hiện nhanh, hỗ trợ kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện hiệu quả, đề xuất áp dụng rộng rãi trong các cơ sở y tế.

Tiếp theo, cần triển khai đào tạo kỹ thuật viên, áp dụng quy trình multiplex PCR trong thực tế và mở rộng nghiên cứu với số lượng mẫu lớn hơn để nâng cao độ tin cậy. Mời các phòng xét nghiệm và bệnh viện quan tâm áp dụng phương pháp này nhằm nâng cao chất lượng chẩn đoán và điều trị.

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1: TONG QUAN TÀI LIEU 1. VI KHUAN CHI ACINETOBACTER 1. Tong quan Vi khuẩn thuộc chi Acinetobacter được Beierinck - nha vi sinh học người Hà Lan mô tả đầu tiên vào năm 1911 với tên Micrococcus calcoaceticus [64]. Sau đó, các vi khuẩn có đặc điểm tương tự được phát hiện như Diplococcus mucosus, Alcaligenes haemolysans, Mma polymorpha, Moraxella lwoffi, Herellea vaginicola, Bacterium anitratum, Moraxella lwoffi var.

glucidolytica, Neisseria winograskyi, Achromobacter anitratus, Achromobacter mucosus [T74]. Nam 1968, nghiên cứu của Baumann va cộng su đã xếp các vi khuẩn này thuộc chi Acinetobacter. Phan loai Giới Bacteria | Ngành Proteobacteria , Lop Gamma Proteobacteria ^ Pseudomonadales in Bo Ho Moraxellaceae Chi Acinetobacter Acinetobacter baumannii Hiện nay, có 31 loài được phát hiện thuộc chi Acinetobacter gồm A. nosocomialis thuong gay nhiém khuẩn bệnh viện, đặc biệt là 4.

Đặc điểm Acinetobacter phát triển nhanh trên môi trường có 5% mau cừu, môi trường MacConkey hay TSA. Acinetobacter tạo khóm khuẩn lạc trơn nhẫn, màu trang, đường kính 02-03 mm và một số có khả năng huyết giải B. Ngoài ra, môi trường khoáng có tính acid thấp (chứa acetate và nitrat) hoặc môi trường chọn lọc Leeds cũng được sử dụng dé phân lập các loài Acinetobacter. Acinetobacter là cầu trực khuẩn Gram (-), hiếu khí, có nang, kích thước khoảng 1,0-1,5 um x 1,5-2,5 um và phát triển tốt ở 44 °C.

Có thé chia các vi khuẩn trong chi này thành 02 nhóm dựa trên kha năng sử dụng glucose: phân giải đường và không phân giải đường. Các chủng sử dụng đường glucose và không huyết giải được xác định là A. baumannii và các chủng không sử đường glucose và không huyết giải là 4. Cac chủng huyết giải B được xác định là A.

Phân bố Acinetobacter được tim thay Ở người, đất, nước, thiết bị y té, dung cu y khoa nhu day may tho, day hut dom nhot, dung cu lam âm, kim luồn tĩnh mach, dụng cụ đo áp lực tĩnh mạch trung tâm, ống thông tiéu,. baumannii thường hiện diện nhiều trong máu, đờm, da, dịch màng phối và nước tiểu của bệnh nhân. O vùng khí hậu nhiệt đới, tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện còn có thé thay đối theo mùa. Tai Hong Kông, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện do Acinetobacter vào mùa hè chiếm 53% và mùa đông giảm xuống 32% [83].

baumannii còn là tác nhân gây bệnh ở động vật. baumannii được tim thay trén con ran được lay từ người vô gia cu [22]. Tại Anh, Berlau và cộng sự phat hiện 4. baumannii và Acinetobacter genospecies 11 ở rau chiếm 27% [44].

DNA nhiễm sắc thé của Acinetobacter baumannii Nhiễm sac thé A. baumannii dạng vòng có kích thước 3.747 cặp base, trong đó 3.454 nucleotide chịu trách nhiệm mã hóa protein [84]. baumannii có 25 gen kháng khang sinh như: tetracycline, aminoglycoside, cotrimoxazole va chloramphenicol. Yếu tố di chuyền động transposon tìm thay trên khung doc ORF 22 [67].

Kha năng gay bệnh Khả năng gây bệnh của A. nosocomialis tương đôi thấp, các loài A. ursingiiare hiém khi gay nhiém khuẩn bệnh viện [39, 68]. baumannii lại được xem như một nguyên nhân chủ yếu gây nhiễm khuẩn bệnh viện, đặc biệt đối với bệnh nhân thở máy tại khoa ICU.

NHIEM KHUAN BỆNH VIEN Theo Tổ chức Y tế thé giới, nhiễm khuẩn bệnh viện là “những nhiễm khuẩn mặc phải trong thời gian bệnh nhân điều trị tại bệnh viện ma thời điểm nhập viện không thấy có yếu tố nhiễm khuẩn hay ủ bệnh nao. Nhiễm khuẩn bệnh viện thường xuất hiện sau 48 giờ kế từ khi người bệnh nhập viện” [33]. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện 1. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện trên thé giới Tại Mỹ, từ những năm 1980, hầu như tat cả các bệnh viện đều thành lập đơn vị kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện.

Theo thống kê của Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh Hoa Kỳ (CDC), nhiễm khuẩn bệnh viện thường xảy ra trên 5% bệnh nhân nhập viện, tuy nhiên đối với những bệnh nhân phẫu thuật thì ty lệ này tăng lên 10-15%, do vậy làm tăng thời gian năm viện, chỉ phí điều trị tốn khoảng 1.000 USD và là nguyên nhân làm 19.000 người tử vong mỗi năm [60]. Năm 2002, tô chức Y tế thé giới tiến hành điều tra nhiễm khuẩn bệnh viện tai 55 bệnh viện của 14 nước đại diện cho bốn khu vực (Đông Nam Á, Châu Âu, Địa Trung Hải và Tây Thái Bình Dương) có tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện trung bình là 6,7%, trong đó khu vực Dia Trung Hải 11,8%, Đông Nam Á 10%, Tây Thái Bình Dương 9% và khu vực có tỷ lệ thấp nhất là Châu Âu 7%. Cũng theo ước tính của tổ chức Y tế thế giới ở bất cứ thời điểm nao đều có hơn 1,4 triệu người bệnh trên thế giới mắc nhiễm khuẩn bệnh viện [32]. Tại Trung Quốc, từ năm 2006-2008 phân lập được 149 chủng 4.

baumannii tại khoa ICU (chiếm ty lệ 72,5%) [71]. Một nghiên cứu khác thực hiện từ năm 2008-2011 tại bệnh viện nhi Diyarbakir (Thổ Nhĩ Ky), phát hiện 580 trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện, trong đó A. baumannii chiễm 48% tại khoa ICU [72|. Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện ở Việt Nam Tại Việt Nam, kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện đã từng bước được thiết lập, tuy nhiên do tình trạng quá tải và nguồn lực còn hạn chế của các bệnh viện nên ty lệ nhiễm khuẩn bệnh viện vẫn còn khá cao.

Năm 1998, Bộ Y tế điều tra trên 901 bệnh nhân tại 12 bệnh viện cho thấy tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện là 11,5%, trong đó nhiễm khuẩn vết m6 chiém 51%. Năm 2001, tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện là 6,8% tại 11 bệnh viện và viêm phối bệnh viện chiếm 41. Năm 2005 tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện ở 19 bệnh viện là 5,7% và viêm phổi bệnh viện cũng chiếm tỷ lệ cao là 55,4% [10]. Năm 2009-2010, tại Trung tâm chống độc - Bệnh viện Bach Mai (Hà Nội), tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện là 5,66%, trong đó viêm phối bệnh viện chiếm 69.9%; nhiễm khuẩn máu 28,8%: nhiễm khuẩn tiết niệu 23,1%; nhiễm khuẩn liên quan đến ống thông tinh mạch trung tâm 11,5%.

Nguyên nhân do 4. baumannii chiếm ty lỆ cao nhất 31,7% so với các vi khuan Pseudomonas aeruginosa 18,7%, Klebsiella pneumoniae 14,2% va Escherichia coli 6,19% [13]. Năm 2010, tại khoa Hỏi Sức tích cực - chống độc của bệnh viện Cấp Cứu Trung Vuong (Tp Hồ Chí Minh), phát hiện A.3% va là nguyên nhân hang đầu gây nhiễm khuẩn đường hô hấp với tý lệ 39,3% [12]. tý lệ nhiễm khuẩn bệnh viện tại Việt Nam dao động trong khoảng 5 đến 11,5%, tương tự với kết quả khảo sát của tổ chức Y tế thế giới tại các khu vực khác trên thế giới.

Nguồn lây truyền và phương thức lây truyền nhiễm khuẩn bệnh viện Nhiễm khuẩn bệnh viện thường lây truyền từ người sang người hay từ môi trường (bảng 1. Nguồn lây truyền nhiễm khuẩn bệnh viện Nguồn lây Tác động - _ Nhân viên y tế mang mam bệnh lây cho bệnh nhân Con - người - - Bệnh nhân và người nhà bệnh nhân: gây nhiêm khuân chéo cho nhau - _ Không khí: mức độ ô nhiễm vi sinh vật thay đối theo địa điểm, mật độ bệnh nhân và số lượng nhân viên y té - _ Nước sinh hoạt: là nguồn chứa va là yếu tố trung gian lan truyền các tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện Môi Ko. - Dung cụ y tê: tiệt trùng không đúng quy trình, quá thời han trường hoặc không xử lý tiệt trùng giữa các lần sử dụng - Chất thải y tế: môi trường thuận lợi cho vi sinh vat cư trú và phát triển Đồ vải y tế: tiệt trùng không đúng quy trình Các vi sinh vật gây nhiễm khuẩn bệnh viện thường có ở bệnh nhân, thân nhân, nhân viên y tế. Chúng lây truyền theo 3 phương thức chính: lây qua tiếp xúc chiếm khoảng 90% các trường hợp, lây qua các giọt dịch bắn vào không khí chiếm 9% và lây qua đường hô hấp chiếm 1% (bảng 1.

Phương thức lây truyền nhiễm khuẩn bệnh viện Đường lây truyền Phương thức lây truyền ' Tiêp xúc trực tiêp hoặc gián tiêp qua nhân viên y tê, đặc Đường tiêp xúc , ; biệt là tay nhân viên y té trước và sau khi chăm sóc Đường lây truyền Phương thức lây truyền bệnh nhân; được xem là nguyên nhân quan trọng nhat Đường tiếp xúc trong việc phát tán vi khuẩn gây bệnh Tiếp xúc qua dụng cụ y té, qua thức ăn, nước uống hoặc các chất thải y tế như bông băng có dịch rỉ vết thương Những giọt ban hô hap hình thành khi nói, ho, hắt hơi Giọt băn hoặc khi thực hiện một số thủ thuật chăm sóc đường thở Mâm bệnh được thải ra không khí qua ho, hắt hơi, khạc nhố. Với những hạt có kích thước nhỏ sẽ bay lơ lửng Đường không khí trong không khí và xâm nhập vào người qua đường mũi, miệng 1. Các yếu tố nguy cơ dẫn đến nhiễm khuẩn bệnh viện Nguy cơ nhiễm khuẩn bệnh viện thường liên quan đến các yếu tố như tình trạng sức khỏe, các bệnh cấp tính, thủ thuật xâm lấn hay cách thức điều trị bệnh (bảng 1. Các yếu tố nguy cơ dẫn đến nhiễm khuẩn bệnh viện Yéu tố nguy cơ Tình trạng Bệnh phối mạn tính Tuôi cao Suy dinh dưỡng Bệnh tiểu đường Tình trạng sức khỏe Nghiện rượu Suy giảm miễn dịch Hút thuốc lá Phẫu thuật Bỏng Bệnh cấp tính Chấn thương Bệnh thần kinh Đặt ông qua đường hô hap Ông thông mũi dạ dày Thủ thuật xâm lân Catheter tinh mạch trung tam Khí quản Ông dẫn lưu Ông thông đường tiểu Yếu tố nguy cơ Tình trạng Truyền máu Vị trí năm nghiêng Điều trị Điều trị kháng sinh Dinh dưỡng Điều trị ức chế miễn dịch Thời gian nằm viện 1.

Một số bệnh do nhiễm khuẩn bệnh viện 1. Viêm phối mắc phải ở bệnh viện Bệnh viêm phôi mắc phải ở bệnh viện (HAP) thường xảy ra tại các cơ sở y tế trên toàn thế giới, đứng hàng thứ hai sau nhiễm khuẩn đường tiểu. Bệnh lý viêm phối xuất hiện sau nhập viện ít nhất 48-72 gid, thường gây viêm phối ở bệnh nhân thở máy và một số trường hợp liên quan đến chăm sóc y tế ngoại trú như truyền dịch, tiêm tinh mạch, chạy thận nhân tạo. Theo điều tra của NNIS trên 181.993 bệnh nhân điều trị tại khoa ICU từ năm 1992 đến 1997, có 6% trường hợp viêm phối liên quan đến thở máy.

Một khảo sát khác từ năm 2001-2006 ở các nước khí hậu nhiệt đới tỷ lệ viêm phối chiếm 43% tại khoa ICU, trong đó 4. baumannii là nguyên nhân thường gặp nhất [37, 63]. Dac biệt, ty lệ tử vong liên quan đến viêm phổi mac phải ở bệnh viện do Acinetobacter chiếm từ 40-70% [48]. Năm 2008, tại bệnh viện Cho Ray (Tp Hồ Chí Minh) bệnh viêm phối chiếm 81,8% và tỷ lệ tử vong là 45,5% [5].

Viêm phối mắc phải ở cộng đồng Viêm phối mac phải ở cộng đồng (CAP) là hiện tượng viêm phổi xảy ra ở ngoài bệnh viện.