Nghiên cứu tình trạng methyl hóa chỉ thị phân tử SEPT9 ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng tại Việt Nam

• Tác giả: Trần Hoài Nam
• Người hướng dẫn: PGS. Dương Văn Cường
• Trường học: Đại học Thái Nguyên
• Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
• Đề tài: Nghiên Cứu Tình Trạng Methyl Hóa Chỉ Thị Phân Tử SEPT9 Ở Bệnh Nhân Ung Thư Đại Trực Tràng Việt Nam
• Loại tài liệu: khóa luận tốt nghiệp
• Năm xuất bản: 2020
• Địa điểm: Thái Nguyên

• LỜI CẢM ƠN
• DANH MỤC BẢNG
• DANH MỤC HÌNH
• MỤC LỤC
• 1. PHẦN 1: MỞ ĐẦU
• 1.1. Mục tiêu của đề tài
• 1.1.1. Mục tiêu tổng quát
• 1.1.2. Mục tiêu cụ thể
• 1.2. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
• 1.2.1. Ý nghĩa khoa học của đề tài
• 1.2.2. Ý nghĩa thực tiễn của đề tài
• 2. PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 2.1. Khái niệm ung thư
• 2.2. Cơ chế hình thành bệnh ung thư
• 2.3. Ung thư đại trực tràng
• 2.4. Các yếu tố nguy cơ ung thư đại trực tràng
• 2.5. Tình hình ung thư đại trực tràng
• 2.6. Mối liên hệ giữa Methyl hoá DNA và ung thư đại trực tràng
• 2.6.1. Methyl hoá DNA
• 2.6.2. Nguyên lý kỹ thuật xác định mức độ methyl hóa DNA dựa trên biến đổi bisulfite
• 2.6.3. Giới thiệu về kỹ thuật xác định methyl hóa DNA hiệu năng cao Illumina Infinium 450K
• 2.6.4. Nghiên cứu trong nước và quốc tế về methyl hóa của gene SEPT9 trên bệnh nhân ung thư đại trực tràng
• 3. ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 3.1. Đối tượng nghiên cứu và phạm vi nghiên cứu
• 3.1.1. Đối tượng nghiên cứu
• 3.1.2. Phạm vi nghiêm cứu
• 3.2. Vật liệu và dụng cụ thí nghiệm
• 3.3. Địa điểm và thời gian nghiên cứu
• 3.4. Nội dung nghiên cứu
• 3.5. Phương pháp nghiên cứu
• 3.5.1. Phương pháp thu thập và đánh giá số liệu ung thư CRC ở bệnh viện K TW
• 3.5.2. Phương pháp tách chiết DNA từ mẫu mô cố định formaldehyde
• 3.5.3. Thiết kế mồi PCR đặc hiệu methyl hoá bằng phương pháp thiết kế Insilicon
• 3.5.4. Quá trình chuyển hoá bisulfite cho mẫu DNA
• 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 4.1. Kết quả thu thập và phân tích số liệu lâm sàng trên 151 mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân ung thư đại trực tràng được thu thập ngẫu nhiên tại bệnh viện K TW
• 4.2. Kết quả phân tích về độ tuổi phát hiện ung thư
• 4.3. Kết quả phân tích về giới tính
• 4.4. Kết quả phân tích về giai đoạn phát hiện bệnh
• 4.5. Khảo sát về tỷ lệ mức độ cả bệnh khi phát hiện ra bị ung thư đại trực tràng tại bệnh viện K TW
• 4.6. Kết quả tách chiết DNA
• 4.7. Kết quả lựa chọn phương pháp phù hợp tách chiết DNA từ mẫu mô cố định formaldehyde
• 4.8. Kết quả tách chiết DNA từ mẫu mô cố định formaldehyde bằng B đã tối ưu và phương pháp sử dụng Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit
• 4.9. Kết quả thiết kế mồi PCR đặc hiệu methyl hoá
• 4.10. Thu thập thông tin gene SEPT9 từ cơ sở dữ liệu database
• 4.11. Xác định trình tự promoter trên gene SEPT9
• 4.12. Thiết kế mồi PCR đặc hiệu methyl hóa
• 4.13. Kết quả chuyển hoá bisulfite đối với DNA được tách chiết từ mẫu mô cố định formaldehyde của bệnh nhân ung thư đại trực tràng
• 4.14. Kết quả chất lượng DNA chuẩn bị cho quá trình biến đổi bisufite
• 4.15. Kết quả chuyển đổi bisufite
• 5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

I. Giới thiệu về nghiên cứu

Nghiên cứu tập trung vào tình trạng methyl hóa của chỉ thị phân tử SEPT9 trong ung thư đại trực tràng tại Việt Nam. Methyl hóa DNA là một cơ chế biến đổi di truyền ngoại gen, có vai trò quan trọng trong sự phát triển của ung thư. SEPT9 là một chỉ thị sinh học được sử dụng rộng rãi trong chẩn đoán ung thư đại trực tràng. Nghiên cứu này nhằm khảo sát mức độ methyl hóa của SEPT9 ở bệnh nhân Việt Nam, góp phần vào việc sàng lọc và chẩn đoán sớm bệnh.

1.1. Mục tiêu nghiên cứu

Mục tiêu tổng quát của nghiên cứu là thiết lập các kỹ thuật cơ bản để đánh giá mức độ methyl hóa của SEPT9 trong ung thư đại trực tràng. Các mục tiêu cụ thể bao gồm thu thập dữ liệu lâm sàng, tối ưu hóa phương pháp tách chiết DNA, và thiết kế bộ mồi PCR đặc hiệu methyl hóa.

1.2. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn

Nghiên cứu có ý nghĩa khoa học trong việc mở rộng hiểu biết về methyl hóa DNA trong ung thư đại trực tràng. Về mặt thực tiễn, kết quả nghiên cứu có thể ứng dụng trong chẩn đoán ung thư và hỗ trợ điều trị bệnh.

II. Tổng quan về ung thư đại trực tràng

Ung thư đại trực tràng (CRC) là một trong những loại ung thư phổ biến nhất trên thế giới và tại Việt Nam. Bệnh thường xuất hiện ở người trên 50 tuổi, nhưng gần đây có xu hướng trẻ hóa. CRC liên quan đến nhiều yếu tố nguy cơ, bao gồm di truyền, chế độ ăn uống, và lối sống. Methyl hóa DNA được xem là một cơ chế quan trọng trong sự phát triển của CRC, đặc biệt là sự bất thường trong methyl hóa các gene ức chế khối u.

2.1. Cơ chế hình thành ung thư

Ung thư hình thành do sự đột biến gene và mất kiểm soát chu kỳ tế bào. Các gene ức chế khối u bị bất hoạt, dẫn đến sự tăng sinh không kiểm soát của tế bào. Methyl hóa DNA đóng vai trò quan trọng trong việc ức chế biểu hiện gene, đặc biệt là các gene ức chế khối u.

2.2. Yếu tố nguy cơ

Các yếu tố nguy cơ chính của CRC bao gồm di truyền, viêm loét đại tràng, chế độ ăn uống không lành mạnh, và lối sống ít vận động. Các hội chứng di truyền như Lynch và Turcot cũng làm tăng nguy cơ mắc bệnh.

III. Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp phân tích phân tử để đánh giá tình trạng methyl hóa của SEPT9. Các bước chính bao gồm tách chiết DNA từ mẫu mô, thiết kế mồi PCR đặc hiệu methyl hóa, và thực hiện kỹ thuật PCR. Các mẫu bệnh phẩm được thu thập từ bệnh nhân ung thư đại trực tràng tại Việt Nam.

3.1. Tách chiết DNA

DNA được tách chiết từ mẫu mô cố định formaldehyde bằng các phương pháp khác nhau, bao gồm sử dụng bộ kit tách chiết DNA. Chất lượng DNA được đánh giá thông qua tỷ lệ OD260/280 và OD260/230.

3.2. Thiết kế mồi PCR

Mồi PCR đặc hiệu methyl hóa được thiết kế dựa trên trình tự promoter của SEPT9. Quá trình chuyển đổi bisulfite được thực hiện để xác định vị trí methyl hóa trên DNA.

IV. Kết quả và thảo luận

Kết quả nghiên cứu cho thấy tình trạng methyl hóa của SEPT9 có sự khác biệt đáng kể giữa các bệnh nhân ung thư đại trực tràng tại Việt Nam. Các phương pháp tách chiết DNA và PCR đặc hiệu methyl hóa đã được tối ưu hóa, mang lại kết quả chính xác và đáng tin cậy. Nghiên cứu cũng chỉ ra rằng methyl hóa DNA có tiềm năng ứng dụng cao trong chẩn đoán ung thư và theo dõi điều trị.

4.1. Phân tích dữ liệu lâm sàng

Dữ liệu lâm sàng từ 151 mẫu bệnh phẩm cho thấy tỷ lệ mắc ung thư đại trực tràng cao ở nhóm tuổi trên 50. Tỷ lệ phát hiện bệnh ở giai đoạn muộn cũng khá cao, đặc biệt là ở các bệnh nhân không được sàng lọc định kỳ.

4.2. Ứng dụng thực tiễn

Kết quả nghiên cứu có thể được ứng dụng trong việc phát triển các phương pháp sàng lọc và chẩn đoán sớm ung thư đại trực tràng, đặc biệt là ở các quốc gia có tỷ lệ mắc bệnh cao như Việt Nam.