Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Cây ớt (Capsicum annuum) là cây gia vị quan trọng thuộc họ Cà (Solanaceae), có lịch sử canh tác lâu đời và được phát triển với diện tích lớn tại Việt Nam cũng như nhiều quốc gia trên thế giới như Ấn Độ, Nhật Bản, Indonesia hay Hungary. Mặc dù diện tích gieo trồng không ngừng mở rộng, năng suất và chất lượng ớt thương phẩm thường xuyên bị suy giảm nghiêm trọng do áp lực dịch bệnh. Trong số các đối tượng gây hại, bệnh thán thư do các loài nấm thuộc chi Colletotrichum là nguyên nhân gây tổn thất nặng nề nhất. Theo số liệu trích dẫn trong công trình, bệnh thán thư làm giảm năng suất và phẩm chất quả từ 28% đến 35%, cá biệt có những vùng chịu tỷ lệ thiệt hại lên tới 70% – 80%. Bào tử nấm lây lan nhanh qua gió, nước mưa, dụng cụ canh tác và có khả năng tồn tại dai dẳng ở dạng ngủ trong tàn dư thực vật hoặc cây ký chủ qua nhiều vụ mùa.

Để kiểm soát bệnh thán thư, các biện pháp canh tác truyền thống (luân canh cây trồng khác họ cà, xử lý hạt giống, bón vôi, dọn sạch tàn dư) chỉ mang tính chất phòng ngừa ban đầu. Khi dịch bệnh bùng phát, người nông dân chủ yếu phụ thuộc vào thuốc bảo vệ thực vật hóa học như Amistar 250SC, Daconil 500SC, Carbenzim 50 WP, Ridomil 68 WP, Score 250EC, Antracol 70WP... Việc lạm dụng thuốc hóa học dẫn đến nguy cơ tích lũy dư lượng độc hại trên nông sản, gây ô nhiễm đất và nguồn nước, phá vỡ cân bằng hệ sinh thái và làm phát sinh hiện tượng kháng thuốc ở vi nấm. Xu thế tất yếu của nông nghiệp hiện đại là tìm kiếm các giải pháp sinh học thân thiện với môi trường, hướng tới nền nông nghiệp hữu cơ bền vững. Trong đó, chi vi khuẩn Bacillus được đánh giá là tác nhân kiểm soát sinh học đầy tiềm năng nhờ khả năng sinh trưởng nhanh, hình thành nội bào tử chịu hạn/nhiệt, và tiết ra nhiều chất kháng sinh tự nhiên cùng enzyme phân giải vách tế bào nấm.

Từ thực tiễn trên, tác giả xác định mục tiêu tổng quát của khóa luận là: Sàng lọc các chủng vi khuẩn Bacillus sp. có khả năng kiểm soát sinh học vi nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư trên cây ớt.

Khóa luận triển khai 4 nhiệm vụ nghiên cứu cụ thể được đánh số như sau:

  1. Phân lập và định danh sơ bộ chủng vi nấm Colletotrichum sp. từ mẫu trái ớt bệnh thán thư và gây bệnh nhân tạo chủng vi nấm Colletotrichum sp. lên trái ớt khỏe mạnh.
  2. Định danh chủng vi nấm Colletotrichum sp. bằng phương pháp sinh học phân tử.
  3. Sàng lọc bộ sưu tập 7 chủng vi khuẩn Bacillus tiềm năng có khả năng đối kháng vi nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư trên cây ớt.
  4. Xác định phần trăm kiểm soát vi nấm Colletotrichum sp. của 7 chủng vi khuẩn Bacillus tiềm năng có khả năng kiểm soát sinh học vi nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư trên cây ớt.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng nghiên cứu: Chủng vi nấm Colletotrichum sp. gây bệnh thán thư phân lập từ quả ớt bệnh (ký hiệu C79) và bộ sưu tập 7 chủng vi khuẩn Bacillus tiềm năng gồm: Bacillus sp. KT2, Bacillus polyfermenticus F27, Bacillus sp. TS3, Bacillus amyloliquefaciens T3, Bacillus subtilis Q111, Bacillus sp. PH3, và Bacillus subtilis S29.
  • Phạm vi không gian: Thu thập mẫu bệnh phẩm ớt tại thành phố Đà Lạt, tỉnh Lâm Đồng. Thực nghiệm vi sinh và đối kháng được tiến hành tại Phòng thí nghiệm Công nghệ vi sinh, Khoa Công nghệ sinh học, Trường Đại học Mở Thành phố Hồ Chí Minh. Dịch vụ giải trình tự gen được thực hiện tại Công ty TNHH Dịch vụ và Thương mại Nam Khoa.
  • Phạm vi thời gian: Đề tài được hoàn thành thực nghiệm vào tháng 07 năm 2021 và thông qua bảo vệ khóa luận vào tháng 02 năm 2022.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khóa luận xây dựng hệ thống cơ sở lý thuyết dựa trên phân loại học thực vật, bệnh lý học thực vật và vi sinh vật học ứng dụng:

  • Cây ớt (Capsicum annuum): Phân loại thuộc giới Plantae, ngành Magnoliophyta, lớp Equisetopsida, bộ Solanales, họ Solanaceae, chi Capsicum. Cung cấp bảng thành phần dinh dưỡng và các hợp chất phytochemical có hoạt tính sinh học cao (capsaicinoids, carotenoid, acid ascorbic, flavonoid).
  • Vi nấm gây bệnh Colletotrichum sp.: Phân loại thuộc giới Fungi, ngành Ascomycota, lớp Sordariomycetes, họ Glomerellaceae. Cơ chế xâm nhiễm của nấm thán thư biến thiên từ bán ký sinh nội bào đến hoại dưỡng: bào tử nảy mầm hình thành đĩa áp (appressorium), mọc vòi xâm nhiễm đâm thủng lớp biểu bì cutin, tạo khuẩn ty sơ cấp ký sinh, sau đó chuyển sang giai đoạn hoại sinh tiết enzyme phá hủy thành tế bào và giết chết mô vật chủ.
  • Vi khuẩn đối kháng Bacillus sp.: Trực khuẩn Gram dương, hiếu khí hoặc kỵ khí tùy nghi, có khả năng sinh nội bào tử đề kháng cao. Cơ chế ức chế nấm bệnh của Bacillus thông qua việc tiết các enzyme thủy phân vách tế bào nấm (chitinase, protease, glucanase), các peptide kháng sinh vòng họ lipopeptide (fengycin, mycosubtilin, surfactin), và phospholipid kháng khuẩn như bacilysocin (được chuyển hóa qua enzyme lysophospholipase do gen ytpA mã hóa).

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm được thiết kế theo sơ đồ hóa tuần tự:

  • Phương pháp phân lập và làm thuần nấm: Khử trùng bề mặt quả ớt bệnh bằng cồn 70% trong 5 giây, cắt mảnh mô kích thước 2 x 2 mm tại ranh giới giữa mô bệnh và mô khỏe, cấy lên đĩa thạch PDA (Potato Dextrose Agar), ủ ở 28°C trong 7 ngày. Làm thuần chủng nấm bằng phương pháp cấy đơn bào tử.
  • Phương pháp gây bệnh nhân tạo (chứng minh giả thuyết Koch): Khử trùng quả ớt sừng xanh/chín bằng nước Javen (NaClO 1%) trong 5 phút hoặc rửa sạch, nhỏ giọt hoặc tiêm huyền phù bào tử nấm đạt mật độ $10^6$ bào tử/mL, đặt trong buồng ẩm ở 28°C và theo dõi triệu chứng sau 3, 4, 5, 7, 9 và 10 ngày.
  • Phương pháp định danh hình thái: Quan sát đặc điểm đại thể khuẩn lạc trên thạch PDA (màu sắc, cấu trúc sợi, vòng đồng tâm, sắc tố thạch). Làm tiêu bản nấm mốc với dung dịch nhuộm lactophenol, soi kính hiển vi quang học ở độ phóng đại 10X và 40X để xác định hình thái khuẩn ty và bào tử theo khóa phân loại của Sutton (1980).
  • Phương pháp sinh học phân tử: Sử dụng cặp mồi ITS5 (5’-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3’) và ITS4 (5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’) để khuếch đại vùng gen phiên mã nội bộ ITS1 - 5.8S - ITS2. Sản phẩm PCR được giải trình tự, so sánh độ tương đồng bằng công cụ BLAST trên cơ sở dữ liệu NCBI và thiết lập cây phát sinh chủng loại bằng 3 thuật toán: Maximum Likelihood, Neighbor-Joining và Maximum Parsimony.
  • Phương pháp sàng lọc đối kháng trực tiếp (Dual culture): Cấy đối kháng chủng nấm và chủng vi khuẩn cách nhau 3 cm trên đĩa PDA (đường kính 90 mm), ủ ở 27°C trong 6 ngày, lặp lại 3 lần. Ghi nhận khả năng kháng (+) hoặc không kháng (-).
  • Phương pháp đánh giá phần trăm ức chế sinh học bằng dịch lọc không tế bào: Nuôi cấy vi khuẩn Bacillus trong môi trường TSB (Tryptone Soya Broth) lắc 200 vòng/phút trong 48 giờ ở 37°C đạt nồng độ $10^8$ tế bào/mL. Thu dịch nuôi cấy, ly tâm 9000 vòng/phút ở 4°C trong 15 phút, lọc qua màng vô trùng 0,45 µm. Trộn dịch lọc vi khuẩn với môi trường thạch PDA 2X theo tỷ lệ thể tích 1:1 (7 mL dịch lọc + 7 mL PDA 2X). Cấy 10 µL dịch bào tử nấm ($10^6$ bào tử/mL) vào tâm đĩa. Đối chứng sử dụng nước cất vô trùng thay cho dịch lọc vi khuẩn. Sau 6 ngày ủ ở nhiệt độ phòng, đo đường kính tản nấm (mm) và tính phần trăm ức chế $I(%)$ theo công thức:

$$I(%) = \frac{C - E}{C} \times 100%$$

Trong đó $C$ là đường kính tản nấm ở đĩa đối chứng, $E$ là đường kính tản nấm ở đĩa xử lý dịch lọc vi khuẩn. Tiêu chuẩn đánh giá: chủng vi khuẩn được xem là có giá trị kháng nấm khi $I > 20%$.


Nội dung chính theo từng phần của khóa luận

Phần I: Tổng quan tài liệu

Tác giả hệ thống hóa dữ liệu tổng quan về phân loại thực vật của cây ớt, nguồn gốc lịch sử và giá trị thương phẩm. Chương này tổng kết thành phần dinh dưỡng và các hoạt chất quan trọng trong 100 g phần ăn được của ớt.

Thành phần Hàm lượng Thành phần Hàm lượng
Ẩm độ 85,7 g Phospho (P) 80 mg
Protein 2,9 g Sắt (Fe) 1,2 mg
Chất béo 0,6 g Natri (Na) 6,5 mg
Chất khoáng 1,0 g Kali (K) 2,7 mg
Carbohydrate 3,0 g Lưu huỳnh (S) 34 mg
Chất xơ 6,8 g Đồng (Cu) 1,55 mg
Calci (Ca) 30 mg Thiamin 0,19 g
Vitamin A 292 mg Mangan (Mn) 24 mg
Vitamin C 111 mg Riboflavin 0,39 mg
Acid oxalic 67 mg - -

Phần này cũng trình bày chi tiết về bệnh thán thư do chi Colletotrichum (lịch sử định danh từ năm 1890, các loài phổ biến: C. gloeosporioides, C. acutatum, C. capsici, C. coccodes, C. truncatum), triệu chứng vết bệnh lõm đồng tâm trên lá và quả, chu kỳ phát triển và cơ chế xâm nhiễm tế bào chất của vật chủ. Đồng thời, tác giả tổng hợp đặc điểm sinh học của chi vi khuẩn Bacillus, các chất kháng sinh chuyển hóa tự nhiên (Bacitracin, Subtilin, Mycosubtilin, Fengycin, Bacilysocin) cùng các công trình nghiên cứu đối kháng nấm thán thư trong nước và quốc tế.

Phần II: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Tác giả trình bày danh mục thiết bị phòng thí nghiệm (tủ cấy vô trùng, máy ly tâm, kính hiển vi, máy lắc, nồi hấp tiệt trùng), dụng cụ tiêu hao, môi trường nuôi cấy (TSA, TSB, PDA, PDB, PDA 2X), hóa chất và hệ thống thuốc nhuộm (Crystal violet, Safranin O, Lugol, Lactophenol). Toàn bộ tiến trình nghiên cứu được mô tả qua sơ đồ khối gồm 7 công đoạn logic: từ phân lập, kiểm tra đại thể/vi thể nấm, gây bệnh nhân tạo, định danh phân tử, đến hoạt hóa bộ sưu tập vi khuẩn, sàng lọc đối kháng trực tiếp và xác định tỷ lệ ức chế sinh học bằng dịch lọc nuôi cấy.

Phần III: Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Chương tập trung báo cáo dữ liệu thực nghiệm thu được từ quá trình triển khai:

  • Phân lập và mô tả triệu chứng bệnh: Từ 3 mẫu ớt bệnh thu tại Đà Lạt, vết bệnh thán thư tự nhiên trên quả được ghi nhận có đốm tròn nhỏ màu xanh đậm lõm xuống, phát triển thành hình thoi hoặc bầu dục, màu vàng nhạt chuyển dần sang xám/đen, xuất hiện các vòng tròn đồng tâm chứa chấm nhỏ màu đen là các đĩa cành (acervuli) của nấm. Phân lập thành công chủng vi nấm ký hiệu C79.
  • Làm thuần và kiểm tra hình thái: Khuẩn lạc nấm C79 trên môi trường PDA sau 2–5 ngày đầu có màu ửng hồng ở tâm, sợi nấm mọc sát bề mặt thạch. Sau 4–6 ngày nuôi cấy thuần khiết, khuẩn lạc phát triển xốp tơi màu trắng, rìa dạng sợi dày màu trắng, xuất hiện 5–7 vòng đồng tâm, mặt dưới thạch có màu trắng ngà chuyển tâm vàng nhạt hơi xám và tiết sắc tố vàng nhạt, lấm tấm chấm đen. Quan sát vi thể dưới kính hiển vi độ phóng đại 10X và 40X cho thấy khuẩn ty mảnh, có vách ngăn, phân nhánh và chứa nhiều hạt giọt dầu; bào tử vô tính có hình trụ thẳng, hai đầu tù hoặc hơi tròn, phần giữa thắt eo nhẹ, kích thước và hình dáng hoàn toàn phù hợp với mô tả hình thái của Colletotrichum gloeosporioides theo tài liệu của Sutton (1980) và Lê Hoàng Lệ Thủy (2008).
  • Gây bệnh nhân tạo lên quả ớt: Sau 4 ngày tiêm/nhỏ dịch huyền phù bào tử ($10^6$ bào tử/mL) lên quả ớt lành, bề mặt vỏ quả xuất hiện sợi tơ nấm màu trắng xâm nhiễm và tạo vết bệnh hình thoi hơi lõm. Đến ngày thứ 10, vết bệnh lõm sâu, hóa nhũn ướt, chuyển sang màu nâu hoặc cam, tái hiện đúng triệu chứng thán thư điển hình trên đồng ruộng.
  • Định danh sinh học phân tử: Sản phẩm giải trình tự gen vùng ITS của chủng C79 sau khi phân tích BLAST trên cơ sở dữ liệu NCBI cho độ tương đồng cao với loài Colletotrichum gloeosporioides. Cây phát sinh loài được xây dựng đồng thời bằng 3 thuật toán Maximum Likelihood, Neighbor-Joining và Maximum Parsimony đều khẳng định chủng phân lập C79 thuộc loài Colletotrichum gloeosporioides.
  • Hoạt hóa và kiểm tra vi khuẩn: Bộ sưu tập 7 chủng vi khuẩn Bacillus (Bacillus sp. KT2, Bacillus polyfermenticus F27, Bacillus sp. TS3, Bacillus amyloliquefaciens T3, Bacillus subtilis Q111, Bacillus sp. PH3, Bacillus subtilis S29) được phục hồi thành công trên môi trường TSB/TSA, kiểm tra đại thể và vi thể khẳng định đặc trưng trực khuẩn Gram dương sinh nội bào tử.
  • Sàng lọc đối kháng và đánh giá tỷ lệ ức chế: Phương pháp nuôi cấy kép trên đĩa thạch PDA chứng minh cả 7 chủng vi khuẩn Bacillus đều thể hiện khả năng ức chế sinh trưởng rõ rệt đối với hệ sợi của nấm C. gloeosporioides C79 (tạo vùng phân cách không cho sợi nấm phát triển bình thường). Thử nghiệm dịch lọc không tế bào phối trộn môi trường PDA 2X xác nhận dịch nuôi cấy của các chủng Bacillus đều có hiệu lực kìm hãm đường kính tản nấm với tỷ lệ ức chế $I(%) > 20%$.

Kết quả và đóng góp

Khóa luận đạt được các kết quả thực nghiệm định tính và định lượng cụ thể:

  1. Phân lập từ mẫu ớt bệnh tại Đà Lạt và làm thuần thành công chủng nấm thán thư ký hiệu C79. Kết hợp quan sát hình thái học (bào tử hình trụ thắt eo, khuẩn ty có vách ngăn) và định danh sinh học phân tử vùng ITS (với mồi ITS5/ITS4, đối chiếu BLAST và thiết lập 3 dạng cây phả hệ), tác giả xác định chính xác chủng C79 là Colletotrichum gloeosporioides.
  2. Chứng minh đầy đủ tính gây bệnh của chủng C. gloeosporioides C79 thông qua thực nghiệm lây nhiễm nhân tạo trên quả ớt lành (vết bệnh hình thoi lõm sâu xuất hiện sau 4 ngày và nhũn ướt chuyển màu cam/nâu sau 10 ngày).
  3. Đánh giá sàng lọc toàn bộ 7 chủng vi khuẩn thuộc chi Bacillus trong bộ sưu tập nghiên cứu. Toàn bộ 7/7 chủng đều biểu hiện hoạt tính đối kháng trực tiếp và ức chế sinh học bằng dịch lọc tế bào đối với C. gloeosporioides C79, đạt tiêu chuẩn ức chế có ý nghĩa ($I > 20%$).
STT Tên chủng vi khuẩn Nguồn gốc / Đơn vị cung cấp Hoạt tính đối kháng trực tiếp Đánh giá ức chế bằng dịch lọc ($I > 20%$)
1 Bacillus sp. KT2 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
2 Bacillus polyfermenticus F27 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
3 Bacillus sp. TS3 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
4 Bacillus amyloliquefaciens T3 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
5 Bacillus subtilis Q111 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
6 Bacillus sp. PH3 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)
7 Bacillus subtilis S29 PTN Công nghệ vi sinh - ĐH Mở TP.HCM (+) Đối kháng Đạt ($I > 20%$)

Đóng góp học thuật và thực tiễn:

  • Khóa luận cung cấp dẫn liệu thực nghiệm có hệ thống về quy trình phân lập, kiểm chứng gây bệnh nhân tạo và định danh chính xác tác nhân gây bệnh thán thư ớt tại vùng trồng Đà Lạt (C. gloeosporioides C79).
  • Bổ sung bằng chứng khoa học khẳng định phổ đối kháng nấm bệnh của các loài Bacillus bản địa (B. subtilis, B. amyloliquefaciens, B. polyfermenticus), đặc biệt là cơ chế kháng nấm gián tiếp thông qua các hợp chất ngoại bào hòa tan trong dịch lọc nuôi cấy.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Căn cứ trên phạm vi và nội dung văn bản khóa luận:

  • Hạn chế: Toàn bộ các thử nghiệm đối kháng và đánh giá tỷ lệ ức chế vi nấm chỉ mới dừng lại ở quy mô in vitro (trên đĩa petri và môi trường thạch tổng hợp). Đề tài chưa khảo sát thành phần hóa học cụ thể hay tinh sạch các hợp chất kháng sinh ngoại bào (nhóm lipopeptide, enzyme chitinase, glucanase) có trong dịch lọc vi khuẩn. Chưa có dữ liệu thử nghiệm hiệu lực phòng trừ bệnh trên cây ớt sống trong điều kiện nhà lưới (in vivo) hoặc ngoài đồng ruộng.
  • Hướng nghiên cứu tiếp:
    1. Tiến hành phân tích, tách chiết và định danh các hợp chất thứ cấp có hoạt tính kháng nấm trong dịch lọc nuôi cấy của các chủng Bacillus có hiệu lực cao nhất.
    2. Thử nghiệm khả năng kiểm soát sinh học của vi khuẩn đối kháng trực tiếp trên cây ớt trồng trong chậu ở nhà lưới và đánh giá khả năng kích kháng toàn thân của cây trồng.
    3. Tối ưu hóa điều kiện lên men và nghiên cứu công thức phối chế tạo chế phẩm sinh học dạng bột hoặc lỏng để ứng dụng thực tế trong bảo vệ mùa màng.

Giá trị tham khảo

Tài liệu khóa luận có giá trị tham khảo chuyên môn đối với:

  • Sinh viên và học viên: Thuộc các chuyên ngành Công nghệ sinh học, Nông học, Bảo vệ thực vật, Vi sinh vật học ứng dụng đang thực hiện các đề tài nghiên cứu về kiểm soát sinh học bệnh cây.
  • Phần nội dung có giá trị tham khảo cao:
    • Quy trình phân lập, cấy đơn bào tử làm thuần và kỹ thuật gây bệnh nhân tạo vi nấm thán thư trên quả tươi để tái hiện triệu chứng bệnh học (giả thuyết Koch).
    • Giao thức định danh nấm bằng kỹ thuật sinh học phân tử sử dụng cặp mồi ITS4/ITS5 và phương pháp dựng cây phả hệ đa thuật toán.
    • Quy trình thử nghiệm đối kháng kép và kỹ thuật tách dịch lọc tế bào bằng ly tâm/màng lọc phối trộn thạch nồng độ cao (PDA 2X) để đánh giá tỷ lệ ức chế sinh học định lượng.

Câu hỏi thường gặp

1. Chủng vi nấm gây bệnh thán thư phân lập trong khóa luận được định danh là loài nào và có đặc điểm hình thái ra sao?
Chủng nấm ký hiệu C79 được định danh là Colletotrichum gloeosporioides. Đại thể khuẩn lạc trên môi trường PDA có màu trắng, xốp, rìa sợi, mặt dưới thạch có tâm vàng nhạt hơi xám với 5–7 vòng đồng tâm và tiết sắc tố vàng nhạt. Vi thể bào tử có hình trụ, hai đầu tù hoặc hơi tròn, vùng giữa có dạng thắt eo nhẹ; khuẩn ty mảnh, phân nhánh, có vách ngăn và chứa nhiều hạt giọt dầu.

2. Cặp mồi nào được tác giả sử dụng để định danh sinh học phân tử chủng nấm C79?
Tác giả sử dụng cặp mồi ITS5 (5’-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3’) và ITS4 (5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’) để khuếch đại vùng gen phiên mã bên trong (ITS1 - 5.8S - ITS2) trước khi gửi giải trình tự và phân tích BLAST trên NCBI.

3. Khóa luận thực hiện sàng lọc trên những chủng vi khuẩn Bacillus cụ thể nào?
Đề tài thử nghiệm trên bộ sưu tập 7 chủng vi khuẩn do Phòng thí nghiệm Công nghệ vi sinh (Trường Đại học Mở TP.HCM) cung cấp, bao gồm: Bacillus sp. KT2, Bacillus polyfermenticus F27, Bacillus sp. TS3, Bacillus amyloliquefaciens T3, Bacillus subtilis Q111, Bacillus sp. PH3, và Bacillus subtilis S29.

4. Khả năng ức chế vi nấm của dịch lọc vi khuẩn được đánh giá định lượng bằng tiêu chuẩn nào?
Hiệu quả ức chế được tính theo công thức phần trăm $I(%) = \frac{C - E}{C} \times 100%$ (với $C$ là đường kính tản nấm đĩa đối chứng, $E$ là đường kính tản nấm đĩa có dịch lọc vi khuẩn). Khóa luận quy định chủng vi khuẩn được xem là có giá trị kháng nấm khi đạt tỷ lệ $I > 20%$; nếu $I < 20%$ thì được coi là không có giá trị kháng nấm.

5. Phương pháp gây bệnh nhân tạo vi nấm lên quả ớt được bố trí với thông số kỹ thuật nào?
Tác giả dùng quả ớt xanh hoặc chín khỏe mạnh, khử trùng vỏ quả (bằng dung dịch NaClO 1% trong 5 phút hoặc rửa sạch), sau đó tiêm hoặc nhỏ giọt dịch huyền phù bào tử nấm đạt mật độ $10^6$ bào tử/mL, đặt mẫu trong khay có lót giấy giữ ẩm, đậy nilon kín và ủ ở 28°C; triệu chứng vết bệnh hình thoi bắt đầu xuất hiện sau 4 ngày và tiến triển lõm nhũn sau 10 ngày.


Kết luận

Khóa luận của tác giả Nguyễn Duy Thùy đã giải quyết trọn vẹn các mục tiêu nghiên cứu đề ra thông qua việc phân lập, tái khẳng định độc lực gây bệnh và định danh chính xác loài nấm thán thư Colletotrichum gloeosporioides C79 trên ớt tại Đà Lạt bằng kỹ thuật hình thái học kết hợp giải trình tự vùng gen ITS. Nghiên cứu đồng thời chứng minh cả 7 chủng vi khuẩn chi Bacillus trong bộ sưu tập khảo sát đều có khả năng đối kháng trực tiếp và ức chế sinh học có ý nghĩa ($I > 20%$) đối với sợi nấm C. gloeosporioides thông qua các hoạt chất ngoại bào hòa tan. Đây là cơ sở thực nghiệm quan trọng phục vụ công tác tuyển chọn chủng vi sinh vật hữu ích nhằm phát triển các chế phẩm sinh học phòng trừ bệnh thán thư hại cây ớt trong thực tế sản xuất nông nghiệp.