mở đầu cho cuộc cải cách Taika (Taika no Kaishin), đồng thời chấm dứt sự cai trị của người Nhật Bản ở Triều Tiên. Tinh thần của cải cách Taika được thể hiện trong bộ luật gọi là Luật lệnh dưới thời Thiên hoàng Thiên Vũ (天武, Temmu), sau này được cải tiến dưới thời Thiên hoàng Văn Vũ (文武, Mommu), cháu nội của ông. Dựa trên những thay đổi về mặt nghệ thuật, thời kỳ này có thể được chia thành hai giai đoạn: giai đoạn Asuka là giai đoạn trước và đến cuộc cải cách Taika, đó là sự xuất hiện của Phật giáo với ảnh hưởng từ Bắc Ngụy và Bách Tế, và giai đoạn Hakuho được tính từ sau cải cách Taika, là thời kỳ chịu sự ảnh hưởng của nhà Tùy và nhà Đường Trung Quốc. Tiếp nối thời Asuka, từ năm 710 đến năm 794 Nhật bước sang thời kỳ Nara.
Thiên hoàng Gemmei quyết định đặt kinh đô tại Heijo - kyo, ngày nay là tỉnh Nara. Lịch sử chứng kiến các cuộc di dời kinh đô của các Thiên hoàng, Thiên hoàng Kanmu đặt kinh đô tại Nagaoka - kyo vào năm 784, sau đó di chuyển đến Heian - kyo (平安 京, Bình An Kinh), hoặc Kyoto (京都, Kinh Đô). Heian - kyo được xây dựng theo mô hình của Trường An, là kinh đô của nhà Đường, Trung Quốc. Trong những lãnh vực khác, tầng lớp thượng lưu Nhật Bản đã lấy người Trung Quốc làm kiểu mẫu, kể cả du nhập chữ viết của Trung Quốc (Nhật Bản: kanji, 漢字, Hán tự) và Phật giáo.
Thiên hoàng có uy quyền lớn. Văn hoá thời nhà Đường của Trung Quốc được du nhập ồ ạt 21 trở thành động lực phát triển mạnh mẽ của văn hóa bản địa. Các tác phẩm như Cổ sự ký, Nihon shoki (日本書紀, Nhật Bản thư kỉ) mang tính chất chính trị nguyên thủy đã được lưu lại và ca tụng quyền tối cao của các Thiên hoàng. Thời kỳ này thơ ca, waka phát triển.
Thời kỳ từ năm 794 đến năm 1185 là thời hoàng kim cai trị của chính quyền Nhật Bản dưới thời Heian, đó là là thời kỳ Nhật Bản hội nhập hoàn toàn với nền văn hóa Trung Quốc và phát triển mạnh một nền văn hóa tao nhã. Bên cạnh đó về mặt chính trị, thiên hoàng và triều đình chính bị giới quý tộc thuộc dòng họ Fujiwara chi phối và triều đình chính khó kiểm soát công việc hành chính của các tỉnh. Vì không xây dựng được hệ thống quân sự tập quyền hiệu quả, nên chiến tranh nổi lên nhằm giành lấy quyền lực ở các tỉnh, đến thế kỷ thứ XII thì dòng họ Taira tiếm quyền ở kinh đô. Nhật Bản bước vào thời kỳ trung đại là mốc chiến tranh Genpei từ năm 1180 đến năm 1185.
Genpei là cuộc chiến giữa hai gia tộc Taira và Minamoto vào cuối thời kỳ Heian của Nhật Bản. Chiến tranh kết thúc với sự thất bại của gia tộc Taira và sự thành lập của mạc phủ Kamakura bởi Minamoto Yoritomo vào năm 1192. Minamoto no Yoritomo nắm quyền lãnh đạo bằng cách đi khắp thôn quê tập hợp đồng minh. Khởi hành từ tỉnh Izu, hướng đến đèo Hakone, ông bị nhà Taira đánh bại trong Trận Ishibashiyama.
Tuy vậy, ông cũng đến được tỉnh Kai và tỉnh Kozuke, nơi gia tộc Takeda và các gia đình bạn hữu khác giúp đẩy lui quân Taira. Trong khi đó, Taira no Kiyomori, báo thù các nhà sư ở Mii-dera và những người khác đã chết trước đó, bao vây Nara, đốt phá phần lớn thành phố. Giao tranh tiếp diễn năm sau đó, Minamoto no Yukiie đánh lén vào quân đội của Taira no Tomomori. Nhà Minamoto sẽ bị thuyết phục đồng ý đình chiến sau khi nhận được thư của Thiên hoàng.
Nhật Bản bắt đầu vào thời kỳ phong kiến từ năm 1185 đến năm 1868, được đánh dấu từ thời kỳ Kamakura kéo dài từ năm 1185 đến năm 1333, kinh tế xã hội được 22 chi phối bởi tầng lớp võ sĩ. Các lãnh chúa mong muốn sự phục vụ trung thành của các chư hầu, chư hầu sẽ được ban thưởng thái ấp và quân sự địa phương. Minamotono Yoritomo được bổ nhiệm làm Chinh di Đại tướng quân, thiết lập nên Mạc phủ ở Kamakura. Thời kỳ này nông nghiệp phát triển, thu hoạch nửa năm một lần và dân biết sử dụng sức kéo.
Giáo phái Phật giáo Jodo phát triển, phái Thiền tông xuất hiện ở Nhật. Gia đình Hojo trở thành các quan nhiếp chính trong chế độ Mạc phủ sau khi Yoritomo. Dòng dõi Minamoto của Yoritomo kết thúc quyền cai trị, riêng gia đình Hojo vẫn tiếp tục làm các quan nhiếp chính, kiểm soát tất cả các Thiên hoàng và các Chinh di Đại tướng quân. Nhật Bản bước vào giai đoạn bị quân Mông Cổ hai lần tấn công vào năm 1272 và năm 1281, nhân dân Nhật Bản cùng nhau đoàn kết để bảo vệ lãnh thổ.
Lần thứ nhất, quân Mông Cổ đổ bộ lên bờ đều bị đánh bại nhờ vào sự dũng cảm của tầng lớp võ sĩ, và sự vững chãi của các thành trì duyên hải, thuận lợi của thời tiết. Lần thứ hai, khi các thành trì đã có thể bị quân Mông chọc thủng, hạm đội hùng mạnh của quân Mông Cổ trên biển lại bị trận bão cực lớn đánh chìm, kết thúc chiến tranh xâm lược của quân Mông. Người Nhật sau tôn kính gọi trận bão này là Thần Phong (kamikaze) và khắc ghi mãi mãi vào lịch sử để tri ân. Cho đến đầu thế kỷ XIV, Mạc phủ Kamakura của gia tộc Hojo đang ở trong tình thế lộn xộn, những nỗ lực để chống lại những cuộc xâm lược của Đế quốc Mông Cổ trong các năm 1274 và 1281 rất tốn kém, và Tướng quân không thể ban thưởng cho người đứng đầu các tỉnh đã tập hợp lại dưới trướng ông.
Năm 1318 Thiên hoàng Hậu Đề Hồ lên ngôi, sau đó phải thoái vị dưới sức ép của chi trưởng vì quyết tâm lật đổ Mạc phủ. Năm 1333, Mạc phủ bị tiêu diệt khi Ashikaga Takauji thuộc gia đình Ashikaga trong bộ máy chính trị quay lưng lại với họ. Thiên hoàng Hậu Đề Hồ từ chối bổ nhiệm Ashikaga Takauji làm Chinh di Đại tướng quân, năm 1336 ông giao tranh với Ashikaga Takauji. Thiên hoàng Hậu Đề Hồ chạy 23 về phương Nam, từ Kyoto đến Yoshino, trong khi Takauji thiết lập một Mạc phủ mới tại kinh đô Kyoto, gọi là Mạc phủ Muromachi, đánh bại những người trung thành còn lại trong trận đánh gần Kobe, và đưa một Thiên hoàng bù nhìn lên ngôi.
Điều này mở đầu cho sự phân ly của hai phái tranh giành quyền lực trong Hoàng gia kéo dài cho đến năm 1392. Gia tộc Ashikaga của Takauji nắm quyền Tướng quân trong suốt thời Muromachi. Thời kỳ Muromachi là quyền cai trị thuộc về nhà Ashikaga từ năm 1336 đến năm 1573, gọi theo tên quận Muromachi thuộc Kyoto, nơi mà tướng quân Ashikaga Yoshimitsu xây dựng dinh thự của mình vào năm 1378. Sự khác nhau giữa Mạc phủ Ashikaga và Kamakura là, trong khi Kamakura tồn tại trong thế cân bằng với triều đình Kyōto, Ashikaga tước đoạt mọi quyền lực còn lại của triều đình.
Mạc phủ Ashikaga không mạnh như Kamakura vì đã và đang lo ngại lớn vì cuộc nội chiến. Dù thành công trong nỗ lực chống quân Nguyên Mông nhưng sau hậu chiến tranh đất nước có những khó khăn và phân rã, lòng dân ly tán, triều đình nhiều phe phái. Bắc triều do Ashikaga Takauji thành lập ở Kyoto. Nam triều do Thiên hoàng Hậu Đề Hồ cai trị đầu tiên ở Yoshino hay gọi là Nara.
Giữa hai triều đình liên tục đánh nhau nhằm duy trì và củng cố quyền lực. Tướng quân Ashikaga Yoshimitsucho phép các đốc quân, có quyền lực bị giới hạn dưới thời Kamakura, trở thành người chủ mạnh nhất vùng và được gọi là daimyo (大名, đại danh, lãnh chúa). Yoshimitsu cuối cùng thành công trong việc thống nhất Bắc Triều và Nam Triều năm 1392. Bắc triều vẫn kiểm soát ngôi báu thời gian sau.
Dòng họ của các Tướng quân yếu dần và ngày càng mất quyền lực về tay các daimyo và những người có quyền lực ở địa phương. Quyết định của Shogun về việc kế vị ngôi vua trở nên vô nghĩa, và các daimyo đứng đằng sau ứng cử viên của mình. Thời đó, gia đình Ashikaga có vấn đề kế vị của riêng mình, cuối cùng dẫn đến 24 cuộc loạn Onin từ năm 1467 đến 1477, tàn phá Kyoto và thực sự đã chấm dứt quyền lực quốc gia của Mạc phủ. Cuối thời Muromachi năm 1543, người châu Âu xuất hiện là người Bồ Đào Nha đổ bộ lên phía Nam đảo Kyushyu và trong vòng hai năm tiến hành các chuyến cập cảng đều đặn giao thương buôn bán.
Năm 1587 người Tây Ban Nha, người Hà Lan năm 1609 tiếp tục đến Nhật với các mặt hàng hóa là hỏa khí, vải, đồ thủy tinh, đồng hồ, thuốc lá trao đổi lấy vàng và bạc. Kinh tế Nhật phát triển mạnh qua con đường buôn bán trên biển. Phía Nam nhờ trao đổi hàng hóa hải thương vùng Kyushyu phát triển mạnh về kinh tế, quân sự, nên chiến tranh giữa các tỉnh giành quyền lực trở nên khốc liệt hơn với việc dùng hỏa khí, đại bác tân tiến. Từ giữa thế kỷ XV đến giữa thế kỷ XVI là thời kỳ Chiến quốc của Nhật.
Đó là thời kỳ của các chuyển biến xã hội, mưu mô chính trị với những cuộc xung đột quân sự liên tục nổ ra. Khi thương mại phát triển, thị trường Trung Quốc được giao thương buôn bán, nên việc sử dụng tiền trở nên phổ biến. Nhật cùng với sự phát triển của nông nghiệp và thương nghiệp quy mô nhỏ, dẫn đến tham vọng về quyền tự trị địa phương. Vào đầu thế kỷ XV, Nhật Bản đối mặt với các thảm họa thiên nhiên như động đất và nạn đói, những cuộc nổi dậy của nông dân khi họ đã bị vắt kiệt sức vì các khoản nợ và thuế khóa.
Thời kỳ Chiến quốc bao gồm nhiều thời đại nhỏ của sự tách biệt và sáp nhập, loạn Onin là cuộc chiến bắt nguồn từ sự nghèo khổ và chính thức nổ ra vì tranh cãi về việc kế thừa ngôi Tướng quân. Khắp Nhật Bản, các lãnh chúa đều chiêu mộ võ sĩ, xây dựng lực lượng riêng và đánh chiếm lẫn nhau. Ngay cả các tổ chức tôn giáo có những tín đồ sẵn sàng tử vì đạo cũng nổi dậy chiêu mộ nông dân, và chiến đấu giành quyền lực với các lãnh chúa. Sau những cuộc nội chiến Nhật bước vào thời kỳ Azuchi-Momoyama từ năm 1573 đến năm 1603 gọi là thời kỳ thống nhất đất nước.
Oda Nobunaga và Toyotomi 25 Hideyoshi là hai nhà quân sự lỗi lạc có công đầu. Oda Nobunaga trục xuất Chinh di Đại tướng quân cuối cùng của gia tộc Ashikaga và thành công trong việc thống nhất một khu vực quan trọng của đất nước. Sau khi ông chết do bị phản bội, công việc của ông được người tùy tùng trung thành tên là Toyotomi Hideyoshi kế nghiệp và hoàn thành.