Đặt vấn đề Trực trùng mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa) là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây nhiễm khuẩn bệnh viện. Chúng gây nên những bệnh lí với nhiều mức độ khác nhau như viêm phổi, nhiễm khuẩn vết thương, nhiễm khuẩn huyết nặng với tỉ lệ tử vong khá cao. Tỉ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện do trực trùng mủ xanh (P. aeruginosa) đã tăng dần trong những năm gần đây trên thế giới và cả Việt Nam.
Cùng với sự gia tăng về tỉ lệ nhiễm khuẩn khả năng kháng kháng sinh cũng tăng cao. Theo báo cáo của CDC ước tính rằng mỗi năm ở Hoa Kì có hơn hai triệu người mắc bệnh với bệnh nhiễm trùng kháng thuốc kháng sinh thì có ít nhất 23.000 người chết và có khoảng 51.000 ca nhiễm bệnh liên quan đến P. Trong các ca nhiễm bệnh liên quan đến P. aeruginosa có hơn 6000 (13%) là đa kháng thuốc, với khoảng 400 ca tử vong do nhiễm trùng (Fatima A.
Theo kết quả một nghiên cứu khác (2013), trong 112 mẫu P. aeruginosa phân lập được từ bệnh nhân điều trị bỏng tại một bệnh viện năm 2012 cho thấy tỷ lệ kháng tương đối cao như Gentamicine (59,6%), Piperacillin (36,8%) và Ciprofloxaxin (33,3%) (Joseph N. Ở Việt Nam, một nghiên cứu ở 36 bệnh viện các tỉnh phía Bắc từ Trung Ương đến địa phương trong năm 2006 – 2007 đã công bố có tới 7,8% bệnh nhân mắc nhiễm trùng bệnh viện (HAIs). Có 3 loại nhiễm khuẩn bệnh viện chính gồm viêm phổi, nhiễm khuẩn vết mổ và nhiễm khuẩn tiêu hóa trong đó P.
aeruginosa là nguyên nhân chính (chiếm 31,5%) (Nguyễn Văn Hùng và cs, 2008) [8]. Theo kết quả nghiên cứu từ 4 bệnh viện tại Hà Nội: Việt Đức, 2 Xanh Pôn, Bệnh viện 108 và Bệnh viện 103 từ năm 2005 – 2008 cho thấy P. aeruginosa phân lập từ các bệnh phẩm đề kháng rất cao với các loại kháng sinh như Tetracycline (92,1%), Ceftriaxone (58,5%) và Gentamicin (54%) (Bùi Khắc Hậu và cs, 2008) [6]. Tình hình đề kháng đa kháng sinh của P.
aeruginosa được ghi nhận trong những nghiên cứu trên cho thấy sự gia tăng về tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện do P. aeruginosa cũng như khả năng kháng lại kháng sinh của vi khuẩn này gây nên, làm tăng tỉ lệ bệnh tật, tăng tỉ lệ tử vong và tăng chi phí điều trị. aeruginosa kháng thuốc phương pháp thường được sử dụng hiện nay là nuôi cấy trên môi trường thạch kết hợp với các thử nghiệm hóa sinh và làm kháng sinh đồ. Đây là phương pháp phức tạp và tốn nhiều thời gian, chậm cho kết quả (4 - 6 ngày).
Sự phát hiện chậm P. aeruginosa kháng thuốc là một trong những nguyên nhân làm chậm hướng điều trị và góp phần làm giúp cho những tác nhân gây bệnh này có cơ hội lây lan trong cộng đồng, ảnh hưởng đến sức khỏe của nhiều người. Với sự phát triển của sinh học phân tử, các vùng gene đặc hiệu cho tính kháng thuốc của các loài vi sinh vật đã được hiểu biết ngày càng đầy đủ. Nhờ đó, nhiều kỹ thuật sinh học phân tử đã được ứng dụng trong việc phát hiện nhanh và đồng thời nhiều tác nhân gây bệnh trong mẫu phân tích dựa trên các dấu hiệu phân tử mang tính đặc hiệu.
Các kỹ thuật này bao gồm kỹ thuật PCR, ELISA, DNA arrays… PCR là kỹ thuật cho phép phát hiện tác nhân gây bệnh kháng thuốc chỉ trong một phép phân tích. Đây là kỹ thuật đơn giản, không yêu cầu thiết bị phức tạp nên rất thuận lợi trong việc áp dụng thực tiễn chẩn đoán. Xuất phát từ thực tiễn đời sống, trên cơ sở căn cứ vào năng lực nghiên cứu của Khoa CNSH và CNTP - Đại học Nông Lâm Thái Nguyên - Đại học Thái Nguyên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Bƣớc đầu nghiên cứu 3 phƣơng pháp phát hiện nhanh trực trùng mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa) kháng thuốc kháng sinh nhóm β-lactam bằng kỹ thuật PCR”. Trong khuôn khổ khóa luận này, chúng tôi chỉ tiến hành khảo sát mức độ kháng thuốc kháng sinh của Pseudomonas aeruginosa tại các bệnh nhân điều trị tại Bệnh viện Đa khoa Thái Nguyên trong thời gian từ tháng 12 năm 2014 đến tháng 5 năm 2015 và bước đầu nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật PCR trong phát hiện nhanh vi khuẩn này kháng các thuốc kháng sinh thuộc nhóm β- lactam.
Mục tiêu và yêu cầu của đề tài - Mục tiêu của đề tài Bước đầu nghiên cứu được phương pháp phát hiện nhanh trực trùng mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa) kháng thuốc bằng kỹ thuật PCR. - Yêu cầu của đề tài + Khảo sát được tỷ lệ nhiễm vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc trên bệnh nhân điều trị tại Bệnh viện Đa khoa Trung Ương Thái Nguyên. + Phân lập được vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc. + Bước đầu nghiên cứu được phương pháp phát hiện nhanh Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc bằng kỹ thuật PCR.
Ý nghĩa của đề tài - Ý nghĩa trong khoa học Bước đầu xây dựng thành công một kỹ thuật PCR phát hiện Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc. - Ý nghĩa trong thực tiễn + Phục vụ công tác điều trị, khám chữa bệnh. Tạo tiền đề cho việc xây dựng bộ kit chẩn đoán nhanh Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc dựa trên kỹ thuật PCR. 4 + Kết quả nghiên cứu cung cấp góp phần bổ sung các phương pháp chẩn đoán nhanh và đặc hiệu Pseudomonas aeruginosa kháng thuốc, phục vụ cho việc bảo vệ sức khỏe cộng đồng.
5 Phần 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2. Tổng quan về trực trùng mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa) 2. Lịch sử nghiên cứu trực trùng mủ xanh (Pseudomonas aeruginosa) Năm 1872, P. aeruginosa được Schroeter mô tả lần đầu tiên với tên gọi là Bacterium aeruginosa (Lê Huy Chính và cs, 2001) [3].
Năm 1900, Migula đã nghiên cứu và phân loại vi khuẩn này vào chi Pseudomonas; từ đó vi khuẩn này mang tên Pseudomonas aeruginosa (Lê Huy Chính và cs, 2001) [3]. Nghiên cứu nhiễm khuẩn huyết bỏng do P. aeruginosa gây ra tại Viện Bỏng Quốc gia (6/1996 - 12/1998) đã cho thấy P. aeruginosa là vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết bỏng hàng đầu (chiếm khoảng 66,7%) (Nguyễn Quốc Định và cs, 1999) [4].
Năm 2003, theo kết quả giám sát của Bộ y tế về các vi khuẩn gây bệnh thường gặp ở Việt Nam thì P. aeruginosa là vi khuẩn đứng đầu trong số các vi khuẩn đó chiếm tỷ lệ 22,3% (Lê Đăng Hà và cs, 2003) [5]. Lê Thu Hồng, Hoàng Ngọc Hiện (bộ môn vi sinh - Học viện quân y) đã nghiên cứu chế tạo huyết thanh kháng P. aeruginosa đa giá, tinh chế và đánh giá hiệu quả điều trị tại chỗ của chế phẩm trên động vật và bệnh nhân bỏng (Lê Thu Hồng và cs, 2002) [7].
Nghiên cứu tình hình kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh phân lập tại bệnh viện Thống Nhất (8/2002 - 8/2005) của Hoàng Kim Tuyến và cộng sự đã chứng minh được P. aeruginosa là nguyên nhân hàng đầu gây viêm phổi tại bệnh viện với tỷ lệ kháng thuốc khá cao (>60%) (Hoàng Kim Tuyến và cs, 2006) [13]. Đặc điểm sinh học - Hình thái và cấu tạo Trực khuẩn Gram âm, hình que, thẳng, hơi cong, hai đầu tròn, kích thước 0.5 - 1μm x 1 - 5 μm, đứng một mình hay thành đôi hoặc kết hợp thành chuỗi ngắn. Di động nhờ tiên mao đơn cực, ít khi có vỏ, không sinh bào tử (Balcht và cs, 1994) [18].
- Cấu trúc tế bào + Vỏ Polysaccharide Pseudomonas aeruginosa tiết ra chất nhầy có cấu tạo là polysaccharide gồm nhiều tiểu phần mannuronic acid và glucuronic acid hay còn được gọi là alginate. Các dạng alginate này kết hợp với nhau tạo thành dạng cấu trúc biofilm giúp bảo vệ che chở vi khuẩn tồn tại được trong môi trường tự nhiên cũng như tránh được hệ miễn dịch của cơ thể vật chủ. + Màng sinh chất: Hầu hết các chủng P. aeruginosa có khả năng tổng hợp một loại protein trên bề mặt màng sinh chất (pr F).
Protein F vận chuyển có chọn lọc các chất qua lại màng trong giới hạn khoảng 500Da. Vì vậy, nó làm giảm tính thấm của màng, ngăn không cho các chất có hại đi vào bên trong tế bào giúp cho P. aeruginosa có khả năng đề kháng cao với nhiều loại kháng sinh (Mutharia L. + Tiên mao: Pseudomonas aeruginosa có một tiên mao duy nhất ở một cực, tiên mao giúp cho vi khuẩn di động.
Về cấu tạo hoá học, tiên mao được cấu tạo bởi các protein gọi là Flagellin. Các Flagellin mang tính chất kháng nguyên gọi là kháng nguyên lông H. + Tiêm mao: 7 Là những sợi lông rất mảnh, dài khoảng 6nm, mọc quanh bề mặt tế bào. Có vai trò giúp cho vi khuẩn bám vào môi trường lỏng hay bề mặt biểu mô của tế bào vật chủ trong quá trình lây nhiễm.
+ Nhân: Vật chất di truyền của P. aeruginosa là một phân tử DNA trần, dạng vòng tồn tại trong nguyên sinh chất. Kích thước DNA từ 5,2 - 7 triệu cặp base chứa khoảng 65% là (Guanine + Cytosine). aeruginosa cũng có chứa vật chất di truyền ngoài nhân đó là các plasmid.
Các plasmid chứa các đoạn gene như TEM, OXA, PSE mã hóa sinh ra enzyme β-lactamase làm phá huỷ vòng β-lactam của chất kháng sinh dẫn tới P. aeruginosa kháng lại với hầu hết các kháng sinh thuộc nhóm này. Do vậy mà rất khó khăn trong việc lựa chọn thuốc điều trị nhiễm khuẩn do P. aeruginosa gây ra.
- Tính chất nuôi cấy Trực trùng mủ xanh (P. aeruginosa) mọc dễ dàng trên các môi trường nuôi cấy thông thường, hiếu khí như thạch dinh dưỡng, thạch máu, canh thang nhưng thích hợp nhất là môi trường SS (shigella salmonella). Nhiệt độ thích hợp 37oC nhưng phát triển được ở nhiệt đố 5 - 42oC, pH thích hợp 7,2 - 7,5 nhưng phát triển được ở pH 4,5 - 9,0 (Đái Duy Ban và cs, 2009) [1]. Trên môi trường đặc: Có thể gặp 2 loại khuẩn lạc: một loại to, nhẵn, dẹt, trung tâm hơi lồi (khuẩn lạc S).
Một loại xù xì bờ không đều (khuẩn lạc R), đôi khi có loại khuẩn lạc nhầy. Trên môi trường thạch máu đa số gây tan máu. Trong các nuôi cấy từ bệnh phẩm thường gặp loại khuẩn lạc thứ nhất. Trong các nuôi cấy từ môi trường thường gặp loại khuẩn lạc thứ hai.
Trong môi trường lỏng vi khuẩn mọc thành váng ở trên. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nƣớc 2. Tình hình kháng thuốc của Pseudomonas aeruginosa trên thế giới Lateef A. (2005), khảo sát tính kháng thuốc của vi khuẩn trên các mẫu bệnh phẩm, thực phẩm, nước uống cho thấy: P.
aeruginosa được tìm thấy trong các mẫu bệnh phẩm, dược phẩm, đất bị nhiễm dầu, nước (nước sông, nước giếng và nước máy). aeruginosa phân lập từ đất đề kháng với 5 loại kháng sinh. Trong bệnh phẩm, 7,69% đề kháng 6 loại kháng sinh, 30,77% đề kháng 7 loại kháng sinh, 23,1% đề kháng với 8 loại kháng sinh (ampicillin, chloramphenicol, cloxacillin, erythromycin, penicillin, tetracycline, streptomycin, gentamicin).