Luận án tiến sĩ: Đặc điểm vi sinh của Escherichia coli sinh beta-lactamase phổ mở rộng ở người khỏe mạnh tại huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình

• Tác giả: Khổng Thị Điệp
• Người hướng dẫn: PGS.TS Hoàng Thị Thu Hà
• Trường học: Trường Đại học Y Dược Thái Bình
• Chuyên ngành: Vi sinh y học
• Đề tài: Nghiên cứu đặc điểm vi sinh của E. coli sinh beta-lactamase ở người khỏe mạnh tại Vũ Thư, Thái Bình
• Loại tài liệu: luận án
• Năm xuất bản: 2020
• Địa điểm: Thái Bình

• LỜI CẢM ƠN
• LỜI CAM ĐOAN
• MỤC LỤC
• DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH MỤC CÁC BẢNG
• DANH MỤC CÁC HÌNH
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 1.1. Tình hình nhiễm và kháng kháng sinh của E. coli sinh β-lactamase phổ mở rộng ở người
• 1.1.1. Tình hình nhiễm E. coli sinh β-lactamase phổ mở rộng ở người
• 1.1.1.1. Trên thế giới
• 1.1.1.1.a. Trong bệnh viện
• 1.2. Một số đặc điểm và phương pháp nghiên cứu E. coli sinh ESBL
• 1.2.1. Đặc điểm sinh học
• 1.2.2. Đặc điểm và sự lưu hành các ESBL và các gen mã hóa sinh ESBL
• 1.2.3. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài (phylogenetic group)
• 1.2.4. Đặc điểm gây bệnh của vi khuẩn E. coli trên người
• 1.2.5. Khả năng lan truyền vi khuẩn E. coli sinh ESBL
• 1.2.6. Các phương pháp nghiên cứu E. coli sinh ESBL
• 2. CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu
• 2.1.1. Địa điểm nghiên cứu
• 2.1.2. Thời gian nghiên cứu
• 2.1.3. Đối tượng nghiên cứu
• 2.2. Phương pháp nghiên cứu
• 2.2.1. Thiết kế nghiên cứu
• 2.2.2. Phương pháp chọn mẫu và tính cỡ mẫu
• 2.2.3. Các biến số và chỉ số nghiên cứu
• 2.3. Vật liệu nghiên cứu
• 2.4. Các kỹ thuật áp dụng trong nghiên cứu
• 2.4.1. Kỹ thuật lấy mẫu phân
• 2.4.2. Kỹ thuật nuôi cấy, phân lập E. coli từ mẫu phân
• 2.4.3. Kỹ thuật định danh vi khuẩn E.
• 2.4.4. Kỹ thuật xác định kiểu hình ESBL của các chủng E.
• 2.4.5. Kỹ thuật xác định đặc điểm kháng kháng sinh của E. coli sinh ESBL
• 2.4.6. Kỹ thuật xác định gen mã hóa sinh ESBL của E. coli sinh ESBL
• 2.4.7. Kỹ thuật xác định gen mcr-1 kháng colistin của E. coli sinh ESBL
• 2.4.8. Kỹ thuật xác định đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL
• 2.4.9. Kỹ thuật xác định gen độc lực của vi khuẩn E. coli sinh ESBL
• 2.4.10. Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE
• 2.4.11. Kỹ thuật xác định các loại plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL
• 2.4.12. Xác định vị trí các gen mã hóa sinh ESBL bằng phương pháp Southern Blot
• 2.4.13. Đánh giá khả năng truyền các gen mã hóa sinh ESBL của các chủng E. coli sinh ESBL trong mô hình phòng thí nghiệm bằng phương pháp tiếp hợp
• 2.5. Phương pháp xử lý số liệu
• 2.6. Biện pháp khống chế sai số
• 2.7. Đạo đức nghiên cứu
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
• 3.1. Sự lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân người khỏe mạnh tại cộng đồng nông thôn tỉnh Thái Bình
• 3.1.1. Đặc điểm của đối tượng xét nghiệm
• 3.1.2. Sự lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân người khỏe mạnh
• 3.1.3. Đặc điểm sinh học của các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.4. Đặc điểm sinh vật, hóa học của các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.5. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.6. Đặc điểm các gen mã hóa sinh ESBL ở các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.7. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.8. Đặc điểm các gen độc lực trong các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.9. Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E. coli sinh ESBL
• 3.1.10. Phân tích đặc điểm plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4. CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN
• 4.1. Sự lưu hành của vi khuẩn E. coli sinh ESBL trong mẫu phân người khỏe mạnh tại cộng đồng nông thôn tỉnh Thái Bình
• 4.1.1. Đặc điểm của đối tượng xét nghiệm
• 4.1.2. Sự lưu hành của E. coli sinh ESBL trong mẫu phân người khỏe mạnh
• 4.1.3. Đặc điểm sinh học của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.4. Đặc điểm sinh vật, hóa học của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.5. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.6. Đặc điểm các gen mã hóa sinh ESBL ở các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.7. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.8. Đặc điểm các gen độc lực của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.9. Mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.10. Phân tích đặc điểm plasmid của các chủng E. coli sinh ESBL
• 4.1.11. Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp theo
• DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC

I. Giới thiệu và mục tiêu nghiên cứu

Nghiên cứu tập trung vào đặc điểm vi sinh của E. coli sinh beta-lactamase (ESBL) ở người khỏe mạnh tại Vũ Thư, Thái Bình. Mục tiêu chính là xác định sự lưu hành và đặc điểm sinh học của các chủng E. coli sinh ESBL trong cộng đồng. Nghiên cứu này nhằm cung cấp cơ sở khoa học cho việc giám sát và phòng ngừa sự lây lan của vi khuẩn kháng kháng sinh.

1.1. Bối cảnh và tầm quan trọng

E. coli là vi khuẩn phổ biến trong đường ruột, nhưng cũng là tác nhân gây bệnh quan trọng. Beta-lactamase là enzyme giúp vi khuẩn kháng lại các kháng sinh nhóm beta-lactam. Sự xuất hiện của E. coli sinh ESBL trong cộng đồng là mối đe dọa lớn đối với sức khỏe cộng đồng, đặc biệt là ở các khu vực nông thôn như Vũ Thư, Thái Bình.

1.2. Mục tiêu cụ thể

Nghiên cứu nhằm xác định tỷ lệ lưu hành của E. coli sinh ESBL và phân tích các đặc điểm sinh học của chúng, bao gồm khả năng kháng kháng sinh, gen mã hóa ESBL, và đặc điểm phân nhóm phát sinh loài.

II. Phương pháp nghiên cứu

Nghiên cứu sử dụng phương pháp lấy mẫu phân từ người khỏe mạnh tại Vũ Thư, Thái Bình. Các mẫu được nuôi cấy, phân lập và xác định E. coli sinh ESBL thông qua các kỹ thuật vi sinh và phân tử. Các đặc điểm kháng kháng sinh và gen mã hóa ESBL được phân tích chi tiết.

2.1. Đối tượng và địa điểm nghiên cứu

Nghiên cứu được thực hiện trên người khỏe mạnh tại Vũ Thư, Thái Bình. Đây là khu vực nông thôn, nơi có nguy cơ cao về sự lây lan của vi khuẩn kháng kháng sinh do điều kiện vệ sinh và sử dụng kháng sinh không hợp lý.

2.2. Kỹ thuật phân tích

Các kỹ thuật bao gồm nuôi cấy, phân lập E. coli, xác định kiểu hình ESBL, và phân tích gen mã hóa ESBL bằng PCR. Ngoài ra, nghiên cứu còn sử dụng kỹ thuật PFGE để phân tích mối liên hệ kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn.

III. Kết quả nghiên cứu

Kết quả cho thấy tỷ lệ lưu hành của E. coli sinh ESBL trong cộng đồng là đáng kể. Các chủng vi khuẩn này có khả năng kháng đa kháng sinh và mang nhiều gen mã hóa ESBL. Đặc điểm phân nhóm phát sinh loài cho thấy sự đa dạng di truyền của các chủng E. coli.

3.1. Tỷ lệ lưu hành

Tỷ lệ E. coli sinh ESBL trong mẫu phân của người khỏe mạnh tại Vũ Thư, Thái Bình là cao, phản ánh sự phổ biến của vi khuẩn kháng kháng sinh trong cộng đồng.

3.2. Đặc điểm kháng kháng sinh

Các chủng E. coli sinh ESBL kháng lại nhiều loại kháng sinh, bao gồm cephalosporin thế hệ ba và các kháng sinh phổ rộng khác. Điều này làm tăng nguy cơ điều trị thất bại trong các bệnh nhiễm khuẩn.

3.3. Đặc điểm gen mã hóa ESBL

Các gen mã hóa ESBL như blaCTX-M, blaTEM, và blaSHV được phát hiện phổ biến trong các chủng E. coli. Điều này cho thấy sự lan truyền rộng rãi của các gen kháng kháng sinh trong cộng đồng.

IV. Bàn luận và kết luận

Nghiên cứu này cung cấp cái nhìn toàn diện về sự lưu hành và đặc điểm của E. coli sinh ESBL trong cộng đồng Vũ Thư, Thái Bình. Kết quả nhấn mạnh sự cần thiết của việc giám sát và kiểm soát vi khuẩn kháng kháng sinh tại cộng đồng, đặc biệt là ở các khu vực nông thôn.

4.1. Ý nghĩa thực tiễn

Nghiên cứu này có ý nghĩa quan trọng trong việc thiết lập các chính sách giám sát và phòng ngừa sự lây lan của vi khuẩn kháng kháng sinh. Đồng thời, nó cung cấp dữ liệu quan trọng cho các nghiên cứu tiếp theo về vi sinh lâm sàng và kháng sinh.

4.2. Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp theo

Nghiên cứu này chỉ tập trung vào một khu vực cụ thể, do đó cần mở rộng phạm vi nghiên cứu để có cái nhìn tổng thể hơn. Các nghiên cứu tiếp theo nên tập trung vào cơ chế lan truyền gen kháng kháng sinh và các biện pháp can thiệp hiệu quả.