UNIVERSITE NATIONALE DU VIETNAM, HANOI INSTITUT FRANCOPHONE INTERNATIONAL PINON Pierre-Antoine INFLUENCE DE LA MOBILITE QUOTIDIENNE SUR LA PROPAGATION DE LA DENGUE: DEVELOPPEMENT D'UN MODELE URBAIN INTEGRE A BASE D’AGENTS ẢNH HƯỞNG CỦA DI CHUYỂN HÀNG NGÀY TỚI VIỆC LAN TRUYỀN BỆNH SỐT XUẤT HUYẾT: PHÁT TRIỂN MỘT MÔ HÌNH ĐÔ THỊ TRÊN NỀN HỆ ĐA TÁC TỬ MEMOIRE DE FIN D’ETUDES DU MASTER INFORMATIQUE HANOI – 2015 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com UNIVERSITE NATIONALE DU VIETNAM, HANOI INSTITUT FRANCOPHONE INTERNATIONAL PINON Pierre-Antoine INFLUENCE DE LA MOBILITE QUOTIDIENNE SUR LA PROPAGATION DE LA DENGUE: DEVELOPPEMENT D'UN MODELE URBAIN INTEGRE A BASE D’AGENTS ẢNH HƯỞNG CỦA DI CHUYỂN HÀNG NGÀY TỚI VIỆC LAN TRUYỀN BỆNH SỐT XUẤT HUYẾT: PHÁT TRIỂN MỘT MÔ HÌNH ĐÔ THỊ TRÊN NỀN HỆ ĐA TÁC TỬ Spécialité: Systèmes Intelligents et Multimédia Code: Programme pilote MEMOIRE DE FIN D’ETUDES DU MASTER INFORMATIQUE Sous la direction de: Dr Alexis DROGOUL, Directeur de recherche Dr Nicolas MARILLEAU, Ingénieur de recherche Lu et validé, bon pour la soutenance HANOI - 2015 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ATTESTATION SUR L’HONNEUR J’atteste sur l’honneur que ce mémoire a été réalisé par moi-même et que les données et les résultats qui y sont présentés sont exacts et n’ont jamais été publiés ailleurs. La source des informations citées dans ce mémoire a été bien précisée. LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả nêu trong Luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác.
Các thông tin trích dẫn trong Luận văn đã được chỉ rõ nguồn gốc. Signature de l’étudiant PINON Pierre-Antoine TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com REMERCIEMENTS Je tiens à exprimer toute ma reconnaissance à M. Alexis Drogoul, directeur de recherche à l’IRD UMMISCO/UPMC, qui m'a proposé cette offre de stage, et je le remercie pour l'encadrement sans faille, le suivi qu’il ma apporté à mon stage, les conseils, les discussions et réunions que nous avons pu avoir tout au long de la réalisation de ce stage, aussi pour l’inspiration, et pour le temps qu’il a bien voulu me consacrer. Je tiens à remercier toute l’équipe pédagogique de l’Institut de la Francophonie pour l’Informatique (IFI) de Hanoï, Vietnam et les intervenants professionnels responsables de la formation en master de recherche en informatique, pour avoir assuré la partie théorique de celle-ci.
Mes sincères remerciements s’adressent aussi à l’ensemble de l’équipe du projet PICURS, Mlle Julie Blot, Post-Doctorante en géographie, M. Frédérick Gay, Spécialiste en statistique et M. Bernard Gazelles, Spécialiste en épidémiologie, pour les données épidémiologiques qu’il m'a apportées. Je remercie l’ensemble du personnel "ICTLab" de l'Université des Sciences et Techniques de Hanoi, pour son accueil très chaleureux et pour les conditions de travail optimales.
Je souhaite remercier toutes les personnes qui m'ont aidé et soutenu durant toute la période du stage, en particulier à M. Truong Chi Quang, qui m'a aidé à la création des données shapefiles, à Huynh Quang Nghi, qui m'a aidé à la mise en place de la plateforme ainsi que Duc An Vo, développeur du plug-in Gen* sous GAMA, qui m'a aidé à comprendre et à implémenter ce plug-in dans le modèle. Egalement, je remercie les personnes qui m'ont accueillie lors de ma mission à Can Tho, Minh Thu, Van Pham Dang Tri et Nguyen Hieu Trung. Enfin, j’adresse mes plus sincères remerciements à ma famille, qui m’a toujours soutenue et encouragé au cours de la réalisation de mes études et de ce mémoire.
Merci à toutes et à tous. Page 1 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com RESUME La maladie de dengue est une maladie virale transmis par les moustiques Aedes aegypti à l’homme. Cette maladie se propage géographiquement très vite si certaines mesures ne sont pas prises au moment opportun. La vitesse de propagation d’épidémies de dengue dépend fortement des différents facteurs tels que les facteurs climatiques, les facteurs démographiques, et les facteurs hydrologiques.
Mise à part ces trois facteurs, la mobilité de la population est aussi un facteur non négligeable lors de la propagation d’épidémies de dengue vis à vis des risques sanitaires. Dans ce travail, nous essayons de comprendre les liens qui pourraient exister entre la mobilité de la population et la propagation d’épidémies de dengue. Nous avons construit un modèle à base d’agents couplé à un modèle mathématique permettant de simuler la propagation d’épidémies de dengue au niveau microscopique. Notre modèle s’appuie sur les données réelles d’une grande ville à risques : Can Tho (Vietnam).
Nous avons constaté lors des expérimentations que plus les individus se déplacent, plus la maladie s’étend très vite. Ce qui nous permet de dire que la mobilité de la population a un impact direct sur le ralentissement ou l’accélération de la vitesse de propagation d’épidémies de dengue. Nous avons constaté aussi que l’aménagement du territoire a un effet sur la propagation d’épidémies de dengue. Egalement, nous avons constaté que le changement climatique a un impact direct sur la reproduction des moustiques, ce qui favorise ou pénalise la propagation d’épidémies de dengue dans une courte durée.
Notre modèle pourrait aider les décideurs à comprendre le rôle de la mobilité de la population face à la propagation d’épidémies de dengue. Page 2 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ABSTRACT The dengue disease is a viral disease transmitted by Aedes aegypti mosquitoes to humans. This disease is spread geographically very quickly if some measures are not taken at the right time. The speed of propagation of epidemics of dengue is highly dependent on various factors such as climatic factors, demographic factors, and hydrology factors.
Aside from these three factors, the mobility of the population is also a significant factor in the spread of dengue epidemics. In this work, we try to understand the relationships that may exist between the mobility of the population and spread of dengue epidemics overlooked health risks. We built an agent based model coupled with a mathematical model to simulate the spread of dengue epidemics at the microscopic level. Our model is based on the actual data of the population of the a citie at risk : Can Tho (Vietnam).
We found in experiments that more individuals move, more the disease spreads very quickly. This allows us to say that the mobility of the population has a direct impact on slowing or accelerating the rate of spread of dengue epidemics. We also found that land has an effect on the spread of dengue epidemics. Also, we found that climate change has a direct impact on the reproduction of mosquitoes, which favors or penalizes the spread of dengue outbreaks in a short time.
Our models can help decision makers to understand the role of population mobility upon the spread of dengue epidemics. Page 3 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com TABLE DES FIGURES Figure 3.2-1 : Environnement de simulation du modèle [22]……………………….3-1 : Représentation de la fonction d’émergence des moustiques [24].1-1 : Carte SIG du district de Ninh Kieu, Vietnam, 2010…………………….3-1 : Mobilité humaine……………………………………………………………39 Figure 4.4-2 : Diagramme de classe UML du modèle…………………………….1-1 : Pourcentage des travailleurs…………………………………………………43 Figure 5.1-2 : Répartition Homme/Femme, donnée réel, Can Tho 2010………………….1-3 : Extrait de l'échantillon……………………………………………….1-4Erreur ! Utilisez l'onglet Accueil pour appliquer 0 au texte que vous souhaitez faire apparaître ici. : Résultat selon l'âge pour environ 1M habitants…………………………….1-5 : Résultat selon l'âge pour 500 habitants…………………………………….1-6 : Répartition selon le statut socioprofessionnel - Echantillon…………….1-7 : Répartition selon le statut socioprofessionnel - Taille réel………………….2-1 : Vue sous GAMA - An Hoa 2005 (gauche) et 2010 (droite)……………….2-2 : Vue sous GAMA - Modèle …………………………………………………47 Figure 5.2-1 : Effectifs population de moustiques……………………………………………49 Figure 5.2-2 : Effectifs population d’être humains I et E avec mobilité de 20%.2-3 : Effectifs population d’être humains I et E avec mobilité de 80%.2-4 : Effectifs population d’individus I et E, mobilité de 20%, SIG modifié…….2-5 : Effectifs population d’individus I et E, mobilité de 80%, SIG modifié……….2-6 : Températures hautes et basses pendant 5 années, début Janvier 2005…….2-7 : Températures moyennes pendant 5 années, début Janvier 2005………….2-8 : Prolifération des moustiques avec températures moyennes…………….2-9 : Prolifération des moustiques avec températures hautes et basses…………….53 Figure Annexe 2-1 - Installation Gen*……………………………………………………….59 Figure Annexe 3-2 : An Hoa 2005 (gauche) et An Hoa 2010 (droite)………….……………59 Figure Annexe 3-3 : Cai Khe 2005 (gauche) et Cai Khe 2010 (droite)………………………60 Figure Annexe 3-4 : An Binh 2005 (gauche) et An Binh 2010 (droite)……………….……60 Figure Annexe 4-1 : Photos réelles d’eaux stagantes, Can Tho, An Hoa, 2015………….61 Figure Annexe 5-1 : SIG modifié première façon……………………………………………62 Figure Annexe 5-2: SIG modifié première façon…………………………………………….63 Page 4 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LISTE DES TABLEAUX Tableau 3.1-1 : Définitions des variables du modèle [19] …………………………………19 Tableau 3.1-2 : Définitions des variables du modèle [20] …………………………………20 Tableau 3.3-2 : Définitions des variables SEIR du modèle [24]………………………….3-1 : Définitions des variables SEI du modèle [24]…………………………….1-1 : Liste des agents…………………………………………………………….1-1 : Distribution par âge dans chaque quartier étudié……………….1-2 : Distribution par âge de notre échantillon………………………………….42 Page 5 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com INTRODUCTION La dengue a été décrite dès le 18ème siècle. Cette maladie est transmise à l’homme par des moustiques Aedes aegypti.
Elle est classée parmi les maladies émergentes du fait de son extension géographique rapide : contamination d’un village à un autre, d’une ville à une autre, voire même d’un pays à un autre. Aujourd’hui, Aedes aegypti est présent dans pratiquement toutes les zones tropicales et intertropicales du globe, Deux milliards et demi de personnes, soit plus de 40% de la population mondiale sont menacées par la dengue. Dans un rapport que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié, elle estime que la maladie pourrait toucher chaque année 50 à 100 millions personnes dans le monde. La maladie est aujourd’hui endémique dans plus de 100 pays en Afrique, dans les Amériques, en Méditerranée orientale, en Asie du Sud- Est et dans le Pacifique occidental, indique l’OMS.
La progression de la propagation d’épidémies de dengue est fortement dépendante des facteurs environnementaux, aussi bien naturels (température, précipitation et humidité) qu’aux activités produites par l’Homme (les modes de stockage des réserves d’eau, les eaux stagnantes produites par les vases, les gouttières). Au cours de ces 20 dernières années, la dengue a émergé ou ré-émergé dans les pays asiatiques, provoquant des épidémies importantes et de nombreux décès humains En outre, plus le nombre de voyages augmente, plus le nombre de cas de dengue importée augmente. Jusqu’à maintenant, il n’existe aucun traitement spécifique ni vaccin contre la dengue. "Actuellement, la seule méthode pour prévenir ou combattre la transmission du virus consiste à lutter contre les vecteurs", souligne l’OMS.
L’émergence de la dengue dans des différents pays est un phénomène complexe qui conduit les chercheurs à s’intéresser à la fois aux maladies elles-mêmes et aux conditions de leur émergence et de leur propagation. Le grand défi est de comprendre les liens pouvant exister entre la propagation d’épidémies de dengue et les différents facteurs dynamiques comme les facteurs climatiques, les facteurs hydrologiques, et les facteurs démographiques. Cette étude est une analyse du système complexe du fait que les dynamiques de chaque facteur à prendre en compte sont déjà des systèmes complexes. Mise à part les facteurs climatiques et les facteurs hydrologiques, la progression et l’émergence rapide d’épidémies de dengue dépendent aussi d’autres facteurs tels que : l’amplification des voyages et l’urbanisation.
L’amplification des voyages favorise en effet la dissémination des différents sérotypes du virus de la dengue. Et l’urbanisation, qui, quant à elle, permet de développer l’accessibilité à l’eau courante, joue également un rôle important dans l’évolution de la propagation d’épidémies de dengue. Elle concourt à multiplier le nombre de logements susceptibles d’avoir des eaux stagnantes pouvant entraîner la production rapide d’œufs des moustiques vecteurs de dengue ; ce Page 6 sur 63 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com qui favorise et accélère la propagation d’épidémies.