Luận văn thạc sĩ vnua giám sát sự lưu hành virus cúm type a h5n1 h5n6 và h7n9 ở gia cầm sống bán tại một số tỉnh miền bắc giai đoạn 2015 2016

Nghiên cứu giám sát virus cúm type A H5N1, H5N6 và H7N9 ở gia cầm miền Bắc giai đoạn 2015-2016, cung cấp thông tin quan trọng về dịch bệnh.

• Tác giả: Bùi Mạnh Hùng
• Người hướng dẫn: TS. Trương Hà Thái
• Trường học: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
• Chuyên ngành: Thú y
• Đề tài: Giám sát sự lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) ở gia cầm sống bán tại một số tỉnh miền Bắc giai đoạn 2015-2016
• Loại tài liệu: luận văn
• Năm xuất bản: 2017
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 1.1. Trích yếu luận văn
• 1.2. Mục tiêu của đề tài
• 1.3. Ý nghĩa khoa học thực tiễn
• 1.4. Tổng quan tài liệu
• 1.4.1. Lịch sử bệnh Cúm gia cầm
• 1.4.1.1. Lịch sử bệnh trên thế giới
• 1.4.2. Bệnh Cúm gia cầm ở Việt Nam
• 1.4.3. Virus học bệnh Cúm gia cầm type A
• 1.4.3.1. Cấu trúc của virus Cúm gia cầm
• 1.4.3.2. Nét đặc trưng cấu trúc hệ gen virus Cúm gia cầm
• 1.4.3.3. Kháng nguyên của virus Cúm gia cầm
• 1.4.3.4. Độc lực của virus Cúm gia cầm
• 1.4.3.5. Cơ chế xâm nhập, nhân lên và gây bệnh của virus
• 1.4.3.6. Sức đề kháng của virus
• 1.4.4. Dịch tễ học
• 1.4.4.1. Động vật cảm nhiễm
• 1.4.4.2. Con đường truyền lây
• 1.4.4.3. Mùa phát bệnh
• 1.4.4.4. Triệu chứng và bệnh tích
• 1.4.5. Các phương pháp chẩn đoán
• 1.4.5.1. Dựa vào đặc điểm dịch tễ
• 1.4.5.2. Dựa vào triệu chứng, bệnh tích
• 1.4.5.3. Phân lập virus
• 1.4.6. Phòng bệnh
• 1.4.6.1. Phòng bệnh đối với vùng chưa có dịch xảy ra hoặc nguy cơ có dịch
• 1.4.6.2. Khống chế dịch ở các địa phương đang có dịch xảy ra
• 1.4.6.3. Sử dụng vacxin phòng bệnh
• 1.5. Nội dung, nguyên liệu và phương pháp nghiên cứu
• 1.5.1. Nội dung nghiên cứu
• 1.5.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu
• 1.5.3. Đối tượng/ vật liệu nghiên cứu
• 1.5.4. Phương pháp nghiên cứu
• 1.5.4.1. Phương pháp điều tra hồi cứu
• 1.5.4.2. Phương pháp lấy mẫu
• 1.5.4.3. Phương pháp xử lý mẫu
• 1.5.4.4. Phản ứng Real Time PCR (RT - PCR)
• 1.5.4.5. Phương pháp giải trình tự gen
• 1.5.5. Xử lý số liệu
• 1.6. Kết quả và thảo luận
• 1.6.1. Tình hình chăn nuôi gia cầm, tình hình tiêm phòng vacxin và tình hình dịch Cúm gia cầm tại 3 tỉnh/ thành phố nghiên cứu
• 1.6.1.1. Tình hình chăn nuôi gia cầm
• 1.6.1.2. Kết quả tiêm phòng vacxin Cúm gia cầm tại 3 địa phương giai đoạn 2015 - 2016
• 1.6.1.3. Tình hình dịch cúm A/H5N1 và A/H5N6 trên địa bàn nghiên cứu giai đoạn 2015-2016
• 1.6.1.4. Kết quả giám sát sự lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) trên gia cầm sống bán tại một số tỉnh miền bắc giai đoạn 2015-2016
• 1.6.1.5. Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) trên gia cầm sống bán tại các chợ đầu mối của 3 tỉnh/thành phố nghiên cứu
• 1.6.1.6. Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) ở gia cầm sống bán tại các chợ đầu mối trên bàn nghiên cứu theo thời gian lấy mẫu
• 1.6.1.7. Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) trong các loại mẫu
• 1.6.1.8. Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) theo loài gia cầm
• 1.6.1.9. Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) theo nguồn gốc gia cầm
• 1.6.1.10. Tổng hợp kết quả giám sát sự lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) ở gia cầm sống bán tại các chợ đầu mối của 3 tỉnh/thành phố
• 1.6.1.11. Kết quả giải trình tự gen các mẫu dương tính virus cúm A/H5N6
• 1.7. Kết luận và kiến nghị
• Tài liệu tham khảo
• DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH MỤC BẢNG
• DANH MỤC HÌNH
• TRÍCH YẾU LUẬN VĂN

Tóm tắt

I. Tổng quan về giám sát virus cúm A H5N1 H5N6 và H7N9 ở gia cầm miền Bắc Việt Nam

Virus cúm gia cầm, đặc biệt là các chủng A H5N1, H5N6 và H7N9, đã gây ra nhiều mối đe dọa nghiêm trọng cho ngành chăn nuôi và sức khỏe cộng đồng. Việc giám sát sự lưu hành của các virus này là rất cần thiết để phát hiện sớm và ngăn chặn dịch bệnh. Nghiên cứu này tập trung vào việc giám sát virus cúm ở gia cầm sống bán tại các chợ ở miền Bắc Việt Nam trong giai đoạn 2015-2016.

1.1. Tình hình dịch cúm gia cầm ở miền Bắc Việt Nam

Trong giai đoạn 2015-2016, dịch cúm gia cầm đã diễn ra phức tạp tại miền Bắc Việt Nam. Các tỉnh như Nam Định, Lào Cai và Hà Nội là những khu vực có nguy cơ cao. Số liệu cho thấy tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 và H5N6 có sự gia tăng đáng kể, đe dọa đến sức khỏe cộng đồng và kinh tế địa phương.

1.2. Mục tiêu của nghiên cứu giám sát virus cúm

Mục tiêu chính của nghiên cứu là giám sát sự lưu hành của virus cúm A H5N1, H5N6 và H7N9 ở gia cầm sống bán tại các chợ. Nghiên cứu sẽ cung cấp thông tin quan trọng về tình hình dịch bệnh, từ đó giúp các cơ quan chức năng có biện pháp phòng chống hiệu quả.

II. Vấn đề và thách thức trong giám sát virus cúm ở gia cầm

Việc giám sát virus cúm ở gia cầm gặp nhiều thách thức, bao gồm sự di chuyển tự do của gia cầm, thiếu thông tin về nguồn gốc và tình trạng sức khỏe của gia cầm. Những yếu tố này làm tăng nguy cơ lây lan virus và khó khăn trong việc kiểm soát dịch bệnh.

2.1. Nguy cơ lây nhiễm virus cúm từ gia cầm sang người

Virus cúm A H5N1, H5N6 và H7N9 có khả năng lây nhiễm từ gia cầm sang người, gây ra các ca bệnh nghiêm trọng. Việc giám sát không chỉ giúp phát hiện virus trong gia cầm mà còn bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

2.2. Thách thức trong việc kiểm soát dịch bệnh

Sự di chuyển của gia cầm giữa các tỉnh và việc buôn bán gia cầm không rõ nguồn gốc là những thách thức lớn trong việc kiểm soát dịch bệnh. Cần có các biện pháp quản lý chặt chẽ hơn để giảm thiểu nguy cơ lây lan.

III. Phương pháp giám sát virus cúm A H5N1 H5N6 và H7N9

Nghiên cứu sử dụng nhiều phương pháp khác nhau để giám sát virus cúm ở gia cầm, bao gồm điều tra dịch tễ học, lấy mẫu và phân tích gen. Các phương pháp này giúp xác định tỷ lệ nhiễm virus và nguồn gốc của virus trong gia cầm.

3.1. Phương pháp điều tra dịch tễ học

Phương pháp điều tra dịch tễ học được sử dụng để thu thập thông tin về tình hình chăn nuôi, tiêm phòng và dịch bệnh. Điều này giúp xác định các yếu tố nguy cơ và xu hướng lây lan của virus.

3.2. Phân tích mẫu và giải trình tự gen

Mẫu được lấy từ gia cầm sống tại các chợ và phân tích bằng phương pháp RT-PCR để phát hiện virus cúm. Giải trình tự gen giúp xác định chủng virus và đánh giá mức độ biến đổi gen của virus.

IV. Kết quả giám sát virus cúm A H5N1 H5N6 và H7N9 ở gia cầm

Kết quả giám sát cho thấy tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 và H5N6 ở gia cầm sống tại các chợ là đáng kể. Tỷ lệ nhiễm virus A H5N6 cao hơn so với A H5N1, cho thấy sự gia tăng của virus này trong giai đoạn nghiên cứu.

4.1. Tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 và H5N6

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A H5N1 là 0,36% và A H5N6 là 3,06%. Điều này cho thấy sự lưu hành của virus cúm A H5N6 đang gia tăng, cần có biện pháp phòng chống kịp thời.

4.2. Phân tích theo loại mẫu và nguồn gốc gia cầm

Kết quả cho thấy tỷ lệ nhiễm virus A H5N6 cao nhất ở mẫu dịch hầu họng. Ngoài ra, tỷ lệ nhiễm ở gia cầm không rõ nguồn gốc cao hơn so với gia cầm có nguồn gốc rõ ràng.

V. Kết luận và khuyến nghị cho tương lai

Nghiên cứu đã chỉ ra sự cần thiết phải tiếp tục giám sát virus cúm ở gia cầm để bảo vệ sức khỏe cộng đồng. Cần có các biện pháp phòng chống dịch bệnh hiệu quả hơn, bao gồm tiêm phòng và quản lý chăn nuôi.

5.1. Tầm quan trọng của giám sát virus cúm

Giám sát virus cúm là cần thiết để phát hiện sớm và ngăn chặn dịch bệnh. Cần có sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng và cộng đồng để nâng cao hiệu quả giám sát.

5.2. Đề xuất các biện pháp phòng chống dịch bệnh

Cần tăng cường tiêm phòng cho gia cầm, quản lý chặt chẽ việc buôn bán gia cầm và nâng cao nhận thức của người dân về nguy cơ lây nhiễm virus cúm.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Dịch cúm gia cầm độc lực cao luôn là mối đe dọa thường trực đối với ngành chăn nuôi và an ninh y tế cộng đồng tại Việt Nam. Kể từ đợt bùng phát đầu tiên giai đoạn 2003–2004 khiến hơn 43,9 triệu con gia cầm bị tiêu hủy tại 57 tỉnh thành và ghi nhận 125 ca nhiễm trên người với 62 ca tử vong, dịch bệnh này liên tục biến đổi phức tạp. Sự xuất hiện của các biến chủng mới như cúm A/H5N6 và nguy cơ xâm nhiễm của chủng cúm A/H7N9 từ các quốc gia láng giềng đặt ra yêu cầu cấp thiết về việc thiết lập hệ thống giám sát dịch tễ chủ động.

Vấn đề nghiên cứu trọng tâm của luận văn là xác định mức độ lưu hành thầm lặng của các phân type virus cúm gia cầm nguy hiểm tại các mắt xích thương mại trung gian. Mục tiêu cụ thể của đề tài là khảo sát tỷ lệ nhiễm virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) trên đàn gia cầm sống thương phẩm, đánh giá sự biến động dịch tễ theo địa bàn, thời gian, loài gia cầm, nguồn gốc xuất xứ và loại bệnh phẩm, đồng thời giải trình tự gen để xác định đặc tính di truyền của các chủng virus phân lập được.

Phạm vi nghiên cứu được triển khai tại 13 chợ buôn bán gia cầm sống đầu mối thuộc 3 địa bàn trọng điểm miền Bắc gồm thành phố Hà Nội, tỉnh Nam Định và tỉnh Lào Cai trong giai đoạn 2015–2016. Kết quả nghiên cứu mang ý nghĩa thực tiễn to lớn khi xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H5N6 đạt 3,06%, cúm A/H5N1 đạt 0,36% và chưa ghi nhận sự hiện diện của A/H7N9 (0,00%). Những chỉ số dịch tễ học thực địa này cung cấp căn cứ khoa học chuẩn xác để các cơ quan thú y tối ưu hóa tỷ lệ bao phủ vaccine phòng bệnh đạt từ 80% đến 100%, nâng cao hiệu quả phòng ngừa dịch bệnh lây truyền từ động vật sang người.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu được xây dựng trên nền tảng lý thuyết dịch tễ học phân tử và virus học hiện đại của họ Orthomyxoviridae. Virus cúm type A có cấu trúc hệ gen gồm 7 đến 8 phân đoạn RNA sợi đơn âm, mang đặc tính tái tổ hợp di truyền cao qua hai cơ chế đột biến kháng nguyên trượt (Antigenic drift) và đột biến kháng nguyên nhảy (Antigenic shift). Đặc tính sinh học này cho phép virus liên tục tạo ra các tổ hợp phân type mới giữa 16 loại kháng nguyên Hemagglutinin (từ H1 đến H16) và 9 loại Neuraminidase (từ N1 đến N9).

Mô hình lan truyền dịch bệnh trong chuỗi cung ứng gia cầm sống được áp dụng để phân tích vai trò của chợ đầu mối như những ổ chứa trung gian và điểm nóng khuếch đại mầm bệnh. Các khái niệm cốt lõi được làm rõ trong nghiên cứu bao gồm: Cúm gia cầm độc lực cao (HPAI) với chỉ số độc lực tiêm tĩnh mạch IVPI lớn hơn 1,2 gây tỷ lệ chết lên đến 100% trong vòng 48 giờ; Cúm gia cầm độc lực thấp (LPAI); vai trò gây chết theo chương trình tế bào (Apoptosis) của protein PB1-F2; và giá trị chu kỳ ngưỡng huỳnh quang (Ct) trong xét nghiệm sinh học phân tử.

Phương pháp nghiên cứu

Nguồn dữ liệu của đề tài được thu thập trực tiếp thông qua các đợt lấy mẫu dịch tễ học chủ động trong giai đoạn 2015–2016, chia làm 2 đợt chính mỗi năm (đợt 1 vào các tháng 1, 2, 3, 4 và đợt 2 vào các tháng 7, 8). Địa điểm thu thập bao gồm 13 chợ đầu mối lớn: 5 chợ tại Hà Nội (Hà Vỹ, Bắc Thăng Long, Vân Đình, Bình Đà, Sóc Sơn), 4 chợ tại Nam Định (Cửa Trường, Năng Tĩnh, Cổ Lễ, Chợ Gạo) và 4 chợ tại Lào Cai (Phố Lu, Sa Pa, Nguyễn Du, Kim Tân). Cỡ mẫu được thiết kế mang tính đại diện cao cho lưu lượng gia cầm buôn bán tại miền Bắc.

Phương pháp chọn mẫu áp dụng quy tắc lấy mẫu swab không xâm lấn, bao gồm mẫu dịch ngoáy hầu họng/khí quản và dịch ngoáy ổ nhớp. Nghiên cứu thực hiện quy trình gộp 5 mẫu đơn từ 5 cá thể gia cầm của cùng một hộ kinh doanh vào một ống môi trường bảo quản PBS-Glycerol để tạo thành 1 mẫu gộp xét nghiệm, giúp tối ưu hóa năng lực sàng lọc diện rộng mà vẫn đảm bảo độ tin cậy thống kê.

Phương pháp phân tích chủ đạo là kỹ thuật Real-time RT-PCR sử dụng hệ thống mồi và mẫu dò Taqman probe đặc hiệu cho gen M, H5, H7, N1, N6 và N9. Lý do lựa chọn kỹ thuật này là khả năng phát hiện nhanh, độ nhạy cao và độ đặc hiệu tuyệt đối ở mức phân tử; mẫu được xác định là dương tính khi có giá trị Ct nhỏ hơn hoặc bằng 35,0. Đối với các mẫu dương tính với H5N6, kỹ thuật tinh sạch sản phẩm PCR và giải trình tự gen tự động trên hệ máy ABI-3100 Avant Genetic Analyzer được áp dụng để phân tích quan hệ phát sinh loài. Toàn bộ số liệu dịch tễ được xử lý và kiểm định bằng các thuật toán thống kê sinh học trên phần mềm chuyên dụng.

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

Nghiên cứu đã phát hiện tỷ lệ lưu hành thực tế của virus cúm A/H5N6 tại các chợ đầu mối gia cầm sống ở mức 3,06%, cao gấp hơn 8,5 lần so với tỷ lệ nhiễm cúm A/H5N1 (đạt 0,36%). Đáng chú ý, toàn bộ các mẫu xét nghiệm đều cho kết quả âm tính với chủng cúm nguy hiểm A/H7N9 (tỷ lệ 0,00%), khẳng định mầm bệnh này chưa xâm nhập vào hệ thống chợ đầu mối khảo sát trong giai đoạn nghiên cứu.

Tỷ lệ nhiễm có sự phân hóa rõ rệt theo địa bàn địa lý. Tỉnh Nam Định ghi nhận tỷ lệ dương tính cao nhất với cúm A/H5N6 đạt 4,40% và cúm A/H5N1 đạt 0,93%. Tỉnh Lào Cai đứng thứ hai với tỷ lệ nhiễm A/H5N6 là 3,24% và A/H5N1 là 0,23%. Thành phố Hà Nội có tỷ lệ lưu hành thấp nhất với A/H5N6 đạt 1,85% và A/H5N1 là 0,00%, đồng thời không ghi nhận bất kỳ ổ dịch lâm sàng nào trên đàn gia cầm quy mô hơn 22,3 triệu con.

Về biến động thời gian và loại mẫu phẩm, tỷ lệ dương tính với virus cúm A/H5N6 có xu hướng tăng mạnh từ năm 2015 lên mức 3,70% vào năm 2016, trong khi cúm A/H5N1 giảm nhẹ từ mức 0,57% năm 2015. Mẫu dịch hầu họng ghi nhận tỷ lệ phát hiện virus vượt trội so với mẫu ngoáy ổ nhớp, cụ thể đạt 3,85% đối với H5N6 và 0,53% đối với H5N1.

Yếu tố nguồn gốc xuất xứ gia cầm tạo ra sự cách biệt dịch tễ rất lớn. Nhóm gia cầm không rõ nguồn gốc có tỷ lệ nhiễm cúm A/H5N6 lên tới 6,30% (cao gấp 8,5 lần so với mức 0,74% ở nhóm có nguồn gốc rõ ràng) và tỷ lệ nhiễm cúm A/H5N1 là 1,11% (so với 0,00% ở nhóm có nguồn gốc kiểm định). Xét theo loài, tỷ lệ mang virus ở đàn gà ghi nhận cao hơn so với đàn thủy cầm tại các điểm nghiên cứu.

Thảo luận kết quả

Sự gia tăng vượt trội của chủng cúm A/H5N6 so với A/H5N1 cho thấy có sự thay đổi rõ nét về cơ cấu chủng virus cúm gia cầm độc lực cao lưu hành tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2015–2016. Điều này hoàn toàn trùng khớp với các báo cáo dịch tễ học trong khu vực Đông Á, khi các biến chủng tái tổ hợp H5N6 mới xuất hiện dần chiếm ưu thế sinh học nhờ khả năng thích ứng và nhân lên mạnh mẽ trên đường hô hấp trên của gia cầm. Tỷ lệ phát hiện virus cao hơn hẳn trong mẫu dịch ngoáy hầu họng (3,85%) so với mẫu ổ nhớp củng cố thêm cơ chế bài thải mầm bệnh chủ yếu qua dịch tiết đường hô hấp trong các điều kiện nhốt chung mật độ cao tại chợ.

Sự tương phản sâu sắc giữa các địa phương phản ánh trực tiếp hiệu quả của công tác thú y dự phòng. Hà Nội nhờ thực hiện triệt để chính sách tiêm phòng vaccine đạt tỷ lệ bao phủ 100% trên tổng đàn 22,3 triệu con nên đã kiểm soát tốt tỷ lệ nhiễm ở mức 1,85% và ngăn chặn hoàn toàn các ổ dịch lâm sàng. Ngược lại, tại Lào Cai với 203,5 km đường biên giới giáp Trung Quốc và Nam Định với mật độ lưu thông phương tiện phức tạp, việc kiểm soát gia cầm trôi nổi gặp nhiều khó khăn, dẫn đến tỷ lệ nhiễm cao và phát sinh nhiều ổ dịch phải tiêu hủy hàng nghìn cá thể.

Kết quả giải trình tự gen đoạn kháng nguyên Hemagglutinin (HA) của các chủng H5N6 phân lập được chỉ ra rằng toàn bộ các chủng virus nghiên cứu đều thuộc nhánh di truyền Clade 2.3.4.4. Dữ liệu này có độ tương đồng nucleotide rất cao với các chủng virus cúm H5N6 gây dịch tại Trung Quốc giai đoạn 2014–2016. Về mặt trình bày học thuật, các bộ dữ liệu dịch tễ này có thể được trực quan hóa hiệu quả thông qua biểu đồ cột kép so sánh tỷ lệ nhiễm giữa các tỉnh qua các năm, biểu đồ tròn thể hiện cơ cấu rủi ro theo nguồn gốc gia cầm, và sơ đồ cây phát sinh loài (Phylogenetic tree) minh chứng mối liên hệ phả hệ di truyền.

Đề xuất và khuyến nghị

1. Thiết lập hệ thống chốt chặn kiểm dịch liên ngành và kiểm soát 100% việc vận chuyển gia cầm: Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới như Lào Cai và các đầu mối giao thông trọng điểm tại Nam Định cần phối hợp cùng lực lượng Thú y, Quản lý thị trường và Công an để kiểm tra giấy chứng nhận kiểm dịch động vật; mục tiêu giảm tỷ lệ gia cầm không rõ nguồn gốc lưu thông tại các chợ đầu mối xuống dưới mức 5% trong vòng 6 đến 12 tháng tới.

2. Tiêu chuẩn hóa quy trình vệ sinh tiêu độc khử trùng tại toàn bộ các chợ buôn bán gia cầm sống: Ban quản lý các chợ đầu mối như chợ Hà Vỹ, chợ Cửa Trường, chợ Phố Lu cần bắt buộc thực hiện phun hóa chất sát trùng hoặc rắc vôi bột khử khuẩn định kỳ 2 lần mỗi tuần và vệ sinh tiêu độc 100% khu vực chuồng nhốt, phương tiện vận chuyển ngay sau mỗi phiên chợ, hoàn thành việc xây dựng quy chế quản lý tiểu thương trong quý 1 năm 2017.

3. Triển khai chiến dịch tiêm phòng vaccine cúm gia cầm đồng bộ và cập nhật chủng kháng nguyên tương thích: Cục Thú y và Chi cục Chăn nuôi Thú y các địa phương cần chỉ đạo sử dụng các dòng vaccine thế hệ mới như Re-5, Re-6 có khả năng bảo hộ chéo hiệu quả với chủng cúm A/H5N6 nhánh Clade 2.3.4.4; duy trì tỷ lệ tiêm phòng đạt tối thiểu 85% tổng đàn tại các hộ chăn nuôi nhỏ lẻ và đạt 100% tại các cơ sở chăn nuôi gia cầm quy mô trang trại, thực hiện định kỳ 2 đợt chính trong năm (vào tháng 3–4 và tháng 9–10).

4. Mở rộng mạng lưới giám sát dịch tễ học phân tử chủ động và cảnh báo sớm: Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương và các Cơ quan Thú y vùng cần duy trì định kỳ việc lấy mẫu swab gộp tại các chợ đầu mối hàng quý để xét nghiệm Real-time RT-PCR; mục tiêu phát hiện sớm sự biến đổi của chủng H5N6 và ngăn ngừa nguy cơ xâm nhập của chủng cúm A/H7N9, công bố báo cáo cảnh báo dịch tễ định kỳ cho các cấp quản lý trước các mùa cao điểm tiêu thụ gia cầm.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

1. Cán bộ quản lý dịch tễ học và chuyên viên thú y các cấp: Vận dụng số liệu thực chứng về tỷ lệ lưu hành thực tế (H5N6 đạt 3,06%, H5N1 đạt 0,36%) và mối tương quan giữa tỷ lệ tiêm phòng với việc kiểm soát ổ dịch để xây dựng bản đồ dịch tễ, hoạch định chính sách phân bổ vaccine và thiết lập phương án khoanh vùng dập dịch khẩn cấp.

2. Các nhà khoa học, nghiên cứu sinh trong lĩnh vực Vi sinh vật học và Bệnh truyền nhiễm thú y: Khai thác chi tiết quy trình chuẩn đoán Real-time RT-PCR đa mồi/probe và dữ liệu giải trình tự gen phân tích Clade 2.3.4.4 làm cơ sở dữ liệu đối sánh cho các công trình nghiên cứu về tiến hóa phân tử của virus cúm gia cầm tại Đông Nam Á.

3. Giảng viên, sinh viên và học viên cao học chuyên ngành Thú y, Chăn nuôi và Y tế công cộng: Sử dụng luận văn như một tài liệu tham khảo học thuật chuẩn mực về phương pháp thiết kế nghiên cứu dịch tễ học thực địa, kỹ thuật thu thập xử lý mẫu swab gộp, và các phương pháp kiểm định thống kê sinh học trong kiểm soát bệnh truyền lây giữa động vật và người.

4. Chủ trang trại chăn nuôi gia cầm quy mô lớn và thương lái kinh doanh gia cầm: Nắm bắt các bằng chứng thực nghiệm về nguy cơ lây nhiễm từ nguồn gia cầm trôi nổi (tỷ lệ nhiễm lên đến 6,30%) để nâng cao ý thức tuân thủ quy trình an toàn sinh học, kiểm soát chặt chẽ nguồn gốc con giống và áp dụng biện pháp cách ly đàn nghiêm ngặt.

Câu hỏi thường gặp

Tại sao nghiên cứu lại tập trung giám sát tại các chợ buôn bán gia cầm sống thay vì các hộ chăn nuôi?
Chợ đầu mối gia cầm sống là nơi tập trung đàn gia cầm từ nhiều vùng địa lý khác nhau với mật độ rất cao và điều kiện vệ sinh hạn chế. Đây là mắt xích trung gian quan trọng nhất trong việc khuếch đại, lưu trữ và phát tán virus cúm A sang các đàn gia cầm khỏe mạnh và làm tăng nguy cơ lây nhiễm sang người buôn bán, giết mổ.

Kết quả nghiên cứu có ghi nhận sự xuất hiện của chủng virus cúm A/H7N9 tại các địa bàn khảo sát không?
Toàn bộ các mẫu bệnh phẩm thu thập tại 13 chợ đầu mối thuộc Hà Nội, Nam Định và Lào Cai trong giai đoạn 2015–2016 đều cho kết quả âm tính với virus cúm A/H7N9. Điều này chứng minh chủng virus nguy hiểm này chưa xâm nhiễm vào hệ thống chợ đầu mối khảo sát trong giai đoạn nghiên cứu, dù dịch bệnh đang diễn biến phức tạp tại Trung Quốc.

Vì sao mẫu dịch ngoáy hầu họng lại cho tỷ lệ phát hiện virus cúm A cao hơn mẫu dịch ngoáy ổ nhớp?
Virus cúm type A phân nhóm H5 có đặc tính ái lực rất cao với các thụ thể bề mặt của tế bào biểu mô đường hô hấp trên của gia cầm, đặc biệt là loài gà. Quá trình nhân lên và bài thải các hạt virion mới diễn ra chủ yếu qua dịch tiết hô hấp, dẫn đến tỷ lệ phát hiện trong mẫu dịch hầu họng (3,85% với H5N6) cao hơn rõ rệt so với mẫu đường tiêu hóa.

Nguồn gốc xuất xứ gia cầm ảnh hưởng như thế nào đến tỷ lệ mang mầm bệnh virus cúm?
Gia cầm không rõ nguồn gốc có tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N6 lên tới 6,30%, cao gấp 8,5 lần so với nhóm có nguồn gốc rõ ràng (chỉ 0,74%). Nhóm gia cầm trôi nổi này không được tiêm phòng vaccine, bị vận chuyển lậu qua nhiều trạm trung chuyển và sống trong điều kiện stress kéo dài, tạo điều kiện thuận lợi cho virus nhân lên và phát tán.

Ưu thế vượt trội của phương pháp Real-time RT-PCR trong việc giám sát virus cúm gia cầm là gì?
Phương pháp Real-time RT-PCR sử dụng mẫu dò Taqman probe đặc hiệu cho phép khuếch đại và phát hiện vật chất di truyền RNA của virus với độ nhạy và độ đặc hiệu cực cao chỉ từ lượng mẫu bệnh phẩm rất nhỏ. Quy trình này phân định chính xác các subtype H5, H7, N1, N6, N9 và rút ngắn thời gian chẩn đoán so với phương pháp phân lập virus truyền thống.

Kết luận

• Luận văn đã xác định rõ bức tranh dịch tễ học virus cúm type A tại các chợ gia cầm sống miền Bắc giai đoạn 2015–2016, trong đó chủng A/H5N6 chiếm ưu thế chủ đạo với tỷ lệ lưu hành 3,06%, chủng A/H5N1 chiếm 0,36% và chưa ghi nhận sự xâm nhiễm của chủng ngoại lai A/H7N9 (0,00%).
• Công trình chứng minh mối tương quan nghịch rõ rệt giữa công tác tiêm phòng vaccine và nguy cơ bùng phát dịch, tiêu biểu như thành phố Hà Nội duy trì tỷ lệ tiêm phòng 100% đã kiểm soát tỷ lệ nhiễm ở mức thấp nhất (1,85%) và hoàn toàn không phát sinh ổ dịch lâm sàng.
• Nghiên cứu đã chỉ rõ các yếu tố rủi ro dịch tễ học then chốt: gia cầm không rõ nguồn gốc có tỷ lệ nhiễm cao gấp 8,5 lần gia cầm có kiểm định, và mẫu dịch hầu họng là chỉ dấu phát hiện virus nhạy bén nhất với tỷ lệ dương tính đạt 3,85%.
• Đóng góp khoa học nổi bật là việc giải mã thành công trình tự gen HA của các chủng H5N6 phân lập, khẳng định chúng thuộc nhánh di truyền Clade 2.3.4.4 có nguồn gốc tương đồng với các chủng virus lưu hành tại khu vực phía Nam Trung Quốc.
• Khuyến nghị lộ trình 12 tháng tiếp theo cần tập trung cập nhật các chủng vaccine thế hệ mới phù hợp với nhánh Clade 2.3.4.4, đồng thời siết chặt kiểm soát vận chuyển gia cầm lậu tại các cửa ngõ giao thương và khu vực biên giới.

Các cơ quan quản lý thú y, viện nghiên cứu và doanh nghiệp chăn nuôi hãy chủ động áp dụng các phát hiện dịch tễ học và quy trình chẩn đoán phân tử từ công trình này để thiết lập mạng lưới an toàn sinh học vững chắc, bảo vệ ngành chăn nuôi và sức khỏe cộng đồng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

ĐẶT VẤN ĐỀ Khi áp lực dân số ngày càng tăng thì những hậu quả của vấn đề ô nhiễm môi trường và biến đổi khí hậu càng hiện hữu. Trong đó việc đối mặt với những dịch bệnh mới nổi như SARS 2003, dịch cúm H1N1 2009 làm hơn 18.000 nạn nhân tử vong, dịch MERS năm 2012, đại dịch Ebola trong năm 2014 đã lấy đi gần 12.000 sinh mạng và dịch H7N9 xảy ra tại Trung Quốc năm 2016 đã làm gần 400 nạn nhân tử vong. Hiện nay virus Zika đã có mặt ở 34 quốc gia với nguy cơ lây nhiễm cho 4.000 người trong năm 2017…Việc kiểm soát các dịch bệnh có khả năng lây từ động vật sang người và từ người sang người là việc rất cấp thiết hiện nay. Ở Việt Nam, dịch Cúm gia cầm không chỉ gây thiệt hại nặng nề cho nền kinh tế mà còn gây chết người, đe dọa sức khỏe của cả cộng đồng.

Từ khi mới xuất hiện vào năm 2003, bệnh Cúm gia cầm đã cho thấy tính lây lan nhanh và gây hậu quả nghiêm trọng. Đợt dịch bệnh đầu tiên xảy ra từ ngày 27/12/2003 đến 30/04/2004, chỉ trong vòng hơn 4 tháng dịch đã làm cho đàn gia cầm của 2.574 xã/phường thuộc 381 huyện/quận trên 57 tỉnh/thành phố mắc bệnh. Tổng số gia cầm bị chết do bệnh và tiêu hủy lên tới 43,9 triệu con (Nguyễn Tuấn Anh, 2006). Trong thời gian gần đây, mặc dù chúng ta đã có nhiều biện pháp phòng chống dịch nhưng bệnh vẫn đang xảy ra trên phạm vi rộng và ngày càng nguy hiểm hơn, đặc biệt là số lượng người mắc và tử vong ngày càng tăng.

Năm 2003 ở Việt Nam có 123 người nhiễm và 61 ca tử vong đứng thứ 3 trên thế giới sau Indonesia và Ai Cập (Báo cáo WHO, 2004). Trong năm 2016 cả nước đã có 71 ổ dịch Cúm gia cầm H5N1 và H5N6 tại 12 tỉnh/thành phố, toàn bộ số gia cầm trong đàn mắc bệnh đã được địa phương tiêu hủy. Nước ta có 2 ca nhiễm virus cúm A/H5N6 trên người thì cả 2 ca đều tử vong (2014). Qua phân tích cho thấy trong năm 2016, virus cúm A/H5N6 đã được phát hiện tại nhiều ổ dịch trên cả nước được nhận xét là có hệ gen trùng với chủng virus gây bệnh tại Trung Quốc.

Nhưng trong khoảng thời gian từ năm 2003 đến 15/4/2014 các ổ dịch Cúm gia cầm đều do virus A/H5N1 nhánh 2. Với đặc điểm virus gây bệnh có nhiều subtype khác nhau và khả năng biến chủng đã làm cho căn bệnh ngày càng trở nên nguy hiểm hơn gây nhiều thiệt hại cho người chăn nuôi, đe dọa tính mạng con người đồng thời gây không ít khó khăn cho việc khống chế dịch bệnh. Đặc biệt trong những tháng đầu năm 2013 1 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] phát hiện subtype H7N9 đã được phát hiện ở Trung Quốc. Virus này gây nhiễm cho người, làm 11 người mắc và 5 ca tử vong.

Nhưng chỉ đến tháng 4 năm 2014 đã ghi nhận 390 trường hợp nhiễm cúm A/H7N9 trong đó có 121 trường hợp tử vong, các ca mắc ghi nhận tại 18 tỉnh/ thành phố (Trung Quốc có 15 tỉnh/ thành phố, Đài Loan, Hồng Kông và Malaysia). Gia cầm sống được xác định là nguồn bệnh lưu trữ. Ở Việt Nam, gia cầm bán tại các chợ có nguồn gốc từ nhiều địa phương khác nhau và thường không rõ xuất xứ. Việc vận chuyển gia cầm đáp ứng nhu cầu cao của thị trường vào mùa đông, đặc biệt dịp tết Nguyên đán là một nguyên nhân làm tăng nguy cơ dịch bùng phát.

Vật mang bệnh thầm lặng đóng vai trò trong những ổ dịch trên gia cầm và trên người (Wan et al. Ở miền Bắc Việt Nam, Lào Cai là tỉnh có đường đường biên giới với Trung Quốc, quốc gia đang có dịch cúm A/H7N9. Trong khi Nam Định là tỉnh có nhiều tuyến đường vận tải vận chuyển gia cầm cung cấp cho các tỉnh thành, đặc biệt là Hà Nội. Hà Nội là thủ đô và là thành phố đông dân cư, có diện tích lớn nhất cả nước.

Vì vậy có rất nhiều các chợ đầu mối buôn bán gia cầm sống. Chính vì vậy việc giám sát gia cầm sống tại các địa phương này là biện pháp tốt để theo dõi, chủ động đánh giá lưu hành virus trong vùng cũng như là trên cả nước. Xuất phát từ thực tế trên và được sự giúp đỡ của dự án FAO chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Giám sát sự lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) ở gia cầm sống bán tại một số tỉnh miền Bắc giai đoạn 2015-2016". MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI Giám sát sự lưu hành virus cúm type A (H5N1, H5N6 và H7N9) Ở gia cầm sống bán tại các chợ của 3 tỉnh/ thành phố bao gồm: Tỉnh Nam Định, Lào Cai và thành phố Hà Nội.

Ý NGHĨA KHOA HỌC THỰC TIỄN - Cung cấp thông tin về sự lưu hành virus cúm A/H5N1, A/H5N6 và A/H7N9 Ở gia cầm bán tại các chợ của 3 tỉnh/thành phố thực hiện đề tài. - Xác định một số yếu tố ảnh hưởng đến mức độ lưu hành của virus. - Góp phần chủ động trong công tác phòng chống dịch bệnh Cúm gia cầm. - Kết quả đề tài là cơ sở định hướng và xây dựng kế hoạch cho chương trình tiêm phòng vaccine Cúm gia cầm A/H5N1, A/H5N6 và A/H7N9 đạt hiệu quả cao.

2 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2. LỊCH SỬ BỆNH CÚM GIA CẦM 2. Lịch sử bệnh trên thế giới Dịch cúm A/H5N1 và A/H5N6 Bệnh lần đầu tiên được phát hiện ở Italia vào năm 1878 với tên gọi là Fowl plaque.

Nhưng mãi tới năm 1901 mới xác định được yếu tố gây bệnh là căn nguyên siêu nhỏ có khả năng qua màng lọc và tới năm 1955 mới xác định được nguyên nhân chính xác gây bệnh Cúm gia cầm là virus cúm type A thông qua kháng thể bề mặt H7N1 và H7N7 gây chết nhiều ở gà, gà tây và các loài chim khác (Lê Văn Năm, 2004). Vào năm 1971 bệnh được mô tả kỹ qua đợt dịch cúm khá lớn trên gà tây ở Mỹ. Các năm tiếp theo bệnh được phát hiện ở Nam Mỹ, Bắc Mỹ, Nam Phi. Đặc biệt năm 1983 - 1984 ở Mỹ, dịch Cúm gia cầm do chủng H5N2 ở bang Pennsylvania, Virginia, New Jersey làm chết và tiêu hủy hơn 19 triệu con gà.

Cũng trong thời gian này tại Ireland người ta phải tiêu hủy 270.000 con vịt, tuy không có triệu chứng lâm sàng nhưng đã phân lập được virus H5N8 và bệnh được loại trừ một cách nhanh chóng (Phạm Sỹ Lăng, 2004). Dịch Cúm gia cầm xảy ra giữa năm 2003 tại Đông Nam Á là dịch Cúm gia cầm lớn nhất và nghiêm trọng nhất. Tác nhân gây bệnh là virus cúm A/H5N1. Số gia cầm tiêu hủy khoảng 150 triệu con chim và gia cầm.

Hiện nay, virus H5N1 được xem là tác nhân gây dịch tại Indonesia, Việt Nam, Cambodia, Trung Quốc, Thái Lan, Lào…( Nguyễn Hoàng, 2005). Theo Tổ chức y tế thế giới, từ năm 2003 đến cuối năm 2016 tại 17 quốc gia trên thế giới có 720 người bị mắc bệnh cúm A/H5N1, trong đó có 460 người tử vong (chiếm 64%). Indonesia là nước có số người bị chết vì bệnh cúm A/H5N1 cao nhất (160 người), Việt Nam đứng thứ nhì với 61 người chết. Đến năm 2004, bệnh Cúm gia cầm xảy với quy mô lớn, tốc độ bùng phát nhanh ở các nước châu Á với tổng số 11 quốc gia (Tô Long Thành, 2004).

Dịch xuất hiện đầu tiên ở Hàn Quốc từ đầu tháng 12/2003, sau đó xảy ra nhiều nước khác với diễn biến khá phức tạp. Đến cuối tháng 2/2004 đã có 10 nước công bố dịch là Hàn Quốc, Nhật Bản, Thái Lan, Lào, Campuchia, Việt Nam, Trung Quốc, Hồng Kông, Đài Loan và Pakistan. Chủng virus độc lực cao đã được phân lập và định type là H5N1; đây là type chủ yếu, bên cạnh đó còn có H5N2 ở Đài Loan và H7N3, H9N2 ở Pakistan. Ngoài ra, tại một số nước khác phân lập được một số 3 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] chủng khác như H6 ở Nam Phi, chủng H10N7 ở Ai Cập, H7N3 ở Canada, H7N2 ở Hoa Kì (Tô Long Thành, 2006).

Trong đợt dịch này khoảng 120 triệu gia cầm gồm gà, gà tây, gà sao, gà lôi, vịt, ngan, ngỗng, chim cút, bồ câu và một số chim hoang dã đã bị nhiễm bệnh và nằm trong vùng dịch phải tiêu hủy. Cùng với diễn biến bệnh trên gia cầm, hàng trăm người cũng bị lây nhiễm. Tính đến tháng 10 năm 2016 trên thế giới có 750 trường hợp mắc bệnh do virus Cúm gia cầm A (H5N1) đã được chính thức báo cáo với WHO từ 25 quốc gia. Trong những trường hợp này có 386 trường hợp đã tử vong (chiếm 59,38%).

Dựa vào số liệu hình 1.1, các nước có tỷ lệ nhiễm/ tử vong cao là: Indonesia với tỷ lệ 195 mắc/163 tử vong (chiếm 83,59%), Ai Cập với tỷ lệ 173 mắc/ 63 tử vong (chiếm 36.42%), Việt Nam với tỷ lệ 125 mắc /62 tử vong (chiếm 49,6%). Ở Trung Quốc ghi nhận trường hợp tử vong do virus Cúm gia cầm type A (H5N6) đầu tiên trên thế giới tại tỉnh Tứ Xuyên - Trung Quốc. Chủng cúm gia cầm H5N6 lần đầu tiên được tìm thấy ở Trung Quốc vào tháng 9 năm 2014. Gần đây, cũng chính chủng cúm gia cầm độc lực cao này đã làm bùng nổ dịch tại 2 trang trại ở Tỉnh Quý Châu và Quảng Tây buộc Trung Quốc phải tiêu hủy hơn 54.000 con gia cầm Hình 2.

Khu vực ghi nhận có sự lưu hành và các trường hợp nhiễm Cúm gia cầm type A Nguồn : FAO -2016 4 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] Dịch cúm A/H7N9 Dịch Cúm gia cầm A/H5N1 và H5N6 chưa qua thì dịch Cúm gia cầm A/H7N9 tiếp tục bùng phát và hoành hành mạnh ở Trung Quốc với số lượng người bệnh bị nhiễm virus cúm A/H7N9 ở nước này tăng lên từng ngày. Tính tới 12/2016 dịch Cúm gia cầm A/H7N9 ở Trung Quốc đã làm hàng trăm người nhiễm bệnh. Trung Quốc và nhiều nước trên thế giới đang quyết liệt triển khai các biện pháp nhằm ngăn chặn sự lây lan của loại dịch cúm nguy hiểm này. Ngày 31/3/2013 lần đầu tiên giới chức Trung Quốc cho biết có 3 người bị nhiễm virus cúm A/H7N9, trong đó 2 người đã bị chết.

Hầu hết các trường hợp nhiễm phải là do phơi nhiễm với gia cầm mắc bệnh cúm này hoặc môi trường bị ô nhiễm. Đến tháng 3/2014 tại Trung Quốc đã phát hiện hơn 120 người bệnh nhiễm Cúm gia cầm A/H7N9, trong đó có ít nhất 32 ca tử vong. Trước nguy cơ tiềm ẩn về các mối đe dọa của dịch bệnh, Trung Quốc và nhiều nước khác đã và đang ráo riết tiến hành các biện pháp nhằm kiểm soát sự bùng phát dịch.