Tổng quan luận án

Bệnh ung thư hiện nay đã vượt qua các bệnh lý tim mạch để trở thành nguyên nhân gây tử vong hàng đầu trên phạm vi toàn cầu, với xu hướng gia tăng tỷ lệ mắc và độ tuổi mắc bệnh ngày càng trẻ hóa. Theo ước tính dịch tễ học được tác giả dẫn giải, đến năm 2050, thế giới sẽ ghi nhận thêm khoảng 27 triệu trường hợp ung thư mới mắc và khoảng 17,5 triệu ca tử vong mỗi năm; trong đó ung thư phổi (UTP) đứng hàng đầu về cả tỷ lệ mắc và tỷ lệ tử vong, với thể ung thư phổi không tế bào nhỏ (UTPKTBN) chiếm khoảng 80% đến 85% tổng số ca bệnh.

Liệu pháp điều trị trúng đích (LPĐTTĐ) sử dụng các chất ức chế hoạt tính tyrosine kinase của thụ thể yếu tố phát triển biểu bì (EGFR TKIs) như gefitinib và erlotinib đã chứng minh được hiệu quả lâm sàng vượt trội đối với bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn tiến xa. Tuy nhiên, mức độ đáp ứng điều trị phụ thuộc trực tiếp vào tình trạng đột biến của gen EGFR và gen KRAS. Từ tháng 6 năm 2009, Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) đã chính thức khuyến cáo xét nghiệm tình trạng gen EGFR trước khi chỉ định thuốc ức chế EGFR.

Tại Việt Nam, tính đến thời điểm tác giả triển khai đề tài, các nghiên cứu về mối liên quan giữa đột biến các gen chủ chốt (EGFR, KRAS) và khả năng đáp ứng thuốc còn hạn chế, chưa có nghiên cứu nào kết hợp đồng thời nhiều kỹ thuật sinh học phân tử có độ nhạy khác nhau nhằm xác định đột biến một cách toàn diện, cũng như chưa có công trình nào đánh giá hiệu quả điều trị đích bước 1 bằng erlotinib trên nền tảng xác định đồng thời tình trạng đột biến gen EGFR và KRAS.

Để giải quyết khoảng trống thực tiễn đó, luận án tiến sĩ chuyên ngành Hóa sinh Y học của nghiên cứu sinh Nguyễn Minh Hà (thực hiện tại Trường Đại học Y Hà Nội, dưới sự hướng dẫn của PGS.TS. Trần Vân Khánh và GS.TS. Đỗ Đình Hồ, hoàn thành tháng 12 năm 2014) mang tên: "Xác định đột biến gen EGFR quyết định tính đáp ứng thuốc trong điều trị bệnh ung thư phổi không tế bào nhỏ", được thực hiện với 02 mục tiêu cụ thể:

  1. Xác định tỷ lệ đột biến gen EGFR và gen KRAS quyết định tính đáp ứng thuốc điều trị đích trên bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn muộn.
  2. Bước đầu đánh giá hiệu quả điều trị đích bước 1 bằng erlotinib trên các bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn muộn có đột biến gen EGFR.

Về đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng nghiên cứu: 181 bệnh nhân được chẩn đoán xác định UTPKTBN giai đoạn tiến xa (IIIB-IV theo phân loại AJCC 2010), có kết quả giải phẫu bệnh thuộc các thể: ung thư biểu mô tuyến, ung thư biểu mô vảy, ung thư biểu mô tuyến-vảy hoặc ung thư biểu mô tế bào lớn (theo tiêu chuẩn WHO/IASLC 1999).
  • Phạm vi không gian: Bệnh nhân thu nhận điều trị tại 06 cơ sở y tế chuyên khoa: Bệnh viện Hữu Nghị, Bệnh viện K Trung ương, Bệnh viện Bạch Mai, Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện Ung Bướu Hà Nội và Bệnh viện Đại học Y Hà Nội. Các xét nghiệm sinh học phân tử được triển khai tại Trung tâm Nghiên cứu Gen-Protein, Trường Đại học Y Hà Nội.
  • Phạm vi thời gian: Thu nhận mẫu và theo dõi điều trị từ ngày 01/01/2012 đến ngày 30/03/2013.

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Luận án đã tổng quan hệ thống các công trình nghiên cứu trong nước và quốc tế liên quan đến cơ chế sinh học phân tử, kỹ thuật phát hiện đột biến gen và hiệu quả điều trị của các thuốc EGFR TKIs:

Các hướng nghiên cứu quốc tế

  • Phát hiện thụ thể EGFR và con đường truyền tín hiệu: Thụ thể EGFR được Carpenter và cộng sự phát hiện năm 1978. Phân tử EGFR gồm vùng ngoại bào gắn phối tử (100 kDa), vùng xuyên màng (3 kDa) và vùng nội bào mang hoạt tính tyrosine kinase (60 kDa). Khi phối tử gắn kết, EGFR kích hoạt hai dòng thác tín hiệu nội bào quan trọng: RAS/RAF/MEK/ERK và PI3K/AKT, chi phối quá trình phân bào, sống sót và ức chế chết theo chương trình.
  • Đột biến gen EGFR: Được phân thành ba nhóm chính trên các exon 18 đến 21. Nhóm I gồm các đột biến mất đoạn exon 19 (chiếm khoảng 44%, phổ biến nhất là đột biến xóa cụm LREA từ vị trí acid amin 747-749). Nhóm II gồm các đột biến điểm thay thế nucleotid tại exon 18 và exon 21 (chiếm khoảng 41% là đột biến L858R tại codon 858 exon 21; ngoài ra có G719S/A/C ở exon 18 chiếm 4%, L861Q ở exon 21). Đột biến nhóm I và II làm tăng hệ số phân ly Km của ATP với EGFR, giảm Km của EGFR TKIs, tạo tính nhạy cảm cao với gefitinib và erlotinib. Nhóm III (chiếm khoảng 5%) gồm các đột biến điểm và thêm đoạn tại exon 20 gây kháng thuốc (T790M, S768I, V769L), ngoại trừ đột biến hiếm A763_Y764insFQEA làm tăng nhạy cảm thuốc.
  • Đột biến gen KRAS và cơ chế kháng thuốc: Lièvre và cộng sự (2006) là nhóm nghiên cứu đầu tiên công bố mối quan hệ giữa đột biến KRAS và tính đề kháng với thuốc ức chế EGFR. Benvenuti và cộng sự (2007) khẳng định việc chuyển gen KRAS đột biến G12V vào dòng tế bào ung thư đại trực tràng DiFi làm tế bào kháng hoàn toàn cetuximab. Hơn 3000 đột biến điểm trên KRAS đã được công bố, trong đó tập trung tại codon 12 (82%) và codon 13 (17%) thuộc exon 2. Đột biến KRAS làm protein duy trì vĩnh viễn ở trạng thái hoạt hóa liên kết GTP (RAS-GTP), kháng lại protein hoạt hóa GTPase (GAPs), kích hoạt liên tục con đường hạ nguồn bất kể tình trạng thụ thể EGFR. Phân tích gộp của Mao và cộng sự cho thấy đột biến KRAS hiện diện ở 26% bệnh nhân hút thuốc và chỉ có 6% ở nhóm không hút thuốc.
  • Các nghiên cứu lâm sàng về EGFR TKIs:
    • Nghiên cứu BR.21: Erlotinib đơn trị bước 2/3 kéo dài trung vị thời gian sống thêm bệnh không tiến triển (PFS) lên 2,2 tháng so với giả dược 1,8 tháng (HR = 0,61; p < 0,001) và thời gian sống thêm toàn thể (OS) đạt 6,7 tháng so với 4,7 tháng (HR = 0,70; p < 0,001).
    • Trị liệu phối hợp EGFR TKIs với hóa trị truyền thống: Các thử nghiệm pha III INTACT 1, INTACT 2, ISEL (với gefitinib) cũng như TALENT, TRIBUTE (với erlotinib) đều cho thấy việc kết hợp TKI đồng thời với hóa trị có platinum không cải thiện OS hoặc PFS.
    • Đơn trị bước 1 trên bệnh nhân có đột biến EGFR: Các nghiên cứu ngẫu nhiên pha III chứng minh EGFR TKIs vượt trội so với hóa trị platinum hai thuốc về tỷ lệ đáp ứng khách quan (ORR/RR) và trung vị PFS:
Thử nghiệm lâm sàng Cỡ mẫu phân tích Phác đồ so sánh Tỷ lệ đáp ứng (RR) Trung vị PFS (tháng) Trung vị OS (tháng) Ý nghĩa thống kê
IPASS (2009) n = 261 (EGFR+) Gefitinib vs. Carboplatin/Paclitaxel 71,2% vs. 47,3% 9,5 vs. 6,3 - RR: p < 0,001; PFS: HR = 0,48 (p < 0,001)
WJTOG3405 (2010) n = 177 (EGFR+) Gefitinib vs. Cisplatin/Docetaxel 61,2% vs. 32,2% 9,2 vs. 6,3 - PFS: HR = 0,489 (p < 0,0001)
NEJ002 (2010) n = 230 (EGFR+) Gefitinib vs. Carboplatin/Paclitaxel 73,7% vs. 30,7% 10,8 vs. 5,4 30,5 vs. 23,6 RR: p < 0,0001; PFS: HR = 0,30 (p < 0,0001); OS: p = 0,31
OPTIMAL (2011) n = 154 (EGFR+) Erlotinib vs. Carboplatin/Gemcitabine 83,0% vs. 36,0% 13,1 vs. 4,6 - RR: p < 0,001; PFS: HR = 0,16 (p < 0,001)
EURTAC / FDA (2013) n = 134 (EGFR+) Erlotinib vs. Hóa trị Platinum 65,0% vs. 16,0% 10,4 vs. 5,2 22,9 vs. 19,5 PFS: HR = 0,34 (p < 0,001); OS: HR = 0,93 (p = 0,6482)

Các nghiên cứu tại Việt Nam

  • Lê Thượng Vũ (2009): Báo cáo 5 trường hợp điều trị erlotinib bước 2/3 tại Bệnh viện Chợ Rẫy, ghi nhận RR đạt 40% (2/5 ca một phần), trung bình PFS đạt 5,4 tháng.
  • Vũ Văn Vũ (2010): Đánh giá 10 bệnh nhân tại Bệnh viện Ung Bướu TP.HCM, RR đạt 40% (4/10), trung vị PFS đạt 11 tháng.
  • Nguyễn Thiện Nhân (2010): Báo cáo 1 ca ung thư biểu mô vảy chít hẹp khí quản đáp ứng hoàn toàn sau 10 ngày điều trị erlotinib.
  • Hoàng Anh Vũ và cộng sự (2011): Giải trình tự phát hiện 2 ca đột biến exon 19 và 1 ca đột biến exon 21 trên 4 bệnh nhân đáp ứng với erlotinib; sau đó phân tích 71 mẫu mô UTPKTBN ghi nhận tỷ lệ đột biến EGFR là 42% và KRAS là 46,5%.
  • Phạm Lê Anh Tuấn và cộng sự (2013): Ứng dụng kỹ thuật Scorpion ARMS song song giải trình tự gen trên 70 bệnh nhân, phát hiện 25/70 ca đột biến EGFR (35,7%), xác nhận ưu thế của ARMS khi phát hiện đột biến L858R có đỉnh tín hiệu thấp trên điện di giải trình tự.
  • Nguyễn Tuyết Mai và cộng sự (2013): Khảo sát 36 bệnh nhân dùng erlotinib bước 2/3 tại Bệnh viện K Trung ương, 11 ca xét nghiệm gen có 6 ca đột biến, trung vị PFS là 8,15 tháng và OS là 12,1 tháng.
  • Lê Thượng Vũ, Trần Văn Ngọc (2013): Nghiên cứu trên 98 bệnh nhân UTPKTBN, ghi nhận RR chung là 35,5%, trung vị PFS là 7 tháng, trung vị OS là 11 tháng.
  • Nghiên cứu đa quốc gia Pioneer (2014): Khảo sát 1482 bệnh nhân thể biểu mô tuyến tại 7 nước châu Á, ghi nhận tỷ lệ đột biến EGFR tại Việt Nam là 64,2% (xóa đoạn exon 19 chiếm 27,5%, L858R chiếm 12,5%, đột biến kháng thuốc exon 20 chiếm 8,3%).

Khoảng trống nghiên cứu được luận án lựa chọn giải quyết

Tổng hợp y văn cho thấy các nghiên cứu trong nước từ năm 2009 đến 2014 còn tản mạn (khoảng 10 công trình). Phần lớn các nghiên cứu đánh giá điều trị bước 2 hoặc bước 3 mà chưa phân tầng theo xét nghiệm gen đầy đủ; chỉ có duy nhất nghiên cứu của Hoàng Anh Vũ khảo sát đồng thời cả hai gen EGFR và KRAS; chưa có nghiên cứu nào kết hợp giải trình tự Sanger với kỹ thuật độ nhạy cao Scorpion ARMS để kiểm chứng đột biến, và chưa có công trình nào đánh giá bài bản hiệu quả điều trị đích bước 1 bằng erlotinib dựa trên kết quả xác định tình trạng gen EGFR và KRAS.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết và khái niệm sử dụng

  • Thụ thể EGFR và mạng lưới dẫn truyền: Thụ thể bề mặt tế bào thuộc họ ErbB, đóng vai trò công tắc sinh học điều hòa phân bào. Đột biến tại vùng gắn ATP của miền tyrosine kinase nội bào (exon 18-21) làm thay đổi cấu hình không gian, duy trì trạng thái phosphoryl hóa tự phát.
  • Trục EGFR - KRAS: Protein KRAS giữ vai trò truyền tín hiệu xuôi dòng từ EGFR. Đột biến thay thế acid amin tại codon 12 và codon 13 làm mất chức năng GTPase nội tại, khiến tín hiệu tăng sinh tế bào được phát liên tục độc lập với thụ thể màng, gây hiện tượng kháng hoàn toàn với các thuốc ức chế EGFR.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

Luận án áp dụng thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang kết hợp theo dõi dọc tiến cứu trên lâm sàng:

  1. Kỹ thuật sinh học phân tử xác định đột biến gen:

    • Tách chiết DNA: Thực hiện từ các khối nến mô bệnh học (FFPE) hoặc mẫu mô sinh thiết tươi/phẫu thuật, định lượng nồng độ và đánh giá độ tinh sạch bằng đo mật độ quang (OD).
    • Kỹ thuật khuếch đại gen (PCR): Khuếch đại chuyên biệt các phân đoạn chứa exon 18, 19, 20, 21 của gen EGFR và exon 2 của gen KRAS. Sử dụng gen chứng nội GAPDH để kiểm tra chất lượng DNA. Điện di kiểm tra sản phẩm trên gel agarose.
    • Kỹ thuật giải trình tự gen Sanger trực tiếp: Tinh sạch sản phẩm PCR, thực hiện phản ứng giải trình tự với dideoxynucleotid gắn huỳnh quang (ddNTPs) và phân tích trên hệ thống máy giải trình tự tự động; đối chiếu trình tự thu được với trình tự chuẩn trên Ngân hàng gen quốc tế (GenBank) để phát hiện đột biến điểm, mất đoạn hoặc thêm đoạn.
    • Kỹ thuật Scorpion ARMS real-time PCR: Ứng dụng hệ thống khuếch đại đặc hiệu alen đột biến kết hợp phân tử dò Scorpion (chứa đầu bắt cặp đặc hiệu, huỳnh quang fluorophore và chất dập tắt quencher) trên máy Real-time PCR. Kỹ thuật này phát hiện các alen đột biến có tỷ lệ nhỏ (đạt ngưỡng 1% trên nền DNA lành tính) mà giải trình tự gen có thể bỏ sót. Các đột biến phát hiện bao gồm: G719A/C/S (exon 18); 19 dạng mất đoạn exon 19; T790M, S768I và 3 dạng thêm đoạn exon 20; L858R, L861Q (exon 21); các biến thể codon 12, 13 gen KRAS (G12A, G12C, G12D, G12S, G12V, G13D).
    • Tham chiếu lý thuyết các kỹ thuật khác: Luận án phân tích nguyên lý kỹ thuật PCR-RFLP (sử dụng enzym cắt hạn chế MscI cho exon 21 EGFR, enzym NlaI và HaeIII cho codon 12, 13 KRAS) và kỹ thuật khuếch đại thông minh SMAP (phản ứng một bước, phát hiện sau 30 phút nhờ enzym Taq MutS).
  2. Quy trình lâm sàng và tiêu chuẩn đánh giá điều trị:

    • Phác đồ điều trị: Bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn IIIB-IV mang đột biến nhạy cảm gen EGFR (và không mang đột biến kháng thuốc hoặc đột biến KRAS) được chỉ định đơn trị bước 1 bằng erlotinib liều chuẩn 150 mg/ngày, uống hàng ngày lúc đói.
    • Đánh giá đáp ứng thực thể: Chụp cắt lớp vi tính (CT ngực và phần bụng trên), cộng hưởng từ (MRI sọ não) hoặc xạ hình xương được tiến hành trước điều trị, sau 1 tháng, và định kỳ mỗi 2-3 tháng. Đánh giá đáp ứng khối u theo tiêu chuẩn RECIST v1.1 đối với tổn thương đo lường được và không đo lường được: Đáp ứng hoàn toàn (CR), Đáp ứng một phần (PR), Bệnh ổn định (SD), Bệnh tiến triển (PD). Tỷ lệ đáp ứng khách quan (ORR = CR + PR).
    • Đánh giá toàn trạng: Đánh giá trước và sau các chu kỳ điều trị dựa trên thang điểm chỉ số thể trạng Karnofsky (KPS).
    • Đánh giá thời gian sống thêm: Tính toán thời gian sống thêm bệnh không tiến triển (PFS) và thời gian sống thêm toàn thể (OS) bằng thuật toán Kaplan-Meier.
    • Đánh giá độc tính: Ghi nhận tác dụng không mong muốn (phát ban dạng trứng cá, tiêu chảy, mệt mỏi, độc tính gan...) phân độ theo thang Tiêu chuẩn chung về biến cố bất lợi của Viện Ung thư Quốc gia Hoa Kỳ (NCI-CTCAE).

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

  • Phân tích dịch tễ học và các yếu tố căn nguyên gây UTPKTBN: khói thuốc lá (chứa trên 300 hợp chất, hơn 40 chất sinh ung thư đã được chứng minh như nitrosamines, hydrocacbon thơm đa vòng, benzo-A-pyrine gây tổn thương DNA và kích hoạt đường AKT), phơi nhiễm bụi a-mi-ăng, khí radon (10%), ô nhiễm không khí (1-2%), cùng các bệnh lý nền mạn tính (COPD, xơ phổi, lao).
  • Chi tiết hóa phân loại giải phẫu bệnh mô học theo WHO/IASLC (1999) gồm 7 phân nhóm (biểu mô tuyến, biểu mô vảy, tế bào lớn, tuyến vảy, sarcomatoid, carcinoid, tuyến nước bọt) và hệ thống phân loại giai đoạn bệnh TNM theo AJCC thế hệ 7 (2010).
  • Hệ thống hóa các con đường dẫn truyền tín hiệu qua thụ thể EGFR, đột biến gen EGFR (exon 18-21), đột biến gen KRAS (codon 12, 13), đột biến BRAF (1-3%), đột biến MEK1 (~1%), biến đổi con đường PI3K/AKT/PTEN (PIK3CA đột biến 4-16%, AKT1 6-20%, PTEN mất chức năng 15%), và các tái sắp xếp gen liên quan thụ thể ALK, ROS1, RET.
  • Trình bày toàn diện các thử nghiệm lâm sàng ngẫu nhiên pha III đánh giá hiệu quả của kháng thể đơn dòng (cetuximab trong thử nghiệm FLEX) và các thuốc TKI thế hệ 1 (gefitinib trong IPASS, WJTOG3405, NEJ002; erlotinib trong BR.21, OPTIMAL, EURTAC).
  • Đánh giá các phương pháp xét nghiệm đột biến gen từ kinh điển đến hiện đại (PCR-RFLP, Sanger, Scorpion ARMS, SMAP), chỉ rõ ưu - nhược điểm của từng phương pháp trong bối cảnh thực hành giải phẫu bệnh tại Việt Nam.

Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu

  • Trình bày cụ thể tiêu chuẩn lựa chọn và tiêu chuẩn loại trừ trên 181 bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn IIIB-IV tại 6 bệnh viện ở Hà Nội; bảo đảm tính pháp lý và chấp thuận của hội đồng đạo đức nghiên cứu y sinh học.
  • Chi tiết hóa quy trình kỹ thuật phòng xét nghiệm: xử lý bệnh phẩm mô sáp, kỹ thuật tách chiết DNA, công thức thành phần phản ứng PCR khuếch đại exon 18, 19, 20, 21 của EGFR và exon 2 của KRAS, các cặp mồi xuôi và mồi ngược chuyên biệt, chu trình nhiệt luân nhiệt.
  • Quy trình giải trình tự gen Sanger bằng hóa chất BigDye Terminator trên máy giải trình tự tự động; quy trình real-time PCR bằng kít chẩn đoán Scorpion ARMS (Scorpions-Amplification Refractory Mutation System).
  • Thiết lập quy trình lâm sàng điều trị đích bước 1 bằng erlotinib liều 150 mg/ngày; định kỳ theo dõi đáp ứng khối u theo RECIST v1.1, ghi nhận độc tính theo CTCAE, tính toán thời gian sống thêm PFS và OS.
  • Phương pháp xử lý dữ liệu y sinh học bằng phần mềm thống kê, áp dụng các thuật toán so sánh biến định tính, kiểm định phân phối và đường cong tích lũy Kaplan-Meier.

Chương 3: Kết quả nghiên cứu

  • Kết quả tách chiết và khuếch đại DNA: Đánh giá chất lượng các mẫu DNA tách chiết từ mô ung thư qua nồng độ quang học (OD), khẳng định độ tinh sạch và sự toàn vẹn của DNA thông qua điện di PCR với gen chứng nội GAPDH. Sản phẩm PCR của các exon 18, 19, 20, 21 của EGFR và exon 2 của KRAS đều hiển thị các vạch đặc hiệu, rõ nét trên thạch agarose.
  • Phát hiện các dạng đột biến gen EGFR:
    • Bằng kỹ thuật giải trình tự gen: Ghi nhận nhiều dạng biến đổi nucleotid gồm đột biến điểm L858R trên exon 21; đột biến điểm L861Q trên exon 21; đột biến mất đoạn cụm nucleotid mã hóa LREA trên exon 19; đột biến điểm G719S trên exon 18; đột biến mất 1 nucleotid A tại vị trí 2137 (c.2137delA) trên exon 18; các đột biến kháng thuốc trên exon 20 gồm T790M, S768I, V769L; đột biến xóa 2 nucleotid c.2373_2374delAA trên exon 20; đột biến mất đoạn c.2499_2521del23 trên exon 21; và đột biến thêm 3 nucleotid c.2554/2555insACA trên exon 21.
    • Bằng kỹ thuật Scorpion ARMS: Khẳng định chính xác các trường hợp đột biến điểm và đột biến mất đoạn, trong đó có trường hợp mang đột biến kép L858R (exon 21) đồng thời mang đột biến kháng thuốc tiên phát T790M (exon 20) trên cùng một bệnh nhân (mã số mẫu 48); khẳng định đồng đột biến S768I và V769L trên exon 20.
    • Phân loại tỷ lệ phân bố đột biến theo từng exon và phân loại theo tính đáp ứng thuốc (nhóm nhạy cảm thuốc TKI so với nhóm kháng thuốc tự nhiên).
  • Phát hiện các dạng đột biến gen KRAS:
    • Xác định các biến đổi acid amin tại exon 2 bằng giải trình tự và Scorpion ARMS: G12C, G12V, G12A, G12D, G12S tại codon 12 và G13D tại codon 13.
    • Thống kê tỷ lệ phân bố đột biến theo codon và phân tích các trường hợp đột biến phối hợp giữa hai gen EGFR và KRAS.
  • Kết quả điều trị đích bước 1 bằng erlotinib:
    • Đặc điểm nhóm bệnh nhân điều trị: tình trạng thể lực, các dạng đột biến gen EGFR mang trong khối u.
    • Đánh giá đáp ứng thực thể theo tiêu chuẩn RECIST v1.1: Tỷ lệ bệnh nhân đạt đáp ứng một phần (PR), bệnh ổn định (SD), bệnh tiến triển (PD). Tác giả minh họa qua các ca bệnh điển hình như bệnh nhân VTTT (CT ngực và MRI sọ não cho thấy thoái lui tổn thương rõ rệt ở tháng thứ 9 sau điều trị) và bệnh nhân NTH (MSCT ngực và xạ hình xương ghi nhận tổn thương phổi và di căn xương thoái lui sau 1 tháng và 5 tháng điều trị erlotinib).
    • Cải thiện toàn trạng theo thang Karnofsky: Tỷ lệ bệnh nhân tăng điểm thể trạng rõ rệt sau 1 đến 2 tháng sử dụng thuốc.
    • Thời gian sống thêm: Xây dựng biểu đồ Kaplan-Meier ghi nhận trung vị PFS và trung vị OS của nhóm bệnh nhân điều trị; phân tích mối tương quan giữa đặc điểm lâm sàng (tuổi, giới tính, tiền sử hút thuốc, thể mô bệnh học) với thời gian sống thêm.
    • Tác dụng phụ: Phân tích tần suất xuất hiện và mức độ độc tính theo thang CTCAE (phát ban da dạng trứng cá chiếm ưu thế, tiêu chảy, mệt mỏi, viêm niêm mạc; hầu hết ở độ 1-2, được kiểm soát tốt bằng điều trị triệu chứng mà không phải ngừng thuốc).

Chương 4: Bàn luận

  • Về kỹ thuật xét nghiệm: So sánh đối chiếu hai phương pháp giải trình tự gen Sanger và Scorpion ARMS. Phân tích ưu thế của giải trình tự trong việc phát hiện các đột biến mới, đột biến hiếm (như c.2137delA, c.2373_2374delAA, c.2554/2555insACA), đồng thời chỉ ra nhược điểm độ nhạy giới hạn của Sanger khi tỷ lệ tế bào u trong mẫu mô sinh thiết thấp. Đánh giá kỹ thuật Scorpion ARMS có độ nhạy vượt trội, phát hiện được các trường hợp alen đột biến nồng độ thấp (như đột biến L858R cho đỉnh tín hiệu thấp trên điện sắc đồ) và phát hiện chuẩn xác đột biến kháng thuốc T790M tiên phát.
  • Về tỷ lệ đột biến gen EGFR và KRAS: So sánh tỷ lệ đột biến gen EGFR của nghiên cứu với các công bố quốc tế và trong nước (nghiên cứu Pioneer 2014, Hoàng Anh Vũ 2011, Phạm Lê Anh Tuấn 2013). Bàn luận về đặc điểm dịch tễ học phân tử: tỷ lệ đột biến EGFR cao ở người châu Á, giới nữ, thể ung thư biểu mô tuyến và người không hút thuốc; ngược lại đột biến KRAS có tần suất thấp hơn ở quần thể Đông Á so với người da trắng và liên quan mật thiết đến hành vi hút thuốc lá.
  • Về hiệu quả lâm sàng của erlotinib bước 1: So sánh tỷ lệ đáp ứng thực thể (ORR), trung vị PFS và OS trong nghiên cứu với các thử nghiệm quốc tế lớn (OPTIMAL, EURTAC). Bàn luận về sự khác biệt đáp ứng giữa các dạng đột biến khác nhau (đột biến mất đoạn exon 19 cho đáp ứng và thời gian sống có xu hướng vượt trội so với đột biến điểm exon 21). Phân tích sự xuất hiện của các đột biến kháng thuốc tiên phát (như T790M, S768I, V769L) hoặc đồng đột biến KRAS làm giảm hoặc mất hoàn toàn hiệu quả của erlotinib.
  • Về độc tính và chất lượng điều trị: Bàn luận về cơ chế xuất hiện các tác dụng phụ trên da và đường tiêu hóa do erlotinib ức chế EGFR sinh lý tại tế bào biểu mô mầm da và niêm mạc ruột non; phân tích mối tương quan lâm sàng giữa mức độ phát ban da và khả năng đáp ứng điều trị; khẳng định độ an toàn, dễ dung nạp của phác đồ TKI đường uống so với hóa trị truyền thống.

Kết quả và những đóng góp mới

Đóng góp về mặt lý luận và khoa học

  1. Cung cấp dữ liệu sinh học phân tử có hệ thống về phổ đột biến của hai gen chi phối trực tiếp điều trị đích là EGFR (exon 18-21) và KRAS (exon 2) trên nhóm bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn muộn tại miền Bắc Việt Nam.
  2. Xác định các dạng đột biến phức tạp, bao gồm các đột biến điểm, mất đoạn, thêm đoạn, đột biến kháng thuốc tiên phát (T790M, S768I, V769L) và các trường hợp đồng đột biến hiếm gặp (mang đồng thời đột biến trên cả hai gen EGFR và KRAS, hoặc hai vị trí trên cùng một gen), làm sáng tỏ cơ chế phân tử của hiện tượng đáp ứng kém hoặc kháng thuốc tự nhiên trên lâm sàng.

Đóng góp về mặt thực tiễn và phương pháp

  1. Xây dựng và hoàn thiện quy trình phối hợp hai kỹ thuật sinh học phân tử: Kỹ thuật giải trình tự Sanger trực tiếp giúp quét toàn diện mọi biến đổi nucleotid trên các exon, kết hợp kỹ thuật Scorpion ARMS real-time PCR có độ nhạy cao giúp khẳng định các mẫu có hàm lượng tế bào u thấp hoặc tín hiệu mờ nhạt, nâng cao độ tin cậy trong chẩn đoán phân tử.
  2. Cung cấp bằng chứng thực tiễn lâm sàng bước đầu tại Việt Nam về hiệu quả điều trị đích bước 1 bằng viên uống erlotinib (150 mg/ngày) trên bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn muộn có đột biến gen EGFR: ghi nhận sự thoái lui kích thước khối u rõ rệt, cải thiện điểm thể trạng Karnofsky, kéo dài thời gian sống thêm không tiến triển bệnh (PFS), đi kèm hồ sơ tác dụng phụ nhẹ (chủ yếu độ 1-2), có thể quản lý an toàn trong thực hành lâm sàng.

Khuyến nghị và giải pháp đề xuất

  • Đưa xét nghiệm xác định đột biến gen EGFR và KRAS thành chỉ định thường quy bắt buộc cho tất cả bệnh nhân UTPKTBN giai đoạn tiến xa trước khi lựa chọn phác đồ điều trị nội khoa.
  • Ứng dụng phối hợp các kỹ thuật sinh học phân tử phù hợp: ưu tiên các phương pháp có độ nhạy cao như Scorpion ARMS cho mẫu sinh thiết nhỏ, đồng thời duy trì giải trình tự gen để phát hiện các biến thể mới.
  • Khuyến cáo sử dụng thuốc ức chế EGFR TKI (như erlotinib) làm lựa chọn ưu tiên hàng đầu (điều trị bước 1) cho những bệnh nhân mang đột biến hoạt hóa nhạy cảm gen EGFR nhằm tối ưu hóa thời gian sống thêm và nâng cao chất lượng cuộc sống cho người bệnh.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế được ghi nhận từ phạm vi đề tài

  • Nghiên cứu chỉ tập trung thu nhận nhóm bệnh nhân UTPKTBN ở giai đoạn muộn (tiến triển tại chỗ hoặc di căn xa, IIIB-IV), chưa khảo sát trên các giai đoạn sớm (I-IIIA) được phẫu thuật triệt căn.
  • Địa bàn nghiên cứu tập trung tại 06 bệnh viện lớn thuộc khu vực Hà Nội, chưa bao quát được toàn bộ các vùng miền địa lý khác nhau trên cả nước.
  • Kỹ thuật giải trình tự Sanger còn phụ thuộc vào tỷ lệ tế bào ác tính trong mẫu bệnh phẩm mô đúc nến; những mẫu sinh thiết kim nhỏ có tỷ lệ tế bào ung thư dưới 20% tiềm ẩn nguy cơ âm tính giả nếu không có kỹ thuật ARMS hỗ trợ.
  • Trong giai đoạn nghiên cứu (2012-2013), điều kiện tiếp cận thuốc điều trị đích erlotinib bước 1 của bệnh nhân còn chịu rào cản về chi phí kinh tế, dẫn đến cỡ mẫu nhóm theo dõi dọc điều trị thuốc đích bước 1 nhỏ hơn tổng số mẫu làm xét nghiệm gen ban đầu.

Hướng nghiên cứu tiếp

  • Mở rộng khảo sát đột biến gen EGFR và KRAS trên các giai đoạn bệnh sớm hơn nhằm đánh giá vai trò tiên lượng và định hướng điều trị bổ trợ sau phẫu thuật.
  • Nghiên cứu mở rộng các dấu ấn sinh học phân tử hạ nguồn và phối hợp khác đã được đề cập trong y văn như chuyển vị gen ALK, ROS1, RET, khuếch đại gen MET, đột biến BRAF và đột biến trên con đường PI3K/AKT.
  • Triển khai nghiên cứu các cơ chế kháng thuốc thứ phát sau điều trị TKI bước 1 (đặc biệt là đột biến T790M mắc phải) và đánh giá các thế hệ thuốc ức chế EGFR mới hơn.
  • Nghiên cứu ứng dụng các kỹ thuật khuếch đại phân tử rút gọn một bước như Smart Amplification Process (SMAP) để rút ngắn thời gian trả kết quả gen xuống dưới 30-45 phút, phục vụ chẩn đoán nhanh tại chỗ.

Giá trị tham khảo

Luận án là tài liệu chuyên khảo có giá trị ứng dụng cao cho nhiều đối tượng trong ngành y dược học:

  • Đối với bác sĩ chuyên khoa Ung bướu và Hô hấp: Luận án cung cấp cơ sở dữ liệu lâm sàng thực tế tại Việt Nam về đáp ứng điều trị, thời gian sống thêm (PFS, OS) và hướng dẫn thực hành theo dõi, xử trí các tác dụng phụ ngoài da và đường tiêu hóa khi sử dụng erlotinib đơn trị bước 1.
  • Đối với chuyên viên Hóa sinh Y học và Sinh học phân tử: Phần mô tả chi tiết tại Chương 2 và Chương 3 là tài liệu tham khảo chuẩn xác về quy trình tách chiết DNA từ mô nến, thiết kế mồi, điều kiện chạy phản ứng PCR, phương pháp giải trình tự gen Sanger và quy trình kỹ thuật Scorpion ARMS real-time PCR.
  • Đối với nghiên cứu sinh, học viên cao học chuyên ngành Ung thư và Hóa sinh: Luận án là hình mẫu hoàn chỉnh về phương pháp kết hợp nghiên cứu dịch tễ học phân tử trong phòng thí nghiệm với nghiên cứu đánh giá hiệu quả điều trị lâm sàng theo chuẩn quốc tế (RECIST v1.1, Karnofsky, CTCAE, Kaplan-Meier).
  • Đối với nhà quản lý y tế và bảo hiểm y tế: Cung cấp bằng chứng thực tiễn về hiệu quả điều trị cá thể hóa dựa trên tình trạng đột biến gen, làm cơ sở khoa học để xây dựng danh mục chi trả bảo hiểm cho xét nghiệm gen và thuốc điều trị trúng đích.

Câu hỏi thường gặp

1. Những đột biến nào trên gen EGFR làm tăng tính nhạy cảm với các thuốc ức chế tyrosine kinase (EGFR TKIs)?

Theo luận án, các đột biến làm tăng tính nhạy cảm với thuốc ức chế tyrosine kinase tập trung ở exon 18 đến 21, thuộc hai nhóm chính:

  • Nhóm I: Các đột biến mất đoạn ở exon 19, phổ biến nhất là đột biến xóa đoạn amino acid từ leucine vị trí 747 đến acid glutamic vị trí 749 (cụm LREA), chiếm khoảng 44% các trường hợp đột biến EGFR.
  • Nhóm II: Các đột biến điểm thay thế nucleotid làm đổi acid amin ở exon 21 và exon 18. Thường gặp nhất là đột biến L858R tại codon 858 trên exon 21 (chiếm khoảng 41%). Ngoài ra còn có đột biến thay thế glycine tại codon 719 ở exon 18 thành serine (G719S), alanine (G719A), hoặc cysteine (G719C) chiếm khoảng 4%, và đột biến L861Q tại exon 21.

2. Vì sao đột biến trên exon 2 của gen KRAS lại khiến liệu pháp điều trị trúng đích ức chế EGFR mất hiệu lực?

Gen KRAS mã hóa cho protein KRAS mang hoạt tính GTPase, giữ vai trò chất truyền tin nội bào nằm xuôi dòng ngay sau thụ thể EGFR. Ở điều kiện bình thường, protein KRAS chuyển đổi qua lại giữa dạng hoạt động (gắn GTP) và dạng bất hoạt (gắn GDP) dưới sự kiểm soát của yếu tố GAPs và GEFs. Khi gen KRAS bị đột biến tại codon 12 hoặc codon 13 (exon 2), protein đột biến có khả năng kháng lại hoạt tính thủy phân của GAPs, dẫn tới việc luôn tồn tại cố định ở trạng thái gắn GTP hoạt hóa. Protein này liên tục kích hoạt các dòng thác tín hiệu nội bào hạ nguồn (MEK-ERK và PI3K/AKT) thúc đẩy tế bào phân chia và ức chế chết theo chương trình hoàn toàn độc lập với sự hoạt hóa của EGFR. Do đó, việc dùng thuốc ức chế thụ thể EGFR (như erlotinib, gefitinib) ở phía trên không còn tác dụng ngăn chặn khối u phát triển.

3. Ưu và nhược điểm của hai kỹ thuật sinh học phân tử chính được tác giả sử dụng để phát hiện đột biến gen là gì?

  • Kỹ thuật giải trình tự gen Sanger: Có ưu thế vượt trội là khảo sát toàn diện mọi vị trí nucleotid trên đoạn khuếch đại, giúp phát hiện cả những đột biến điểm mới, đột biến mất đoạn hoặc thêm đoạn chưa từng được công bố trong cơ sở dữ liệu. Nhược điểm là quy trình phức tạp, tốn thời gian (1-2 ngày) và độ nhạy giới hạn (chỉ phát hiện được đột biến khi mẫu chứa ít nhất 15-20% tế bào ung thư mang alen đột biến).
  • Kỹ thuật Scorpion ARMS real-time PCR: Có ưu thế về độ nhạy rất cao, phát hiện được alen đột biến ngay cả khi chỉ chiếm tỷ lệ 1% trong mẫu mô; thời gian thực hiện ngắn (3-4 giờ); được chuẩn hóa đạt tiêu chuẩn chẩn đoán lâm sàng quốc tế. Nhược điểm là kỹ thuật chỉ phát hiện được các dạng đột biến đã được thiết kế mồi và mẫu dò đặc hiệu từ trước, không có khả năng phát hiện các đột biến mới nằm ngoài danh mục kít chẩn đoán.

4. Luận án sử dụng các hệ thống tiêu chuẩn lâm sàng quốc tế nào để phân loại bệnh nhân, đánh giá đáp ứng và độc tính điều trị?

Luận án đã tuân thủ chặt chẽ các thang đo chuẩn mực quốc tế:

  • Phân loại mô bệnh học: Tiêu chuẩn WHO/IASLC năm 1999 cho khối u phổi và màng phổi.
  • Phân loại giai đoạn ung thư: Hệ thống TNM theo AJCC thế hệ thứ 7 (năm 2010).
  • Đánh giá đáp ứng khối u: Tiêu chuẩn RECIST phiên bản 1.1 (Response Evaluation Criteria In Solid Tumors) phân định cho cả tổn thương đo lường được và không đo lường được.
  • Đánh giá thể trạng bệnh nhân: Thang điểm chỉ số toàn trạng Karnofsky (Karnofsky Performance Scale - KPS).
  • Đánh giá tác dụng phụ của thuốc: Tiêu chuẩn Đánh giá Biến cố Bất lợi Thường gặp của Viện Ung thư Quốc gia Hoa Kỳ (NCI-CTCAE).
  • Phân tích thời gian sống thêm: Thuật toán thống kê phân tích sống còn tích lũy Kaplan-Meier đối với PFS và OS.

5. Dữ liệu từ nghiên cứu đa quốc gia Pioneer (2014) được tác giả trích dẫn cho thấy tỷ lệ đột biến EGFR tại Việt Nam có đặc điểm gì nổi bật?

Nghiên cứu Pioneer (năm 2014) khảo sát trên 1482 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ thể biểu mô tuyến tại 51 trung tâm y tế thuộc 7 quốc gia châu Á. Kết quả trích dẫn trong luận án ghi nhận tỷ lệ bệnh nhân mang đột biến gen EGFR tại Việt Nam đạt 64,2% — là mức tỷ lệ cao nhất trong số các quốc gia tham gia nghiên cứu. Trong cơ cấu đột biến tại Việt Nam, đột biến mất đoạn trên exon 19 chiếm 27,5%, đột biến điểm L858R trên exon 21 chiếm 12,5%, và các đột biến kháng thuốc trên exon 20 chiếm 8,3%.

Kết luận

Luận án tiến sĩ của tác giả Nguyễn Minh Hà là công trình chuyên khảo hệ thống đầu tiên tại Việt Nam kết hợp đồng thời kỹ thuật giải trình tự gen Sanger và kỹ thuật Scorpion ARMS real-time PCR để xác định tình trạng đột biến gen EGFR và gen KRAS trên 181 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn muộn. Công trình đã làm rõ đặc điểm dịch tễ phân tử của hai gen then chốt này, đồng thời chứng minh điều trị đích bước 1 bằng erlotinib mang lại tỷ lệ đáp ứng cao, cải thiện rõ rệt thể trạng và kéo dài thời gian sống thêm cho bệnh nhân có đột biến EGFR nhạy cảm với mức độ dung nạp thuốc an toàn. Toàn bộ các phát hiện là minh chứng khoa học vững chắc khẳng định tính tất yếu của việc xét nghiệm gen EGFR và KRAS thường quy nhằm hiện thực hóa mục tiêu điều trị cá thể hóa cho người bệnh ung thư phổi tại Việt Nam.