Nghiên Cứu Xây Dựng Quy Trình Phát Hiện Virus SPFMV Gây Bệnh Chân Chìm Trên Cây Khoai Lang

Khóa luận tốt nghiệp nghiên cứu tốt nghiệp công nghệ sinh học nghiên cứu xây dựng quy trình phát hiện sweet potato feathery mottle, vận dụng lý thuyết vào thực tế, đề xuất giải

Chuyên ngành

Công Nghệ Sinh Học

Người đăng

Ẩn danh

Thể loại

khóa luận tốt nghiệp

2018 - 2022

51
6
0

Phí lưu trữ

30 Point

Mục lục chi tiết

LỜI CẢM ƠN

XÁC NHẬN VÀ CAM ĐOAN

TÓM TẮT

ABSTRACT

1. CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ

1.1. Mục tiêu nghiên cứu

1.2. Nội dung thực hiện

2. CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1. Tổng quan về khoai lang (Ipomoea batatas)

2.1.1. Nguồn gốc và lịch sử phát triển

2.1.2. Vị trí, phân loại

2.1.3. Dinh dưỡng

2.2. Một số loại bệnh virus trên cây khoai lang

2.3. Tổng quan về virus Sweet Potato Feathery Mottle Virus (SPFMV)

2.4. Kỹ thuật PCR và các kỹ thuật khác

2.4.1. Các phương pháp khảo sát

2.4.2. Kỹ thuật Multiplex RT-PCR

2.4.3. Nguyên tắc phản ứng Multiplex RT-PCR. Các yếu tố ảnh hưởng đến phản ứng Multiplex RT-PCR

2.4.4. Các phương pháp xác định trình tự nucleotide. Tình hình nghiên cứu SPFMV

3. CHƯƠNG 3: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

3.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu

3.2. Vật liệu

3.3. Trình tự primer sử dụng trong nghiên cứu

3.4. Phương pháp nghiên cứu

3.4.1. Quy trình kiểm chứng đối chứng dương

3.4.2. Thiết kế primer ACT F/R nội chuẩn. Tối ưu hóa phản ứng RT-PCR đơn

4. CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

4.1. Kết quả kiểm chứng đối chứng dương và thiết kế primer ACT F/R

4.2. Kết quả tối ưu hóa nhiệt độ

4.3. Kết quả Multiplex RT-PCR và độ đặc hiệu của primer SPF F/R

4.4. Kết quả áp dụng trên mẫu thực địa

5. CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT

DANH SÁCH CÁC BẢNG

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Tóm tắt

I. Tổng quan về Nghiên cứu Virus SPFMV gây bệnh chân chìm trên cây khoai lang

Virus Sweet Potato Feathery Mottle Virus (SPFMV) là một trong những tác nhân gây bệnh nghiêm trọng trên cây khoai lang. Bệnh chân chìm do virus này gây ra đã ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng sản phẩm khoai lang trên toàn cầu. Việc phát hiện sớm virus SPFMV là rất quan trọng để kiểm soát và giảm thiểu thiệt hại cho nông dân. Nghiên cứu này tập trung vào việc xây dựng quy trình phát hiện virus SPFMV bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR, một phương pháp hiện đại và hiệu quả.

1.1. Virus SPFMV và tác động của nó đến cây khoai lang

Virus SPFMV gây ra nhiều triệu chứng trên cây khoai lang, bao gồm lá biến dạng và giảm năng suất. Nghiên cứu cho thấy virus này có thể kết hợp với các virus khác để tạo ra bệnh Sweet Potato Virus Diseases (SPVD), làm tăng mức độ thiệt hại cho cây trồng.

1.2. Tầm quan trọng của việc phát hiện virus sớm

Phát hiện sớm virus SPFMV giúp nông dân có biện pháp phòng ngừa kịp thời, từ đó bảo vệ năng suất và chất lượng khoai lang. Việc áp dụng các kỹ thuật hiện đại như Multiplex RT-PCR sẽ nâng cao độ chính xác trong việc chẩn đoán bệnh.

II. Thách thức trong việc phát hiện virus SPFMV trên cây khoai lang

Việc phát hiện virus SPFMV gặp nhiều khó khăn do các triệu chứng bệnh không rõ ràng và dễ nhầm lẫn với các bệnh khác. Các phương pháp truyền thống như kính hiển vi và ELISA có độ nhạy thấp, không đáp ứng được yêu cầu phát hiện nhanh chóng. Do đó, cần có một phương pháp hiệu quả hơn để phát hiện virus này.

2.1. Các phương pháp phát hiện virus truyền thống

Các phương pháp như kính hiển vi và ELISA thường mất nhiều thời gian và không đảm bảo độ chính xác cao. Điều này dẫn đến việc phát hiện muộn và ảnh hưởng đến khả năng kiểm soát bệnh.

2.2. Nhu cầu về phương pháp phát hiện nhanh chóng và chính xác

Cần thiết phải phát triển các phương pháp mới có độ nhạy cao và thời gian thực hiện ngắn hơn. Kỹ thuật Multiplex RT-PCR được xem là giải pháp tiềm năng cho vấn đề này.

III. Phương pháp Multiplex RT PCR trong phát hiện virus SPFMV

Kỹ thuật Multiplex RT-PCR là một phương pháp tiên tiến cho phép phát hiện nhiều loại virus trong cùng một mẫu. Nghiên cứu đã tối ưu hóa quy trình này để phát hiện virus SPFMV với độ nhạy và độ chính xác cao. Nhiệt độ bắt cặp tối ưu được xác định là 55°C, cùng với nồng độ primer thích hợp.

3.1. Nguyên tắc hoạt động của Multiplex RT PCR

Multiplex RT-PCR sử dụng nhiều primer để khuếch đại các đoạn gen mục tiêu trong cùng một phản ứng. Điều này giúp tiết kiệm thời gian và tăng độ chính xác trong việc phát hiện virus.

3.2. Tối ưu hóa quy trình Multiplex RT PCR

Quy trình đã được tối ưu hóa với nồng độ primer SPF F/R và ACT F/R lần lượt là 0,02 uM và 0,06 uM. Kết quả cho thấy quy trình này có thể phát hiện virus SPFMV một cách hiệu quả.

IV. Kết quả nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn

Nghiên cứu đã áp dụng quy trình Multiplex RT-PCR trên mẫu thực địa tại ba địa điểm khác nhau. Kết quả cho thấy 20/24 mẫu có nhiễm virus SPFMV, chứng tỏ tính hiệu quả của phương pháp này trong việc phát hiện virus. Điều này mở ra hướng đi mới cho việc kiểm soát bệnh chân chìm trên cây khoai lang.

4.1. Kết quả từ mẫu thực địa

Kết quả từ ba địa điểm cho thấy tỷ lệ nhiễm virus SPFMV cao, cho thấy sự phổ biến của virus này trong các vùng trồng khoai lang. Điều này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc phát hiện sớm.

4.2. Ứng dụng quy trình phát hiện trong nông nghiệp

Quy trình Multiplex RT-PCR có thể được áp dụng rộng rãi trong nông nghiệp để phát hiện nhanh chóng virus SPFMV, từ đó giúp nông dân có biện pháp phòng ngừa kịp thời.

V. Kết luận và triển vọng tương lai của nghiên cứu virus SPFMV

Nghiên cứu đã xây dựng thành công quy trình phát hiện virus SPFMV bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR, mở ra cơ hội mới cho việc kiểm soát bệnh chân chìm trên cây khoai lang. Tương lai, cần tiếp tục nghiên cứu để cải thiện độ nhạy và độ chính xác của phương pháp này.

5.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu trong nông nghiệp

Nghiên cứu này không chỉ giúp phát hiện virus SPFMV mà còn góp phần nâng cao năng suất và chất lượng khoai lang, từ đó bảo vệ lợi ích cho nông dân.

5.2. Hướng nghiên cứu tiếp theo

Cần tiếp tục nghiên cứu để phát triển các phương pháp mới, cải thiện quy trình phát hiện virus, và mở rộng ứng dụng trong các loại cây trồng khác.

10/07/2025

Trích đoạn nội dung tài liệu

Đặt vấn đề Khoai lang là cây lương thực thiết yếu trong đời sống, cung cấp nhiều chất dinh dưỡng, được trồng nhiều ở các châu lục như Châu Á, Châu Phi, Mỹ Latinh.Theo số liệu của FAO (2010) thì trên thế giới 77% khoai lang sử dụng làm lương thực, 13% làm thức ăn gia súc, 6% làm nguyên liệu chế biến, phần bỏ đi chỉ còn 4%. Theo số liệu của FAO năm 2019, sản lượng khoai lang của Châu Á chiếm 64,8% sản lượng khoai lang thế giới trong đó Trung Quốc là nước có sản lượng khoai lang lớn nhất. Toàn bộ phan thân lá, ngọn của cây khoai lang được sử dụng làm rau xanh cho người và có thé làm thức ăn cao cấp cho gia súc. Ở Việt Nam, khoai lang được coi là cây lương thực đứng thứ 3 chỉ sau lúa và ngô.

Theo Tổng cục Thống kê Việt Nam năm 2019, sản lượng khoai lang ở nước ta đạt 1,4 triệu tấn và diện tích trồng khoai lang là 20,4 nghìn ha, tăng hơn so với năm 2018. Tuy nhiên, khoai lang đang gặp khó khăn với các bệnh về virus làm sản lượng giảm rõ rệt, thường hơn 50% (Loebenstein, 2015). Các bệnh virus khoai lang được phát hiện phan lớn ở Châu phi và đến nay bệnh đã gây hại trên nhiều vùng trồng khoai lang chủ yếu do các loại virus Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV), Sweet potato vein mosaic virus (SPVMV), Sweet potato latent virus (SPLV), Sweet potato mild mottle virus (SPMMV), Sweet potato caulimo virus (SPCV), Sweet potato yellow dwarf virus (SPYDV) (Man, 2007). Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) là loài virus gay bệnh phô biến nhất trên thé giới, thường xuất hiện ở những nơi trồng khoai lang và là loài gây thiệt hại nhất.

Chính vì thế, cần phải có một quy trình phát hiện kịp thời virus SPFMV để có biện pháp phòng trừ sớm. Hiện nay, một số kỹ thuật đã được sử dụng dé chân đoán virus như: kính hiển vi, kỹ thuật ELISA nhưng có độ nhạy thấp, thời gian lâu. Vì vậy, một giải pháp mới đã được đề ra là sử dụng phương pháp Multiplex RT-PCR có độ nhạy cao, chính xác cho kết quả tối ưu dé phát hiện virus SPFMV. Qua đó, giảm thời gian, công sức cho việc phát hiện, nhận dạng virus gây bệnh.

Từ thực tế trên, dé tài “Nghiên cứu xây dựng quy trình phát hiện Sweer Potato Feathery Mottle Virus (SPFMV) gây bệnh chân chim trên cây khoai lang bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR” đã được thực hiện. Mục tiêu nghiên cứu Xây dựng được quy trình phát hiện Sweet Potato Feathery Mottle Virus (SPFMV) gây bệnh chân chim trên cây khoai lang bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR có độ nhạy và độ chính xác cao, giúp chân đoán và phát hiện virus SPFMV nhanh chóng và hiệu qua. Nội dung thực hiện Nội dung 1: Xây dựng quy trình phát hiện SPFMV bằng kỹ thuật Multiplex RT-PCR. Nội dung 2: Áp dụng quy trình trên trên mẫu thực địa.

TONG QUAN TÀI LIEU 2. Téng quan vé khoai lang (Ipomoea batatas) 2. Nguồn gốc va lịch sử phat triển Khoai lang có nguồn gốc từ vùng nhiệt đới châu Mỹ thông qua các bằng chứng về khảo cô học, ngôn ngữ học, sử học và di truyền học (Trịnh Xuân Ngọ và Định Thế Lộc, 2004) và nó đã được thuần hóa ở Trung Mỹ hơn 5000 năm trước (Mu va Li, 2019; Gobena va ctv, 2022). Các nhà khảo cé đã đưa ra giả thuyết thuyết rằng người Polynesia cổ đại có thé trao đối với những người sống ở bờ biển phía Tây Nam Mỹ (Roullier và ctv, 2013) nên khoai lang đã được đưa đến các nơi có khí hậu nhiệt đới và cận nhiệt đới trên thế giới và phổ biến ở các đảo Thái Bình Dương (Nishiyama, 1971; Bovell-Benjamin, 2014).

Trong thế kỷ 16, các thương nhân và khách du lịch Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha đã mang khoai lang đến Philippines và Indonesia (Srisuwan và ctv, 2006) bat đầu quá trình du nhập vào Châu A (Mu và Li, 2019): tai Phúc Kiến, Trung Quốc năm 1594 (Woolfe, 1992), đến Nhật Bản vào khoảng năm 1735 (Takekoshi, 2022) và Hàn Quốc vào khoảng năm 1764 (Kim, 2012).Tuy nhiên, ngày nay, Trung Quốc lại là nước sản xuất và có sản lượng khoai lang lớn nhất thế giới. Về sự xuất hiện khoai lang ở Việt Nam vào thời điểm nào tại đâu đầu tiên là một khó khăn to lớn vì gần như không có tư liệu cụ thể nào đề cập tới và các nghiên cứu về khoai lang cũng không nhiều. Theo các nghiên cứu của Vũ Đình Hòa (Học viện Nông nghiệp Việt Nam) đã khang định cây khoai lang du nhập vào Việt Nam cuối thé kỷ 16 từ đảo Luzon, Philippines hoặc có thể từ vùng Phúc Kiến. Vị trí, phan loại 2.

Vị trí Khoai lang thuộc Giới : Plantae Ngành :Mangrolyophyta Lớp :Magnoliopsida Bộ : Solanales Họ : Convolvulaceae Chi : Ipomoea Loài Ipomoea batatas L. Khoai lang Upomoea batatas) là một loài cây nông nghiệp có củ chứa nhiều tinh bột, có vị ngọt nên còn được gọi với cái tên khoai tây ngọt. Khoai lang có quan hệ họ hàng xa với khoai tây (Solanum tuberosum) có nguồn gốc Nam Mỹ va quan hệ họ hàng rat xa với khoai mỡ (một số loài trong chi Dioscorea) là các loài có nguồn gốc từ châu Phi và chau A. Còn là loài duy nhất thuộc họ Convolvulaceae 50 chi va hơn 1000 loài (Woolfe, 1992; Mu và Zhang, 2019) có tầm quan trọng kinh tế (Hall và Phatak, 1993; Pitrat, 2012), lá va ngọn được sử dung như một loại rau (Hall và Phatak, 1993).

Chi Jpomoea có khoai lang, rau muống (Ipomoea aquatica) va một s6 loai hoa dai được gọi bằng một số tên như bim bìm (chung với các chi khác), mặc du từ nay không được dùng dé chỉ khoai lang, rau muống. Khoai lang là loài cây thân thảo dang dây leo sống lâu năm, có các lá mọc so le hình tim hay xẻ thùy chân vịt, các hoa có tràng hợp và kích thước trung bình. Rễ củ ăn được có hình dáng thuôn dai và thon, lớp vỏ nhan nhụi có màu từ đỏ, tím, nâu hay trắng. Lớp cùi thịt có màu từ trắng, vàng, cam hay tím (Mu va Singh, 2019).

Phan loai khoai lang Sự đa dang của các giống cây khoai lang chủ yếu được phân biệt bởi mau thịt của chúng (màu vàng, trắng, đỏ, cam, tím), tính chất vật lý và thành phần hóa học (Qin va ctv, 2022). Ví dụ, khoai lang có thịt cam có nhiều carotenoids và khoai lang tím chứa lượng anthocyanin cao (Alam và ctv, 2016; Laurie và ctv, 2018). Ở Việt Nam chủ yếu có 3 loại khoai lang chính: khoai lang Hoàng Long, khoai lang Lệ Cần và khoai lang Nhật tím Bình Tân. Khoai lang Hoàng Long: Khoai lang Hoàng Long là loại cây đặc sản của tỉnh Ninh Bình nói chung và vùng Nho Quan - Gia Viễn vốn nằm bên sông Hoàng Long nói riêng.

Khoai Hoàng Long có thịt củ bở, màu vàng nhạt, bùi, ngọt và có mùi thơm đặc trưng. Hiện nay, Trung tâm Thực nghiệm Sinh học Nông nghiệp công nghệ cao thuộc Viện Di truyền nông nghiệp Việt Nam đã thử nghiệm và phục tráng thành công giống khoai lang Hoàng Long cho năng suất, chất lượng cao trên diện tích 3 ha tại các xã Yên Quang và Phú Sơn huyện Nho Quan. Khoai lang Lệ Cần là đặc sản của vùng Lệ Cần, xã Tân Bình, Dak Đoa, Gia Lai. Khoai lang Lệ Cần có thân dây to, cứng, lá mọc dài, tán có nhiều thùy màu nâu tím, củ màu đỏ, dài, thuôn.

Ruột có màu vàng nghệ nên khi luộc bở vàng ươm, ăn ngọt lim và bùi. Đặc biệt, giông khoai này chỉ trồng ở vùng Lệ Cần mới có đủ đặc điểm trên. Khoai lang Nhật tím Bình Tân cho năng suất cao về chất lượng cũng như số lượng. Dinh dưỡng Củ khoai lang là nơi chứa nhiều chất dinh dưỡng nhất ở khoai lang, nó cung cấp calo là chủ yếu và cho lựng calo cao hơn khoai tây.

Thành phần dinh dưỡng chính của khoai lang là đường và tinh bột; bên cạnh đó còn có một số chất như protein (Mu và ctv, 2017), các vitamin (de Brauw va ctv, 2019), chat khoang, sat (Jongstra va ctv, 2020). Trong 100 gam khoai lang thì bao gồm: năng lượng: 119 Keal, protein: 0,8 gam, lipid: 0,2 gam, glucid: 28,5 gam, chất xơ: 1,3 gam, vitamin: A, C, B.chat khoang: kali, mangan, đồng, niacin,. Vi vậy khoai lang được ứng dụng nhiều trong thực phẩm như làm bánh (Kolawole và ctv, 2020). Màu sắc và hương vị ngọt ngào cũng góp phần vào khả năng chấp nhận ăn khoai lang, thường được nấu và chuẩn bị bằng cách đun sôi, chiên, hap và nướng ở các nước phương Tây (Hadero, 2018).

Ngoài ra, một số sản phẩm thực phẩm mới đã được phát triển bằng khoai lang như: hỗn hợp với lúa mì và đậu tương, mì và bánh quy (Hadero, 2018; Kolawole và ctv, 2020). Thành phần dinh dưỡng trong khoai lang góp phần tích cực vào sức khỏe của con người, chẳng hạn như chống oxy hóa, bảo vệ gan, chống viêm, chống ung thư, chống đái tháo đường, kháng khuẩn, chống co thắt, tác dụng chống ung thư (Wang và ctv, 2016). Một số loại bệnh virus trên cây khoai lang Theo Loebenstein năm 2015 về kiểm soát các loại bệnh virus khoai lang đã chia có 5 loại virus gây bệnh chính. Sweet potato chlorotic stunt virus Chỉ Crinivirus gầy bệnh lõm gần lá Việc nhiễm virus SPSVV được cho là có triệu chứng giống với nhiễm SPCSV và là một biến đổi khác của virus này.

Các triệu chứng nhẹ của bệnh như là gân vàng nhẹ, một số gân nhỏ thì trũng ở các mặt bên trên của lá. Thường nhiễm cùng với một số loại virus khác dé gây ra tôn hại cao hơn, làm giảm diép lục (Njeru và ctv, 2004) dẫn đến cây không quang hợp tốt. SPVD được gây ra bởi sự tương tác của SPFMV va SPCSV/SPSVV. Các triệu chứng đặc trưng của bệnh SPVD bao gồm làm sạch tĩnh mach, clo va còi cọc.

Bệnh được mô tả bởi Schaefers và Terry (1976) ở Nigeria va là 5 bệnh virus quan trọng nhất (phức tạp) ở EA, trong đó khoai lang thường là món ăn chính (Karyeya va ctv, 1998). Bệnh được mô tả ở Israel bởi (Loebenstein và Harpaz, 1960), Hoa Kỳ (Abad và ctv, 2007), Tây Ban Nha (Trenado và ctv, 2007), và có thể xay Ta Ở Ý (Parrella và ctv, 2006). Nó có thể gây ra ton thất trên 50%, đặc biệt là ở Uganda và Kenya, mặc dù trong một nghiên cứu khác từ Uganda, tôn thất nhỏ hơn nhiều, có lẽ là do mức độ kháng virus tương đối cao trong vùng đất đó (Gibson và ctv, 1997). Sweet potato leaf curl virus Chỉ Begomovirus Virus có chiều dai.

18 x 30nm với bộ gen 2828 nt. DNA bộ gen có tô chức tương tự như của Monopartite Begomovirus.

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Tài liệu có tiêu đề Nghiên Cứu Phát Hiện Virus SPFMV Gây Bệnh Chân Chìm Trên Cây Khoai Lang Bằng Kỹ Thuật Multiplex RT-PCR cung cấp cái nhìn sâu sắc về việc phát hiện virus SPFMV, một tác nhân gây bệnh nghiêm trọng cho cây khoai lang. Nghiên cứu này sử dụng kỹ thuật Multiplex RT-PCR, cho phép phát hiện nhanh chóng và chính xác virus, từ đó giúp nông dân và các nhà nghiên cứu có thể quản lý và kiểm soát bệnh hiệu quả hơn. Những lợi ích mà tài liệu mang lại cho độc giả bao gồm việc nâng cao hiểu biết về các phương pháp phát hiện virus hiện đại, cũng như cách thức ứng dụng chúng trong thực tiễn nông nghiệp.

Để mở rộng thêm kiến thức về các kỹ thuật phát hiện virus trong nông nghiệp, bạn có thể tham khảo tài liệu Luận văn thạc sĩ công nghệ sinh học ứng dụng kỹ thuật lamp loopmediated isothermal amplification trong phát hiện nhanh virus wssv và ihhnv gây bệnh trên tôm. Tài liệu này sẽ giúp bạn hiểu rõ hơn về các phương pháp tương tự trong việc phát hiện virus gây bệnh trên động vật thủy sản, từ đó mở rộng kiến thức và ứng dụng trong lĩnh vực sinh học và nông nghiệp.