Luận án tiến sĩ sinh học nghiên cứu đặc điểm kháng thuốc kiểu gen sự truyền plasmid mang blandm của các chủng vi khuẩn đường ruột kháng thuốc gram âm lâm sàng tại tp hcm 2010 2017

Luận án tiến sĩ sinh học về đặc điểm kháng thuốc, kiểu gen và sự truyền plasmid blaNDM của vi khuẩn đường ruột Gram âm kháng thuốc tại TP.HCM (2010-2017).

• Tác giả: Lê Hà Tam Dương
• Người hướng dẫn: PGS. Cao Thị Bảo Vân
• Trường học: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
• Chuyên ngành: Di truyền học
• Đề tài: Phân tích đa dạng và biến đổi di truyền vùng gen blaNDM quy định tính kháng kháng sinh nhóm carbapenem của các chủng vi khuẩn Gram âm lâm sàng tại TP. HCM 2013-2019
• Loại tài liệu: Luận án Tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2023
• Địa điểm: TP. Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CÁM ƠN
• 1. MỤC LỤC
• 2. DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT VÀ DỊCH THUẬT
• 3. DANH MỤC HÌNH
• 4. DANH MỤC BẢNG VÀ BIỂU ĐỒ
• 5. ĐẶT VẤN ĐỀ
• 6. CÂU HỎI NGHIÊN CỨU
• 7. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
• 8. NỘI DUNG THỰC HIỆN
• 9. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 9.1. Đối tượng nghiên cứu
• 9.2. Dụng cụ - thiết bị
• 9.3. Các hóa chất, sinh phẩm dùng trong nghiên cứu
• 9.4. Tóm tắt sơ đồ nghiên cứu
• 9.5. Các phương pháp thực hiện
• 9.5.1. Sàng lọc chủng vi khuẩn mang gen ĐÏ4NDM
• 9.5.2. Phương pháp định danh vi khuẩn
• 9.5.3. Phương pháp kiểm tra kiểu hình nhạy cảm kháng sinh
• 9.5.4. Phương pháp giải trình tự gen
• 9.5.5. Phương pháp ráp nối, chú giải, và phân tích trình tự gen
• 9.5.6. Xử lý và phân tích số liệu
• 9.5.7. Phương pháp MLST
• 9.5.8. Phương pháp tiếp hợp
• 10. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN
• 10.1. Phân loại chủng theo thời gian và bệnh viện
• 10.2. Kiểu hình kháng kháng sinh của chủng nghiên cứu
• 10.3. Chủng mang blanpm và kiểu hình kháng kháng sinh của chủng mang blanpm
• 10.4. Kiểu hình kháng kháng sinh của nhóm chủng mang blanpm so với nhóm không mang blanpm
• 10.5. Phân tích đặc điểm trình tự DNA của 17 plasmid mang blanpm
• 10.6. Biến thể NDM
• 10.7. Đặc điểm plasmid mang blanpm ở chủng nghiên cứu
• 10.8. Đặc điểm kiểu gen kháng kháng sinh của 17 chủng mang blanpm
• 10.9. Đặc điểm cấu trúc di truyền xung quanh gen blanpm ở 17 chủng nghiên cứu
• 10.10. Đặc điểm dòng ST mang blanpm trong nghiên cứu
• 10.11. Kết quả phân tích dòng ST E. coli trong nghiên cứu
• 10.12. Kết quả phân tích dòng ST ở vi khuẩn K. pneumoniae trong nghiên cứu
• 10.13. Khả năng truyền gen ngang qua plasmid tiếp hợp ở chủng nghiên cứu
• 10.14. Khả năng tiếp hợp của 17 chủng nghiên cứu
• 10.15. Tần suất tiếp hợp của các chủng mang plasmid có blanpm
• 11. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ ĐÃ XUẤT BẢN CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
• TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC 1. DANH SÁCH 155 CHỦNG VI KHUẨN GRAM ÂM TRONG NGHIÊN CỨU
• PHỤ LỤC 1. KIỂU HÌNH KHÁNG KHÁNG SINH THEO KHÁNG SINH ĐỒ
• PHỤ LỤC 1. TỔNG HỢP KẾT QUẢ PHÂN TÍCH KIỂU HÌNH NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA 155 CHỦNG VI KHUẨN GRAM ÂM TRONG NGHIÊN CỨU
• PHỤ LỤC 2. PHIẾU THU THẬP THÔNG TIN
• PHỤ LỤC 3. DANH SÁCH 64 CHỦNG MANG GEN ĐÏNDM
• PHỤ LỤC 4. DỮ LIỆU THÔ TRÌNH TỰ GEN
• PHỤ LỤC 5. TIÊU CHUẨN ĐỌC KẾT QUẢ KIỂU HÌNH KHÁNG KHÁNG SINH
• PHỤ LỤC 5.1 TIÊU CHUẨN ĐỌC KẾT QUẢ ĐƯỜNG KÍNH VÒNG KHÁNG KHUẨN ỨC CHẾ ĐỐI VỚI CÁC LOẠI VI KHUẨN GRAM ÂM VÀ KHOẢNG CHẤP NHẬN VỀ ĐƯỜNG KÍNH CỦA CHỦNG CHUẨN E.
• PHỤ LỤC 5. GIÁ TRỊ TIÊU CHUẨN NỒNG ĐỘ ỨC CHẾ TỐI THIỂU (MIC) CỦA KHÁNG SINH ĐỐI VỚI CÁC VI KHUẨN THỬ NGHIỆM DỰA TRÊN CLSI 2019

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Kháng Kháng Sinh Carbapenem Tại TP

Tình trạng kháng kháng sinh đang trở thành một thách thức y tế toàn cầu, đe dọa sức khỏe cộng đồng. Tại Việt Nam, vấn đề này càng trở nên nghiêm trọng hơn do gánh nặng bệnh tật và áp lực trong quản lý lâm sàng, đặc biệt là sự gia tăng của các vi khuẩn gram âm đa kháng thuốc trong môi trường bệnh viện. Nghiên cứu về kháng kháng sinh carbapenem ở TP.HCM trong giai đoạn 2013-2019 là vô cùng quan trọng để hiểu rõ hơn về tình hình và đưa ra các giải pháp hiệu quả. Nhóm carbapenem hiện vẫn được xem là lựa chọn cuối cùng để điều trị các nhiễm trùng đa kháng, nhưng sự xuất hiện của các men carbapenemase như NDM (New Delhi Metallo-beta-lactamase) đang đe dọa hiệu quả của nhóm kháng sinh này. Nghiên cứu này, được thực hiện trong giai đoạn 2013-2019 tại TP.HCM, là một nỗ lực quan trọng để đánh giá tình hình kháng carbapenem và đề xuất các biện pháp phòng ngừa hiệu quả.

1.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu kháng kháng sinh tại Việt Nam

Việt Nam, với dân số đông và sự gia tăng đô thị hóa, đối mặt với nhiều thách thức trong kiểm soát kháng kháng sinh. Việc sử dụng kháng sinh không hợp lý, cùng với điều kiện vệ sinh chưa đảm bảo, đã góp phần làm gia tăng tỷ lệ vi khuẩn gram âm kháng thuốc. Nghiên cứu này cung cấp những dữ liệu quan trọng để xây dựng các chính sách và chiến lược phù hợp, nhằm giảm thiểu gánh nặng bệnh tật do kháng kháng sinh gây ra.

1.2. Vai trò của kháng sinh carbapenem trong điều trị nhiễm trùng

Carbapenem đóng vai trò then chốt trong điều trị các nhiễm trùng nghiêm trọng do vi khuẩn đa kháng. Tuy nhiên, sự xuất hiện của các cơ chế kháng thuốc, đặc biệt là carbapenemase, đang làm giảm hiệu quả của nhóm kháng sinh này. Nghiên cứu này tập trung vào men carbapenemase NDM và các biến thể của nó, là một trong những yếu tố quan trọng nhất gây ra kháng carbapenem ở vi khuẩn gram âm.

II. Thách Thức Lan Rộng Vi Khuẩn Gram Âm Kháng Carbapenem Tại TP

Sự lan rộng của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem là một thách thức lớn đối với hệ thống y tế tại TP.HCM. NDM là một carbapenemase đáng lo ngại vì khả năng lây lan nhanh chóng của nó thông qua plasmid. Các vi khuẩn mang gen blanpm thường có khả năng kháng nhiều loại kháng sinh, gây khó khăn trong việc điều trị. Theo tài liệu nghiên cứu, gen blanpm có khả năng thủy phân hầu hết các kháng sinh thuộc họ B-lactam, bao gồm cả carbapenem. Tình trạng này đòi hỏi các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn nghiêm ngặt và sự phối hợp chặt chẽ giữa các bệnh viện để ngăn chặn sự lây lan của vi khuẩn đa kháng thuốc.

2.1. Cơ chế lây lan và truyền gen kháng kháng sinh blaNDM

Gen blanpm, mã hóa cho NDM, chủ yếu nằm trên plasmid, cho phép nó dễ dàng lây lan giữa các vi khuẩn khác nhau thông qua tiếp hợp. Vi khuẩn mang blanpm thường có thêm các gen kháng kháng sinh khác, dẫn đến tình trạng đa kháng hoặc toàn kháng. Theo nghiên cứu, các yếu tố di truyền động như trình tự chèn (IS), transposon (Tn) và integron đóng vai trò quan trọng trong việc lan truyền gen kháng kháng sinh.

2.2. Hạn chế trong điều trị nhiễm trùng do vi khuẩn gram âm kháng carbapenem

Việc điều trị nhiễm trùng do vi khuẩn gram âm sinh NDM gặp nhiều khó khăn. Các lựa chọn kháng sinh thường bị giới hạn ở colistin, tigecycline và fosfomycin, nhưng ngay cả những loại này cũng đang đối mặt với tình trạng kháng thuốc ngày càng gia tăng. Theo tài liệu gốc, colistin có thể gây độc cho thận và thần kinh, tigecycline có hiệu quả thấp do nồng độ kém duy trì, và fosfomycin chỉ được sử dụng hạn chế trong nhiễm trùng đường tiết niệu.

2.3. Thiếu dữ liệu phân tích di truyền hệ thống và yếu tố nguy cơ

Các nghiên cứu tại Việt Nam còn thiếu dữ liệu phân tích di truyền hệ thống về vi khuẩn gram âm kháng carbapenem. Việc xác định các yếu tố nguy cơ và dòng vi khuẩn phổ biến mang gen blanpm là rất quan trọng để xây dựng các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát hiệu quả. Cần có thêm nghiên cứu để đánh giá toàn diện tình hình và xác định các yếu tố nguy cơ trong quản lý lâm sàng.

III. Phân Tích Dịch Tễ Học Vi Khuẩn Kháng Carbapenem Gram Âm tại TP

Nghiên cứu này tập trung vào phân tích dịch tễ học của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem tại TP.HCM trong giai đoạn 2013-2019. Mục tiêu là xác định các dòng vi khuẩn phổ biến, các yếu tố di truyền liên quan đến kháng thuốc, và sự biến động của chúng theo thời gian. Các chủng vi khuẩn được phân lập từ các bệnh viện khác nhau, cho phép so sánh tình hình kháng thuốc giữa các cơ sở y tế. Nghiên cứu cũng đánh giá khả năng lây lan của gen blanpm giữa các loài vi khuẩn khác nhau. Các kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp cơ sở khoa học để dự báo trong điều trị và quản lý lâm sàng.

3.1. Phân lập định danh và xác định kiểu hình kháng thuốc của vi khuẩn

Quá trình nghiên cứu bắt đầu bằng việc phân lập và định danh các chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem từ các bệnh phẩm lâm sàng. Các phương pháp kháng sinh đồ được sử dụng để xác định kiểu hình kháng thuốc của các chủng vi khuẩn này. Việc xác định kiểu hình kháng thuốc giúp các nhà khoa học đánh giá mức độ kháng của vi khuẩn đối với các loại kháng sinh khác nhau.

3.2. Giải trình tự DNA plasmid và phân tích biến thể NDM

Các plasmid mang gen blanpm được giải trình tự DNA để xác định các biến thể NDM khác nhau. Phân tích cấu trúc gen và thành phần của vùng gen blanpm cũng được thực hiện để hiểu rõ hơn về cơ chế lây lan của gen kháng thuốc. Nghiên cứu này giúp xác định các biến thể NDM phổ biến và đánh giá ảnh hưởng của chúng đến khả năng kháng thuốc.

3.3. Xác định dòng ST Sequence Type của các chủng vi khuẩn

Phương pháp MLST (Multi-Locus Sequence Typing) được sử dụng để xác định dòng ST của các chủng vi khuẩn. Việc xác định dòng ST giúp theo dõi sự lây lan của các chủng vi khuẩn kháng thuốc và xác định các dòng phổ biến. Các dòng ST phổ biến ở mỗi loài vi khuẩn như Klebsiella pneumoniae và Escherichia coli được xác định trong nghiên cứu.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu Đặc Điểm Vi Khuẩn Gram Âm Kháng Kháng Sinh Carbapenem

Nghiên cứu đã xác định các đặc điểm di truyền của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem tại TP.HCM. Các biến thể NDM phổ biến, nhóm plasmid mang gen blanpm, và cấu trúc vùng gen blanpm đã được xác định. Kết quả cũng cho thấy sự biến động của các chủng vi khuẩn theo thời gian và sự ảnh hưởng của nó đến khả năng lây lan. Theo đó, việc phân tích cấu trúc di truyền vùng mang gen blanpm và các yếu tố chuyển vị đóng vai trò quan trọng.

4.1. Phân tích kiểu hình kháng kháng sinh và mối liên hệ với biến thể NDM

Nghiên cứu so sánh kiểu hình kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn mang các biến thể NDM khác nhau. Kết quả cho thấy có sự khác biệt về khả năng kháng thuốc giữa các biến thể NDM. Điều này giúp các nhà khoa học hiểu rõ hơn về mối liên hệ giữa cấu trúc gen và kiểu hình kháng thuốc.

4.2. Xác định nhóm plasmid mang gen blaNDM và vai trò trong lây lan

Nghiên cứu xác định các nhóm plasmid phổ biến mang gen blanpm. Các nhóm plasmid này đóng vai trò quan trọng trong việc lây lan gen kháng thuốc giữa các vi khuẩn. Việc xác định các nhóm plasmid này giúp theo dõi và kiểm soát sự lây lan của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

4.3. Khả năng chuyển gen ngang qua plasmid tiếp hợp

Nghiên cứu đánh giá khả năng chuyển gen blanpm ngang qua plasmid tiếp hợp. Kết quả cho thấy gen kháng thuốc có thể dễ dàng lây lan giữa các vi khuẩn khác nhau thông qua quá trình tiếp hợp. Việc hiểu rõ cơ chế này là rất quan trọng để ngăn chặn sự lây lan của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

V. Kiểm Soát Kháng Kháng Sinh Carbapenem Giải Pháp Hiệu Quả Cho TP

Từ kết quả nghiên cứu, các giải pháp kiểm soát kháng kháng sinh carbapenem hiệu quả cho TP.HCM có thể được đề xuất. Cần có các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn nghiêm ngặt trong bệnh viện và cộng đồng. Việc sử dụng kháng sinh hợp lý và tuân thủ các hướng dẫn điều trị là rất quan trọng. Cần tăng cường giám sát kháng kháng sinh và xây dựng các chính sách phù hợp để ngăn chặn sự lây lan của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

5.1. Tăng cường kiểm soát nhiễm khuẩn và tuân thủ quy trình

Việc thực hiện nghiêm ngặt các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn trong bệnh viện, bao gồm vệ sinh tay, sử dụng trang thiết bị bảo hộ, và cách ly bệnh nhân nhiễm vi khuẩn kháng thuốc, là rất quan trọng. Việc tuân thủ các quy trình kiểm soát nhiễm khuẩn giúp giảm thiểu nguy cơ lây lan vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

5.2. Hướng dẫn sử dụng kháng sinh hợp lý và giảm thiểu lạm dụng

Cần có các hướng dẫn sử dụng kháng sinh hợp lý và giảm thiểu lạm dụng kháng sinh. Việc sử dụng kháng sinh chỉ khi thật sự cần thiết và tuân thủ đúng liều lượng giúp giảm áp lực chọn lọc và ngăn chặn sự phát triển của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

5.3. Giám sát kháng kháng sinh và xây dựng chính sách kiểm soát

Cần tăng cường giám sát kháng kháng sinh để theo dõi tình hình kháng thuốc và phát hiện sớm các chủng vi khuẩn gram âm kháng carbapenem. Việc xây dựng các chính sách phù hợp, bao gồm quản lý sử dụng kháng sinh và kiểm soát nhiễm khuẩn, giúp ngăn chặn sự lây lan của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem.

VI. Tương Lai Nghiên Cứu Hướng Đi Mới Về Kháng Kháng Sinh Carbapenem

Nghiên cứu về kháng kháng sinh carbapenem ở vi khuẩn gram âm cần tiếp tục được đẩy mạnh. Các hướng đi mới bao gồm nghiên cứu về cơ chế kháng thuốc, phát triển các loại kháng sinh mới, và tìm kiếm các phương pháp điều trị thay thế. Sự hợp tác giữa các nhà khoa học, các cơ sở y tế, và các tổ chức y tế công cộng là rất quan trọng để giải quyết vấn đề kháng kháng sinh.

6.1. Nghiên cứu sâu hơn về cơ chế kháng thuốc và biến đổi gen

Cần có các nghiên cứu sâu hơn về cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn gram âm kháng carbapenem. Việc hiểu rõ cơ chế kháng thuốc giúp các nhà khoa học tìm ra các phương pháp mới để ức chế sự phát triển của vi khuẩn kháng thuốc.

6.2. Phát triển kháng sinh mới và phương pháp điều trị thay thế

Cần đẩy mạnh nghiên cứu và phát triển các loại kháng sinh mới có khả năng tiêu diệt vi khuẩn gram âm kháng carbapenem. Ngoài ra, việc tìm kiếm các phương pháp điều trị thay thế, như sử dụng phage hoặc liệu pháp miễn dịch, cũng là rất quan trọng.

6.3. Hợp tác giữa các bên liên quan và chia sẻ dữ liệu nghiên cứu

Sự hợp tác giữa các nhà khoa học, các cơ sở y tế, và các tổ chức y tế công cộng là rất quan trọng để giải quyết vấn đề kháng kháng sinh. Việc chia sẻ dữ liệu nghiên cứu và kinh nghiệm giúp tăng cường hiệu quả của các biện pháp kiểm soát kháng kháng sinh.

Trích đoạn nội dung tài liệu

ĐẠI HỌC QUOC GIA TP. HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN LÊ HA TAM DƯƠNG LUAN AN TIEN SI SINH HOC TP. Hồ Chí Minh — Năm 2023 ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP. HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN LE HA TAM DƯƠNG Nganh: Di truyén hoc Mã số ngành: 62420121 Phản biện 1: PGS.

Ngô Thị Hoa Phản biện 2: TS. Nguyễn Thị Thu Hoài Phản biện 3: TS. Nguyễn Thị Lệ Thủy Phản biện độc lập 1: TS. Nguyễn Thị Thu Hoài Phản biện độc lập 2: TS.

Vũ Thanh Thảo Người hướng dẫn khoa học: PGS. CAO THỊ BẢO VÂN TP. Hồ Chí Minh — Năm 2023 LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan đề tài luận án tiến sĩ ngành di truyền “Phân tích đa dang và biến đôi di truyền vùng gen blanpm quy định tính kháng kháng sinh nhóm carbapenem của các chủng vi khuân Gram âm lâm sàng tại TP. HCM 2013-2019” là công trình khoa học do tôi thực hiện dưới sự hướng dẫn của PGS.

Cao Thị Bảo Vân. Những kết quả nghiên cứu của luận án hoàn toàn trung thực, chính xác và không trùng lặp với các công trình đã công bô trong và ngoai nước. Nghiên cứu sinh (Ký tên, ghi họ tên) Lê Hà Tam Dương LỜI CÁM ƠN Em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc nhất đành cho PGS. Cao Thị Bảo Vân đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và tạo điều kiện tốt nhất cho em trong suốt thời gian nghiên cứu tại Viện Pasteur TP.

Xin cám ơn chị Nguyễn Thị Hạnh Lan, bạn Nguyễn Thị Yến Nhi, em Lê Thị Liên, em Hoàng Ngọc Khánh Quỳnh và chị Trần Thị Minh Thảo, những đồng nghiệp ở Phòng thí nghiệm Sinh học phân tử, Khoa Vi Sinh Miễn Dịch, Viện Pasteur TP. HCM đã hỗ trợ và đồng hành cùng tôi trong suốt thời gian thực hiện luận án. Xin cảm ơn chị Trần Khánh Linh, em Thi Nguyễn Hải Ngọc, Võ Trần Ngọc Trinh, Nguyên Thảo, Trần Văn Đức, Diệu Thuận và Thái Ngọc đã luôn nhiệt tình hỗ trợ và sát cánh cùng tôi trong quá trình nghiên cứu. Xin cảm ơn Cô Nguyễn Thụy Vy, các Thầy Cô Bộ môn Di truyền và Cô Trần Thị Phuong Giang - Phòng dao tạo sau Đại học, ĐH KHTN đã giúp đỡ và tạo nhiều điều kiện thuận lợi cho tôi hoàn thành luận án.

Tôi xin trân trọng gửi lời cám ơn đến: - Ban Giám đốc và tập thể cán bộ Khoa xét nghiệm Bệnh viện Nhi Đồng 1, Bệnh viện Nhi Đồng 2, Bệnh viện Bình Dân và Bệnh viện Nhân Dân Gia Định đã hỗ trợ nguồn chủng quý giá cho nghiên cứu. - Viện nghiên cứu khoa hoc y khoa Quân đội Hoa Kỳ (AFRIMS) đã tài trợ kinh phí thực hiện nghiên cứu. - Viện nghiên cứu các bệnh do vi sinh (RIMD), Dai học Osaka, Nhật Ban đã hợp tác giải trình tự gen vi khuẩn. Cuối cùng, con xin tri ân Ba Mẹ và các anh chị em trong gia đình đã luôn yêu thương và ủng hộ, cắm ơn Anh đã luôn bên cạnh và khích lệ em trong công việc và cuộc song, cam ơn hai con đã chịu nhiêu thiệt thoi khi phải san sẻ thời gian với công việc của me.

MỤC LỤC MUC LUC. 1 DANH MỤC TỪ VIET TAT VA DỊCH THUẬTT.-----c:¿£vv++z+vcvvvvvrsrrrrrvee iv M. Họ vi khuẩn đường ruột Gram âm lâm sang phổ biến và đặc điểm kháng kháng sinh ở vi khuân họ đường ruột Gram âm. Họ vi khuân đường ruột Gram âm lâm sàng phổ biến.

Cơ chế kháng kháng sinh ở vi khuẩn họ đường ruột Gram âm. Kháng sinh nhóm carbapenem và cơ chế kháng carbapenem. Khang sinh nhóm carbapenem. Cơ chế kháng carbapenem ở họ vi khuan họ đường ruột Gram âm.

Carbapenemase, NDM va các biến thé. Đặc điểm di truyền gen kháng carbapenem DIANDM. Đặc điểm gen bÏZNDM.----:-©522SE SE 2E EEEEEE2E1E212112117121111 11T tre. Đặc điểm các plasmid mang bÏ#NDM.

Cấu trúc di truyền vùng mang gen blanpm và các yếu tố chuyền vị. Đặc trưng hóa chủng mang gen blanpm bằng phân tích tô hợp trình tự da allele (Multi-locus sequence tYDIT). Định nghĩa dòng sequence type (dòng ST) và phương pháp phân tích tổ hợp trình tự đa allele (MLST- Multi-Locus Sequence Typing). Các dòng ST phổ biến ở các chủng mang gen DIANDM.

Chuyên gen bằng tiếp hợp và chuyên vị gen. Chuyén gen bằng tiếp hợp. Tình hình nghiên cứu trên thế giới và trong nước về họ vì khuân đường ruột Gram Am khang carbapenem 0T. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

Đối tượng nghiên cứu. Vat Gtr NGHISN CUU oo. Dụng cụ - thiết bị. Các hóa chất, sinh phẩm dùng trong nghiên cứu.------22- sz+sz sec: 42 2.

Tóm tắt sơ đồ nghiên cứu. Các phương pháp thực hiỆn. -- tt TH H11 111gr rrey 49 2. Sang lọc chủng vi khuân mang gen ĐÏ4NDM.----:-©225¿225+2cx2cx>zxeszez 49 2.

Phương pháp định danh vi khuẩn. Phương pháp kiểm tra kiểu hình nhạy cảm kháng sinh. Phuong pháp giải trình tự Ø€n. Phương pháp ráp nối, chú giải, và phân tích trình tự gen.

Xử lý và phân tích số liệu.----¿- 2+ 2++2+++E+++EE++EE+SEEerkvsrkrrrrrrrkrrree 58 2. Phương pháp MLSÏÌT.- Ăn TH TH TH HH trệt 59 2. Phương pháp tiếp hợp.--- ¿se sex E2 EEE2112112711211211 112111111 62 3. KET QUA NGHIÊN CỨU VA BAN LUẬN.

Phân loại chủng theo thời gian và bệnh viện. Kiéu hình kháng kháng sinh của chủng nghiên cứu. Chung mang blanpm và kiểu hình kháng kháng sinh của chủng mang blanpo. Chủng mang DIGNDM.- - - < 119119111911 91011910 1 TH TH HH HH nh 69 3.

Kiểu hình kháng kháng sinh của nhóm chủng mang bl2wpw so với nhóm không II Ẵ/7/⁄)0 T7 P0000PẼ08ẺẺ8. Phân tích đặc điểm trình tự DNA của 17 plasmid mang bl4NpM. Biến thể NDM. Đặc điểm plasmid mang blanpm ở chủng nghiên cứu.

Đặc điểm kiểu gen kháng kháng sinh của 17 chủng mang Ö/Npw. Đặc điểm cấu trúc di truyền xung quanh gen blanpm ở 17 chủng nghiên cứu. Đặc điểm dòng ST mang blanpm trong nghiên cứu. Kết quả phân tích dong ST E.

coli trong nghiên cứu. Kết quả phân tích dòng ST ở vi khuẩn K. pneumoniae trong nghiên cứu. Khả năng chuyền gen ngang qua plasmid tiếp hợp ở chủng nghiên cứu.

Kha năng tiếp hợp của 17 chủng nghiên cứu. Tần suất tiếp hợp của các chủng mang plasmid có Đ4NDM. KET LUẬN VÀ KIÊN NGHỊ.---cccccccctEvvverrrrrrrrrerrrrree 122 il DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CUA TÁC GIÁ ĐÃ XUAT BẢN CÓ LIÊN QUAN DEN LUẬN ÁN. 124 TAI LIEU THAM 8.

Danh sách 155 chủng vi khuẩn Gram âm và đặc điểm kháng kháng sinh. PLI Phụ lục 1. Danh sách 155 chủng vi khuẩn Gram âm trong nghiên cứu. PLI Phụ lục 1.

Kiểu hình kháng kháng sinh theo kháng sinh đồ .--------:- PL6 Phụ lục 1. Kiéu hình kháng kháng sinh của 155 chủng vi khuẩn Gram âm theo MIC.Ô PLII Phụ lục 1. Tong hop két qua phan tich kiéu hinh nhạy cam kháng sinh cua 155 chung vi khuân Gram âm trong nghiên CỨU .-¿- 5-5 +s+£+E+EeEeEereretexexexeree PLI7 Phụ lục 2. Phiếu thu thập thông tin.---2- 2 2£ ©5£+SE£2E£2E££EE£EESEEEEEEEEEvEkerkerrxerkeres PL18 Phụ lục 3.

Danh sách 64 chủng mang gen ĐÏNDM. - --- 5 55 5+ 3+ +EEsEEseseeseeeeesee PL20 Phụ lục 4. Dữ liệu thô trình tự gen. HH HH kg ngư PL22 Phụ lục 5.

Tiêu chuẩn đọc kết quả kiểu hình kháng kháng sinh. PL25 Phụ lục 5.1 Tiêu chuẩn đọc kết quả đường kính vòng kháng khuẩn ức chế đối với các loại vi khuẩn Gram âm và khoảng chấp nhận về đường kính của chủng chuẩn E.nHHrreiirrriie PL25 Phụ lục 5. Giá trị tiêu chuân nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của kháng sinh đối với các vi khuẩn thử nghiệm dựa trên CLS] 2019.----c¿z+22scccz+e PL26 11 DANH MỤC TU VIET TAT VÀ DỊCH THUẬT Tiếng Việt Viết tắt Viết day di BN Bénh nhan BV Bénh vién BV NDGD | Bệnh viện Nhân Dân Gia Dinh BV NDI Bệnh viện Nhi đồng 1 BVND2 Bệnh viện Nhi đồng 2 BVBD Bệnh viện Bình Dân KS Khang sinh KSD Kháng sinh đồ NK Nhiễm khuẩn NKQ Nội khí quan NST Nhiễm sắc thê TP. HCM Thành phô Hồ Chí Minh VK Vi khuân Tiếng Anh Viết tắt Viết đầy đủ Nghĩa tiếng Việt aa Amino acid Axit amin AMC Amoxicillin/Clavulanic acid (Tén khang sinh) ATCC American Type Culture Collection Bộ sưu tập giống chuân Hoa Kỳ ATM Aztreonam (Tén khang sinh) BHI Brain Heart Infusion Môi trường BHI lỏng BHIA Brain Heart Infusion Agar Môi trường BHI rắn BLAST Basic local alignment search tool Công cụ tim kiếm trình tự tương đồng bp Base pairs Cap base CAZ Ceftazidime (Tén khang sinh) CFU Colony forming unit Don vi tạo khúm iv CIP Ciprofloxacin (Tén khang sinh) CLSI Clinical Laboratory Standards Viện Tiêu chuân Lâm sang Institute và Xét nghiệm CRE Carbapenem Resistance Họ vi khuẩn đường ruột Enterobacteriacae khang carbapenem CRO Ceftriaxone (Tén khang sinh) CTX Cefotaxime (Tén khang sinh) CS Colistin (Tén khang sinh) CXM Cefuroxime (Tén khang sinh) dNTP Deoxyribonucleoside triphosphate dNTP ddNTP Dideoxynucleoside triphosphate ddNTP DNA Deoxyribonucleic acid DNA E.

coli Escherichia coli Tén vi khuan ECDC European Centers for Disease Trung tâm kiêm soát và Control and Prevention phòng chống bệnh Châu Âu E-test Epsilometer test E-test EUCAST European Committee of Ủy ban Châu Âu về thử Antimicrobial Susceptibility Testing | nghiệm tính nhạy cam khang sinh ESBL Extended Spectrum B-Lactamase B-lactamase phô rộng ETP Ertapenem (Tén khang sinh) FOX Cefoxitin (Tén khang sinh) GM Gentamicin (Tén khang sinh) I Intermediate Trung gian ICU Intensive care unit Don vi săn sóc tích cực IMP Imipenem (Tén khang sinh) INFORM International Network for Optimal Mang lưới quốc tế về giám Resistance Monitoring sát tính kháng tối ưu IS Insertion sequence Trình tự gắn chèn K Kanamycin (Tén khang sinh) KPC Klebsiella pneumoniae (Tén enzyme) carbapenemase kb Kilo-base (Don vi do kích thước DNA) MEM Meropenem (Tén khang sinh) MH Mueller Hinton Thach Mueller Hinton MHA Mueller — Hinton Agar Môi trường thạch Mueller — Hinton MIC Minimum Inhibitory Concentration Nông độ ức chế tôi thiêu NA Not available Không có thông tin NCBI National Centre of Biotechnology Trung tâm Thông tin Công Information nghệ Sinh học Quốc gia NDM New Delhi metallo-B-lactamase (Tén enzyme) NGS Next-Generation Sequencing Giải trình tự thé hệ mới NTA NasoTracheal Aspiration Hút dich khí quản qua mũi OD Optical Density Mật độ quang OMV(s) Outer membrane visicle(s) Tui mang ngoai ORF Open reading frame Khung doc mo OXA Oxacillinase (Tén enzyme) PBP Penicillin Binding Protein Protein gan penicillin PCR Polymerase chain reaction Phản ứng khuếch đại tổng hợp chuỗi PDR Pandrug resistant Toàn kháng/kháng toàn bộ R Resistant Khang rRNA Ribosomal ribonucleic acid RNA ribosom rpm Revolutions per minute Vong/phtt S Susceptible Nhạy SMART The Study for Monitoring Chương trình giám sát xu Antimicrobial Resistance Trends hướng kháng khang sinh SXT Trimethoprim-Sulfamethoxazole (Tén khang sinh) vi UV Ultra violet Tia UV Taq Thermus aquaticus DNA polymerase | Men chịu nhiệt TAE Tris Acetate Dung dich dém TAE Ethylenediaminetetraacetate TBE Tris-borate-EDTA Dung dich dém TBE TM Tobramycin (Tên kháng sinh) Tn Transposon Nhân tô chuyên vi WHO World Health Organization Tổ chức Y tế Thê giới VI DANH MỤC HÌNH Hình 1. Cấu trúc phân tử của penicillin, cephalosporin, carbapenem.2 Các cơ chế chính kháng carbapenem ở vi khuẩn Gram âm. Minh họa kiểu hình kháng carbapenem của các biến thể NDM. Trình tự axít amin NDM-I va các biến thể NDM.

Sự phân bố blaxpm theo nhóm plasmid ở Enwerobacteridcede.