BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NONG LAM THÀNH PHO HO CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC PHAN LẬP VÀ ĐỊNH DANH VI KHUAN CÓ KHẢ NĂNG DOI KHANG VỚI Vibrio spp. TỪ TOM THE CHAN TRANG Nganh hoc : CONG NGHE SINH HOC Sinh viên thực hiện =: NGO THỊ THANH THUY Mã số sinh viên : 19126277 Niên khóa : 2019 — 2023 TP. Thu Đức, 03/2024 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀOTẠO _ TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHÓ HÒ CHÍ MINH KHOA KHOA HỌC SINH HỌC KHÓA LUẬN TOT NGHIỆP PHAN LAP VÀ ĐỊNH DANH VI KHUAN CÓ KHẢ NĂNG DOI KHANG VỚI Vibrio spp. TỪ TÔM THẺ CHAN TRANG Hướng dẫn khoa học Sinh viên thực hiện TS.
NGUYÊN HOÀNG DŨNG NGÔ THỊ THANH THÚY ThS. LÊ QUỲNH LOAN TP. Thủ Đức, 03/2024 LOI CAM ON Thời gian bốn năm gắn bó tại trường Đại Học Nông Lâm TP.HCM đặc biệt là khoa Khoa học Sinh học không phải là hành trình quá dài, nhưng những gì em nhận được từ các thầy cô là vô cùng to lớn. Em xin chân thành cảm ơn quý thầy cô giảng viên trường Đại Học Nông Lâm TP.HCM đã trang bị cho em những kiến thức và những chia sẻ kinh nghiệm vô cùng quý báu đề làm hành trang vững chắc bước vào đời.
Qua thời gian học tập và nghiên cứu về chuyên ngành Công nghệ Sinh học tại Trường, em đã được quý Thầy/Cô ở Khoa tin tưởng cho em thực hiện đề tài tốt nghiệp “Phân lập và định danh vi khuẩn có khả năng đối kháng với Vibrio spp từ tôm thẻ chân trắng”. Đây là đề tài rất thiết thực và ứng dụng thực tế vào giai đoạn phát triển hiện đại ngày nay giúp cho chúng em có thêm những kiến thức, trải nghiệm thực tế cụ thể và sâu sắc hơn về đề tài nghiên cứu. Em xin cảm ơn sâu sắc đến toàn thể quý Thầy/Cô khoa Khoa học Sinh học nói chung cũng như gửi đến thầy Tiến Sĩ Nguyễn Hoàng Dũng, cô Thạc Sĩ Lê Quỳnh Loan nói riêng cùng với đó là phòng Vi sinh Ung dụng thuộc Viện Sinh học Nhiệt đới đã tận tình giúp đỡ, hỗ trợ hướng dẫn và chỉ bảo em trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu, thực hiện đề tai. Trong quá trình thực hiện đề tài, tuy thời gian không quá dai nhưng em đã cô gắng hết sức dé hoàn thiện nhưng cũng không thé tránh khỏi những thiếu sót.
Em rất mong nhận được sự thông cảm và tận tình chỉ bảo, góp ý của quý Thây/Cô. Kính chúc quý Thay/C6 dồi dào sức khoẻ dé có nhiều cống hiến hơn nữa trong sự nghiệp phát triển của ngành và cũng như tiếp tục diu dắt những thế hệ trẻ tương lai của dat nước ngày một phát triển tốt hơn. Chân thành cảm ơn! XÁC NHẬN VÀ CAM ĐOAN Tôi tên: Ngô Thị Thanh Thúy, MSSV: 19126277, Lớp: DH19SHB (Số di động: 0866122471, Email: 19126277@sthcmuaf.vn) thuộc nganh Công nghệ Sinh học Trường Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, xin cam đoan tất cả kết quả đạt được trong khóa luận tốt nghiệp: Phân lập và định danh vi khuẩn có khả năng đối kháng với Vibrio spp.
từ tôm thẻ chân trang” do chính tôi thực hiện, các số liệu, thông tin trong nghiên cứu này là hoàn toàn trung thực và khách quan. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước Hội đồng về những cam kết này. H6 Chí Minh, ngày thang nam Người viet cam đoan il TÓM TẮT Bệnh do nhóm vi khuẩn Vibrio spp. gây ra được xem là bệnh nguy hiểm gây thiệt hại nghiêm trọng đến ngành nuôi trồng thủy sản nói chung và ngành nuôi tôm nói riêng, trong đó bệnh hoại tử gan tụy cấp (Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease - AHPND) hay còn gọi là bệnh hội chứng chết sớm (Early Mortality Syndrome - EMS) được xem là một bệnh nguy hiểm trên tôm đã ảnh hưởng đến nhiều trang trại nuôi tôm trong khu vực Đông Nam A.
Ngoài ra chủng Vibrio harveyi cũng là một chủng gây bệnh nguy hiểm trên tôm, chúng không chỉ gây bệnh tôm phát sáng mà còn liên quan chặt chẽ với bệnh AHPND/EMS, đây là những chủng vi khuẩn nguy hiểm khó kiểm soát gây thiệt hại nghiêm trong cho ngành nuôi tôm. Việc phân lập vi khuẩn lactic và Bacillus từ nguồn mẫu tôm ao và mẫu nước thu từ ao nuôi tôm được đánh giá có khả năng đối kháng với Vibrio parahaemolyticus va Vibrio harveyi gây bệnh trên tôm. Khi khảo sát khả năng đối kháng của 9/25 chủng vi khuẩn phân lập được tuyển chọn có khả năng là vi khuẩn Lactobacillus và Bacillus bằng phương pháp khuếch tán trên đĩa thạch, kết quả phân lập va sang lọc thu được 1/9 chủng thể hiện hoạt tính kháng khuẩn. Ching Lactobacillus fermentum R3.1 có khả năng kháng khuẩn tương đối mạnh với đường kính vòng phân giải lớn nhất đạt 10,2 + 0,4 mm.1 có khả năng tổng hợp nhiều loại enzyme ngoại bảo.
Từ các khả năng trên, Lactobacillus fermentum R3.1 là chủng vi khuẩn tiềm năng trong ứng dụng sản xuất chế phẩm sinh học. Từ khóa: Lactobacillus, Bacillus, Vibrio, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, EMS/AHPND, enzyme 11 ABSTRACT The disease is caused by the group of bacteria Vibrio spp. is considered a dangerous disease that causes serious damage to the aquaculture industry in general and the shrimp farming industry in particular, including acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND), also known as acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND). Early Mortality Syndrome (EMS) 1s considered a dangerous shrimp disease that has affected many shrimp farms in Southeast Asia.
In addition, the Vibrio harveyi strain 1s also a dangerous pathogenic strain on shrimp. They not only cause glowing shrimp disease but are also closely related to AHPND/EMS disease. These are dangerous bacterial strains that are difficult to control and cause damage. serious for the shrimp farming industry.
Isolation of lactic bacteria and Bacillus from shrimp pond samples and water samples collected from shrimp ponds was assessed as having the ability to oppose Vibrio parahaemolyticus and Vibrio harveyi that cause disease in shrimp. When examining the antagonistic ability of 9/25 selected isolated bacterial strains that were likely Lactobacillus and Bacillus bacteria using the diffusion method on agar plates, the isolation and screening results yielded 1/9 strains. exhibits antibacterial activity.1 strain has relatively strong antibacterial ability with the largest resolution circle diameter reaching 10,2 + 0,4 mm.1 is capable of synthesizing many types of extracellular enzymes. From the above capabilities, Lactobacillus fermentum R3.1 1s a potential bacterial strain in biological product production applications.
Keyword: Lactobacillus, Bacillus, Vibrio, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio harveyi, EMS/AHPND, enzyme 1V MỤC LỤC /2/ g7 00 uy 1.Ô iv DANH SÁCH CAC CHU VIET TẮTT.------52222¿+22222+22£EE+ttEEEEtrrrrrkrrrrrrrrrrrrrriee viii ETHEETE HT Guugeeeseeennnntnitroaaiotarooiotaotinggsvroiaidiogadgrgterggkai ix TATE BC GC FT TS uengeenenssarrsnbetobsorstioiet0ioiSiGGBENGNGEE0SNNEBSGIGG08/000000500 % mã ¡i^¬.- - + 2221 2122121121121112112121121111112121211121212211212112122 211cc eerrreu 1 JÂU 8 ẢẺẺ Ẩn nen 2 3. 2 ‘ee eee oe 3 2. Tinh hình nuôi tôm hiện nay ở Việt Nam. Tình hình dịch bệnh trong ngành nuôi (6101 sssc0sc.
Vi khuẩn gây bệnh chủ yếu trên tôm. Đặc điểm hình thái của Vibrio .Cae bệnh: do: Vibrio spp GAy 0a snore vemeencousesceuen samen eer eI 6 2. Anh hưởng của thuốc kháng sinh trong nuôi tôm .-- 2 22 222S+22222z2zz2Zzzzz+zs22 9 5.5, Chế phim sinh trig PHO WIG scvaccevtasersncievecervervonevrevmsvereavenercnsvrewexvineeastovsneenverciae 10 2.6, Cú04eHHmw Promotie TOs BaD sauoseseiesaaniiisogiiiisiidogigi800440435E80G02480560Lxi. Các đặc tinh sinh học có lợi của chủng vi khuẩn probiotic.
Đặc tinh sinh tổng hợp enzyme ngoại bảo .---2- 2-56 cSS2zcz2zcrerreerreee 13 2. Đặc tính đối kháng với vi sinh vật gây bệnh. Tình hình nghiên cứu lợi khuẩn trong và ngoài nước ứng dụng trong nuôi tôm.l« [inh hình: ne bieis cir THỨG NRO sasebspnstie-gaehiablietoegsiokkiiugsigxgi0is8ieescslggkokgsssbesi 15 2. Tình hình nghiên cứu trong nue .-- --- --- 5 <2 +*£+*£+*E+*E£vE£vEeeErrerreeeerxerereereere 16 CHUONG 3, VAT LIEU = PHUGNG PHÁP NGHIÊN CỨỮU.
Thời gian và địa điểm nghiên cứu.----¿ 2 222z+2+£EE+EE+2E+2EE2EE22E22E2E222222222xee. 17 221, UAL ee pưngganggstiitigst9igi4gipf4gtfQ0380S810/0 men aerate aaa ees T7 3. Đối tượng nghiên cứu. Môi trường nuôi cấy.
Hóa chất và thuốc thử.T re 21 Bd: Ê Hương pháp nghiện BÚIceseeeeanesoaotonodbrdgliotootEgiontuietibdstk.0fGIE0G301851uG044000000800010L-0038 0 0ng. Phương pháp thu mẫu.---¿- 2 22 S22SE2EE2E22ESEE2EE2EE2E123212212112117121 21112112. 1 3,3,7, Phương pháp xử 19 HH. Fhương pháp phân lập ví KHUẨN: seeesesesnaiseeniadiosioLiovrilisokodiongrrutoitbi00840001000 06 23 3.
Phương pháp hoạt hóa giống .---- ¿22 2 122E2EE22E22EE2E1221221221221212212221221 2 xe 24 2751518N/01u010106ii701i7770707 7 ÖÒÔốẽẽaẽ. ố me neu ae emcee ees ẽ eee 25 3. Phương pháp đối kháng với chủng Vibrio Spp. 26 Su Be Thịt:ng niệm eet assoc sennsaaoeedkiioi0Aa dùGSu9sg1009400L44G010S80151/440001G04004/38000040020800I4GS00Hj.
Thur nghiém Oxidase 0., TUE mS Si. CEA oe aeseeomenoatere seemed vata te oat a weet teseathensesieniraeaRt 28 3. Thứ nghiệm lên men carbohrydrate. Phương pháp định danh bằng giải trình ty 16S rRNA.
KET QUA VÀ THẢO LUAN 0ooeocecceccecsscssessessessessessesessessetsessssessesseeseaseaeess 31 4. Kết quả phân lập chủng vi khuẩn từ mau tôm ao và nước ao.------------- al ROM a Ng lbsseeegerendogrtrxitoetggcepcrs9l4tg9i6:GBLG500000G004610700900. Kết quả hoạt hóa chủng Vibrio spp. Khả năng: đồi kháng với.
Vibrio GDDse«eesssausaeeiieidSnlGiAk0àa 136 Eg880036. Định danh vi khuẩn .--2- + ++S+E+E£EE+E+E£EEEE+E+EEEEEEEEEEEEEEEEEEE21212111712111E1E2Exe 37 4. Kết qua thử nghiệm Catalase, oxidase và citrate. Kết quả lên men đường earbolrydtatienci:esacanzeicxsursencincnsexctnorvencencesennvrweverecanetevesvens 39 VI 4.
Kết quả khảo sát khả năng sinh tổng hợp enzyme ngoại bào.1 8 Pt danh sinh Wee THIÊN ẲssepseguainaiddidiatiagtttotritoidioiliSgS042800g0/0010n6304030Áã0gi8608 00a 40 4. KET LUẬN VÀ KIEN NGHỊ .- 2-2 s+E+EE£ESEE£ESEEEEEEEEErErrerrerees 44 5. - - +52 S21 3221212212121211212111121111 2111111112211 1121112121111111212121 121g 44 SC suagnannountrtginotilG0NGL0I00095000G800000400000001g05400/4G30t1GIG401I05GG(GG1g0050003301G014G00030046 44 TÀI LIEU THAM KHẢO. 2-2 2 52+S2+E£EE£EE£EE2EE2EEEE2212212112112111211211211111 1110 PHU LLỤC.---2-©2¿222222222E221127122112211221221127121121112111112112211211211211121121121121211211 e6 Phụ lục 1: Hình ảnh kết quả phân lập và làm thuần gồm 25 chủng từ mẫu nước ao và tôm Phụ lục 2: Kết quả đo ODøoonm của chủng Vibrio spp.----52-52-55-55255225222zcszcsccec Phụ lục 3: Kết quả đếm mật độ khuẩn lạc pha loãng 10; 10°, mỗi nồng độ 2 đĩa petr.
Phụ lục 4: Kết qua đếm mật độ khuẩn lạc pha loãng 10°; 105, mỗi nồng độ 2 đĩa petri. Phụ lục 5: Kết quả giải trình tự gen 16S bằng cặp mồi 27F — 1492R.-- --2-©+5++S22E22E22E221221211211121121121121211121121121 2y c6 Phụ lục 6: Kết quả kích thước kháng Vibrio harveyi của chủng R3.1 sau 24h theo phương pháp trực tiếp bằng khuẩn lạc.--- 2 +s+2S+SE+EE2E221221221221211211212111221211211212121121 1 e6 Phụ lục 7: Kết quả kích thước kháng Vibrio parahaemolyticus của chủng R3.1 sau 24h theo phương pháp trực tiếp bằng khuẩn lạc. 2222 5s+22222S22E22E2EE2EE2222522121222222222 22-5 Phụ lục 8: Kết quả kích thước kháng Vibrio harveyi của chủng R3.1 sau 24h theo phương Đ9È1)989)1000015197)001 02. Phụ lục 9: Kết quả kích thước kháng Vibrio parahaemolyticus của chủng R3.1 sau 24h theo PNR ñhp: dịch TO HÀ saxeeasseeeeebdiibidndA410u0lAi 0080 062000d0006018061883000/683088i/36440312923501200 4030:8085 VII DANH SÁCH CAC CHỮ VIET TAT PCR Polymerase Chain Reaction LB Broth Luria Bertani Broth LBA Luria Bertani Agar MRS Man Rogosa Sharpe MRSA Man Rogosa Sharpe Agar TCBS Thiosulfate Citrate Bile Sucrose MHA Mueller Hinton Agar TSB Tryptic Soy Broth CMC Carboxymethyl Cellulose ĐBSCL Đồng bằng sông Cửu Long EMS Early Mortality Syndrome AHPND Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease V.
parahaemolyticus Vibrio parahaemolyticus V. harveyi Vibrio harveyi LAB Lactic Acid Bacteria B. subtilis Bacillus subtilis OD Optical Density SCA Simmons Citrate Agar KTTB Kích thước trung bình Vill DANH SÁCH CAC BANG Bảng 3. Danh mục dụng cụ trong quá trình thực hiện | PP.
Danh mục thiết bị trong quá trình thực hiện đề tài. Thành phần môi trường LB Brotth. -2- 2 222+2E22E£2EE2EE2EE2ZE2E22222222zxze 18 Bang 3. Thành phần môi trường MMRS.
2-2222 2S+SS2EE2E22E2E22122122122221221221221 22 Xe2 19 Bang 3. Thành phần môi trường TCBS. 22 2 2+SE+2E22E22EE2EE2EE22122522222222222x 19 Bảng 3. Thanh phần môi trường MHA.--22- 22 ©2222222E++EE+2EE+2E+2EE+2E2zZE+zzxzzzrez 20 Bang 3.
Thành phần môi trường TSB.-- 2 2222+2S22E22E22EE2EE22E221221223222222222xe.