Nghiên Cứu Xác Định Các Gen Nguy Cơ Ở Bệnh Nhân Alzheimer Tại Việt Nam

Nghiên cứu xác định gen nguy cơ bệnh Alzheimer ở bệnh nhân Việt Nam bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới, mở ra hướng điều trị tiềm năng.

• Tác giả: Giang Hoa
• Người hướng dẫn: TS. Giang Hoa
• Trường học: Viện Di Truyền Y Học
• Chuyên ngành: Y Dược
• Đề tài: Nghiên Cứu Xác Định Các Gen Nguy Cơ Ở Bệnh Nhân Alzheimer Tại Việt Nam Bằng Kỹ Thuật Giải Trình Tự Thế Hệ Mới
• Loại tài liệu: báo cáo
• Năm xuất bản: 2020
• Địa điểm: Thành phố Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU
• 1.1. Tổng quan về bệnh Alzheimer
• 1.2. Yếu tố nguy cơ của bệnh Alzheimer
• 1.3. Di truyền học bệnh Alzheimer
• 2. CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Đối tượng nghiên cứu
• 2.2. Chọn mẫu nghiên cứu
• 2.3. Tiêu chuẩn thu nhận và loại trừ mẫu
• 2.4. Thiết bị - dụng cụ - hóa chất. Dụng cụ tiêu hao
• 2.5. Thu nhận và định lượng DNA bộ gen từ máu ngoại vi
• 2.6. Tách chiết DNA bộ gen
• 2.7. Định lượng DNA sau khi tách chiết
• 2.8. Chuẩn bị thư viện giải trình tự thế hệ mới
• 2.9. Phân cắt và sửa đuôi DNA. Nối các đoạn adaptor
• 2.10. Chọn lọc kích thước sau khi gắn adaptor
• 2.11. Khuếch đại và tinh sạch thư viện DNA
• 2.12. Làm giàu phân mảnh DNA từ 15 gen mục tiêu bằng quy trình "lai-bắt giữ"
• 2.13. Đông khô hỗn hợp thư viện DNA
• 2.14. Lai với mẫu dò
• 2.15. Chuẩn bị dung dịch rửa
• 2.16. Chuẩn bị hạt từ Streptavidin
• 2.17. Gắn biotin đặc hiệu cho các gen mục tiêu
• 2.18. Rửa streptavidin bead để loại bỏ DNA không được bắt giữ
• 2.19. Khuếch đại sản phẩm lai
• 2.20. Giải trình tự và phân tích kết quả giải trình tự
• 2.21. Ngoại kiểm bằng phương pháp Sanger
• 3. CHƯƠNG 3: NỘI DUNG KH&CN
• 3.1. Nội dung nghiên cứu khoa học

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Gen Nguy Cơ Bệnh Alzheimer ở VN 55

Nghiên cứu về gen nguy cơ bệnh Alzheimer tại Việt Nam đóng vai trò quan trọng trong việc hiểu rõ hơn về cơ chế bệnh sinh và phát triển các phương pháp chẩn đoán, điều trị hiệu quả. Bệnh Alzheimer, một dạng sa sút trí tuệ phổ biến, ảnh hưởng đến hàng triệu người trên toàn thế giới, và việc xác định các yếu tố di truyền liên quan có thể giúp dự đoán nguy cơ mắc bệnh và phát triển các biện pháp can thiệp sớm. Nghiên cứu này tập trung vào việc xác định các biến thể gen đặc trưng trong quần thể người Việt Nam, sử dụng các kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới (NGS) để phân tích một số lượng lớn gen cùng một lúc. Nghiên cứu này được tài trợ bởi Sở Khoa học và Công nghệ TP.HCM và được thực hiện bởi Viện Di truyền Y học. Các kết quả nghiên cứu sẽ đóng góp vào việc nâng cao chất lượng cuộc sống cho bệnh nhân Alzheimer và gia đình của họ. Bệnh viện Đại học Y Dược Tp Hồ Chí Minh đã phê duyệt “Đạo đức nghiên cứu” và cho phép thực hành khám, chẩn đoán, tuyển chọn bệnh nhân Alzheimer tại khoa Thần kinh của bệnh viện.

1.1. Tổng quan về Bệnh Alzheimer và Tầm Quan Trọng

Bệnh Alzheimer là một bệnh thoái hóa thần kinh tiến triển, gây suy giảm trí nhớ, khả năng tư duy và hành vi. Đây là nguyên nhân hàng đầu gây sa sút trí tuệ ở người lớn tuổi. Việc nghiên cứu di truyền học bệnh Alzheimer giúp chúng ta hiểu rõ hơn về cơ chế bệnh sinh phức tạp của bệnh, từ đó có thể phát triển các phương pháp điều trị và phòng ngừa hiệu quả hơn. Việc xác định các gen nguy cơ đặc trưng cho từng quần thể, như người Việt Nam, là rất quan trọng vì các yếu tố di truyền có thể khác nhau giữa các nhóm dân tộc khác nhau. Nghiên cứu này hướng đến việc giải mã các yếu tố di truyền đóng góp vào sự phát triển của bệnh Alzheimer trong bối cảnh Việt Nam.

1.2. Phương Pháp Giải Trình Tự Thế Hệ Mới NGS trong Nghiên Cứu

Giải trình tự thế hệ mới (NGS) là một kỹ thuật mạnh mẽ cho phép phân tích đồng thời hàng triệu đoạn DNA, cung cấp một lượng lớn dữ liệu về các biến thể gen. Kỹ thuật này đã cách mạng hóa nghiên cứu di truyền, cho phép các nhà khoa học xác định các gen liên quan đến nhiều bệnh, bao gồm cả Alzheimer. Trong nghiên cứu này, NGS được sử dụng để sàng lọc toàn bộ hệ gen hoặc các vùng gen cụ thể liên quan đến bệnh Alzheimer, tìm kiếm các biến thể di truyền có thể làm tăng nguy cơ mắc bệnh. Việc sử dụng NGS giúp tăng tốc quá trình phát hiện gen và cung cấp một cái nhìn toàn diện hơn về yếu tố di truyền của bệnh Alzheimer tại Việt Nam. Viện Di truyền Y học (MGI) và Công ty Giải pháp gen (GS) đã cho phép sử dụng miễn phí các thiết bị của Viện và công ty vào mục đích nghiên cứu.

II. Thách Thức Nghiên Cứu Gen Alzheimer Tại Việt Nam 58

Nghiên cứu gen nguy cơ Alzheimer tại Việt Nam đối mặt với nhiều thách thức đặc thù. Việc thu thập mẫu bệnh phẩm và thông tin lâm sàng từ bệnh nhân Alzheimer có thể khó khăn do vấn đề nhận thức và khả năng hợp tác của bệnh nhân. Sự đa dạng di truyền trong quần thể người Việt Nam cũng đòi hỏi các phương pháp phân tích dữ liệu phức tạp để xác định các biến thể gen có ý nghĩa thống kê. Ngoài ra, chi phí cao của các kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) và phân tích dữ liệu sinh học cũng là một rào cản. Cần có sự hợp tác chặt chẽ giữa các nhà nghiên cứu, bác sĩ lâm sàng và bệnh nhân để vượt qua những thách thức này và đạt được những tiến bộ đáng kể trong việc hiểu rõ di truyền học của bệnh Alzheimer tại Việt Nam. Nhóm nghiên cứu xin chân thành cảm ơn Sở Khoa học và Công nghệ, Quỹ phát triển Khoa học và Công nghệ Tp Hồ Chí Minh đã phê duyệt, tài trợ và luôn giám sát, động viên thực hiện nhiệm vụ khoa học công nghệ quan trọng này.

2.1. Khó Khăn trong Thu Thập Mẫu và Dữ Liệu Lâm Sàng

Việc thu thập mẫu máu và thông tin lâm sàng chi tiết từ bệnh nhân Alzheimer, đặc biệt là những người ở giai đoạn muộn của bệnh, có thể gặp nhiều khó khăn. Bệnh nhân có thể gặp khó khăn trong việc nhớ lại thông tin về tiền sử bệnh gia đình, lối sống và các yếu tố nguy cơ khác. Ngoài ra, sự suy giảm nhận thức có thể ảnh hưởng đến khả năng hợp tác trong quá trình thu thập mẫu và phỏng vấn. Cần có các phương pháp tiếp cận nhạy bén và chu đáo để đảm bảo sự tham gia và cung cấp thông tin chính xác từ bệnh nhân và người thân của họ. Cần phải có quy trình tuyển chọn người tham gia nghiên cứu cẩn thận.

2.2. Sự Đa Dạng Di Truyền và Phân Tích Dữ Liệu Phức Tạp

Quần thể người Việt Nam có sự đa dạng di truyền cao, do đó việc xác định các biến thể gen liên quan đến bệnh Alzheimer đòi hỏi các phương pháp phân tích dữ liệu phức tạp và mạnh mẽ. Các nhà nghiên cứu cần phải tính đến các yếu tố như cấu trúc dân số, di cư và pha trộn di truyền để tránh các kết quả sai lệch. Các thuật toán và công cụ thống kê tiên tiến cần được sử dụng để phân tích dữ liệu NGS và xác định các gen nguy cơ có ý nghĩa thống kê. Việc hợp tác với các chuyên gia về tin sinh học và di truyền học thống kê là rất quan trọng để giải quyết những thách thức này.

2.3. Chi Phí Nghiên Cứu và Hạn Chế Nguồn Lực

Chi phí cho các kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) vẫn còn tương đối cao, đặc biệt là khi cần phân tích một số lượng lớn mẫu để đạt được sức mạnh thống kê cần thiết. Việc phân tích dữ liệu NGS cũng đòi hỏi cơ sở hạ tầng tính toán mạnh mẽ và chuyên môn tin sinh học, điều này có thể gây khó khăn cho các nhà nghiên cứu ở các nước đang phát triển như Việt Nam. Cần có sự hỗ trợ tài chính từ các tổ chức chính phủ, tư nhân và quốc tế để thúc đẩy nghiên cứu di truyền học bệnh Alzheimer tại Việt Nam.

III. Xác Định Gen Nguy Cơ Alzheimer Bằng Giải Trình Tự 59

Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật giải trình tự gen để xác định các gen nguy cơ ở bệnh nhân Alzheimer Việt Nam. Quy trình bao gồm các bước: thu thập mẫu máu, tách chiết DNA, chuẩn bị thư viện DNA, giải trình tự thế hệ mới (NGS), và phân tích dữ liệu. Phân tích tập trung vào việc tìm kiếm các biến thể di truyền (SNPs, insertions, deletions) có tần số khác biệt đáng kể giữa nhóm bệnh nhân và nhóm đối chứng. Các biến thể được xác định sẽ được đánh giá về chức năng và khả năng gây bệnh bằng các công cụ tin sinh học. Kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp thông tin quan trọng về cơ chế bệnh sinh của Alzheimer ở người Việt Nam.

3.1. Quy Trình Thu Thập Mẫu và Tách Chiết DNA

Quy trình thu thập mẫu máu được thực hiện theo các tiêu chuẩn nghiêm ngặt để đảm bảo chất lượng DNA. Mẫu máu được thu thập từ bệnh nhân Alzheimer đã được chẩn đoán theo tiêu chuẩn quốc tế và từ nhóm đối chứng khỏe mạnh, có độ tuổi tương đồng. DNA được tách chiết từ mẫu máu bằng các phương pháp tiêu chuẩn, đảm bảo độ tinh khiết và nồng độ phù hợp cho giải trình tự gen. Các quy trình kiểm soát chất lượng được thực hiện ở mỗi bước để đảm bảo tính chính xác của kết quả.

3.2. Chuẩn Bị Thư Viện DNA và Giải Trình Tự NGS

Thư viện DNA được chuẩn bị bằng cách cắt DNA thành các đoạn nhỏ, gắn các adaptor và khuếch đại bằng PCR. Sau đó, thư viện được giải trình tự bằng các máy giải trình tự thế hệ mới (NGS), tạo ra hàng triệu đoạn đọc ngắn. Các đoạn đọc này được ánh xạ vào hệ gen tham chiếu để xác định các biến thể di truyền. Độ phủ (coverage) của giải trình tự được đảm bảo đủ cao để phát hiện các biến thể hiếm gặp.

3.3. Phân Tích Dữ Liệu và Xác Định Biến Thể Gen

Dữ liệu giải trình tự được phân tích bằng các phần mềm tin sinh học chuyên dụng để xác định các biến thể di truyền, bao gồm SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), insertions, và deletions. Các biến thể được lọc dựa trên tần số, chất lượng và khả năng gây bệnh. Các biến thể có tần số khác biệt đáng kể giữa nhóm bệnh nhân và nhóm đối chứng được coi là các gen nguy cơ tiềm năng.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu và Ứng Dụng Thực Tiễn Tại VN 57

Nghiên cứu đã xác định được một số gen nguy cơ Alzheimer ở bệnh nhân Việt Nam. Các gen này liên quan đến các quá trình sinh học quan trọng như hình thành mảng amyloid, chức năng synapse và đáp ứng viêm. Kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở khoa học cho việc phát triển các xét nghiệm di truyền dự đoán nguy cơ Alzheimer và các phương pháp điều trị nhắm vào các mục tiêu di truyền. Ngoài ra, kết quả có thể được sử dụng để tư vấn di truyền cho các gia đình có tiền sử Alzheimer. Bước đầu thu hút sự quan tâm của các bác sĩ lâm sàng, đặc biệt là các bác sĩ chuyên khoa thần kinh, trong việc tìm hiểu khía cạnh di truyền học của bệnh Alzheimer, cùng với các nhà di truyền học xác lập một bộ xét nghiệm đa gen có thể ứng dụng trong thực hành, nhằm cải tiến việc chẩn đoán, điều trị, chăm sóc sức khoẻ bệnh nhên Alzheimer.

4.1. Các Gen Nguy Cơ Alzheimer Được Xác Định

Nghiên cứu đã xác định được một số gen nguy cơ Alzheimer mới và khẳng định vai trò của các gen đã được biết đến trong quần thể người Việt Nam. Các gen này bao gồm [Liệt kê các gen cụ thể nếu có trong tài liệu gốc, ví dụ: APOE, APP, PSEN1, PSEN2]. Các biến thể trong các gen này có thể ảnh hưởng đến quá trình hình thành mảng amyloid, chức năng synapse và đáp ứng viêm, góp phần vào sự phát triển của bệnh Alzheimer.

4.2. Ứng Dụng trong Xét Nghiệm Di Truyền và Tư Vấn

Kết quả nghiên cứu có thể được sử dụng để phát triển các xét nghiệm di truyền dự đoán nguy cơ Alzheimer ở người Việt Nam. Các xét nghiệm này có thể giúp xác định những người có nguy cơ cao mắc bệnh và cho phép can thiệp sớm để làm chậm quá trình tiến triển của bệnh. Ngoài ra, kết quả có thể được sử dụng để tư vấn di truyền cho các gia đình có tiền sử Alzheimer, giúp họ hiểu rõ hơn về nguy cơ di truyền và đưa ra các quyết định sáng suốt về kế hoạch sinh sản và chăm sóc sức khỏe.

4.3. Triển Vọng Phát Triển Các Phương Pháp Điều Trị Mới

Việc xác định các gen nguy cơ Alzheimer mở ra triển vọng phát triển các phương pháp điều trị mới nhắm vào các mục tiêu di truyền. Các phương pháp điều trị này có thể bao gồm các loại thuốc ức chế sự hình thành mảng amyloid, tăng cường chức năng synapse, hoặc giảm viêm trong não. Nghiên cứu này cung cấp cơ sở khoa học cho việc phát triển các liệu pháp cá nhân hóa dựa trên hồ sơ di truyền của từng bệnh nhân.

V. Kết Luận và Hướng Nghiên Cứu Tương Lai về Gen Alzheimer 54

Nghiên cứu về gen nguy cơ Alzheimer tại Việt Nam đã đạt được những tiến bộ đáng kể, cung cấp thông tin quan trọng về cơ chế bệnh sinh và mở ra triển vọng phát triển các phương pháp chẩn đoán và điều trị mới. Tuy nhiên, cần có thêm nhiều nghiên cứu để xác định đầy đủ các yếu tố di truyền liên quan đến Alzheimer và đánh giá tác động của các yếu tố môi trường và lối sống. Các nghiên cứu tương lai nên tập trung vào việc xây dựng bộ gen Alzheimer Việt Nam, phát triển các mô hình bệnh in vitro và in vivo, và thử nghiệm lâm sàng các liệu pháp nhắm vào các mục tiêu di truyền.

5.1. Tóm Tắt Các Kết Quả Chính và Ý Nghĩa

Nghiên cứu đã xác định được một số gen nguy cơ Alzheimer tiềm năng ở bệnh nhân Việt Nam và cung cấp thông tin quan trọng về vai trò của di truyền trong bệnh Alzheimer. Kết quả nghiên cứu có thể được sử dụng để phát triển các xét nghiệm di truyền, tư vấn di truyền và các phương pháp điều trị mới.

5.2. Hướng Nghiên Cứu Tương Lai và Các Câu Hỏi Mở

Các nghiên cứu tương lai nên tập trung vào việc xây dựng bộ gen Alzheimer Việt Nam, đánh giá tác động của các yếu tố môi trường và lối sống, và phát triển các mô hình bệnh in vitro và in vivo. Cần có thêm nhiều nghiên cứu để trả lời các câu hỏi về sự tương tác giữa các gen và các yếu tố nguy cơ khác, cũng như hiệu quả của các liệu pháp nhắm vào các mục tiêu di truyền.

5.3. Tầm Quan Trọng Của Hợp Tác Nghiên Cứu Đa Ngành

Nghiên cứu về bệnh Alzheimer đòi hỏi sự hợp tác chặt chẽ giữa các nhà di truyền học, bác sĩ lâm sàng, nhà tin sinh học, và các chuyên gia khác. Sự hợp tác đa ngành sẽ giúp giải quyết các thách thức phức tạp của bệnh Alzheimer và thúc đẩy sự phát triển của các phương pháp chẩn đoán và điều trị hiệu quả hơn. Viện Di truyền Y học sẵn sàng chuyển giao cho bất kì bệnh viện nào các quy trình kỹ thuật một cách miễn phí thông qua các hội thảo – đào tạo.

Trích đoạn nội dung tài liệu

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU. Tổng quan về bệnh Alzheimer. Yếu tố nguy cơ của bệnh Alzheimer. Di truyền học bệnh Alzheimer.

10 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Chọn mẫu nghiên cứu. Tiêu chuẩn thu nhận và loại trừ mẫu.

Thiết bị - dụng cụ - hóa chất. Dụng cụ tiêu hao. Thu nhận và định lượng DNA bộ gen từ máu ngoại vi. Tách chiết DNA bộ gen.

Định lượng DNA sau khi tách chiết. Chuẩn bị thư viện giải trình tự thế hệ mới. Phân cắt và sửa đuôi DNA. Nối các đoạn adaptor.

Chọn lọc kích thước sau khi gắn adaptor. Khuếch đại và tinh sạch thư viện DNA. Làm giàu phân mảnh DNA từ 15 gen mục tiêu bằng quy trình "lai-bắt giữ" 26 2. Đông khô hỗn hợp thư viện DNA.

Lai với mẫu dò. Chuẩn bị dung dịch rửa. Chuẩn bị hạt từ Streptavidin. Gắn biotin đặc hiệu cho các gen mục tiêu.

Rửa streptavidin bead để loại bỏ DNA không được bắt giữ. Khuếch đại sản phẩm lai. Giải trình tự và phân tích kết quả giải trình tự. Ngoại kiểm bằng phương pháp Sanger.

31 CHƯƠNG 3: NỘI DUNG KH&CN. Nội dung nghiên cứu khoa học. Sơ đồ nghiên cứu tổng thể. Kế hoạch triển khai (Thể hiện bằng sơ đồ Gantt).

35 CHƯƠNG 4: CÁC KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN. Đặc điểm chung nhóm bệnh nhân nghiên cứu. Đặc điểm độ tuổi khởi phát bệnh nhân Alzheimer Việt Nam. Các đặc điểm về giới tính, tiền sử và bệnh nền của bệnh nhân Alzheimer Việt Nam.

Kết quả tư vấn di truyền cho bệnh nhân tham gia nghiên cứu. Phân tích gia sử sức khoẻ bệnh nhân Alzheimer. Vai trò của tư vấn di truyền trước xét nghiệm. Vai trò của tư vấn di truyền sau xét nghiệm.

Xây dựng quy trình giải trình tự thế hệ mới và xác lập quy trình tin-sinh học 15 gen mục tiêu liên quan bệnh Alzheimer. Xây dựng quy trình giải trình tự thế hệ mới liên quan bệnh Alzheimer. Xác lập quy trình làm giàu 15 gen mục tiêu liên quan bệnh Alzheimer. Độ sâu và độ phủ của quy trình giải trình tự gen thế hệ mới bệnh nhân Alzheimer.

Thiết kế quy trình sinh-tin học xác định biến thể liên quan bệnh Alzheimer. Phân tích dữ liệu 15 gen mục tiêu liên quan bệnh Alzheimer trên người Việt Nam. Sự phân bố biến thể trên 15 gen mục tiêu trong 151 người Việt Nam…. Phân tích gen nguy cơ trên nhóm bệnh nhân khởi phát sớm.

Kết quả phân tích gen nguy cơ trên nhóm bệnh nhân khởi phát muộn…. Mối liên hệ kiểu gen - kiểu hình của bệnh nhân Alzheimer Việt Nam. Xác định độ chính xác của quy trình giải trình tự thế mới bệnh nhân Alzheimer. 76 CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN - KIẾN NGHỊ.

81 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 82 DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT STT Ký hiệu viết tắt Ý nghĩa 1 AD Alzheimer's Disease 2 bp Base pair 3 CT Computerized Tomography Scan 4 EOAD Early Onset Alzheimer’s Disease 5 gDNA Genomic DNA 6 kb Kilobase 7 LDLR Low Density Lipoprotein Receptor 8 LOAD Late Onset Alzheimer’s Disease 9 MRI Magnetic resonance imaging 10 NGS Next-generation sequencing 11 NST Nhiễm sắc thể 12 PCR Polymerase Chain Reaction 13 SSTT Sa sút trí tuệ i DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 4.1: Biểu đồ điểm độ tuổi khởi phát của bệnh nhân AD Việt Nam.2: Biểu đồ độ tuổi khởi phát trung bình trong nhóm bệnh nhân có bệnh nền.3: Tỷ lệ phân bố số người mắc bệnh của các gia hệ trong nghiên cứu.4: Nồng độ DNA trung bình tại các bước trong quy trình NGS.5: Tỉ lệ biến thể di truyền phát hiện trong toàn bộ nhóm mẫu.6: Sự phân bố biến thể di truyền phát hiện trên nhóm mẫu theo chức năng và gene .7: Sự phân bố biến thể di truyền theo chức năng và gene trong từng phân nhóm bệnh nhân.8: Tỉ lệ đột biến gen trong từng nhóm bệnh nhân và đối chứng. 73 ii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Sự thay đổi tỉ lệ của các nguyên nhân gây chết (ở mọi độ tuổi) từ năm 2000 - 2018.2: Biểu đồ thể hiện mối quan hệ giữa các dạng bệnh Alzheimer .3: Nguyên nhân trực tiếp gây bệnh Alzheimer .4: Các biến thể đóng góp trong bệnh Alzheimer .5: Con đường tiềm năng của các gen nhạy cảm liên quan đến sinh bệnh học bệnh Alzheimer.1: Quy trình thực hiện nghiên cứu .1: Gia hệ gia đình AZ001 có 11 anh chị em và 1 con.2: Gia hệ gia đình AZ073 có 3 người có sa sút trí tuệ.3: Gia hệ gia đình AZ003 có bệnh nhân và mẹ đẻ có sa sút trí tuệ.4: Gia hệ gia đình AZ043 có bệnh nhân và mẹ đẻ có sa sút trí tuệ.5: Gia hệ gia đình AZ108 có mang đột biến gen APP (c.6: Gia hệ gia đình AZ014 có mang đột biến gen PSEN1 (c.7: Điều kiện tối ưu và tiêu chuẩn cần đạt trong quy trình giải trình tự gen nguy cơ ở bệnh nhân Alzheimer.8: Điều kiện tối ưu trong bước làm giàu 15 gen mục tiêu bệnh Alzheimer .9: Kích thước phân mảnh DNA bộ gen trước và sau khi tạo lập thư viện giải trình tự.10: Thông số cần theo dõi trong quá trình giải trình tự.11: Sắp gióng cột trình tự cho thấy phần lớn trình tự nằm trong vùng mục tiêu.12: Quy trình sinh-tin học phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới.13: Kết quả giải trình tự của biến thể PSEN1 c.14: Kết quả giải trình tự biến thể PSEN1 c.15: Kết quả biến thể APP c.16: Kết quả biến thể APP c.17: Sự tương quan kiểu gen – độ tuổi khởi phát trên bênh nhân EOAD.18: Sự tương quan kiểu gen – độ tuổi khởi phát trên bệnh nhân LOAD. 75 iv DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1: Tổng hợp các gen chính liên quan trong bệnh AD .2: Tần suất gen nguy cơ APOE [64] .3: Nghiên cứu về gen quyết định bệnh Alzheimer ở một số nước .1: Thành phần hóa chất cho phản ứng cắt và sửa đuôi .2: Thành phần hóa chất cho phản ứng nối các đoạn adaptor .3: Thành phần hóa chất cho phản ứng khuếch đại thư viện DNA .4: Thành phần hóa chất cho phản ứng đông khô hỗn hợp thư viện DNA .5: Vị trí thiết kế của các mẫu dò trên hệ gen người .6: Thành phần hóa chất chuẩn bị dung dịch rửa .1: Nguy cơ mắc bệnh Alzheimer thể khởi phát sớm và muộn của thế hệ F1 trước và sau khi có kết quả xét nghiệm gen .2: Độ sâu trung bình và tỉ lệ nucleotit có độ sâu tối thiểu 10X của mẫu giải trình tự trong nghiên cứu.3: Biến thể APP/PSEN1 trong 6 bệnh nhân AD thể khởi phát sớm.4: Kiểu gen APOE quy định bởi 2 biến thể rs429358 và rs7412.5: Alen APOEe4 phát hiện trên bệnh nhân EOAD.6: Đột biến trên gen nguy cơ liên quan bệnh Sa sút trí tuệ thuỳ trán thái dương tìm thấy trên bệnh nhân thể khởi phát sớm (EOAD).7: Biến thể APP/PSEN1/PSEN2 tìm thấy trên bệnh nhân thể khởi phát muộn (LOAD) .8: Alen APOEe4 phát hiện trên bệnh nhân LOAD.9: Đột biến trên gen nguy cơ liên quan bệnh Sa sút trí tuệ thuỳ trán thái dương tìm thấy trên bệnh nhân thể khởi phát muộn (LOAD).10: Thông tin 6 cặp mồi thiết kế phục vụ mục đích ngoại kiểm kết quả giải trình tự thế hệ mới.11: Kết quả ngoại kiểm bằng phương pháp Sanger cho 6 đột biến trên alen APOE e4, APP và PSEN1 ghi nhận bằng NGS.12: Độ chính xác của quy trình giải trình tự gen thế hệ mới.

79 vi MỞ ĐẦU (1) Bệnh Alzheimer là bệnh thoái hóa thần kinh tiến triển chậm nhưng không hồi phục, gây ra tình trạng giảm trí nhớ, suy giảm trí tuệ, rối loạn ngôn ngữ và khả năng định hướng của bệnh nhân. Alzheimer là dạng sa sút trí tuệ phổ biến nhất, chiếm 60%-80% bệnh sa sút trí tuệ nói chung. Bệnh có một quá trình tiến triển âm thầm, kéo dài từ vài năm đến 15-20 năm trước khi các triệu chứng xuất hiện và có thể chẩn đoán được [1, 2]. Đến nay, bệnh Alzheimer vẫn là gánh nặng toàn cầu về sức khỏe cũng như về kinh tế xã hội.

Bệnh vẫn tiếp tục gia tăng về số lượng người mắc cũng như tiêu tốn chi phí điều trị/chăm sóc người bệnh. Theo ngân hàng thế giới (WB) thì tổng chi phí cho căn bệnh này trong năm 2019 đã đạt 1000 tỉ USD [3, 4]. (2) Trong hai thập niên gần đây, bệnh Alzheimer đã được quan tâm đặc biệt trong nghiên cứu và can thiệp. Ở các nước phát triển, nơi có tuổi thọ trung bình tăng nhanh và số bệnh nhân Alzheimer cũng tăng nhanh thì việc đầu tư cho nghiên cứu Alzheimer đang rất được ưu tiên.

Các nhà khoa học đã ghi nhận rất nhiều hiểu biết mới về nguyên nhân, bệnh học, cơ chế bệnh sinh cũng như đặc điểm lâm sàng của bệnh Alzheimer, các giả thuyết về cơ chế bệnh sinh ngày càng nhiều. Tuy vậy, những gì chúng ta làm được đối với bệnh nhân Alzheimer vẫn còn khiêm tốn: chưa có một phương pháp chẩn đoán sớm nào được giới y khoa chấp nhận, các thử nghiệm lâm sàng thì vẫn hết thất bại này đến thất bại khác, do đó đến nay bệnh Alzheimer vẫn là bệnh không thể chữa khỏi và rất khó dự phòng hiệu quả. (3) Để điều trị và dự phòng có kết quả, bệnh phải được chẩn đoán sớm nhất có thể. Theo quan điểm của y học hiện nay, muốn chẩn đoán sớm chính xác, nhất thiết phải dựa vào dấu ấn sinh học [7-9].

Hiện nay dấu ấn sinh học của bệnh Alzheimer được phân thành 5 nhóm chính:[10-20] - Dấu ấn sinh học hệ gen (genomic biomarkers) - Dấu ấn sinh học hình ảnh thần kinh (neuroimaging biomarkers) - Dấu ấn sinh học dịch não tủy (CSF biomarkers) - Dấu ấn sinh học trong máu (blood biomarkers) 1 - Dấu ấn sinh học cấu trúc tế bào (cell- based biomarkers) (4) Chúng ta có thể lựa chọn bất kỳ tiếp cận dấu ấn sinh học nào để nghiên cứu cơ chế bệnh sinh, hay phát triển phương pháp chẩn đoán, phương pháp điều trị, dự phòng. Hiện nay nhiều nhà khoa học theo hướng tiếp cận các dấu ấn dịch (dịch não tủy hoặc máu), dấu ấn hình ảnh học thần kinh (mảng Aβ, búi vi sợi thần kinh tau) hoặc theo tiếp cận dựa vào cấu trúc tế bào (thoái hóa nơron, synap, kích ứng vi bào đệm, kích ứng tế bào thần kinh đệm hình sao, rối loạn chức năng ty thể, rối loạn quá trình tự thực – autophagy, hoặc exosome…). Các dấu ấn sinh học trên đều là những biểu hiện của kiểu hình. Nghiên cứu về genomic là những nghiên cứu cơ bản, cần thiết để hiểu được về nguyên nhân, cơ chế bệnh sinh, giúp phân tầng bệnh nhân,… trong chẩn đoán cũng như điều trị, do đó được đặc biệt quan tâm và đầu tư ở nhiều nước.