Nghiên cứu đặc điểm sinh học phân tử của E. coli kháng colistin tại Hà Nam

LỜI CẢM ƠN

LỜI CAM ĐOAN

DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT

1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Kháng sinh và sự đề kháng kháng sinh

1.2. Sự đề kháng kháng sinh

1.3. Các nguyên nhân gây gia tăng và lan truyền các chủng vi khuẩn kháng kháng sinh

1.4. Vi khuẩn gram âm đường ruột và thực trạng kháng kháng sinh của các vi khuẩn gram âm đường ruột

1.5. Đặc điểm vi sinh vật học và tình hình kháng colistin của E.

1.6. Các nghiên cứu về gen mcr-1 kháng colistin của E. coli và các vi khuẩn gram âm đường ruột trên thế giới và Việt Nam

1.7. Các kĩ thuật phát hiện kháng kháng sinh và các kĩ thuật sinh học phân tử sử dụng trong phát hiện các gen kháng kháng sinh

1.7.1. Kĩ thuật phát hiện kháng kháng sinh

1.7.2. Các kĩ thuật sinh học phân tử nghiên cứu vi khuẩn kháng kháng sinh

1.7.3. Kỹ thuật PCR phát hiện gen kháng kháng sinh

1.7.4. Kỹ thuật RADP PCR

1.7.5. Kỹ thuật điện di xung trường

1.7.6. Kỹ thuật Southern blot phân tích hệ gen vi khuẩn

1.7.7. Kỹ thuật Multi Locus Sequence Typing

1.7.8. Kỹ thuật giải trình tự gen

1.8. Các vấn đề cần giải quyết trong nghiên cứu

2. CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Địa điểm nghiên cứu

2.2. Thiết kế nghiên cứu

2.3. Thời gian nghiên cứu

2.4. Đối tượng nghiên cứu

2.5. Cỡ mẫu nghiên cứu

2.6. Phương pháp lấy mẫu và kỹ thuật xét nghiệm

2.6.1. Kĩ thuật nuôi cấy và phân lập vi khuẩn

2.6.2. PCR phát hiện gen mcr-1

2.6.3. Kỹ thuật định danh vi khuẩn bằng máy MALDI TOF

2.6.4. Kỹ thuật đánh giá nồng độ kháng sinh ức chế tối thiểu

2.6.5. Phân tích mối liên hệ kiểu gen bằng kỹ thuật PFGE

2.6.6. Kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen của vi khuẩn

2.6.7. Kỹ thuật tiếp hợp đánh giá sự lan truyền gen mcr-1 qua plasmid

2.7. Biến số và chỉ số trong nghiên cứu

2.8. Phương pháp thu thập thông tin

2.9. Xử lý và phân tích số liệu

2.10. Khống chế sai số

2.11. Đạo đức trong nghiên cứu

3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

3.1. Tỷ lệ vi khuẩn E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập được từ người và động vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà, Thanh Liêm, Hà Nam, năm 2015

3.2. Đặc điểm chung về các loại mẫu được thu thập trong nghiên cứu

3.3. Tỷ lệ mẫu có chứa chủng E. coli mang gen mcr-1 phân lập được từ người, động vật nuôi, thực phẩm và nước

3.4. Mức độ nhạy cảm colistin của các chủng E. coli mang gen mcr-1

3.5. Tỷ lệ phân bố của gen mcr-1 trên NST và plasmid của các chủng E.

3.6. Mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng E. coli mang gen mcr-1 trong phân người và động vật nuôi, thức ăn và nước

3.7. Đặc điểm sinh học phân tử của các chủng vi khuẩn E. coli mang gen mcr-1 phân lập được trong nghiên cứu

3.7.1. Các gen kháng kháng sinh của các chủng E. coli mang gen mcr-1

3.7.2. Mối liên hệ về kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn mang gen mcr-1

3.7.3. Đặc điểm sinh học phân tử của các chủng E. coli mang gen mcr-1 bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen

3.8. Kết quả xác định đặc điểm plasmid, cơ chế lan truyền qua trung gian plasmid và cấu trúc di truyền động của các chủng vi khuẩn E. coli mang gen mcr-1

3.8.1. Xác định đặc điểm của các plasmid mang gen mcr-1

3.8.2. Xác định khả năng lan truyền gen kháng qua trung gian plasmid giữa các chủng vi khuẩn

3.8.3. Xác định cấu trúc của các yếu tố di truyền di động mang gen mcr-1

3.9. Tỷ lệ vi khuẩn E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin phân lập được từ người, vật nuôi, thực phẩm và nước tại xã Thanh Hà huyện Thanh Liêm, Hà Nam giai đoạn 2014-2015

3.10. Một số đặc điểm về quần thể thu thập mẫu nghiên cứu

3.11. Mức độ nhạy cảm colistin của các chủng E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin

3.12. Sự phổ biến của các chủng E. coli mang gen mcr-1 trên NST và plasmid

3.13. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng E. coli mang gen mcr-1 tại cộng đồng trong nghiên cứu

3.14. Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp theo

4. ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN

DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC

I. Đặt Vấn Đề

Nghiên cứu về E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin tại Hà Nam đã chỉ ra sự gia tăng đáng kể của tình trạng kháng kháng sinh trong cộng đồng. Việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong y tế và chăn nuôi đã dẫn đến sự phát triển của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Đặc biệt, sự xuất hiện của gen mcr-1 đã làm cho việc điều trị các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn gram âm trở nên khó khăn hơn. Theo nghiên cứu, colistin đã được sử dụng trở lại như một lựa chọn cuối cùng trong điều trị, nhưng sự kháng thuốc đang gia tăng. Việc phát hiện E. coli mang gen mcr-1 từ thực phẩm và môi trường cho thấy nguy cơ lây lan cao trong cộng đồng. Điều này đặt ra yêu cầu cấp thiết về việc nghiên cứu và kiểm soát tình trạng kháng thuốc, nhằm bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

II. Tổng Quan Tài Liệu

Tình trạng kháng sinh và sự đề kháng kháng sinh đã trở thành một vấn đề nghiêm trọng trên toàn cầu. Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng E. coli là một trong những vi khuẩn gram âm phổ biến nhất có khả năng kháng nhiều loại kháng sinh. Gen mcr-1, được phát hiện lần đầu tiên ở Trung Quốc, đã nhanh chóng lan rộng ra nhiều quốc gia, bao gồm cả Việt Nam. Các nghiên cứu cho thấy rằng việc sử dụng colistin trong chăn nuôi là một trong những nguyên nhân chính dẫn đến sự phát triển của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Hơn nữa, sự hiện diện của các plasmid mang gen mcr-1 đã tạo điều kiện thuận lợi cho việc lây lan gen kháng giữa các vi khuẩn. Điều này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc theo dõi và nghiên cứu các đặc điểm sinh học phân tử của E. coli kháng colistin.

III. Đối Tượng và Phương Pháp Nghiên Cứu

Nghiên cứu được thực hiện tại xã Thanh Hà, huyện Thanh Liêm, Hà Nam, với mục tiêu xác định tỷ lệ và đặc điểm sinh học phân tử của E. coli mang gen mcr-1. Phương pháp nghiên cứu bao gồm thu thập mẫu từ người, động vật nuôi, thực phẩm và nước. Các kỹ thuật như PCR, điện di xung trường (PFGE) và giải trình tự toàn bộ hệ gen được sử dụng để phân tích và xác định các đặc điểm di truyền của vi khuẩn. Kết quả cho thấy tỷ lệ E. coli mang gen mcr-1 cao, đồng thời cũng chỉ ra sự phân bố của gen này trên các plasmid và nhiễm sắc thể. Những phát hiện này cung cấp thông tin quan trọng về sự lây lan và cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn trong cộng đồng.

IV. Kết Quả Nghiên Cứu

Kết quả nghiên cứu cho thấy tỷ lệ E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin từ các mẫu thu thập là đáng kể. Các chủng vi khuẩn này không chỉ có khả năng kháng colistin mà còn mang nhiều gen kháng khác, cho thấy sự đa kháng của chúng. Phân tích di truyền cho thấy mối liên hệ chặt chẽ giữa các chủng vi khuẩn, cho thấy sự lây lan gen kháng qua plasmid. Điều này nhấn mạnh tầm quan trọng của việc kiểm soát sự lây lan của các chủng vi khuẩn kháng thuốc trong cộng đồng, đặc biệt là trong bối cảnh sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi và y tế.

V. Hạn Chế và Hướng Nghiên Cứu Tiếp Theo

Mặc dù nghiên cứu đã cung cấp nhiều thông tin quý giá về E. coli mang gen mcr-1, vẫn còn một số hạn chế cần được khắc phục. Cần có thêm các nghiên cứu sâu hơn để xác định rõ hơn về cơ chế lây lan và sự phát triển của các chủng vi khuẩn kháng thuốc. Hướng nghiên cứu tiếp theo nên tập trung vào việc phát triển các biện pháp kiểm soát hiệu quả nhằm giảm thiểu sự lây lan của gen kháng trong cộng đồng. Việc này không chỉ giúp bảo vệ sức khỏe cộng đồng mà còn góp phần vào việc quản lý và sử dụng kháng sinh một cách hợp lý.

Đặc điểm sinh học phân tử của E. coli mang gen mcr-1 kháng colistin tại xã Thanh Hà, Hà Nam năm 2015