NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG MỘT SỐ HỌ LƯỠNG CƯ Ở VIỆT NAM VÀ TÌNH TRẠNG NHIỄM NẤM CỦA CHÚNG

Luận án tiến sĩ nghiên cứu về đa dạng sinh học lưỡng cư ở Việt Nam, tập trung vào một số họ và tình trạng nhiễm nấm, cung cấp thông tin giá trị về bảo tồn.

• Tác giả: Nguyễn Văn Thịnh
• Người hướng dẫn: PGS. Nguyễn Thiên Tạo
• Trường học: Học Viện Khoa Học Và Công Nghệ
• Chuyên ngành: Động Vật Học
• Đề tài: Nghiên cứu đa dạng một số họ lưỡng cư ở Việt Nam và tình trạng nhiễm nấm của chúng
• Loại tài liệu: Luận Án Tiến Sĩ
• Năm xuất bản: 2024
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• MỞ ĐẦU
• 1. TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU
• 1.1. Lược sử nghiên cứu về đa dạng loài lưỡng cư trên thế giới
• 1.2. Lược sử nghiên cứu về đa dạng loài lưỡng cư ở Việt Nam
• 1.3. Các nghiên cứu về thành phần loài
• 1.4. Các nghiên cứu về các họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc ở Việt Nam
• 1.5. Lược sử nghiên cứu về bệnh nấm trên các loài lưỡng cư
• 1.6. Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư trên thế giới
• 1.7. Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư ở Việt Nam
• 1.8. Cơ chế gây bệnh của chủng nấm trên các loài lưỡng cư
• 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Đối tượng nghiên cứu. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 2.2. Tư liệu nghiên cứu
• 2.3. Phương pháp nghiên cứu. Khảo sát thực địa
• 2.4. Phương pháp nghiên cứu trong phòng thí nghiệm
• 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Đa dạng thành phần loài trong 4 họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc
• 3.1.1. Danh mục các loài ghi nhận
• 3.1.2. Phát hiện mới
• 3.1.3. Đặc điểm hình thái các loài lưỡng cư mới ghi nhận ở khu vực nghiên cứu
• 3.1.4. Quan hệ di truyền của các loài thuộc họ Cá cóc
• 3.2. Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư ở Việt Nam
• 3.2.1. Địa điểm và số lượng lấy mẫu nấm trên các loài lưỡng cư
• 3.2.2. Ghi nhận của chủng nấm Bd tại Việt Nam
• 3.2.3. Thành phần loài lưỡng cư ghi nhận chủng nấm Bd tại Việt Nam
• 3.2.4. Ghi nhận của chủng Bsal tại Việt Nam
• 3.2.5. Thành phần loài lưỡng cư ghi nhận nhiễm nấm Bsal tại Việt Nam
• 3.2.6. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cóc tía
• 3.2.7. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cóc mắt
• 3.2.8. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Ếch cây
• 3.2.9. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cá cóc
• KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• DANH MỤC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
• DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO
• PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRONG QUÁ TRÌNH NGHIÊN CỨU

Tóm tắt

I. Tổng Quan Nghiên Cứu Đa Dạng Sinh Học Lưỡng Cư Việt Nam

Lớp động vật lưỡng cư (Amphibia), với khoảng 8.700 loài, thể hiện sự đa dạng sinh học phong phú, phân bố rộng khắp ngoại trừ các vùng cực. Theo IUCN, đến tháng 12/2023, có 7.486 loài lưỡng cư được đánh giá, trong đó 36 loài tuyệt chủng (EX) và 722 loài Cực kì nguy cấp (CR). Khu hệ lưỡng cư Việt Nam rất đa dạng. Nguyễn Văn Sáng và Hồ Thu Cúc (1996) ghi nhận 82 loài. Đến năm 2023, con số này đã tăng lên 295 loài, với hơn 70 loài mới được phát hiện từ năm 2010. Sự phong phú này nhấn mạnh tầm quan trọng của các nghiên cứu tiếp theo. “Nghiên cứu đa dạng một số họ lưỡng cư ở Việt Nam và tình trạng nhiễm nấm của chúng” là một luận án tiến sĩ quan trọng trong bối cảnh này, góp phần vào sự hiểu biết sâu sắc và bảo tồn đa dạng sinh học của Việt Nam.

1.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu lưỡng cư tại Việt Nam

Việc nghiên cứu lưỡng cư tại Việt Nam có vai trò then chốt trong việc đánh giá và bảo tồn đa dạng sinh học. Số lượng loài mới được phát hiện liên tục chứng minh tiềm năng đa dạng sinh học chưa được khai thác đầy đủ. Các nghiên cứu này, như luận án tiến sĩ này, cung cấp dữ liệu nền tảng cho các biện pháp bảo tồn hiệu quả, đặc biệt trong bối cảnh biến đổi khí hậu và các mối đe dọa khác.

1.2. Tổng quan về các họ lưỡng cư được nghiên cứu

Luận án tập trung vào bốn họ lưỡng cư chính, đại diện cho các môi trường sống khác nhau: Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc. Cách tiếp cận này cho phép đánh giá toàn diện về tình trạng nhiễm nấm và đa dạng sinh học trong các môi trường sống khác nhau, cung cấp thông tin quan trọng cho các nỗ lực bảo tồn.

II. Thách Thức Tình Trạng Nhiễm Nấm Đe Dọa Lưỡng Cư Việt Nam

Chytridiomycosis (Chytrid), do nấm Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) gây ra, là mối đe dọa nghiêm trọng đối với các loài thủy sinh. Bệnh nấm này gây ra sự suy giảm hoặc tuyệt chủng của ít nhất 200 loài lưỡng cư. IUCN ước tính khoảng 36% các loài lưỡng cư trên thế giới đang bị đe dọa. Gần đây, một chủng nấm mới, Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal), đã được phát hiện. Các nghiên cứu về Chytrid ở Việt Nam còn hạn chế. Nghiên cứu này, vì vậy, có ý nghĩa then chốt. Đánh giá ảnh hưởng của bệnh nấm đến quần thể lưỡng cư là điều cấp thiết.

2.1. Chytridiomycosis Mối đe dọa toàn cầu đối với lưỡng cư

Chytridiomycosis là một bệnh truyền nhiễm nghiêm trọng, gây ra bởi nấm Batrachochytrium dendrobatidis (Bd). Nấm này tấn công da của lưỡng cư, gây rối loạn chức năng da và dẫn đến tử vong. Sự lây lan nhanh chóng của Chytrid đã gây ra sự suy giảm đáng kể quần thể lưỡng cư trên toàn thế giới.

2.2. Tình trạng nghiên cứu nấm Chytrid ở Việt Nam

Mặc dù tác động của Chytrid đã được ghi nhận trên toàn cầu, nhưng nghiên cứu về tình trạng nhiễm nấm ở lưỡng cư Việt Nam còn hạn chế. Các nghiên cứu trước đây đã phát hiện Bd trên họ Cóc mắt (Megophryidae) và họ Ếch cây (Rhacophoridae) ở VQG Bidoup-Núi Bà (Lâm Đồng). Cần có thêm nhiều nghiên cứu chuyên sâu để đánh giá phạm vi và mức độ nghiêm trọng của mối đe dọa này.

2.3. Sự xuất hiện của nấm Batrachochytrium salamandrivorans Bsal

Gần đây, việc phát hiện nấm Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) đã làm gia tăng lo ngại về sức khỏe của quần thể lưỡng cư. Bsal đặc biệt nguy hiểm đối với kỳ giông và cá cóc. Hiện tại, tác động của Bsal ở Việt Nam chưa được nghiên cứu đầy đủ và cần được ưu tiên trong các nghiên cứu tiếp theo.

III. Phương Pháp Nghiên Cứu Đa Dạng và Dịch Tễ Học Nấm Lưỡng Cư

Nghiên cứu này kết hợp phương pháp nghiên cứu đa dạng và chuyên sâu. Nghiên cứu sinh đã chọn 4 họ lưỡng cư sống ở các môi trường khác nhau: Cóc tía (vũng ẩm), Cóc mắt (cạn), Ếch cây (cây) và Cá cóc (nước). Việc này phản ánh đầy đủ môi trường sinh sống của lưỡng cư Việt Nam. Bên cạnh đó, tác giả còn sử dụng phương pháp phân tích hình thái, phân tích di truyền và khảo sát thực địa để đánh giá đa dạng sinh học và tình trạng nhiễm nấm.

3.1. Phương pháp khảo sát thực địa và thu thập mẫu

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp khảo sát thực địa rộng rãi để thu thập mẫu lưỡng cư từ các môi trường sống khác nhau. Các mẫu được thu thập theo phương pháp chuẩn, bao gồm cả đo đạc hình thái và lấy mẫu mô để phân tích di truyền và kiểm tra sự hiện diện của nấm.

3.2. Phân tích di truyền và xác định loài lưỡng cư

Phân tích di truyền đóng vai trò quan trọng trong việc xác định loài lưỡng cư, đặc biệt là trong các trường hợp khó phân biệt dựa trên hình thái học. Nghiên cứu sử dụng các dấu chuẩn di truyền khác nhau để xây dựng cây phát sinh loài và xác định mối quan hệ di truyền giữa các loài lưỡng cư.

3.3. Phương pháp xác định và phân tích nấm gây bệnh

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp phân tử để xác định sự hiện diện của nấm Bd và Bsal trong mẫu lưỡng cư. Các mẫu da được thu thập và phân tích bằng kỹ thuật PCR để phát hiện DNA của nấm. Phương pháp này cho phép xác định chính xác tình trạng nhiễm nấm và đánh giá mức độ lây nhiễm.

IV. Kết Quả Phát Hiện Mới Về Đa Dạng và Nhiễm Nấm Lưỡng Cư

Luận án cung cấp dữ liệu mới về đa dạng sinh học và tình trạng nhiễm nấm của lưỡng cư ở Việt Nam. Ghi nhận 41 loài thuộc các họ: Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc. Đặc biệt, mô tả loài Ếch cây sần khôi Theloderma khoii mới cho khoa học. Lần đầu ghi nhận nấm Bsal trên họ Cóc tía. Ghi nhận phân bố mới của 9 loài thuộc họ Cóc mắt và Ếch cây. Đánh giá tỉ lệ nhiễm nấm Bd và Bsal trên các họ lưỡng cư.

4.1. Bổ sung vào danh mục lưỡng cư Việt Nam

Nghiên cứu đã ghi nhận 41 loài lưỡng cư thuộc các họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc. Việc bổ sung này giúp cập nhật danh mục lưỡng cư Việt Nam và cung cấp thông tin quan trọng cho các nỗ lực bảo tồn.

4.2. Phát hiện loài ếch cây mới Theloderma khoii

Một trong những kết quả nổi bật của nghiên cứu là việc mô tả loài ếch cây mới cho khoa học, Theloderma khoii. Phát hiện này nhấn mạnh tiềm năng đa dạng sinh học chưa được khám phá ở Việt Nam và tầm quan trọng của các nghiên cứu phân loại học tiếp theo.

4.3. Tình trạng nhiễm nấm Bsal và Bd ở các họ lưỡng cư

Nghiên cứu cung cấp thông tin chi tiết về tình trạng nhiễm nấm Bd và Bsal ở các họ lưỡng cư khác nhau. Lần đầu tiên ghi nhận chủng nấm Bsal trên họ Cóc tía. Thông tin này rất quan trọng để đánh giá nguy cơ và xây dựng các biện pháp phòng ngừa và kiểm soát dịch bệnh.

V. Ứng Dụng Giải Pháp Bảo Tồn Lưỡng Cư Từ Nghiên Cứu

Kết quả nghiên cứu có ý nghĩa thực tiễn quan trọng cho công tác bảo tồn. Xác định các địa điểm ưu tiên bảo tồn. Xác định đối tượng lưỡng cư nhiễm nấm, ảnh hưởng của nấm đến sự lây lan. Nghiên cứu này là cơ sở khoa học để quản lý, giám sát, quy hoạch bảo tồn và phát triển bền vững tài nguyên đa dạng sinh học. Cung cấp thông tin cho các hoạt động bảo tồn và biện pháp phòng chống nấm.

5.1. Xác định khu vực ưu tiên bảo tồn lưỡng cư

Dựa trên kết quả nghiên cứu, các khu vực có đa dạng loài cao và sự hiện diện của các loài quý hiếm và bị đe dọa nên được ưu tiên bảo tồn. Các biện pháp bảo tồn có thể bao gồm bảo vệ môi trường sống, kiểm soát ô nhiễm và quản lý khai thác tài nguyên.

5.2. Giám sát và kiểm soát dịch bệnh nấm ở lưỡng cư

Nghiên cứu cung cấp thông tin quan trọng để giám sát và kiểm soát dịch bệnh nấm ở lưỡng cư. Các biện pháp kiểm soát có thể bao gồm kiểm dịch động vật, quản lý môi trường sống và phát triển các phương pháp điều trị bệnh.

5.3. Nâng cao nhận thức cộng đồng về bảo tồn lưỡng cư

Nâng cao nhận thức cộng đồng về tầm quan trọng của việc bảo tồn lưỡng cư là rất quan trọng. Các chương trình giáo dục và truyền thông có thể giúp nâng cao nhận thức về các mối đe dọa đối với lưỡng cư và khuyến khích các hành động bảo tồn.

VI. Tương Lai Hướng Nghiên Cứu Tiếp Theo về Lưỡng Cư Việt Nam

Nghiên cứu này mở ra hướng đi mới cho nghiên cứu về lưỡng cư ở Việt Nam. Cần có thêm nhiều nghiên cứu chuyên sâu về sinh thái học, tập tính và sinh sản của các loài lưỡng cư. Tiếp tục nghiên cứu về dịch tễ học và ức chế nấm ở lưỡng cư. Nghiên cứu cần tập trung vào ảnh hưởng của biến đổi khí hậu đến đa dạng sinh học và tình trạng nhiễm nấm của lưỡng cư.

6.1. Nghiên cứu về sinh thái học và tập tính của lưỡng cư

Cần có thêm nhiều nghiên cứu về sinh thái học và tập tính của các loài lưỡng cư ở Việt Nam. Các nghiên cứu này có thể cung cấp thông tin quan trọng về các yêu cầu môi trường sống của các loài và cách chúng tương tác với môi trường.

6.2. Nghiên cứu về tác động của biến đổi khí hậu

Biến đổi khí hậu là một mối đe dọa nghiêm trọng đối với lưỡng cư. Cần có nhiều nghiên cứu hơn để đánh giá tác động của biến đổi khí hậu đối với đa dạng sinh học và tình trạng nhiễm nấm của lưỡng cư ở Việt Nam.

6.3. Phát triển các phương pháp điều trị bệnh nấm cho lưỡng cư

Cần có thêm nghiên cứu để phát triển các phương pháp điều trị bệnh nấm cho lưỡng cư. Các phương pháp điều trị có thể bao gồm sử dụng thuốc kháng nấm, quản lý môi trường sống và phát triển các biện pháp miễn dịch.

Nội dung chính

Tổng quan luận án

Tính cấp thiết và khoảng trống nghiên cứu

Lớp Lưỡng cư (Amphibia) hiện ghi nhận khoảng 8.700 loài trên toàn cầu, phân bố từ các vùng rừng mưa nhiệt đới đến vùng núi cao. Theo đánh giá của Liên minh Quốc tế về Bảo tồn Thiên nhiên (IUCN) tính đến tháng 12 năm 2023, có 7.486 loài đã được xếp hạng bảo tồn, trong đó 36 loài đã tuyệt chủng (EX), 2 loài tuyệt chủng ngoài tự nhiên (EW), 722 loài Cực kỳ nguy cấp (CR), 1.144 loài Nguy cấp (EN), 406 loài Sẽ nguy cấp (VU), 740 loài Gần bị đe dọa (NT), 3.291 loài Ít quan tâm (LC) và 1.145 loài Thiếu dữ liệu (DD). Sự suy giảm của các quần thể lưỡng cư đang đe dọa khoảng 36% tổng số loài trên Trái Đất.

Một trong những tác nhân chính dẫn đến sự suy giảm và tuyệt chủng của ít nhất 200 loài lưỡng cư trên thế giới là bệnh nấm Chytridiomycosis do chủng nấm Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) và chủng nấm mới phát hiện Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) gây ra. Chủng Bsal được chứng minh có khả năng ăn mòn lớp biểu bì, phá hủy mô da và gây tử vong nhanh chóng ở các loài kỳ giông, cá cóc.

Tại Việt Nam, số lượng loài lưỡng cư được ghi nhận gia tăng liên tục: từ 82 loài (năm 1996) lên 186 loài (năm 2009) và đạt 295 loài vào tháng 12 năm 2023 (với hơn 70 loài mới được mô tả từ năm 2010 đến năm 2023). Mặc dù thành phần loài phong phú, các nghiên cứu dịch tễ về bệnh nấm Chytrid trên các quần thể tự nhiên ở Việt Nam trước đây còn rất hạn chế, chủ yếu dừng lại ở các khảo sát bước đầu tại một số địa điểm cục bộ như Vườn Quốc gia (VQG) Bidoup-Núi Bà hay VQG Hoàng Liên. Dữ liệu về sự hiện diện và mức độ lây nhiễm của hai chủng nấm Bd và Bsal trên các nhóm sinh cảnh khác nhau (dưới nước, trên cạn, trên cây, vũng ẩm) trên quy mô địa lý rộng chưa được đánh giá đầy đủ. Do đó, đề tài "Nghiên cứu đa dạng một số họ lưỡng cư ở Việt Nam và tình trạng nhiễm nấm của chúng" được thực hiện nhằm giải quyết khoảng trống này.

Mục tiêu nghiên cứu

Luận án xác định hai mục tiêu cụ thể:

1. Đánh giá được mức độ đa dạng thành phần loài lưỡng cư thuộc các họ Cóc tía (Bombinatoridae), Cóc mắt (Megophryidae), Ếch cây (Rhacophoridae) và Cá cóc (Salamandridae) ở Việt Nam.
2. Đánh giá được tình trạng nhiễm nấm gây bệnh (Bd và Bsal) trên các loài lưỡng cư thuộc 4 họ nêu trên ở Việt Nam.

Câu hỏi và nội dung nghiên cứu

Luận án triển khai 2 nội dung nghiên cứu chính:

1. Nội dung 1: Đánh giá đa dạng thành phần loài lưỡng cư thuộc các họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc tại khu vực nghiên cứu:
   • Phân tích đặc điểm hình thái các loài thu thập được; lập danh lục thành phần loài; phát hiện và mô tả loài mới cho khoa học; ghi nhận vùng phân bố mới.
   • Phân loại các loài trong họ Cá cóc: So sánh tương quan hình thái và xây dựng cây phát sinh chủng loại của giống Cá cóc sần (Tylototriton) và giống Cá cóc bụng hoa (Paramesotriton).
2. Nội dung 2: Xác định tình trạng nhiễm nấm gây bệnh trên các loài lưỡng cư thuộc 4 họ tại khu vực nghiên cứu:
   • Xác định sự phân bố của các chủng nấm Bd và Bsal trên các loài lưỡng cư.
   • Đánh giá tình trạng nhiễm nấm: tỉ lệ nhiễm theo loài, tỉ lệ mẫu dương tính trên tổng số mẫu khảo sát và đánh giá triệu chứng bệnh lý biểu hiện trên bề mặt da vật chủ.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu

• Đối tượng nghiên cứu: 4 họ lưỡng cư đại diện cho 4 kiểu sinh cảnh đặc trưng tại Việt Nam:
  • Họ Cóc tía (Bombinatoridae): sống ở môi trường vũng ẩm ướt hoặc hốc cây có nước.
  • Họ Cóc mắt (Megophryidae): đại diện cho môi trường sống trên mặt đất/trên cạn.
  • Họ Ếch cây (Rhacophoridae): đại diện cho môi trường sống trên cây.
  • Họ Cá cóc (Salamandridae): đại diện cho môi trường sống dưới nước/suối.
• Phạm vi không gian: Khảo sát thực địa trực tiếp tại 10 tỉnh (Bắc Giang, Bắc Kạn, Cao Bằng, Đắk Lắk, Hà Giang, Lai Châu, Lạng Sơn, Lào Cai, Thừa Thiên - Huế, Vĩnh Phúc) và phân tích bổ sung mẫu vật lưu trữ thu từ 14 tỉnh tại Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật (IEBR) và Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam (VNMN).
• Phạm vi thời gian: Khảo sát thực địa được thực hiện từ tháng 5 năm 2017 đến tháng 8 năm 2023, trải qua 20 đợt khảo sát với tổng cộng 78 ngày thực địa tại 59 điểm nghiên cứu.

---

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Các hướng nghiên cứu trước đây

1. Nghiên cứu về khu hệ và phân loại lưỡng cư:

   • Khu vực lân cận: Trung Quốc ghi nhận 274 loài (Zhao & Adler, 1993), 115 loài ở Vân Nam (Yang & Rao, 2008), 370 loài (Fei et al., 2009, 2010) và đạt 590 loài vào cuối năm 2023. Lào tăng từ 58 loài (Stuart et al., 1999) lên khoảng 120 loài năm 2023 với nhiều loài mới (Theloderma lacustrinum, Hylarana annamitica, Limnonectes coffeatus...). Campuchia ghi nhận các công bố của Ohler et al. (2002 - 34 loài), Stuart et al. (2006 - 30 loài), Grismer et al. (2008 - 41 loài).
   • Tại Việt Nam: Khởi đầu với chuyên khảo của Bourret (1942) mô tả 171 loài và phân loài ở Đông Dương; Đào Văn Tiến (1977) công bố khóa định loại 87 loài; Nguyễn Văn Sáng và Hồ Thu Cúc (1996) ghi nhận 82 loài; Nguyễn Văn Sáng và cs. (2009) ghi nhận 186 loài; và các tổng hợp cập nhật đến năm 2023 ghi nhận từ 295 đến 301 loài.
   • Theo từng họ nghiên cứu:
     • Họ Cóc tía: Ghi nhận 1 loài duy nhất Bombina microdeladigitora phân bố ở Hoàng Liên Sơn (Bourret, 1942; Tapley et al., 2020).
     • Họ Cóc mắt: Ghi nhận 68 loài thuộc 9 giống; có nhiều tranh luận phân loại trong phân họ Megophryinae giữa các phân chia 5 phân giống (Chen et al., 2016) hoặc 7 phân giống (Mahony et al., 2017). Từ 2015 đến 2023 có 20 loài mới được mô tả từ mẫu chuẩn tại Việt Nam thuộc các giống Leptobrachella, Boulenophrys, Xenophrys.
     • Họ Ếch cây: Smith (1924) mô tả 5 loài ở Langbian; Li et al. (2012) phân chia giống Rhacophorus thành 3 giống riêng biệt (Rhacophorus, Leptomantis, Zhangixalus); Nguyen et al. (2014) giải quyết quan hệ di truyền nhóm R. rhodopus-bipunctatus; Dubois et al. (2021) tách giống Vampyrius. Từ năm 2015 đến 2023 có 18 loài mới được mô tả.
     • Họ Cá cóc: Ghi nhận 2 giống Paramesotriton (2 loài) và Tylototriton (7 loài) (Frost, 2023). Các công bố mới gồm Tylototriton ziegleri (Nishikawa et al., 2013), T. pasmansi và T. sparreboomi (Bernardes et al., 2020), T. thaiorum (Poyarkov et al., 2021), T. ngoclinhensis (Phung et al., 2023).

2. Nghiên cứu về bệnh nấm Chytrid trên lưỡng cư:

   • Trên thế giới: Chủng Bd được mô tả bởi Longcore et al. (1999), gây nhiễm cho hơn 500 loài lưỡng cư tại Úc, châu Mỹ và châu Âu (Crawford et al., Van Rooij et al., Brutyn et al.). Chủng Bsal được phát hiện bởi Martel et al. (2014), gây suy giảm nghiêm trọng quần thể kỳ giông và cá cóc tại châu Âu từ năm 2013. Bletz et al. và Byrne et al. (2019) xác định sự phát tán toàn cầu của dòng Bd-GPL qua thương mại động vật cảnh.
   • Tại Việt Nam: Nguyen et al. (2013) khảo sát nấm trên 19 cá thể Tylototriton asperrimus và 104 cá thể T. vietnamensis; Rowley et al. (2013) ghi nhận tỷ lệ nhiễm Bd tại KBTTN Ngọc Linh là 3,29%; Tapley et al. (2020) khảo sát tại VQG Hoàng Liên ghi nhận 6/601 mẫu dương tính với Bd trên 5 loài (B. microdeladigitora, Duttaphrynus melanostictus, Boulenophrys fansipanensis, B. hoanglienensis, Gracixalus sapaensis) và không phát hiện Bsal.

Khoảng trống luận án lựa chọn giải quyết

Luận án tập trung giải quyết các khoảng trống: (1) Cập nhật dẫn liệu hình thái và quan hệ di truyền của các nhóm loài phức tạp thuộc họ Cá cóc (Tylototriton, Paramesotriton) và ghi nhận phân bố mới cho các họ Cóc mắt, Ếch cây; (2) Tiến hành điều tra có hệ thống trên quy mô lớn về sự hiện diện, tỷ lệ nhiễm và biểu hiện bệnh học của cả hai chủng nấm Bd và Bsal trên 4 họ lưỡng cư đại diện cho các tầng sinh cảnh sống khác nhau tại Việt Nam.

---

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Cơ sở lý thuyết và khung phân tích

Luận án tiếp cận theo phương pháp phân loại học tích hợp (Integrative taxonomy), kết hợp hình thái học so sánh truyền thống với phân tích phát sinh chủng loại dựa trên sinh học phân tử, đồng thời ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử định lượng (Real-time qPCR) để đánh giá dịch tễ học bệnh nấm Chytrid. Đánh giá tình trạng bảo tồn được căn cứ theo tiêu chuẩn Danh lục Đỏ IUCN (2024), Sách Đỏ Việt Nam (2007), Nghị định 84/2021/NĐ-CP và Phụ lục CITES.

Phương pháp nghiên cứu thực tế

1. Khảo sát thực địa và thu thập mẫu:

   • Mẫu lưỡng cư thu bằng tay ven suối, vũng nước ẩm, hốc cây, hang động. Khảo sát ban ngày (09h:00 - 15h:00) đối với Cóc tía, Cá cóc; ban đêm (18h:00 - 24h:00) đối với Cóc mắt và Ếch cây. Tọa độ điểm thu xác định bằng máy GPS Garmin Dakota 20.
   • Mẫu vật được gây mê bằng ethyl acetate, lấy mẫu mô gan/cơ ngâm cồn 70% ở -20°C phục vụ phân tích DNA; tiêu bản hình thái được cố định trong cồn 80–90% (5–10 giờ) và bảo quản lâu dài trong cồn 70%.
   • Thu mẫu nấm bằng tăm bông tiệt trùng (MW100, Medical Wire, UK), quét xoay tròn 10 lần trên da bụng, đùi và mặt dưới đuôi (đối với cá cóc). Chụp ảnh chi tiết da để theo dõi tổn thương lâm sàng; đo nhiệt độ môi trường và nhiệt độ nước bằng nhiệt kế HHC201.

2. Nghiên cứu hình thái học:

   • Đo đạc bằng thước kẹp điện tử Mitutoyo (độ chính xác 0,1 mm).
   • Lưỡng cư không đuôi: Đo 28 chỉ số (SVL, HW, HL, MN, MFE, MBE, DAE, DPE, IN, EN, ED, TYD, TYE, NS, SL, IOD, UEW, FLL, HAL, Finger III, IPT, TbL, FoL, FeL, TW, Toes I, Toes IV, IMT).
   • Lưỡng cư có đuôi (Cá cóc): Đo 28 chỉ số (SVL, HL, HW, MHW, PW, PL, PH, EL, EN, IN, IE, LJL, UEL, HUM, RAD, FEM, TIB, FORE, HIND, TL, TH, CIL, CIW, WVr, L5W, AG, TkL, Total length).

3. Phân tích thống kê hình thái:

   • Sử dụng phần mềm R. Kiểm định Shapiro-Wilk kiểm tra phân bố chuẩn của SVL; kiểm định Wilcoxon (W) và ANOVA để so sánh sai khác giữa các loài ($P < 0,05$).
   • Chuẩn hóa 13 chỉ số hình thái theo công thức Thorpe (1975) qua câu lệnh của Chan & Grismer (2021): $$X_{adj} = \log_{10}(X) - b[\log_{10}(SVL) - \log_{10}(SVL_{mean})]$$
   • Thực hiện phân tích thành phần chính (PCA) và phân tích đa yếu tố (MFA) theo 5 nhóm biến ("Head", "Trunk Length", "Limbs", "Cloaca", "Tail") bằng các gói lệnh factoextra và FactoMineR, kết hợp kiểm định hậu định Tukey post-hoc.

4. Phân tích sinh học phân tử xác định quan hệ di truyền:

   • Tách chiết DNA bằng bộ kit DNeasy Blood & Tissue (Qiagen).
   • Khuếch đại PCR gen ty thể 16S (cho họ Cóc mắt, Ếch cây và giống Paramesotriton) và gen ND2 (cho hai giống Tylototriton và Paramesotriton).

Đối tượng	Đoạn gen	Tên mồi	Chiều	Trình tự mồi (5' - 3')	Tài liệu tham khảo
Họ Cóc mắt, Họ Ếch cây	16S	H3056	Xuôi	CTCCGGTCTGAACTCAGATCACGTAGG	[123]
Họ Cóc mắt, Họ Ếch cây	16S	L2606	Ngược	CTGACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACT	[123]
Họ Cóc mắt, Họ Ếch cây	16S	Hnew	Xuôi	TACCATGTTACGACTTTCCTCTTCT	[124]
Họ Cóc mắt, Họ Ếch cây	16S	L2204	Ngược	GGCCTAAAAGCAGCCACCTGTAAAGACAG	[125]
Họ Cá cóc	ND2	SL-1	Xuôi	ATAGAGGTTCAAACCCTCTC	[74]
Họ Cá cóc	ND2	SL-2	Ngược	TTAAAGTGTCTGGGTTGCATTCAG	[74]
Họ Cá cóc	16S	Will 6	Xuôi	CCCTCGTGATGCCGTTGATAC	[128]
Họ Cá cóc	16S	Tval L	Ngược	CGTACCTTTTGCATCATGGTC	[127]

• Giải trình tự 2 chiều tại FirstBase (Malaysia). Căn chỉnh trình tự bằng ClustalX và BioEdit. Xây dựng cây quan hệ di truyền theo phương pháp Maximum Likelihood (ML) trên Kakusan 4, Treefinder và phương pháp Bayesian Inference (BI) trên MrBayes v3 ($1 \times 10^7$ chu kỳ, độ tin cậy gốc nhánh $\ge 95%$).

5. Xác định các chủng nấm gây bệnh (Bd và Bsal):
   • Hợp tác trong khuôn khổ đề tài NAFOSTED FWO.334 và Quỹ Nghiên cứu - Flanders (FWO, Vương quốc Bỉ - Dự án GOF3816N).
   • Tách chiết DNA từ đầu tăm bông bằng dung dịch PrepMan Ultra (ủ 100°C, ly tâm thu dịch nổi pha loãng 10 lần).
   • Chẩn đoán Bd bằng real-time qPCR với mẫu dò Taqman MGB đặc hiệu cho dòng Bd-GPL.
   • Chẩn đoán Bsal bằng kỹ thuật qPCR chất huỳnh quang SYBR Green trên hệ thống CFX96 (Bio-Rad) với cặp mồi đặc hiệu STerF (5’-TGCTCCATCTCCCCCTCTTCA-3’) và STerR (5’-TGAACGCACATTGCACTCTAC-3’), kiểm soát tính đặc hiệu qua phân tích đường cong nóng chảy (nhiệt độ 60–95°C, tăng 0,5°C/bước) và điện di sản phẩm PCR.

Nguồn tư liệu và dữ liệu

• Phân tích 234 mẫu vật hình thái (trong đó có 2 mẫu chuẩn mô tả loài mới và 101 mẫu ghi nhận phân bố mới cho các tỉnh).
• Dữ liệu trình tự gen ND2 của 43 mẫu vật giống Tylototriton (23 loài, gồm 2 mẫu ngoại nhóm Pleurodeles waltl).
• Dữ liệu trình tự gen ND2 của 15 mẫu vật và 16S của 9 mẫu vật giống Paramesotriton.
• Tổng số 848 mẫu nấm thu thập từ các cá thể sống thuộc 4 họ lưỡng cư ngoài thực địa.

---

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan nghiên cứu

Chương 1 hệ thống hóa các tài liệu nghiên cứu về phân loại học, đa dạng loài và dịch tễ học bệnh nấm trên lưỡng cư:

• Lược sử đa dạng loài: Tổng hợp sự gia tăng số lượng loài lưỡng cư toàn cầu (từ 6.300 loài năm 2010 lên gần 8.700 loài vào tháng 12/2023) và tại các quốc gia Đông Dương lân cận. Tại Việt Nam, quá trình nghiên cứu được chia thành các giai đoạn từ thời kỳ Bourret (1942) đến giai đoạn mở rộng nghiên cứu từ năm 2015 đến 2023, phân tích chi tiết mức độ phong phú thành phần loài theo từng phân vùng địa lý (Tây Bắc, Đông Bắc, đồng bằng Bắc Bộ, Bắc - Trung - Nam Trường Sơn, Tây Nguyên, đồng bằng sông Cửu Long và các đảo trong vịnh Bắc Bộ).
• Hiện trạng nghiên cứu 4 họ trọng tâm: Điểm lại các mốc phân loại của họ Cóc tía (Bombina), họ Cóc mắt (các giống Leptobrachella, Boulenophrys, Xenophrys), họ Ếch cây (các giống Gracixalus, Kurixalus, Rhacophorus, Theloderma, Zhangixalus) và họ Cá cóc (hai giống Tylototriton, Paramesotriton).
• Bệnh nấm Chytridiomycosis: Trình bày vòng đời sinh học, cơ chế gây bệnh của nấm Bd và Bsal. Nấm Bsal xâm nhập phá hủy biểu mô, gây viêm loét bề mặt da cá cóc dẫn đến bội nhiễm vi khuẩn và tử vong trong vòng 2 tuần ở các loài mẫn cảm; phân tích tính chất kháng bệnh tự nhiên hoặc mang mầm bệnh không triệu chứng ở một số loài bản địa châu Á.

Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết quy trình thực nghiệm và địa bàn nghiên cứu:

• Thống kê 20 đợt khảo sát thực địa tại 10 tỉnh với 78 ngày làm việc và 59 điểm khảo sát cụ thể.

Địa điểm khảo sát	Thời gian khảo sát	Số ngày	Số điểm khảo sát	Số thành viên
KBTTN Tây Yên Tử, Bắc Giang	8–9/5/2017; 9–11/5/2017	5	4	5
VQG Ba Bể, Bắc Kạn	12–13/5/2017; 12–14/5/2017	4	5	5
VQG Phia Oắc - Phia Đén, Cao Bằng	14–15/5/2017; 5–6/7/2020; 7–8/9/2020; 20–25/5/2020	12	11	3–5
VQG Hoàng Liên, Lào Cai	28–29/5/2017; 12–15/7/2017	6	4	4–7
Rừng đặc dụng Mẫu Sơn, Lạng Sơn; Huyện Văn Lãng, Lạng Sơn	12–13/5/2017; 12–16/9/2019	7	4	4
KBTTN A Lưới & VQG Bạch Mã, Thừa Thiên - Huế	1–6/6/2017; 7–12/6/2017	12	4	5–6
VQG Tam Đảo, Vĩnh Phúc	16–17/7/2017; 10–12/12/2019	5	4	3–4
VQG Chư Yang Sin & KBTTN Nam Ka, Đắk Lắk	20–25/5/2018; 27/5–1/6/2018	12	12	4
Huyện Phong Thổ & Tam Đường, Lai Châu	8–11/5/2019; 12–16/5/2019	9	5	5
Rừng đặc dụng Tây Côn Lĩnh & Huyện Quản Bạ, Hà Giang	11–17/8/2023	7	6	14
Tổng số	20 đợt khảo sát	78	59	104 lượt

• Chuẩn hóa quy trình đo đạc 28 chỉ tiêu hình thái không đuôi và 28 chỉ tiêu hình thái có đuôi.
• Thiết lập quy trình tách chiết DNA, chạy PCR khuếch đại gen 16S, ND2 và các thuật toán phân tích cây phát sinh loài ML/BI trên phần mềm MrBayes và PAUP.
• Thiết lập quy trình chuẩn lấy mẫu tăm bông và kỹ thuật chẩn đoán Real-time qPCR (SYBR Green và Taqman MGB) phát hiện nấm Bd, Bsal.

Chương 3: Kết quả và thảo luận

Chương 3 trình bày các kết quả nghiên cứu chính:

1. Đa dạng thành phần loài: Ghi nhận 41 loài thuộc 4 họ nghiên cứu tại khu vực khảo sát (1 loài Cóc tía, 13 loài Cóc mắt, 19 loài Ếch cây và 8 loài Cá cóc).
   • Mô tả loài mới cho khoa học: Loài Ếch cây sần khôi Theloderma khoii Ninh, Nguyen, Nguyen, Hoang, Siliyavong, Nguyen, Le, Le & Ziegler, 2022 thu thập tại Quản Bạ, tỉnh Hà Giang.
   • Ghi nhận phân bố mới của 9 loài thuộc 2 họ cho 4 tỉnh:
     • Tỉnh Lai Châu: 3 loài họ Cóc mắt (Boulenophrys jingdongensis, Boulenophrys rubrimera, Leptobrachium ailaonicum).
     • Tỉnh Hà Giang: 1 loài họ Ếch cây (Rhacophorus orlovi).
     • Tỉnh Bắc Kạn: 1 loài họ Ếch cây (Rhacophorus kio).
     • Tỉnh Cao Bằng: 2 loài họ Ếch cây (Theloderma hekouense, Zhangixalus puerensis).
     • Bổ sung vùng phân bố các loài Leptobrachella nahangensis, Leptobrachella sungi.
2. Quan hệ di truyền và phân loại họ Cá cóc:
   • Phân tích tương quan hình thái và biến thiên các chỉ số chuẩn hóa giữa các loài thuộc giống Tylototriton và Paramesotriton qua phân tích PCA và MFA.
   • Xác định khoảng cách di truyền trên đoạn gen ND2 của các loài giống Tylototriton và trên hai đoạn gen 16S, ND2 của giống Paramesotriton, làm rõ vị trí phân loại và mức độ phân tách di truyền của các quần thể cá cóc tại miền Bắc Việt Nam.
3. Tình trạng nhiễm nấm Bd và Bsal trên các loài lưỡng cư:
   • Phân tích kết quả kiểm tra trên 848 mẫu nấm thu thập ngoài tự nhiên.
   • Ghi nhận sự hiện diện và tỷ lệ nhiễm nấm Bd trên các loài thuộc họ Cóc tía, Cóc mắt và Ếch cây.
   • Lần đầu tiên ghi nhận sự xuất hiện của chủng nấm Bsal ngoài tự nhiên trên 2 họ: họ Cóc tía (Bombina microdeladigitora) và họ Cá cóc (Paramesotriton deloustali, Tylototriton pasmansi, Tylototriton vietnamensis, Tylototriton ziegleri).
   • Đánh giá biểu hiện lâm sàng bề mặt da: So sánh đặc điểm tổn thương da lưng, da bụng và da đầu giữa cá thể nhiễm nấm Bsal và cá thể không nhiễm nấm; phân tích ảnh hưởng của nhiệt độ môi trường sống đối với khả năng nhiễm nấm của các loài họ Cá cóc.

---

Kết quả và những đóng góp mới

Đóng góp mới về mặt khoa học

• Cập nhật dữ liệu thành phần loài: Cập nhật danh lục, đặc điểm hình thái và phân bố của 41 loài lưỡng cư thuộc 4 họ (Bombinatoridae, Megophryidae, Rhacophoridae, Salamandridae) tại các khu vực nghiên cứu đại diện ở Việt Nam.
• Phát hiện loài mới cho khoa học: Đóng góp mô tả 01 loài mới cho khoa học là loài Ếch cây sần khôi (Theloderma khoii Ninh et al., 2022) dựa trên mẫu chuẩn thu tại huyện Quản Bạ, tỉnh Hà Giang.
• Ghi nhận phân bố mới: Bổ sung vùng phân bố mới của 9 loài thuộc 2 họ cho 4 tỉnh:
  • Tỉnh Lai Châu (họ Cóc mắt): Boulenophrys jingdongensis, Boulenophrys rubrimera, Leptobrachium ailaonicum.
  • Tỉnh Hà Giang (họ Ếch cây): Rhacophorus orlovi.
  • Tỉnh Bắc Kạn (họ Ếch cây): Rhacophorus kio.
  • Tỉnh Cao Bằng (họ Ếch cây): Theloderma hekouense, Zhangixalus puerensis.
  • Bổ sung dẫn liệu phân bố của các loài Leptobrachella nahangensis, Leptobrachella sungi.
• Phân loại học tích hợp họ Cá cóc: Bổ sung đặc điểm hình thái nhận dạng, tương quan kích thước và làm sáng tỏ mối quan hệ phát sinh chủng loại di truyền giữa các loài thuộc 2 giống Cá cóc sần (Tylototriton) và Cá cóc bụng hoa (Paramesotriton) ở Việt Nam dựa trên gen ty thể ND2 và 16S.
• Dữ liệu dịch tễ học bệnh nấm Chytrid: Cung cấp dẫn liệu toàn diện đầu tiên về tình trạng nhiễm nấm Bd và Bsal trên 4 họ lưỡng cư ở nhiều sinh cảnh khác nhau (dưới nước, trên cạn, trên cây, hốc cây ẩm). Lần đầu tiên ghi nhận sự có mặt của chủng nấm nguy hiểm Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) trên họ Cóc tía và họ Cá cóc ngoài tự nhiên tại Việt Nam.

Đóng góp mới về mặt thực tiễn và giải pháp đề xuất

• Cung cấp cơ sở khoa học phục vụ công tác quản lý, giám sát và quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học tại các VQG và KBTTN trọng điểm.
• Xác định các địa bàn ưu tiên bảo tồn tập trung các loài mới phát hiện, loài đặc hữu và loài nguy cấp có tên trong Sách Đỏ Việt Nam, Danh lục Đỏ IUCN và Nghị định 84/2021/NĐ-CP.
• Cảnh báo nguy cơ xâm nhiễm và bùng phát dịch nấm Chytrid (đặc biệt là Bsal); đề xuất các giải pháp kiểm soát dịch tễ, an toàn sinh học trong hoạt động bảo tồn tại chỗ (in-situ), bảo tồn chuyển chỗ (ex-situ) và giám sát việc vận chuyển, buôn bán lưỡng cư hoang dã.

---

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế của nghiên cứu

• Phạm vi nghiên cứu mới tập trung chuyên sâu vào 4 họ đại diện (Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây, Cá cóc), chưa bao quát toàn bộ các họ lưỡng cư khác hiện diện tại Việt Nam.
• Do địa hình núi cao hiểm trở, chia cắt phức tạp và điều kiện thời tiết khắc nghiệt tại một số khu vực giáp biên giới (với Lào, Trung Quốc, Campuchia) và các khối núi đá vôi, số lượng điểm khảo sát và số đợt lấy mẫu lặp lại theo mùa tại các vùng sâu còn gặp nhiều khó khăn.

Hướng nghiên cứu tiếp theo

• Mở rộng phạm vi khảo sát điều tra thành phần loài và tầm soát bệnh nấm Chytrid sang các họ lưỡng cư còn lại và các vùng núi cao chưa tiếp cận được.
• Tiếp tục ứng dụng sinh học phân tử kết hợp âm sinh học để giải quyết các nhóm loài phức tạp, đồng hình thuộc họ Cóc mắt và họ Ếch cây.
• Tiến hành các nghiên cứu sâu hơn về cơ chế đáp ứng miễn dịch tự nhiên của các loài cá cóc bản địa đối với chủng nấm Bsal, cũng như đánh giá ảnh hưởng dài hạn của biến đổi khí hậu và nhiệt độ môi trường đến động lực lây truyền mầm bệnh ngoài tự nhiên.

---

Giá trị tham khảo

Đối tượng hưởng lợi

• Nhà nghiên cứu và nghiên cứu sinh/học viên chuyên ngành Động vật học, Sinh thái học, Di truyền học: Nguồn tài liệu chuyên khảo về phương pháp đo đạc hình thái chuẩn hóa, phân tích phát sinh loài và định danh phân tử lưỡng cư Đông Dương.
• Cơ quan quản lý nhà nước và lực lượng kiểm lâm (Cục Kiểm lâm, Ban quản lý các VQG, KBTTN): Cung cấp danh lục cập nhật, dữ liệu phân bố loài nguy cấp và dẫn liệu dịch tễ để xây dựng kế hoạch hành động bảo tồn loài.
• Các tổ chức bảo tồn trong nước và quốc tế: Cung cấp bằng chứng thực địa phục vụ việc đánh giá phân hạng bảo tồn theo tiêu chí IUCN Red List và giám sát dịch bệnh toàn cầu.

Nội dung có giá trị tham khảo chuyên môn cao

• Bộ chỉ số đo đạc hình thái chi tiết (28 chỉ số cho Anura, 28 chỉ số cho Caudata) kèm công thức chuẩn hóa kích thước hình thái học theo Thorpe (1975) trên R.
• Bảng trình tự các cặp mồi PCR khuếch đại gen ty thể 16S và ND2 phục vụ nghiên cứu phát sinh chủng loại lưỡng cư.
• Quy trình chuẩn lấy mẫu tăm bông ngoài thực địa và kỹ thuật chẩn đoán Real-time qPCR phát hiện nấm Bd (Taqman MGB) và Bsal (SYBR Green).

---

Câu hỏi thường gặp

1. Luận án đã mô tả loài mới nào cho khoa học và mẫu chuẩn được thu thập ở đâu?

Luận án đã đóng góp mô tả 01 loài mới cho khoa học là loài Ếch cây sần khôi (Theloderma khoii Ninh, Nguyen, Nguyen, Hoang, Siliyavong, Nguyen, Le, Le & Ziegler, 2022) thuộc họ Ếch cây (Rhacophoridae), với mẫu chuẩn (holotype) được thu thập tại huyện Quản Bạ, tỉnh Hà Giang.

2. Nghiên cứu đã ghi nhận vùng phân bố mới cho những loài nào và tại các tỉnh nào?

Luận án ghi nhận phân bố mới của 9 loài thuộc 2 họ cho 4 tỉnh phía Bắc:

• Tỉnh Lai Châu (3 loài họ Cóc mắt): Boulenophrys jingdongensis, Boulenophrys rubrimera, Leptobrachium ailaonicum.
• Tỉnh Hà Giang (1 loài họ Ếch cây): Rhacophorus orlovi.
• Tỉnh Bắc Kạn (1 loài họ Ếch cây): Rhacophorus kio.
• Tỉnh Cao Bằng (2 loài họ Ếch cây): Theloderma hekouense, Zhangixalus puerensis.
• Bổ sung vùng phân bố cho các loài Leptobrachella nahangensis, Leptobrachella sungi.

3. Những đoạn gen ty thể nào được sử dụng để phân tích quan hệ di truyền của họ Cá cóc trong luận án?

Nghiên cứu sử dụng đoạn gen ty thể ND2 (khuếch đại bằng cặp mồi SL-1 và SL-2) trên 43 mẫu vật của 23 loài thuộc giống Tylototriton; và sử dụng cả hai đoạn gen ND2 (15 mẫu vật) cùng gen 16S (khuếch đại bằng cặp mồi Will 6 và Tval L trên 9 mẫu vật) thuộc giống Paramesotriton, sử dụng loài Pleurodeles waltl làm nhóm ngoài.

4. Phát hiện mới quan trọng nhất của luận án về bệnh nấm Bsal tại Việt Nam là gì?

Luận án lần đầu tiên phát hiện và ghi nhận sự có mặt của chủng nấm ăn da Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) trên các quần thể lưỡng cư ngoài tự nhiên ở Việt Nam, cụ thể trên 2 họ: họ Cóc tía (Bombina microdeladigitora) và họ Cá cóc (gồm các loài Paramesotriton deloustali, Tylototriton pasmansi, Tylototriton vietnamensis, Tylototriton ziegleri).

5. Phương pháp phân tử nào được dùng để xác định chủng nấm Bsal từ mẫu tăm bông thực địa?

Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật Real-time PCR chất huỳnh quang SYBR Green (1x SensiMix SYBR No-ROX) trên hệ thống CFX96 (Bio-Rad) với cặp mồi đặc hiệu STerF (xuôi: 5’-TGCTCCATCTCCCCCTCTTCA-3’) và STerR (ngược: 5’-TGAACGCACATTGCACTCTAC-3’), kiểm soát tính đặc hiệu qua phân tích đường cong nóng chảy ở dải nhiệt độ 60–95°C và điện di gel sản phẩm PCR.

---

Kết luận

Luận án tiến sĩ của NCS. Nguyễn Văn Thịnh đã giải quyết toàn diện hai nội dung về đa dạng thành phần loài và dịch tễ học bệnh nấm Chytrid trên 4 họ lưỡng cư đại diện tại Việt Nam. Công trình đã cập nhật danh lục 41 loài, mô tả loài mới Theloderma khoii, bổ sung phân bố 9 loài cho 4 tỉnh và làm rõ cấu trúc phát sinh chủng loại của các giống Cá cóc Tylototriton và Paramesotriton. Đồng thời, nghiên cứu cung cấp bằng chứng thực địa và sinh học phân tử đầu tiên về sự hiện diện của chủng nấm nguy hiểm Bsal trên họ Cóc tía và họ Cá cóc ngoài tự nhiên ở Việt Nam, tạo cơ sở khoa học quan trọng cho công tác kiểm soát dịch bệnh và bảo tồn lưỡng cư nguy cấp.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MỞ ĐẦU. Tính cấp thiết của đề tài. Nội dung nghiên cứu. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn.

Những đóng góp mới của đề tài. TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU. Lược sử nghiên cứu về đa dạng loài lưỡng cư trên thế giới. Lược sử nghiên cứu về đa dạng loài lưỡng cư ở Việt Nam.

Các nghiên cứu về thành phần loài. Các nghiên cứu về các họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc ở Việt Nam. Lược sử nghiên cứu về bệnh nấm trên các loài lưỡng cư. Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư trên thế giới.

Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư ở Việt Nam. Cơ chế gây bệnh của chủng nấm trên các loài lưỡng cư. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu.

Thời gian và địa điểm nghiên cứu. Tư liệu nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu. Khảo sát thực địa.

Phương pháp nghiên cứu trong phòng thí nghiệm. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN. Đa dạng thành phần loài trong 4 họ Cóc tía, Cóc mắt, Ếch cây và Cá cóc 41 3. Danh mục các loài ghi nhận.

Phát hiện mới. Đặc điểm hình thái các loài lưỡng cư mới ghi nhận ở khu vực nghiên cứu. Quan hệ di truyền của các loài thuộc họ Cá cóc. Tình trạng nhiễm nấm trên các loài lưỡng cư ở Việt Nam.

Địa điểm và số lượng lấy mẫu nấm trên các loài lưỡng cư. Ghi nhận của chủng nấm Bd tại Việt Nam. Thành phần loài lưỡng cư ghi nhận chủng nấm Bd tại Việt Nam. Ghi nhận của chủng Bsal tại Việt Nam.

Thành phần loài lưỡng cư ghi nhận nhiễm nấm Bsal tại Việt Nam. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cóc tía. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cóc mắt. Tình trạng nhiễm nấm ở họ Ếch cây.

Tình trạng nhiễm nấm ở họ Cá cóc .95 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .107 DANH MỤC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .109 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO.110 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRONG QUÁ TRÌNH NGHIÊN CỨU DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT CITES Công ước về buôn bán quốc tế các loài động thực vật hoang dã nguy cấp cs. Cộng sự CR Cực kì nguy cấp DNA Axit đêôxi ribônuclêic ĐDSH Đa dạng sinh học EN Nguy cấp et al. Và những người khác ICZN Ủy ban Quốc tế về Danh pháp Động vật IEBR Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật IUCN Liên minh Quốc tế về Bảo tồn Thiên nhiên KBTTN Khu Bảo tồn Thiên nhiên KVNC Khu vực nghiên cứu Max Giá trị lớn nhất Mean Trung bình Min Giá trị nhỏ nhất NT Gần bị đe dọa SD Độ lệch chuẩn SĐVN Sách Đỏ Việt Nam VNMN Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam VQG Vườn Quốc gia VU Sẽ nguy cấp ♂ Con đực ♀ Con cái DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu.

Các chỉ số đo hình thái của lưỡng cư không đuôi (đơn vị: mm). Các chỉ số đo hình thái của lưỡng cư có đuôi (đơn vị: mm). Các mồi sử dụng trong nghiên cứu quan hệ di truyền của họ Cóc mắt, họ Ếch cây. Các mồi sử dụng trong nghiên cứu quan hệ di truyền của họ Cá cóc.

Danh sách các mẫu vật được sử dụng trong phân tích di truyền giữa các loài thuộc giống Tylototriton. Danh sách các mẫu vật được sử dụng trong phân tích di truyền giữa các loài thuộc giống Paramesotriton. Các mồi sử dụng trong nghiên cứu xác định chủng nấm. Danh sách thành phần loài lưỡng cư ở khu vực nghiên cứu.

Các loài lưỡng cư có giá trị bảo tồn ở khu vực nghiên cứu. Ghi nhận vùng phân bố mới cho các tỉnh. Số đo của các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton phân bố tại Việt Nam. So sánh đặc điểm hình thái của các loài thuộc giống Paramesotriton.

Khoảng cách di truyền các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton ở Việt Nam. Khoảng cách di truyền giữa các loài Cá cóc thuộc giống Paramesotriton ở Việt Nam dựa trên phân tích đoạn 16S. Khoảng cách di truyền giữa các loài Cá cóc thuộc giống Paramesotriton ở Việt Nam dựa trên phân tích đoạn ND2. Địa điểm và số lượng lấy mẫu nấm trên một số loài lưỡng cư ở Việt Nam.

Thành phần loài lưỡng cư ghi nhận nhiễm nấm Bsal tại Việt Nam. Hiện trạng nhiễm nấm Chytrid của một số loài lưỡng cư thuộc họ Cóc mắt tại khu vực nghiên cứu. Hiện trạng nhiễm nấm Chytrid của một số loài lưỡng cư thuộc họ Ếch cây tại khu vực nghiên cứu. Hiện trạng nhiễm nấm Bd và Bsal trên các loài Cá cóc thuộc giống Paramesotriton tại Việt Nam.

Hiện trạng nhiễm nấm Bd và Bsal trên các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton tại Việt Nam. Yếu tố nhiệt độ ảnh hưởng đến khả năng nhiễm nấm các loài thuộc họ Cá cóc .106 DANH MỤC HÌNH Hình 1. Biểu đồ số loài lưỡng cư trên thế giới. Biểu đồ thành phần loài lưỡng cư của các nước trong khu vực.

Hình ảnh chủng nấm Bd. Hình ảnh chủng nấm Bsal. Vòng đời của nấm Chytrid gây bệnh Bd. Cơ chế gây bệnh Chytrid trên lưỡng cư.

Địa điểm khảo sát thực địa và địa điểm thu thập mẫu vật nghiên cứu. Thao tác lấy mẫu nấm trên M. Sơ đồ minh họa các chỉ số đo mẫu vật lưỡng cư không đuôi theo Bảng 2. Ảnh: Nguyễn Văn Thịnh.

Sơ đồ minh họa các chỉ số đo mẫu vật lưỡng cư có đuôi theo Bảng 2. Ảnh: Nguyễn Văn Thịnh. Hình ảnh loài: − Họ Có tía Bombina microdeladigitora. Hình ảnh các loài: − Họ Cóc mắt.

Hình ảnh các loài: − Họ Cóc mắt. Hình ảnh các loài: − Họ Ếch cây. Hình ảnh các loài: − Họ Ếch cây. Hình ảnh các loài: − Họ Ếch cây.

Hình ảnh các loài họ Cá cóc. Sự khác biệt hình thái giữa: Theloderma khoii (A, C, E) và T. Sơ đồ phân bố các loài: − Họ Ếch cây. Sơ đồ phân bố các loài −Họ Ếch cây.

Sơ đồ phân bố các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton. Tương quan hình thái giữa các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton ở Việt Nam. Tương quan chiều dài cơ thể giữa các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton ở Việt Nam. So sánh các đặc điểm hình thái giữa loài P.

Cây quan hệ di truyền của các loài Cá cóc thuộc giống Tylototriton ở Việt Nam xây dựng trên mô hình BI Giá trị xác suất hậu nghiệm thể hiện ở các gốc nhánh (ML/BI). Cây quan hệ di truyền của các loài cá cóc thuộc giống Paramesotriton ở Việt Nam xây dựng trên mô hình BI trên đoạn gen ty thể 16S (bên trái) và ND2 (bên phải). Sơ đồ phân bố của chủng nấm Bd trên các loài lưỡng cư tại Việt Nam. Sơ đồ ghi nhận chủng nấm Bsal trên các loài lưỡng cư tại Việt Nam.

Sơ đồ ghi nhận nấm trên học Cóc tía ở Việt Nam. Hình ảnh các cá thể Cóc tía nhiễm nấm. Sơ đồ địa điểm khảo sát nhiễm nấm trên họ Cóc mắt tại Việt Nam. Sơ đồ ghi nhận nấm nghiên cứu khác trên họ Cóc mắt tại Việt Nam.

Sơ đồ địa điểm khảo sát nhiễm nấm trên họ Ếch cây tại Việt Nam. Sơ đồ ghi nhận nấm nghiên cứu khác trên họ Ếch cây tại Việt Nam. Sơ đồ ghi nhận chủng nấm Bsal trên họ Cá cóc tại Việt Nam. Sơ đồ ghi nhận chủng nấm Bd trên họ Cá cóc tại Việt Nam.

Đặc điểm bề mặt da đầu, mặt da bụng và mặt lưng của cá thể P. deloustali nhiễm nấm Bsal và không nhiễm nấm Bsal. Đặc điểm bề mặt da đầu (trên), mặt da bụng (giữa) và mặt lưng (dưới) của cá thể Tylototriton pasmansi nhiễm nấm (bên trái) và không nhiễm nấm (bên phải). Đặc điểm bề mặt da đầu (trên), mặt da bụng (giữa) và mặt lưng (dưới) của cá thể Tylototriton vietnamensis nhiễm nấm (bên trái) và không nhiễm nấm (bên phải).

Đặc điểm bề mặt da đầu (trên), mặt da bụng (giữa) và mặt lưng (dưới) của cá thể Tylototriton ziegleri nhiễm nấm (bên trái) và không nhiễm nấm (bên phải). Tính cấp thiết của đề tài Lưỡng cư (Amphibia) là lớp động vật có số lượng loài rất đa dạng với khoảng 8.700 loài việc phân bố của lưỡng cư không chỉ ngoại trừ các vùng Bắc cực và Nam cực mà còn các vùng núi cao. Theo Liên minh Quốc tế về Bảo tồn Thiên nhiên (IUCN), tính đến tháng 12 năm 2023 có 7.486 loài lưỡng cư được đánh giá phân hạng bảo tồn, trong đó 36 loài ghi nhận đã tuyệt chủng (EX), 2 loài đã tuyệt chủng ngoài tự nhiên (EW), 722 loài xếp hạng Cực kì nguy cấp (CR), 1.144 loài Nguy cấp (EN), 406 loài Sẽ nguy cấp (VU), 740 loài Gần bị đe dọa (NT), 3.291 loài Ít quan tâm (LC) và 1.145 loài Thiếu dữ liệu để đánh giá (DD) [1]. Khu hệ lưỡng cư của Việt Nam được đánh giá đa dạng về thành phần loài với nhiều loài mới được mô tả hàng năm.

Nguyễn Văn Sáng và Hồ Thu Cúc (1996) đã ghi nhận 82 loài ở nước ta. Đến năm 2009, số lượng loài lưỡng cư ghi nhận đã tăng lên 186 loài và gần đây nhất (tháng 12 năm 2023) số lượng loài lưỡng cư ghi nhận đã tăng lên 295 loài [2–4]. Trong đó đáng chú ý có khoảng hơn 70 loài mới được phát hiện và mô tả dựa trên các mẫu chuẩn thu ở Việt Nam kể từ năm 2010 cho đến tháng 12 năm 2023 [2]. Chytridiomycosis (Chytrid) là một bệnh truyền nhiễm do một chủng nấm có tên khoa học là Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), gây bệnh trên các loài thủy sinh.

Bệnh nấm được coi là yếu tố gây ra sự suy giảm quần thể nhanh chóng hoặc tuyệt chủng của ít nhất khoảng 200 loài lưỡng cư [5]. Theo ước tính của IUCN (2023), có khoảng 36% các loài lưỡng cư trên thế giới đang đứng trước nguy cơ bị đe dọa dẫn tới tuyệt chủng, mặt khác sự suy giảm của chúng hiện nay được ví như một cuộc khủng hoảng lần thứ 6 của đa dạng sinh học trên Trái đất [1]. Gần đây các nhà khoa học đã phát hiện thêm một chủng nấm mới có tên khoa học là Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal). Theo Martel et al.

Số lượng loài mới được mô tả và ghi nhận bổ sung cho khu hệ lưỡng cư ở Việt Nam trong thời gian vừa qua, đã chứng minh việc kết hợp các phương pháp nghiên cứu cơ bản (phân tích hình thái học) và phương pháp hiện đại (phân tích sinh học phân tử, âm sinh học…), đó là phương pháp hữu hiệu trong phân loại học các loài lưỡng cư.