mở đầu cho thời kỳ mới trong Phân loại học, đó là thời kỳ phân loại tiến hóa hay phân loại hệ thống sinh. Việc thừa nhận bản chất của sự tiến hóa đã dẫn đến sự cần thiết trong khi phân loại thực vật là phải tập hợp những dạng thực vật thống nhất với nhau về nguồn gốc chứ không phải chỉ giống nhau một cách đơn giản về đại bộ phận tính chất như thời kỳ phân loại tự nhiên đa làm. Sự sắp xếp các nhóm thực vật không những chỉ phản ánh mối tương quan và nối tiếp giữa chúng, mà còn phải phản ánh con đường phát triển tiến hóa của giới Thực vật. Từ nửa sau của thế kỷ XIX và sang tới thế kỷ XX, khoa học ngày càng phát triển, các phương pháp nghiên cứu thực vật ngày càng được hoàn thiện và được hỗ trợ bởi các môn khoa học khác.
Những nhà Phân loại học Thực vật đa vận dụng nhiều tài liệu về cổ sinh vật học, Hình thái giải phẫu học so sánh, Phôi sinh học, Tế bào học, Sinh lý, Sinh hóa học, Địa lý học., để tìm hiểu sự tiến hóa của giới Thực vật và xây dựng các bảng hệ thống tiến hóa. Phân loại học ngày càng đi sâu nghiên cứu bản chất của sinh vật. Cho tới nay, đã có rất nhiều hệ thống tiến hóa khác nhau : ở Nga có hệ thống của Kuznetxov, Bouch, Kursanov, Grosseim, Takhtajan. ; ở Đức có hệ thống của Engler, Metz ; ở Anh của Hutchinson, Rendle ; ở Mỹ của Bessey, Pulle ; ở Áo của Wetsteih.
Tuy vậy, chưa có một hệ thống nào được thừa nhận là hoàn hảo toàn diện, do những nghiên cứu còn chưa đầy đủ, những dẫn liệu còn thiếu sót và chưa đủ sức thuyết phục. Các tác giả của các hệ thống tiến hóa buộc phải bổ khuyết những thiếu sót về tài liệu thực tế bằng những giả thuyết ít nhiều mang tính giả tưởng, nhưng tương đối khách quan. Vì vậy khoa Phân loại học ngày nay vẫn còn nhiệm vụ tiếp tục giải quyết các vấn đề về nguồn gốc, quan hệ tiến hóa của các nhóm thực vật. Nhờ sự phát triển của kỹ thuật hiển vi điện tử đã xuất hiện khả năng nghiên cứu các cấu trúc siêu hiển vi (điều mà trong thời đại của kính hiển vi quang học không thể đạt được) là một trong những cơ sở quan trọng cho việc phân loại, Ngày nay Phân loại học thực vật đa phát triển trên một số lĩnh vực mới như : Phân loại học Sinh thái, Phân loại học hóa học, phân loại học kiểu nhân, Phân loại học kiểu gen, đã mang lại những lượng thông tin rất lớn, vì vậy người ta đa tạo ra những lượng thông tin riêng để phục vụ các mục đích của Phân loại học, và như N.L Vavilov đã nói : "Ngày nay chứng ta bước vào thời đại của sự phân loại sinh hóa, sinh lý, sinh thái và di truyền.
Đố là một công việc rất lớn, nó đòi hôi công sức 6 hợp nhất của nhiều chuyên gia : các nhà sinh lý học, tế bào học, di truyền học, hệ thống học và sinh hóa học." Ở Việt Nanri, lịch sử phát triển môn Phân loại học và các cồng trình nghiên cứu về phân loại thực vật từ trước còn chưa được tập hợp đầy đủ. Trong sử sách có ghi chép nhiều thầy thuốc, nhiều nhà địa lý, nhà khoa học, nhà quân sự đã thống kố, sử dụng nhiều loại cây cối. Ta có thể nhắc đến một sô' tác giả như : Tuệ Tĩnh, năm 1417 đã viết cuốn "Nam dược thần hiệu" trong đó mô tả tới 579 loài cây làm thuốc. Lê Quý Đôn (thế kỷ XVI) trong bộ "Vân đài loại ngữ" đã phân chia thực vật thành nhiều loại : cây cho hoa, cho quả, cây ngũ cốc, rau, cây loại mộc, loại thảo, cây mọc theo các mùa khác nhau.
Nguyễn Trữ (đời nhà Lê) đã nghiên cứu sâu hơn về thực vật và viết tác phẩm "Việt Nam thực vật học" mô tả được rất nhiều cây. Năm 1595 Lý Thời Chân, cho xuất bản cuốn "Bản thảo cương mục" trong đó có đề cập tới trên 1000 vị thuốc thảo mộc. Trong thời kỳ thuộc Pháp, tài nguyên thực vật phong phú ở nước ta đã hấp dẫn nhiều nhà nghiên cứu phương Tây. Họ đa để lại một số công trình, như : "Thực vật ở Nam Bộ" (1790) của Loureiro, mô tả gần 700 loài cây.
"Thực vật rùmg Nam Bộ" (1879) của Pierre cũng mô tâ gần 800 loài cây gỗ. Công trình lớn nhất là bộ "Thực vật chí tổng quát Đông Dương" do H. Lecomte và một sô' nhà thực vật học người Pháp biên soạn (từ 1907 đến 1943) gồm 7 tập chính và sau lại bổ sung thêm bằng những tập phụ, trong đó đa phân loại, mô tả thống kẽ các cây từ Dương xỉ tới Thực vật Hạt kín cỏa toàn Đông Dương. Ngoài ra cồn phải kể một số sách khác như : "Danh mục các sản phẩm của Đông Dương" cũa Crévost, Lemarỉé và Pételot, "Các cây thuốc của Campuchia, Lào và Việt Nam" của Pételot, "Các cây thuốc của mián Bắc Việt Nam" của Foucaud.
Bên cạnh các công trình của các tác giả người Pháp cũng có một số chuyên khảo của tác giả người Việt Nam. Phần lớn các nghiên cứu đều tập trung vào thực vật bậc cao, thực vật bậc thấp hâu như chưa có công trình nào. Từ 1954 tới nay, Phân loại học thực vật ở nước ta ngày càng được đề cao hơn vì nó kết hợp với công tác điều tra tài nguyôn thục vật giẵu có. Do đó việc nghiên cứu vẻ thực vật được đẩy mạnh và phát triển nhanh chổng.
Ta đa có một số sách giáo khoa và công trình nghiên cứu về thực vật, như các sách : "Phân loại thực vật học" của các trường Đại học Sư phạm, Tổng hợp (nay là Đại học Khoa học tự nhiên), Y Dược, Nông nghiệp. "Cây gỗ rừng Việt Nam" (gần đây được chỉnh lý và dịch sang tiếng Anh), "Những cây thuốc và v| thuốc Việt Nam" , "Cây cỏ thường thấy ở Việt Nam", "Cậy cỏ miền Nam Việt Nam", "Rong biển Việt Nam", "Tảo học",. và một số chuyên khảo về từng họ thục vật hay từng vùng riêng biệt của một số tác giả. Năm 1996, các nhà khoa học Việt Nam đã cho xuất bản cuốn "Sách Đỏ Việt Nam", phần Thục vật, trong đó mô tả 356 loài thục vật quý hiếm ở nước ta có nguy cơ bị đe dọa giảm sút số lượng hoặc bỉ đe dọa tuyệt chủng, cần phải bảo vệ.
Gần đây nhất, cuốn "Danh lục các loài thực vật Việt Nam" tập I (gồm 3 tạp) đã được xuất bản. in - CÁC QUY TẮC PHÂN LOẠI HỌC 1. Đơn vị phân loại và các bậc phân loại Đơn vị phân loại cơ sỡ của hộ thống tiến hóa là loài (species). Khái niệm về loài phát sinh từ thực tế quan sát sinh vật trong thiên nhiên, sự giống nhau và khác nhau giữa các cá 7 thể.
Có nhiều cách hiểu và định nghĩa khác nhau về loài. Một trong những định nghĩa tương đối hoàn chỉnh ỉà định nghĩa của Komarov (1949) : "Loài là tập hợp của nhiều cá thể cùng xuất phát từ một tổ tiên chung, trải qua quá trình đấu tranh sinh tồn và chọn lọc tự nhiên mà cách ly với các sinh vật khác, đồng thời loài là 1 giai đoạn nhất định trong quá trình tiến hóa chung của sinh vật". Trong định nghĩa của mình Komarov cũng đặc biệt nhấn mạnh đến đặc tính di truyền và sự phân bố của loài : "các cá thể trong cùng một loài có thể giao phối với nhau sinh ra các thế hệ con cái có khả năng sinh sản, mỗi loài có một khu phân bố riêng". Những loài có nhiều tính chất giống nhau, có tổ tiên chung, họp thành đơn vị lớn hơn gọi là chi (genus).
Cũng theo nguyên tắc chung nhau về nguồn gốc, giống nhau về tính chất, chi hợp thành họ (familia), họ thành bộ (ordo), bộ thành lớp (classis), lớp thành ngành (divisio). Đó là các bậc phân loại chính. Trong phân loại học đôi khi người ta còn dùng những bậc trung gian, như tông (tribus), là bậc giữa họ và chi, nhánh hay tố (sectio) và loạt hay dãy (series) là bậc giữa chi và loài, thứ (varietas) và dạng (forma) là những bậc dưới loài. Ngoài ra, khi cần còn có thể thêm các bậc phụ, được ghi bằng cách thêm các tiếp đầu ngữ "sub" (phân) để chỉ các bậc trung gian thấp hơn, hoặc "super" (liên) để chỉ các bậc trung gian cao hơn.
Ví dụ : liên bộ (superordo), liên họ. Cững cần chú ý rằng trong phân loại học người ta còn hay dùng thuật ngữ taxon. Vậy taxon và bậc phân loại có gì khác nhau ? Đây là 2 khái niệm không hoàn toàn đồng nhất. Taxon là một nhóm cá thể thuộc bất kỳ một mức độ nào của thang chia bậc.
Nói cách khác taxon là "nhóm sinh vật có thật được chấp nhận làm đơn vị phân loại ở bất kỳ mức độ nào". Như vậy khái niệm taxon luôn bao hàm ý về những đối tượng cụ thể. Còn bậc phân loại là một tập hợp các taxon ở một mức nhất định trong thang chia bậc đó. Ví dụ : loài nói chung - đó là một bậc của bậc phân loại, nhưng một loài cụ thể như lúa (Oryza sativa L.) lại là một taxon.
Như vậy bậc của bậc phân loại xác định vị trí của nó trong loạt bậc nôi tiếp nhau (loài, chi, họ, bộ.), còn bậc của taxon là bậc phân loại nào đó mà nớ là một thành viên (Takhtajan 1966). Cách gọi tên các bậc phân loại Trước đây mỗi nhà thực vật gọi tên cây một cách khác nhau, hoặc tên địa phương, hoặc đặc điểm hình thái. Đến năm 1753 Linnée đề ra cách đặt tên loài cây bằng 2 từ La tinh ghép lại (gọi là danh pháp "lưỡng nôm") và được sử dụng cho đến nay. Từ đầu là một danh từ, chỉ tên chi, luôn luôn viết hoa, từ sau là một tính từ chỉ loài, không viết hoa.
Tính từ này có thể biểu thị tính chất của cây (như glabra : nhẵn ; pilosa : có lông, spinosa : có gai.), nơi mọc (sylvestris : ở rừng, palustris : ở đầm lầy.) nơi xuất xứ (tonkinensis : Bắc Bộ, annamensis : Trung Bộ, cochinchinensis : Nam Bộ, chinensis : Trung Quốc.), công dụng của cây (textilis : 8 lẫy sợi, tinctorius : nhuộm.), mùa hoa nớ (vernaỉis : mùa xuân, autumnalis : mùa thu.) hay chí lèn người (ỉccomtei, pierrei, takhtạịanii. Sau lên loài, người ta thường viết tất hay nguyên họ tác giả đa công hố tên đó đầu tiên. Ví dụ : Oryza saliva L. là lên cày lúa (thuộc chi Oryza}, loài lúa thuộc dạng cây trông (sativaì, L.
là chữ viết tắl họ của ông Linnếe. Đó là ten ỉơài và tên chi ; đối với lên họ, người la lấy tên của chi điển hình (typus) củã họ, thêm đuôi aceae vào.