HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ HÀ THU NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CỦA FOWL ADENOVIRUS (FAdV) Ở GÀ NUÔI TẠI HÀ NỘI VÀ VÙNG PHỤ CẬN Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2017 c LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận văn là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận văn đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận văn này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hà Thu i c LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình.
Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tôi được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn vi sinh - truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận văn. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo Đội Kiểm Dịch Động Vật Lưu Động – Chi Cục Thú Y Hà Nội đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập cũng như thực hiện đề tài.
Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên khuyến khích tôi hoàn thành luận văn. Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hà Thu ii c MỤC LỤC Lời cam đoan. ii Mục lục. iii Danh mục viết tắt .v Danh mục bảng.
vi Danh mục hình. vii Trích yếu luận văn. viii Thesis abstract. Tính cấp thiết của đề tài.
Mục tiêu nghiên cứu. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn. Tổng quan tài liệu. Giới thiệu chung về fowl adenovirus (adenovirus ở gia cầm).
Hình thái, cấu trúc. Cơ chế sinh bệnh. Đường truyền lây. Sức đề kháng.
Hiểu biết về bệnh do fadv gây ra ở gà. Adenovirus nhóm II. Adenovirus nhóm III: (virus gây hội chứng giảm đẻ ở gà). Vật liệu và phương pháp nghiên cứu.
Đối tượng nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu. Địa điểm và thời gian nghiên cứu. Vật liệu nghiên cứu.
Phương pháp nghiên cứu. Phương pháp lấy mẫu. Phương pháp tách và tinh sạch ADN tổng số. Phương pháp tối ưu phản ứng PCR phát hiện FAdV.
Phương pháp nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV serotype 4. Kết quả và thảo luận. Kết quả xác định sự lưu hành fadv ở đàn gà nuôi tại hà nội và vùng phụ cận.
Kết quả tối ưu hóa phản ứng PCR. Tổng hợp tình hình thu thập mẫu phục vụ nghiên cứu. Kết quả PCR phát hiện FAdV trong mẫu bệnh phẩm. Kết quả giải trình tự gen hexon của fadv.
Kết quả phân tích trình tự nucleotide gen hexon của FAdV. Kết quả phân tích trình tự amino acid của protein hexon. Kết quả phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của fadv. Kết quả phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV.
Kết quả nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV serotype 4. Kết luận và kiến nghị .43 Tài liệu tham khảo. 44 iv c DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt CAV Chicken Anemia Virus (Bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà) CIAV Chicken infectious anemia Virus (Virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm) EDSV Egg drop syndrome Virus (Hội chứng giảm đẻ ở gà) HHS Hydropericardium-hepatitis syndrome (Hội chứng viêm gan – viêm ngoại tâm mạc tích nước) HPS Hydropericardium syndrome (Hội chứng xoang bao tim tích nước) IBDV Infectious bursal disease Virus (Virus Gumboro) IBH Inclusion body Hepatitis (Viêm gan thể bao hàm) MDTC-RP19 Turkey lymphoblastoid B cell line, có nguồn gốc từ khối u trong bệnh Marek’s (Tế bào dòng) MSDV Marble spleen disease Virus (Virus gây bệnh lách đá hoa) THEV Turkey heamorrahgic enteritis Virus (Virus gây viêm ruột xuất huyết ở gà tây) v c DANH MỤC BẢNG Bảng 3. Trình tự mồi đặc hiệu phát hiện và giải trình tự gen hexon của FAdV.
Chu trình nhiệt của phản ứng PCR. Bố trí thí nghiệm nghiên cứu ảnh hưởng của nồng độ mồi. Trình tự hexon gen dùng trong nghiên cứu này. Tổng hợp tình hình thu thập mẫu gà theo lứa tuổi.
Kết quả PCR phát hiện FAdV theo trại được kiểm tra. Kết quả kiểm tra FAdV ở các lứa tuổi gà. Kết quả so sánh mức tương đồng nucleotide giữa 7 chủng FAdV .36 vi c DANH MỤC HÌNH Hình 2. Minh họa cấu trúc của Fowl adenovirus.
Gan xuất huyết, sưng to, bở, có màu vàng. Gan xuất huyết điểm. Đôi khi xuất hiện nốt hoại tử ở gan. Thận sưng to, nhạt màu, xuất huyết.
Xoang bao tim tích nước. Đôi khi quan sát được da có màu vàng, tụ máu hoặc xuất huyết thành vệt ở cơ. Gà chết đột ngột, phân có màu đen. Ruột non, đặc biệt là tá tràng có màu đỏ sẫm, mạch máu thường có dạng cành.
Ruột non bị xuất huyết, hoại tử. Lách sưng to, xuất huyết, dễ nát, có điểm hoại tử. Bệnh tiến triển, lách gà bị teo nhỏ, có màu trắng xám. Gan sưng to, dễ nát, xuất huyết tập trung thành từng đám.
Đôi khi gan bị hoại tử. Thận bị sưng to và xuất huyết. Mất màu vỏ trứng, trứng méo mó, kỳ hình. Tối ưu hóa nhiệt độ bắt mồi của phản ứng PCR.
Kết quả tối ưu nồng độ mồi của phản ứng PCR. Minh họa kết quả phản ứng PCR phát hiện FAdV. Gan gà sưng to, xuất huyết. Lách sưng to.
Kết quả giải trình tự phân đoạn gen hexon của 7 chủng FAdV phân lập. Trình tự gen hexon của 07 chủng FadV. Trình tự amino acid proteinhexon của 07 chủng FAdV. Đặc điểm thay đổi codon ở một số vùng ổn định của gen hexon.
Cây phát sinh chủng loại của FAdV. Kết quả BLAST tìm kiếm trình tự gen tương đồng 99% với chủng F5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian của các chủng FAdV4. 41 vii c TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Nguyễn Thị Hà Thu Tên luận văn: “Nghiên cứu sự lưu hành của Fowl Adenovirus (FAdV) ở gà nuôi tại Hà Nội và vùng phụ cận”.
Ngành: Thú y Mã số: 60.01 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu - Xác định sự lưu hành của FAdV ở đàn gà thuộc địa bàn nghiên cứu. - Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV. Nội dung nghiên cứu Trong khuôn khổ nghiên cứu của đề tài, chúng tôi thực hiện các nội dung sau: - Xác định sự lưu hành FAdV ở đàn gà nuôi tại Hà Nội và vùng phụ cận. - Giải trình tự gen mã hóa protein hexon của FadV.
- Phân tích một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của FadV. Phương pháp nghiên cứu: - Phương pháp lấy mẫu. - Phương pháp tách và tinh sạch ADN tổng số. - Phương pháp tối ưu phản ứng PCR phát hiện FadV.
- Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV serotype 4. Kết quả chính và kết luận: - Đã xác định được sự có mặt của FAdV lưu hành ở đàn gà tại các địa bàn nghiên cứu, với tỷ lệ dương tính là 20,97%. - Gà ở lứa tuổi từ 3- 5 tuần dương tính FAdV với tỷ lệ cao nhất theo đàn là 85,71% và theo cá thể là 30,56%. - Các chủng FAdV lưu hành ở Hà Nội và vùng phụ cận tương đối đa dạng về mặt di truyền.
- Chủng FAdV thuộc serotype 4 lưu hành ở miền Bắc Việt Nam sớm nhất vào khoảng năm 2005 và gần gũi về mặt di truyền với nhánh virus lưu hành ở Ấn Độ hơn các nhánh lưu hành ở Trung Quốc. viii c THESIS ABSTRACT Name of Master student: Nguyen Thi Ha Thu Thesis title: “Research on the prevalence of Fowl Adenovirus (FAdV) chicken faems of Hanoi and neiyhborin proninces”. Major: Veterinary Medicine Code: 60.01 Name of Institute: Vietnam National University of Agriculture Research Objectives: - Determining the prevalence of FAdV of chicken in Hanoi and neiyhborin proninces. - Studing the molecular epidemiology of FAdV.
Research contents: Determining the prevalence of FAdV of the chicken in Hanoi and neiyhborin proninces. - Sequencing protein hexon gene of FAdV. - Analysis the hexon some of FAdV. Research methodology: - Sampling method.
- Method of total separation and purification of ADN. - PCR for identifying FadV. - Molecular phylogenetic analysis method of FAdV serotype 4. Results - The study identified of the presence of FAdV circulating in chickens in the studied region, with a positive percentage of 20.
- Chickens between 3-5 weeks of age were positive FAdV with the highest percentage 85. - FAdV strains in Hanoi and surrounding presented high genetic diversity. - Fowl adenovirus serotype 4 (FAdV-4) circulated in northern Vietnam in early 2005, and is genetically closer to the group of virus in India than those in China. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI Năm 2014 tổng đàn gia cầm cả nước đạt 328,1 triệu con.
Ước tính tổng số gia cầm của cả nước năm 2016 đạt 341,5 triệu con, tăng 4,3% so với năm 2015; hiện nay tăng khoảng 3,2-3,8% so với cùng kỳ năm 2016. Ngành chăn nuôi gia cầm trong những năm gần đây không ngừng phát triển, tuy vậy còn gặp không ít khó khăn. Các trang trại chăn nuôi gia cầm với quy mô vừa và lớn mặc dù đã hình thành tại một số vùng sinh thái, song chiếm tỷ lệ chưa cao, thị trường tiêu thụ sản phẩm chăn nuôi gia cầm còn khó khăn, cơ sở hạ tầng và dịch vụ chăn nuôi nhìn chung còn thấp kém, hầu hết chưa đảm bảo quy trình kỹ thuật. Hiện nay ngành chăn nuôi gà đang phải đối mặt với tình hình dịch bệnh diễn biến rất phức tạp, trong đó có nhiều bệnh mới nổi, gây thiệt hại kinh tế.
Đồng thời nhiều tác nhân gây bệnh gây ức chế miễn dịch khiến cho sức đề kháng của gà giảm, rất dễ mắc các bệnh kế phát.