Định Danh Loài Colletotrichum spp. Gây Bệnh Thán Thư Trên Cây Ớt Tại Lâm Đồng Và Bà Rịa - Vũng Tàu

Luận văn tốt nghiệp nghiên cứu tốt nghiệp bảo vệ thực vật phân lập và định danh nấm colletotrichum spp gây bệnh thán thư trên ớt, điều tra thực trạng, phân tích số liệu, đề xuất

• Tác giả: Chau Ry
• Người hướng dẫn: T.S Võ Thị Ngọc Hà
• Trường học: Trường Đại Học Nông Lâm
• Chuyên ngành: Bảo Vệ Thực Vật
• Đề tài: Nghiên Cứu Định Danh Loài Colletotrichum spp. Gây Bệnh Thán Thư Trên Cây Ớt Tại Lâm Đồng Và Bà Rịa - Vũng Tàu
• Loại tài liệu: Khóa Luận Tốt Nghiệp
• Năm xuất bản: 2022
• Địa điểm: Thành Phố Hồ Chí Minh

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ƠN
• TÓM TẮT
• MỤC LỤC
• DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH SÁCH CÁC HÌNH
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN
• 1.1. Tổng quan về cây ớt
• 1.2. Nguồn gốc và phân loại cây ớt
• 1.3. Đặc điểm thực vật học
• 1.4. Đặc điểm sinh thái
• 1.5. Giá trị dinh dưỡng và công dụng của ớt
• 1.6. Bệnh thán thư trên ớt
• 2. CHƯƠNG 2: NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu
• 2.2. Vật liệu nghiên cứu
• 2.3. Đối tượng, dụng cụ và thiết bị
• 2.4. Thu thập, phân lập nấm Colletotrichum spp.
• 2.5. Định danh Colletotrichum spp. bằng đặc điểm hình thái và kỹ thuật phân tử
• 2.5.1. Định danh nấm Colletotrichum spp. bằng đặc điểm hình thái
• 2.5.2. Định danh nấm Colletotrichum spp. bằng kỹ thuật phân tử
• 2.5.3. Quy trình ly trích DNA tổng số
• 2.5.4. Phản ứng PCR và giải trình tự DNA
• 2.5.5. Quy trình điện di kiểm tra DNA tổng số của nấm
• 2.5.6. Xử lý kết quả giải trình tự
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Thu thập, phân lập nấm Colletotrichum spp.
• 3.2. Định danh Colletotrichum spp. bằng đặc điểm hình thái và kỹ thuật phân tử
• 3.2.1. Định danh nấm Colletotrichum spp. bằng đặc điểm hình thái
• 3.2.2. Định danh nấm Colletotrichum spp. bằng kỹ thuật phân tử
• 3.2.3. Định danh phân tử dựa trên giải trình tự vùng ITS
• 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
• PHỤ LỤC
• DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
• DANH SÁCH CÁC BẢNG
• DANH SÁCH CÁC HÌNH

Tóm tắt

I. Tổng quan về nghiên cứu định danh loài Colletotrichum spp

Nghiên cứu định danh loài Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên cây ớt tại Lâm Đồng và Bà Rịa - Vũng Tàu là một chủ đề quan trọng trong lĩnh vực nông nghiệp. Cây ớt (Capsicum spp.) là một trong những cây trồng có giá trị kinh tế cao, nhưng bệnh thán thư do nấm Colletotrichum gây ra đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất và chất lượng của cây. Việc xác định chính xác loài nấm gây bệnh không chỉ giúp kiểm soát dịch bệnh hiệu quả mà còn nâng cao năng suất cây trồng. Nghiên cứu này sẽ cung cấp cái nhìn sâu sắc về sự phân bố và đặc điểm của các loài nấm gây bệnh tại hai tỉnh này.

1.1. Đặc điểm sinh học của cây ớt và bệnh thán thư

Cây ớt thuộc chi Capsicum, có giá trị dinh dưỡng cao và được trồng rộng rãi. Bệnh thán thư do nấm Colletotrichum spp. gây ra, làm giảm năng suất từ 50-80%. Các triệu chứng bệnh bao gồm các vết đen trên quả, ảnh hưởng đến chất lượng và giá trị thương phẩm.

1.2. Tầm quan trọng của việc định danh loài nấm

Việc định danh chính xác loài nấm gây bệnh là cần thiết để phát triển các biện pháp phòng trừ hiệu quả. Nghiên cứu này sẽ giúp xác định các loài nấm Colletotrichum gây hại trên cây ớt, từ đó đưa ra các giải pháp quản lý dịch bệnh phù hợp.

II. Vấn đề và thách thức trong nghiên cứu Colletotrichum spp

Mặc dù có nhiều nghiên cứu về nấm Colletotrichum, việc xác định chính xác loài vẫn gặp nhiều khó khăn. Các đặc điểm hình thái không đủ để phân loại chính xác, dẫn đến sự nhầm lẫn giữa các loài. Hơn nữa, sự đa dạng sinh học của nấm trong tự nhiên cũng làm cho việc nghiên cứu trở nên phức tạp hơn. Các yếu tố môi trường như khí hậu, đất đai cũng ảnh hưởng đến sự phát triển của nấm và sự bùng phát của bệnh thán thư.

2.1. Những khó khăn trong việc phân loại nấm

Phân loại nấm Colletotrichum chủ yếu dựa vào đặc điểm hình thái, nhưng điều này không đủ để xác định chính xác loài. Nhiều loài có hình thái tương tự nhau, gây khó khăn trong việc phân biệt.

2.2. Ảnh hưởng của môi trường đến sự phát triển của nấm

Các yếu tố như độ ẩm, nhiệt độ và pH đất có thể ảnh hưởng đến sự phát triển của nấm Colletotrichum. Việc hiểu rõ các yếu tố này sẽ giúp cải thiện các biện pháp phòng trừ bệnh thán thư.

III. Phương pháp nghiên cứu định danh Colletotrichum spp

Nghiên cứu sử dụng các phương pháp hiện đại để định danh loài nấm Colletotrichum spp.. Các mẫu nấm được thu thập từ các vùng trồng ớt tại Lâm Đồng và Bà Rịa - Vũng Tàu. Phương pháp phân tích gen, đặc biệt là kỹ thuật PCR, được áp dụng để xác định chính xác loài nấm. Kết quả sẽ được so sánh với các mẫu trên ngân hàng gen GenBank để đảm bảo tính chính xác.

3.1. Quy trình thu thập và phân lập nấm

Mẫu bệnh được thu thập từ các vườn ớt tại Lâm Đồng và Bà Rịa - Vũng Tàu. Sau đó, nấm được phân lập trên môi trường nuôi cấy thích hợp để đảm bảo sự phát triển của nấm.

3.2. Kỹ thuật phân tích gen để định danh

Kỹ thuật PCR được sử dụng để khuếch đại vùng gen ITS của nấm. Kết quả PCR sẽ được giải trình tự và so sánh với các mẫu trong ngân hàng gen để xác định loài.

IV. Kết quả nghiên cứu và ứng dụng thực tiễn

Kết quả nghiên cứu cho thấy có ít nhất 6 mẫu nấm được xác định là loài Colletotrichum scovillei với độ tương đồng cao từ 97% đến 100% với các mẫu trong ngân hàng gen. Những phát hiện này không chỉ giúp xác định chính xác loài nấm gây bệnh mà còn cung cấp thông tin quan trọng cho việc phát triển các biện pháp quản lý dịch bệnh hiệu quả hơn.

4.1. Kết quả định danh loài nấm

Các mẫu nấm được xác định là Colletotrichum scovillei và có độ tương đồng cao với các mẫu trong ngân hàng gen. Điều này cho thấy sự phổ biến của loài nấm này trong các vùng trồng ớt.

4.2. Ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn

Kết quả nghiên cứu sẽ được áp dụng trong việc phát triển các biện pháp phòng trừ bệnh thán thư trên cây ớt, từ đó nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm.

V. Kết luận và triển vọng tương lai của nghiên cứu

Nghiên cứu định danh loài Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên cây ớt tại Lâm Đồng và Bà Rịa - Vũng Tàu đã đạt được những kết quả khả quan. Việc xác định chính xác loài nấm sẽ giúp nâng cao hiệu quả quản lý dịch bệnh. Trong tương lai, cần tiếp tục nghiên cứu để hiểu rõ hơn về sự phát triển của nấm và mối quan hệ giữa nấm với cây ký chủ.

5.1. Tầm quan trọng của nghiên cứu trong nông nghiệp

Nghiên cứu này không chỉ có ý nghĩa khoa học mà còn có giá trị thực tiễn trong việc quản lý dịch bệnh trên cây ớt, góp phần nâng cao năng suất nông nghiệp.

5.2. Hướng nghiên cứu tiếp theo

Cần tiếp tục nghiên cứu về các loài nấm khác trong chi Colletotrichum và ảnh hưởng của chúng đến các giống ớt khác nhau để phát triển các biện pháp phòng trừ hiệu quả hơn.

Nội dung chính

Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Cây ớt (Capsicum spp.) thuộc họ Cà (Solanaceae) là một trong những loại cây gia vị có giá trị kinh tế và dinh dưỡng cao, chứa hàm lượng lớn vitamin C (lên tới 340 mg/100g quả tươi ở một số giống), vitamin A, folate và hoạt chất capsaicin. Trong canh tác ớt tại Việt Nam cũng như trên thế giới, bệnh thán thư do nấm Colletotrichum spp. gây ra là một trong những dịch hại nghiêm trọng nhất trong cả giai đoạn trước và sau thu hoạch. Bệnh có thể làm suy giảm năng suất từ 50% đến 80%, đồng thời làm giảm phẩm chất quả, giảm trọng lượng khô cũng như hàm lượng capsaicin và oleoresin thương phẩm.

Việc định danh chính xác tác nhân nấm gây bệnh đến cấp độ loài có ý nghĩa quyết định trong việc xây dựng quy trình phòng trừ và quản lý tính kháng thuốc bảo vệ thực vật. Tuy nhiên, phương pháp phân loại truyền thống chỉ dựa trên đặc điểm hình thái học (như hình dạng, kích thước bào tử phân sinh, giác bám, tốc độ sinh trưởng tản nấm) thường gặp nhiều hạn chế và dễ gây nhầm lẫn do các chỉ tiêu hình thái biến thiên lớn theo điều kiện môi trường nuôi cấy và sự tồn tại của các phức hợp loài (species complex). Do đó, việc ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử kết hợp với hình thái học là yêu cầu cần thiết nhằm xác định chính xác thành phần loài Colletotrichum spp. gây hại trên ớt.

Mục tiêu và nhiệm vụ nghiên cứu của đề tài được xác định cụ thể như sau:

1. Mục tiêu nghiên cứu: Định danh chính xác cấp độ loài các mẫu nấm Colletotrichum spp. gây bệnh thán thư trên quả ớt thu thập tại một số khu vực thuộc vùng Đông Nam Bộ và Tây Nguyên.
2. Nhiệm vụ nghiên cứu:
   • Thu thập các mẫu quả ớt có biểu hiện triệu chứng bệnh thán thư điển hình tại các vùng trồng ớt trọng điểm.
   • Phân lập, làm thuần và khảo sát đặc điểm hình thái học của các dòng nấm phân lập được.
   • Ly trích DNA tổng số, thực hiện phản ứng PCR khuếch đại vùng gen đệm phiên mã nội (Internal Transcribed Spacer - ITS), giải trình tự DNA và phân tích phát sinh loài để định danh đến cấp độ loài.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

• Đối tượng nghiên cứu: Các chủng nấm thuộc chi Colletotrichum spp. phân lập từ quả ớt bị nhiễm bệnh thán thư trên hai giống ớt chỉ thiên F1 GM40 và CT108.
• Phạm vi không gian: Mẫu bệnh được thu thập tại ruộng canh tác thuộc xã Ka Đô (huyện Đơn Dương, tỉnh Lâm Đồng) đại diện cho Tây Nguyên và xã Bông Trang (huyện Xuyên Mộc, tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu) đại diện cho Đông Nam Bộ. Các nội dung thí nghiệm được thực hiện tại Phòng thí nghiệm Bộ môn Bảo vệ thực vật, Khoa Nông học, Trường Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh.
• Phạm vi thời gian: Đề tài được triển khai thực hiện từ tháng 05 năm 2022 đến tháng 11 năm 2022 (thời gian thu thập mẫu ngoài đồng ruộng vào tháng 04/2022 và tháng 06/2022).

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Cơ sở lý thuyết và khung phân loại

Nghiên cứu ứng dụng phương pháp tiếp cận đa diện (polyphasic approach) kết hợp giữa đặc điểm sinh học hình thái học cổ điển và chỉ thị phân tử:

• Khung phân loại hình thái học: Dựa trên khóa phân loại nấm Colletotrichum của Sutton (1995) và các tiêu chuẩn đánh giá tản nấm, cấu trúc giác bám, bào tử của Cai và cộng sự (2009). Quá trình gây bệnh của nấm trải qua các giai đoạn hình thành đĩa bám, xâm nhập biểu bì nhờ áp lực cơ học và enzyme phân hủy thành tế bào (CWDEs), chuyển tiếp giữa giai đoạn tiềm sinh và hoại sinh (hemibiotrophic hoặc subcuticular intramural necrotrophic).
• Chỉ thị phân tử vùng gen ITS: Vùng đệm phiên mã nội (Internal Transcribed Spacer - ITS) thuộc cụm gen rDNA nhân, nằm giữa gen mã hóa rRNA tiểu đơn vị nhỏ và tiểu đơn vị lớn (bao gồm ITS1, 5.8S rRNA và ITS2). Vùng ITS có chiều dài dao động 600 - 700 bp, có tính bảo thủ cao trong cùng một loài nhưng biến đổi rõ rệt giữa các loài khác nhau, được xem là mã vạch chuẩn (DNA barcode) trong phân loại nấm học.
• Phương pháp suy luận tiến hóa: Phương pháp Xác suất tối đa (Maximum Likelihood), Tiết kiệm tối đa (Maximum Parsimony) và thuật toán ma trận khoảng cách UPGMA tích hợp trong phần mềm tin sinh học để dựng cây phát sinh chủng loại với giá trị lặp lại bootstrap.

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

• Thu thập và phân lập nấm: Thu thập các mẫu quả ớt mới xuất hiện vết bệnh hình thoi hoặc hình tròn lõm ướt, có vòng tròn đồng tâm chứa khối bào tử màu hồng cam hoặc chấm đen. Mẫu được cắt tại vị trí tiếp giáp giữa mô bệnh và mô khỏe, khử trùng bề mặt bằng ethanol 70% trong 5 giây, rửa lại bằng nước cất vô trùng, thấm khô và đặt lên môi trường thạch nước cất (Water Agar - WA). Sau khi sợi nấm mọc khoảng 5 mm, tiến hành cấy truyền khoanh thạch 2 x 2 mm sang môi trường thạch khoai tây dextrose (Potato Dextrose Agar - PDA), lặp lại 3 lần cấy truyền liên tiếp để thu nhận các dòng nấm thuần khiết.
• Khảo sát đặc tính hình thái: Cấy khoanh thạch đường kính 5 mm của dòng nấm thuần lên đĩa PDA, ủ tối ở 27°C trong 7 ngày để theo dõi màu sắc tản nấm, cấu trúc mặt trước và mặt sau đĩa thạch. Đánh giá đặc điểm giác bám bằng cách cấy bào tử trên môi trường PDA mỏng (1 cm²), áp lamen vô trùng, ủ ở 25°C trong 7 ngày và quan sát kích thước, hình dạng dưới kính hiển vi quang học Olympus BX40.
• Kỹ thuật sinh học phân tử:
  • Ly trích DNA tổng số: Sử dụng bộ kít tách chiết DNA cột silica của Công ty TNHH Giải pháp Y sinh ABT với quy trình 8 bước ly giải mẫu bằng TL buffer, proteinase K (ở 72°C) và CL buffer, rửa sạch bằng cồn và đệm rửa WB1, WB2, sau đó hoàn nguyên DNA bằng EB buffer.
  • Kiểm tra chất lượng DNA: Điện di trên gel agarose 1,0% trong đệm TBE 0,5X ở hiệu điện thế 100V trong 25 phút, nhuộm ethidium bromide và chụp ảnh gel dưới tia UV bằng hệ thống Gel Doc.
  • Phản ứng PCR khuếch đại vùng gen ITS: Sử dụng cặp mồi ITS5 (5’-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3’) và ITS4 (5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’) (White et al., 1990). Thể tích phản ứng 25 µL gồm: DreamTaq Green 2X (12,5 µL), mồi xuôi 0,2 µM (2 µL), mồi ngược 0,2 µM (2 µL), mẫu DNA khuôn (2 µL) và nước cất vô trùng (6,5 µL). Chu trình nhiệt trên máy Blue-Ray Biotech TurboCycler: Biến tính ban đầu 95°C trong 5 phút; 35 chu kỳ gồm (95°C trong 30 giây, bắt cặp ở 55°C trong 30 giây, kéo dài ở 72°C trong 45 giây); kéo dài lần cuối ở 72°C trong 7 phút. Kiểm tra sản phẩm PCR trên gel agarose 1,5% với thang chuẩn DNA Ladder 100 bp.
  • Giải trình tự và xử lý dữ liệu: Sản phẩm PCR được giải trình tự hai chiều Sanger thương mại. Dữ liệu thô được hiệu chỉnh và cắt tỉa đoạn nhiễu bằng phần mềm BioEdit ver. 7.0, tiến hành truy vấn tương đồng chuỗi nucleotide qua công cụ BLASTn trên cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI), và xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng phần mềm MEGA ver. 6.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

Chương này hệ thống hóa toàn diện các kiến thức về cây ớt, bệnh thán thư và phương pháp giám định:

• Nguồn gốc, phân loại và đặc tính thực vật học cây ớt: Chi Capsicum có từ 20 đến 27 loài hoang dại và 5 loài thuần hóa phổ biến (C. annuum, C. frutescens, C. chinense, C. pubescens, C. baccatum). Bộ nhiễm sắc thể của ớt là lưỡng bội ($2n = 24$ hoặc $2n = 26$). Cung cấp bảng khóa phân loại 5 loài Capsicum dựa trên màu tràng hoa, đốm tràng hoa, màu bao phấn, răng đài hoa, màu hạt và số hoa trên mỗi đốt. Cây có hệ rễ cọc kết hợp rễ chùm tập trung ở tầng 0 - 30 cm; ưa nhiệt độ 20 - 30°C và độ ẩm đất 70 - 80%.
• Bệnh thán thư hại ớt: Tác nhân thuộc chi Colletotrichum (giai đoạn hữu tính là Glomerella), ngành Ascomycota. Các loài gây hại phổ biến trên thế giới gồm C. acutatum, C. capsici, C. gloeosporioides, C. coccodes, C. truncatum. Nêu rõ triệu chứng bệnh phân chia thành 3 dạng điển hình trên quả theo Fangling Liu (2016). Cơ chế xâm nhiễm của nấm diễn ra qua giai đoạn bào tử nảy mầm, hình thành giác bám tạo áp lực xuyên thủng biểu bì nhờ tích lũy glycerol và tiết enzyme ngoại bào.
• Tổng quan về phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides: Có phổ ký chủ rộng trên 70 loại cây trồng nhiệt đới và cận nhiệt đới; tồn tại nội sinh hoặc hoại sinh trên tàn dư thực vật. Nêu các nghiên cứu về cơ chế kháng bệnh ở ớt liên quan đến hàm lượng capsaicin và chất chuyển hóa phytoalexin (capsidiol sesquiterpenoid).
• Ứng dụng sinh học phân tử trong định danh: Tổng quan về các hệ thống chỉ thị DNA (RFLP, RAPD, SSR, AFLP, ITS) và giá trị của vùng gen ITS trong phân loại học nấm; nguyên lý xây dựng cây phát sinh loài theo mô hình xác suất tối đa (Maximum Likelihood).

Chương 2: Nội dung và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết các bước tiến hành thực nghiệm, danh mục trang thiết bị, hóa chất và nguồn mẫu bệnh:

• Trình bày thông tin mã hóa 16 mẫu nấm phân lập từ 50 mẫu bệnh thu thập tại thực địa: 10 mẫu tại xã Ka Đô, huyện Đơn Dương, tỉnh Lâm Đồng (mã số LD01 đến LD10, thu trên giống ớt GM40 vào tháng 04/2022) và 6 mẫu tại xã Bông Trang, huyện Xuyên Mộc, tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu (mã số BR01 đến BR06, thu trên giống ớt CT108 vào tháng 06/2022).
• Quy chuẩn hóa quy trình phân lập nấm trên môi trường WA và PDA; quy trình tạo giác bám nhân tạo trên lam kính.
• Mô tả chi tiết quy trình 8 bước ly trích DNA tổng số bằng bộ kít thương mại ABT; thành phần hóa chất cho 1 phản ứng PCR 25 µL và thông số chu trình nhiệt luân nhiệt 35 chu kỳ với cặp mồi ITS5/ITS4; phương pháp điện di kiểm tra sản phẩm PCR và xử lý dữ liệu tin sinh học bằng BioEdit và MEGA 6.

Ký hiệu mẫu	Thời gian thu	Giống ớt	Địa điểm thu thập
LD01 – LD10	04/2022	Chỉ thiên F1 GM40	Xã Ka Đô, huyện Đơn Dương, tỉnh Lâm Đồng
BR01 – BR06	06/2022	Chỉ thiên CT108	Xã Bông Trang, huyện Xuyên Mộc, tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu

Chương 3: Kết quả và thảo luận

Chương 3 trình bày các số liệu thực nghiệm thu được từ quá trình phân lập, khảo sát hình thái và phân tích trình tự DNA:

• Kết quả phân lập và phân nhóm hình thái: Từ 50 mẫu quả có triệu chứng thán thư ban đầu ngoài đồng ruộng, nghiên cứu đã phân lập và làm thuần thành công 16 dòng nấm Colletotrichum spp. Căn cứ vào các đặc điểm hình thái tản nấm, bào tử phân sinh và giác bám sau 7 ngày nuôi cấy trên môi trường PDA, 16 mẫu nấm được phân chia thành 3 nhóm hình thái riêng biệt:
  • Nhóm I (gồm 13 mẫu: LD01 – LD10, BR02, BR04, BR05): Tản nấm có màu trắng hoặc cam hồng, mặt trên xuất hiện nhiều chấm nhỏ màu đen rải rác, không tạo vòng tròn đồng tâm; mặt dưới có màu hồng cam hoặc ánh vàng. Sợi nấm trắng, có vách ngăn, mọc sát mặt thạch. Bào tử phân sinh có dạng hình trụ, hai đầu tù hoặc tròn, kích thước dao động trong khoảng 10,9 – 13,6 × 3,4 – 4,9 µm. Giác bám có màu nâu đến nâu đậm, hình trứng tây, hình elip đến gần hình thoi.
  • Nhóm II (gồm 2 mẫu: BR01, BR06): Tản nấm màu trắng hoặc trắng xám, rìa mép tròn đều; mặt dưới tản nấm màu trắng hoặc hơi xám đen. Đặc điểm bào tử phân sinh tương tự Nhóm I. Giác bám màu nâu đậm, hình trứng tây đến gần hình thoi, một số có dạng bất định.
  • Nhóm III (gồm 1 mẫu duy nhất: BR03): Tản nấm màu trắng, mặt dưới màu trắng đục sinh trưởng tạo thành các đường tròn đồng tâm rõ rệt. Bào tử phân sinh dạng hình elip, kích thước nhỏ hơn đáng kể ($4,7 \pm 1,4 \times 1,7 \pm 0,6\ \mu\text{m}$). Giác bám có màu nâu đến nâu đậm, dạng hình thoi, hình trứng hoặc bất định.
• Kết quả định danh sinh học phân tử:
  • Chọn 9 mẫu đại diện cho cả 3 nhóm hình thái (LD01, LD02, LD04, LD06, BR01, BR02, BR03, BR04, BR05, BR06) để ly trích DNA và khuếch đại PCR vùng gen ITS.
  • Kết quả điện di sản phẩm PCR cho thấy tất cả 9 mẫu đều xuất hiện một băng DNA duy nhất, rõ nét, có kích thước đồng nhất khoảng 610 bp.
  • Kết quả giải trình tự hai chiều Sanger và tra cứu BLAST trên cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI) cùng phân tích cây phát sinh chủng loại đã phân loại chính xác 9 mẫu đại diện thành 2 nhóm loài:
    1. Colletotrichum scovillei: Gồm 6 mẫu thuộc Nhóm hình thái I (LD01, LD02, LD04, BR02, BR04, BR05) với độ tương đồng chuỗi nucleotide rất cao từ 98,93% đến 100% so với các mẫu chuẩn trên GenBank (có nguồn gốc phân lập từ Trung Quốc, Hàn Quốc, Malaysia, Brazil và Việt Nam). Cây phả hệ chỉ ra các mẫu này nằm trọn trong nhánh tiến hóa của cụm loài C. scovillei.
    2. Phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides: Gồm 3 mẫu thuộc Nhóm hình thái II (BR01, BR06) và Nhóm hình thái III (BR03) với độ tương đồng chuỗi nucleotide đạt từ 98,00% đến 99,82% so với các mẫu C. gloeosporioides chuẩn từ Sri Lanka, Trung Quốc, Thái Lan và Ấn Độ.

STT	Nhóm hình thái	Mã mẫu nấm	Kích thước đoạn ITS sau xử lý (bp)	Độ tương đồng BLAST (%)	Tên loài/nhóm loài xác định
1	I	LD01	514	99,80%	Colletotrichum scovillei
2	I	LD02	597	100,00%	Colletotrichum scovillei
3	I	LD04	586	100,00%	Colletotrichum scovillei
4	I	BR02	604	99,29%	Colletotrichum scovillei
5	I	BR04	609	99,82%	Colletotrichum scovillei
6	I	BR05	614	98,93%	Colletotrichum scovillei
7	II	BR01	551	99,82%	Colletotrichum gloeosporioides complex
8	II	BR06	578	99,82%	Colletotrichum gloeosporioides complex
9	III	BR03	555	99,82%	Colletotrichum gloeosporioides complex

Kết quả và đóng góp

• Kết quả thực nghiệm chính:
  • Thu thập 50 mẫu bệnh thán thư quả ngoài đồng, phân lập và làm thuần thành công 16 chủng nấm Colletotrichum spp. trên môi trường nhân tạo PDA.
  • Phân loại 16 dòng nấm thành 3 nhóm hình thái học dựa trên màu sắc tản nấm, hình thái đĩa bám và kích thước bào tử phân sinh.
  • Khuếch đại thành công vùng gen ITS của 9 mẫu nấm đại diện bằng PCR với sản phẩm kích thước đồng nhất khoảng 610 bp.
  • Xác định chính xác 6 mẫu nấm (chiếm 66,7% số mẫu phân tích phân tử) là loài Colletotrichum scovillei với độ tương đồng 98,93% – 100%; 3 mẫu nấm còn lại (chiếm 33,3%) thuộc phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides với độ tương đồng 98,00% – 99,82%.
• Đóng góp học thuật và thực tiễn:
  • Cung cấp dẫn liệu khoa học mới về sự phân bố và thành phần loài nấm gây bệnh thán thư hại ớt tại hai vùng sinh thái nông nghiệp Lâm Đồng (Tây Nguyên) và Bà Rịa – Vũng Tàu (Đông Nam Bộ).
  • Khẳng định loài Colletotrichum scovillei là tác nhân phổ biến chủ đạo gây thán thư trên các giống ớt chỉ thiên tại các địa bàn nghiên cứu, phù hợp với các công bố quốc tế của de Silva và cộng sự (2016, 2019) tại Châu Á cũng như ghi nhận của Nguyễn Thị Yến Nhi (2022) tại Tây Ninh.
  • Minh chứng rõ ràng về tính thiếu chính xác khi chỉ dựa vào quan sát hình thái học để phân loại nấm (điển hình mẫu BR03 có hình thái nhóm III khác biệt nhưng giải trình tự phân tử vẫn thuộc nhóm C. gloeosporioides), khẳng định vai trò thiết yếu của phương pháp phân tử giải trình tự gen.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

• Hạn chế của nghiên cứu:
  • Phạm vi thu mẫu mới chỉ giới hạn tại 2 địa phương (Lâm Đồng và Bà Rịa – Vũng Tàu) trên các giống ớt chỉ thiên (GM40 và CT108), chưa mở rộng khảo sát trên các vùng trồng ớt khác hoặc trên các giống ớt ngọt, ớt chuông.
  • Trong số 16 mẫu nấm làm thuần, mới thực hiện giải trình tự phân tử đại diện trên 9 mẫu.
  • Nghiên cứu chỉ sử dụng duy nhất một chỉ thị phân tử là vùng gen đệm phiên mã nội ITS. Vùng ITS đủ để định danh đến loài C. scovillei, tuy nhiên chưa đủ độ biến dị phân giải để tách biệt chi tiết các loài đơn lẻ trong phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides.
• Hướng nghiên cứu tiếp theo do tác giả đề xuất:
  • Tiếp tục thực hiện định danh sinh học phân tử cho toàn bộ các mẫu nấm còn lại đã phân lập nhằm tránh sai sót từ phân loại hình thái.
  • Bổ sung và kết hợp giải trình tự đa vùng gen (multi-locus sequence typing) sử dụng thêm các đoạn gen mã hóa chức năng như ApMat (vùng liên gen apn2 và MAT1-2-1), $\beta$-tubulin (TUB2), Actin (ACT), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), và Calmodulin (CAL) để định danh chính xác từng loài thành viên thuộc phức hợp Colletotrichum gloeosporioides.

Giá trị tham khảo

Khóa luận là nguồn tài liệu tham khảo có giá trị học thuật và thực tiễn cho sinh viên, học viên cao học và cán bộ nghiên cứu thuộc các chuyên ngành Bảo vệ thực vật, Nông học, Bệnh học thực vật (Plant Pathology) và Công nghệ sinh học nông nghiệp.

Tài liệu cung cấp hướng dẫn thực nghiệm chi tiết và đáng tin cậy về quy trình thu mẫu, kỹ thuật làm thuần nấm thán thư từ mô bệnh quả, quy trình ly trích DNA nấm sợi bằng kít cột silica, cũng như các thông số chuẩn của phản ứng PCR khuếch đại vùng gen ITS (nồng độ mồi, chu trình nhiệt) và các bước phân tích tin sinh học (BioEdit, BLAST, MEGA) phục vụ công tác giám định mầm bệnh vi nấm trong nông nghiệp.

Câu hỏi thường gặp

1. Đề tài đã thu thập bao nhiêu mẫu bệnh và làm thuần được bao nhiêu mẫu nấm Colletotrichum spp.?
Tác giả đã thu thập tổng cộng 50 mẫu quả ớt có biểu hiện triệu chứng bệnh thán thư ngoài đồng ruộng tại xã Ka Đô (Lâm Đồng) và xã Bông Trang (Bà Rịa – Vũng Tàu). Sau quá trình phân lập và cấy truyền 3 lần trên môi trường PDA, đề tài đã thu nhận được 16 mẫu nấm thuần khiết (gồm 10 mẫu ký hiệu LD01 – LD10 tại Lâm Đồng và 6 mẫu ký hiệu BR01 – BR06 tại Bà Rịa – Vũng Tàu).

2. Kỹ thuật sinh học phân tử và cặp mồi nào đã được sử dụng để khuếch đại DNA nấm?
Nghiên cứu sử dụng kỹ thuật PCR để khuếch đại vùng gen đệm phiên mã nội (Internal Transcribed Spacer - ITS) với cặp mồi chuẩn ITS5 (5’-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3’) và ITS4 (5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’). Thể tích phản ứng 25 µL trên máy luân nhiệt Blue-Ray Biotech TurboCycler với 35 chu kỳ nhiệt, cho ra sản phẩm PCR có kích thước đồng nhất khoảng 610 bp.

3. Kết quả giải trình tự và tra cứu BLAST vùng gen ITS đã định danh được những loài nấm cụ thể nào?
Trong 9 mẫu đại diện được giải trình tự: 6 mẫu nấm (LD01, LD02, LD04, BR02, BR04, BR05) được xác định chính xác là loài Colletotrichum scovillei với độ tương đồng từ 98,93% đến 100%; 3 mẫu nấm còn lại (BR01, BR06 và BR03) có độ tương đồng từ 98,00% đến 99,82% với các loài thuộc phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides.

4. Vì sao phân loại nấm Colletotrichum chỉ dựa trên hình thái học lại dễ dẫn đến sai sót?
Đặc điểm hình thái của nấm Colletotrichum (như màu sắc tản nấm, hình dạng và kích thước bào tử phân sinh, giác bám) phụ thuộc rất lớn vào môi trường nuôi cấy và điều kiện nhiệt độ. Thực nghiệm trong khóa luận chứng minh mẫu BR03 có hình thái tản nấm mọc vòng đồng tâm và kích thước bào tử nhỏ ($4,7 \times 1,7\ \mu\text{m}$) được xếp riêng vào Nhóm hình thái III, nhưng kết quả giải trình tự phân tử ITS lại cho độ tương đồng 99,82% với phức hợp loài C. gloeosporioides, tương tự như các mẫu thuộc Nhóm hình thái II.

5. Tác giả kiến nghị sử dụng thêm các vùng gen nào để phân loại sâu hơn phức hợp loài C. gloeosporioides?
Do vùng gen ITS có tính bảo thủ cao không thể phân biệt rạch ròi các loài đơn lẻ trong phức hợp C. gloeosporioides, tác giả đề xuất phân tích đa locus bổ sung các vùng gen: ApMat, TUB2 ($\beta$-tubulin), ACT (Actin), GAPDH (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) và CAL (Calmodulin).

Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Châu Ry đã thực hiện thành công việc phân lập 16 dòng nấm thuần khiết từ 50 mẫu quả ớt nhiễm bệnh thán thư tại Lâm Đồng và Bà Rịa – Vũng Tàu, phân chia thành 3 nhóm hình thái học. Kết quả định danh sinh học phân tử trên vùng gen ITS (kích thước sản phẩm PCR 610 bp) đối với 9 mẫu đại diện đã xác định được 6 mẫu thuộc loài Colletotrichum scovillei (tương đồng 98,93% – 100%) và 3 mẫu thuộc phức hợp loài Colletotrichum gloeosporioides (tương đồng 98,00% – 99,82%). Công trình khẳng định C. scovillei là loài gây hại chủ yếu trên ớt chỉ thiên tại khu vực khảo sát, đồng thời nhấn mạnh vai trò quyết định của chỉ thị phân tử trong công tác giám định và nghiên cứu nấm bệnh cây trồng.

Trích đoạn nội dung tài liệu

Chương 1 TỎNG QUAN 1. Tổng quan về cây ớt 1. Nguồn gốc và phân loại cây ớt Ot cay (Capsicum frutescens L.) thuộc bộ Solanales, họ cà Solanaceae. Cây ớt có nguồn gốc từ Mexico, Trung và Nam Mỹ.

Ot được gieo trồng phố biến từ vùng Dia Trung Hải đến nước Anh năm 1548 và đến Trung Âu vào cuối thế kỷ thứ 16. Sau đó, người Bồ Đào Nha mang ớt từ Brazin đến An Độ năm 1885 và việc trồng ớt được biết đến ở Trung Quốc khoảng cuối năm 1700, ớt được nhập vào Triều Tiên khoảng cuối thế kỷ 17 (Mai Thị Phương Anh, 1999). Theo Tong năm 1999, chi Capsicum có khoảng 20 — 27 loài hoang dai được biết đến và 5 loài được thuần hóa bao gồm: Capsicum annuum như: bell pepper (ớt chuông), paprika (ớt sáp), ớt cayenne, ớt jalapexnos và ớt chiltepin; Capsicum frutescens như: ớt tabasco; Capsicum chinense như ớt naga, ớt habanero, ớt Scotch bonnet; Capsicum pubescens: ớt Nam Mỹ rocoto; Capsicum baccatum: ớt Nam My aji. Trong số 5 loài Capsicum được trồng, Capsicum annuum là một trong những loài được trồng nhiều nhất với hơn 1,5 triệu ha diện tích đất trồng trên toàn thế giới (Akbar và ctv, 2010), kế tiếp là Capsicum frutescens.

Về mặt di truyền, các loài capsicum là lưỡng bội và có thể được phân biệt thành hai các nhóm loài Một với 2n = 24 và một loài khác có 2n = 26 (Moscone và ctv, 2007). Ot Capsicum frutescens có quả nhỏ và rất cay, nó được trồng phố biến rộng rãi ở các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới. Các loài còn lại chỉ hạn chê ở Nam và Trung Mỹ. Các loài trong chi Capsicum thường được phân biệt theo đặc điểm hoa (Bảng 1.

Qua đặc điểm thực vật học của các loài ớt cho thấy sự khác biệt của chúng, hai loài Capsicum baccatum và Capsicum pubescens có thê phân biệt qua màu hat và mau cánh hoa so với 3 loài còn lại, còn giữa chúng có thể phân biệt qua màu của tràng hoa và bao phan. Dé phân biệt loài Capsicum annuum với loài Capsicum frutescens và Capsicum chinense dựa vào đặc diém hoa, quả của chúng. Loài Capsicum annuum 3 mỗi đốt có 1 hoa, loài Capsicum frutescens và Capsicum chinense ra hoa theo chùm, một đốt có 1 vài hoa, nhưng thường loài Capsicum frutescens chỉ đậu 1 quả/đốt. Còn loài Capsicum chinense có vài qua/dot.

Phân loại Capsicum spp. theo đặc điểm hoa (Lipert et al, 1996). ; Mau tràng Đốm trên Mau bao Răng Số hoa/ Lodi „ Màu hạt : hoa trànghoa phânhoa đài hoa đôt C. annuum Trắng Không Xanhtía Có Vàng 1 C.

frutescens Trang Khong Xanh Không Vang 1-3 C. chinense Trắng xanh Không Xanh Có Vàng 1-5 C. baccatum Trang xanh Xanhvàng Vàng Có Vàng 1-2 C. pubescens Tim Khong Tim Có Đen 1 1.

Đặc điểm thực vật học Rễ: Cây ớt có cả 2 loại rễ cọc và rễ chùm, ở giai đoạn đầu cây phát triển rễ cọc, sau đó nhiều rễ phụ phát triển mạnh tạo thành hệ thống rễ chùm, phát triển ăn sâu và phân nhánh mạnh về bốn phía, nhưng chủ yếu tập trung ở tang đất mặt 0 - 30cm. Phan bổ theo chiều ngang với đường kính 50 - 70cm. Rễ ớt có khả năng chịu hạn nhưng không chịu được ngập úng. Khi tưới nước đầy đủ, bộ rễ ăn nông phân bố rộng và ngược lại khi gặp hạn, rễ ăn sâu và phân bố hẹp.

Thân: thuộc loại thân gỗ, thân tròn, dé gãy và một số giống còn non thân có lông mỏng. Khi thân già, phan sát mặt đất có vỏ xù xì, hóa ban. Thân chính cây ớt dai hay ngắn phụ thuộc vào giống, dọc theo chiều dải thân có 4 - 5 cạnh. Thân có lông hoặc không lông, cây cao 35 - 65 cm, có giống cao 125 - 135 cm, các nhánh mọc ra từ thân chính phát triển mạnh nhánh cấp 1, 2, 3.Khi cây già thì khó phân biệt thân chính và các nhánh cấp.

Trên thân các cảnh phát triển mạnh và mọc đối xứng hoặc so le tùy giống. Lá: ớt có nhiều dạng lá khác nhau nhưng có hai dang chủ yêu: dang elip (bau dục), dạng lưỡi mác. Phiến lá nhăn không có răng cưa, đầu lá nhọn, gân lá dày nỗi rõ, phân bồ so le. Cuống lá mập, khỏe, dài, chiều dai cuống thường chiếm 1/3 so với tổng chiều dai lá (2,5 — 5 cm) tùy giống.

Lá ớt thường có màu xanh đậm, xanh nhạt, xanh vàng và màu tím. Một số giống trên mặt lá non còn phủ lông tơ. Diện tích, hình dạng, màu sắc lá phụ thuộc vao giống và điều kiện trồng trọt. Lá ớt nhiều hay ít có ảnh hưởng sản lượng quả sau này.

Lá ít không những ảnh hưởng đến quá trình quang hợp của cây mà còn lam cho ớt ít quả vì ở môi nách lá nơi phân cành là vi trí ra hoa, ra quả. Hoa: Ớt là cây hàng năm (cây một năm), hoa lưỡng tính (tự thụ phan), moc don hoặc thành chùm 2 - 3 hoa. Hoa nhỏ, dai, hoa màu xanh có hình chén, lá đài nhỏ, hẹp va nhọn. Tràng hoa có 6 - 7 cánh màu trắng hoặc tím.

Số nhị đực bằng số cánh hoa và mọc quanh nhụy cái. Phần trong cánh hoa có 16 tiết mật. Hoa ớt có thé tự thụ phan hay thụ phan chéo do côn trùng, thụ phan chéo có ý nghĩa lớn ở ớt cay, ty lệ thụ phan chéo từ 10 - 40% tùy giống, do đó cần chú ý trong việc dé giống và giữ giống thuần. Quả và hạt: Quả ớt thuộc loại quả mọng, nhiều nước, có 2 - 3 ô cách nhau bởi vách ngăn dọc theo trục quả (lõi quả).

Cấu tạo qua chia làm 3 phan (từ ngoai vào trong): thịt quả, xơ thịt và vỏ quả. Hạt ớt nằm tập trung xung quanh lõi của quả. Phần lớn chất cay được tập trung phần giữa đến cuống quả. Quả ớt chín có màu đỏ, vàng hoặc tím đen.

Ot có nhiều hình dạng to hoặc nhỏ, đài hoặc nhọn cuối qua (chia vi), quả dai cong ở cuối quả (sừng trâu) phụ thuộc vào đặc tính của giống và kỹ thuật canh tác. Hạt ớt nhẫn, dep, có mau vàng trừ hạt của loài Capsicum pubescens có màu đen. Một gram hạt ớt cay có khoảng 220 hạt, ớt ngọt có khoảng 160 hạt. Sức nay mam của hạt giống khá cao nêu bảo quản tốt có thé giữ được 2 - 3 năm (Mai Thị Phương Anh, 1999).3 Đặc điểm sinh thái Nhiệt độ: Nhiệt độ ảnh hưởng đến sinh trưởng, số hoa, tỷ lệ đậu trái.

Nhiệt độ ban đêm thấp khoảng 8 - 15°C thường làm giảm tỷ lệ đậu trái và sinh trái không hat, nhiệt độ ban đêm thích hợp nhất là 20°C. Ot cay thích nhiệt độ cao hơn dao động 20 - 30°C, còn ớt ngọt thích hợp nhiệt độ khoảng 20 - 25°C. Ánh sáng: Tuy ớt là cây không man cảm nhiều với ánh sáng nhưng cây ớt ưa ánh sáng ngày ngắn, nếu chiếu sáng 9 - 10 giờ sẽ kích thích sinh trưởng, làm tăng sản phẩm từ 21 - 24% và tăng chất lượng trái. Trời âm u sẽ hạn chế sự đậu trái, giảm năng suất và chất lượng sản phẩm.

Độ ẩm: Ot là cây chịu hạn, âm độ dat thấp không ảnh hưởng đến tỷ lệ đậu trái nhưng tăng tỷ lệ rụng trái. Tốt nhất duy trì 4m độ đồng ruộng khoảng 70 - 80%, nếu am độ quá cao rễ sinh trưởng kém, cây còi cọc (Mai Thị Phương Anh, 1999). Giá trị đỉnh dưỡng và công dụng của ớt Thành phần hóa học quan trọng nhất trong quả ớt là chất cay capsaicin được dùng làm gia vị và làm thuốc. Trong quả ớt chứa nhiều các loại sinh tố, đặc biệt trong cả hai loại ớt cay và ớt ngọt đều có chứa vitamin C cao nhất so với tat cả các loại rau.

Hàm lượng vitamin C ở một số giống ớt là 340mg/100g quả tươi. Ngoài ra ớt còn là cây trồng rất giàu vitamin A, khoáng chất cũng như folate, một trong những vitamin B (Kantar et al, 2016). Trên thế giới, ớt được tiêu thụ dang tươi, khô hay bột. Capsaicin là một loại alcaloid là hoạt chất gây đỏ, nóng, chế thuốc trừ sâu.

Nhiều nhà vườn đã đầu tư sản xuất, mang lại hiệu quả kinh tế cao. Chỉ xuất hiện khi quả ớt chín, chiếm tỷ lệ từ 0,01 - 0,1%. Capsaicin có tác dụng kích thích não bộ sản xuất ra chất endorphin, một chất morphin nội sinh, có đặc tính như những thuốc giảm đau, đặc biệt có ích cho những bệnh nhân bị viêm khớp mãn tính và các bệnh ung thư. Huong vi của ớt đã được sử dụng trong rất nhiều sản phẩm cả trong thực phẩm cũng như công nghiệp thực phẩm.

Chat rutin có trong ớt được dùng rộng rãi trong được phẩm. Quả ớt có rất nhiều hợp chất quan trọng như acid ascorbic (vitamin C), catorenoids (tiền vitamin A) có nhiều trong ớt đỏ, tocopherol (vitamin E). trong việc ngăn ngừa các bệnh mãn tính như ung thư, hen suyễn, ho, đau họng, tiểu đường, tim mạch. Ngày nay, ớt với nhiều chủng loại, đa dạng về hình dáng, màu sắc bắt mắt còn được trồng làm cây cảnh cũng như chế thuốc trừ sâu.

Nhiều nhà vườn đã đầu tư sản xuât, mang lại hiệu quả kinh tê cao. Bệnh thán thư trên ớt 1. Tac nhan gay bệnh Bénh than thu, bat nguồn từ một tiếng Hy Lạp có nghĩa là ‘coal’, là tên gọi chung của các bệnh thực vật được đặc trưng bởi các tôn thương mau tôi, trũng, chứa các bao tử (Isaac, 1992). Nhìn chung bệnh than thư do loài Colletotrichum gây nên thuộc giới Nấm, ngành Ascomycota, lớp Deuteromycetes, bộ Melanconiales, họ Melanconiaceae.

Giai đoạn hữu tính là Glomerella. Nhiều loài Colletotrichum có thé kết hợp với nhau gây bệnh thán thư trên cùng một ký chủ. Bệnh thán thư trên ớt đã được chứng minh là do nhiều hơn một loài Colletotrichum bao gồm Colletotrichum acutatum, Colletotrichum capsici, Colletotrichum gloeosporioides và Colletotrichum coccodes (Than va ctv, 2008). Kim et al (2004) đã báo cáo rằng các loài khác nhau gây ra các bệnh của các cơ quan khác nhau cua cây ớt vi dụ, Colletotrichum acutatum và Colletotrichum gloeosporioides lây nhiễm quả ớt ở tất cả các giai đoạn phát triển, nhưng thường không gây hại trên lá hoặc thân, mà phần lớn gây hại trên lá hoặc thân là do Colletotrichum coccodes va Colletotrichum dematium.

Những loài Colletotrichum khác nhau có thé gây bệnh than thư trong các giai đoạn sinh trưởng khác nhau của ớt. Ví dụ, Colletotrichum capsici phô biến rộng rãi trong quả ớt đỏ, trong khi Colletotrichum acutatum và Colletotrichum gloeosporioides được báo cáo là phô biến hơn trên cả quả xanh non và trưởng thành (Hong va Hwang, 1998; Kim và ctv, 1999). Colletotrichum coccođes không gây ra dịch bệnh nghiêm trọng trên quả ớt. Colletotrichum gloeosporioides, loài chiém ưu thế trên ớt ở Hàn Quốc (Hong và Hwang, 1998).

Ba loài Colletotrichum bao gồm Colletotrichum truncatum (syn. Capsici), Colletotrichum gloeosporioides và Colletotrichum acutatum đã được báo cáo là tác nhân gây bệnh chính của ớt.