mở đầu cho thời kỳ nghiên cứu hệ thực vật cụ thể.N cho rằng “chỉ cần điều tra trên một diện tích đủ lớn để có thể bao trùm được sự phong phú của nơi sống nhưng không có sự phân hoá về mặt địa lý”. Ông gọi đó là hệ thực vật cụ thể. đã đưa ra một nhận định là số loài của một hệ thực vật cụ thể ở vùng nhiệt đới ẩm thường là 1500 - 2000 loài. Đối với các nước khu vực Đông Nam Á đã có bộ Thực vật chí khá hoàn chỉnh như Trung Hoa, Thái Lan, Indonexia, Malaysia.
Đối với các nước Âu, Mỹ, việc nghiên cứu hệ thực vật trên toàn lãnh thổ đã được thực hiện từ khá sớm. Hầu hết các mẫu vật đã được thu thập và lưu trữ tại các phòng mẫu khô (herbarium) nổi tiếng thế giới như Kew (Anh), Bảo tàng lịch sử tự nhiên Paris (Pháp), New York (Hoa Kỳ), Xanh Pê-téc-bua (Nga). vì vậy khi xây dựng danh lục thực vật các khu bảo tồn và ban quản lý có nhiều thuận lợi. Farjon & Page (1999) đã đánh giá tình hình của Thông trên thế giới với 630 loài Thông thuộc 69 chi, trong đó 291 loài Thông trên thế giới được đánh giá bị đe dọa tuyệt chủng ở mức quốc tế bao gồm cả Danh lục đỏ toàn cầu cũng như những gợi ý chung cho công tác bảo tồn loài.
và cộng sự (2011), đã thống kê được những cây gỗ thuộc 119 họ thực vật, trong đó có 8 họ hạt trần, 110 họ thực vật có hoa và 1 5 họ thực vật bào tử. Từ 119 họ, có tới 3140 loài cây gỗ, đặc biệt có 10 họ với số lượng loài rất lớn có tới 1.720 loài cùng với 10 chi lớn nhất chứa 574 loài. Hai nhà khoa học Whittaker (1975) và Sharma (2003) phân biệt 3 loại đa dạng sinh học loài khác nhau đó là đa dạng alpha (), đa dạng beta () và đa dạng gama (). Đa dạng sinh học Alpha liên quan đến thông tin thành phần số lượng loài của một khu vực, hiện trường nghiên cứu cụ thể, chẳng hạn như một ô tiêu chuẩn là 20m x 50m (quadrat).
Đa dạng sinh học Beta mô tả cho biết sự khác nhau về thành phần loài giữa 2 hiện trường nghiên cứu gần kề dọc theo một lát cắt; chỉ số beta thấp khi thành phần loài của 2 hiện trường nghiên cứu có tính tương đồng cao và ngược lại. Giá trị này đạt tối đa khi giữa 2 hiện trường nghiên cứu không hề có chung một loài xuất hiện (tương đồng là zero). Đa dạng sinh học Gamma được định nghĩa là mức độ gặp một loài bổ xung khi thay đổi địa lý trong các khu vực khác nhau của một kiểu cư trú. Đa dạng này cho biết sự khác nhau về thành phần loài và các chỉ số đa dạng sinh học của 2 khu hệ sinh sống/cư trú lớn cách xa/ gần kề nhau.
Richard King và ctv (2001) đã nghiên cứu ĐDSH rừng ngập mặn do cộng đồng quản lý tại đảo Danjugan, Cauayan, Negros Occidental, Philippines bằng phương pháp định lượng với các chỉ số ĐDSH, tính ma trận tương đồng trên cơ sở tương đồng của Bray - Curtis, xử lý các số liệu bằng phần mềm PRIMER (Clarke và Warwick, 1994). Kết quả đã nghiên cứu đã đánh giá được ĐDSH tại rừng ngập mặn đảo Danjugan với các con số cụ thể, trên cơ sở kết quả khoa học nghiên cứu đã đề xuất các giải pháp bảo tồn loài, quần xã tại đây. Dieter Mueller Dombois, Kentw, Bridge và Curtis Daehler (2005), đã xuất bản cuốn sách với tiêu đề “Đánh giá Đa dạng sinh học của hệ sinh thái 6 đảo vùng nhiệt đới” theo các phương pháp khảo sát ô tiêu chuẩn, các phương pháp định lượng trong ĐDSH. Hầu hết các nghiên cứu phân tích đánh giá thảm thực vật (Phyto- sociological study) đều áp dụng phương pháp Quadrat (Mishra, 1968; Rastogi, 1999 và Sharma, 2003).
Quadrat là một ô mẫu hay một đơn vị lấy mẫu có kích thước xác định và có thể có nhiều hình dạng khác nhau như tròn, vuông, chữ nhật. Có 4 phương pháp quadrat có thể được áp dụng đó là phương pháp liệt kê (list quadrat), phương pháp đếm (count), phương pháp đếm và phân tích (chart quadrat) và phương pháp ô cố định. Thông thường ô tiêu chuẩn có kích cỡ 1m x 1m được áp dụng cho nghiên cứu thực vật thân thảo (herbaceous species), 5m x 5m áp dụng cho nghiên cứu thảm cây bụi (bushes) và 10m x 10m áp dụng cho nghiên cứu thảm thực vật cây gỗ lớn (trees). Tuy nhiên, kích thước và số lượng của các ô tiêu chuẩn sẽ tùy thuộc vào điều kiện cụ thể của thảm thực vật ở các khu vực nghiên cứu khác nhau.
Với lý do đó luận văn này sử dụng diện tích ô đo đếm cây gỗ lớn là 500 m2. Ở Việt Nam Việt Nam nằm ở Đông Nam bán đảo Đông Dương có phần đất liền rộng khoảng 330.000 km2, với bờ biển dài khoảng 3200 km, phần nội thuỷ và lãnh hải gần với bờ biển rộng khoảng hơn 22. Ba phần tư diện tích của cả nước là đồi núi với đỉnh núi cao nhất là Phan Xi Păng 3143 m ở phía Tây Bắc. Nơi đây các dãy núi cao được hình thành do sự kéo dài của dãy núi Hymalaya.
Cùng với đó, Việt Nam cũng có sự khác biệt lớn về khí hậu từ vùng gần xích đạo tới giáp vùng cận nhiệt đới, cùng với sự đa dạng về địa hình, tạo nên sự đa dạng về thiên nhiên, do đó tạo tính ĐDSH cao. Mặc dù đã trải qua các thời kỳ chiến tranh khốc liệt, các hệ sinh thái bị tàn phá nặng nề, cộng thêm các hình thức sản xuất nông nghiệp nương rẫy, khai thác tài nguyên không hợp lý, các hệ sinh thái tự nhiên đã bị thu hẹp một 7 cách đáng kể. Tuy nhiên, ĐDSH ở Việt Nam vẫn còn phong phú về chủng loại, giàu về số lượng, đa dạng về thành phần. Điều đặc biệt là hệ thực vật nước ta giàu những loài cây gỗ, cây bụi, dây leo gỗ…và rất nhiều đại diện cổ tồn tại từ kỷ đệ tam.
Cho đến nay đã thống kê được 10.484 thực vật bậc cao có mạch (Phạm Hoàng Hộ, 1991; 1993) khoảng 800 loài rêu và 600 loài nấm. Trong số các loài kiểm kê được có khoảng 6.000 loài cây có ích đã được nhân dân dùng làm lương thực, thực phẩm, thuốc chữa bệnh, thức ăn cho gia súc, lấy gỗ, lấy tinh dầu và nhiều nguyên vật liệu khác (Võ Văn Chi và Trần Hợp, 1999; 2001), mặt khác hệ thực vật Việt Nam có mức độ đặc hữu cao. Tuy rằng hệ thực vật Việt Nam không có các họ đặc hữu mà chỉ có các chi đặc hữu chiếm khoảng 3% nhưng số loài đặc hữu chiếm đến khoảng 20%, tập trung ở 4 khu vực chính: núi Hoàng Liên Sơn, Ngọc Linh, cao nguyên Lâm Viên và khu vực rừng ẩm Bắc Trung Bộ. Nghiên cứu về thực vật Việt Nam có thể kể đến các tác giả lớn như Loureiro (1790), Pierre (1879; 1907).
Các tác phẩm này đã đặt nền móng vững chắc cho việc nghiên cứu thực vật ở Việt Nam. Từ những năm đầu của thế kỷ XX đã xuất hiện một công trình nổi tiếng làm nền tảng cho việc đánh giá tính đa dạng sinh vật ở Việt Nam, đó là bộ “Thực vật chí Đông Dương” do H. Lecomte (1907 - 1952) người Pháp chủ biên. Trong công trình này, tác giả đã thu mẫu và định tên, lập khoá mô tả các loài thực vật có mạch trên toàn lãnh thổ Đông Dương.
Theo Thái Văn Trừng (1978, 1999) vào thập niên 50 và 60 của thế kỷ XX, một số nhà lâm học người Pháp (Maurand, 1952; Rollet, 1952; Vidal, 1958; Schmid 1962) đã có những khảo sát về hệ thực vật rừng Việt Nam. Sau này nhiều tác giả đã tiếp tục đi sâu nghiên cứu những hệ sinh thái rừng Việt Nam. Theo Thái Văn Trừng (1978; 1999), rừng nhiệt đới bao gồm hai loại hình quần thể là quần hệ và xã hợp. Các quần hệ thực vật được phân loại dựa 8 theo sự khác biệt về hình thái và cấu trúc.
Trái lại, các xã hợp thực vật được phân loại dựa theo thành phần loài cây; trong đó tiêu chuẩn phân chia xã hợp là những ưu hợp thực vật. Những ưu hợp thực vật được phân chia dựa theo thành phần loài và tỷ trọng của chúng. Đơn vị phân loại cơ sở của thảm thực vật rừng Việt Nam là kiểu thảm thực vật. Mỗi kiểu thảm thực vật được hình thành dưới chế độ khí hậu nhất định.
Nếu căn cứ vào nguồn gốc phát sinh, thì thảm thực vật rừng Việt Nam có thể được phân chia thành hai kiểu: đó là kiểu thảm thực vật nguyên sinh và kiểu thảm thực vật thứ sinh. Trần Ngũ Phương (1970) đã nghiên cứu khá chi tiết về hệ thực vật và phân chia những kiểu rừng ở miền Bắc Việt Nam. Trên cơ sở bộ “Thực vật chí Đông Dương”, Thái Văn Trừng (1978) đã thống kê hệ thực vật Việt Nam có 7.850 chi và 289 họ. Bộ Thực vật chí Campuchia, Lào và Việt Nam do Aubréville khởi xướng và biên soạn (1960 - 1997) cùng với nhiều tác giả khác, đến nay đã công bố 32 tập nhỏ gồm 74 họ cây có mạch (gần 20% tổng số họ).
Bộ "Cây cỏ Việt Nam" của Phạm Hoàng Hộ (1991;1993) xuất bản tại Canada và đã được tái bản có bổ sung tại Việt Nam trong hai năm (1999 - 2000). Đây là bộ danh sách đầy đủ nhất và dễ sử dụng nhất góp phần đáng kể cho khoa học thực vật ở Việt Nam. Bên cạnh đó, một số công trình nghiên cứu về phân loại, khóa định loại họ Thầu dầu (Euphorbiaceae) Việt Nam của Nguyễn Nghĩa Thìn (1999), Họ Na (Annonaceae) Việt Nam của Nguyễn Tiến Bân (2000), Họ Cói (Cyperaceae) của Nguyễn Khắc Khôi (2002). Họ Lan Việt Nam của Leonid Averyanov (1994), Họ Apocynaceae Việt Nam của Trần Đình Lý (1986).
Cùng với các công trình nghiên cứu về bảo tồn và phát triển rừng, khôi phục trạng thái rừng sau khai thác của Lê Trọng Cúc, Phạm Hồng Ban (2000), Đặng Kim Vui, (2002), Phạm Xuân Hoàn, Trương Quang Bích (2009), 9 Nguyễn Thế Hưng (2003). Đây là những tài liệu quan trọng làm cơ sở cho việc đánh giá về đa dạng, bảo tồn và phát triển hệ thực vật Việt Nam. Với cuốn Tài nguyên cây gỗ Việt Nam (2000), tác giả Trần Hợp đã mô tả đặc điểm nhận biết, phân bố và giá trị sử dụng của 1.566 loài cây gỗ phổ biến từ Bắc vào Nam. Trong đó các loài được sắp xếp theo hệ thống tiến hóa của Armen Takhtajan về các ngành Quyết thực vật, ngành Thực vật Hạt trần (1986), ngành Thực vật Hạt kín (1987).
Danh lục các loài thực vật Việt Nam (2001) đã thống kê được 368 loài vi khuẩn lam (Tiền nhân – Procaryota), 2.