Tổng quan luận án

Đề tài "Nghiên cứu đa hình hệ gen các dòng tôm sú (Penaeus monodon) Việt Nam nhằm phục vụ công tác chọn giống tôm" được thực hiện bởi nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Minh Thanh, thuộc chuyên ngành Di truyền học (mã số: 9 42 01 21) tại Viện Công nghệ sinh học - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, dưới sự hướng dẫn khoa học của PGS.TS. Đinh Duy Kháng và PGS.TS. Nguyễn Hữu Ninh (2019). Luận án được triển khai trong khuôn khổ Đề tài cấp Nhà nước "Lập bản đồ bộ gen tôm sú (Penaeus monodon)" thuộc Nhiệm vụ đánh giá di truyền nguồn gen.

Tôm sú (Penaeus monodon Fabricius, 1798) là đối tượng nuôi thủy sản kinh tế quan trọng, chiếm 50 - 60% sản lượng tôm nuôi tại Việt Nam. Theo số liệu năm 2016, diện tích nuôi tôm nước lợ đạt 649.645 ha, sản lượng 657.282 tấn, giá trị xuất khẩu đạt trên 3,15 tỷ USD; mục tiêu đến năm 2025 đạt kim ngạch 10 tỷ USD trên quy mô 750.000 ha với nhu cầu 100.000 tôm bố mẹ và 30 tỷ con giống tôm sú mỗi năm. Tuy nhiên, nghề nuôi tôm sú trong nước vẫn phụ thuộc phần lớn vào nguồn tôm bố mẹ khai thác ngoài tự nhiên, chưa làm chủ hoàn toàn công nghệ gia hóa và chọn giống chất lượng cao so với tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei). Bên cạnh đó, các nghiên cứu di truyền phân tử trên tôm sú còn ít, dữ liệu về các locus tính trạng định lượng (QTLs) liên quan đến tính trạng tăng trưởng hầu như rất hiếm. Việc xác định mối tương quan giữa các đa hình nucleotide đơn (SNP) với tính trạng tăng trưởng nhằm xây dựng cơ sở dữ liệu chọn giống dựa trên chỉ thị phân tử (MAS) là khoảng trống nghiên cứu cấp thiết.

Mục tiêu nghiên cứu của luận án gồm:

  1. Đánh giá đa hình hệ gen các quần đàn tôm sú thu từ các vùng biển Việt Nam.
  2. Sàng lọc các đa hình nucleotide đơn (SNP) có tiềm năng liên kết với tính trạng tăng trưởng bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (GBS) trên hai nhóm tôm sú tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm.

Nội dung nghiên cứu của luận án được xác định theo 4 nhiệm vụ cụ thể:

  1. Đánh giá đa hình hệ gen ba quần đàn tôm sú thu từ các vùng biển khác nhau của Việt Nam bằng kỹ thuật AFLP.
  2. Lai tổ hợp toàn phần 4 dòng tôm sú bố mẹ khác nhau về nguồn gốc địa lý để tạo vật liệu nghiên cứu thế hệ $\text{G}_0$ và $\text{G}_1$.
  3. Áp dụng kỹ thuật xác định kiểu gen bằng phương pháp giải trình tự (GBS) để phân tích hệ gen tôm sú thuộc hai nhóm tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm thế hệ $\text{G}_0$ và $\text{G}_1$ nhằm sàng lọc các SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng.
  4. Sàng lọc chỉ thị SNP G>A ở tôm sú tăng trưởng nhanh bằng kỹ thuật PCR đặc hiệu alen cạnh tranh (KASP) để đánh giá tiềm năng ứng dụng trong công tác chọn giống.

Đối tượng nghiên cứu là loài tôm sú (Penaeus monodon Fabricius, 1798). Phạm vi nghiên cứu về không gian bao gồm các quần đàn tôm sú tự nhiên thu thập tại 3 vùng biển: Bắc Trung Bộ (BTB), Nam Trung Bộ (NTB), Nam Bộ (NB), cùng 4 dòng tôm sú bố mẹ (dòng Ấn Độ Dương - A, dòng Thái Bình Dương - T, dòng Nội địa - N, dòng Gia hóa - G) được nuôi dưỡng, lai tạo và phân tích tại Viện Công nghệ sinh học, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III và Viện Nghiên cứu Hệ gen. Phạm vi thời gian nghiên cứu cập nhật dữ liệu đến năm 2019.

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Luận án đã hệ thống hóa các hướng nghiên cứu trong nước và quốc tế về sinh học, phân loại, kỹ thuật nuôi và phân tích di truyền phân tử trên đối tượng tôm sú:

  1. Nghiên cứu về sinh học, phân loại và công nghệ sản xuất giống tôm: Tác giả tổng hợp các công trình phân loại học của Fabricius (1798), Brusca et al. (1990), Motoh (1985); các cột mốc công nghệ sản xuất giống nhân tạo từ công trình của Fujinaga (1934), Kungvankij (1984), Aquacop (1979), Primavera (1985), Chamberlain & Gervais (1984), Chong & Khoo (1988), Withyachumnarnkul et al. (1998), Coman et al. (2005). Các phân tích về thực trạng suy giảm sản lượng tôm sú do dịch bệnh và sự dịch chuyển sang tôm thẻ chân trắng được dẫn chứng qua Rönnbäck (2001), Chanratchakool (2003), Briggs et al. (2004), Aziz et al. (2007), Vũ Dũng Tiến và Don Griffiths (2012), Nguyễn Hữu Ninh (2010, 2012).

  2. Nghiên cứu ứng dụng các chỉ thị phân tử: Tác giả điểm luận các kỹ thuật CTPT gồm RAPD (Williams et al., 1990; Vaseeharan et al., 2013; Garcia & Benzie, 1995; Tassanakajon et al., 1997), RFLP (Graner et al., 1991; Lander & Botstain, 1989; Nguyễn Đức Thành, 2014), Microsatellite (Pan et al., 2004; Brooker et al., 2000; Tassanakajon et al., 1998; Aziz et al., 2011; Wuthisuthimethavee et al., 2005) và AFLP (Vos et al., 1995; Mueller & Wolfenbarger, 1999; Benzie et al., 2002; Klinbunga et al., 2001; Khamnamtong et al., 2009; Rumisha et al., 2017). Đối với chỉ thị SNP và kỹ thuật GBS, tác giả tổng hợp từ Elshire et al. (2011), Poland & Rife (2012b), He et al. (2014), Baranski et al. (2014), Jones et al. (2017), Prasertlux et al. (2011), Klinbunga et al. (2015).

  3. Các nghiên cứu di truyền tôm sú tại Việt Nam: Một số nghiên cứu bước đầu sử dụng RAPD, RFLP, Microsatellite và giải mã gen ty thể D-loop đã được thực hiện bởi Quyền Đình Thi et al. (2003), Nguyễn Thị Thảo et al. (2004), Kim Thị Phương Oanh et al. (2010, 2013). Về giải trình tự thế hệ mới mô cơ và mô gan tụy, Nguyễn Hải Bằng et al. (2015) thu nhận 17.406 unigene; Nguyễn Giang Thu et al. (2015) phân tích transcriptome trên 30 mẫu tôm tự nhiên và 20 mẫu tôm gia hóa $\text{G}_1$, phát hiện các SNP liên quan đến tăng trưởng.

Khoảng trống nghiên cứu được luận án giải quyết: Hầu hết các công trình trong nước trước đây chỉ tập trung vào quần đàn hẹp, số lượng mẫu nhỏ, chỉ dừng ở mô tả đa hình hoặc phân tích trên hệ phiên mã (transcriptome). Việc đánh giá đa hình hệ gen toàn diện trên các quần đàn tôm tự nhiên bằng AFLP kết hợp giải trình tự hệ gen quy mô lớn bằng GBS để sàng lọc các SNP liên kết với tính trạng tăng trưởng nằm trong vùng mã hóa của hệ gen chưa từng được thực hiện đồng bộ.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Luận án dựa trên cơ sở lý thuyết di truyền học số lượng, di truyền học quần thể và nguyên lý chọn giống dựa trên chỉ thị phân tử (MAS). Phương pháp nghiên cứu tiếp cận theo hướng định lượng thực nghiệm sinh học phân tử và phân tích tin sinh học:

Hạng mục Quy cách và Phương pháp thực hiện trong Luận án
Vật liệu nghiên cứu - Mẫu tôm sú tự nhiên thu từ 3 vùng biển: Bắc Trung Bộ (BTB), Nam Trung Bộ (NTB), Nam Bộ (NB).
- 4 dòng tôm bố mẹ: Dòng Ấn Độ Dương (A), Thái Bình Dương (T), Nội địa (N), Gia hóa (G).
- Các thế hệ tôm lai $\text{G}_0$ và $\text{G}_1$ phân tách thành 2 nhóm kiểu hình: tăng trưởng nhanh (Fast - F) và tăng trưởng chậm (Low - L).
Sàng lọc mầm bệnh & Quản lý đàn Sàng lọc loại trừ 4 loại virus: IHHNV, LSNV, YHV, WSSV bằng kỹ thuật PCR/RT-PCR chuyên biệt. Đánh dấu cá thể tôm bằng chất màu phát xạ huỳnh quang VIE (Visible Implant Elastomer).
Tách chiết & Kiểm tra DNA Tách chiết DNA tổng số từ mô cơ tôm bằng phương pháp Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol (PCI) và Chloroform : Isoamyl alcohol (CI), xử lý RNase, hòa tan trong đệm TE; kiểm tra độ tinh sạch và nồng độ bằng điện di gel agarose 1,5% và đo quang phổ.
Kỹ thuật AFLP Cắt DNA hệ gen bằng cặp enzyme cắt hạn chế EcoRI và MseI; gắn các adaptor đặc hiệu; thực hiện phản ứng PCR tiền chọn lọc và PCR chọn lọc sử dụng các mồi đánh dấu huỳnh quang (nhóm FAM, NED, JOE như EcoRI-ACT FAM, EcoRI-ACA FAM, EcoRI-AAC NED, EcoRI-ACC NED, EcoRI-AGC NED, EcoRI-AAG JOE, EcoRI-AGG JOE, EcoRI-ACG JOE). Phân tích đoạn trên máy điện di mao quản tự động ABI3100 Genetic Analyzer và xử lý dữ liệu bằng phần mềm GeneMapper® Software Version 4.1.
Kỹ thuật GBS & Tin sinh học Xây dựng thư viện GBS bằng cách xử lý DNA với enzyme cắt hạn chế, gắn adaptor chứa mã vạch (barcode); giải trình tự song song trên hệ thống NGS; kiểm soát chất lượng dữ liệu (QC); lắp ráp de novo các contig tạo hệ gen tham chiếu tạm thời; sàng lọc biến thể SNP giữa nhóm tôm lớn nhanh và lớn chậm; chú giải chức năng gen bằng cơ sở dữ liệu NCBI đối chiếu với 22 protein liên quan tính trạng tăng trưởng ở họ giáp xác.
Kỹ thuật KASP Thiết kế các mồi đặc hiệu alen cạnh tranh cho vị trí SNP quan tâm trên gen mã hóa Myosin chuỗi nặng (Myosin Heavy Chain - MHC); thực hiện phản ứng PCR huỳnh quang KASP trên máy Real-time PCR để xác định kiểu gen đồng hợp tử và dị hợp tử trên 40 cá thể tôm sú $\text{G}_1$.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan tài liệu

Chương này tổng hợp toàn diện các dẫn liệu khoa học về đặc điểm sinh học, vòng đời, phân bố địa lý và giá trị kinh tế của tôm sú (Penaeus monodon); phân tích bức tranh toàn cảnh ngành công nghiệp nuôi tôm tại Việt Nam và trên thế giới; đối chiếu cơ chế hoạt động, ưu nhược điểm của các hệ thống chỉ thị phân tử (RAPD, RFLP, Microsatellite, SNP, AFLP); và cập nhật tiến bộ của công nghệ giải trình tự thế hệ mới GBS cùng phương pháp KASP trong phân tích hệ gen và chọn giống vật nuôi, cây trồng, thủy sản.

Chương 2: Vật liệu và phương pháp nghiên cứu

Trình bày chi tiết quy trình thu thập mẫu tôm tự nhiên tại 3 vùng biển (BTB, NTB, NB); quy trình thu nhận và kiểm dịch 4 dòng tôm bố mẹ (A, T, N, G); thiết kế sơ đồ lai tổ hợp toàn phần 16 phép lai tạo thế hệ $\text{G}_0$ và thế hệ $\text{G}_1$; quy trình chiết xuất DNA mô cơ; các chu trình nhiệt và hóa chất cho phản ứng cắt hạn chế EcoRI/MseI, phản ứng nối ligase, phản ứng PCR tiền chọn lọc và chọn lọc AFLP; quy trình chuẩn bị thư viện GBS và các thuật toán tin sinh học xử lý dữ liệu NGS; quy trình chú giải gen đối chiếu 22 loại protein tăng trưởng giáp xác; và các bước thiết kế mồi, thiết lập chu trình nhiệt cho phản ứng KASP.

Chương 3: Kết quả nghiên cứu

Chương này công bố các dữ liệu thực nghiệm đạt được của luận án:

  1. Đa hình AFLP ở các quần đàn tôm sú: Kiểm tra hoạt tính cắt DNA của cặp enzyme EcoRI và MseI cùng phản ứng tiền chọn lọc đạt độ chuẩn xác cao. Phân tích điện di mao quản trên máy ABI3100 với phần mềm GeneMapper 4.1 đã xác định được số lượng và vị trí các alen đa hình trong từng quần đàn (BTB, NTB, NB) và giữa các quần đàn với nhau, từ đó thiết lập cây phát sinh chủng loại di truyền giữa 3 quần đàn tôm sú tự nhiên Việt Nam.

  2. Sản xuất tôm sú thế hệ $\text{G}_0$ và $\text{G}_1$: Kết quả sàng lọc loại trừ sạch các mầm bệnh nguy hiểm (IHHNV, LSNV, YHV, WSSV) trên đàn tôm bố mẹ đầu vào; thực hiện thành công 16 phép lai tổ hợp toàn phần từ 4 dòng tôm (A, T, N, G), xác định tỷ lệ đóng góp vật liệu di truyền theo dòng và thiết lập các nhóm gia đình tôm $\text{G}_0$, $\text{G}_1$ phục vụ thí nghiệm chọn lọc kiểu hình tăng trưởng nhanh và chậm.

  3. Sàng lọc SNP bằng kỹ thuật GBS: Xử lý dữ liệu giải trình tự NGS, tinh sạch và kết nối các đoạn trình tự để xây dựng hệ gen tham chiếu tạm thời; đánh giá phân bố độ dài contig và chất lượng thư viện trên máy 2100 Bioanalyzer; sàng lọc tập hợp các SNP khác biệt giữa nhóm tôm sú tăng trưởng nhanh (Fast) và nhóm tăng trưởng chậm (Low).

  4. Chú giải gen chức năng và phát hiện chỉ thị SNP trên gen MHC: Đối chiếu các contig chứa SNP với cơ sở dữ liệu NCBI và 22 loại protein tăng trưởng giáp xác đã xác định được 2 chỉ thị SNP nằm trong vùng exon của gen mã hóa protein Myosin chuỗi nặng (MHC):

  • Chỉ thị thứ nhất tại contig83953 (contig83953:g.20T>C) tương đồng với gen MHCa ở tôm he Nhật Bản (Penaeus japonicus): đột biến nucleotide làm biến đổi codon AAA thành AAG, không làm thay đổi acid amin Lysine (đột biến đồng nghĩa).
  • Chỉ thị thứ hai tại contig260347 (contig260347:g.19G>A) tương đồng với gen MHC1 ở tôm sú (Penaeus monodon): đột biến nucleotide làm biến đổi codon GGA (mã hóa Glycine) thành codon GAA (mã hóa Glutamic acid) (đột biến sai nghĩa).
  1. Sàng lọc chỉ thị SNP G>A bằng phương pháp KASP: Thiết kế mồi đặc hiệu alen và kiểm tra kiểu gen của chỉ thị SNP G>A (gen MHC1) trên 40 cá thể tôm sú tăng trưởng nhanh thế hệ $\text{G}_1$. Kết quả phân tích tín hiệu huỳnh quang phân loại rõ 3 nhóm kiểu gen:
Dạng kiểu gen SNP G>A (gen MHC1) Số lượng mẫu ghi nhận Tỷ lệ (%)
Đồng hợp tử A:A 28 70,0%
Dị hợp tử G:A 10 25,0%
Đồng hợp tử G:G 2 5,0%
Tổng số cá thể $\text{G}_1$ tăng trưởng nhanh phân tích 40 100%

Chương 4: Bàn luận kết quả

Tác giả phân tích tính đại diện của 3 địa điểm thu mẫu tự nhiên; hiệu quả và độ tin cậy của phương pháp tách chiết DNA mô cơ; biện luận mức độ biến dị di truyền qua chỉ thị AFLP và mối quan hệ phát sinh chủng loại giữa các quần đàn tôm sú Việt Nam; phân tích ưu thế lai và tính đa dạng di truyền trong việc kết hợp 4 nguồn gen tôm bố mẹ (A, T, N, G) ở thế hệ $\text{G}_0, \text{G}_1$; thảo luận giá trị của kỹ thuật GBS trong việc sàng lọc SNP trên hệ gen loài chưa có genome tham chiếu hoàn chỉnh; và khẳng định tiềm năng ứng dụng của chỉ thị SNP G>A thuộc gen MHC1 thông qua phương pháp KASP trong việc nhận diện nhanh các cá thể mang kiểu hình tăng trưởng vượt trội.

Kết quả và những đóng góp mới

Luận án tự nêu hai đóng góp mới quan trọng về mặt khoa học và thực tiễn:

  1. Về mặt khoa học: Luận án là công trình đầu tiên đưa ra đánh giá hệ thống về đa dạng di truyền của ba quần đàn tôm sú tự nhiên từ các vùng biển Việt Nam (Bắc Trung Bộ, Nam Trung Bộ, Nam Bộ) bằng kỹ thuật AFLP. Đồng thời, nghiên cứu đã phát hiện và xác định được hai chỉ thị SNP nằm trong vùng exon của gen mã hóa Myosin chuỗi nặng (MHC) ở họ giáp xác (contig83953:g.20T>C trên gen MHCa và contig260347:g.19G>A trên gen MHC1). Đây là phát hiện đầu tiên về chỉ thị SNP nằm trong vùng mã hóa của gen MHC ở họ giáp xác.

  2. Về mặt thực tiễn: Xây dựng thành công bộ chỉ thị SNP ở nhóm tôm sú tăng trưởng nhanh, cung cấp dẫn liệu khoa học trực tiếp cho các chương trình chọn giống tôm sú dựa trên chỉ thị phân tử (MAS). Phát triển quy trình sàng lọc kiểu gen nhanh chóng, chính xác bằng kỹ thuật KASP đối với chỉ thị SNP G>A, phục vụ công tác giám định và chọn lọc cá thể tôm bố mẹ tăng trưởng nhanh ở thế hệ $\text{G}_1$.

Kiến nghị của luận án: Cần tiếp tục ứng dụng các chỉ thị SNP đã phát hiện vào quy mô quần thể chọn giống lớn hơn, mở rộng nghiên cứu tương quan kiểu gen - kiểu hình qua nhiều thế hệ chọn giống tiếp theo để hoàn thiện quy trình chọn giống tôm sú chất lượng cao mang thương hiệu Việt Nam.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Căn cứ theo phạm vi và nội dung trình bày trong văn bản:

  • Luận án thực hiện sàng lọc và kiểm tra chỉ thị KASP trên tập hợp 40 cá thể tôm thế hệ $\text{G}_1$ thuộc nhóm tăng trưởng nhanh; việc đánh giá trên quy mô quần thể chọn giống thương mại lớn hơn chưa được triển khai đầy đủ trong phạm vi đề tài.
  • Hệ gen tham chiếu sử dụng trong phân tích GBS là hệ gen tham chiếu tạm thời được xây dựng de novo từ các contig do hệ gen tôm sú chưa được giải mã hoàn chỉnh tại thời điểm nghiên cứu.
  • Hướng nghiên cứu tiếp theo được đề xuất là tiếp tục mở rộng phân tích các locus tính trạng định lượng (QTLs) khác liên quan đến khả năng kháng bệnh và tính chống chịu môi trường, đồng thời tích hợp các chỉ thị SNP vào chip gen phục vụ chọn giống quy mô công nghiệp.

Giá trị tham khảo

Luận án là tài liệu chuyên khảo có giá trị ứng dụng cao cho các đối tượng và lĩnh vực sau:

  • Cán bộ nghiên cứu và giảng viên chuyên ngành Di truyền học, Công nghệ sinh học và Nuôi trồng thủy sản: Tham khảo quy trình kỹ thuật chuẩn về phân tích AFLP đa mao quản trên máy ABI3100, quy trình xây dựng thư viện GBS và các bước phân tích tin sinh học đối chiếu cơ sở dữ liệu protein chức năng ở giáp xác.
  • Nghiên cứu sinh và học viên cao học: Sử dụng phương pháp thiết kế mồi và thiết lập phản ứng KASP để ứng dụng trong định kiểu gen nhanh phục vụ các đề tài chọn giống động vật thủy sản.
  • Các Viện nghiên cứu và Trung tâm giống thủy sản (như Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II, III): Sử dụng trực tiếp chỉ thị SNP G>A trên gen MHC và sơ đồ lai 4 dòng (A, T, N, G) để định hướng chọn cặp bố mẹ, nâng cao chất lượng di truyền đàn tôm gia hóa và chủ động nguồn tôm bố mẹ sạch bệnh tại Việt Nam.

Câu hỏi thường gặp

1. Bốn dòng tôm sú bố mẹ được sử dụng làm vật liệu lai tạo trong luận án có nguồn gốc từ đâu? Bốn dòng tôm bố mẹ gồm: Dòng Ấn Độ Dương (ký hiệu dòng A), Dòng Thái Bình Dương (ký hiệu dòng T), Dòng Nội địa (ký hiệu dòng N) và Dòng Gia hóa (ký hiệu dòng G), được phối hợp lai tổ hợp toàn phần 16 phép lai để tạo thế hệ $\text{G}_0$ và $\text{G}_1$.

2. Hai chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng được phát hiện nằm trên gen nào và gây ra biến đổi gì? Hai chỉ thị SNP đều nằm trong vùng exon của gen mã hóa Myosin chuỗi nặng (MHC):

  • Chỉ thị contig83953:g.20T>C trên gen MHCa làm biến đổi codon AAA thành AAG (đều mã hóa amino acid Lysine - đột biến đồng nghĩa).
  • Chỉ thị contig260347:g.19G>A trên gen MHC1 làm biến đổi codon GGA (mã hóa Glycine) thành GAA (mã hóa Glutamic acid - đột biến sai nghĩa).

3. Kết quả phân tích kiểu gen bằng kỹ thuật KASP trên 40 cá thể tôm sú tăng trưởng nhanh thế hệ $\text{G}_1$ ghi nhận tỷ lệ như thế nào? Phân tích phản ứng huỳnh quang KASP trên 40 cá thể tôm lớn nhanh thế hệ $\text{G}_1$ xác định được: 28 cá thể mang kiểu gen đồng hợp tử A:A (chiếm 70%), 10 cá thể mang kiểu gen dị hợp tử G:A (chiếm 25%) và 2 cá thể mang kiểu gen đồng hợp tử G:G (chiếm 5%).

4. Kỹ thuật AFLP trong luận án sử dụng hệ thống enzyme và các loại mồi huỳnh quang nào? Nghiên cứu sử dụng cặp enzyme cắt hạn chế EcoRI (nhận biết đoạn 6 base) và MseI (nhận biết đoạn 4 base). Các mồi khuếch đại chọn lọc được đánh dấu huỳnh quang gồm các nhóm: mồi gắn huỳnh quang FAM (EcoRI-ACT FAM, EcoRI-ACA FAM), nhóm NED (EcoRI-AAC NED, EcoRI-ACC NED, EcoRI-AGC NED) và nhóm JOE (EcoRI-AAG JOE, EcoRI-AGG JOE, EcoRI-ACG JOE), phân tích trên máy ABI3100.

Kết luận

Luận án đã đánh giá thành công mức độ đa hình hệ gen và quan hệ phát sinh loài của 3 quần đàn tôm sú tự nhiên Việt Nam bằng kỹ thuật AFLP, đồng thời thiết lập đàn vật liệu lai tạo $\text{G}_0, \text{G}_1$ từ 4 dòng tôm bố mẹ khác nhau. Thông qua công nghệ giải trình tự GBS kết hợp phân tích tin sinh học, nghiên cứu đã phát hiện 2 chỉ thị SNP nằm trong vùng exon của gen mã hóa Myosin chuỗi nặng (MHC) liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Kết quả định kiểu gen bằng phương pháp KASP trên chỉ thị SNP G>A của gen MHC1 cho thấy tỷ lệ cá thể mang alen A chiếm ưu thế vượt trội ở nhóm tôm tăng trưởng nhanh, cung cấp công cụ chỉ thị phân tử phục vụ công tác chọn giống tôm sú tại Việt Nam.