DAI IIOC QUOC GIA IIA NOI TRUONG DAI HOC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Nguyễn Dức Hiếu XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HỆ GENE TY THẺ HOÀN CHỈNH CỦA GIÓNG LỢN Í TẠI VIỆT NAM LUẬN VAN THAC Si KHOA HOC Hà Nội —2016 ĐẠI HỌC QUỐC GIÁ HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN Nguyễn Đức Hiểu XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ HE GENE TY THE HOAN CHINH CUA GIONG LON i TAI VIET NAM Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số : 60420114 LUẬN VĂN THẬC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI IIƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS. Vo Thi Bich Thay TS. Hoang Thi MF Hanh Hà Nội —2U16 Lời cảm ơn Trước liên, tôi xm dành lời cảm ơn sâu sắc tới T§. Võ Thị Bích Thủy và TS.
Hoàng Thị Mỹ Hạnh những người đã lận lình hướng dẫn tôi trong suối quả bình nghiên cứu, thực hiện luận văn thạc sĩ này. Tôi xản gửi lời câm ơn chân thành tới PGSL TẢ. Nghiêm Ngọc Minh, người đã luôn tạo diều kiện nghiên cứu tốt nhất cho tôi, cũng như luôn quan tâm, giúp dé va trao đỗi những kinh nghiệm quỷ) bản trong suốt quả trình nghiên cúu. Tôi cũng xin gửi lời cầm ơn đến PG& TS.
Nguyễn Lưi Thành, người Ä giún đỡ, dịnh hướng ban dâu cho tôi trong thời gian tôi học tập tại trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Dei hoc Quắc gia Ila Cudi cùng, tôi xin dược gửi lời cảm ơn dễn gia dinh, va bạn bè tôi vì dã luôn bên tôi trong công việc cũng như ngoài cuộc sống. Hà Nội ngày tháng năm 2017 Học viên cao học Nguyễn Đúc Hiểu MỤC LỤC DANH MUC BANG - - - iit DANH MỤC HÌNH iv DANITMUC TU VIET TAT - - - v MO BAU. Giới thiệu về giống lenl. Nguôn gốc giống vật nuôi 2 1.
Giống lợn nhà (Sus serqf8). Tâm quan trọng của các nghiên cửu vẻ lợn tại Việt Nam. Marker trong nghiên cửu da dang di truyền. Cầu trúc hệ gen ty thỂ.
Ty thể trong nghiên cửa da dạng di truyễn - 1Ô 1. Phương pháp giải trình tự Sanger. Phương pháp phân tích sự chúng loại phát sinh 17 1. Cây chúng loại phát sinh.
H H HH HH iu re 17 1. Phương pháp Bayesian 19 CHƯƠNG2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHAP - - 21 2. Vật liệu và trang thiết bị.
Phương pháp. HE HH HH geeeeoei 21 2. Tách chiết mẫu DNA tổng số (với nguân mẫu là máu). Thiết kế mỖi,.
Khuch đại trình tự hệ gen tụ thế bằng kỹ thuật PCR. Giải trình tự trên máy ABT 3500 - - 24 2. Xú: H kết quả giải trÌHh ẨM cai. Phân tích trình tự.
Phan tich sw ching loai phat sinh 26 CHƯƠNG 3. KET QUA VA TITAO LUAN. Thu thập và giải trình tư hệ gen ty thế lợn Ï - 37 3. Tách chiết NA tổng sẽ.
Khuắch đại hệ gen tụ thể. Tình sạch sản phân PCR. Kiểm tra kết quả giải trình tự. Phân tích hệ gen ty thể len Ï.
ào cv 2n 2tr —- 3. Dự đoản gen y thể 133 3. Kết quả sắp xắp trình tự. Cây chúng loại phải sinh sữ dụng trình tự hoàn chỉnh.4, Cây chúng loại phát sinh sử đụng trình tự D laop - - 4ï 3.
Sự chững loại phái sinh & Sus scrofa 49 KET LUẬN VÀ KIÊN NGHỊ. “ TAI LIEU THAM KHẢO. - 34 PHUTUC - - - 65 DANH MUC BANG Bang 1. Khối lượng lợn Ï và Ï pha qua các mắc tuỗi (kg) - - 4 Bảng 1.
Khôi lượng lợn Ï pha và Ï mỡ: 5 Bảng 2. Trình tự mỗi PCR - - - 22 Bảng 2. Thành phần phản ứng PCR - - 24 Bảng 2. Thành phần phản ứng giải Đình tự.
Cầu trúc của ha gen ty thé lonI Bảng 3. Khu vực địa lý và các thông xÕ thành phân trình tự của cáo giống lợn .38 DANH MUC HiNH Hình lI Cấu trúc của ba logi đường năm carbon ribose, deoxyribose va dideoxyribose 13 1iình 1. Sơ dé phan ứng giải trình tự Sanger. Ở đây, các mỗi giải trình tự được gắn phẳng xạ và các phân ứng lạo ra các đoạn trinh be bd sung voi Khun DNA 14 Tình 1.
Câu trúc và phố phát xạ huỳnh quang của bến loại dve succinylfluorescein được phát triển bởi DuPont „„l§ Hình 1. Sơ đỗ biểu diễn của một hệ thông giải rink be DNA mao quân. Hình ảnh các cả thể lợnÌ. DÌNA tổng số được lách từ mẫu máu lạnÏ 28 Hinh 3.
Sén phẩm PCR khuếch dại các môi 1-30 với nhiệt độ gắn môi 54. Sén phâm PCR khéch dai tai nhigt độ sẵn môi 53°C và 512C. Kết quả tỉnh sạch sản phim PCR hé gen ty thé - - 31 Hình 3. Vi dụ cho phân kết quả giải trình tự đủ độ tin cập và được lựa chọn 32 Tình 3.
Cầu trúc dạng vòng của hệ gen ty thế lọn Í được xâu dựng bởi phần mềm GenomeUX - 33 Tình 3. Cầu trúc bậc hai của 22 loại NA dược mỡ hóa trên hệ sen ty thể lợnÏ .4 phần trình tự D loap cũa lợnÍ và các giống lợn đã được công bá sau khi tiễn hành sắp xếp. Một phần trình tự hoàn chỉnh của lợn Ï và các giống lợn đã được công bố sau khi nến hành sắp xốn - - - 44 Hình 3. Câp chứng loại phát sinh sử dụng trình tự hoàn chính dược phân tích theo phương pháp Bayesian.
Cây chững loại phát sinh sử dụng trình tự D loop được phân tích theo “7,7. DANH MUC TU VIET TAT DNA Deoxyribonucleic avid RNA Ribonueleic acid tRNA TRNA vận chuyển. rRNA RNA ribosome Đi Phenol: Chloroform:lscamyl Alcohol RFLP. Restriction fragment length polymorphism WB Giống lợn hoang Base pair SNP Da hinh nucleotide don (single nucleotide polymorphism) MO DAU T.ợn Ï đã từng là một giống lợn được nuôi rất phổ biển tại các tỉnh Bắc Bộ của Việt Nam.
Giống lợn này mang nhiều đặc điểm đi truyền quý như mắn dé, kha ning chống chịu bệnh tối, chất hượng thủ! thơm ngơn. Tuy nhiên do kích thước nhồ, tốc độ sinh trưởng cham, không kinh tế, vì vây số lượng lợn Ï dược nuôi dang ngày một giảm. di va giéng này có nguy cơ sẽ biến mất. Là một trong những nghiên cứu đầu tiên về di truyền phân tủ đối với giống lợn Ï, trong nghiên cứu mày chúng tôi lựa chọn phương pháp giải trình tự toàn bộ hệ gen ty thể làm công cụ nghiên cứu nguồn góc dị truyền của lợn Ï.
Hệ gen ty thể rất đễ khuếch đại, kích thước nhỏ, bên cạnh đó chúng còn được coi la dau hiệu phân tử (marker) trong lĩnh vực da dạng sinh học. Những kết quả trong nghiên cứu nảy sẽ trở thánh cơ sở phân phục vụ cho các hoạt động báo tổn nguồn gen cứng như các nghiên cứu sâu hơn về di truyền phân tử trên đối tượng lợnÏ. Mục tiêu và phương pháp này đã được chúng lôi thực hiện trong dé lai “Xác định và phân dích bình tự hệ gen ty thé hoan chỉnh của giêng lan I tai Vit Nam” Ladin vin thac st CHUONG 1. thiệu về giống lợnÍ 1.
Nguôn gắc giống tật nuôi Quả trùnh thuận hỏa vật nuôi được điển ra khoảng 8,000 - 10,000 năm trước tại Tây Nam Á, Đông Á và Châu Mỹ, [16]. Điều này không hoàn toàn là ngẫu nhiên bởi tại thời diễm đó, sau khi Kỹ băng hà (12,200-11,100 năm trước) két thúc, khi hậu bắt đầu trở nên 4m hơn vả theo mùa hơn. Một số quản thể người bắt đầu phát triển nhanh. chóng và trở thành cáo trung lâm dân cư, hình thành riến e: s khu vue quan trong, Qua trình dịnh cư nảy thường điển ra tại các khu vực dất dai màu mỡ tự nhiên, thích hợp cho nông nghiệp, hoặc tại các vị trí nằm giữa các vùng đất rộng lớn, đóng vai trỏ liên kết các vùng đất này lại với nhau, và là diễm đừng chân của những người di cw.
Su tăng lên của cá dân số bản địa và di cư đã khiến nhu cầu cưng cấp thực phẩm tăng lên, kích thích kinh tế nông nghiệp và các quá trình thuần hóa các giảng nồng nghiệp [43, 72, 82| Ba khu vực Tay Nam A (Ving Trăng lưỡi liém mau mỡ và rìa phía đồng của nó, tuưởng vẻ phía lưu vực Ấn Độ) [77], Đông Á (Thmg Quốc vá các nước phía nam Trung, Quốc) và khu vực đây Andean cia Nam My |16] duge coi là các khư vực chính diễn ra quá trinh thuần hóa giống vật nuôi. Gia súc, cừu, đê, lợn và trâu được thuần hỏa tại hai khu vực châu Á, trong khi lạc đà không bướu và lạc đả Alpaca dược thuần hóa ở Nam. Ngụa là ngoại lệ, chủng được thuần hóa tại các khu vực độc lập phía bắc, ngoài ra ngựa dường như là loài gia súc lớn được thuận hóa gản đây nhất (khoảng 6000 năm. trước) [39, 93] LL2 Giéng lon nka (Sus scrofa) Giéng len nhà hiện nay (Sus scrofa) bat nguén tit hai nhém Jon rimg hoang dai.
Đó là lợn rùng Châu Âu (Sus serofaferus) va lon rang Chau A (Sus orientalis, Sus cvistatus sus vittatus) duoc con người thuần hoá trong thời gian đài mà thánh. Căn cử vào hình dàng của tại, người ta chúa cả Hai nhóm lon nguyén thay Châu Âu va Chiu A Nguyễn Đức Hiểu 2 K23 Sink học thực nghiệm Ladin vin thac st thành hai loại: Lợn tai đài và lợn tại ngắn. Giỏng lợn lai cổ đại là do giống lợn nguyên. thuỷ Châu Au va nguyén thuy Chau A tap giao ma thành.
Giống lợn nảy được môi chủ yêu tại các nước dọc theo Địa Trứng Hải. Trong đó lấy giống lợn lông xoăn Romtan và lợn ở bán đáo Balkan lai với lợn Trang Quốc là giảng thánh thục sớm, phim chất thịt xrươn, mềnu, ở đời sau cho tự giao và hình thành giống lơn lai cổ đại. Các giống lợn rửa nuôi hiện nay là do các giống lợn Có đại trước kia thông qua các phương pháp tạp giao cái lương khác nhau mà dẫn hình thành nên [ S]. Dae diễm của giống lợn Ï.
Nguồn gốc xuất xứ Tợn Ï có nguồn gắc từ giổng lợn Í mỡ ở miền Bắc Nam Dịnh. Qua một thời gian dai, gidng lon Í mỡ đã tạp giao với các nhóm giống kem khác trở thành giống lợn Ï ngày nay với hai loại hình chỉnh là Ï mỡ vàÏ pha. Phân bố Trước những năm 70 lợnÏ được nuôi hầu như ở khắp các tỉnh đồng bằng Bắc bộ rửnr Nam Định, Hà Nam, Hả Tây, Hưng Yên, Hà Nội, Vĩnh Phúc, Hải Dương, Thái Đình, Quảng Ninh, Ninh Bình, Thanh Hoá, Hải Phòng, Vị trí phố biến của nó dan dan phải nhường cho lợn Móng, Cái có sức sinh sản tốt hơn, và từ cuỗi những năm 70 lợnÍ thu hợp dân lại số lượng như ngày nay, chỉ còn sót lại ở một số xã của tĩnh Thanh Hoá b. Đặc diễm sinh học.
Đặc điểm ngoại hình: LợnÏ có nhiều loại hình trong đỏ phd bién là Ï mỡ và Ï pha.