Bối cảnh và vấn đề nghiên cứu

Cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) là đối tượng nuôi thủy sản nước ngọt chủ lực tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) với khoảng 600.000 hecta diện tích mặt nước. Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP), kim ngạch xuất khẩu cá tra đã đạt mốc 2,4 tỷ USD, xuất khẩu sang hơn 140 thị trường như Mỹ, EU, Trung Quốc. Tuy nhiên, sự gia tăng mật độ nuôi thâm canh đã dẫn đến tình trạng dịch bệnh bùng phát phức tạp. Trong đó, bệnh xuất huyết (còn gọi là bệnh đốm đỏ, bệnh nhiễm trùng máu) do các nhóm vi khuẩn như Aeromonas, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Streptococcaceae, Staphylococcaceae và một số chủng mới phát sinh gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng.

Thực trạng kiểm soát dịch bệnh hiện nay phụ thuộc chủ yếu vào thuốc kháng sinh (như cefotaxim, doxycyclin). Việc lạm dụng kháng sinh dẫn đến hiện tượng tồn dư hóa chất trong thực phẩm và gia tăng tính kháng thuốc (tính kháng florfenicol của A. hydrophila đã vượt 50%; chloramphenicol dù bị cấm theo Thông tư 03/2012/TT-BNNPTNT nhưng vẫn ghi nhận vi khuẩn đề kháng). Do đó, giải pháp sử dụng vi sinh vật có lợi (probiotic) như các chủng thuộc chi Bacillus để đối kháng vi khuẩn gây bệnh, tăng cường miễn dịch tự nhiên cho cá tra đang là hướng đi cấp thiết.

Khóa luận xác định các mục tiêu và nhiệm vụ cụ thể:

  • Mục tiêu nghiên cứu: Tuyển chọn được chủng vi sinh vật có khả năng ức chế cao nhất đối với vi khuẩn gây bệnh xuất huyết trên cá tra nhằm định hướng sản xuất chế phẩm sinh học.
  • Nội dung/nhiệm vụ nghiên cứu:
    1. Xác định tác nhân vi khuẩn gây bệnh xuất huyết trên cá tra từ 3 chủng vi khuẩn gây bệnh cá (ký hiệu T1, T2, T3) nhận từ Phòng Công nghệ Biến đổi Sinh học thông qua khảo sát đặc tính sinh hóa và thực nghiệm cảm nhiễm.
    2. Phân lập các chủng vi khuẩn có lợi từ mẫu bùn ao và ruột cá tra khỏe mạnh.
    3. Đánh giá khả năng ức chế của các chủng vi khuẩn có lợi phân lập được đối với vi khuẩn gây bệnh xuất huyết bằng phương pháp vạch thẳng vuông góc và khuếch tán giếng thạch.
    4. Định danh chủng vi khuẩn gây bệnh và các chủng vi khuẩn có lợi được tuyển chọn bằng công nghệ khối phổ protein MALDI-TOF.

Đối tượng và phạm vi nghiên cứu:

  • Đối tượng nghiên cứu: Cá tra giống khỏe mạnh (khối lượng 12–20 g/con); 3 chủng vi khuẩn gây bệnh cá (T1, T2, T3); các chủng vi sinh vật phân lập từ bùn và ruột cá tra.
  • Phạm vi không gian: Thu mẫu tại các ao nuôi cá tra thuộc xã Tân Thuận Đông (huyện Cao Lãnh, tỉnh Đồng Tháp) và Cồn Lát thuộc xã Tân Thiềng (huyện Chợ Lách, tỉnh Bến Tre). Thí nghiệm thực hiện tại Phòng Công nghệ Biến đổi Sinh học – Viện Sinh học Nhiệt đới (TP. Thủ Đức, TP. Hồ Chí Minh).
  • Phạm vi thời gian: Đề tài được triển khai từ tháng 12/2022 đến tháng 06/2023.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp

Khung lý thuyết và tài liệu tham khảo

Đề tài dựa trên các cơ sở khoa học về bệnh học thủy sản và ứng dụng probiotic:

  • Cơ chế gây bệnh xuất huyết và phân loại các tác nhân truyền nhiễm trên cá da trơn (theo Bùi Quang Tê, 2006; Austin, 1993; Keddie et al.; Wanying Zhai et al., 2021).
  • Ứng dụng các dòng vi khuẩn sinh bào tử chi Bacillus (B. subtilis, B. amyloliquefaciens, B. velezensis) và prebiotic (inulin, fructooligosaccharides - FOS) trong kiểm soát mầm bệnh và kích thích miễn dịch tự nhiên trên cá tra (Lê Lưu Phương Hạnh et al., 2019; Võ Minh Sơn et al., 2013; Aly et al., 2008).
  • Cơ chế ion hóa giải hấp bằng laser và phân tích thời gian bay MALDI-TOF MS trong định danh vi sinh vật (Piseth Seng et al., 2010).

Phương pháp nghiên cứu thực nghiệm

  • Môi trường nuôi cấy: Môi trường Nutrient Agar (NA) gồm 5g Peptone, 3g Yeast extract, 1g NaCl, 18g Agar trong 1000 mL nước cất; Môi trường Luria-Bertani (LB) gồm 10g Peptone, 5g Yeast extract, 10g NaCl, 18g Agar trong 1000 mL nước cất; Dung dịch nước muối sinh lý NaCl 0,9%. Tất cả môi trường được khử trùng ở 121°C, áp suất 1 atm trong 20 phút.
  • Phân lập vi khuẩn: Mẫu bùn (10g) được lắc đồng nhất với 90 mL nước muối sinh lý vô trùng; ruột cá tra khỏe được khử trùng bề mặt bằng ethanol 70%, nghiền nát và pha loãng theo các nồng độ thập phân. Dịch mẫu (100 µL) được cấy trải trên đĩa thạch LB, ủ ở 37°C trong 24–48 giờ và làm thuần 2–3 lần.
  • Khảo sát đặc tính sinh lý, sinh hóa: Nhuộm Gram (sử dụng Crystal violet, Lugol, cồn 96%, Safranin); kiểm tra khả năng di động trên thạch bán lỏng LB 0,5% agar; thử nghiệm sử dụng citrate trên thạch Simmons Citrate; thử nghiệm Triple Sugar Iron (TSI) xác định lên men glucose/lactose, sinh hơi và tạo H2S; thử nghiệm catalase (sử dụng H2O2) và oxidase (sử dụng thuốc thử tetramethyl-p-phenylenediamine).
  • Phương pháp gây cảm nhiễm in vivo: Sử dụng cá tra giống (15–20 g/con) nuôi thuần dưỡng 1 tuần. Thí nghiệm gồm 4 nghiệm thức: NT1 (chủng T1), NT2 (chủng T2), NT3 (chủng T3) với mật độ vi khuẩn cảm nhiễm 10^8 CFU/mL qua phương pháp ngâm trong 3 giờ (có sục khí), và nghiệm thức đối chứng (ĐC) ngâm trong nước muối sinh lý. Mỗi nghiệm thức lặp lại 3 lần (10 con/bể), theo dõi liên tục 14 ngày, ghi nhận tỷ lệ chết, quan sát triệu chứng giải phẫu và tiến hành tái phân lập mầm bệnh từ nội tạng (gan, thận, tỳ tạng).
  • Phương pháp khảo sát đối kháng in vitro:
    • Phương pháp vạch thẳng vuông góc (theo Sertaç et al., 2014): Đánh giá định tính sơ bộ khả năng ức chế giữa vi khuẩn có lợi và vi khuẩn gây bệnh trên đĩa thạch NA.
    • Phương pháp khuếch tán giếng thạch (theo Samthi & Reetha, 2012): Cấy trải 100 µL huyền phù vi khuẩn gây bệnh lên đĩa NA, đục lỗ thạch đường kính d = 7 mm, tra 50 µL dịch nuôi cấy vi khuẩn có lợi (đối chứng âm dùng 50 µL nước cất vô trùng), ủ 37°C trong 24 giờ. Đường kính vòng kháng khuẩn (DKVKK) được tính theo công thức: Kích thước vòng kháng = D - d (mm). Tiêu chuẩn đánh giá: không kháng (= 0 mm), kháng yếu (< 5 mm), kháng trung bình (5–10 mm), kháng mạnh (> 10 mm).
  • Định danh bằng MALDI-TOF MS: Xử lý tế bào vi khuẩn thuần bằng 1 µL acid formic để phá vỡ thành tế bào, phủ 1 µL chất nền HCCA Matrix (axit α-cyano-4-hydroxycinnamic), phân tích trên máy Microflex LT/SH (Bruker, Đức), so sánh phổ protein qua phần mềm MBT RTC 3 với cơ sở dữ liệu MBT database version MSP 5627.
  • Xử lý số liệu: Số liệu thí nghiệm được xử lý bằng Microsoft Excel 365 và phần mềm Minitab 16; phân tích phương sai ANOVA và kiểm định sai khác trung bình Tukey ở mức ý nghĩa p < 0,05.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1. Đặt vấn đề

Chương này tổng kết vai trò kinh tế chiến lược của ngành cá tra tại ĐBSCL, đồng thời chỉ rõ những rủi ro từ dịch bệnh xuất huyết do vi khuẩn trong điều kiện nuôi thâm canh. Tác giả phân tích tác hại của việc lạm dụng kháng sinh dẫn đến hiện tượng đề kháng thuốc ở vi khuẩn thủy sản, từ đó xác lập tính cấp thiết của việc tìm kiếm các chủng vi khuẩn đối kháng bản địa từ bùn và ruột cá khỏe nhằm phát triển chế phẩm sinh học xử lý bệnh.

Chương 2. Tổng quan tài liệu

Nội dung chương 2 tập trung phân tích tổng quan các công trình nghiên cứu liên quan:

  • Thực trạng phát triển, đặc điểm sinh học, dinh dưỡng và sinh sản của cá tra (Pangasianodon hypophthalmus).
  • Tổng quan bệnh xuất huyết/nhiễm trùng máu trên cá: phân loại học, hình thái, đặc tính sinh hóa và triệu chứng bệnh lý do các nhóm vi khuẩn Aeromonas hydrophila, Pseudomonas spp., Vibrio spp., Streptococcus spp., Edwardsiella ictaluri và Kurthia gibsonii.
  • Đánh giá ưu nhược điểm của các biện pháp kiểm soát bệnh hiện hành: sử dụng kháng sinh (các nhóm cephalosporin, tetracycline, fenicol); giải pháp vaccine (vaccine bất hoạt nhiệt/formol, vaccine nhược độc); ứng dụng prebiotic (FOS, inulin) và chế phẩm sinh học probiotic (Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens); các quy chuẩn thâm canh an toàn sinh học.

Chương 3. Vật liệu và phương pháp

Trình bày chi tiết đối tượng cá thí nghiệm, nguồn gốc mẫu thu thập tại Đồng Tháp và Bến Tre; quy cách hóa chất, môi trường nuôi cấy (NA, LB), thiết bị thí nghiệm; các quy trình kỹ thuật nhuộm Gram, thử nghiệm sinh hóa định loại vi khuẩn; mô hình bố trí thí nghiệm cảm nhiễm in vivo trên cá tra; quy trình thử nghiệm đối kháng in vitro (vạch vuông góc, đục lỗ khuếch tán thạch); quy trình chuẩn bị mẫu và thông số vận hành thiết bị MALDI-TOF MS tại Viện Sinh học Nhiệt đới.

Chương 4. Kết quả và thảo luận

Chương 4 cung cấp toàn bộ các kết quả thực nghiệm chi tiết:

  • Xác định tác nhân gây bệnh xuất huyết:
    • Trong 3 chủng khảo sát, chủng T1 là trực khuẩn Gram (+), kích thước 0,8–1,2 µm, khuẩn lạc màu vàng hình thoi có rễ/roi tỏa xung quanh; phản ứng catalase (+), di động (+), oxidase (-), citrate (-), TSI (-) không sinh hơi và không tạo H2S.
    • Chủng T2 là trực khuẩn Gram (-), kích thước 0,5–1,5 µm; catalase (+), di động (+), citrate (+), lên men glucose/lactose và sinh hơi trên TSI. Chủng T3 là cầu khuẩn Gram (-) mọc thành chùm, kích thước 0,3–1,0 µm, âm tính với tất cả chỉ tiêu sinh hóa.
Chỉ tiêu sinh hóa Chủng T1 Chủng T2 Chủng T3 Chủng T1 tái phân lập
Phản ứng Gram Gram (+) Gram (-) Gram (-) Gram (+)
Khả năng di động + + - +
Thử nghiệm Citrate - + - -
Lên men Glucose - + - -
Lên men Lactose - + - -
Sinh khí H2S - - - -
Khả năng sinh hơi - + - -
Thử nghiệm Catalase + + - +
Thử nghiệm Oxidase - - - -
  • Kết quả cảm nhiễm và tái phân lập:

    • Sau 14 ngày cảm nhiễm với liều 10^8 CFU/mL: Chủng T1 làm cá chết tích lũy 96,7%; chủng T2 làm cá chết 100%; chủng T3 làm cá chết 83,3%; nghiệm thức đối chứng âm chỉ chết 6,7% (do sốc môi trường/đào thải tự nhiên).
    • Cá chết tập trung vào ngày thứ 2 đến ngày thứ 4. Duy nhất nghiệm thức NT1 (chủng T1) xuất hiện triệu chứng lâm sàng và bệnh tích xuất huyết đặc trưng: cá bơi lờ đờ, mất nhớt, khô ráp, xuất huyết đỏ ở gốc vây, quanh miệng, râu bạc trắng, mắt lồi đục, bụng chướng to; giải phẫu thấy gan thận xuất huyết nặng, ứ dịch nhờn hôi thối, ruột viêm chứa đầy hơi.
    • Vi khuẩn tái phân lập từ gan, thận cá bệnh ở lô NT1 có đặc điểm khuẩn lạc, hình thái tế bào và phản ứng sinh hóa trùng khớp hoàn toàn với chủng T1 ban đầu. Khẳng định T1 là tác nhân gây bệnh xuất huyết được chọn để thử nghiệm đối kháng.
  • Kết quả phân lập vi khuẩn có lợi:

    • Phân lập được 14 chủng vi khuẩn từ mẫu bùn và ruột cá khỏe mạnh: 7 chủng từ Bến Tre (bùn: CL2.1, CL2.2, CL2.3; ruột cá: A2A, A2B, A2C, A2D) và 7 chủng từ Đồng Tháp (bùn: TTD2.1, TTD2.2, TTD2.3, TTD2.4; ruột cá: B2A, B2B, B2C, B2D).
    • Hình thái: 11/14 chủng có màu trắng đục, khuẩn lạc tròn hoặc dạng hoa, bề mặt nhám và nhăn; 5 chủng nhăn tạo tâm ở giữa; 2 chủng tròn nhám không nhăn; 1 chủng trắng sữa trơn bóng.
  • Kết quả thử nghiệm đối kháng vi khuẩn gây bệnh:

    • Phương pháp vạch thẳng vuông góc: Xác định được 8/14 chủng có khả năng ức chế chủng T1 gồm: CL2.1, CL2.2, CL2.3, A2A, A2B, A2C, TTD2.3 và TTD2.4.
    • Phương pháp khuếch tán giếng thạch: Đường kính vòng kháng khuẩn của 8 chủng dao động từ 1,75 mm đến 10,88 mm. Tuyển chọn được 2 chủng có hoạt tính kháng mạnh nhất vượt trội: chủng CL2.1 (DKVKK = 10,88 mm) và chủng A2A (DKVKK = 10,50 mm), sai khác có ý nghĩa thống kê (p < 0,05) so với các chủng còn lại.
STT Ký hiệu mẫu Nguồn gốc phân lập Đường kính vòng kháng khuẩn (mm)
1 CL2.1 Mẫu bùn ao (Bến Tre) 10,88 ± 0,38 (kháng mạnh)
2 A2A Mẫu ruột cá tra khỏe (Bến Tre) 10,50 ± 0,50 (kháng mạnh)
3 CL2.2 Mẫu bùn ao (Bến Tre) 4,25 ± 0,35 (kháng yếu)
4 A2B Mẫu ruột cá tra khỏe (Bến Tre) 3,88 ± 0,25 (kháng yếu)
5 TTD2.4 Mẫu bùn ao (Đồng Tháp) 3,50 ± 0,50 (kháng yếu)
6 A2C Mẫu ruột cá tra khỏe (Bến Tre) 2,75 ± 0,25 (kháng yếu)
7 TTD2.3 Mẫu bùn ao (Đồng Tháp) 2,25 ± 0,25 (kháng yếu)
8 CL2.3 Mẫu bùn ao (Bến Tre) 1,75 ± 0,25 (kháng yếu)
  • Kết quả định danh bằng MALDI-TOF MS:
    • Chủng gây bệnh T1 có khối phổ protein tương đồng với loài Kurthia gibsonii ở mức 56% (mã định danh NCBI: 33964).
    • Chủng vi khuẩn có lợi CL2.1 tương đồng với loài Bacillus subtilis ở mức 56% (mã định danh NCBI: 1423).
    • Chủng vi khuẩn có lợi A2A tương đồng với loài Bacillus velezensis ở mức 59% (mã định danh NCBI: 297145).
    • Thảo luận nguyên nhân độ tin cậy chưa cao (điểm tương đồng 56–59%): Do hạn sử dụng hóa chất HCCA Matrix bị quá hạn 7 ngày làm giảm hiệu quả bảo vệ protein dưới chùm tia laser, cùng với kỹ thuật phết khuẩn lạc có thể đã vô tình lấy dính phần thạch môi trường chứa protein tạp.

Chương 5. Kết luận và đề nghị

Đưa ra kết luận khẳng định đã phân lập được 14 chủng vi khuẩn có lợi, tuyển chọn được 2 chủng CL2.1 và A2A có khả năng ức chế mạnh nhất vi khuẩn gây bệnh xuất huyết T1 (Kurthia gibsonii); đồng thời đề xuất định danh chính xác bằng giải trình tự gen 16S rRNA và thử nghiệm pilot trên cá tra.


Kết quả và đóng góp

Các kết quả định lượng cốt lõi

  1. Xác định mầm bệnh xuất huyết: Khẳng định chủng T1 (trực khuẩn Gram dương, catalase dương tính, di động) là tác nhân gây bệnh xuất huyết điển hình với tỷ lệ gây chết đạt 96,7% trên cá tra giống sau 11–14 ngày cảm nhiễm ngâm.
  2. Phân lập và sàng lọc chủng vi khuẩn có lợi: Phân lập thành công 14 chủng vi khuẩn từ mẫu bùn và ruột cá tra tại Đồng Tháp và Bến Tre. Sàng lọc sơ bộ thu được 8 chủng có hoạt tính đối kháng in vitro.
  3. Tuyển chọn chủng đối kháng mạnh nhất: Phương pháp khuếch tán giếng thạch đã xác định 2 chủng có vòng vô khuẩn > 10 mm (mức kháng mạnh) gồm:
    • Chủng CL2.1 (phân lập từ bùn Cồn Lát, Bến Tre): DKVKK đạt 10,88 mm.
    • Chủng A2A (phân lập từ ruột cá tra Cồn Lát, Bến Tre): DKVKK đạt 10,50 mm.
  4. Định danh sơ bộ bằng MALDI-TOF MS: Xác định chủng T1 tương đồng với Kurthia gibsonii (56%), chủng CL2.1 tương đồng với Bacillus subtilis (56%), và chủng A2A tương đồng với Bacillus velezensis (59%).

Đóng góp khoa học và thực tiễn

  • Phát hiện tác nhân gây bệnh mới: Ghi nhận chủng vi khuẩn Gram dương Kurthia gibsonii có khả năng gây bệnh xuất huyết nặng trên cá tra nuôi tại ĐBSCL, mở rộng hiểu biết dịch tễ học ngoài các tác nhân truyền thống như Aeromonas hydrophila hay Edwardsiella ictaluri.
  • Tạo nguồn chủng giống probiotic bản địa: Cung cấp 2 chủng vi khuẩn tiềm năng (Bacillus subtilis CL2.1 và Bacillus velezensis A2A) phân lập trực tiếp từ hệ sinh thái ao nuôi cá tra bản địa, có hoạt tính ức chế mạnh vi khuẩn gây bệnh xuất huyết.
  • Cơ sở phát triển chế phẩm sinh học: Tạo tiền đề khoa học cho việc sản xuất chế phẩm sinh học thay thế kháng sinh trong nuôi trồng cá tra bền vững.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

Hạn chế của nghiên cứu

  • Kết quả định danh bằng công nghệ khối phổ protein MALDI-TOF MS đối với các chủng T1, CL2.1 và A2A chỉ đạt mức độ tương đồng 56%–59%, chưa đạt độ tin cậy tuyệt đối để định loại chính xác tới cấp độ loài do ảnh hưởng của chất nền Matrix và thao tác kỹ thuật phết mẫu.
  • Nghiên cứu mới dừng lại ở bước đánh giá hoạt tính đối kháng in vitro trên đĩa thạch, chưa thực hiện khảo sát an toàn sinh học và thử nghiệm hiệu quả bảo hộ in vivo trên cá sống ở quy mô lớn.

Hướng nghiên cứu tiếp theo

  • Sử dụng phương pháp sinh học phân tử: khuếch đại (PCR) và giải trình tự vùng gen 16S rRNA để định danh chính xác tuyệt đối các chủng T1, CL2.1 và A2A.
  • Đánh giá mức độ an toàn sinh học của 2 chủng vi khuẩn tuyển chọn (Bacillus subtilis CL2.1 và Bacillus velezensis A2A) đối với cá tra và môi trường nuôi.
  • Triển khai thử nghiệm đánh giá hiệu quả phòng trị bệnh xuất huyết của 2 chủng vi khuẩn tuyển chọn trên cá tra ở quy mô phòng thí nghiệm (bể nuôi) và quy mô pilot ngoài ao thực địa.

Giá trị tham khảo

Tài liệu khóa luận có giá trị tham khảo chuyên môn cho:

  • Sinh viên, học viên ngành Công nghệ Sinh học, Nuôi trồng Thủy sản, Bệnh học Thủy sản và Vi sinh học ứng dụng: Cung cấp tài liệu tham khảo chi tiết về quy trình phân lập vi khuẩn đường ruột/bùn đáy, các bước kiểm tra đặc tính sinh hóa, quy trình cảm nhiễm nhân tạo in vivo trên cá tra giống và kỹ thuật đục lỗ thạch đánh giá hoạt tính kháng khuẩn.
  • Các nhóm nghiên cứu về chế phẩm sinh học (Probiotic): Tham khảo số liệu đối kháng, các dòng Bacillus bản địa có hoạt lực ức chế mầm bệnh thủy sản, cũng như phương pháp tiếp cận định danh nhanh bằng khối phổ MALDI-TOF MS và các lưu ý kỹ thuật liên quan đến chất nền phân tích.

Câu hỏi thường gặp

1. Tác nhân gây bệnh xuất huyết được xác định trong khóa luận là chủng nào và có những đặc điểm sinh hóa gì nổi bật?
Tác nhân được xác định là chủng T1, qua phân tích MALDI-TOF có khối phổ tương đồng với vi khuẩn Kurthia gibsonii (56%). Chủng T1 là trực khuẩn Gram dương, kích thước 0,8–1,2 µm, khuẩn lạc màu vàng hình thoi có rễ/roi bao quanh; di động mạnh (+), catalase (+); âm tính với oxidase, citrate, TSI không sinh hơi, không tạo H2S và không lên men glucose/lactose.

2. Thí nghiệm cảm nhiễm in vivo cho thấy tỷ lệ chết và bệnh tích trên cá tra do chủng T1 gây ra như thế nào?
Khi ngâm cá tra giống trong dịch vi khuẩn mật độ 10^8 CFU/mL trong 3 giờ, chủng T1 làm cá chết tích lũy 96,7% (tập trung từ ngày thứ 2 đến ngày thứ 4). Cá nhiễm bệnh biểu hiện xuất huyết rõ rệt ở thân, gốc vây, miệng, râu bạc trắng, mắt lồi, trướng bụng; giải phẫu ghi nhận gan và thận xuất huyết nặng, có dịch nhờn mùi hôi thối, ruột viêm chứa đầy hơi.

3. Hai chủng vi khuẩn có lợi nào có hoạt tính ức chế tốt nhất và đường kính vòng kháng khuẩn đạt bao nhiêu?
Hai chủng vi khuẩn có lợi ức chế mạnh nhất là chủng CL2.1 (phân lập từ bùn ao Cồn Lát, Bến Tre) với DKVKK trung bình đạt 10,88 mm và chủng A2A (phân lập từ ruột cá tra Cồn Lát, Bến Tre) với DKVKK trung bình đạt 10,50 mm trong 24 giờ. Cả hai chủng đều đạt mức ức chế mạnh (> 10 mm).

4. Vì sao kết quả định danh bằng MALDI-TOF trong khóa luận chưa đạt độ tin cậy tuyệt đối và tác giả đề xuất giải pháp gì?
Độ tương đồng chỉ đạt 56%–59% (T1: 56%, CL2.1: 56%, A2A: 59%). Nguyên nhân do hóa chất HCCA Matrix bị quá hạn sử dụng 7 ngày làm giảm khả năng bảo vệ protein vi khuẩn khi bị tia laser bắn phá, kết hợp thao tác phết mẫu có thể dính protein từ thạch môi trường. Tác giả đề xuất bắt buộc phải sử dụng phương pháp giải trình tự gen 16S rRNA để định danh chính xác.


Kết luận

Khóa luận tốt nghiệp của tác giả Nguyễn Thị Thu Diễm đã phân lập thành công 14 chủng vi khuẩn từ bùn đáy và ruột cá tra khỏe mạnh tại Đồng Tháp và Bến Tre, đồng thời xác định chủng gây bệnh xuất huyết T1 (Kurthia gibsonii) với tỷ lệ gây chết 96,7% trên thực nghiệm cảm nhiễm. Nghiên cứu đã sàng lọc và tuyển chọn được 2 chủng vi khuẩn có lợi bản địa là CL2.1 (Bacillus subtilis) và A2A (Bacillus velezensis) có hoạt tính đối kháng mạnh nhất với đường kính vòng kháng khuẩn lần lượt là 10,88 mm và 10,50 mm. Đây là nguồn vật liệu sinh học giá trị mở ra tiềm năng sản xuất chế phẩm probiotic phòng ngừa bệnh xuất huyết, hướng tới giảm thiểu việc sử dụng kháng sinh trong ngành nuôi cá tra xuất khẩu.