Tổng quan luận án

Nhu cầu nâng cao chất lượng nông sản và bảo vệ môi trường sinh thái đặt ra yêu cầu cấp thiết về việc giảm thiểu sử dụng các loại thuốc bảo vệ thực vật hóa học độc hại. Theo các số liệu được tác giả tổng hợp, côn trùng và nấm bệnh gây thiệt hại khoảng 1/3 tổng sản lượng lương thực toàn cầu hàng năm; riêng Viện Lúa quốc tế (IRRI) ước tính sâu bệnh làm thất thoát 37% sản lượng lúa thu hoạch. Mặc dù thuốc bảo vệ thực vật hóa học đóng góp lớn vào việc duy trì năng suất cây trồng, việc lạm dụng chúng đã dẫn đến các vấn đề nghiêm trọng như ô nhiễm môi trường đất và nước, tích lũy dư lượng độc tính trong nông sản, tiêu diệt các loài thiên địch có ích và làm phát sinh hiện tượng kháng thuốc ở dịch hại.

Trước thực tế đó, xu hướng nghiên cứu các chế phẩm bảo vệ thực vật có nguồn gốc sinh học (bio-pesticides) từ thực vật và vi sinh vật ngày càng được chú trọng nhờ tính an toàn đối với con người, phổ tác động chọn lọc, khả năng phân hủy nhanh và ít gây áp lực kháng thuốc. Tuy nhiên, việc khai thác hoạt chất trực tiếp từ thực vật thường gặp trở ngại do nguồn sinh khối tự nhiên có hạn, nguy cơ làm cạn kiệt tài nguyên rừng và phụ thuộc vào mùa vụ. Khoảng trống nghiên cứu được tác giả xác định là việc tìm kiếm nguồn hoạt chất sinh học mới từ nấm nội sinh thực vật (endophytic fungi) – nhóm vi sinh vật sống trong các mô thực vật mà không gây triệu chứng bệnh cho cây chủ. Các nghiên cứu quốc tế chỉ ra rằng khoảng 51% hợp chất có hoạt tính phân lập từ nấm nội sinh là chất mới, đồng thời nấm nội sinh có khả năng sinh tổng hợp các hoạt chất tương tự cây chủ hoặc các chất biến dưỡng thứ cấp có hoạt tính sinh học cao (kháng khuẩn, kháng nấm, trừ sâu). Tại Việt Nam, nghiên cứu về thành phần hóa học và hoạt tính sinh học của nấm nội sinh trên các loài cây bản địa còn hạn chế, đặc biệt là hướng tiếp cận đối chiếu tương quan giữa hoạt chất của cây chủ và nấm nội sinh tương ứng.

Mục tiêu nghiên cứu của luận án là sàng lọc, phát hiện, chiết xuất, xác định cấu trúc các hợp chất hữu cơ từ bốn loài thực vật và ba chủng nấm nội sinh phân lập từ các loài thực vật này, đồng thời thử nghiệm hoạt tính trừ sâu và kháng nấm bệnh hại cây trồng của các phân đoạn dịch chiết và hợp chất sạch.

Nhiệm vụ nghiên cứu được văn bản xác định cụ thể gồm bốn nội dung:

  1. Chiết tách, xác định cấu trúc các hợp chất hữu cơ thành phần của bốn loài thực vật có tiềm năng trừ sâu và nấm bệnh hại cây.
  2. Phân lập nấm nội sinh từ các mẫu thực vật, chiết tách, xác định cấu trúc các hợp chất hữu cơ thành phần.
  3. Thử nghiệm hoạt tính trừ sâu và nấm bệnh của các chiết phẩm và các hợp chất hữu cơ thành phần.
  4. Hoàn thiện quy trình phân lập, nhân nuôi và khai thác nguồn nấm nội sinh thực vật như một hướng đi để phát hiện các hợp chất tự nhiên có hoạt tính sinh học.

Đối tượng nghiên cứu của luận án gồm:

  • Bốn mẫu thực vật: Vỏ cây Ngâu ta (Aglaia duperreana Pierre, họ Meliaceae), lá cây Gội ổi (Aglaia oligophylla Miq., họ Meliaceae), lá cây Trầu không (Piper betle L., họ Piperaceae), và củ rễ cây Nghệ vàng (Curcuma longa L., họ Zingiberaceae).
  • Ba chủng nấm nội sinh thực vật phân lập từ các cây trên: Chủng nấm nội sinh từ cây Ngâu ta (Microdiplodia hawaiiensis), chủng nấm nội sinh từ cây Nghệ vàng (Fusarium oxysporum), và chủng nấm nội sinh từ cây Trầu không (Fusarium solani). Bên cạnh đó, luận án còn khảo sát các chủng nấm phân lập khác như Trichoderma atroviride và Colletotrichum sp.
  • Đối tượng thử nghiệm hoạt tính sinh học: Sâu khoang (Spodoptera litura) và nấm sợi gây bệnh thực vật Botrytis cinerea.

Phạm vi nghiên cứu:

  • Không gian thu mẫu: Vườn quốc gia Cúc Phương (tỉnh Ninh Bình) đối với cây Ngâu ta và Gội ổi; Trạm Đa dạng sinh học Mê Linh (tỉnh Vĩnh Phúc) đối với cây Trầu không và Nghệ vàng.
  • Thời gian thu mẫu và thực hiện: Các mẫu thực vật được thu hái thực địa vào tháng 12 năm 2012; các thực nghiệm hóa học, sinh học phân tử và khảo nghiệm sinh học được hoàn thành và bảo vệ trong giai đoạn đến năm 2019.

Tổng quan tài liệu và vị trí của luận án

Luận án tổng thuật có hệ thống các công trình nghiên cứu trong nước và quốc tế liên quan đến thuốc bảo vệ thực vật sinh học, nấm nội sinh và bốn loài thực vật nghiên cứu:

Về vai trò và hiện trạng thuốc bảo vệ thực vật:

  • Tác giả dẫn số liệu của N. Kuznetsov về sự tồn tại của hơn 10.000 loài côn trùng có hại; các báo cáo của Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên Hợp Quốc (FAO) cho thấy mức tăng 1% sản lượng lương thực tương ứng với mức tăng 1,8% lượng sử dụng thuốc bảo vệ thực vật.
  • Dẫn chứng lịch sử về dịch hại kinh điển do nấm Fusarium cubense (gây bệnh Panama trên cây chuối) làm suy thoái nghiêm trọng ngành trồng chuối tại Mỹ Latinh vào đầu thế kỷ 20.
  • Các hợp chất bảo vệ thực vật nguồn gốc thảo mộc thông dụng được điểm lại gồm: Pyrethrin (chiết xuất từ hoa Chrysanthemum leucanthemum), Rotenon và rotenoid (từ rễ cây Derris elliptica), Azadirachtin (từ cây neem Azadirachta indica), Matrine (từ cây khổ sâm), Artemisinin (từ Artemisia annua L.), Cnidiadin và Eucalyptol. Về thuốc trừ nấm thảo mộc, tác giả ghi nhận các hoạt chất như Acide acrylic, Acide ginkgoic, Eugenol (từ dầu đinh hương, quế, hương nhu) và hỗn hợp TP-Zep.
  • Tại Việt Nam, theo số liệu Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn năm 2009, có 344 sản phẩm thuốc bảo vệ thực vật sinh học được đăng ký lưu hành (221 thuốc trừ sâu, 66 thuốc trừ nấm), dù số lượng tăng gấp 150 lần so với năm 2000 nhưng doanh thu hàng năm chỉ chiếm dưới 5% tổng doanh thu thuốc bảo vệ thực vật. Một số chế phẩm thảo mộc lưu hành gồm VINEEM 1500 EC, Neemaza, Neemcide 3000 SP, Đầu trâu Bihopper và Olicide.

Về tình hình nghiên cứu nấm nội sinh trên thế giới:

  • Sự kiện phát hiện nấm nội sinh Taxomyces andreanae từ cây Taxus brevifolia (thập niên 1990) có khả năng sinh tổng hợp paclitaxel (taxol). Tiếp theo là các nghiên cứu phát hiện taxol từ Pestalotiopsis microspora, Penicillium sp., Truncatella sp.
  • Strobel và cộng sự (2000) phát hiện Streptomyces sp. NRRL 30562 từ cây Kennedia nigriscans sinh kháng sinh munumbicin; từ Grevillea pteridifolia sinh kakadumicin và echinomycin (kháng Plasmodium falciparum với giá trị LD50 = 7–10 ng/mL).
  • Strobel và cộng sự (2003) nghiên cứu chủng Cryptosporiopsis quercina từ Tripterygium wilfordii sinh cryptocandin (kháng Candida albicans, Trichophyton sp., Sclerotinia sclerotiorum, Botrytis cinerea) và cryptocin (kháng Pyricularia oryzae).
  • Taechowisan và cộng sự (2003) công bố các chủng endophyte kháng nấm từ rễ cây Zingiber officinale và Alpinia galanga.
  • Raviraja (2005) phân lập 18 loài nấm nội sinh từ 5 loài cây thuốc ở Tây Ghats (Ấn Độ), bao gồm Curvularia clavata, C. pallescens, Fusarium oxysporum.
  • Li và cộng sự (2007) tìm thấy nấm Acremonium (2F09P03B) từ Huperzia serrata có khả năng sinh huperzine A (ức chế acetylcholinesterase).
  • Kusari và cộng sự (2009) phân lập Fusarium solani từ cây Camptotheca acuminata có khả năng sinh camptothecin cùng hai dẫn xuất 9-methoxycamptothecin và 10-hydroxycamptothecin.
  • Agnes Joseph Aswathy và cộng sự (2012) phân lập vi khuẩn nội sinh Paenibacillus sp. từ thân rễ củ nghệ (Curcuma longa) có khả năng sản xuất Indole-3-acetic acid (xác định bằng HPLC).
  • Cui và cộng sự (2012) phát hiện Fusarium oxysporum từ cây Ginkgo biloba sinh ginkgolid B.
  • Lena Hammerschmidt và cộng sự (2014) thuộc Viện Sinh dược và Công nghệ sinh học (Đại học Heinrich-Heine Duesseldorf, Đức) phối hợp nghiên cứu mẫu nấm nội ký sinh Acremonium strictum Gams từ cây Đước đôi (Rhizophora apiculata) tại Việt Nam, phân lập 5 dẫn xuất polyketide mới (60-hydroxypestalotiopsone C, acropyrone, bicytosporone D, waol acid, pestalotiopene C) và 7 hợp chất đã biết; trong đó có chất kháng Staphylococcus aureus với MIC 14,3 µM.
  • Các dẫn chứng khác về nấm nội sinh: Bionectria ochroleuca sinh bionectriamides A–C; Fusarium incarnatum sinh equisetin; Alternaria sp. R6 sinh resverratrodehydes A và C; Penicillium chermesinum sinh dẫn xuất terphenyl ức chế α-glucosidase; Sporothrix sp. sinh Sporothrin A; Fusarium sp. DZ-27 sinh axit fusaric; Muscodor albus sinh chất bay hơi kháng nấm; nấm nội sinh từ Bontia daphnoides sinh hợp chất nodulisporic diệt ấu trùng ruồi.

Về nghiên cứu nấm nội sinh tại Việt Nam:

  • Từ năm 1994, phân lập 6 chủng nấm từ vỏ cây thông đỏ, tiêu biểu là Pestalotiopsis maculans.
  • Lê Mai Hương và cộng sự (2005) khảo sát 45 mẫu cây (Yên Tử, Hà Nội, Mê Linh), thu được 89 chủng nấm nội sinh (32 chủng có hoạt tính kháng sinh, chủng N2 kháng Bacillus subtilis và Fusarium oxysporum).
  • Trần Thị Như Hằng và cộng sự (2009) nghiên cứu nấm Trichoderma konilangbra KS14 từ cây khổ sâm (Croton tonkinensis) và bùm bụp (Mallotus apelta), phân lập ergosterol, ergosterol peroxide và sorbicillin (kháng S. aureus với MIC 25 mg/mL).
  • Phạm Quang Thu và cộng sự (2009) phân lập 8 chủng vi khuẩn và 13 chủng nấm nội sinh từ 35 dòng Keo tai tượng tại Thừa Thiên Huế, ghi nhận khả năng ức chế nấm Ceratocystis sp. và Corticium salmonicolor.
  • Nguyễn Đinh Nga và cộng sự (2010) sàng lọc nấm nội sinh trên ngũ sắc (Pseudeurotium NS-T1), mã đề (Fusarium MĐ-TR1, MĐ-TR3), tía tô (Trichoderma TT-L1) và trầu không (Fusarium TR-T1) có hoạt tính kháng C. albicans và MRSA.
  • Nghiên cứu của Viện Hóa học các Hợp chất thiên nhiên (2010) phân lập nấm nội sinh (nhiều nhất ở lá với 50 chủng, thân 43 chủng), định danh Trichoderma aureoviride SHT06, Daldinia fissa SHT46 (chất SHT46.1 ức chế tế bào ung thư cơ vân IC50 4,19 µg/mL), Eupenicillium ehrlichii SHT101 (chất SHT101.1 kháng S. aureus MIC 25 µg/mL, chất SHT101.2 có IC50 4,0 và 3,06 µg/mL).
  • Đàm Sao Mai và cộng sự (2014) tìm ra môi trường nuôi cấy Fusarium oxysporum từ Thông đỏ (Taxus wallichiana) tại Lâm Đồng, thu nhận taxol với hàm lượng 250,98 mg/kg khối lượng khô.

Về bốn loài thực vật nghiên cứu:

  • Aglaia duperreana: Bo-Jun Xie và cộng sự (2007) phân lập agladupol A–E; Heng Zhang và cộng sự (2012) phân lập 16 hợp chất từ cặn ethyl acetate, ghi nhận naringenin trimethyl ether có hoạt tính diệt ốc bươu vàng với LC50 3,9 µg/mL (cao hơn đối chứng saponin trà xanh có LC50 4,5 µg/mL).
  • Aglaia oligophylla: Gerhard Bringmann và cộng sự (2003) phân lập 4 hợp chất dẫn xuất rocaglamide (trong đó có chất ức chế sâu Spodoptera littoralis với LC50 2,5 ppm); Nantiya Joycharat và cộng sự (2006) phân lập 10 hợp chất (dipterocarpol, ocotillone, cabraleone, ocotillol, rocaglaol, odorine...); các nghiên cứu khác tách được stigmasterol, β-sitosterol, oligophyllic acid, foveolin B.
  • Piper betle: D. Pradhan và cộng sự (2013) tổng hợp thành phần lá trầu không gồm terpenoid (chavibetol, eugenol, carvacrol, safrole...), flavonoid (quercetin, luteolin), alkaloid (cepharadione A, aristololactame A-II), cùng hoạt tính kháng khuẩn, kháng nấm và bảo vệ tim mạch.
  • Curcuma longa: Ting Yuan và cộng sự (2017) phân lập turmerone Q, bisacurone A, cyclocurcumin...; Kamran Ashraf và Sadia Sultan (2017) phân lập curcumin (IC50 41,69 µg/mL trên dòng HepG2), demethoxycurcumin, bisdemethoxycurcumin.

Khoảng trống nghiên cứu luận án lựa chọn giải quyết: Triển khai chương trình hợp tác quốc tế giữa Viện Hóa học (VAST) và Đại học Heinrich-Heine Duesseldorf (Đức), luận án kết hợp song song việc phân lập hóa thực vật truyền thống với phân lập, nuôi cấy và khai thác các hợp chất từ nấm nội sinh thực vật của các loài cây bản địa Việt Nam (A. duperreana, A. oligophylla, P. betle, C. longa), đồng thời khảo sát trực tiếp mối tương quan về chất và hoạt tính sinh học (trừ sâu khoang, kháng nấm bệnh) giữa cây chủ và nấm nội sinh.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Luận án dựa trên cơ sở lý thuyết về sinh lý học tương tác giữa nấm nội sinh và thực vật chủ (quan hệ cộng sinh/tương sinh, cân bằng hệ vi sinh, tổng hợp chất kháng dịch hại), nguyên lý hóa học các hợp chất thiên nhiên (chiết xuất phân đoạn, sắc ký tách chất, giải mã cấu trúc bằng phổ học) và phương pháp đánh giá hoạt tính sinh học phòng trừ dịch hại nông nghiệp.

Mẫu thực vật và lưu trữ tiêu bản

Bốn mẫu thực vật được thu hái thực địa vào tháng 12 năm 2012, được định danh khoa học bởi chuyên gia thực vật Nguyễn Kim Đào (Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật - VAST), lập hồ sơ lưu trữ tiêu bản tại Phòng Sinh dược, Viện Hóa học (VAST):

Tên loài thực vật Tên khoa học Họ thực vật Bộ phận thu hái Địa điểm thu mẫu Mã số tiêu bản
Ngâu ta Aglaia duperreana Pierre Meliaceae (Xoan) Vỏ cây VQG Cúc Phương, Ninh Bình AD1212
Gội ổi Aglaia oligophylla Miq. Meliaceae (Xoan) Lá cây VQG Cúc Phương, Ninh Bình AO1212
Trầu không Piper betle L. Piperaceae (Hồ tiêu) Lá cây Trạm ĐDSH Mê Linh, Vĩnh Phúc PB1212
Nghệ vàng Curcuma longa L. Zingiberaceae (Gừng) Củ rễ Trạm ĐDSH Mê Linh, Vĩnh Phúc CL1212

Phương pháp xử lý, chiết xuất và phân lập hợp chất

  • Chiết xuất mẫu thực vật: Mẫu khô được băm nhỏ, ngâm chiết ba lần với methanol trong thiết bị siêu âm ở nhiệt độ phòng. Dịch chiết gộp được cô quay cất đuổi dung môi dưới áp suất giảm ở nhiệt độ dưới 50 °C thu cặn cô methanol. Cặn này được phân tán vào nước và chiết phân bố lỏng - lỏng lần lượt với các dung môi có độ phân cực tăng dần: n-hexane, dichloromethane (CH2Cl2), ethyl acetate (EtOAc), thu được các cặn chiết tương ứng.
  • Chiết xuất sinh khối nấm nội sinh: Sau khi phân lập và định danh, các chủng nấm nội sinh được nuôi cấy quy mô lớn trên môi trường gạo xốp trong thời gian 35 ngày. Khi hệ sợi nấm phát triển kín môi trường, nấm được diệt bằng chiếu xạ tia cực tím (UV) trong tủ cấy vô trùng. Sinh khối được ngâm chiết trong dung môi hữu cơ ba lần (mỗi lần khoảng 12 giờ), lọc qua giấy lọc, cô quay thu cặn chiết thô, sau đó chiết phân lớp với n-hexane, dichloromethane, ethyl acetate, methanol và nước.
  • Kỹ thuật phân lập sắc ký:
    • Sắc ký lớp mỏng (TLC) và sắc ký lớp mỏng điều chế (PTLC): Thực hiện trên bản mỏng tráng sẵn silica gel DC-Alufolien 60 F254 và RP-18 F254S (độ dày 0,25 mm, Merck). Phát hiện vết chất dưới đèn tử ngoại ở bước sóng 254 nm và 365/366 nm, hoặc phun thuốc thử Anisaldehyde/H2SO4 (5 mL anisaldehyde, 100 mL acid acetic băng, 85 mL methanol, 5 mL acid sulfuric đậm đặc) rồi nung nóng ở 110 °C.
    • Sắc ký cột thường (CC): Dùng pha tĩnh silica gel 60, cỡ hạt 0,040–0,063 mm (230–400 mesh, Merck).
    • Sắc ký cột rây phân tử: Dùng gel Sephadex LH-20 (Merck).
    • Sắc ký cột pha đảo: Dùng chất hấp phụ YMC RP-18, kích thước hạt 30–50 µm (Fujisilica Chemical Ltd.).
    • Sắc ký lỏng hiệu năng cao điều chế (HPLC-Preparative): Cột nhồi sẵn Eurospher C-18 (125 × 4 mm) hoặc Dynmax (250 × 21,4 mm), rửa giải bằng hệ dung môi methanol hoặc acetonitrile phối hợp nước siêu lọc (nanopure) chứa 0,1% TFA hoặc không đệm, tốc độ dòng 5 mL/phút, đầu dò mảng diode (UV-VIS Diode Array Detector).
    • Sắc ký lỏng hiệu năng cao phân tích (HPLC): Sử dụng hệ gradient MeOH : Nước (nanopure) đệm acid phosphoric (pH = 2), tăng dần nồng độ MeOH lên 100% trong 45 phút, phát hiện bằng UV-VIS Diode Array Detector.

Phương pháp định danh sinh học phân tử chủng nấm

  • Tách chiết ADN tổng số: Áp dụng phương pháp CTAB theo J. Doyle (1987).
  • Phản ứng PCR khuếch đại vùng ITS: Thể tích phản ứng 20 µL gồm đệm 2 mM MgCl2, 0,25 mM mỗi loại dNTP, 1U Taq DNA polymerase (Thermo Scientific), 0,2 µM cặp mồi chuyên biệt ITS1/ITS4 và khoảng 30 ng khuôn mẫu ADN. Chu trình nhiệt: Biến tính ban đầu ở 94 °C trong 5 phút; 35 chu kỳ tiếp nối gồm [94 °C trong 1 phút, 59 °C trong 45 giây, 72 °C trong 50 giây]; giai đoạn kéo dài cuối cùng ở 72 °C trong 5 phút.
  • Điện di và thôi gel: Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1,5%, xuất hiện băng đơn hình kích thước khoảng 750 bp. Đoạn gel chứa ADN được cắt và tinh sạch bằng bộ kit QIAquick Spin Columns (Qiagen).
  • Giải trình tự và phân tích: Trình tự vùng gen ITS được giải mã tại Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học (Đại học Quốc gia Hà Nội). Dữ liệu được đối chiếu độ tương đồng bằng công cụ BLAST trên cơ sở dữ liệu NCBI, sau đó xử lý bằng phần mềm MEGA phiên bản 6.02 để thiết lập cây phát sinh loài.

Phương pháp xác định cấu trúc hóa học

  • Điểm nóng chảy (mp): Đo trên thiết bị Kofler micro-hotstage tại Viện Hóa học (VAST).
  • Phổ khối lượng: Phổ ESI-MS đo trên hệ thống Agilent 1200 TRAP; phổ khối lượng phân giải cao HR-ESI-MS dùng xác định khối lượng phân tử chính xác và công thức phân tử.
  • Phổ cộng hưởng từ hạt nhân: Ghi nhận phổ 1D (1H-NMR, 13C-NMR, DEPT) và 2D (1H-1H COSY, HSQC, HMBC, NOESY) trên các dung môi thích hợp (như CDCl3, DMSO-d6) có sử dụng chất chuẩn nội tetramethylsilane (TMS).
  • Phổ hồng ngoại (IR) và sắc ký khí ghép khối phổ (GC-MS) dùng để định danh các thành phần bay hơi.

Phương pháp khảo nghiệm hoạt tính sinh học

  • Thử nghiệm trừ sâu trong phòng thí nghiệm: Đánh giá hiệu lực gây độc đối với ấu trùng sâu khoang (Spodoptera litura) bằng phương pháp cho ăn hoặc tiếp xúc đối với các dịch chiết tổng và phân đoạn.
  • Thử nghiệm kháng nấm hại thực vật: Khảo sát khả năng ức chế sự phát triển sợi nấm và đường kính tản nấm của chủng sợi gây bệnh Botrytis cinerea trên đĩa thạch trong điều kiện phòng thí nghiệm.

Nội dung chính theo từng chương

Chương 1: Tổng quan nghiên cứu

Chương 1 trình bày cơ sở lý luận và tổng thuật tư liệu về ba nội dung chính:

  1. Thiệt hại nông nghiệp do sâu bệnh và vai trò của thuốc bảo vệ thực vật; phân tích các giới hạn của thuốc hóa học (tồn dư, độc hại, gây kháng thuốc) và xu thế tất yếu của việc phát triển thuốc sinh học (bio-pesticides) với các nhóm hoạt chất từ thảo mộc (pyrethrin, rotenoid, azadirachtin, matrine...).
  2. Khái niệm, tiềm năng sinh học và dược lý của nấm nội sinh thực vật; tổng kết lịch sử nghiên cứu quốc tế từ phát hiện taxol đến các chất biến dưỡng thứ cấp mới có hoạt tính kháng sinh, độc tế bào và diệt côn trùng; điểm lại các kết quả nghiên cứu nấm nội sinh tại Việt Nam trên cây thông đỏ, keo tai tượng, ngũ sắc, mã đề, trầu không và cây rừng ngập mặn.
  3. Đặc điểm thực vật học, phân bố, công dụng dân gian và thành phần hóa học đã công bố của bốn loài đối tượng: Ngâu ta (A. duperreana), Gội ổi (A. oligophylla), Trầu không (P. betle) và Nghệ vàng (C. longa).

Chương 2: Đối tượng và phương pháp nghiên cứu

Chương 2 mô tả chi tiết quy trình thực nghiệm từ khâu thu thập mẫu đến phân tích cấu trúc và khảo nghiệm hoạt tính:

  • Cung cấp địa điểm, tọa độ, thời gian thu hái thực địa (tháng 12/2012) tại Cúc Phương và Mê Linh cùng mã số tiêu bản lưu trữ của bốn loài cây.
  • Trình bày quy trình phân lập nấm nội sinh từ mô lá, vỏ, củ của cây chủ trên môi trường PDA và MEA; quy trình nhân nuôi sinh khối trên môi trường gạo trong 35 ngày; phương pháp chiếu tia UV vô hoạt nấm trước khi chiết.
  • Mô tả chi tiết kỹ thuật tách chiết ADN bằng CTAB (J. Doyle, 1987), chu trình nhiệt phản ứng PCR với cặp mồi ITS1/ITS4 (khuếch đại đoạn gen ~750 bp), quy trình thôi gel bằng kit QIAquick và phân tích phát sinh loài bằng phần mềm MEGA v6.02.
  • Trình bày quy trình chiết xuất ngâm siêu âm methanol, phân bố lỏng - lỏng bằng các dung môi có độ phân cực tăng dần; các hệ sắc ký TLC, CC, Sephadex LH-20, RP-18 và HPLC-Preparative (cột Eurospher C-18 và Dynmax).
  • Hệ thống hóa toàn bộ quy trình thực nghiệm bằng 7 sơ đồ tách chiết (Sơ đồ 3.1 đến 3.7 trong văn bản): Chiết tách từ vỏ Ngâu ta (Sơ đồ 3.1), lá Gội ổi (Sơ đồ 3.2), củ Nghệ vàng (Sơ đồ 3.3), lá Trầu không (Sơ đồ 3.4), nấm nội sinh cây Ngâu (Sơ đồ 3.5), nấm nội sinh cây Nghệ vàng (Sơ đồ 3.6) và nấm nội sinh cây Trầu không (Sơ đồ 3.7).
  • Chi tiết hóa các phương pháp đo điểm nóng chảy Kofler, ghi phổ Agilent 1200 TRAP ESI-MS, HR-ESI-MS, NMR (1D và 2D), IR, GC-MS và phương pháp bố trí thử nghiệm sinh học đối với Spodoptera litura và Botrytis cinerea.

Chương 3: Kết quả và thảo luận

(Lưu ý: Trong mục lục văn bản, chương này mang tiêu đề KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN, được chia thành các mục 4.1, 4.2, 4.3, 4.4)

  1. Phân lập và định danh các chủng nấm nội sinh thực vật (Mục 4.1):

    • Phân lập thành công nhiều chủng nấm nội sinh từ các bộ phận thực vật nghiên cứu.
    • Quan sát hình thái học khuẩn lạc và cuống sinh bào tử kết hợp giải trình tự vùng gen ITS (~750 bp) và phân tích cây phát sinh chủng loại đã định danh chính xác các chủng: Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Trichoderma atroviride, Microdiplodia hawaiiensis, Colletotrichum sp. (Hình 3.1 đến 3.10 trong văn bản).
  2. Khảo nghiệm hoạt tính trừ sâu và kháng nấm (Mục 4.2):

    • Hoạt tính trừ sâu khoang (Spodoptera litura): Thể hiện qua kết quả khảo nghiệm các mẫu dịch chiết cây Ngâu (Bảng 4.1).
    • Hoạt tính kháng nấm Botrytis cinerea: Đánh giá trên các mẫu dịch chiết tổng thực vật (Bảng 4.2), dịch chiết các chủng nấm nội sinh thực vật (Bảng 4.4), các cặn chiết phân đoạn của nấm Fusarium (Bảng 4.3 và Hình 3.14), cũng như tinh chất curcumin phân lập từ Nghệ vàng (Hình 3.13). Các số liệu chứng minh hiệu lực kìm hãm sự phát triển của nấm kiểm chứng ở các nồng độ thử nghiệm khác nhau.
  3. Nghiên cứu thành phần hóa học của thực vật và nấm nội sinh (Mục 4.3):

    • Thành phần hóa học cây Ngâu (A. duperreana) và Gội ổi (A. oligophylla): Phân lập và làm sáng tỏ cấu trúc các hợp chất sạch, trong đó dữ liệu phổ NMR của hợp chất số 7 được đo trong dung môi CDCl3 (Bảng 4.5).
    • Thành phần hóa học cây Nghệ vàng (Curcuma longa): Thu nhận và kiểm tra hoạt tính kháng nấm của curcumin.
    • Thành phần hóa học cây Trầu không (Piper betle): Phân lập các hợp chất sạch, cung cấp dữ kiện phổ NMR chi tiết của hợp chất 13 và 14 (Bảng 4.6); xác định thành phần của 12 hợp chất (từ chất 15 đến chất 26) bằng phổ sắc ký khí ghép khối phổ GC-MS (Bảng 4.7 và Hình 3.15).
    • Thành phần hóa học nấm nội sinh Microdiplodia hawaiiensis từ cây Ngâu: Phân lập và xác định cấu trúc các hợp chất tinh khiết, lập bảng dữ liệu phổ NMR cho hợp chất 28 và 29 (Bảng 4.8).
    • Thành phần hóa học nấm nội sinh Fusarium oxysporum từ cây Nghệ vàng: Thu nhận hợp chất sạch số 30, xác định cấu trúc dựa trên số liệu phổ 1H-NMR và 13C-NMR (Bảng 4.9).
    • Thành phần hóa học nấm nội sinh Fusarium solani từ cây Trầu không: Thu nhận hợp chất sạch số 31, lập bảng dữ liệu phổ 1H-NMR và 13C-NMR (Bảng 4.10).
Đối tượng nghiên cứu Loại mẫu phân tích Ký hiệu hợp chất công bố trong văn bản Phương pháp phân tích cấu trúc chính
Cây Ngâu ta (A. duperreana) Chiết xuất vỏ cây Hợp chất 7 Phổ NMR (CDCl3)
Cây Trầu không (P. betle) Chiết xuất lá cây Hợp chất 13, 14 Phổ NMR
Cây Trầu không (P. betle) Thành phần bay hơi lá Hợp chất 15 đến 26 Sắc ký khí ghép khối phổ (GC-MS)
Nấm NSTV cây Ngâu (M. hawaiiensis) Dịch chiết sinh khối Hợp chất 28, 29 Phổ NMR
Nấm NSTV Nghệ vàng (F. oxysporum) Dịch chiết sinh khối Hợp chất 30 Phổ 1H-NMR và 13C-NMR
Nấm NSTV Trầu không (F. solani) Dịch chiết sinh khối Hợp chất 31 Phổ 1H-NMR và 13C-NMR
  1. Mối tương quan về thành phần hợp chất tự nhiên và hoạt tính sinh học (Mục 4.4):
    • So sánh, đối chiếu hệ hợp chất tự nhiên và hoạt tính sinh học giữa cây Ngâu và chủng nấm nội sinh M. hawaiiensis.
    • Đối chiếu thành phần hóa học và hoạt tính kháng nấm giữa củ Nghệ vàng và chủng nấm nội sinh F. oxysporum.
    • Đánh giá mối tương quan về chất và hiệu lực sinh học giữa lá Trầu không và chủng nấm nội sinh F. solani.

Kết quả và những đóng góp mới

Các đóng góp mới của luận án:

  • Về khoa học và lý luận:
    • Phân lập và định danh dựa trên đặc điểm hình thái kết hợp chỉ thị sinh học phân tử vùng gen ITS các chủng nấm nội sinh từ bốn loài thực vật nghiên cứu tại Việt Nam (Microdiplodia hawaiiensis, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Trichoderma atroviride...).
    • Làm sáng tỏ cấu trúc hóa học của các hợp chất tự nhiên từ thực vật và nấm nội sinh thực vật bằng các phương pháp phổ nghiệm hiện đại (NMR 1D, 2D, HR-ESI-MS, GC-MS), bao gồm việc xác định cấu trúc các chất ký hiệu 7, 13, 14, cụm chất bay hơi 15–26, và các chất chuyển hóa từ nấm nội sinh gồm 28, 29, 30, 31.
    • Phân tích mối tương quan giữa các hợp chất tự nhiên và hoạt tính sinh thái (trừ sâu khoang Spodoptera litura, kháng nấm Botrytis cinerea) giữa ba cặp đối tượng: Cây Ngâu ta – nấm M. hawaiiensis; cây Nghệ vàng – nấm F. oxysporum; cây Trầu không – nấm F. solani.
  • Về thực tiễn và giải pháp kỹ thuật:
    • Hoàn thiện quy trình phân lập, nuôi cấy nhân sinh khối nấm nội sinh thực vật trên môi trường gạo xốp trong 35 ngày để khai thác hoạt chất sinh học mà không cần phá hủy hay khai thác quá mức cây chủ trong tự nhiên.
    • Cung cấp cơ sở dữ liệu thực nghiệm về độc tính trừ sâu khoang và khả năng ức chế nấm gây bệnh thực vật Botrytis cinerea của các dịch chiết và hợp chất sạch, phục vụ định hướng nghiên cứu sản xuất chế phẩm bảo vệ thực vật sinh học.

Hạn chế và hướng nghiên cứu tiếp

  • Hạn chế của nghiên cứu:

    • Mẫu thực vật thu hái tập trung tại hai địa điểm (VQG Cúc Phương và Trạm Đa dạng sinh học Mê Linh) tại một thời điểm (tháng 12/2012), chưa phản ánh biến thiên thành phần hóa học và quần xã nấm nội sinh theo các mùa trong năm hoặc các vùng sinh thái khác nhau.
    • Các thử nghiệm sinh học đối với sâu khoang (Spodoptera litura) và nấm bệnh (Botrytis cinerea) mới được thực hiện trong phạm vi phòng thí nghiệm (in vitro), chưa tiến hành khảo nghiệm thực địa trên đồng ruộng.
    • Luận án mới tập trung giải mã cấu trúc sâu cho ba chủng nấm nội sinh chủ đạo (M. hawaiiensis, F. oxysporum, F. solani); các chủng nấm phân lập khác mới dừng lại ở bước định danh hoặc sàng lọc sơ bộ.
  • Hướng nghiên cứu tiếp:

    • Nghiên cứu tối ưu hóa các điều kiện lên men sinh khối nấm nội sinh ở quy mô lớn hơn (pilot) nhằm nâng cao hàm lượng các hoạt chất mong muốn.
    • Mở rộng khảo nghiệm hoạt tính trừ sâu và kháng bệnh trên nhiều đối tượng côn trùng và nấm bệnh hại cây trồng khác trong điều kiện nhà lưới và đồng ruộng.
    • Đi sâu nghiên cứu cơ chế di truyền và con đường sinh tổng hợp các hợp chất thứ cấp ở nấm nội sinh trong mối quan hệ tương tác với tế bào cây chủ.

Giá trị tham khảo

Luận án cung cấp tài liệu tham khảo cụ thể cho các nhóm đối tượng:

  • Nghiên cứu sinh, học viên cao học và cán bộ nghiên cứu chuyên ngành Hóa học các hợp chất thiên nhiên và Hóa học hữu cơ: Tham khảo quy trình phân lập sắc ký (TLC, CC, Sephadex LH-20, RP-18, HPLC-Prep) và bộ dữ liệu phổ cộng hưởng từ hạt nhân (1H, 13C, DEPT, COSY, HSQC, HMBC, NOESY), phổ GC-MS của các hợp chất tự nhiên phân lập từ cây Ngâu, Gội ổi, Trầu không, Nghệ vàng và nấm nội sinh.
  • Các nhà nghiên cứu thuộc lĩnh vực Vi sinh vật học và Công nghệ sinh học: Tham khảo kỹ thuật phân lập nấm nội sinh từ các mô thực vật khác nhau, quy trình nuôi cấy sinh khối trên môi trường gạo xốp, cũng như phương pháp tách chiết ADN bằng CTAB và giải trình tự gen vùng ITS để định danh nấm sợi.
  • Cán bộ nghiên cứu và doanh nghiệp sản xuất chế phẩm Bảo vệ thực vật: Tham khảo phương pháp sàng lọc hoạt tính trừ sâu khoang và kháng nấm Botrytis cinerea trong phòng thí nghiệm; tiếp cận nguồn dữ liệu về các phân đoạn chiết có hoạt tính cao làm tiền đề cho việc phối chế thuốc bảo vệ thực vật sinh học thảo mộc và vi sinh.

Câu hỏi thường gặp

  1. Bốn loài thực vật trong luận án được thu hái tại những địa điểm nào và định danh bởi ai? Cả bốn mẫu thực vật đều được thu hái vào tháng 12 năm 2012 và do chuyên gia thực vật Nguyễn Kim Đào (Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật - VAST) xác định tên khoa học: Vỏ cây Ngâu ta (Aglaia duperreana) và lá cây Gội ổi (Aglaia oligophylla) thu hái tại Vườn quốc gia Cúc Phương (Ninh Bình); lá cây Trầu không (Piper betle) và củ Nghệ vàng (Curcuma longa) thu hái tại Trạm Đa dạng sinh học Mê Linh (Vĩnh Phúc).

  2. Quy trình định danh sinh học phân tử các chủng nấm nội sinh trong luận án sử dụng kỹ thuật và phần mềm nào? Quy trình định danh nấm sử dụng phương pháp tách ADN tổng số bằng CTAB theo J. Doyle (1987), thực hiện phản ứng PCR nhân bản vùng gen ITS với cặp mồi ITS1/ITS4 tạo đoạn khuếch đại khoảng 750 bp, tinh sạch bằng kit QIAquick Spin Columns (Qiagen). Trình tự gen được đọc tại Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học (ĐHQGHN), so sánh qua BLAST trên NCBI và dựng cây phát sinh chủng loại bằng phần mềm MEGA phiên bản 6.02.

  3. Sinh khối nấm nội sinh được nuôi cấy trên môi trường nào và trong thời gian bao lâu trước khi chiết xuất? Các chủng nấm nội sinh sau khi định danh được nuôi cấy nhân sinh khối lớn trên môi trường gạo xốp trong thời gian 35 ngày cho đến khi sợi nấm phát triển kín môi trường, sau đó được vô hoạt bằng tia tử ngoại (UV) trong tủ cấy vô trùng trước khi ngâm chiết bằng dung môi hữu cơ.

  4. Hoạt tính sinh học của các dịch chiết và chất sạch được khảo nghiệm trên những sinh vật đích nào? Hoạt tính sinh học được khảo nghiệm trong phòng thí nghiệm trên hai đối tượng dịch hại thực vật: Hiệu lực trừ sâu được thử nghiệm trên sâu khoang (Spodoptera litura); hiệu lực kháng nấm bệnh được thử nghiệm trên chủng nấm sợi hại thực vật Botrytis cinerea.

  5. Ba chủng nấm nội sinh chủ đạo được phân lập từ những cây chủ nào và các hợp chất tiêu biểu được xác định cấu trúc là gì? Ba chủng nấm nội sinh gồm: Chủng Microdiplodia hawaiiensis phân lập từ cây Ngâu ta (xác định cấu trúc hợp chất 28 và 29); chủng Fusarium oxysporum phân lập từ cây Nghệ vàng (xác định cấu trúc hợp chất 30); và chủng Fusarium solani phân lập từ cây Trầu không (xác định cấu trúc hợp chất 31).

Kết luận

Luận án của nghiên cứu sinh Nguyễn Ngọc Hiếu đã thực hiện khảo sát thành phần hóa học và hoạt tính sinh học của bốn loài thực vật bản địa (Aglaia duperreana, Aglaia oligophylla, Piper betle, Curcuma longa) cùng các chủng nấm nội sinh phân lập từ chúng. Bằng sự kết hợp giữa các kỹ thuật sắc ký phân tách, phương pháp phổ nghiệm cấu trúc hiện đại (NMR, MS, GC-MS) và sinh học phân tử (phân tích trình tự vùng ITS), tác giả đã định danh được các chủng nấm (M. hawaiiensis, F. oxysporum, F. solani...) và xác định cấu trúc của nhiều hợp chất tự nhiên. Các kết quả khảo nghiệm hoạt tính trừ sâu khoang (Spodoptera litura) và kháng nấm sợi (Botrytis cinerea) đã làm sáng tỏ mối tương quan về chất và hoạt tính giữa thực vật chủ và vi sinh vật nội sinh. Công trình cung cấp cơ sở dữ liệu thực nghiệm cho hướng nghiên cứu khai thác nấm nội sinh thực vật nhằm tìm kiếm hoạt chất bảo vệ thực vật sinh học tại Việt Nam.