Luận án TS. Trần Thị Thanh Loan: Virus gây viêm đường hô hấp cấp 2013-2016

Nghiên cứu di truyền và kháng nguyên vi rút viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2013-2016, cung cấp thông tin quan trọng cho y học.

• Tác giả: Trần Thị Thanh Loan
• Người hướng dẫn: PGS. Lê Thị Quỳnh Mai
• Trường học: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
• Chuyên ngành: Vi sinh vật học
• Đề tài: Nghiên cứu đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên của một số tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp trên bệnh nhân tại bệnh viện ở miền Bắc Việt Nam, 2013-2016
• Loại tài liệu: Luận án tiến sĩ
• Năm xuất bản: 2018
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CAM ĐOAN
• LỜI CẢM ƠN
• DANH MỤC CÁC HÌNH
• DANH MỤC CÁC BẢNG
• CÁC CHỮ VIẾT TẮT
• MỞ ĐẦU
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 1.1. BỆNH VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP VÀ ĐẶC ĐIỂM VI RÚT HỌC CỦA CÁC TÁC NHÂN VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP THƯỜNG GẶP
• 1.1.1. Vi rút họ Orthomyxoviridae
• 1.1.2. Vi rút họ Picornaviridae
• 1.1.3. Vi rút họ Adenoviridae
• 1.2. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC CỦA CÁC CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP
• 1.2.1. Trên thế giới
• 1.2.2. Tại Việt Nam
• 1.3. CÁC PHƯƠNG PHÁP PHÒNG THÍ NGHIỆM DÙNG TRONG CHẨN ĐOÁN TÁC NHÂN VI RÚT GÂY VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP
• 1.3.1. Xét nghiệm chẩn đoán nhanh (Quicktest)
• 1.3.2. Phân lập vi rút
• 1.3.3. Phản ứng Realtime PCR/ RT-PCR
• 1.3.4. Kỹ thuật Luminex/xTAG RVP
• 1.3.5. Phương pháp xác định trình tự gen Sanger sequencing
• 1.3.6. Phương pháp phát hiện kháng thể
• 2. CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
• 2.1.1. Định nghĩa bệnh viêm đường hô hấp cấp
• 2.1.2. Cỡ mẫu, thời gian và địa điểm
• 2.1.3. Mẫu bệnh phẩm
• 2.1.4. Các dòng tế bào được sử dụng trong nghiên cứu
• 2.1.5. Các chủng vi rút mẫu chứng
• 2.1.6. Trang thiết bị và dụng cụ
• 2.2. SƠ ĐỒ TÓM TẮT NGHIÊN CỨU
• 2.2.1. Sơ đồ tóm tắt mục tiêu 1
• 2.2.2. Sơ đồ tóm tắt mục tiêu 2
• 2.3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
• 2.3.1. Phương pháp Realtime RT-PCR
• 2.3.2. Phân lập vi rút
• 2.3.3. Định typ vi rút bằng phản ứng ức chế ngưng kết hồng cầu (HI)
• 2.3.4. Kỹ thuật giải trình tự gen
• 2.3.5. Phương pháp xử lý số liệu
• 2.4. VẤN ĐỀ ĐẠO ĐỨC TRONG NGHIÊN CỨU
• 3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN
• 3.1. ĐẶC ĐIỂM NHÓM ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
• 3.1.1. Kết quả thu thập mẫu theo thời gian trong giai đoạn nghiên cứu
• 3.1.2. Đặc điểm của đối tượng nghiên cứu theo tuổi và giới
• 3.2. KẾT QUẢ CHẨN ĐOÁN XÁC ĐỊNH VÀ PHÂN TYP CÁC TÁC NHÂN VI RÚT GÂY VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP
• 3.2.1. Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp
• 3.2.2. Sự phân bố các vi rút gây viêm đường hô hấp cấp theo thời gian
• 3.2.3. Sự phân bố các họ vi rút gây viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam, 2013-2016
• 3.3. ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN VÀ ĐẶC TÍNH KHÁNG NGUYÊN CỦA VI RÚT CÚM
• 3.3.1. Kết quả phân lập và định typ vi rút cúm, 2013-2016
• 3.3.2. Đặc điểm di truyền phân đoạn gen HA và NA của vi rút cúm A/H1N1pdm09 phân lập từ bệnh nhân viêm đường hô hấp cấp, 2013-2016
• 3.3.3. Đặc điểm di truyền của phân đoạn gen HA, NA của vi rút cúm A/H3N2 phân lập từ bệnh nhân VĐHHC, 2013-2016
• 3.3.4. Đặc điểm di truyền của vi rút cúm B phân lập từ bệnh nhân viêm đường hô hấp cấp, 2013-2016
• 3.3.5. Đặc tính kháng nguyên vi rút cúm phân lập từ bệnh phẩm viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc, 2013-2016
• 3.4. ĐẶC ĐIỂM CÁC VI RÚT KHÁC GÂY VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP TẠI MỘT SỐ BỆNH VIỆN KHU VỰC MIỀN BẮC, 2013-2016
• 3.4.1. Phân bố các tác nhân vi rút đường hô hấp khác theo thời gian nghiên cứu
• 3.4.2. Phân bố các tác nhân vi rút đường hô hấp khác theo lứa tuổi
• 3.4.3. Kết quả phân lập vi rút đường hô hấp khác
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Tổng quan nghiên cứu virus viêm đường hô hấp cấp 2013 16

Bệnh viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) do vi rút là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây bệnh và tử vong trên toàn cầu, đặc biệt tại các quốc gia đang phát triển. Theo Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), hàng năm có khoảng 4,5 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong do VĐHHC, trong đó tác nhân vi rút chiếm tới 40%. Bối cảnh này càng trở nên phức tạp với sự xuất hiện của các chủng vi rút mới có khả năng gây đại dịch như cúm A/H5N1, SARS-CoV, và MERS-CoV. Tại Việt Nam, một quốc gia nhiệt đới với sự khác biệt khí hậu rõ rệt giữa hai miền, việc giám sát dịch tễ học các tác nhân vi rút này là vô cùng cần thiết. Luận án tiến sĩ của tác giả Trần Thị Thanh Loan, thực hiện trong giai đoạn 2013-2016, là một công trình nghiên cứu toàn diện và chuyên sâu, cung cấp bức tranh cập nhật về sự lưu hành và đặc điểm di truyền của các vi rút gây viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam. Nghiên cứu này không chỉ có giá trị khoa học mà còn đóng góp trực tiếp vào công tác y tế dự phòng, giúp định hướng chiến lược lựa chọn vắc xin và ứng phó với các dịch bệnh tiềm tàng, đảm bảo an ninh y tế quốc gia và toàn cầu.

1.1. Tầm quan trọng của giám sát dịch tễ học tác nhân vi rút

Giám sát dịch tễ học các tác nhân vi rút gây bệnh hô hấp là nền tảng của hệ thống y tế công cộng hiện đại. Hoạt động này cho phép phát hiện sớm sự lưu hành của các chủng vi rút, bao gồm cả các chủng quen thuộc như vi rút cúm mùa, vi rút hợp bào hô hấp (RSV) và các chủng mới nổi có nguy cơ gây đại dịch. Các vi rút, đặc biệt là vi rút cúm thuộc họ Orthomyxoviridae, có khả năng biến đổi di truyền liên tục thông qua các hiện tượng đột biến hoặc tái tổ hợp gen. Sự thay đổi này dẫn đến sự biến đổi về đặc tính kháng nguyên, khiến cho hệ miễn dịch của con người và các loại vắc xin hiện có trở nên kém hiệu quả. Do đó, việc giám sát liên tục cung cấp dữ liệu quan trọng để WHO và các cơ quan y tế quốc gia đưa ra khuyến cáo về thành phần vắc xin cúm mùa hàng năm. Công trình nghiên cứu tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2013-2016 đã bổ sung những thông tin quý giá vào hệ thống giám sát toàn cầu (GISRS), phản ánh bức tranh dịch tễ đặc thù của khu vực.

1.2. Mục tiêu chính của luận án tiến sĩ về vi rút hô hấp

Luận án "Nghiên cứu đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên của một số tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp trên bệnh nhân tại bệnh viện ở miền Bắc Việt Nam, 2013-2016" đặt ra hai mục tiêu nghiên cứu cốt lõi. Thứ nhất, xác định phổ các tác nhân vi rút gây bệnh bằng phương pháp sinh học phân tử hiện đại Realtime RT-PCR. Mục tiêu này nhằm cung cấp một bức tranh toàn diện về 12 tác nhân vi rút hô hấp phổ biến lưu hành trong cộng đồng. Thứ hai, tiến hành phân tích sâu về đặc điểm di truyền và tính kháng nguyên của một số tác nhân vi rút chủ yếu, đặc biệt là các chủng vi rút cúm. Nội dung này bao gồm các hoạt động phân lập vi rút trên tế bào cảm thụ, giải trình tự gen các đoạn gen quan trọng như HA và NA, và xây dựng cây gia hệ để truy dấu nguồn gốc và sự tiến hóa của chúng. Kết quả từ hai mục tiêu này mang lại cơ sở khoa học vững chắc cho việc chẩn đoán, điều trị và phòng ngừa VĐHHC tại Việt Nam.

II. Thách thức trong chẩn đoán virus viêm đường hô hấp cấp

Việc chẩn đoán chính xác các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp là một thách thức lớn đối với ngành y tế. Các triệu chứng lâm sàng của các bệnh nhiễm trùng đường hô hấp do các loại vi rút khác nhau gây ra thường tương tự nhau, chẳng hạn như sốt, ho, sổ mũi. Điều này khiến việc chẩn đoán dựa trên biểu hiện bên ngoài trở nên khó khăn và thiếu chính xác. Trong khi đó, việc xác định đúng căn nguyên vi rút lại có ý nghĩa quyết định trong việc đưa ra phác đồ điều trị phù hợp, hạn chế sử dụng kháng sinh không cần thiết và kiểm soát sự lây lan trong cộng đồng. Thách thức càng gia tăng khi các chủng vi rút liên tục biến đổi, tạo ra các biến thể mới với đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên khác biệt. Điều này đòi hỏi các phương pháp chẩn đoán phải có độ nhạy, độ đặc hiệu cao và khả năng cập nhật liên tục để theo kịp sự tiến hóa của vi rút. Nghiên cứu tại miền Bắc Việt Nam đã trực tiếp đối mặt và tìm cách giải quyết những thách thức này thông qua việc áp dụng các kỹ thuật tiên tiến, góp phần nâng cao năng lực giám sát dịch bệnh quốc gia.

2.1. Sự đa dạng di truyền và biến đổi kháng nguyên của vi rút

Một trong những thách thức lớn nhất trong việc kiểm soát viêm đường hô hấp cấp là sự đa dạng di truyền và khả năng biến đổi kháng nguyên không ngừng của vi rút, điển hình là vi rút cúm A. Vật liệu di truyền của chúng là ARN, vốn có tỷ lệ đột biến cao trong quá trình sao chép. Hai cơ chế chính gây ra sự thay đổi này là "thay đổi nhỏ kháng nguyên" (antigenic drift) và "thay đổi lớn kháng nguyên" (antigenic shift). Thay đổi nhỏ là kết quả của các đột biến điểm tích lũy theo thời gian, gây ra các vụ dịch cúm mùa hàng năm. Trong khi đó, thay đổi lớn xảy ra khi có sự tái tổ hợp các phân đoạn gen giữa các chủng vi rút khác nhau, có thể tạo ra một phân tuýp hoàn toàn mới và gây ra các đại dịch toàn cầu. Sự biến đổi liên tục về đặc điểm di truyền của các gen mã hóa kháng nguyên bề mặt như HA và NA đòi hỏi một hệ thống giám sát chặt chẽ để phát hiện sớm các biến thể mới và đánh giá hiệu quả bảo vệ của vắc xin.

2.2. Hạn chế của các phương pháp chẩn đoán truyền thống

III. Phương pháp Realtime RT PCR xác định 12 tác nhân virus

Để vượt qua những hạn chế của phương pháp truyền thống, luận án của tác giả Trần Thị Thanh Loan đã triển khai kỹ thuật Realtime RT-PCR, một công cụ sinh học phân tử mạnh mẽ, để xác định đồng thời 12 tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp. Phương pháp này đã được áp dụng tại Trung tâm Cúm Quốc gia – Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, cho phép sàng lọc một cách toàn diện các mẫu bệnh phẩm. Việc sử dụng một quy trình chuẩn hóa giúp đảm bảo tính đồng bộ và độ chính xác cao, cung cấp một cái nhìn tổng thể về vai trò và tỷ lệ lưu hành của từng loại vi rút trong giai đoạn 2013-2016 tại miền Bắc Việt Nam. Các vi rút được xác định bao gồm các chủng cúm A, B; vi rút hợp bào hô hấp (RSV); vi rút á cúm (PIV); Adenovirus; hMPV và các vi rút khác. Cách tiếp cận này không chỉ mang lại giá trị chẩn đoán mà còn tạo ra một bộ dữ liệu dịch tễ học phân tử quý giá, làm cơ sở cho các phân tích sâu hơn về đặc điểm di truyền và sự phân bố của các mầm bệnh quan trọng này.

3.1. Quy trình thu thập mẫu bệnh phẩm tại miền Bắc Việt Nam

Nghiên cứu được tiến hành một cách hệ thống trên các bệnh nhân có triệu chứng viêm đường hô hấp cấp đang điều trị tại các bệnh viện lớn ở khu vực miền Bắc Việt Nam, bao gồm Bệnh viện Bạch Mai, Bệnh viện Nhi Trung ương, và Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương. Mẫu bệnh phẩm, chủ yếu là dịch họng và dịch nội khí quản, được thu thập trong suốt giai đoạn từ năm 2013 đến 2016. Quy trình thu thập, bảo quản và vận chuyển mẫu được tuân thủ nghiêm ngặt để đảm bảo chất lượng vật liệu di truyền của vi rút. Sự đa dạng về đối tượng bệnh nhân (cả trẻ em và người lớn) và địa điểm thu mẫu đã giúp nghiên cứu có được cái nhìn đại diện hơn về tình hình lưu hành các tác nhân vi rút trong cộng đồng, từ đó nâng cao tính tổng quát và độ tin cậy của các kết quả phân tích sau này.

3.2. Ưu điểm kỹ thuật Realtime RT PCR trong chẩn đoán vi rút

Kỹ thuật Realtime RT-PCR sở hữu nhiều ưu điểm vượt trội so với các phương pháp chẩn đoán trước đây. Thứ nhất, nó có độ nhạy và độ đặc hiệu rất cao, có thể phát hiện lượng vi rút rất nhỏ trong mẫu bệnh phẩm. Thứ hai, thời gian cho kết quả nhanh chóng, thường chỉ trong vài giờ, giúp các bác sĩ lâm sàng có định hướng điều trị sớm và hiệu quả. Thứ ba, hệ thống cho phép xét nghiệm đa mồi (multiplex), tức là có thể phát hiện nhiều tác nhân vi rút khác nhau trong cùng một lần chạy phản ứng, giúp tiết kiệm thời gian và chi phí. Chính nhờ những ưu điểm này, Realtime RT-PCR đã trở thành công cụ không thể thiếu trong giám sát dịch tễ học hiện đại, cho phép theo dõi sự lưu hành của các chủng vi rút gây VĐHHC một cách nhanh chóng và chính xác, góp phần quan trọng vào công tác phòng chống dịch bệnh.

IV. Bí quyết phân tích đặc điểm di truyền và kháng nguyên virus

Sau khi xác định sự hiện diện của các tác nhân vi rút bằng Realtime RT-PCR, bước tiếp theo và cũng là cốt lõi của luận án là phân tích sâu về đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên. Công việc này có ý nghĩa then chốt trong việc tìm hiểu sự tiến hóa của vi rút, mối liên quan giữa các chủng lưu hành tại Việt Nam với thế giới, và đặc biệt là đánh giá sự phù hợp của các chủng vắc xin được khuyến cáo. Nghiên cứu tập trung chủ yếu vào các chủng vi rút cúm mùa, là những tác nhân có khả năng biến đổi mạnh mẽ nhất. Bằng cách kết hợp phương pháp phân lập vi rút kinh điển với kỹ thuật giải trình tự gen hiện đại, công trình đã giải mã được thông tin di truyền của các protein kháng nguyên bề mặt, từ đó làm sáng tỏ bức tranh phân tử của các chủng vi rút gây viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam. Các dữ liệu này là bằng chứng khoa học trực tiếp, giúp dự báo các xu hướng biến đổi và cung cấp thông tin nền tảng cho các chiến lược y tế công cộng.

4.1. Kỹ thuật phân lập vi rút và giải trình tự gen HA NA

Đối với các mẫu dương tính với vi rút cúm, nghiên cứu đã tiến hành phân lập vi rút trên các dòng tế bào cảm thụ chuyên biệt như MDCK. Quá trình này nhằm mục đích nhân lên vi rút để có đủ lượng vật liệu cho các phân tích sâu hơn. Sau khi phân lập thành công, vật liệu di truyền (ARN) của vi rút được trích xuất và tiến hành giải trình tự gen Sanger. Trọng tâm của việc giải trình tự là các phân đoạn gen mã hóa cho hai kháng nguyên bề mặt quan trọng nhất: Hemagglutinin (HA) và Neuraminidase (NA). Gen HA quyết định khả năng bám của vi rút vào tế bào chủ và là mục tiêu chính của kháng thể trung hòa, trong khi gen NA giúp vi rút thoát ra khỏi tế bào đã nhiễm. Phân tích trình tự của hai gen này cho phép xác định các đột biến axit amin, từ đó suy ra những thay đổi về đặc tính kháng nguyên của vi rút.

4.2. Xây dựng cây gia hệ phylogenetic theo dõi sự tiến hóa

Dữ liệu trình tự gen thu được từ các chủng vi rút cúm tại Việt Nam được so sánh với các trình tự của các chủng tham chiếu từ ngân hàng gen quốc tế. Dựa trên mức độ tương đồng và khác biệt về di truyền, các nhà nghiên cứu đã sử dụng các thuật toán tin-sinh học để xây dựng cây gia hệ (phylogenetic tree). Cây gia hệ là một sơ đồ biểu diễn mối quan hệ tiến hóa giữa các chủng vi rút. Nó cho phép xác định nguồn gốc, phân nhóm/phân dòng (clade/sub-clade) của các chủng vi rút đang lưu hành tại miền Bắc Việt Nam và cho thấy chúng có liên quan như thế nào với các chủng vi rút trên toàn cầu. Việc phân tích cây gia hệ giúp theo dõi con đường tiến hóa của vi rút theo thời gian, phát hiện sự du nhập của các dòng di truyền mới và đánh giá sự khác biệt giữa các chủng vi rút địa phương so với chủng vắc xin khuyến cáo.

V. Kết quả nổi bật về đặc tính virus viêm hô hấp 2013 16

Công trình nghiên cứu đã mang lại những kết quả khoa học đột phá và có giá trị thực tiễn cao, cung cấp một bức tranh toàn cảnh và chi tiết về các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam trong giai đoạn 2013-2016. Tỷ lệ phát hiện vi rút trong các mẫu bệnh phẩm là rất cao, cho thấy vai trò chủ đạo của chúng trong các ca VĐHHC nhập viện. Nghiên cứu đã chỉ ra sự lưu hành đồng thời của nhiều họ vi rút khác nhau, trong đó họ Orthomyxoviridae (vi rút cúm) và Paramyxoviridae (RSV, PIV) chiếm tỷ trọng lớn. Đặc biệt, các phân tích sâu về đặc điểm di truyền của vi rút cúm A/H1N1pdm09, A/H3N2 và cúm B đã phát hiện ra những thay đổi axit amin quan trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến đặc tính kháng nguyên. Một phát hiện đáng chú ý khác là lần đầu tiên ghi nhận sự hiện diện của hMPV trên đối tượng người lớn tại Việt Nam, mở ra một hướng nghiên cứu mới về gánh nặng bệnh tật do tác nhân này gây ra.

5.1. Phân bố các họ vi rút gây bệnh tại miền Bắc Việt Nam

Kết quả chẩn đoán bằng Realtime RT-PCR cho thấy một sự đa dạng lớn các tác nhân vi rút gây bệnh. Trong số các mẫu được xét nghiệm, vi rút cúm (thuộc họ Orthomyxoviridae) là tác nhân được phát hiện phổ biến nhất, với sự lưu hành của cả ba loại vi rút cúm A/H1N1pdm09, A/H3N2 và cúm B. Tiếp theo là các vi rút thuộc họ Paramyxoviridae, trong đó vi rút hợp bào hô hấp (RSV) là nguyên nhân hàng đầu gây bệnh nặng ở trẻ nhỏ. Ngoài ra, nghiên cứu cũng ghi nhận sự hiện diện của các vi rút khác như Adenovirus và Rhinovirus (thuộc họ Picornaviridae) với tỷ lệ đáng kể. Sự phân bố của các loại vi rút này cho thấy sự thay đổi theo mùa và theo nhóm tuổi, cung cấp dữ liệu dịch tễ học quan trọng cho việc dự báo và lập kế hoạch phòng chống dịch tại khu vực.

5.2. Phân tích biến đổi di truyền của vi rút cúm A và B

Phân tích giải trình tự gen và cây gia hệ đã làm sáng tỏ đặc điểm di truyền của các chủng vi rút cúm lưu hành. Đối với vi rút cúm A/H1N1pdm09, các chủng tại Việt Nam thuộc các nhóm di truyền khác nhau và có sự tích lũy các đột biến axit amin trên protein HA theo thời gian. Tương tự, các chủng vi rút cúm A/H3N2 cũng cho thấy sự tiến hóa nhanh chóng, liên tục hình thành các phân nhóm mới, một số trong đó có sự khác biệt đáng kể so với chủng vắc xin. Nghiên cứu cũng chỉ ra sự đồng lưu hành của cả hai dòng cúm B là Victoria và Yamagata. Những dữ liệu phân tử này khẳng định sự biến đổi không ngừng của vi rút cúm mùa, nhấn mạnh tầm quan trọng của việc giám sát di truyền liên tục để đảm bảo hiệu quả của chương trình tiêm chủng vắc xin.

5.3. Đặc điểm các tác nhân khác như RSV hMPV và Adenovirus

Bên cạnh vi rút cúm, nghiên cứu cũng cung cấp thông tin giá trị về các tác nhân khác. RSV được xác định là nguyên nhân chính gây viêm tiểu phế quản và viêm phổi ở trẻ sơ sinh và trẻ nhỏ. Một trong những đóng góp mới và quan trọng nhất của luận án là việc lần đầu tiên công bố bằng chứng về sự lây nhiễm vi rút metapneumovirus ở người (hMPV) trong mẫu bệnh phẩm thu thập từ người lớn (19-59 tuổi) tại Việt Nam. Phát hiện này bổ sung thêm thông tin vào bức tranh toàn cầu về gánh nặng bệnh tật do hMPV, một tác nhân mà trước đây thường chỉ được chú ý ở trẻ em. Adenovirus cũng được ghi nhận là một tác nhân gây bệnh phổ biến, liên quan đến nhiều hội chứng lâm sàng khác nhau. Những kết quả này góp phần thúc đẩy các nghiên cứu sâu hơn về các loại vi rút ngoài cúm.

VI. Hướng đi tương lai giám sát và phòng chống viêm hô hấp cấp

Công trình nghiên cứu về đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên của các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2013-2016 đã đặt nền móng vững chắc cho các hoạt động giám sát và phòng chống dịch bệnh trong tương lai. Những dữ liệu thu thập được không chỉ có ý nghĩa khoa học mà còn là nguồn thông tin đầu vào thiết yếu cho các nhà hoạch định chính sách y tế. Chúng giúp đánh giá đúng gánh nặng bệnh tật, xác định các nhóm nguy cơ và định hướng cho việc phát triển các chiến lược can thiệp hiệu quả. Trong bối cảnh các mối đe dọa từ dịch bệnh truyền nhiễm ngày càng gia tăng, việc duy trì và mở rộng hệ thống giám sát dịch tễ học kết hợp với sinh học phân tử là yêu cầu cấp thiết. Điều này sẽ giúp Việt Nam chủ động hơn trong việc phát hiện các biến thể vi rút mới, lựa chọn vắc xin phù hợp và sẵn sàng ứng phó với các tình huống khẩn cấp về y tế công cộng, góp phần thực hiện cam kết về An ninh Y tế Toàn cầu.

6.1. Ý nghĩa khoa học và giá trị thực tiễn của công trình

Về mặt khoa học, đây là một trong những nghiên cứu toàn diện đầu tiên tại Việt Nam sử dụng phương pháp Realtime RT-PCR để giám sát đồng bộ 12 tác nhân hô hấp. Các dữ liệu về giải trình tự gen và cây gia hệ của vi rút cúm đã bổ sung thông tin quan trọng vào bản đồ di truyền vi rút toàn cầu. Việc công bố ca nhiễm hMPV ở người lớn cũng là một đóng góp mới mẻ. Về giá trị thực tiễn, kết quả nghiên cứu cung cấp bằng chứng khoa học cho việc lựa chọn chủng vắc xin cúm mùa phù hợp với các chủng đang lưu hành tại Việt Nam. Thông tin cập nhật về sự lưu hành các tác nhân vi rút giúp các cơ sở y tế nâng cao năng lực chẩn đoán và điều trị, đồng thời hỗ trợ hệ thống giám sát quốc gia trong việc cảnh báo và dự báo dịch bệnh.

6.2. Khuyến nghị phát triển vắc xin và chiến lược y tế công cộng

Dựa trên các kết quả nghiên cứu, một số khuyến nghị quan trọng được đưa ra. Cần tiếp tục duy trì và tăng cường năng lực của hệ thống giám sát quốc gia đối với các bệnh viêm đường hô hấp cấp, không chỉ tập trung vào vi rút cúm mà còn mở rộng ra các tác nhân khác như RSV và hMPV. Dữ liệu về đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên phải được cập nhật thường xuyên để hỗ trợ quá trình lựa chọn và phát triển vắc xin. Cần đẩy mạnh các nghiên cứu về gánh nặng bệnh tật do các vi rút hô hấp gây ra để có cơ sở cho việc phân bổ nguồn lực và xây dựng các chương trình tiêm chủng mở rộng. Cuối cùng, việc tăng cường hợp tác quốc tế trong chia sẻ dữ liệu và công nghệ là yếu tố then chốt để cùng nhau đối phó với thách thức chung về các bệnh truyền nhiễm đường hô hấp.

Nội dung chính

Tổng quan về luận án

Nhiễm trùng đường hô hấp cấp tính (VĐHHC) do căn nguyên vi rút đại diện cho gánh nặng bệnh tật và tỷ lệ tử vong hàng đầu trên phạm vi toàn cầu, đặc biệt tại các quốc gia có thu nhập trung bình và thấp. Theo báo cáo của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), "có khoảng 4,5 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong hàng năm do VĐHHC và do căn nguyên vi rút chiếm 40% trong tổng số đó". Tại các quốc gia nhiệt đới gió mùa như Việt Nam, mô hình lưu hành vi rút hô hấp mang tính chất quanh năm với các đợt bùng phát phức tạp, khác biệt rõ rệt so với tính chu kỳ mùa đông điển hình ở các vùng khí hậu ôn đới.

Khoảng trống nghiên cứu (research gap) trọng yếu trước năm 2013 tại miền Bắc Việt Nam nằm ở sự thiếu hụt dữ liệu dịch tễ học phân tử toàn diện, đồng bộ và đa tác nhân. Các nghiên cứu trước đây chủ yếu sử dụng phương pháp nuôi cấy phân lập cổ điển hoặc PCR thông thường vốn có độ nhạy hạn chế, chỉ khảo sát đơn lẻ từng mầm bệnh và chưa giải mã đầy đủ đặc điểm di truyền cũng như tính chất kháng nguyên của các chủng vi rút lưu hành. Nhằm giải quyết triệt để vấn đề này, công trình tiến sĩ của nghiên cứu sinh Trần Thị Thanh Loan (2018) đã thiết lập hệ thống giám sát phân tử đồng thời 12 tác nhân vi rút hô hấp phổ biến thuộc 4 họ vi rút chính: Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae và Adenoviridae.

Các câu hỏi và giả thuyết nghiên cứu được xác lập cụ thể:

• Câu hỏi nghiên cứu 1 (RQ1): Tỷ lệ hiện mắc, phân bố theo thời gian, lứa tuổi và cơ cấu phân nhóm của 12 tác nhân vi rút gây VĐHHC tại các bệnh viện tuyến trung ương miền Bắc giai đoạn 2013-2016 diễn biến ra sao?
• Câu hỏi nghiên cứu 2 (RQ2): Mức độ biến đổi di truyền trên các phân đoạn gen kháng nguyên bề mặt (HA, NA) của vi rút cúm (A/H1N1pdm09, A/H3N2, Cúm B) có tương đồng với các chủng vắc xin khuyến cáo của WHO hay đã xuất hiện hiện tượng trôi dạt kháng nguyên (antigenic drift)?
• Giả thuyết nghiên cứu 1 (H1): Vi rút cúm mùa, RSV và Rhinovirus là những căn nguyên chiếm tỷ lệ áp đảo ở bệnh nhân nội trú, với sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa các nhóm tuổi (<5 tuổi, 19-59 tuổi, >65 tuổi).
• Giả thuyết nghiên cứu 2 (H2): Các chủng vi rút cúm lưu hành tại Việt Nam tích lũy các đột biến điểm đặc hiệu trên các vị trí kháng nguyên (antigenic sites) của protein HA và NA, dẫn đến sự phân nhánh di truyền mới và làm suy giảm hiệu lực bảo vệ của kháng thể đặc hiệu vắc xin chuẩn.

Công trình dựa trên khung lý thuyết tiến hóa phân tử vi rút ARN và dịch tễ học thực chứng, khảo sát toàn bộ mẫu bệnh phẩm dịch tỵ hầu và dịch nội khí quản từ bệnh nhân VĐHHC điều trị tại các bệnh viện trọng điểm (Bạch Mai, Bệnh viện Nhi Trung ương, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương, Bệnh viện Phổi Trung ương, Bệnh viện Xanh Pôn). Ý nghĩa đột phá của nghiên cứu thể hiện qua việc cung cấp bản đồ phân tử chi tiết đầu tiên về 12 mầm bệnh hô hấp, đặc biệt là bằng chứng đầu tiên về nhiễm Human Metapneumovirus (hMPV) ở người trưởng thành tại Việt Nam.

Literature Review và Positioning

Tổng quan tài liệu chuyên ngành phân lập ba dòng nghiên cứu chính về vi rút học đường hô hấp:

Dòng nghiên cứu 1: Động lực học tiến hóa và biến đổi kháng nguyên vi rút cúm. Nền tảng lý thuyết của Webster & Laver (1982) cùng Smith et al. (2004) xác lập cơ chế đột biến điểm (antigenic drift) và trao đổi đoạn gen (antigenic shift) của Orthomyxoviridae. Sau đại dịch cúm 2009, các công trình của Garten et al. (2009) và Nelson et al. (2011) tập trung theo dõi sự thích nghi của vi rút cúm A/H1N1pdm09 trên vật chủ người. Tuy nhiên, phần lớn các dữ liệu giám sát dịch tễ học toàn cầu (GISRS/WHO) thường tập trung mật độ cao tại Bắc bán cầu ôn đới, tạo ra vùng trũng dữ liệu phân tử tại khu vực Đông Nam Á nhiệt đới – nơi được xem là tâm điểm phát sinh các biến thể cúm mới.

Dòng nghiên cứu 2: Dịch tễ học phân tử của Paramyxoviridae và Picornaviridae. Các công trình kinh điển của Collins et al. (2007) về Respiratory Syncytial Virus (RSV) và phát hiện đột phá của van den Hoogen et al. (2001) về Human Metapneumovirus (hMPV) đã định hình hiểu biết về căn nguyên viêm tiểu phế quản và viêm phổi ở trẻ nhỏ. Tranh luận khoa học lớn tồn tại giữa hai quan điểm: (1) Nhóm quan điểm truyền thống (như Hall et al., 2009) cho rằng hMPV và RSV chỉ là mầm bệnh nghiêm trọng ở trẻ em dưới 5 tuổi và người già suy giảm miễn dịch; (2) Nhóm quan điểm tiến bộ (như Falsey et al., 2005) khẳng định hMPV là tác nhân gây bệnh đáng kể ở cả người trưởng thành khỏe mạnh nhưng thường bị bỏ sót do thiếu công cụ chẩn đoán nhạy bén.

Dòng nghiên cứu 3: Phân tích đồng nhiễm và chẩn đoán đa tác nhân. Các nghiên cứu của Jansen et al. (2011) và Martin et al. (2010) tranh luận về tác động lâm sàng của hiện tượng đồng nhiễm (co-infection) giữa Adenovirus, Rhinovirus và vi rút cúm. Một trường phái cho rằng đồng nhiễm làm gia tăng mức độ nghiêm trọng của bệnh, trong khi trường phái đối lập chứng minh sự can thiệp vi rút (viral interference) triệt tiêu độc lực lẫn nhau.

So sánh với hai nghiên cứu quốc tế tiêu biểu trong khu vực:

1. Nghiên cứu của Dapat et al. (2012) tại Philippines trong giai đoạn 2008-2012 khảo sát dịch tễ học phân tử RSV ghi nhận sự luân phiên độc quyền giữa hai genotype RSV-A (NA1) và RSV-B (BA). Luận án của Trần Thị Thanh Loan mở rộng quy mô vượt ra ngoài đơn tác nhân, đặt RSV trong tương quan hệ sinh thái vi rút đa loài cùng với hMPV và cúm.
2. Nghiên cứu của Suwannakarn et al. (2014) tại Thái Lan về đặc tính di truyền cúm A/H3N2 chỉ tập trung giải trình tự cục bộ gen HA. Ngược lại, luận án này tiến hành giải trình tự song song cả hai phân đoạn gen kháng nguyên quyết định độc lực và kháng thuốc (HA và NA), kết hợp chặt chẽ giữa kiểu gen (phylogenetic clades) và kiểu hình kháng nguyên (HI assay titer).

Công trình định vị thành công vị trí tiên phong trong y sinh học Việt Nam bằng cách khỏa lấp khoảng trống dịch tễ học phân tử thời gian thực, cung cấp bằng chứng thực nghiệm trực tiếp đóng góp vào mạng lưới giám sát toàn cầu của WHO.

Đóng góp lý thuyết và khung phân tích

Đóng góp cho lý thuyết

Luận án mở rộng thuyết tiến hóa chọn lọc miễn dịch (Immune Selection Theory) của Grenfell et al. (2004) đối với vi rút cúm mùa lưu hành tại quần thể nhiệt đới. Bằng việc phân tích cấu trúc không gian ba chiều của chuỗi polypeptide HA1 và HA2, nghiên cứu chứng minh rằng áp lực chọn lọc của kháng thể vật chủ tại các vùng epitop kháng nguyên (Antigenic sites A, B, C, D, E trên H3N2; Sa, Sb, Ca, Cb trên H1N1) thúc đẩy các đột biến điểm thế amino acid có tính tích lũy cao.

Mô hình lý thuyết của luận án thiết lập mối liên hệ nhân quả giữa:

1. Đột biến nucleotide trên khung đọc mở (ORF) của gen HA/NA;
2. Thay đổi cấu trúc bậc ba của glycoprotein bề mặt (biến đổi các vị trí glycosyl hóa và túi gắn thụ thể sialic acid);
3. Hiện tượng lệch pha kháng nguyên (antigenic mismatch) thể hiện qua sự suy giảm hiệu giá ức chế ngưng kết hồng cầu (HI titer) khi đối chiếu với các chủng vắc xin chuẩn quốc tế (như A/California/7/2009 cho H1N1, A/Texas/50/2012 và A/Hong Kong/4801/2014 cho H3N2).

Phát hiện về sự phân bố của hMPV trên người trưởng thành đã thách thức mô hình dịch tễ học lứa tuổi kinh điển của Paramyxovirus, chứng minh rằng sự biến đổi di truyền của các phân nhóm hMPV A và B cho phép vi rút tái nhiễm liên tục ở mọi lứa tuổi trong suốt vòng đời sinh học.

Khung phân tích độc đáo

Khung phân tích của luận án là sự tích hợp đa tầng giữa ba lý thuyết sinh học phân tử cốt lõi:

• Thuyết tương tác Thụ thể - Phân tử bám dính (Receptor-Ligand Interaction Paradigm) của Skehel & Wiley (2000), giải thích cơ chế nhận diện thụ thể $\alpha$-2,6 và $\alpha$-2,3 sialic acid của vi rút cúm và ICAM-1 của Rhinovirus;
• Thuyết Hợp màng qua trung gian Glycoprotein (Viral Membrane Fusion Theory) của Lamb & Parks (2007), làm rõ vai trò phân cắt tiền chất F0 thành F1-F2 ở vi rút RSV và hMPV tạo nên hiệu ứng hủy hoại tế bào tạo hợp bào (syncytial);
• Lý thuyết Phát sinh loài Phân tử (Molecular Phylogenetics) của Nei & Kumar (2000), ứng dụng thuật toán Maximum Likelihood và Neighbor-Joining để tái dựng cây gia hệ tiến hóa.

Khung phân tích được chuẩn hóa nghiêm ngặt từ khâu thu thập lâm sàng $\rightarrow$ định danh phân tử Realtime RT-PCR $\rightarrow$ phân lập trên các dòng tế bào chuẩn $\rightarrow$ giải trình tự nucleotide Sanger $\rightarrow$ lập bản đồ dịch tễ học không gian - thời gian, xác lập các điều kiện biên (boundary conditions) chặt chẽ cho quần thể bệnh nhân nội trú miền Bắc Việt Nam.

Phương pháp nghiên cứu tiên tiến

Thiết kế nghiên cứu

Nghiên cứu theo đuổi triết lý khoa học thực chứng hậu kỳ (post-positivism), kết hợp thiết kế dịch tễ học mô tả cắt ngang có theo dõi dọc (longitudinal descriptive cross-sectional study) từ tháng 1/2013 đến tháng 12/2016. Thiết kế đa tầng (multi-level design) được triển khai trên 3 cấp độ:

1. Cấp độ quần thể lâm sàng: Thu thập mẫu bệnh phẩm kèm thông tin dịch tễ, lứa tuổi, giới tính, thời gian khởi phát và chẩn đoán lâm sàng tại 5 bệnh viện tuyến đầu;
2. Cấp độ tế bào: Đánh giá khả năng cảm nhiễm và hình thái tế bào bị hủy hoại (CPE) trên 4 dòng tế bào chuyên biệt;
3. Cấp độ phân tử: Phân tích định lượng bản sao ARN/ADN và giải mã trình tự nucleotide của các đoạn gen mục tiêu.

Cỡ mẫu nghiên cứu bao gồm hàng nghìn bệnh nhân nhập viện được chẩn đoán VĐHHC theo định nghĩa ca bệnh chuẩn của WHO: sốt $\ge 38^\circ\text{C}$, kèm theo ho hoặc đau họng và khởi phát trong vòng 7 ngày gần nhất. Tiêu chuẩn lựa chọn bao gồm bệnh nhân ở mọi lứa tuổi có biểu hiện VĐHHC được chỉ định lấy mẫu dịch tỵ hầu hoặc dịch hút nội khí quản; tiêu chuẩn loại trừ là các trường hợp mẫu bệnh phẩm bảo quản không đúng quy trình chuỗi lạnh (nhiệt độ $> -70^\circ\text{C}$ kéo dài) hoặc thiếu thông tin bệnh án cơ bản.

Quy trình nghiên cứu rigorous

Quy trình thu thập và xử lý bệnh phẩm tuân thủ nghiêm ngặt theo khuyến cáo của US CDC và WHO GISRS:

• Tách chiết vật liệu di truyền: ARN và ADN tổng số được chiết tách tự động và bán tự động bằng bộ kít thương mại đạt chuẩn IVD (như QIAamp Viral RNA Mini Kit, Qiagen), đảm bảo độ tinh sạch $A_{260}/A_{280} \approx 1.8 - 2.0$.
• Hệ thống Realtime RT-PCR đa mồi (Multiplex Realtime RT-PCR): Sử dụng hệ thống mồi (primers) và mẫu dò huỳnh quang (TaqMan probes) đặc hiệu phát hiện đồng thời 12 tác nhân: Cúm A (A/H1N1pdm09, A/H3N2, A/H5N1), Cúm B, RSV, hMPV, PIV1, PIV2, PIV3, PIV4, Rhinovirus, Enterovirus, Adenovirus và vi rút Sởi.
• Phân lập vi rút trên tế bào cảm thụ: Bệnh phẩm dương tính được đồng nhiễm vào các dòng tế bào:
  • MDCK (Madin-Darby Canine Kidney) để phân lập vi rút cúm;
  • HEp-2 (Human epithelial type 2 cells) để quan sát hiệu ứng hủy tế bào tạo hợp bào của RSV;
  • A549 (Alveolar Type II pulmonary epithelium) cho Adenovirus;
  • LLC-MK2 (Rhesus Monkey Kidney Epithelial Cells) cho hMPV và Parainfluenza.
• Phản ứng ức chế ngưng kết hồng cầu (HI Assay): Đánh giá kháng nguyên vi rút cúm sử dụng hồng cầu gà tây (turkey RBCs 0.5%) hoặc hồng cầu chuột lang (guinea pig RBCs 0.75%), đối chiếu với bộ kháng huyết thanh mẫu chuẩn từ Trung tâm Cúm Quốc gia (NIHE) và WHO.
• Kỹ thuật giải trình tự Sanger: Khuếch đại phân đoạn gen kháng nguyên HA (1778 nucleotide với H1N1pdm09, 1184 nucleotide với H3N2, 1115 nucleotide với Cúm B) và gen kháng thuốc NA (1413 nucleotide với H1N1pdm09, 1455 nucleotide với H3N2), giải trình tự trên hệ thống ABI 3130/3500 Genetic Analyzer.
• Tam giác đạc (Triangulation): Kết hợp chặt chẽ dữ liệu dịch tễ học lâm sàng, kết quả sinh học phân tử thời gian thực và hình thái học nuôi cấy tế bào. Độ tin cậy của quy trình được kiểm định bằng hệ thống chứng âm, chứng dương (positive/negative controls), chứng nội sinh (human RNase P) trong từng mẻ phản ứng.

Data và phân tích

Số liệu phân tử và dịch tễ được xử lý thông qua các phần mềm tin sinh học và thống kê y sinh chuyên dụng:

• Xử lý trình tự gen: Phần mềm BioEdit v7.2 và DNASTAR Lasergene để căn chỉnh trình tự (sequence alignment), loại bỏ nucleotide chất lượng thấp (Phred score < 30).
• Phân tích phát sinh loài: Phần mềm MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) phiên bản 6.0/7.0, xây dựng cây gia hệ bằng thuật toán Neighbor-Joining (Kimura 2-parameter model) và Maximum Likelihood với kiểm định Bootstrap 1.000 lần lặp.
• Phân tích dịch tễ học và tương quan: Sử dụng SPSS phiên bản 20.0 và R package, áp dụng kiểm định Chi-bình phương ($\chi^2$), Fisher’s exact test để so sánh tỷ lệ nhiễm giữa các nhóm tuổi, giới tính và theo các tháng trong năm; giá trị $p < 0.05$ được coi là có ý nghĩa thống kê với khoảng tin cậy 95% ($95%\text{ CI}$).

Phát hiện đột phá và implications

Những phát hiện then chốt

Công trình đã cung cấp những phát hiện thực nghiệm mang tính bước ngoặt cho ngành vi sinh vật học lâm sàng tại Việt Nam:

1. Cơ cấu phân bố tác nhân và gánh nặng VĐHHC: Xác định tỷ lệ lưu hành thực tế của 12 tác nhân vi rút, trong đó vi rút cúm (Chiếm ưu thế gồm Cúm A/H1N1pdm09, A/H3N2, Cúm B), RSV và Rhinovirus là ba tác nhân hàng đầu gây nhập viện. RSV chiếm tỷ lệ cao nhất ở nhóm trẻ nhỏ dưới 2 tuổi, gây tổn thương hủy hoại tế bào nghiêm trọng (CPE điển hình dạng hợp bào đa nhân trên dòng tế bào HEp-2).

2. Bằng chứng dịch tễ đột phá về hMPV ở người trưởng thành: Luận án khẳng định: "Đây là thông báo đầu tiên về nhiễm hMPV trong mẫu bệnh phẩm thu thập tại đối tượng người lớn (19-59 tuổi) tại Việt Nam." Kết quả này phá vỡ định kiến dịch tễ cho rằng hMPV chỉ lưu hành ở đối tượng nhi khoa, chỉ ra vai trò của hMPV như một căn nguyên gây viêm phổi cộng đồng đáng kể ở người trưởng thành có bệnh lý nền.

3. Tiến hóa phân tử và phân nhóm di truyền của Vi rút Cúm A/H1N1pdm09: Cây gia hệ phân đoạn gen HA (1778 nucleotide) và NA (1413 nucleotide) chỉ ra rằng toàn bộ các chủng A/H1N1pdm09 tại miền Bắc giai đoạn 2013-2016 thuộc nhóm di truyền 6 (Clade 6), tiếp tục phân hóa thành các phân nhóm 6B, 6B.1 và 6B.2. Các chủng này mang các đột biến amino acid đặc trưng tại vùng kháng nguyên HA (như S84N, S162N làm xuất hiện vị trí glycosyl hóa mới, và I216T).

4. Sự trôi dạt kháng nguyên và phân nhánh phức tạp của Cúm A/H3N2: Vi rút H3N2 tại miền Bắc phân chia thành hai phân nhóm chính là 3C.2a và 3C.3a. Phân tích phân đoạn HA (1184 nucleotide) ghi nhận các đột biến quan trọng F159Y, K160T (tạo điểm N-glycosyl hóa mới tại antigenic site B) và N225D tại vùng gắn thụ thể. Dữ liệu HI assay cho thấy các chủng thuộc phân nhóm 3C.2a có sự suy giảm phản ứng chéo rõ rệt đối với kháng huyết thanh của chủng vắc xin A/Texas/50/2012, lý giải sự sụt giảm hiệu lực bảo vệ của vắc xin cúm mùa năm 2014-2015.

5. Đặc điểm dịch tễ đồng lưu hành của hai dòng Cúm B (Victoria và Yamagata): Cúm B dòng Yamagata (Clade 3 và Clade 2) và dòng Victoria (Clade 1A) đồng thời lưu hành và luân chuyển ưu thế theo từng năm (Yamagata chiếm ưu thế năm 2014, Victoria tái bùng phát năm 2016), nhấn mạnh tính cấp thiết của việc chuyển đổi từ vắc xin cúm tam giá (Trivalent) sang vắc xin tứ giá (Quadrivalent) tại Việt Nam.

Implications đa chiều

• Đóng góp lý thuyết: Bổ sung dữ liệu thực chứng cho lý thuyết tiến hóa chọn lọc của ARN vi rút tại vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa, chứng minh cơ chế tích lũy đột biến trên epitop kháng nguyên giúp vi rút thoát khỏi miễn dịch cộng đồng.
• Đổi mới phương pháp luận: Chuẩn hóa quy trình Realtime RT-PCR đa tác nhân kết hợp giải trình tự Sanger và nuôi cấy tế bào cảm thụ (MDCK, HEp-2, A549, LLC-MK2), có thể chuyển giao cho hệ thống giám sát bệnh truyền nhiễm trên toàn quốc.
• Thực hành lâm sàng: Cung cấp cơ sở khoa học cho các bác sĩ lâm sàng tại các khoa Hồi sức cấp cứu và Truyền nhiễm hạn chế lạm dụng kháng sinh không cần thiết khi căn nguyên được xác định là vi rút, đồng thời định hướng sử dụng sớm thuốc kháng vi rút ức chế neuraminidase (Oseltamivir, Zanamivir) trong 48 giờ đầu cho các ca nhiễm cúm nặng.
• Hoạch định chính sách y tế công cộng: Cung cấp số liệu chính xác để Bộ Y tế cập nhật hướng dẫn chẩn đoán, điều trị VĐHHC và đưa ra khuyến cáo lựa chọn thành phần chủng vắc xin cúm hàng năm phù hợp với dịch tễ học Việt Nam, đóng góp trực tiếp vào Chương trình An ninh Y tế Toàn cầu (GHSA) và Điều lệ Y tế Quốc tế (IHR-2005).

Limitations và Future Research

Luận án thừa nhận một số giới hạn nghiên cứu khách quan:

1. Phạm vi địa lý và đối tượng: Nghiên cứu chủ yếu tập trung vào bệnh nhân nội trú tại các bệnh viện tuyến cuối ở khu vực miền Bắc, chưa bao phủ toàn diện các ca bệnh ngoại trú nhẹ trong cộng đồng hoặc tại các tỉnh vùng sâu vùng xa, cũng như chưa có dữ liệu đối chiếu trực tiếp với miền Trung và miền Nam.
2. Rào cản công nghệ giải trình tự: Việc sử dụng kỹ thuật giải trình tự Sanger truyền thống chỉ cho phép phân tích các đoạn gen kháng nguyên mục tiêu (HA, NA), chưa thực hiện giải trình tự toàn bộ hệ gen (Whole Genome Sequencing - Next Generation Sequencing) để khảo sát toàn diện 8 phân đoạn gen của vi rút cúm.
3. Đánh giá động lực học miễn dịch: Chưa thiết kế nghiên cứu thuần tập (cohort study) theo dõi dọc hiệu giá kháng thể trung hòa sau nhiễm bệnh hoặc sau tiêm vắc xin trên từng cá thể.

Chương trình nghiên cứu tiếp nối (Future Research Agenda):

• Hướng 1: Ứng dụng công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS) để giải mã toàn bộ hệ gen vi rút (WGS) của RSV, hMPV và Cúm, phát hiện các hiện tượng tái tổ hợp gen (recombination/reassortment) hiếm gặp.
• Hướng 2: Mở rộng nghiên cứu dịch tễ học phân tử của hMPV trên diện rộng, xác định các genotype lưu hành chính (A1, A2, B1, B2) tại Việt Nam phục vụ mục tiêu phát triển vắc xin tiểu đơn vị trong tương lai.
• Hướng 3: Khảo sát tỷ lệ đột biến kháng thuốc ức chế neuraminidase (như đột biến H275Y trên gen NA của A/H1N1pdm09 hoặc E119V, R292K trên H3N2) trên quy mô dịch tễ lớn.
• Hướng 4: Đánh giá hiệu quả thực tế (Vaccine Effectiveness) của vắc xin cúm mùa trên các nhóm nguy cơ cao (trẻ em dưới 5 tuổi, người cao tuổi, nhân viên y tế) tại Việt Nam.

Tác động và ảnh hưởng

• Tác động học thuật: Các dữ liệu trình tự gen HA và NA từ luận án đã được đăng ký trên cơ sở dữ liệu quốc tế GenBank và GISAID, đóng góp nguồn tài nguyên quý giá cho cộng đồng nghiên cứu vi sinh vật học và dịch tễ học phân tử toàn cầu, phục vụ việc dự báo các chủng vi rút cúm đại dịch tiềm năng.
• Chuyển đổi y tế dự phòng và công nghiệp sinh học: Kết quả nghiên cứu về sự biến đổi kháng nguyên là cơ sở dữ liệu nền tảng cho các viện nghiên cứu vắc xin trong nước (như IVAC, VABIOTECH) nghiên cứu sản xuất vắc xin cúm mùa bất hoạt đa giá "Made in Vietnam" tương thích cao với chủng nội địa.
• Ảnh hưởng chính sách: Đóng vai trò là bằng chứng khoa học vững chắc giúp Cục Y tế Dự phòng (Bộ Y tế) xây dựng kế hoạch hành động quốc gia phòng chống đại dịch cúm và các bệnh lây truyền qua đường hô hấp cấp tính nguy hiểm.

Đối tượng hưởng lợi

• Nghiên cứu sinh và Giới học thuật: Tiếp cận khung phương pháp luận kết hợp chặt chẽ giữa Realtime RT-PCR, nuôi cấy mô tế bào, HI assay và phân tích phát sinh loài phân tử; xác định rõ các khoảng trống nghiên cứu về vi rút đường hô hấp nhiệt đới.
• Bác sĩ lâm sàng: Có căn cứ khoa học vững chắc để chẩn đoán phân biệt sớm các hội chứng hô hấp do vi rút, tối ưu hóa phác đồ điều trị hỗ trợ, sử dụng thuốc kháng vi rút đúng chỉ định và quản lý kháng sinh hợp lý tại các khoa nhi và hồi sức.
• Các nhà phát triển vắc xin và sinh phẩm chẩn đoán: Nắm bắt chính xác các đột biến gen kháng nguyên và epitope bề mặt của vi rút cúm và RSV để thiết kế các kít RT-PCR độ nhạy cao và tối ưu hóa kháng nguyên vắc xin.
• Nhà hoạch định chính sách: Sử dụng dữ liệu dịch tễ học thực chứng để lập ngân sách y tế dự phòng, chuẩn bị kho dự trữ thuốc kháng vi rút quốc gia và xây dựng các chiến dịch truyền thông y tế công cộng vào các thời điểm đỉnh dịch trong năm.

Câu hỏi chuyên sâu

1. Đóng góp lý thuyết độc đáo nhất của luận án là gì và đã mở rộng lý thuyết nào? Trả lời: Đóng góp lý thuyết độc đáo nhất là việc mở rộng Thuyết chọn lọc miễn dịch tiến hóa (Immune Selection Theory) trong bối cảnh sinh thái học vi rút nhiệt đới. Nghiên cứu đã chứng minh chi tiết các bước tiến hóa vi mô (microevolution) trên phân đoạn gen HA của vi rút cúm A/H1N1pdm09 và A/H3N2 lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, chỉ ra rằng các đột biến điểm tích lũy tại các vị trí tiếp xúc kháng nguyên (như Clade 6B ở H1N1 và Clade 3C.2a ở H3N2) đã làm thay đổi tính sinh miễn dịch và giảm tính tương đồng với các chủng vắc xin chuẩn của Bắc bán cầu.

2. Đổi mới phương pháp luận của luận án khi so sánh với các nghiên cứu trước đây? Trả lời: So với các nghiên cứu trước đây tại Việt Nam vốn chỉ áp dụng kỹ thuật PCR thông thường hoặc nuôi cấy tế bào đơn lẻ (như các nghiên cứu của Nguyễn Lê Khánh Hằng giai đoạn trước 2010), luận án đã thiết lập quy trình tích hợp toàn diện: (1) Sàng lọc đồng thời 12 tác nhân bằng Multiplex Realtime RT-PCR; (2) Phân lập trên 4 hệ thống dòng tế bào chuẩn (MDCK, HEp-2, A549, LLC-MK2); (3) Định typ kháng nguyên bằng phản ứng ức chế ngưng kết hồng cầu (HI) với hồng cầu chuẩn; (4) Giải trình tự Sanger hoàn chỉnh các phân đoạn gen kháng nguyên HA/NA và dựng cây gia hệ bằng thuật toán Maximum Likelihood.

3. Phát hiện bất ngờ nhất được hỗ trợ bởi dữ liệu thực nghiệm là gì? Trả lời: Phát hiện bất ngờ nhất là sự hiện diện của Human Metapneumovirus (hMPV) trong mẫu bệnh phẩm VĐHHC ở nhóm người trưởng thành (19-59 tuổi) điều trị tại bệnh viện. Trước đây, hMPV thường chỉ được coi là tác nhân gây bệnh ở trẻ sơ sinh và người già. Dữ liệu thực nghiệm của luận án cung cấp bằng chứng dịch tễ học đầu tiên tại Việt Nam xác nhận người trưởng thành cũng là đối tượng cảm nhiễm và nhập viện do hMPV, mở rộng phạm vi theo dõi dịch tễ học của mầm bệnh này.

4. Nghiên cứu có cung cấp quy trình nhân bản (Replication Protocol) hoàn chỉnh không? Trả lời: Nghiên cứu cung cấp chi tiết toàn bộ quy trình thực nghiệm có khả năng lặp lại tuyệt đối (high reproducibility), bao gồm: danh mục các cặp mồi và mẫu dò huỳnh quang TaqMan cho 12 tác nhân; nồng độ hóa chất và chu trình nhiệt cho phản ứng Realtime RT-PCR; quy trình xử lý bệnh phẩm dịch tỵ hầu; môi trường nuôi cấy và điều kiện duy trì các dòng tế bào MDCK, HEp-2, A549, LLC-MK2; nồng độ hồng cầu chuẩn và quy trình chuẩn bị kháng huyết thanh đặc hiệu cho phản ứng HI; cùng các thông số phần mềm xử lý gen BioEdit và MEGA.

5. Chương trình nghiên cứu 10 năm được định hình từ luận án như thế nào? Trả lời: Chương trình 10 năm tập trung vào 3 trục chính: (1) Nâng cấp hệ thống giám sát phân tử sang công nghệ Next-Generation Sequencing (NGS) để giải mã toàn bộ hệ gen (Whole Genome) của tất cả các vi rút hô hấp mới nổi; (2) Xây dựng ngân hàng dữ liệu kháng nguyên và theo dõi đột biến kháng thuốc (NAIs) định kỳ hàng năm; (3) Phối hợp liên ngành phát triển vắc xin đa giá thế hệ mới (Universal Influenza Vaccine và vắc xin tái tổ hợp phòng ngừa RSV/hMPV) phù hợp với cấu trúc di truyền của quần thể vi rút lưu hành tại Việt Nam.

Kết luận

Công trình luận án tiến sĩ sinh học của Trần Thị Thanh Loan (2018) đã đúc kết các giá trị khoa học và thực tiễn mang tính nền tảng:

1. Thiết lập thành công bức tranh toàn cảnh về dịch tễ học phân tử của 12 tác nhân vi rút gây VĐHHC tại các bệnh viện trọng điểm miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2013-2016 bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR có độ nhạy và độ đặc hiệu cao.
2. Cung cấp dữ liệu di truyền học đầy đủ và chi tiết về sự phân nhóm tiến hóa của vi rút Cúm A/H1N1pdm09 (Clade 6B, 6B.1, 6B.2), Cúm A/H3N2 (Clade 3C.2a, 3C.3a) và hai dòng Cúm B (Victoria và Yamagata).
3. Đánh giá sự tương đồng và sai khác về đặc tính kháng nguyên giữa các chủng vi rút cúm thực địa với các chủng vắc xin chuẩn của WHO thông qua phản ứng ức chế ngưng kết hồng cầu (HI), giải thích cơ chế lệch pha vắc xin mùa.
4. Báo cáo bằng chứng thực nghiệm đầu tiên về tỷ lệ nhiễm vi rút hMPV ở bệnh nhân VĐHHC là người trưởng thành (19-59 tuổi) tại Việt Nam, đóng góp quan trọng vào y văn dịch tễ học hô hấp.
5. Chuẩn hóa quy trình kỹ thuật nuôi cấy phân lập, quan sát hiệu ứng hủy tế bào (CPE) trên 4 dòng tế bào MDCK, HEp-2, A549, LLC-MK2, tạo tiền đề lưu trữ nguồn gen chủng vi rút phục vụ nghiên cứu y sinh học.
6. Mở ra 3 hướng nghiên cứu phân tử mới cho y học nhiệt đới: dịch tễ học toàn bộ hệ gen (Genomic Epidemiology) bằng NGS, cơ chế kháng thuốc kháng vi rút và công nghệ phát triển vắc xin cúm tứ giá thế hệ mới thích ứng với dịch tễ học khu vực.

Trích đoạn nội dung tài liệu

MỞ ĐẦU Viêm đƣờng hô hấp cấp (VĐHHC) do căn nguyên vi rút là một trong những nguyên nhân gây tử vong hàng đầu tại các nƣớc đang phát triển. Theo báo cáo của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) có khoảng 4,5 triệu trẻ em dƣới 5 tuổi tử vong hàng năm do VĐHHC và do căn nguyên vi rút chiếm 40% trong tổng số đó [69]. Các tác nhân vi rút thƣờng gặp nhƣ vi rút cúm mùa (Influenzavirus), vi rút hợp bào đƣờng hô hấp (RSV), vi rút á cúm (Parainfluenzavirus) đã đƣợc ghi nhận. Bên cạnh đó sự xuất hiện của các tác nhân vi rút mới nhƣ vi rút cúm A/H5N1 (1997), metapneumovirus (hMPV) (2001), SARS-CoV (2003), cúm A/H1N1 đại dịch (2009), vi rút MERS-CoV (tháng 9/2012) và gần đây nhất là vi rút cúm A/H7N9 lây từ gia cầm sang ngƣời tại Trung Quốc (4/2013)…[31, 142] đã làm tăng mối quan ngại cho sức khỏe cộng đồng, đặc biệt đối với trẻ em và ngƣời già (>65 tuổi).

Trong khi đó, thuốc kháng vi rút dùng trong điều trị đặc hiệu là hạn chế, vắc xin dự phòng của nhiều tác nhân vẫn còn trong giai đoạn nghiên cứu và phát triển. Vi rút gây VĐHHC thƣờng mang tính chất mùa tại các nƣớc có khí hậu ôn đới, trong khi Việt Nam là nƣớc nhiệt đới, có sự khác biệt rõ rệt của khí hậu tại 2 khu vực miền Bắc và miền Nam. Do phần lớn các tác nhân vi rút gây bệnh VĐHHC có sự đa dạng di truyền và đặc tính kháng nguyên nên việc nghiên cứu để lựa chọn vi rút phát triển vắc xin phòng bệnh có tính ổn định cao và đại diện cho quần thể vi rút lƣu hành là cần thiết. Các nghiên cứu trƣớc đây về vi rút VĐHHC đã có tại Việt Nam sử dụng phƣơng pháp phân lập vi rút trên tế bào cảm thụ hoặc phƣơng pháp PCR thông thƣờng nên chƣa mang tính đồng bộ, chƣa phản ánh đƣợc đầy đủ tỷ lệ lƣu hành và đặc điểm của các loại vi rút gây VĐHHC.

Cùng với sự tiến bộ của khoa học kỹ thuật trong lĩnh vực Y-Sinh học tại Việt Nam những năm gần đây, kỹ thuật Realtime RT-PCR đã đƣợc triển 9 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] khai nhằm phát hiện toàn bộ các tác nhân vi rút gây VĐHHC với độ chính xác cao trong thời gian ngắn giúp cho các bác sĩ lâm sàng có định hƣớng điều trị hiệu quả. Tuy nhiên, thông tin về vai trò, đặc điểm vi rút học của các tác nhân vi rút gây VĐHHC tại Việt Nam còn hạn chế. Xuất phát từ lý do trên, chúng tôi tiến hành đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên của một số tác nhân vi rút gây viêm đƣờng hô hấp cấp trên bệnh nhân tại bệnh viện ở miền Bắc Việt Nam, 2013-2016‖ với mục tiêu: 1. Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đƣờng hô hấp cấp bằng phƣơng pháp Realtime RT-PCR.

Phân tích đặc điểm di truyền, tính kháng nguyên một số tác nhân vi rút chủ yếu gây viêm đƣờng hô hấp cấp trong giai đoạn nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu Gồm 2 nội dung chính: Nội dung 1: Xác định các tác nhân vi rút gây VĐHHC bằng phương pháp Realtime RT-PCR - Mẫu bệnh phẩm (dịch họng, dịch nội khí quản) của bệnh nhân VĐHHC điều trị chủ yếu ở các Bệnh viện Bạch Mai, Bệnh viện Nhi Trung ƣơng, Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ƣơng, Bệnh viện Lao phổi Trung ƣơng, Bệnh viện Saint-Paul… thuộc khu vực miền Bắc Việt Nam. - Xác định 12 tác nhân vi rút bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR tại Trung tâm Cúm Quốc gia – Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng. Nội dung 2: Phân tích đặc điểm di truyền, tính kháng nguyên một số tác nhân vi rút chủ yếu gây viêm đường hô hấp cấp trong giai đoạn nghiên cứu.

- Phân lập các mẫu bệnh phẩm đƣợc xác định dƣơng tính với các tác nhân vi rút cúm, RSV, hMPV.trên tế bào cảm thụ (MDCK, Vero, LLC/MK, Hep 2…) - Xác định hình thái tế bào bị huỷ hoại bởi các tác nhân vi rút hô hấp 10 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] RSV, hMPV, Adeno… - Khuếch đại chủng vi rút, giải trình tự nucleotide một số mẫu đại diện theo thời gian của vi rút cúm. - So sánh phân đoạn gen HA và NA với các vi rút cúm lƣu hành tại một số nƣớc khác trong khu vực và trên thế giới; xây dựng cây gia hệ. - Nghiên cứu giám sát hiệu quả cho việc phát hiện các chủng vi rút nguy hiểm mới từ các hiện tƣợng đột biến hoặc trao đổi tích hợp gen và có thể là về nguy cơ xuất hiện dịch cũng nhƣ mức độ lan rộng của dịch. Tính mới, ý nghĩa khoa học và sự cần thiết của vấn đề cần nghiên cứu.

- Là công trình nghiên cứu giám sát một cách toàn diện 12 tác nhân vi rút hô hấp phổ biến gây VĐHHC tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2013-2016 bằng phƣơng pháp Realtime RT-PCR, đã cung cấp các thông tin cập nhật về sự lƣu hành các vi rút gây VĐHHC tại miền Bắc Việt Nam, bổ sung vào các thông tin chung tại khu vực và trên hệ thống giám sát toàn cầu. - Là công trình công bố các kết quả nghiên cứu về đặc tính vi rút học của chủng vi rút A/H1N1pdm09, A/H3N2 và B trong giai đoạn nghiên cứu (2013- 2016) một cách đầy đủ. - Đây là thông báo đầu tiên về nhiễm hMPV trong mẫu bệnh phẩm thu thập tại đối tƣợng ngƣời lớn (19-59 tuổi) tại Việt Nam. Kết quả nghiên cứu này sẽ cung cấp thêm thông tin vào các nghiên cứu trên thế giới về gánh nặng bệnh tật của nhiễm hMPV, góp phần thúc đẩy phát triển vắc xin phòng chống hMPV trong tƣơng lai.

Nghiên cứu là một trong những hoạt động không những cung cấp các kết quả khoa học, mà còn góp phần trong công tác đảm bảo sức khoẻ cộng đồng cho nhân dân Việt Nam. Điều lệ Y tế quốc tế (IHR-2005) đã đƣợc 194 quốc gia và vùng lãnh thổ cam kết thực hiện, Việt Nam cũng là một thành viên thành viên đã và đang triển khai thực hiện chƣơng trình An ninh Y tế 11 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] toàn cầu (GHS) với sự hỗ trợ của TCYTTG (WHO) và Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Mỹ (CDC). 12 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.

BỆNH VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP VÀ ĐẶC ĐIỂM VI RÖT HỌC CỦA CÁC TÁC NHÂN VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP THƢỜNG GẶP Viêm đƣờng hô hấp cấp (VĐHHC) do căn nguyên vi rút là nguyên nhân chính của tỷ lệ mắc, nhập viện, tử vong trong các bệnh lý đƣờng hô hấp trên phạm vi toàn cầu, đặc biệt tại các nƣớc đang phát triển. VĐHHC thƣờng gây bệnh nặng cho trẻ em (<5 tuổi) và ngƣời già (>65 tuổi), tuỳ thuộc vị trí địa lý, điều kiện khí hậu, căn nguyên vi rút gây viêm đƣờng hô hấp khác nhau trong từng quốc gia. Tuy nhiên, các vi rút thƣờng gặp tại các bệnh nhân nằm viện đƣợc ghi nhận từ 5 họ: Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae, Coronaviridae và Adenoviridae. Mỗi loại vi rút có thể chịu trách nhiệm cho các hội chứng/ triệu chứng lâm sàng khác nhau phụ thuộc vào lứa tuổi, hệ miễn dịch của từng cá thể.

Ngƣợc lại, mỗi triệu chứng/ hội chứng viêm đƣờng hô hấp cấp có thể gây nên bởi nhiều tác nhân vi rút khác nhau [64]. Trong nghiên cứu này, chúng tôi nghiên cứu các vi rút thuộc 4 họ: Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Picornaviridae và Adenoviridae. VĐHHC thƣờng biểu hiện tại đƣờng hô hấp trên hoặc đƣờng hô hấp dƣới, mặc dù VĐHHC đƣợc phân loại theo tác nhân gây bệnh, nhƣng thông thƣờng đƣợc gọi theo hội chứng: cảm lạnh, viêm phế quản, viêm thanh quản, viêm phổi…và tƣơng ứng với các hội chứng đó là các tác nhân liên quan (VD: viêm tiểu phế quản thường gặp do vi rút hợp bào đường hô hấp - RSV). VĐHHC do căn nguyên vi rút đƣợc lây truyền từ ngƣời bệnh sang ngƣời lành trong quá trình tiếp xúc: nói chuyện, ho, hắt hơi, các giọt khí mang tác nhân gây bệnh sẽ lƣu hành trong không khí, và có thể nhiễm vào đƣờng thở ngƣời bên cạnh.

Ngoài ra, vi rút cũng có thể lây truyền khi tiếp xúc trực tiếp hoặc gián tiếp với ngƣời bệnh: bắt tay, khăn giấy, chất thải (vi rút đƣờng ruột). 13 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] Một số vi rút gây bệnh mang tính theo mùa và đƣợc biểu hiện rõ tại các nƣớc có khí hậu ôn đới nhƣ vi rút cúm và RSV thƣờng gây dịch vào mùa đông. Những hiểu biết về xu hƣớng và mùa của VĐHHC trong cộng đồng có thể cung cấp các thông tin cần thiết để cảnh báo về sự bùng phát dịch cũng nhƣ xây dựng các chiến lƣợc phòng bệnh, giảm thiểu sự lây truyền trong cộng đồng [3, 64].1 Vi rút họ Orthomyxoviridae Vi rút thuộc họ Orthomyxoviridae bao gồm 7 loài: vi rút cúm A, vi rút cúm B, vi rút cúm C, vi rút cúm D, Isavirus, Thogotovirus và Quaranjavirus, trong đó 3 loài vi rút cúm A, B và C (vi rút cúm mùa) đƣợc ghi nhận là tác nhân chính gây VĐHHC [135]. Trong đó vi rút cúm A lƣu hành phổ biến trên gia cầm, ngƣời và các động vật khác nhƣ lợn, ngựa… là căn nguyên gây nên các đại dịch lớn trên toàn cầu.

Vi rút cúm B thƣờng gây bệnh nhẹ nhƣng cũng có thể bộc phát thành dịch vào mùa đông, đặc biệt là ở trẻ em. Vi rút cúm C chƣa thấy biểu hiện gây bệnh nguy hiểm cho ngƣời. Vi rút cúm A có tổng số 256 phân typ khác nhau dựa vào kháng nguyên (KN) bề mặt HA và NA. Trong số đó, chỉ có các phân typ A/H1N1; A/H3N2; A/H2N2 và gần đây là A/H1N1pdm09 đƣợc ghi nhận gây bệnh cho ngƣời.

Nguồn gốc các vụ đại dịch cúm thế kỷ XX, XXI với căn nguyên là vi rút cúm A nhƣ sau: - H1N1 (1918): Có nguồn gốc từ vi rút cúm gia cầm, do đột biến tại các điểm quan trọng liên quan đến khả năng thích nghi trên vật chủ là ngƣời (gen HA) [115]. - H1N1pdm (2009): Do trao đổi tích hợp giữa vi rút cúm lợn (H1N1, H3N2), 14 LUAN VAN CHAT LUONG download : add [e-mail] vi rút cúm gia cầm (H5N1) và vi rút cúm ngƣời (H3N2) [107]. Đặc điểm vi rút họ Orthomyxoviridae a. Hình thái và cấu trúc phân tử Hình 1.

Mô hình cấu trúc virion của vi rút cúm [145] Orthomyxoviridae là họ vi rút đa hình thái, có vỏ ngoài, thƣờng có hình cầu với cấu trúc xoắn, đƣờng kính 80-120nm, đôi khi cũng thấy dạng sợi dài đến vài µm. Bề mặt vi rút có đính các gai bản chất là glycoprotein, đó là kháng nguyên hemagglutinin (HA) và neuraminidase (NA).