CHƯƠNG 1.1 Khó khăn và thách thức Trong những năm qua, các hệ thống máy tính phát triển mạnh mẽ cùng thuật toán xử lý song song, trí tuệ nhân tạo dần tiến sâu và được ứng dụng rộng rãi trong xử lý ảnh nói chung và ảnh y tế nói riêng. Với nhu cầu lưu trữ quản lý số lượng lớn hồ sơ bệnh án, máy tính tích hợp trí tuệ nhân tạo hoạt động như một Robot thay con người thực hiện các tác vụ như tư vấn kỹ thuật số qua nhận dạng giọng nói, theo dõi sức khỏe bệnh nhân online cũng như truy xuất dữ liệu tối ưu, nhanh hơn và đồng bộ hơn. Đặc biệt sự ra đời các thuật toán AI thông minh để phân tích, kiểm tra ảnh y tế trong các máy cộng hưởng từ, chụp CT, nội soi hay phân tích điện tâm đồ nhằm đưa ra kết quả nhanh và chính xác hơn. Từ đó, giúp phân loại bệnh nhân theo từng cấp độ, hỗ trợ bác sĩ chẩn đoán đúng bệnh và tình trạng sức khỏe của bệnh nhân.
Các ứng dụng trong y tế có thể kể tới như các hệ thống chẩn đoán u não [1], ung thư phổi hay viêm phổi do COVID [2], và nghiên cứu về tim mạch [3,4]. Trong các hệ thống hỗ trợ và chẩn đoán ảnh y tế này thông thường bao gồm các bước: tiền xử lý, xác định đối tượng, phân vùng ảnh, trích chọn đặc trưng, và phân loại. Trong các bước trên, phân vùng ảnh được coi là quan trọng nhất, đóng góp vào sự chính xác của bước phân loại và chẩn đoán. Mục đích của phân vùng ảnh đó là khoanh vùng đúng được cơ quan của thể hay các vùng cần quan tâm như tế bào, gan, phổi, khối u, khối tâm nhĩ, tâm thất… Từ đó có thể tính toán được kích thước hay thể tích của các khối đó, đồng thời theo dõi được sự phát triển bình thường hay bất thường của các khối u, cơ quan.
Đồng thời có thể trích chọn được các đặc trưng hoặc vùng ảnh cần thiết trước khi đưa vào khối nhận dạng và chẩn đoán. Một trong các hệ thống hỗ trợ chẩn đoán y tế được nghiên cứu từ rất sớm và được ứng dụng AI một cách hiệu quả đó là hệ thống hỗ trợ bác sĩ tim mạch. Cho tới thời điểm hiện tại, năm 2022 các thành tựu mới của AI trong chẩn đoán và dự phòng các bệnh tim mạch đã được công bố nhiều trên các tạp chí y khoa hàng đầu thế giới. Việc nghiên cứu về tim mạch được quan tâm ở mọi quốc gia trên thế giới xuất phát từ tầm quan trọng của việc phát hiện sớm và điều trị căn bệnh này.
Theo thống kê của Tổ chức y tế thế giới, bệnh về tim mạch là nguyên nhân gây tử vong hàng đầu trên toàn cầu, chiếm hơn 30% tổng số ca tử vong [5]. Ở Việt Nam tỉ lệ tử vong do liên quan đến các bệnh về tim khoảng 31% tổng số ca trong năm 2022. Tuy nhiên, nếu được phát hiện sớm từ giai đoạn đầu, và thực hiện các biện pháp phòng bệnh và dùng thuốc phù hợp thì tỉ lệ tử vong sẽ thấp đi đáng kể. Trong y khoa, bác sĩ chẩn đoán bệnh về tim mạch dựa trên các thông số lâm sàng như điện tâm đồ (ECG), siêu âm tim, hình ảnh chụp cắt lớp vi tính CT, hình 1 ảnh chụp cộng hưởng từ (MRI).
Phương pháp điện tâm đồ AI-ECG đầu tiên được công bố là nghiên cứu Eagle, có thể xác định được nhiều bệnh lý tim mạch (cả ở trạng thái tiềm ẩn và có biểu hiện), bao gồm rung nhĩ, rối loạn chức năng tâm thất, bệnh cơ tim chu sinh, bệnh tim amyloid, tăng áp động mạch phổi… Tuy nhiên các tín hiệu điện tim có dòng điện rất bé, cần tốc độ phân tích phải thật nhanh nên các phương pháp xử lý dựa trên hình ảnh y học có nhiều nghiên cứu sâu rộng hơn. Các kỹ thuật số chụp ảnh tim như MRI hay CT được sử dụng chủ yếu, trong đó kỹ thuật CT có tốc độ chụp nhanh hơn nhưng MRI cho chất lượng hình ảnh, độ sắc nét và chi tiết tốt hơn, đặc biệt với các hình ảnh mô mềm. 1 Ảnh tim chụp bằng phương pháp MRI, CT Scan, siêu âm [6] Trong bài toán phân vùng ảnh ở tim, các ảnh phân tích thường là ảnh cộng hưởng từ MRI để thu được hình ảnh ở các cơ và mô với chất lượng tốt. Các nghiên cứu phân vùng ảnh ở tim chủ yếu tập trung vào bài toán phân vùng ảnh tâm thất trái (left ventricle) do các đặc tính ở tâm thất có thể giúp chẩn đoán một số bệnh về nhồi máu cơ tim, tim đập nhanh, hay tim loạn nhịp.
Phân vùng ảnh tâm thất thường là xác định biên của các vùng nội tâm mạc (endocardium), ngoại tâm mạc (epicardium), từ đó có thể tái tạo được cấu trúc 3D của tâm thất. Đồng thời xác định được thể tích của tâm thất trong quá trình co bóp ở một chu kỳ tuần hoàn. Số lượng ảnh cần phân vùng ở một bệnh nhân thường là rất lớn. Thường số lượng ảnh được thu thập trong chu kỳ tim (gọi là frame) thường là từ 20 đến 24 ảnh.
Tính theo bề dọc, mỗi khối tâm thất được chụp từ khoảng 10 đến 15 lát cắt (slice). Như vậy để nghiên cứu về thể tích và đặc tính của tâm thất trong một chu kỳ tuần hoàn của một bệnh nhân cần phải phân vùng hơn 200 ảnh. Do đó nếu thực hiện bằng tay sẽ là một công việc tốn thời gian và mệt mỏi cho nhân viên y tế. 2 Hình ảnh tâm thất và lắt cắt theo từng chu kì Để trợ giúp cho nhân viên y tế, công đoạn phân vùng ảnh gần đây đã được triển khai bằng các phương pháp tự động.
Từ các năm 2000 đến 2016, các nghiên cứu về phân vùng ảnh tâm thất thường dựa trên các phương pháp như active shape model, active contour model, và level set method [4,5]. Mặc dù việc phân vùng ảnh được thực hiện một cách tự động, các phương pháp này vẫn cần một thao tác đó là phải khởi tạo thô một đường bao (contour) trước khi hệ thống tự động điều chỉnh để đường bao này chuyển động về đúng biên của vùng quan tâm. Đứng trước thực tế này, nhiều nghiên cứu đã cố gắng đề xuất các phương pháp để không cần đến bước khởi tạo đường bao, như tự tìm đường tròn, sử dụng Hough transform, các thuật toán thresholding, nhưng chưa thực sự đạt kết quả khả quan cho tới khi áp dụng các mô hình học sâu [6]. Nhờ sự phát triển của các mô hình mạng nơ-ron tích chập, mạng nơ-ron tích chập toàn phần FCN (fully convolutional neural network) do J.
Long đề xuất [7], đã được cải tiến và áp dụng vào bài toán phân vùng ảnh [8,9] với nhiều kết quả khả quan. Nhờ mạng FCN, công việc phân vùng ảnh được thực hiện hoàn toàn tự động. Người sử dụng không cần thao tác bằng tay để chọn đường bao thô như trước. Tuy thu được những kết quả khả quan, việc sử dụng các kỹ thuật học sâu nói chung và mạng nơ ron tích chập đầy đủ nói riêng vẫn đứng trước các thách thức.
Thách thức lớn nhất là việc thiếu hụt dữ liệu y tế cũng như sự không đồng bộ về mặt dữ liệu. Các ảnh được cung cấp bởi các cơ sở dữ liệu như Sunny Brook, ACDC database [10, 11] có thể thu được kết quả tốt khi 1 thử nghiệm trên cùng cơ sở dữ liệu. Tuy nhiên nếu huấn luyện trên cơ sở dữ liệu này, ta có thể thu được kết quả thử nghiệm với độ chính xác thấp nếu dùng dữ liệu thu thập ở phòng khám hoặc bệnh viện của chúng ta. Bên cạnh đó, một thách thức đặt ra nữa là việc phân vùng ảnh bằng các thuật toán học sâu cũng sẽ gặp khó khăn ở các ảnh thu được từ bệnh nhân có bệnh lý phức tạp ví dụ như bị nhồi máu cơ tim (myocardium infarction).
Khi đó mức xám của ảnh hiển thị vùng máu bị lan ra ở cơ tim (myocardium) làm cho rất dễ bị khoanh vùng ra bên ngoài, và biên của nội mạc và ngoại mạc tâm thất rất mờ và khó xác định.2 Hướng giải quyết Ở Việt Nam, với nền tảng dữ liệu tương đối phong phú và đội ngũ nghiên cứu có trình độ cao giúp trí tuệ nhân tạo dần phổ biến trong mọi lĩnh vực. Như đã trình bày, một mô hình AI hiệu quả phụ thuộc nhiều vào nguồn dữ liệu huấn luyện nó. Có thể thấy dữ liệu y tế ở nước ta tuy nhiều nhưng lại thiếu tính liên kết và bị phân tán. Mặt khác việc áp dụng Vision thuần túy không đảm bảo độ tin cậy cao, không đáp ứng được khi khối lượng dữ liệu đầu vào lớn và thay đổi liên tục.
Bên cạnh đó, lượng dữ liệu sinh ra từ thiết bị chụp cắt lớp CT hay cộng hưởng từ MRI là rất lớn. Những dữ liệu này được biểu diễn trong khối dữ liệu ba chiều, không thể quan sát trực tiếp. Do đó, sẽ tốn khá nhiều thời gian để y bác sĩ tương tác và sử dụng phần mềm qua việc phân tích từng lát cắt 2 chiều. Các thuật toán học sâu được biết đến như một giải pháp hiệu quả, thay cho các phương pháp truyền thống trước đó bởi khả năng tự động khám phá các đặc trưng phức tạp từ tập dữ liệu cho trước để thực hiện các nhiệm vụ Object Detection và Image Segmentation.
Điều này làm cho các thuật toán dựa trên DL dễ dàng áp dụng cho các ứng dụng phân tích hình ảnh khác. Nhờ hiệu suất mạnh mẽ của các đơn vị xử lý đồ họa GPU cũng như nguồn dữ liệu huấn luyện đa dạng, phong phú giúp việc tính toán và huấn luyện mô hình DL diễn ra nhanh chóng và hiệu quả hơn. Theo thống kê số lượng bài báo nghiên cứu được xuất bản từ tháng 01/2016 tới tháng 09/2019 về kỹ thuật học sâu về Segmentation Image ảnh tim trong bài báo “Deep Learning for Cardiac Image Segmentation: A Review” trên Review Frontiers in Cardiovascular Medicine [12], được thể hiện trong biểu đồ sau: 1 Hình 1. 3 Tổng hợp những nghiên cứu liên quan DL trong phân vùng ảnh tim [12] Quan sát xu hướng nghiên cứu trên biểu đồ trong hình 1.3, cho thấy số lượng bài báo dựa trên học sâu trong phân vùng ảnh tim đã tăng mạnh trong những năm gần đây.
Trong đó số lượng các nghiên cứu phân vùng ảnh dựa trên ảnh MRI cao hơn đáng kể so với ảnh chụp bằng phương pháp CT và siêu âm. Với sự phát triển của mạng nơ-ron tích chập CNN trong AI, giúp các mô hình phân vùng ảnh tự động có bước tiến rõ rệt. Một trong những mô hình tiêu biểu là mạng FCN - kiến trúc đầu tiên trong phân vùng ảnh sử dụng cấu trúc Encoder- Decoder.