CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan về xạ khuẩn 1.1 Đặc điểm hình thái của xạ khuẩn Xạ khuẩn (Actinomycetes) là một nhóm vi khuẩn đặc biệt, phân bố rất rộng rãi trong tự nhiên. Xạ khuẩn thuộc nhóm vi khuẩn Gram (+), hiếu khí, hoại sinh, có cấu tạo dạng sợi, phân nhánh (khuẩn ty). Về mặt phân loại, xạ khuẩn được chia thành 5 phân lớp, 6 bộ. Trong đó, Actinomycetales là bộ được nhắc đến nhiều nhất do có giá trị trong y học và kinh tế.
Riêng bộ Actinomycetales có 13 dưới bộ, 42 họ và khoảng 200 chi [4]. Xạ khuẩn có cách sinh trưởng và phát triển như nấm với các sợi khuẩn ty phân nhánh thành những sợi nhỏ, dài, khuẩn ty khí sinh phát triển trên bề mặt thạch có chức năng chủ yếu là sinh sản, cuống sinh bào tử có nhiều hình dạng khác nhau như dạng thẳng, uốn cong, xoắn lò xo hoặc xoắn ốc…… [5]. Xạ khuẩn phân bố rộng rãi trong tự nhiên, có thể tìm thấy chúng trong đất, nước, rác, phân chuồng, bùn, thậm chí cả trong cơ chất mà vi khuẩn và nấm mốc không phát triển được. Sự phân bố của xạ khuẩn phụ thuộc vào khí hậu, thành phần đất, mức độ canh tác và thảm thực vật.
Trong mỗi gam đất thường có trên 1 triệu xạ khuẩn (tính theo số khuẩn lạc mọc trên môi trường thạch) [6-8]. Khuẩn lạc xạ khuẩn thường có cấu tạo 3 lớp: lớp vỏ ngoài có dạng sợi bện chặt, lớp trong tương đối xốp và lớp giữa có cấu trúc tổ ong. Khuẩn lạc xạ khuẩn thường rắn chắc, xù xì, có thể có dạng da, dạng phấn, dạng nhung, dạng vôi phụ thuộc vào kích thước bào tử. Kích thước khuẩn lạc xạ khuẩn thay đổi tùy loài và tùy điều kiện nuôi cấy.
Khuẩn lạc thường có dạng phóng xạ, một số có dạng những vòng tròn đồng tâm cách nhau một khoảng nhất định. Nguyên nhân của hiện tượng vòng tròn đồng tâm cách nhau một khoảng nhất định là do xạ khuẩn sinh ra chất ức chế sinh trưởng, khi sợi mọc qua vùng này chúng sinh trưởng yếu đi, qua được vùng có chất ức chế chúng lại sinh trưởng mạnh thành vòng tiếp theo, vòng này lại sinh ra chất ức chế sinh trưởng 6 sát với nó khiến khuẩn ty lại phát triển yếu đi. Cứ thế tạo thành khuẩn lạc có dạng các vòng tròn đồng tâm được thể hiện trong Hình 1.1 Khuẩn lạc xạ khuẩn (A: bề mặt khuẩn lạc dạng nhung trên môi trường thạch; B: khuẩn lạc có dạng các vòng tròn đồng tâm) [4] Trên bề mặt thạch, hệ sợi của xạ khuẩn phát triển thành hai loại, một loại cắm sâu vào môi trường gọi là hệ sợi cơ chất (khuẩn ty cơ chất) làm nhiệm vụ hấp thu dinh dưỡng; một loại phát triển trên bề mặt thạch gọi là hệ sợ khí sinh (khuẩn ty khí sinh) có chức năng chủ yếu là sinh sản và bào tử xạ khuẩn được hình thành trên các nhánh phân hóa của khuẩn ty khí sinh gọi là cuống sinh bào tử. Cuống sinh bào tử dài, ngắn khác nhau tùy thuộc vào loài xạ khuẩn, có loải chỉ từ 20-30 nm, cũng có loài dài đến 100-200 nm.
Cuống sinh bào tử có nhiều dạng khác nhau: thẳng, lượn uốn cong, xoắn lò xo hay xoắn ốc, mọc đơn, mọc vòng … (Hình 1. Trên mỗi cuống sinh bào tử mang từ 30-100 bào tử, đôi khi có thể mang tới 200 bào tử, nhưng cũng có khi chỉ mang 1-2 bào tử. Sự hình thành bào tử ở xạ khuẩn có thể xảy ra do sự kết đoạn hoặc do sự cắt khúc của cuống sinh bào tử. Bào tử xạ khuẩn có nhiều hình dạng khác nhau, thường có hình trụ, ovan, hình cầu, hình que với kích thước trung bình khoảng (0,7- 0,9 × 0,7-1,9) µm.
Kích thước của bào tử thay đổi khác nhau tùy loài, tùy cá thể trong loài thậm chí ngay trên cùng một chuỗi bào tử [9].2 Sự phát triển của khuẩn ty ở xạ khuẩn (A: Bào tử nảy mầm; B: Hình thành khuẩn ty cơ chất; C: hình thành khuẩn ty khí sinh) và Các dạng chuỗi sinh bào tử của xạ khuẩn (A, B, C, D: Chuỗi bào tử xạ khuẩn chi Streptomyces; E: chi Nocadiopis) [9] 1.2 Đặc điểm sinh lý - sinh hóa Xạ khuẩn thuộc nhóm sinh vật dị dưỡng, chúng sử dụng đường, rượu, axit hữu cơ, lipit, protein và nhiều hợp chất hữu cơ khác để làm nguồn cacbon. Bên cạnh đó, chúng sử dụng các muối nitrat, muối amôn, urê, amino axit, và pepton làm nguồn nitơ. Tuy nhiên, khả năng hấp thụ các chất này không giống nhau ở các loài hay các chủng khác nhau. Xạ khuẩn là nhóm vi sinh vật hiếu khí, ưa ẩm, một số ít ưa nhiệt, nhiệt độ thích hợp cho sự sinh trưởng là 25-30°C.
Tuy nhiên, nhiệt độ tối ưu cho sinh tổng hợp chất kháng sinh thường chỉ nằm trong khoảng 18-28°C. Độ ẩm thích hợp đối với xạ khuẩn dao động trong khoảng 40-50%, giới hạn pH trong khoảng 6,8-7,5 [8]. Xạ khuẩn có khả năng sinh tổng hợp enzyme, vitamin, chất kích thích sinh trưởng và các chất kháng sinh nên được ứng dụng vào trong nhiều lĩnh vực của đời sống. Các sản phẩm trong quá trình trao đổi chất như chất kháng sinh, độc tố, enzyme… có thể được tích lũy trong sinh khối tế bào xạ khuẩn hay được tiết ra môi trường lên men.
Hệ sợi cơ chất có thể tiết vào môi trường các loại sắc tố, thường có màu xanh, tím, hồng, nâu, đen… các sắc tố này tan trong nước hoặc trong các dung môi hữu cơ [10].3 Vai trò và ứng dụng của xạ khuẩn Xạ khuẩn được biết đến là vi sinh vật (VSV) có vai trò chống nấm gây hại ở cây trồng. Do đó, từ lâu các nhà khoa học đã nghiên cứu tuyển chọn các chủng xạ khuẩn có khả năng ức chế nấm bệnh thực vật. Theo Kamada (1974), khi điều tra VSV đối kháng trong đất ở Nhật Bản cho thấy nơi nào có nhiều xạ khuẩn thì ở đó các loài Fusarium biến mất nhanh. Thông thường một loài xạ khuẩn có thể ức chế nhiều loài nấm gây bệnh và được sử dụng như tác nhân sinh học chống lại các bệnh trên cây trồng.
Tuy nhiên, quá trình sử dụng các chủng xạ khuẩn có khả năng đối kháng rộng thì cần phải chú ý tránh làm ảnh hưởng tới hệ VSV có lợi trong vùng rễ. Không phải tất cả xạ khuẩn có hoạt tính kháng nấm in vitro đều thể hiện trong đất (khoảng 4-5 %) nhưng chúng có vai trò quan trọng trong việc ức chế nấm gây bệnh và ngăn ngừa khả năng nhiễm bệnh cho cây [11]. Xạ khuẩn ngày càng được quan tâm do khả năng sản xuất các hợp chất thứ cấp có giá trị ứng dụng cao. Trong các hợp chất tự nhiên có nguồn gốc từ VSV đã được công bố sử dụng trên toàn thế giới thì 45% có nguồn gốc từ xạ khuẩn, 38% từ nấm và 17% từ vi khuẩn đơn bào [12].
Xạ khuẩn là loại sinh vật có khả năng sản xuất các hợp chất kháng sinh phong phú nhất. Đa số các chất kháng sinh đang dùng trong y học hiện nay có nguồn gốc từ xạ khuẩn, trong khoảng 5.500 chất kháng sinh đã biết đến hiện nay có tới hơn 4000 chất có nguồn gốc từ xạ khuẩn [13]. Các chương trình nghiên cứu để phát hiện ra kháng sinh và các chất chuyển hóa có hoạt tính sinh học cao có nguồn gốc từ VSV đã và đang mang lại một số lượng hợp chất ấn tượng trong 50 năm qua, được ứng dụng mạnh mẽ trong y học và nông nghiệp. Hầu hết các kháng sinh được phát hiện từ quá trình sàng lọc các chủng xạ khuẩn có nguồn gốc từ môi trường đất và nước.
Vào thời điểm hiện tại, hàng nghìn chất chuyển hóa của xạ khuẩn đã được mô tả, chiếm một phần đáng kể các chất chuyển hóa của VSV. Trong số đó, Streptomyces là chi phổ biến nhất [14, 15]. Một số lượng lớn kháng sinh cũng đã được tìm thấy bao gồm amino glycoside, chloramphenicol, tetracyclines, macrolide và gần đây là nhóm β-lactam cephamycin có nguồn gốc từ Streptomyces và Streptoverticillium [16]. 9 Xạ khuẩn được công nhận là có khả năng sản xuất các chất chuyển hóa sơ cấp và thứ cấp có các ứng dụng quan trọng trong các lĩnh vực khác nhau trong nông nghiệp và y học.
Một phần lớn thuốc kháng sinh trên thị trường được lấy từ xạ khuẩn. Chúng tạo ra các enzyme có khả năng ức chế các tế bào ung thư ứng dụng cho việc điều trị ung thư và các chất miễn dịch giúp tăng cường phản ứng miễn dịch. Các chất chuyển hóa sơ cấp và thứ cấp có tác dụng kháng khuẩn, kháng nấm, chống oxy hóa, chống ung thư, chống giun sán, chống sốt rét và chống viêm… [17, 18]. Ngoài ra, chúng còn có khả năng phân hủy nhiều loại hydrocacbon, thuốc trừ sâu, và các hợp chất béo.
Bên cạnh đó, một số chi xạ khuẩn được sử dụng trong quá trình chuyển hóa sinh học các chất thải nông nghiệp thành các sản phẩm hóa học có giá trị cao. Hơn nữa, xạ khuẩn cũng rất quan trọng trong công nghệ sinh học thực vật vì các chủng có hoạt tính đối kháng chống lại mầm bệnh thực vật rất hữu ích trong việc kiểm soát sinh học [19]. Các ứng dụng quan trọng của xạ khuẩn được mô tả ngắn gọn trong Hình 1.3 Một số ứng dụng của xạ khuẩn [19] 10 Kháng sinh sản xuất từ xạ khuẩn ngày càng được sử dụng rộng rãi trong đời sống con người, ngoài việc ứng dụng trong dược phẩm điều trị bệnh, kháng sinh còn được ứng dụng trong các lĩnh vực nông nghiệp trồng trọt và chăn nuôi. Như trong nghiên cứu của Arumugam Sathya và cộng sự, xạ khuẩn đã được ứng dụng để cải tạo đất trồng, giúp nâng cao năng suất của cây trồng họ đậu, hạn chế sử dụng phân bón hóa học và thuốc trừ sâu [20].
Năm 2003, Yasuhiro Igarashi cùng cộng sự đã nghiên cứu và tách chiết được chất kháng sinh Yatakemycin từ xạ khuẩn Streptomyces sp. TP-A0356 có khả năng kìm hãm sự phát triển của nấm Aspergillus fumigatus, Candida albicans và có khả năng chống ung thư [5]. Một ứng dụng khác của xạ khuẩn là chúng có thể chuyển hóa các hợp chất thứ cấp làm thuốc diệt cỏ. Hoạt chất anisomycin, được sản xuất bởi Streptomyces sp., có khả năng ức chế sinh trưởng đối với các loại cỏ như cỏ mần trầu, cỏ càng cua và cỏ lá rộng do có khả năng phá hủy khả năng tổng hợp diệp lục tố của cây.
Tương tự, bialaphos, một chất chuyển hóa của Streptomyces viridochromogenes, được sử dụng rộng rãi để kiểm soát cỏ dại lá rộng bằng cách ức chế tổng hợp glutamine [19].