Institut de la Francophonie Unité de Modélisation Institut de Recherche Mathématique et pour l’Informatique (IFI) pour le Développement Informatique de Systèmes Complexes (IRD) Master II Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Par NGUYEN Khanh Hoa Encadrants : MARILLEAU Nicolas HO Tuong Vinh LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Remerciements Je tiens tout d’abord à remercier mes encadrements : HO Tuong Vinh, professeur à l’Institut de la Francophonie pour l’Informatique (IFI), MARILLEAU Nicolas, Ingénieur de recherche à l’IRD (Institut de Recherche pour le Développement). Ils m’ont beaucoup aidé dans la réalisation du stage. Ils m’ont aussi donné des reconnaissances de base et des documents nécessaires pour compléter mon stage. Je remercie tous les personnes à MSI pour leur amitié, leur aide pour le temps à MSI.
Je remercie TRAN Nguyen Minh Thu, NGUYEN Trong Khanh et toutes les personnes dans l’équipe UMMISCO (IRD) pour leur amitié, leur aide pour le temps à IRD. Page 2 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Résumé Actuellement, les chercheurs qui travaillent dans le domaine des systèmes complexes sont des scientifiques appartenant à plusieurs domaines différents, qui ont besoin de travailler ensemble (collaborative). De plus l’environnement de recherche est un monde ouvert où les participants sont géographiquement distribués. On a donc besoin de plateformes collaboratives qui permettent à ces scientifiques de collaborer à distance.
Dans ce contexte, PAMS (Plate-forme collaborative d'Accompagnement aux activités de Modélisation et Simulation) est une plateforme collaborative aide le travail collaboratif à distance dans le domaine de la modélisation et simulation. Ce document présente les résultats de mon stage professionnel du Master Informatique 2e année de l'IFI, consistant à l’évaluation et l’amélioration de la plateforme PAMS. Le résultat principal est l'ajout du moteur de statistique R au sein de PAMS. On établit également un guide du développeur permettant l’intégration de nouvelles plateformes de simulation et de simulateurs au sein PAMS et le problème de l’intégration SWORM (Simulated Worms) au PAMS.
Page 3 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Abstract Research has increasingly focused on multidisciplinary issues that require the involvement of many scientists in different domain. In addition, researchers are often geographically dispersed; face-to-face interactions are costly, time- consuming and inefficient. For these reasons, exchange between scientists is rather difficult. As a result, there is a strong need for collaboration platforms that enables, facilitates scientist’s communications and collaborations.
In this context, PAMS, a collaborative platform dedicated to agent-based simulation, is a collaborative platform that is developed to enable, supports collaborative work remotely. PAMS integrates common collaborative tools (e. videoconferencing, instant messaging, whiteboard) and specific tools to share and manipulate models, simulators, experiments and results This paper consists of evaluating and improving PAMS. The result is the integration of a statistical tool R into PAMS.
It also establishes a guide for the integration of a new platform of simulation into the PAMS platform and figure out problems of integrating SWORM (for Simulated Worms) into PAMS. Page 4 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Tableaux des matières 1. Contexte du travail. Objectifs du stage.
Organisation du mémoire. L’état de l’art. Plateformes collaboratives dans la recherche. La plateforme PAMS.
Cas d’utilisation dans PAMS. Évaluation de PAMS auprès d’utilisateurs et amélioration proposée. Le sondage et la table-ronde. Les points forts et les lacunes de PAMS.
Les améliorations proposées. Implémentation d’amélioration proposée. Objective de la solution proposée. Introduction de R et la communication avec autre langage.
Evaluation du résultat et Perspectives. Évaluation de PAMS dans le domaine des sciences de la terre. Introduction le domaine des sciences du sol et le simulateur SWORM. Intégration d’un nouveau simulateur dans PAMS.
Problème d’intégration SWORM au PAMS. Conclusion et les perspectives. 63 Page 5 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils 1. Contexte du travail PAMS (Plate-forme d’aide à la modélisation-simulation des systèmes complexes) est une plateforme collaborative dans le domaine modélisation et simulation [5].
Normalement, la plupart des plateformes de simulations comment exemples NetLogo (http://ccl.edu/netlogo/) ou Gama [12] sont exécutées localement. Elles doivent être installées et exécutées sur l’ordinateur du chercheur. Au contraire, la plate-forme PAMS offre un environnement qui permet de contrôler et d’exécuter, à distance, des simulations via une interface web. Les simulateurs sont déjà déployés sur un serveur.
Les utilisateurs n’ont alors pas besoin d’installer les simulateurs. De plus PAMS offre un panel d’outils pour la collaboration. Il y a deux types d’outils : des outils collaboratifs génériques et des outils spécifiques. Des outils collaboratifs génériques (visio-conférence, partage de fichier, wiki, forums de discussion,.) facilitent la communication, gestions des ressources,… Des outils spécifiques au domaine de la simulation des systèmes complexes facilitent la manipulation à distance des simulations.
L’objet du simulateur SWORM est de simuler l’action des vers de terre et leurs influences avec la structure de l’écosystème sol. Ce simulateur résulte d’un projet pluridisciplinaire en collaboration entre unité UMI UMMISCO et des unités thématiques telles que Seq-Bio. Dans ce projet, les participants viennent de plusieurs disciplines : informatiques, thématiques, biologiques,. Actuellement SWORM est exécuté en stand-alone sur l’ordinateur du chercheur qui l’utilise si bien que malgré la demande, ce simulateur est difficilement partageable.
Ainsi, il faut l'intégrer dans PAMS pour que les utilisateurs puissent faire des expérimentations collaboratives et à distance. Page 6 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils 1. Objectifs du stage L'objectif de mon stage est d'améliorer l'environnement de simulation collaboratif PAMS en fonction des besoins des utilisateurs. Il s'agit de réaliser une évaluation auprès des thématiciens et de l’améliorer par l’ajouter de nouveaux modules adaptés.
La première partie de mon stage vise à évaluer PAMS auprès des utilisateurs. Pour cela, nous allons, dans un premier temps, réaliser une grille d’évaluation de la plateforme. Cette grille constituera la base d’une enquête auprès d’un groupe de chercheurs. À partir du résultat du sondage et d’une discussion, nous résumons un rapport des points forts et les lacunes dans PAMS, puis proposons et implémentons les améliorations.
Dans la deuxième partie, nous allons essayer d’intégrer SWORM dans l’environnement PAMS afin de le rendre accessible sur le web. Après l’intégration de ce simulateur, nous visons une confrontation de PAMS auprès de la communauté en science du sol. Organisation du mémoire Au delà des parties d’introduction et de conclusion de ce rapport, le mémoire est organisé en quartes parties principales: – Première partie : Introduction en général portant sur la notion de plateforme collaborative dans la recherche et introduction à PAMS. – Deuxième partie : Pour mieux comprendre ce que les utilisateurs attendent de PAMS, une grille d’évaluation est proposée.
Avec les autres commentaires d’utilisateurs sur PAMS, nous identifierons les Page 7 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils points forts et les lacunes de PAMS. Ses améliorations possibles de PAMS sont alors proposées. – Troisième partie : Cette partie vise à présenter l’intégration R [8], un moteur de statistique, dans PAMS. – Quatrième partie : Intégration de SWORM dans PAMS.
L’état de l’art Page 8 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Dans cette partie, nous présentons, dans un premier temps, les plateformes collaboratives dans la recherche. Dans un second temps, nous nous focalisons sur la plateforme PAMS. Plateformes collaboratives dans la recherche L'objectif du travail collaboratif est de profiter des compétences de chacun en vue de réaliser une activé de manière plus efficace et rapide. Un aspect du travail collaboratif est le partage des connaissances entre les collaborateurs permettant à chacun de profiter du savoir des autres, “personne ne sait tout, mais tout le monde sait quelque chose.
Depuis quelques années, l'environnement collaboratif par l'internet est devenu plus de plus populaire dans le domaine de recherche [3]. Les chercheurs veulent travailler ensemble même dans le cas ils sont géographiquement éloignés. Une plate-forme de travail collaboratif est un espace de travail virtuel permettant aux utilisateurs d’exécuter des tâches en collaboration. Elle peut-être un logiciel particulier ou elle intègre des outils informatiques, logiciels, des méthodes de travail en groupe pour améliorer la communication, la production, la coordination.
Les nouvelles technologies de l'information et de la communication ont révolutionné le travail collaboratif. Elles sont le plus souvent sous la forme de site Internet, Intranet ou extranet. Jusqu’à maintenant, il existe de nombreuses plateformes collaboratives, néanmoins, la plupart d’entre elles sont souvent payantes. Les types d’outils proposés par une plateforme collaborative (http://www.fr): Page 9 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Type d’outil Description Outils d'information Gestion électronique documentaire, moteur de recherche, Gestion de l’utilisateur, … L'utilisateur est récepteur.
Il peut seulement recevoir des informations. L'interaction est celle d'une personne et d'un contenu Outils de Messageries électroniques (e-mail), listes de communication diffusion, wiki, messagerie instantanée, vision conférence,… L'utilisateur est récepteur et émetteur. Il peut recevoir et émettre des informations. Il y a des interactions et communication entre les gens.
Outils de Forums de discussion, tableau blanc,., outils de collaboration communication lorsqu'ils sont utilisés pour créer de l'information et non pas uniquement pour l'échanger, … L'utilisateur est récepteur, émetteur et acteur. Les gens les utilisent pour communiquer, pour travailler ensemble,. Les outils spécifiques Les outils spécifiques pour chaque plateforme dans les domaines différents. Exemple dans le domaine modélisation et simulation, les outils qui permet de installer, exécuter,.
Tableau 1 : Types d’outil Pour les outils communications on peut les classifier dans le tableau 2 : Page 10 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils Types d’outil Description Les outils Exemples: system de courriel, Forum, Wiki,. asynchrones Les outils synchrones Les utilisateurs peuvent se discuter en temps réel. exemples : la messagerie instantanée, vidéo conférence, tableau blanc,. Tableau 2 : Types d’outil Les outils génériques dans une plateforme collaborative Outil Description La gestion des Pour gérer les utilisateurs, des droits d'accès, des utilisateurs limités,.
de la plateforme Documents partagées Cette fonctionnalité permet de traiter des documents en ligne et le travail collaboratif. Plusieurs utilisateurs peuvent travailler dans un document dans même temps. On peut gérer aussi les versions d’un document .Un des exemples connus est Google Docs. Agenda partagé Pour créer, gérer des agendas en ligne de chaque groupe ou en privé de chaque personne.
Cette fonctionnalité permet de fixer facilement la date, l’heure et le lieu d’une réunion, exemple. Quelques applications : Google Calendar, Agenda gratuit, PartAgenda,. Gestion de projets Permettre de gérer un projet de manière collaborative: gestion des tâches, gestion des “ deadlines ”, édition Page 11 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Évaluation de la plate-forme PAMS et mise en place de nouveaux outils collaborative de document, gestion de discussions et de commentaires, gestion des droits d’accès et de modifications,. Sondage Pour mieux comprendre l’avis des autres membres sur un événement, une action.
Recherche Permettre aux utilisateurs de chercher les informations, les données, les outils,. Messageries Envoi et réception de courrier électronique pour les électroniques utilisateurs Annonce Diffusion d’annonce pour tous les utilisateurs ou quelques groupes,. Forum, FQA Un espace virtuel qui permet de discuter “ librement ” sur plusieurs sujets divers.