mở đầu cho thời kì cận đại: dân tộc Khơme bị mất nước trong tay thực dân Pháp xâm lược” [122, tr. Sau khi Ponhea Yat mất (1440), triều đình Chân Lạp lâm vào khủng hoảng chính trị sâu sắc, triền miên. Những cuộc tranh chấp quyền kế vị giữa các người con, người cháu của ông khiến Xiêm có điều kiện can thiệp ngày càng sâu vào công việc nội bộ của Chân Lạp. Đầu tiên là cuộc tranh chấp ngôi vua giữa con Ponhea Yat là Pra Kray và người cháu là Soryo-Tây.
Kết quả, cả hai đều bị Xiêm bắt giữ. Xiêm đưa con thứ ba của Ponhea Yat lên ngôi với tước hiệu là Thommo Reachea (1471 - 1491). Đây là ông vua bù nhìn đầu tiên được Xiêm đặt lên ngôi. Để đền ơn hay nói khác hơn là để tỏ rõ sự thần phục của mình, Thommo Reachea đã cắt nhượng cho Xiêm hai tỉnh Chamtabun và Khorat.
Tiếp đó, Chân Lạp lại bị chia cắt làm hai miền vì cuộc tranh giành quyền bính của hai người con là Đamkhat và Ang Chan sau khi Reachea mất. Cuộc tranh chấp quyền bính này đã tạo cơ hội cho một đại thần tên Kan nổi dậy tiếm quyền và lên ngôi trị vì Chân Lạp. Đamkhat bị giết. Ang Chan trốn chạy sang Xiêm.
Được sự giúp đỡ của vua Xiêm, Ang Chan đã đánh bại được Kan, giành lại ngai vàng sau gần 30 năm nội chiến. Dù nhận sự giúp đỡ của Xiêm trong cuộc chiến với Kan nhưng Ang Chan lại không chấp nhận thần phục Xiêm sau khi lên ngôi. Hành động này khiến vua Xiêm tức giận. Lập tức một cuộc hành quân xâm lược của quân 22 đội Xiêm đã diễn ra trên đất Chân Lạp, nhưng kết quả bị thất bại nhanh chóng.
Hơn thế nữa, Ang Chan còn thừa thắng chiếm luôn tỉnh Prachin của Xiêm. Dù may mắn thắng Xiêm nhưng Ang Chan biết rõ sức mình, ông nhận thấy thật không an toàn khi tiếp tục định đô tại Phnom Penh. Chính vì thế, ông đã cho dời đô về Lovek năm 1529. Lợi dụng tình hình Xiêm rối ren vì cuộc chiến với Miến Điện, vua Barom Reachea (1556 - 1567) đã đem quân đánh vào kinh đô Xiêm, buộc Xiêm kí hòa ước trả lại hai tỉnh Chantabun và Khorat vào năm 1564 [dẫn theo 122, tr.
Tuy nhiên, sau khi chấm dứt cuộc chiến tranh với Miến Điện, vua Xiêm là Pra Narel quyết định trả thù người Chân Lạp và quan trọng hơn là muốn nhân chiến thắng quân sự để biến Chân Lạp thành nước chư hầu nằm dưới quyền khống chế của mình như trước đây. Từ năm 1588 đến 1590, chiến dịch tấn công vào Chân Lạp diễn ra. Kết quả Lovek thất thủ và bị tàn phá dưới tay người Thái. Cũng từ đây, Chân Lạp chấp nhận giữ quan hệ thần phục Xiêm.
Mọi hoạt động trong triều đình Chân Lạp đều chịu ảnh hưởng của Xiêm. Tuy cũng có một bộ phận muốn thoát khỏi sự lệ thuộc vào Xiêm nhưng họ không đủ sức để làm điều đó. Ông vua thân Xiêm tiêu biểu là Reachea IV (1603 - 1618) đã dựa vào Xiêm để bài xích người phương Tây. Ông du nhập phong tục tập quán, chế độ cai trị của Xiêm vào Chân Lạp và lệ thuộc Xiêm một cách mù quáng.
Năm 1618, vua Chey Chettha II lên ngôi (1618 - 1628). Ông khước từ mọi quan hệ thân thuộc với Xiêm và để khẳng định quyết tâm bảo vệ nền độc lập tự chủ của mình, hai năm sau (1620), ông dời đô về Udong. Giai đoạn Udong (1620 - 1867) được mở đầu bằng ý thức khôi phục nền tự chủ của Chân Lạp khi tìm chỗ dựa mới và tỏ thái độ chống đối Xiêm tùy theo hoàn cảnh chính trị trong nước và trên toàn khu vực. Để chống đỡ với sức ép ngày càng tăng và đề phòng những cuộc tấn công xâm lược của Xiêm, Chey Chettha II đã tìm cách kết thân, dựa vào sức mạnh của chúa Nguyễn để chống lại Xiêm.
Năm 1620, Chey Chettha II xin cưới công nương Ngọc Vạn, con gái của chúa Nguyễn Phúc Nguyên. Tác giả Jean Moura trong Le Royaume du Cambodge đã viết về sự kiện này như sau: “Tháng 3/1618, Prea Chey Chessda được phong vương với tước hiệu Somdach Prea Chey Chessda Thiréach Réaméa Thupphdey Barommonpit. Lúc đó vua An Nam gả một người con gái cho vua Cao Miên. Công 23 chúa này rất đẹp, được nhà vua yêu mến và lập làm hoàng hậu tước hiệu Somdach Prea Preaccac Vodey Prea Voreac Khsattey” [117, tr.67] Khi chế độ phong kiến Chân Lạp đã suy thoái, vương quyền không đủ sức tập hợp các lực lượng bên trong và tự nó không đứng vững được thì khủng hoảng triều chính tiếp tục diễn ra thường xuyên.
Sau khi Chey Chettha II băng hà, vào năm 1628, nội bộ giới cầm quyền Chân Lạp bị chia rẽ, triều đình Udong ngày càng mục nát và hủ bại. Các cuộc tranh giành, thoán đoạt, xâu xé, chém giết nhau để tiếm ngôi giữa các phe phái phong kiến và ngay cả trong nội bộ hoàng gia diễn ra ngày càng gay gắt. “Một loạt các đời vua Chân Lạp yếu hèn, bất lực và tàn bạo nối tiếp nhau cầm quyền đã gây ra cảnh nồi da xáo thịt” [122, tr. Tình hình Chân Lạp ngày càng suy yếu hơn.
Để tranh giành quyền bính, củng cố địa vị, giai cấp cầm quyền đã không ngần ngại dùng mọi thủ đoạn ngay cả việc cầu cứu viện binh từ các nước láng giềng và phương Tây. Đây là nguyên nhân chủ yếu khiến Chân Lạp ngày càng phụ thuộc vào các thế lực bên ngoài, độc lập chủ quyền bị xâm phạm và lãnh thổ ngày càng thu hẹp. Năm 1748, Ang Tong hiệu là Resaméa Thipadei II được Xiêm ủng hộ đưa lên ngôi vua Chân Lạp. Một năm sau (1789), Ang Tong bị lật đổ.
Ang Snguon, hiệu là Srei Chey Chéth, lên ngôi được 6 năm (1749 – 1755) thì Ang Tong giành được ngôi báu, tiếp tục làm vua thêm một năm nữa (1756 – 1757). Trong thời gian trị vì Ang Tong tìm cách trả thù con của Ang Snguon là Ang Non, nên Ang Non phải chạy sang Xiêm cầu cứu, làm cho triều đình Udong thêm lục đục, xâu xé và chém giết lẫn nhau. Triều đình Chân Lạp chia thành 2 phe phái : phe thân Xiêm và phe thân chúa Nguyễn (Việt Nam). Vương triều Thonbury ở Xiêm được thành lập từ năm 1767, tiếp tục thi hành đường lối chinh phục vương quốc Chân Lạp.
Năm 1769, vương quốc Xiêm đã tấn công và can thiệp vào Chân Lạp theo 2 đường thủy bộ làm cho quốc vương Chân Lạp là Ang Tan cùng với hoàng gia phải chạy sang Đàng Trong cầu cứu chúa Nguyễn. Quân Chúa Nguyễn đã giúp Chân Lạp đánh bật Xiêm, khôi phục ngai vàng cho Ang Tan. Sau khi chiếm Hà Tiên (1771), Taksin để tướng Trần Liên ở lại Hà Tiên rồi tiến lên đánh Chân Lạp và đặt Ang Non thay Ang Tan. Chính điều đó đã dẫn đến nhiều cuộc giao tranh dữ dội giữa hai thế lực Xiêm và Nguyễn nhằm tranh giành ảnh hưởng 24 ở Chân Lạp, và hai thế lực Ang Tan và Ang Non đã tìm cách loại trừ lẫn nhau.
Tình hình đó làm cho nhân dân ly tán, đất nước Chân Lạp ngày càng thêm suy yếu không có đủ khả năng để tự bảo vệ mình. Năm 1794, Ang Eng được Xiêm phong vương ở Bangkok và đưa về lên ngôi ở Udong. Hai năm sau, Ang Eng qua đời, đất nước lại rơi vào cảnh không ổn định. Mãi đến năm 1806, vua Xiêm mới đưa con của Ang Eng là Ang Chan II lên ngôi, lúc ấy mới 15 tuổi.
Vua Xiêm còn tự ý phong nhiều chức vụ quan trọng trong triều đình Udong cho một số quý tộc quan lại Khmer, và hậu thuẫn cho tỉnh trưởng Battambang cát cứ để kiềm chế địa vị của Ang Chan II. Trước tình hình đó, Ang Chan II cầu viện triều đình Huế. Khi viện binh của triều đình Huế tiến đến Chân Lạp thì phe thân Xiêm đứng đầu là Ang Em và Ang Đuông bỏ chạy theo quân Xiêm về Bangkok. Ngôi vua Ang Chan II được củng cố, nhưng chịu ảnh hưởng của triều đình Huế.
Năm 1834, Ang Chan II bị ốm chết. Ông không có con trai, còn hai người em của ông đã bỏ chạy sang Xiêm, triều đình Huế đã ủng hộ việc lên ngôi của con gái Ang Chan II là Ang Mây. Trong điều kiện đó, các đại diện của triều đình Huế đã can thiệp vào nội tình thậm chí còn trực tiếp điều hành (dưới hình thức bảo hộ) công việc của vương quốc Chân Lạp. Xiêm cũng tỏ ra không vừa.
Năm 1834, Xiêm cho quân tấn công Chân Lạp và Hà Tiên - Châu Đốc của Việt Nam. Sau đó, chiến tranh Việt - Xiêm đã diễn ra trên đất Chân Lạp từ 1841 đến 1845. Quân Việt đã hết sức cố gắng ngăn chặn ảnh hưởng của Xiêm. Quân Xiêm bị thua nhiều trận lớn nên muốn thương nghị.
Những cuộc đấu tranh bảo vệ chủ quyền dân tộc của nhân dân Chân Lạp cũng nổi lên bền bỉ và mạnh mẽ khiến cho cả triều đình Huế và Bangkok đã thỏa thuận đình chiến (1845) và đưa Ang Đuông lên ngôi với sự chứng kiến đại diện của cả hai bên (1847). Rõ ràng, những cuộc tranh đoạt quyền bính trong hoàng tộc Chân Lạp tiếp tục diễn ra trong suốt nhiều thế kỉ đã lôi kéo cả hai thế lực Việt và Xiêm cùng tham gia. Trong suốt nhiều thế kỉ, triều đình Udong luôn xảy ra cảnh nội chiến tàn khốc. Vua chúa dòng họ này giày xéo, chém giết vua chúa dòng họ kia.
Phe phái này thì cầu viện chúa Nguyễn, vua Nguyễn của Việt Nam. Phe phái kia thì dựa hẳn vào Xiêm. Việt 25 Nam và Xiêm từng nhiều lần kéo quân vào lãnh thổ Chân Lạp. Trên lãnh thổ Chân Lạp, nhất là các vùng phụ cận của Phnom Penh, Udong… trở thành chiến trường giao tranh giữa hai thế lực Việt Nam và Xiêm.
Cả hai đều muốn tranh giành ảnh hưởng ở đất nước đã không còn tự chủ mà phải dựa hầu như hoàn toàn vào thế lực bên ngoài, chủ yếu là Việt Nam và Xiêm cho đến ngày thực dân Pháp xâm lược và đặt chế độ cai trị tại đây. Sự suy yếu của Lan Xang thế kỉ XVIII - XIX Vương quốc Lan Xang được thành lập vào năm 1354 với vai trò của Pha Ngừm. Pha Ngừm lớn lên trong cảnh lưu đày tại triều đình Angkor ở Chân Lạp. Nhờ sự trợ giúp của vua Chân Lạp, Pha Ngừm đã thành công trong việc thống nhất các tiểu vương quốc Mường Chămpa Nakhon (Champasak) ở miền Nam, Mường Phuôn (Xiêng Khoảng) ở Đông Bắc, vương quốc Mường Xoa (Luang Prabang) ở Tây Bắc, Mường Vieng Chan ở miền Trung.