CHƯƠNG 1 TÔNG QUAN Dữ liệu từ các lĩnh vực hóa học, sinh học và khoa học máy tính v. bao gồm dữ liệu có cấu trúc và không có cấu trúc. Để biểu diễn các mối quan hệ cơ bản của dữ liệu, đồ thị được sử dụng rộng rãi. Do đó, GNN được phát triền để xử lý các biểu đồ được xây dựng trên dữ liệu.
Cho một đồ thị G có n đỉnh (hoặc nút), các GNN có thể được biểu diễn dưới dạng các hàm đã học ánh xạ G và n tới các vectơ số thực: f(G,n)EKm (1) trong đó m là số chiều của không gian Euclide. Có nhiều công trình thành công về xây dựng đồ thị ứng dụng trong các lĩnh vực [2], [3]. Chứng chỉ văn bản tích hợp [4] đã đạt được hiệu suất tốt hơn so với các kỹ thuật phân loại văn bản hiện đại. Ngoài ra còn có các công trình thành công của GCN về phân tích hình ảnh y tế.
Đe giải quyết những gì còn lại của công việc phân loại ung thư đại trực tràng dựa trên mảnh ghép, Yanning et el. cái gọi là đầu ra CGC-Net lấy các hạt nhân trong hình ảnh mô học dưới dạng các nút trong khi các tế bào tương tác được ánh xạ dưới dạng các mặt phẳng bên [5]. Một GCN khác để phân loại tế bào cổ tử cung đã được phát triển trong [6]. Phân cụm K-means được áp dụng cho các tính năng được CNN trích xuất để thu hút sự quan tâm, dựa trên từng nút được mô tả bởi người quan tâm nhất.
Giá trị trong ma trận kề được đặt thành 1 khi hai nút được tìm thấy là hàng xóm của khoảng cách Euclide. Khi tình hình toàn cầu đang trở nên tồi tệ hơn do COVID-19, các chuyên gia đã làm việc cùng nhau đề giải quyết vấn đề toàn cầu. Để tạo điều kiện thuận lợi cho việc phát hiện COVID-19, các nhà nghiên cứu từ cả lĩnh vực lâm sàng [7] và lĩnh vực khoa học máy tính [8], [9], [10] đã đóng góp những nỗ lực quý báu của họ. Đục hai bên và đông đạc nhu mô phổi là những phát hiện điển hình trên CT, hoặc sự hiện diện của nhiều vạch B, đặc trưng của siêu âm phổi có thể được sử dụng để chẩn đoán COVID- 19.
Các đặc trưng này được tìm thấy bởi Wang et al [11]. Họ phát hiện rằng các tổn thương nhiều thùy có ở hầu hết các bệnh nhân trong khi các tổn thương như vậy thường ở ngoại vi và trung tâm hơn. Bóng loang lổ, độ mờ và thay đổi đông máu đã 7 được chứng minh ở bệnh nhân. Kết luận tương tự đã được tìm thấy bởi Zhao et al [12].
Như họ đã chỉ ra, hình ảnh CT ngực của bệnh nhân bị nhiễm COVID-19 được đặc trưng rõ ràng bởi độ mờ hai bên của phổi. Tuy nhiên, các tổn thương tiến triển là các khối đặc không có tổn thương di trú. Trong cộng đồng khoa học máy tính, cũng có nhiều công việc nhằm cung cấp các kết quả chẩn đoán dựa trên hình ảnh đáng tin cậy. Nguồn cấp dữ liệu mô hình học sâu có tên (COVID-Net) với hình ảnh X-quang đã được đề xuất để phát hiện nhiễm trùng COVID-19.
Qian-Yi Peng và cộng sự đã tóm tắt bảng so sánh giữa ảnh siêu âm và hình ảnh CT trên 20 bệnh nhân bị nhiễm COVID-19 (Bảng 1.1) và chỉ ra sự tương đồng trên từng giai đoạn giữa hai phương pháp chẩn đoán hình ảnh [13].1 Đặc trưng của bệnh COVID-19 trên hai loại ảnh y khoa CLVT Phổi Siêu âm phổi Dày màng phổi Đường màng phổi dày, không đều Đám mờ kiểu kính đục Hiện diện đường B(riêng lẻ, hợp ưu, nhiều ổ) Đám mờ thâm nhiễm Nhiêu đườn B hợp lưu lại Đặc phổi dưới màng phổi Diện đặc phổi nhỏ(dưới 1 cm) Đặc phổi liên thùy Diện đặc phổi liên thùy và không liên thùy Hiếm có tràn dịch màng phổi ít gặp tràn dịch màng phổi Nhiều phân thùy bị tác động Nhiều phân thùy bị tác động Tiến triển: giai đoạn sớm và thể nhẹ thì xuất Tiến triển: giai đoạn sớm hiện một vài đường B; trong giai đoạn tiến không có thương tổn hoặc hình triển của hội chứng kẻ phế nang có đặc điểm ảnh không điển hình, sau đó biểu hiện chính là hình ảnh các đường B hợp giai đoạn tiến triển thì xuất hiện lưu, đặc phổi, giai đoạn hồi phục thì các thương tổn rải rác lan tỏa, rồi đường A bắt đầu hiện diện trở lại, đôi khi tiến đến hình thành đặc phổi đường B vẫn còn do di chứng xơ hóa phổi Công trình nghiên cứu tích hợp cơ chế chú ý vào mô hình ResnetlS để phân loại ảnh COVID-19 cũng đã cho kết quả khả quan[20]. Bài báo này [20] chủ yếu tập trung vào cơ chế chú ý trong mạng nơ rơn tích chập. Trong phần đề tài luận văn "Kết hợp 8 mạng nơ ron tích chập và mạng nơ rơn đồ thị trong phân loại ảnh y khoa", nghiên cứu tập trung nhiều hơn vào mạng nơ ron đồ thị để xây dựng một mô hình với sự hợp của hai mô hình học sâu phổ biến là mạng nơ ron tích chập và mạng nơ ron đồ thị trong phân loại bệnh nhân COVID-19 với người bình thường và bệnh nhân viêm phổi do nhiễm khuẩn khác từ dữ liệu hình ảnh siêu âm và X-quang phổi. Các kết quả của luận văn này sẽ hỗ trợ các bác sĩ trong việc đưa ra các chẩn đoán và điều trị bệnh, cải thiện khả năng phát hiện và chẩn đoán sớm COVID-19 trong thời điểm hiện tại và ứng dụng nhiều hơn trong các phương pháp chẩn đoán và phân loại ảnh y khoa trong tương lai.
Luận văn gồm các phần sau: Phần cơ sở lý thuyết bao gồm: Chương 2: Đặc điểm y khoa của ảnh COVID-19 phổi. Chương 3: Kỹ thuật học sâu trong phân loại ảnh. Phần thực nghiệm bao gồm: Chương 4: Mô hình kết hợp CB-Resl8-G. Chương 5: Thực nghiệm và đánh giá kết quả.
Cuối cùng là phần Kết luận và Kiến nghị, tổng hợp các kết quả chính của luận văn và đề xuất hướng nghiên cứu tiếp theo. 9 CHƯƠNG 2 ĐẶC ĐIỂM Y KHOA CỦA ẢNH COVID-19 PHÔI 2.1 Cấu tạo của phổi và cơ chế sinh bệnh 2.1 Cấu tạo của phoi Đơn vị cơ bản của phổi là các tiểu thùy phổi thứ cấp.1 A là hình vẽ cấu tạo một tiểu thùy phổi thứ cấp với trung tâm là trục tiểu phế quản-mạch máu và hình 2.1B là mặt cắt CLVT phân giải cao. Ở phổi người có khoảng 5000 tiểu thùy phổi thứ cấp, mỗi tiểu thùy phổi thứ cấp có đường kính đáy nằm trong khoảng từ 1 cm đến 2 cm. Các tiểu thùy phổi thứ cấp ngăn cách nhau bởi các vách liên tiểu thùy rất mỏng vào khoảng 0,1 mm.
Trung tâm của các tiểu thùy phổi thứ cấp bao gồm các tiểu phế quản hô hấp, các tiểu động mạch phổi và các tổ chức kẽ quanh phế huyết quản. Sau cùng của các tiểu phế quản hô hấp là chùm phế nang. Phế nang có kích thước dao động từ 200 Ịim đến 500 pm. Nếu như trục tiểu phế quản- động mạch ở trung tâm tiểu thùy phổi thứ cấp thì các tiểu tm phổi và bạch mạch định vị trên các vách của tiểu thùy phổi thứ cấp, tĩnh mạch phổi dẫn lưu máu chứa oxy sau khi sự trao đổi O2-CO2 diễn ra trên thành của phế nang thông qua hệ thống mao mạch phong phú bao quanh phế nang.
Mô kẽ là tổ chức liên kết nâng đỡ quanh trục phế quản-mạch máu, vách liên tiểu thùy, mô dưới màng phổi và mô quanh thành phế nang. 10 Noíỉrai Sitondwy Lobular Anatomy Hình 2.1 Cấu tạo của phổi người [15].2 Cơ chế sình bệnh trên ph ổi gây ra bởi vi rút SARS-CoV-2 Vi rút SARS-CoV-2 có kích thước nhỏ khoảng 120nm, sau khi theo hệ thống đường thở thì vào đến các phế nang, chúng xâm nhập vào tế bào biểu mô lót trên thành của phế nang, gây ra loạt biến đổi qua cơ chế đảp ứng miễn dịch của cơ thể trước sự hiện diện của vi rút (hình 2.2A), cũng chính điều này giải thích thương tổn thường gặp ở nhu mô phổi vùng ngoại vi. Sau khi hệ miễn dịch của cơ thể được kích hoạt trước sự hiện diện của vi rút, hàng loạt các chất hoạt hoátế bào (các Interferon a, 0, Y, các Interleukin 6, 12, 18.) cũng như các hóahưóng động tế bào (chemokin) như CXCL 8, 9, 10, CCL 2, 3, 5.được phóng thích, khởi phát phản ứng viêm tại phế nang và mô kẽ xung quanh. Hậu quả là thể tích chứa khí của phế nang thu nhỏ lại thậm chí là không còn nữa, do lòng phế nang thay vì chỉ chứa khí thì nay có thêm sự hiện diện của dịch viêm, tế bào viêm, các thành phần củ a máu.
Bên cạnh đó, khả năng trư ong giãn của phế nang cũng giảm do tế bào biểu mô lót thành phế nang chịu trách nhiệm sản xuất chất surfactan bị thưong tổn (hình 2. về phía mô kẽ bên ngoài phế nang cũng chịu tác động của phản ứng viêm: mô kẽ dày lên vì phù nề do hiện tượng thoát mạch xuất tiết dịch, tế bào, điều này càng làm thu hẹp khoang chứa khí của phế nang. Hai hậu quả này giải 11 thích cho các đặc điểm hình ảnh quan sát được trên cắt lớp vi tính(CLVT), Siêu âm cũng như giải thích cho biểu hiện lâm sàng của người bệnh.2 Cơ chế sinh bệnh của các tốn thương phổi do vi rút SARS-COV-2 [14], Đầu tiên vi rút SARS-COV-2 sẽ xâm nhập vào phế nang theo đường thở (hình 2. Sau đó từ phế nang bình thường với thể tích chứa khí và chất surfactan bề mặt đầy đủ tế bào phế nang bị vi rút xâm nhập gây kích hoạt đáp ứng miễn dịch và cuối cùng thể tích bị thu nhỏ do bị tế bào viêm và dịch (hình 2.2 Đặc điếm ton thương phoi do COVID-19 trên hình ảnh 2.1 COVỈD-19 trên hình ảnh siêu âm Siêu âm là phương pháp chẩn đoán bệnh lý bằng cách sử dụng một đầu dò phát sóng âm tần số cao để ghi lại hình ảnh trực tiếp bên trong cơ thể, sau đó phản xạ lại và thể hiện thông qua hình ảnh y khoa.
Không giống như chụp X-quang, hình ảnh siêu âm sẽ không bị ảnh hưởng bởi bức xạ ion hóa. Hình ảnh siêu âm thực chất được tạo ra dựa trên sự phản xạ của sóng âm khi chạm vào các cơ quan hay nội tạng của cơ thể. Cường độ của sóng âm phản xạ này kết hợp với thời gian tiếp nhận phản xạ sẽ được máy tính xử lý và thể hiện qua các hình ảnh. Siêu âm được biết đến là m ột phương pháp chẩn đoán hình ảnh không xâm lấn, hỗ trợ bác sĩ trong công tác chẩn đoán và điều trị bệnh.