mở đầu cho thời kỳ văn hóa mới của Việt Nam - Văn hóa Thăng Long. Tuy nhiên, đến đời vua Lý Cao Tông và Lý Huệ Tông do ăn chơi vô độ, bỏ bê triều chính làm cho chính sự hành pháp không rõ ràng, gian giả nổi lên, đói kém liên miên, cơ nghiệp nhà Lý bắt đầu suy tàn đã dẫn đến việc lên ngôi của nhà Trần vào năm 1225 với công lao của Trần Thủ Độ. Nhà Trần tồn tại 175 năm, từ năm 1225 đến 1400 với 12 triều vua: Trần Thái Tông (1225-1258), niên hiệu Kiến Trung, Thiên Ứng Chính Bình, Nguyên Phong; Trần Thánh Tông (1258-1278), niên hiệu Thiệu Long, Bảo Phù; Trần Nhân Tông (1279-1293), niên hiệu Thiệu Bảo, Trùng Hưng; Trần Anh Tông (1293-1314), niên hiệu Hưng Long; Trần Minh Tông (1314-1329), niên hiệu Đại Khánh, Khai Thái; Trần Hiến Tông (1329-1341), niên hiệu Khai Hựu; Trần Dụ Tông (1341-1369), niên hiệu Thiệu Phong, Đại Trị; Trần Nghệ Tông (1370-1372), niên hiệu Thiệu Khánh; Trần Duệ Tông (1373-1377), niên hiệu Long Khánh; Trần Phế Đế (1377-1388), niên hiệu Xương Phù; Trần Thuận Tông (1388-1398), niên hiệu Quang Thái; Trần Thiếu Đế (1398-1400), niên hiệu Kiến Tân. Dưới triều Trần, nhà nước phong kiến trung ương tập quyền được khôi phục và củng cố.
Bộ sách Thông chế được biên soạn xác định các quy chế luật lệ, lễ nghi của nhà nước. Sản xuất nông nghiệp phát triển với chính sách Điền trang thái ấp. Văn học nghệ thuật cũng phát triển để khẳng định và mở rộng văn hóa Thăng Long. Đặc biệt, tinh thần dân tộc đã được phát huy và nâng cao qua ba lần đại thắng quân Nguyên - Mông dưới sự lãnh đạo của những vị anh hùng dân tộc như Trần Thái Tông, Trần Thánh Tông, Trần Nhân Tông, Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn….
Triều Lý được xem là triều đại Phật giáo đầu tiên ở Việt Nam. Lý Công Uẩn (Lý Thái Tổ) - người sáng lập triều Lý xuất thân từ chốn Thiền môn, z 15 học trò của Lý Khánh Vân và là đệ tử của Thiền sư Vạn Hạnh, nên ông đã hết lòng ủng hộ Phật giáo. Sau lễ đăng quang, Lý Thái Tổ liền ra sắc lệnh ban phẩm phục cho hàng tăng sỹ. Năm 1010, sau khi dời đô về Thăng Long, cùng với việc xây dựng kinh thành mới, ông chủ trương cho xây chùa tháp trong cả nước, trong đó ban hai vạn quan tiền để xây dựng mới và sửa chữa những ngôi chùa lớn ở Thăng Long như chùa Hưng Thiên, chùa Vạn Tuế, chùa Thắng Nghiêm, chùa Thiên Vương, chùa Cẩm Y, chùa Thánh Thọ, chùa Thiên Quang.
Ông cũng cho xây đồng loạt tám ngôi chùa ở phủ Thiên Đức, (nay là Từ Sơn, Bắc Ninh) quê hương của nhà vua. Năm 1019, Lý Thái Tổ ra chiếu khuyến khích việc xuất gia tu hành. Năm 1024, vua Lý Thái Tổ ban sắc xây dựng chùa Chân Giáo trong thành nội làm nơi thờ Phật và để các nhà sư đến giảng pháp. Năm 1026, Lý Thái Tổ ban sắc đúc chuông cho các chùa Hưng Thiên, chùa Đại Giáo, chùa Thắng Nghiêm… Có thể nói rằng, dưới triều vua Lý Thái Tổ, được sự hỗ trợ của Phật giáo, sự hướng dẫn, giúp đỡ trực tiếp của các bậc cao tăng như Thiền sư Đa Bảo, Thiền sư Sùng Phạm, nhất là vai trò của Quốc sư Vạn Hạnh, xã hội Đại Việt được ổn định, lòng dân an định, quốc gia hưng thịnh.
Nền độc lập được bảo vệ, quân phong kiến phương Bắc không quấy nhiễu mà quan hệ giao hòa. Các nước Chiêm Thành, Chân Lạp ở phía Nam chịu triều cống. Vua Lý Thái Tổ (1028-1054) noi gương vua cha cũng hết lòng hỗ trợ cho Phật giáo phát triển. Lý Thái Tông là Thiền giả đời thứ bảy của phái Thiền Vô Ngôn Thông, ông thường tham vấn thiền chỉ với Thiền sư Thiền Lão nổi tiếng bấy giờ.
Năm 1031, sau khi đánh thắng quân Chiêm Thành ở Châu Hoan (Nghệ An ngày nay), Lý Thái Tông cho xây dựng 95 ngôi chùa để tạ ơn, đồng thời ông miễn thuế cho dân một năm. Ông cũng cho người sang Trung Quốc thỉnh Đại Tạng Kinh về để hỗ trợ cho việc mở mang Phật giáo. Từ năm 1036 đến năm 1041, Lý Thái Tông cho tạc hàng ngàn tượng Phật, z 16 may hàng vạn cờ phướn, sắc thếp lại tượng Phật ở các chùa. Sau khi hoàn thành, ông lại ra lệnh miễn thuế cho dân một năm.
Vua Lý Thánh Tông (1054-1072) cùng với Nguyên Phi Ỷ Lan là những người sùng bái Phật giáo và luôn thực hiện đức nhân từ và lòng khoan dung. Sử sách để lại nói nhiều đến lòng xót thương của Lý Thánh Tông đến những người hoạn nạn nghèo khó và những kẻ tù đày. Đại Việt sử ký toàn thư viết: Mùa đông năm ất Mùi 1055 trời rét Lý Thánh Tông nói với các Quan rằng: "Trẫm ở trong cung nào là lò sưởi ngự, nào áo lót cầu còn rét như thế này, nghĩ đến người tù giam trong ngục, khổ sở về gong cùm, chưa biết rõ ngay gian, mà ăn không no bụng, áo không kín mình, gió rét khổ thân, hoặc có kẻ chết không đáng tội, trẫm rất thương xót. Vậy hạ lệnh cho Hữu ty phát chăn chiếu và mỗi ngày hai lần phát cơm"[12;294].
Dưới thời trị vì của Lý Thánh Tông, nhiều chùa tháp được xây dựng và trùng tu, nhiều tượng Phật được tạc mới ở các chùa. Năm 1056, Lý Thánh Tông cho xây tháp Báo Thiên - một trong bốn công trình mỹ thuật được xây dựng dưới triều Lý bao gồm Tháp Báo Thiên, chuông Quy Điền, vạc Phổ Minh, tượng Quỳnh Lâm, gọi là "An Nam tứ đại khí". Tuy không xuất gia tu hành nhưng Lý Thánh Tông được suy tôn là Tổ thứ mười hai của phái Thiền lớn trong thời kỳ này là Tỳ Ni Đa Lưu Chi. Đặc biệt, ông còn được suy tôn là người khai lập và là tổ thứ hai của một phái thiền mới: Thiền Thảo Đường.
Năm 1096, Lý Thánh Tông đem quân dẹp giặc Chiêm Thành, khi về Thăng Long ông đem theo nhiều tù binh để ban phát cho các quan tướng làm tạp dịch. Trong số quan tướng được ban thưởng có vị Tăng Lục. Một lần vị Tăng Lục đi vắng người tù binh làm tạp dịch thấy trên bàn có quyển Ngũ Lục chép tay, trong đó có những đoạn chép sai, tiện bút ông ta sửa luôn. Thấy vậy, vị Tăng Lục báo cho Lý Thánh Tông.
Lần hỏi ra mới rõ người tù bình đó là Thiền sư Thảo Đường từ Trung Quốc tới Chiêm z 17 Thành hành hóa, trong can qua bị bắt làm tù binh. Lý Thánh Tông liền mời Thảo Đường về tu ở chùa Khai Quốc, phong đến chức Quốc sư và trở thành sư tổ của một phái thiền mới ở Việt Nam. Phái Thiền Thảo Đường tồn tại hơn một trăm năm, từ năm 1069 đến năm 1205 với 5 đời và gần hai chục vị đại sư. Vua Lý Nhân Tông (1072-1127) không chỉ là nhà vua thông minh, anh dũng và chuộng Nho giáo.
Ông chính là người lập Quốc Tử Giám - trường đại học đầu tiên của Việt Nam và định khoa thi Tam giáo. Tuy nhiên, vua Lý Nhân Tông còn là người mến mộ và có nhiều công đức với Phật giáo. Noi gương các bậc vua cha, Lý Nhân Tông vẫn duy trì các chức phẩm của Phật giáo, đặc biệt ông định chức quan cao cấp của triều đình trông coi các chùa chiền trong cả nước. Ông còn sắc phong Thiền sư Khô Đầu lên chức Đại sư để làm cố vấn cho triều đình.
Năm 1105, Lý Nhân Tông cho sửa chùa Diên Hựu, đào hồ trồng sen và xây một tháp cao trước chùa. Lý Nhân Tông hai lần sai sứ sang Trung Quốc thỉnh kinh (lần thứ nhất 1081 do sứ Dương Dũng Luật thực hiện, lần thứ hai năm 1098 do sứ Nguyễn Văn Tình thực hiện). Dưới thời trị vì của các vị vua khác của triều Lý, nhất là những vị vua cuối đời Lý, vì nhiều nguyên nhân, Phật giáo tuy không còn thịnh như trước nhưng vẫn giữ được ảnh hưởng ở triều đình và cả trong nhân gian. Triều Lý - triều đại Phật giáo có những nhà sư nổi tiếng về việc tu hành và những đóng góp đối với đất nước, như Vạn Hạnh, Viên Thông, Huệ Sinh, Viên Chiếu, Mãn Giác, Không Lộ, Chân Không, Giác Hải, Từ Đạo Hạnh.
Đồng thời các nhà sư này cùng với nhà Lý tạo nên diện mạo Văn hóa Đại Việt đặc sắc. Dưới triều đại nhà Trần, Phật giáo Việt Nam phát triển đạt tới mức cực thịnh và trở thành quốc đạo. Các vua đầu tiên của triều Trần là Trần Thái Tông sau khi không bằng lòng với việc Thái sư Trần Thủ Độ vì cơ nghiệp nhà Trần, bắt ông bỏ vợ là Chiêu Thánh để lấy chị dâu là Thuận Thiên - vợ của z 18 anh trai là Trần Liễu, ông đã vào Yên Tử để tu. Tại đây ông được Trúc Lâm Quốc sư trụ trì chùa Hoa Yên động viên trở về ngôi báu ở Thăng Long: "trong núi vốn không có Phật, Phật ở trong tâm ta.
Nếu tâm ta lắng lại và trí tuệ xuất hiện thì đó chính là Phật. Nếu bệ hạ giác ngộ được tâm ấy thì tức khắc thành Phật ngay tại chỗ, không phải đi tìm cực nhọc bên ngoài. Phật tức tâm, tâm tức Phật" (bài tựa Thiền Tông Chỉ Nam) [31;216]. Trong ba mươi năm ở ngôi (1225-1258) Trần Thái Tông vừa trị quốc an dân, vừa nghiên cứu Phật học, trở thành người có trình độ Phật học uyên thâm.
Nhà vua thường đàm luận về Phật học với những vị sư nổi tiếng của Việt Nam và Trung Quốc như Ứng Thuận, Tức Lục, Đại Đăng, Thiên Phong…Bản thân Trần Thái Tông đã viết sáu tác phẩm, hoặc là sách Phật luận, hoặc là sách văn thơ mang tư tưởng Phật giáo, như Thiền Tông Chỉ Nam, Lục thời sám hối khoa nghi, Kim cương tam muội chú giải, Bình đẳng lễ sám văn, Thái Tông thi tập, Khóa hư lục. Những sách viết về Phật giáo của Trần Thái Tông chịu ảnh hưởng của Thiền Tông, Tịnh Độ Tông, Nho giáo và Đạo giáo, nhất là Thiền Vô Ngôn Thông qua Quốc Sư Trúc Lâm, thiền Lâm Tế qua cư sỹ Thanh Phong (người Trung Quốc). Tư tưởng Phật giáo của Trần Thái Tông nhấn mạnh con người sinh, lão, bệnh, tử là khổ, là vô ngã, vô thường; con người cần được giác ngộ, cần phải làm việc lành, tránh việc dữ, tu nhân tích đức, chuyên cần tu niệm, và nhất là phải hành thiền.