Đặt vấn đề Trong nhiều năm qua, việc sử dụng học máy vào các lĩnh vực khai thác dữ liệu số đã trở nên rất quen thuộc. Việc ứng dụng học máy vào các lĩnh vực đời sống đem lại những kết quả to lớn trong nghiên cứu khoa học. Lĩnh vực y tế cũng được hưởng lợi rất nhiều từ sự phát triển của học máy. Nhưng so với các lĩnh vực khác việc nghiên cứu trên dữ liệu y tế và áp dụng học máy vào đó vẫn còn khá mới mẻ.
Một phương pháp mới mẻ hơn là Học sâu cho thấy rất nhiều tín hiệu khả quan trong nghiên cứu xử lý dữ liệu lớn. Vì vậy việc áp dụng Học sâu vào nghiên cứu dữ liệu y tế là một xu hướng mới cần được quan tâm. Tại sao lại phải theo dõi nhịp thở? Bởi lẽ, hoạt động hít thở là hoạt động cơ bản của mọi cá nhân. Hành động hít thở đối với hô hấp và theo dõi hô hấp là khâu theo dõi đầu tiên và có vai trò quan trọng.
Đối với các bệnh nhân có tiền sử về các bệnh hô hấp, việc phát hiện sớm các bất thường về hô hấp có thể đưa ra các phán đoán sớm để phân loại bệnh, phán đoán sớm tình trạng bệnh hoặc để cung cấp thông tin phục vụ cho các công việc y tế khác. Các khó khăn gặp phải khi theo dõi nhịp thở. Có nhiều phương pháp tiếp cận để thu thập được thông tin và phân tích nhịp thở. Nhưng tựu chung là vấn đề xử lý dữ liệu lớn trong thời gian liên tục.
Điều này dẫn đến khó khăn trong việc nâng cao tính chính xác. Một khó khăn khác đến từ các thiết bị giúp theo dõi nhịp thở, đôi khi có giá thành quá cao, đôi khi lại không thực sự tiện lợi khi gắn vào đối tượng cần 5 được theo dõi. Như vậy, vấn đề cần phải giải quyết là tìm ra một phương pháp có độ chính xác cao với chi phí ở mức cho phép. Mục tiêu của đề tài, phương pháp được sử dụng và đóng góp của đề tài.
Mục tiêu chính của luận văn là tìm hiểu về phương pháp Học sâu và thử nghiệm phương pháp này trong việc xây dựng một ứng dụng đếm nhịp thở. Trong khuôn khổ nội dung, luận văn sẽ trình bày về một số phương pháp áp dụng học máy trên dữ liệu y tế, dữ liệu nhịp thở, các khó khăn hạn chế của các phương pháp này. Trình bày nhiều hơn về một phương pháp mới có tên là Học sâu (deep learning) trong khai thác thông tin dữ liệu. Mà cụ thể là kỹ thuật LSTM (long short time memory).
Luận văn sử dụng dữ liệu nhịp thở thu thập được từ micro âm thanh. Sau đó sử dụng phương pháp LSTM để nhận dạng ra âm thanh nhịp thở. Cuối cùng là xây dựng một ứng dụng để đếm nhịp thở của một đối tượng được gắn micro âm thanh.2 Tổng quan vấn đề theo dõi sức khỏe bằng nhịp thở 1.1 Tổng quan Hầu hết các ứng dụng y tế được sử dụng trong các doanh nghiệp, tổ chức, bệnh viện, cá nhân và cộng đồng nói chung tạo ra một lượng dữ liệu cực lớn. Các dữ liệu này có thể là có cấu trúc và phi cấu trúc, bao gồm cả dữ liệu âm thanh, hình ảnh và dữ liệu văn bản.
Hầu hết các dữ liệu này đã được số hóa và lưu trữ, theo ước tính trong những năm tiếp theo có thể lên tới hàng trăm zetabytes. Các dữ liệu bệnh nhân được thu thập có thể giúp các bác sỹ đưa ra quyết định tốt hơn và nhanh hơn dựa trên các dự đoán và khuyến nghị được cung cấp bởi các thuật toán học máy. Các dữ liệu liên quan đến các bệnh hô hấp và các thuật toán học học cho các bệnh hô hấp cũng được đặc biệt quan tâm trong suốt một thời gian dài. Để chuẩn đoán được các nguyên nhân dựa trên các triệu chứng của các bệnh hô hấp, phương pháp kiểm tra Pulmonary Function Tests (PFTs) đã được áp dụng.
Các tổ chức American Thoracic Society (ATS), National Asthma Education and Prevention Program và Global Initiative for Chronic, Obstructive Lung Disease (GOLD) khuyến nghị sử dụng PFT [5]. 6 Bảng 1-1: Một mẫu dữ liệu PFT và ý nghĩa các đại lượng [6] Đại lượng Giá trị Ý nghĩa Thể tích không khí thở ra từ thời điểm FVC (L) 3.84 hít vào sâu nhất và thở ra sâu nhất Thể tích không khí trong giây đầu tiên FEV1 (L) 2.3 của FVC FEV1/FVC 0.60 Tỉ lệ giữa FEV1 và FVC Tốc độ dòng không khí lớn nhất thu PEF (L/s) 0.98 được trong khi đo FVC DLCO Khả năng khuếch tán oxy vào máu của 8.21 Tổng dung tích của phổi VA (mL) 4.46 Dung tích của phế nang DLCO/VA 1.99 Tỉ lệ DLCO trên từng phế nang Với rất nhiều dữ liệu PFT của các bệnh nhân có sẵn, áp dụng các thuật toán học máy không chỉ giúp bác sỹ phân loại chính xác bệnh nhân mà còn cung cấp các dự đoán về tình trạng sức khỏe của bệnh nhân. Kỹ thuật học máy được sử dụng phổ biến trong phân tích dữ liệu bệnh hô hấp là kỹ thuật học máy có giám sát: thuật toán Naïve Bayes, Support Vector Machine, Decision Tree, K Nearest Neighbors… Độ chính xác trên các dữ liệu PFT cũng rất cao, trung bình lên đến xấp xỉ 90% đối với ba phương pháp Naïve Bayes, Support Vector Machine, Decision Tree [7]. Âm thanh thở (Breath Sound) chứa các chỉ số quan trọng về sức khỏe và bệnh hô hấp, việc phân tích phát hiện âm thanh thở trở thành một chủ đề quan trọng trong chuẩn đoán và đánh giá các khả năng điều trị [7].
Dữ liệu trích rút ra từ âm thanh nhịp thở có dạng chuỗi dữ liệu, có tính liên tục và yêu cầu để phân tích nó cần phải nhanh. 7 Một điểm quan trọng đối với các mô hình học máy thông thường là việc phải trích xuất ra các đặc trưng của các mẫu dữ liệu. Điều này đối với từng bộ dữ liệu cụ thể sẽ là khó khăn và mang tính chất cảm nhận cá nhân của người xử lý dữ liệu. Việc áp dụng các mô hình học sâu mang lại một lợi thế lớn là việc không cần quan tâm đến trích xuất ra đặc trưng, mô hình học sâu sẽ tự động điều chỉnh cho phù hợp và xuất ra đặc trưng phù hợp cho quá trình nhận dạng.
Một ưu thế nữa của mô hình học sâu là vấn đề phụ thuộc xa. Các mẫu dữ liệu thu thập được có tính liên quan đối với các đoạn dữ liệu nằm phía trước chúng. Các mô hình học máy thông thường rất khó để liên kết các thông tin của chuỗi dữ liệu nằm ở phía trước, trong khi việc đưa ra quyết định phân loại nhãn đối với dữ liệu chuỗi lại phụ thuộc rất lớn vào vấn đề này.2 Bài toán theo dõi nhịp thở dựa vào dữ liệu âm thanh Bài toán 1: Cho trước một tập dữ liệu là các file âm thanh được thu từ micro âm thanh. Các file này ngắn và chứa nội dung bên trong có thể là một đoạn âm thanh nhịp thở hoặc là một đoạn âm thanh không phải nhịp thở.
Nhiệm vụ của việc giải bài toán này là gán nhãn cho các file đó, nhằm phân biệt trong file có những đoạn (segments) nào là chứa âm thanh nhịp thở và và đoạn nào là không chứa âm thanh nhịp thở. Thông thường, người ta có thể cắt từng đoạn rồi lưu ra mỗi đoạn là một file. Từ đó việc gán nhãn nhịp thở sử dụng các file dữ liệu này. Hình 1-1: Một đoạn dữ liệu thở chứa một nhịp hít vào và một nhịp thở ra Bài toán 2: Dữ liệu nhịp thở lúc này không phải là các file đơn thuần nữa mà là một luồng dữ liệu liên tục.
Nhiệm vụ đặt ra là đếm trong khoảng thời gian nhất định có bao nhiêu nhịp thở. 8 Hình 1-2: Một đoạn dữ liệu thở liên tục Bài toán 3: Vẫn là luồng dữ liệu nhịp thở liên tục. Nhiệm vụ lúc này là thu thập nhiều hơn các thông tin về nhịp thở. Có thể bao gồm: tần suất thở trên một phút, các bất thường về nhịp thở (nhịp thở có gấp, có đều đặn…) để đưa ra các phán đoán sâu hơn về tình trạng bệnh lý của người được theo dõi.
Có thể thấy được rằng bài toán số 1 là bài toán cơ sở. Từ việc phân loại nhãn của các tệp nhỏ, giúp xây dựng được một mô hình nhận dạng và từ đó sử dụng mô hình này cho việc xác định nhãn của một frame dữ liệu (quá trình này cũng bao gồm công việc phải đi tìm điểm bất thường trong luồng dữ liệu để xác định đâu là điểm bắt đầu cho frame dữ liệu cần xác định nhãn). Đặc biệt ở trong bài toán số 3, số lượng các nhãn sẽ lớn hơn trong bài toán số 2 (vốn chỉ bao gồm hai loại nhãn đúng hoặc sai). Trong khuôn khổ nội dung của luận văn, sẽ trình bày phương pháp tiếp cận và giải quyết bài toán số 1 và bài toán số 2.
Bài toán số 3 có thể sẽ được tìm hiểu và trình bày trong các nghiên cứu dẫn xuất sau này. Bài toán số 1 được coi là loại bài toán loại bài toán phân loại, bài toán số 2 là loại bài toán đếm (dựa trên cơ sở phân loại và đếm số nhịp thở), bài toán số 3 là loại bài toán phân tích. Trong quá trình giải quyết bài toán số 2, luận văn sẽ tiến hành giải quyết bài toán số 1, trên cơ sở bài toán số 1 cùng với việc phát hiện bất thường trong quá trình thu thập âm thanh, để xác định điểm đầu tiên của nhịp thở (phát hiện bất thường để cắt frame dữ liệu chính xác) để xây dựng nên ứng dụng đếm nhịp thở theo thời gian thực. 9 Như vậy có hai bài toán nhỏ mà luận văn tập trung giải quyết gồm: - Bài toán Phân loại dữ liệu nhịp thở - Bài toán xác định điểm bất thường trong luồng dữ liệu nhịp thở liên tục, để cắt frame chính xác chứa nhịp thở.3 Một số nghiên cứu liên quan Lĩnh vực nghiên cứu, áp dụng học máy vào xử lý dữ liệu y tế rất được quan tâm.
Trong những năm gần đây, đã có rất nhiều các nghiên cứu liên quan đến hô hấp và theo dõi nhịp thở. Phương pháp áp dụng để giải quyết vấn đề cũng rất đa dạng. Luận văn xin được trình bày hai nghiên cứu có liên quan nhiều đến phương pháp tiếp cận mà luận văn sắp trình bày ở chương nội dung số hai.1 Phát hiện âm thanh hô hấp dựa trên trích chọn đặc trưng a.