Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1. Phân loại và đặc tính của virus cúm A/H5N1 Virus cúm A/H5N1 (Influenza A virus subtype H5N1) thuộc họ Orthomyxoviridae, chi Alphainfluenzavirus, loài virus cúm A (Influenza A virus). Virus cúm A được phân loại thành các phân nhóm theo sự kết hợp của hai protein bề mặt virus hemagglutinin (HA) và neuraminidase (NA).
Cho đến nay có 18 phân nhóm HA khác nhau và 11 phân nhóm NA khác nhau và trong tự nhiên các phân nhóm HA và NA có thể tái tổ hợp luân chuyển (reassortment) tạo nên các phân type HxNy mới. Tùy thuộc vào vật chủ gốc, virus cúm A có thể được phân loại là cúm gia cầm (ví dụ: cúm gia cầm A/H5N1, A/H9N2, A/H5N6… ), cúm lợn (ví dụ: cúm lợn A/H1N1, A/H3N2…) hoặc các loại virus cúm động vật khác. Virus cúm A có phổ thích ứng rộng có thể gây bệnh trên nhiều đối tượng vật chủ khác nhau như: chim, gia cầm, thuỷ cầm, lợn, ngựa, hải cẩu, cá voi và người. Đặc điểm thích ứng đa vật chủ là điều kiện thuận lợi cho virus cúm A trao đổi hoặc tái tổ hợp các phân đoạn gen (đặc biệt là gen kháng nguyên HA và NA) giữa các chủng lưu hành để tạo ra chủng virus cúm mới có khả năng thích ứng xâm nhiễm ở loài vật chủ mới.
Đặc biệt hơn, các phân type hay chủng mới gây bệnh khi chúng vượt qua được “rào cản loài” (species-barrier) dễ dàng thích ứng lây nhiễm gây bệnh từ gia cầm sang người và giữa người với người [5]. Sự xuất hiện của một loại virus cúm A mới và rất khác biệt có khả năng lây nhiễm sang người và lây truyền từ người sang người là rất có thể và có khả năng gây ra đại dịch cúm toàn cầu. Virus cúm A/H5N1 gây bệnh nặng ở gia cầm và dẫn đến tỷ lệ tử vong cao nên còn được gọi là virus cúm gia cầm thể độc lực cao (highly pathogenic avian influenza virus, HPAIV) type A và phân type (subtype) H5N1, HPAI A(H5N1)) [https://en.org/wiki/Influenza_A_virus_subtype_H5N1]. Dưới kính hiển vi điện tử, hầu hết các hạt của virus (virion) có dạng hình cầu đường kính từ 50–100 nm.
Một số ít có dạng hình sợi đường kính 20 nm và dài từ 200–300 nm. Hạt virus có cấu tạo đơn giản gồm vỏ (capsid), vỏ bọc ngoài (envelope) và lõi chứa RNA. Vỏ virus với bản chất là protein có nguồn gốc từ màng tế bào nhiễm luan an 5 đã được đặc hiệu hóa để gắn protein màng của virus vào, bao gồm một số protein được glycosyl hoá (glycoprotein) và một số protein dạng trần không được glycosyl hoá (non-glycosylated protein). Protein bề mặt có cấu trúc từ glycoprotein, bao gồm protein gây ngưng kết hồng cầu HA, protein enzyme cắt thụ thể NA và protein đệm M (matrix).
Lipid tập trung ở màng virus, chủ yếu là lipid có gốc photpho, số còn lại là cholesterol, glucolipid và một ít carbohydrate gồm các loại đường galactose, mannose, ribose, fructose, glucosamin. Bên trong virus có cấu trúc phức tạp gồm protein capsid và các sợi RNA nối với nhau thành các nucleocapsid có cấu trúc đối xứng xoắn. Vỏ của virus được cấu tạo bởi 2 lớp lipid, trên bề mặt có khoảng 500 các gai khác nhau nhô lên từ bề mặt của virus, mỗi gai có độ dài từ 10–14 nm. Các gai này được cấu tạo bởi hai loại glycoprotein HA và NA.
Các gai HA thường nhiều hơn và xen kẽ với các gai NA với tỷ lệ là (4–5):1. Sơ đồ cấu trúc của virus cúm A [8]. Hệ gen virus cúm A/H5N1 là RNA sợi đơn âm, gồm 8 phân đoạn RNA riêng biệt (Hình 1.1), mã hoá cho 11 protein khác nhau của virus, các phân đoạn được sắp xếp theo trật tự: PB2, PB1 (PB1 và PB1-F2), PA, HA, NP, NA, M (M1 và M2), NS (NS1 và NS2) [6]. Mỗi phân đoạn RNA của virus cúm A có cấu trúc xoắn bậc 2 α đối xứng dài 50–100 nm, đường kính 9–10 nm, được bao bọc bởi nucleoprotein (NP) luan an 6 với bản chất là lipoprotein, tạo thành cấu trúc ribonucleoprotein của virus (vRNP) (Hình 1.
Các phân đoạn của hệ gen virus cúm A nối với nhau bằng các cầu nối peptide tạo nên vòm (loop) tại giới hạn cuối của mỗi phân đoạn và tạo thành một sợi RNA duy nhất có độ dài từ 10.000 nucleotide (tuỳ theo từng chủng virus cúm A) và có cấu trúc xoắn α (α-helix) bên trong vỏ virus. Phân tích thành phần hoá học các hạt virus cúm A có chứa khoảng 0,8–1,1% RNA, 70–75% là protein, 20–24% lipid và 5–8% là carbohydrate [7]. Về mặt dịch tễ học, virus cúm A có nhiều biến chủng khác nhau, thích ứng hầu như với mọi loài vật chủ và hệ gen luôn luôn biến đổi, định kỳ gây nên những vụ dịch cúm trong lịch sử ở động vật và người [6, 9]. Do đặc tính biến đổi nội gen nhanh chóng và trao đổi gen để tái tổ hợp tạo biến thể mới lây truyền trong quần thể sinh vật, cho nên virus cúm A thuộc nhóm virus nguy hiểm gây bệnh động vật sang người (zoonotic infections).
Virus cúm A/H5N1 được coi là loại biến chủng có mức độ độc lực cao nhất cho các loài động vật và người, có nhiều minh chứng khoa học là chủng này bắt nguồn từ H6N2 hoặc trao đổi gen thông qua H9N2 (trên lợn) [5, 10]. Virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao gây chết phôi gà gần như ngay lập tức nên không thể sử dụng nguồn phôi gà để sản xuất vaccine vô hoạt cho gia cầm. Để khắc phục điều này, Tổ chức Y tế thế giới (WHO) và các mạng lưới phòng thí nghiệm của WHO đã kiến tạo thành công hướng sản xuất vaccine H5N1 bằng phương pháp di truyền ngược (reverse genetics - based technology). Đây là phương pháp tạo virus nhân tạo tái tổ hợp gen của virus cúm A/H5N1 đương nhiễm có khả năng gây miễn dịch nhưng không gây bệnh.
Tuy nhiên do virus cúm gia cầm A/H5N1 có nhiều biến đổi nội gen và xảy ra nhanh nên việc sản xuất vaccine cũng gặp không ít khó khăn và đòi hỏi sự cập nhật liên tục. Cấu trúc, chức năng hệ gen của virus cúm A Nhóm virus cúm A đều có hệ gen là RNA chứa 8 phân đoạn mã hoá cho 11 protein, có độ dài tùy từng phân type, được nối với nhau thành một sợi RNA liên tục, nhưng hệ gen lại phân thành nhiều đoạn, mỗi phân đoạn chịu trách nhiệm mã hóa cho một loại protein của virus. Hai đầu 5' và 3' của RNA hệ gen có hai chuỗi nucleotide bảo tồn trong tất cả virus cúm A, đó là 5'-AGUAGAACAAGG. và 3'- UCG(U/C)UUUCGUCC.
Sáu phân đoạn từ 1–6, mỗi phân đoạn chịu trách nhiệm mã hoá cho các protein riêng biệt, phân đoạn 7 và 8 mã hoá cho từng phần của luan an 7 gen, mỗi gen mã hoá cho một phân tử RNA thông tin và mỗi phân tử RNA thông tin này sau khi được xử lý nhờ cơ chế nối ghép (splicing) sẽ được dịch mã tổng hợp protein [8]. Mỗi đoạn RNA được bao xung quanh bởi nucleoprotein (NP) tạo thành cấu trúc ribonucleoprotein (RNP). RNP kết hợp với 3 loại polymerase PB2, PB1, PA chịu trách nhiệm cho sự phiên mã và sao chép RNA của virus. Phân đoạn 1 mã hoá cho enzyme polymerase PB2 (polymerase basic protein 2) là tiểu đơn vị của polymerase (RNA transcriptase) chịu trách nhiệm khởi đầu phiên mã, có độ dài 2341 nucleotide, có trọng lượng phân tử theo tính toán là 84 kDa (thực tế là: 87 kDa) [8].
Phân đoạn 2 mã hoá cho enzyme polymerase PB1 (polymerase basic protein 1) là tiểu đơn vị xúc tác của polymerase (RNAtranscriptase), có độ dài 2341 nucleotide, với trọng lượng phân tử tính toán là 87 kDa (thực tế: 96 kDa) [11]. Phân đoạn 3 mã hoá cho enzyme kéo dài phiên mã PA (polymerase acidic protein 2) là tiểu đơn vị của polymerase (RNAtranscriptase) tham gia tổng hợp RNA, có độ dài 2233 nucleotide, trọng lượng phân tử theo tính toán là 83 kDa (thực tế: 85 kDa) [11]. Phân đoạn 4 mã hóa cho hemagglutinin (HA) điều khiển quá trình tổng hợp hemagglutinin (protein gây ngưng kết hồng cầu). Có 18 loại HA, trong đó chỉ có H1, H2, H3 tìm thấy ở các virus gây bệnh cho người.
Virus mang gen H5, H7 và H9 có thể lây nhiễm từ chim sang người. HA được phân bố rải rác trên bề mặt của virus, là protein kháng nguyên bề mặt type I liên quan đến sự bám dính của virus và gắn virus vào thụ thể acid sialic của tế bào, có khả năng gây ngưng kết tế bào hồng cầu gà và tham gia vào quá trình khởi đầu xâm nhiễm của virus, hợp nhất vỏ virus với màng tế bào nhiễm và tham gia vào phản ứng trung hoà virus. HA có phân tử lượng là 63 kDa (nếu không được glycosyl hoá), 77 kDa (nếu được glycosyl hoá, trong đó HA1 là 48 kDa và HA2 là 29 kDa) [12], chuỗi nucleotide có độ dài thay đổi tùy từng phân type virus, đối với H5N1 là 1704–1707 bp, H7N1 là 1683–1695 bp, H9N1 là 1683 bp, H1N1 là 1701 bp. Phân đoạn 5 mã hoá cho protein nucleoprotein (NP) có trọng lượng phân tử tính toán là 56 kDa, gen NP của H5N1 có độ dài là 1497 bp [8].
Nucleocapsid protein (NP) là một loại protein được photphoryl hoá, có biểu hiện đặc tính kháng nguyên luan an 8 đặc hiệu theo nhóm và tồn tại trong hạt virus theo dạng liên kết với mỗi phân đoạn RNA, cho nên NP còn được gọi là ribonucleoprotein. Phân đoạn 6 mã hóa cho protein neuraminidase (NA). NA có trọng lượng phân tử theo tính toán 50 kDa (thực tế: 48–63kDa), độ dài cũng rất thay đổi, đối với H5N1 là 1350–1410 bp [12]. NA là protein màng type II tồn tại như các gai hình nấm trên bề mặt của virus.
NA vừa có vai trò kháng nguyên vừa có hoạt tính enzyme phân cắt liên kết giữa thụ thể acid sialic và HA, để virus thực hiện quá trình giải phóng ra khỏi tế bào, nhờ vậy mà đẩy nhanh quá trình lan truyền virus trong tế bào chủ. Chỉ có các phân đoạn HA, NA (glycoprotein màng) của virus có chức năng bám dính vào màng tế bào chủ bị tấn công rồi sau đó tiếp tục thực hiện quá trình xâm nhập, nhân lên và giải phóng virus. Phân đoạn 7 mã hoá cho phần đệm matrix protein MA, gồm 2 tiểu phần M1 và M2. Tiểu phần M1 là protein nền, là thành phần chính của virus, có chức năng bao gói và tham gia vào quá trình nảy chồi của virus.
Tiểu phần M2 là protein nội màng, có chức năng là kênh ion vận chuyển sản phẩm của virus, trọng lượng phân tử tính toán của M1 là 28 kDa (thực tế: 25 kDa), và M2 là 11 kDa (thực tế: 15 kDa), phân đoạn M có độ dài khoảng 1027 bp [14].