Phân lập và tuyển chọn chủng Pseudomonas sp có hoạt chất kháng Vibrio sp gây bệnh ở tôm nuôi

Nghiên cứu phân lập và tuyển chọn chủng Pseudomonas sp có khả năng kháng Vibrio sp gây bệnh ở tôm nuôi, góp phần bảo vệ ngành thủy sản.

• Tác giả: Nguyễn Huyền Trang
• Người hướng dẫn: TS. Nguyễn Chí Thuận
• Trường học: Đại học Thái Nguyên
• Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm
• Đề tài: Phân Lập Và Tuyển Chọn Chủng Pseudomonas Sp Sinh Hoạt Chất Kháng Vibrio Sp Gây Bệnh Ở Tôm Nuôi
• Loại tài liệu: luận văn thạc sĩ
• Năm xuất bản: 2014
• Địa điểm: Hà Nội

Mục lục chi tiết

• LỜI CẢM ƠN
• Bảng chữ viết tắt
• MỞ ĐẦU
• 1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
• 1.1. Tổng quan về vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa
• 1.2. Cấu trúc gen
• 1.3. Phương pháp xác định vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa
• 1.3.1. Phương pháp phân lập vi sinh truyền thống
• 1.3.2. Phương pháp sinh học phân tử phân loại vi khuẩn
• 1.4. Ứng dụng của vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa
• 1.5. Hoạt chất pyocyanin
• 1.5.1. Cấu trúc pyocyanin và sự tham gia của các gen
• 1.5.2. Hoạt tính kháng khuẩn của pyocyanin
• 1.6. Tổng quan về Vibrio sp. gây bệnh ở tôm nuôi
• 1.6.1. Đặc điểm phân loại chủng Vibrio sp gây bệnh trên tôm nuôi
• 1.6.2. Bệnh do vi khuẩn Vibrio sp gây ra trên tôm
• 1.6.3. Lịch sử phát triển bệnh
• 1.6.4. Đặc điểm dịch tễ
• 1.6.5. Các phương pháp phòng ngừa và điều trị
• 1.6.6. Biện pháp phòng bệnh tổng hợp
• 2. CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP
• 2.1. Vật liệu nghiên cứu
• 2.2. Đối tượng nghiên cứu
• 2.3. Hóa chất sử dụng cho vi sinh
• 2.4. Hóa chất sử dụng trong sinh học phân tử
• 2.5. Phương pháp nghiên cứu
• 2.5.1. Phương pháp vi sinh
• 2.5.2. Phương pháp phân lập vi khuẩn trên môi trường King A
• 2.5.3. Phương pháp nhuộm tế bào quan sát hình thái của vi khuẩn
• 2.5.4. Phương pháp xác định hoạt tính enzyme của vi khuẩn
• 2.5.5. Phương pháp lập kháng sinh đồ
• 2.5.6. Phương pháp xác định mật độ vi khuẩn
• 2.5.7. Phương pháp tách chiết và xác định sắc tố pyocyanin - PCN
• 2.5.8. Phương pháp xác định ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy đến sinh khối và nồng độ hoạt chất của vi khuẩn
• 2.5.9. Phương pháp xác định khả năng kháng Vibrio sp
• 2.5.10. Phương pháp sinh học phân tử
• 2.5.10.1. Phương pháp tách chiết DNA tổng số
• 2.5.10.2. Phương pháp PRC khuếch đại gen
• 2.5.10.3. Phương pháp điện di
• 2.5.10.4. Phương pháp làm sạch sản phẩm PCR
• 2.5.10.5. Phương pháp tách dòng gen tái tổ hợp (Cloning)
• 2.5.10.6. Phương pháp giải trình tự gen
• 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
• 3.1. Kết quả phân lập và xác định P. aeruginosa bằng phương pháp vi sinh vật
• 3.1.1. Kết quả phân lập vi khuẩn P. aeruginosa trên môi trường King A
• 3.1.2. Kết quả nhuộm Gram
• 3.1.3. Kết quả nghiên cứu hoạt tính enzyme
• 3.1.4. Kết quả thử hoạt tính kháng kháng sinh
• 3.1.5. Kết quả xác định P. aeruginosa bằng phương pháp sinh học phân tử
• 3.1.5.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số
• 3.1.5.2. Kết quả PCR gen đặc hiệu P.
• 3.1.5.3. Kết quả PCR gen 16s rRNA
• 3.1.5.4. Kết quả tách dòng tái tổ hợp mang đoạn gen 16s rRNA
• 3.1.5.5. Kết quả giải trình tự gen 16s rRNA và định tên vi khuẩn
• 3.1.6. Kết quả nghiên cứu khả năng sinh hoạt chất kháng Vibrio sp của P.
• 3.1.7. Kết quả xác định ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy đến sinh khối vi khuẩn và nồng độ hoạt chất
• 3.1.8. Kết quả xác định khả năng kháng Vibrio của dịch nuôi vi khuẩn và hoạt chất PCN
• 3.1.9. Xác định nồng độ hoạt chất PCN ức chế Vibrio sp
• 3.1.10. Kết quả xác định ảnh hưởng nồng độ hoạt chất PCN ức chế Vibrio in vitro
• KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
• TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tóm tắt

I. Giới thiệu Luận văn Pseudomonas sp Kháng Vibrio sp ở Tôm

Luận văn này tập trung vào việc phân lập và tuyển chọn các chủng Pseudomonas sp có khả năng sinh ra sinh hoạt chất kháng lại Vibrio sp, một tác nhân gây bệnh nguy hiểm cho tôm nuôi. Việc sử dụng rộng rãi kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản đã dẫn đến tình trạng kháng kháng sinh, gây ra nhiều hệ lụy cho ngành nuôi trồng và sức khỏe cộng đồng. Do đó, việc tìm kiếm các giải pháp thay thế an toàn và hiệu quả, đặc biệt là các chất có nguồn gốc tự nhiên, là vô cùng cần thiết. Pseudomonas sp là một chi vi khuẩn có tiềm năng lớn trong việc kiểm soát sinh học và sản xuất các hợp chất kháng khuẩn. Luận văn này hướng đến việc khai thác tiềm năng này để góp phần vào việc phòng và trị bệnh cho tôm, giảm thiểu sự phụ thuộc vào kháng sinh. Nghiên cứu này nhằm mục đích phân lập được chủng Pseudomonas sp có khả năng sinh ra sinh hoạt chất kháng Vibrio sp gây bệnh trên tôm nuôi, góp phần điều trị bệnh và giúp tăng năng suất tôm nuôi ở Việt Nam.

1.1. Tổng quan về tầm quan trọng của Pseudomonas trong NTTS

Pseudomonas sp là một chi vi khuẩn gram âm, hiếu khí tùy nghi, được tìm thấy rộng rãi trong môi trường tự nhiên như đất, nước và các hệ sinh thái thủy sinh. Chúng có khả năng sử dụng nhiều loại hợp chất hữu cơ làm nguồn carbon và năng lượng, khiến chúng trở thành những tác nhân phân hủy quan trọng trong tự nhiên. Đặc biệt, một số chủng Pseudomonas có khả năng sinh ra các sinh hoạt chất có hoạt tính kháng khuẩn, kháng nấm và kháng virus, mở ra tiềm năng ứng dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực, đặc biệt là nuôi trồng thủy sản. Việc sử dụng Pseudomonas trong nuôi trồng thủy sản hứa hẹn mang lại một giải pháp sinh học an toàn và hiệu quả, giúp giảm thiểu sự phụ thuộc vào kháng sinh và các hóa chất độc hại khác, đồng thời góp phần bảo vệ môi trường và sức khỏe cộng đồng. Theo tài liệu gốc, Pseudomonas được sử dụng như probiotic kiểm soát sinh học đối với nấm gây bệnh và vi khuẩn trong nông nghiệp, phẩy khuẩn trong nuôi trồng thủy sản.

1.2. Sự cấp thiết của việc tìm kiếm giải pháp thay thế kháng sinh cho tôm nuôi

Việc lạm dụng kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản, đặc biệt là tôm nuôi, đã dẫn đến sự gia tăng nhanh chóng của các chủng vi khuẩn kháng kháng sinh, gây khó khăn cho việc điều trị bệnh và đe dọa đến sức khỏe con người. Bệnh Vibrio ở tôm là một trong những bệnh phổ biến và gây thiệt hại lớn cho ngành nuôi tôm nuôi. Các biện pháp phòng và trị bệnh truyền thống thường dựa vào việc sử dụng kháng sinh, nhưng hiệu quả ngày càng giảm do tình trạng kháng kháng sinh. Do đó, việc tìm kiếm các giải pháp thay thế kháng sinh là vô cùng cấp thiết. Các nghiên cứu đang hướng sự quan tâm đến các chất thay thế có nguồn gốc thiên nhiên, do các chất này không gây đề kháng khuẩn và tồn dư trong vật nuôi cũng như ảnh hưởng tới môi trường.

II. Thách thức từ Vibrio sp Gây Bệnh ở Tôm Cần Giải pháp Mới

Vibrio sp là một chi vi khuẩn gram âm, thường trú trong môi trường nước mặn và lợ. Một số loài Vibrio có khả năng gây bệnh cho nhiều loài thủy sản, trong đó có tôm nuôi. Các bệnh do Vibrio gây ra thường dẫn đến tỷ lệ chết cao và gây thiệt hại kinh tế lớn cho người nuôi. Việc kiểm soát bệnh Vibrio ở tôm gặp nhiều khó khăn do vi khuẩn có khả năng kháng kháng sinh và dễ lây lan trong môi trường nước. Việc sử dụng kháng sinh không kiểm soát còn gây ra những tác động tiêu cực đến môi trường và sức khỏe con người. Do vậy, việc tìm ra các phương pháp phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm hiệu quả và thân thiện với môi trường là một thách thức lớn đối với ngành nuôi trồng thủy sản. Luận văn này tập trung giải quyết vấn đề này bằng cách khai thác tiềm năng của Pseudomonas sp.

2.1. Tổng quan về bệnh Vibrio ở tôm và tác động kinh tế

Bệnh Vibrio ở tôm là một trong những bệnh nhiễm trùng phổ biến nhất trong ngành nuôi tôm nuôi trên toàn thế giới. Bệnh có thể gây ra tỷ lệ chết cao ở tôm, đặc biệt là ở giai đoạn ấu trùng và tôm giống. Các dấu hiệu lâm sàng của bệnh bao gồm gan tụy bị tổn thương, hoại tử cơ, và các vết loét trên cơ thể. Bệnh Vibrio gây thiệt hại kinh tế đáng kể cho người nuôi tôm do giảm năng suất, tăng chi phí điều trị và phòng bệnh, và mất mát do tôm chết. Do đó, việc kiểm soát bệnh Vibrio là vô cùng quan trọng để đảm bảo sự phát triển bền vững của ngành nuôi tôm nuôi.

2.2. Khó khăn trong việc kiểm soát Vibrio sp do kháng kháng sinh

Sự gia tăng của các chủng Vibrio sp kháng kháng sinh là một thách thức lớn trong việc kiểm soát bệnh Vibrio ở tôm. Việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong nuôi tôm đã tạo điều kiện cho vi khuẩn phát triển khả năng kháng thuốc. Các chủng Vibrio kháng kháng sinh có thể lây lan nhanh chóng trong môi trường nước và gây ra các đợt dịch bệnh nghiêm trọng. Việc điều trị các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn kháng kháng sinh gây ra thường tốn kém và kém hiệu quả hơn so với việc điều trị các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn nhạy cảm với kháng sinh. Vì vậy, việc giảm thiểu việc sử dụng kháng sinh trong nuôi tôm và tìm kiếm các giải pháp thay thế là vô cùng quan trọng.

III. Phân lập và Tuyển chọn Pseudomonas Kháng Vibrio Phương pháp

Luận văn sử dụng các phương pháp vi sinh vật học và sinh học phân tử để phân lập và tuyển chọn các chủng Pseudomonas sp có khả năng kháng Vibrio sp. Quy trình bao gồm việc thu thập mẫu từ các môi trường khác nhau, phân lập vi khuẩn trên môi trường chọn lọc, đánh giá khả năng kháng Vibrio của các chủng Pseudomonas, và xác định danh tính của các chủng có tiềm năng bằng phương pháp giải trình tự gen 16S rRNA. Các phương pháp này cho phép xác định các chủng Pseudomonas có khả năng sinh ra các hợp chất kháng khuẩn hiệu quả và có thể ứng dụng trong việc phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm. Theo tài liệu gốc, phương pháp phân lập vi khuẩn trên môi trường King A, phương pháp nhuộm tế bào quan sát hình thái của vi khuẩn, phương pháp xác định hoạt tính enzyme của vi khuẩn được sử dụng.

3.1. Chi tiết quy trình phân lập và sàng lọc Pseudomonas sp

Quy trình phân lập và sàng lọc Pseudomonas sp bao gồm các bước sau: thu thập mẫu từ các môi trường khác nhau (ví dụ: đất, nước, mẫu tôm bệnh), nuôi cấy mẫu trên môi trường chọn lọc (ví dụ: môi trường King A) để phân lập các chủng Pseudomonas, kiểm tra khả năng kháng Vibrio của các chủng Pseudomonas bằng phương pháp thử nghiệm kháng khuẩn, chọn lọc các chủng Pseudomonas có khả năng kháng Vibrio tốt nhất để tiếp tục nghiên cứu. Việc sàng lọc được thực hiện bằng cách đánh giá khả năng ức chế sự phát triển của Vibrio sp trong môi trường nuôi cấy. Các chủng Pseudomonas có khả năng ức chế sự phát triển của Vibrio tốt nhất sẽ được chọn để xác định danh tính và nghiên cứu sâu hơn về khả năng sinh hoạt chất kháng khuẩn.

3.2. Phương pháp sinh học phân tử xác định danh tính Pseudomonas

Phương pháp sinh học phân tử, đặc biệt là giải trình tự gen 16S rRNA, được sử dụng để xác định danh tính của các chủng Pseudomonas được phân lập và tuyển chọn. Gen 16S rRNA là một gen bảo tồn trong vi khuẩn và có thể được sử dụng để phân biệt các loài vi khuẩn khác nhau. Quy trình giải trình tự gen 16S rRNA bao gồm các bước sau: tách chiết DNA từ các chủng Pseudomonas, khuếch đại gen 16S rRNA bằng kỹ thuật PCR, giải trình tự DNA của gen 16S rRNA, so sánh trình tự DNA với các trình tự đã biết trong cơ sở dữ liệu để xác định danh tính của các chủng Pseudomonas. Việc xác định danh tính giúp hiểu rõ hơn về đặc điểm sinh học và khả năng ứng dụng của các chủng Pseudomonas này.

IV. Kết quả Pseudomonas sp Sinh Sinh hoạt chất Kháng Vibrio Mạnh

Nghiên cứu đã thành công trong việc phân lập và tuyển chọn được một số chủng Pseudomonas sp có khả năng sinh ra sinh hoạt chất có hoạt tính kháng Vibrio sp mạnh mẽ. Các chủng này có khả năng ức chế sự phát triển của nhiều loài Vibrio gây bệnh cho tôm, bao gồm cả các chủng kháng kháng sinh. Kết quả nghiên cứu cho thấy tiềm năng lớn của Pseudomonas sp trong việc phát triển các sản phẩm sinh học để phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm. Kết quả nghiên cứu khả năng sinh hoạt chất kháng Vibrio sp của Pseudomonas và kết quả xác định ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy đến sinh khối vi khuẩn và nồng độ hoạt chất đã được ghi nhận.

4.1. Đánh giá khả năng kháng Vibrio của các chủng Pseudomonas

Khả năng kháng Vibrio của các chủng Pseudomonas được đánh giá bằng phương pháp thử nghiệm kháng khuẩn. Phương pháp này bao gồm việc nuôi cấy Vibrio sp và Pseudomonas sp trên môi trường thạch và quan sát vùng ức chế sự phát triển của Vibrio xung quanh khuẩn lạc Pseudomonas. Kích thước của vùng ức chế tỷ lệ thuận với khả năng kháng khuẩn của Pseudomonas. Các chủng Pseudomonas có vùng ức chế lớn nhất được coi là có khả năng kháng Vibrio mạnh nhất. Kết quả cho thấy có sự khác biệt đáng kể về khả năng kháng Vibrio giữa các chủng Pseudomonas khác nhau.

4.2. Xác định hoạt chất kháng khuẩn và cơ chế tác động nếu có

Việc xác định hoạt chất kháng khuẩn do Pseudomonas sp sinh ra và cơ chế tác động của chúng là một phần quan trọng của nghiên cứu. Các phương pháp như sắc ký lớp mỏng, sắc ký lỏng hiệu năng cao và phổ khối lượng có thể được sử dụng để phân lập và xác định cấu trúc hóa học của các hoạt chất kháng khuẩn. Cơ chế tác động có thể được nghiên cứu bằng cách quan sát ảnh hưởng của hoạt chất lên tế bào Vibrio, chẳng hạn như sự thay đổi hình thái tế bào, sự ức chế tổng hợp protein hoặc DNA, hoặc sự phá vỡ màng tế bào. Thông tin về hoạt chất kháng khuẩn và cơ chế tác động sẽ giúp tối ưu hóa việc sử dụng Pseudomonas sp trong phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm.

V. Ứng dụng Thực tiễn Pseudomonas trong Phòng Bệnh Tôm

Kết quả nghiên cứu này mở ra triển vọng ứng dụng thực tiễn của Pseudomonas sp trong việc phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm. Các chủng Pseudomonas có khả năng kháng Vibrio có thể được sử dụng làm chế phẩm sinh học để bổ sung vào thức ăn hoặc môi trường nuôi tôm, giúp tăng cường khả năng miễn dịch của tôm và ức chế sự phát triển của Vibrio. Việc sử dụng chế phẩm sinh học từ Pseudomonas là một giải pháp an toàn và hiệu quả, giúp giảm thiểu sự phụ thuộc vào kháng sinh và bảo vệ môi trường nuôi tôm. Từ luận văn tốt nghiệp có thể ứng dụng Pseudomonas trong phòng bệnh cho tôm và xử lý bệnh tôm.

5.1. Phát triển chế phẩm sinh học từ Pseudomonas cho tôm nuôi

Việc phát triển chế phẩm sinh học từ Pseudomonas cho tôm nuôi bao gồm các bước sau: chọn lọc các chủng Pseudomonas có khả năng kháng Vibrio tốt nhất, nhân giống Pseudomonas trong điều kiện tối ưu, bào chế Pseudomonas thành các dạng sản phẩm khác nhau (ví dụ: dạng bột, dạng viên, dạng lỏng), thử nghiệm hiệu quả của chế phẩm sinh học trên tôm trong điều kiện thực tế, tối ưu hóa liều lượng và phương pháp sử dụng chế phẩm sinh học. Chế phẩm sinh học có thể được sử dụng để bổ sung vào thức ăn hoặc môi trường nuôi tôm, giúp tăng cường khả năng miễn dịch của tôm và ức chế sự phát triển của Vibrio.

5.2. Đánh giá hiệu quả kinh tế và tính bền vững của giải pháp

Việc đánh giá hiệu quả kinh tế và tính bền vững của giải pháp sử dụng Pseudomonas sp trong phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm là rất quan trọng. Hiệu quả kinh tế có thể được đánh giá bằng cách so sánh chi phí sản xuất và sử dụng chế phẩm sinh học với lợi nhuận thu được từ việc giảm tỷ lệ chết và tăng năng suất tôm. Tính bền vững có thể được đánh giá bằng cách xem xét tác động của giải pháp lên môi trường và sức khỏe con người. Giải pháp sử dụng Pseudomonas sp được coi là bền vững nếu nó không gây ra các tác động tiêu cực đến môi trường và sức khỏe con người, đồng thời mang lại lợi ích kinh tế cho người nuôi tôm.

VI. Kết luận và Hướng phát triển Nghiên cứu Pseudomonas

Luận văn đã đạt được mục tiêu đề ra là phân lập và tuyển chọn được các chủng Pseudomonas sp có khả năng sinh sinh hoạt chất kháng Vibrio sp gây bệnh ở tôm nuôi. Kết quả nghiên cứu này có ý nghĩa khoa học và thực tiễn quan trọng, góp phần vào việc phát triển các giải pháp sinh học để phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm, giảm thiểu sự phụ thuộc vào kháng sinh và bảo vệ môi trường. Hướng phát triển tiếp theo của nghiên cứu là tiếp tục nghiên cứu sâu hơn về cơ chế tác động của các sinh hoạt chất kháng khuẩn do Pseudomonas sp sinh ra, cũng như tối ưu hóa quy trình sản xuất và sử dụng chế phẩm sinh học từ Pseudomonas. Cần có các nghiên cứu sâu hơn để tìm ra Pseudomonas kháng khuẩn tốt nhất cho tôm nuôi.

6.1. Tóm tắt kết quả chính và ý nghĩa khoa học của luận văn

Luận văn đã thành công trong việc phân lập và tuyển chọn được các chủng Pseudomonas sp có khả năng sinh ra sinh hoạt chất có hoạt tính kháng Vibrio sp mạnh mẽ. Các chủng này có khả năng ức chế sự phát triển của nhiều loài Vibrio gây bệnh cho tôm, bao gồm cả các chủng kháng kháng sinh. Kết quả nghiên cứu cho thấy tiềm năng lớn của Pseudomonas sp trong việc phát triển các sản phẩm sinh học để phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm. Ý nghĩa khoa học của luận văn là cung cấp thêm bằng chứng về khả năng kháng khuẩn của Pseudomonas sp và mở ra hướng nghiên cứu mới về việc sử dụng Pseudomonas trong kiểm soát bệnh Vibrio.

6.2. Đề xuất hướng nghiên cứu tiếp theo để tối ưu hóa ứng dụng Pseudomonas

Để tối ưu hóa ứng dụng Pseudomonas sp trong phòng và trị bệnh Vibrio ở tôm, cần có các nghiên cứu tiếp theo về: cơ chế tác động của các sinh hoạt chất kháng khuẩn do Pseudomonas sp sinh ra, tối ưu hóa quy trình sản xuất và sử dụng chế phẩm sinh học từ Pseudomonas, đánh giá hiệu quả của chế phẩm sinh học trong điều kiện thực tế, nghiên cứu về sự tương tác giữa Pseudomonas và hệ vi sinh vật đường ruột của tôm, tìm kiếm các chủng Pseudomonas mới có khả năng kháng Vibrio mạnh hơn. Các nghiên cứu này sẽ giúp nâng cao hiệu quả và tính bền vững của giải pháp sử dụng Pseudomonas sp trong nuôi tôm.

Nội dung chính

Tổng quan nghiên cứu

Trong bối cảnh nuôi trồng thủy sản ngày càng phát triển, bệnh do vi khuẩn Vibrio sp. gây ra trên tôm nuôi đã trở thành một thách thức lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng suất và hiệu quả kinh tế. Tỷ lệ chết do bệnh Vibrio có thể lên đến 100% trong trường hợp cấp tính, gây thiệt hại nặng nề cho ngành thủy sản. Việc sử dụng kháng sinh trong phòng và điều trị bệnh đã dẫn đến hiện tượng đa kháng thuốc, làm giảm hiệu quả điều trị và tiềm ẩn nguy cơ đối với sức khỏe con người. Do đó, việc tìm kiếm các chất kháng khuẩn thay thế có nguồn gốc tự nhiên, không gây đề kháng và không tồn dư trong môi trường nuôi là rất cần thiết.

Luận văn tập trung vào phân lập và tuyển chọn chủng vi khuẩn Pseudomonas sp. có khả năng sinh hoạt chất kháng khuẩn chống lại Vibrio sp. gây bệnh ở tôm nuôi. Pseudomonas aeruginosa là một vi khuẩn Gram âm phổ biến trong môi trường nước và đất, có khả năng tiết ra các sắc tố phenazine như pyocyanin với hoạt tính kháng khuẩn rộng. Nghiên cứu được thực hiện trong phạm vi phòng thí nghiệm tại Viện Công nghệ Sinh học, Hà Nội, trong năm 2014, nhằm mục tiêu phân lập các chủng Pseudomonas sp. có hoạt tính kháng Vibrio sp., xác định đặc điểm sinh học và phân tử, cũng như đánh giá khả năng sinh hoạt chất pyocyanin kháng khuẩn.

Nghiên cứu có ý nghĩa quan trọng trong việc phát triển các chế phẩm sinh học thay thế kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản, góp phần nâng cao sức khỏe vật nuôi, giảm thiểu ô nhiễm môi trường và tăng năng suất tôm nuôi. Các chỉ số đánh giá hiệu quả bao gồm tỷ lệ ức chế vi khuẩn Vibrio sp. trên môi trường thạch, nồng độ hoạt chất pyocyanin và khả năng sinh trưởng của chủng Pseudomonas sp. trong điều kiện nuôi cấy.

Cơ sở lý thuyết và phương pháp nghiên cứu

Khung lý thuyết áp dụng

Nghiên cứu dựa trên các lý thuyết và mô hình sau:

• Lý thuyết vi sinh vật học về Pseudomonas aeruginosa: P. aeruginosa là vi khuẩn Gram âm, dị dưỡng, có khả năng sinh sắc tố phenazine như pyocyanin, có hoạt tính kháng khuẩn mạnh. Bộ gen của P. aeruginosa chứa các locus quy định tổng hợp sắc tố và các yếu tố đề kháng, giúp vi khuẩn thích nghi và cạnh tranh trong môi trường nuôi trồng thủy sản.

• Mô hình sinh tổng hợp pyocyanin: Quá trình tổng hợp pyocyanin được điều khiển bởi các gen phzC, D, E, F, G, M và S. Pyocyanin là phenazine có màu xanh, có khả năng ức chế sự phát triển của vi khuẩn Vibrio sp. thông qua cơ chế tương tác với chuỗi hô hấp màng tế bào, gây cạn kiệt oxy và sản xuất các gốc oxy hóa.

• Khái niệm đa kháng thuốc và đề kháng kháng sinh: Vi khuẩn Vibrio sp. gây bệnh tôm đã phát triển khả năng kháng nhiều loại kháng sinh phổ biến, làm giảm hiệu quả điều trị và đòi hỏi các giải pháp thay thế như sử dụng vi khuẩn có hoạt tính kháng khuẩn tự nhiên.

• Phân loại vi khuẩn bằng phương pháp sinh học phân tử: Sử dụng kỹ thuật PCR khuếch đại gen 16S rRNA và gen đặc hiệu PA để xác định chính xác chủng Pseudomonas aeruginosa phân lập được.

Phương pháp nghiên cứu

• Nguồn dữ liệu: Chủng Pseudomonas aeruginosa được phân lập từ môi trường nuôi thủy sản tại phòng Công nghệ Phôi – Viện Công nghệ Sinh học. Vi khuẩn Vibrio sp. dùng làm đối chứng được cung cấp từ cùng phòng thí nghiệm.

• Phương pháp phân lập và xác định vi khuẩn: Sử dụng môi trường King A để phân lập các khuẩn lạc màu xanh đặc trưng của P. aeruginosa. Nhuộm Gram để xác định tính chất Gram âm. Xác định hoạt tính enzyme (protease, gelatinase, lipase) trên môi trường đặc biệt. Lập kháng sinh đồ để đánh giá khả năng đa kháng thuốc.

• Phương pháp sinh học phân tử: Tách chiết DNA tổng số bằng bộ kit chuyên dụng, khuếch đại gen 16S rRNA và gen đặc hiệu PA bằng PCR với các cặp mồi đặc hiệu. Sản phẩm PCR được làm sạch, tách dòng tái tổ hợp vào vectơ pCR TOPO 2.1, biến nạp vào E. coli DH5α, chọn lọc khuẩn lạc mang plasmid tái tổ hợp. Giải trình tự gen và phân tích bằng phần mềm chuyên dụng.

• Phương pháp đánh giá hoạt tính kháng khuẩn: Xác định khả năng ức chế Vibrio sp. bằng phương pháp khuếch tán trên đĩa thạch với dịch nuôi và dịch chiết pyocyanin. Đo đường kính vòng kháng khuẩn (D-d, mm). Thử nghiệm nuôi lỏng với các nồng độ pyocyanin khác nhau (0,5 µg/ml, 1 µg/ml, 2 µg/ml) để đánh giá hiệu quả ức chế qua mật độ khuẩn lạc.

• Timeline nghiên cứu: Nghiên cứu được tiến hành trong năm 2014, với các bước chính gồm phân lập vi khuẩn, xác định đặc điểm sinh học và phân tử, đánh giá hoạt tính enzyme và kháng khuẩn, giải trình tự gen và phân tích dữ liệu.

Kết quả nghiên cứu và thảo luận

Những phát hiện chính

1. Phân lập và đặc điểm sinh học của Pseudomonas aeruginosa: 11 chủng Pseudomonas sp. được phân lập trên môi trường King A với khuẩn lạc màu xanh đặc trưng. Tất cả các chủng đều là vi khuẩn Gram âm, có kích thước tế bào 1-1,5 µm dài, 0,5-1 µm rộng. Hoạt tính enzyme cho thấy 72,7% chủng có hoạt tính protease và gelatinase mạnh, 81,8% có hoạt tính lipase yếu, không có chủng nào có hoạt tính amylase.

2. Khả năng đa kháng thuốc: 100% chủng phân lập đề kháng với các kháng sinh phổ biến như Tetracyclin, Ampicillin, Penicillin, Kanamicin, Gentamicin và Microcin, cho thấy mức độ đa kháng thuốc cao, tương tự các nghiên cứu trước đây về P. aeruginosa.

3. Xác định phân tử và định danh vi khuẩn: PCR khuếch đại gen đặc hiệu PA cho kết quả dương tính với tất cả 11 chủng, sản phẩm có kích thước 956 bp. Gen 16S rRNA được khuếch đại thành công với kích thước khoảng 1500 bp ở hai chủng đại diện PS5 và PS39. Giải trình tự gen 16S rRNA và tách dòng tái tổ hợp xác nhận chính xác chủng P. aeruginosa.

4. Hoạt tính kháng Vibrio sp. của pyocyanin: Dịch nuôi và dịch chiết pyocyanin từ các chủng P. aeruginosa có khả năng ức chế rõ rệt vi khuẩn Vibrio sp. với vòng kháng khuẩn đạt từ 17,5 đến 38,06 mm. Nồng độ tối thiểu ức chế pyocyanin dao động trong khoảng 20-120 µg/ml, phù hợp với các nghiên cứu quốc tế. Thử nghiệm nuôi lỏng cho thấy pyocyanin làm giảm mật độ Vibrio sp. đáng kể sau 6 và 24 giờ.

Thảo luận kết quả

Kết quả phân lập và xác định P. aeruginosa phù hợp với đặc điểm sinh học và phân tử đã được công nhận, khẳng định tính chính xác của phương pháp nghiên cứu. Hoạt tính enzyme protease và gelatinase mạnh giúp vi khuẩn có khả năng cạnh tranh và sinh trưởng tốt trong môi trường nuôi trồng thủy sản. Mức độ đa kháng thuốc cao của các chủng P. aeruginosa phản ánh thực trạng đề kháng kháng sinh trong môi trường nuôi, đồng thời nhấn mạnh nhu cầu cấp thiết tìm kiếm các giải pháp thay thế.

Hoạt chất pyocyanin được xác định là thành phần chính chịu trách nhiệm cho hoạt tính kháng khuẩn rộng của P. aeruginosa, đặc biệt là khả năng ức chế Vibrio sp. gây bệnh tôm. Cơ chế tác động của pyocyanin qua việc tương tác với chuỗi hô hấp màng tế bào và tạo ra các gốc oxy hóa phù hợp với các nghiên cứu trước đây. Dữ liệu vòng kháng khuẩn và nồng độ ức chế tối thiểu có thể được trình bày qua biểu đồ cột so sánh hiệu quả giữa các chủng và nồng độ pyocyanin.

So sánh với các nghiên cứu quốc tế, kết quả cho thấy pyocyanin từ P. aeruginosa phân lập trong nước ta có hiệu quả kháng khuẩn tương đương, mở ra triển vọng ứng dụng trong sản xuất chế phẩm sinh học phòng bệnh cho tôm nuôi. Việc sử dụng các chủng Pseudomonas sp. sinh hoạt chất kháng khuẩn tự nhiên sẽ góp phần giảm thiểu việc dùng kháng sinh, hạn chế đề kháng và ô nhiễm môi trường.

Đề xuất và khuyến nghị

1. Phát triển chế phẩm sinh học từ chủng Pseudomonas aeruginosa: Tập trung tuyển chọn các chủng có hoạt tính kháng Vibrio sp. cao, tối ưu hóa điều kiện nuôi cấy để tăng sinh khối và sản xuất pyocyanin. Mục tiêu nâng cao hiệu quả ức chế vi khuẩn gây bệnh, giảm tỷ lệ chết tôm trong vòng 1-2 năm. Chủ thể thực hiện: Viện nghiên cứu và doanh nghiệp công nghệ sinh học.

2. Ứng dụng pyocyanin trong phòng và điều trị bệnh tôm: Sử dụng dịch chiết pyocyanin hoặc chế phẩm vi sinh trong các mô hình nuôi thử nghiệm để đánh giá hiệu quả thực tế, giảm thiểu sử dụng kháng sinh. Mục tiêu giảm tỷ lệ bệnh Vibrio sp. ít nhất 30% trong vụ nuôi tiếp theo. Chủ thể thực hiện: Các trại nuôi tôm và trung tâm nghiên cứu thủy sản.

3. Giám sát và kiểm soát đa kháng thuốc trong môi trường nuôi: Thiết lập hệ thống giám sát thường xuyên mức độ đề kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh và vi khuẩn có lợi trong môi trường nuôi. Mục tiêu phát hiện sớm và điều chỉnh kịp thời các biện pháp quản lý. Chủ thể thực hiện: Cơ quan quản lý thủy sản và các viện nghiên cứu.

4. Đào tạo và nâng cao nhận thức cho người nuôi tôm: Tổ chức các khóa tập huấn về sử dụng chế phẩm sinh học, quản lý môi trường nuôi và phòng bệnh tổng hợp. Mục tiêu nâng cao kỹ năng và giảm thiểu rủi ro dịch bệnh trong 1-3 năm tới. Chủ thể thực hiện: Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, các tổ chức đào tạo.

Đối tượng nên tham khảo luận văn

1. Nhà nghiên cứu và sinh viên ngành sinh học, vi sinh vật học: Luận văn cung cấp dữ liệu chi tiết về phân lập, xác định và đánh giá hoạt tính kháng khuẩn của Pseudomonas aeruginosa, hỗ trợ nghiên cứu sâu về vi sinh vật ứng dụng.

2. Chuyên gia và kỹ sư trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản: Thông tin về bệnh Vibrio sp., cơ chế kháng khuẩn của pyocyanin và các giải pháp sinh học giúp cải thiện quản lý dịch bệnh và nâng cao hiệu quả nuôi.

3. Doanh nghiệp sản xuất chế phẩm sinh học và kháng sinh thay thế: Cơ sở khoa học để phát triển sản phẩm mới từ vi khuẩn Pseudomonas sp., đáp ứng nhu cầu thị trường về an toàn sinh học và bền vững.

4. Cơ quan quản lý và hoạch định chính sách thủy sản: Tài liệu tham khảo cho việc xây dựng chính sách kiểm soát sử dụng kháng sinh, thúc đẩy ứng dụng công nghệ sinh học trong nuôi trồng thủy sản.

Câu hỏi thường gặp

1. Pseudomonas aeruginosa có phải là vi khuẩn gây bệnh không?
   P. aeruginosa là vi khuẩn Gram âm phổ biến trong môi trường, có thể gây bệnh ở người và động vật trong điều kiện nhất định. Tuy nhiên, trong nghiên cứu này, các chủng được tuyển chọn có hoạt tính kháng khuẩn và được ứng dụng như chế phẩm sinh học để kiểm soát vi khuẩn gây bệnh Vibrio sp. ở tôm.

2. Pyocyanin có an toàn khi sử dụng trong nuôi tôm không?
   Pyocyanin là hoạt chất tự nhiên do P. aeruginosa tiết ra, có hoạt tính kháng khuẩn mạnh nhưng cần được kiểm soát nồng độ sử dụng phù hợp để tránh ảnh hưởng tiêu cực đến vật nuôi và môi trường. Nghiên cứu tiếp theo cần đánh giá độc tính và liều lượng an toàn trong thực tế.

3. Làm thế nào để xác định chính xác Pseudomonas aeruginosa trong mẫu phân lập?
   Phương pháp PCR khuếch đại gen đặc hiệu PA và gen 16S rRNA được sử dụng để xác định chính xác P. aeruginosa. Kết quả PCR với sản phẩm có kích thước 956 bp cho gen PA và 1500 bp cho gen 16S rRNA là bằng chứng xác thực.

4. Tại sao cần tìm chất thay thế kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản?
   Việc sử dụng kháng sinh lâu dài dẫn đến hiện tượng đa kháng thuốc, giảm hiệu quả điều trị và gây ô nhiễm môi trường. Chất thay thế như chế phẩm sinh học từ vi khuẩn có hoạt tính kháng khuẩn tự nhiên giúp kiểm soát bệnh an toàn và bền vững hơn.

5. Có thể áp dụng kết quả nghiên cứu này vào quy mô nuôi thương mại không?
   Kết quả nghiên cứu cung cấp cơ sở khoa học để phát triển chế phẩm sinh học ứng dụng trong nuôi tôm. Tuy nhiên, cần thực hiện các thử nghiệm quy mô lớn và đánh giá hiệu quả, an toàn trước khi áp dụng rộng rãi trong sản xuất thương mại.

Kết luận

• Đã phân lập thành công 11 chủng Pseudomonas aeruginosa có đặc điểm sinh học và phân tử phù hợp, với khả năng sinh hoạt chất pyocyanin kháng Vibrio sp. gây bệnh tôm.
• Các chủng phân lập có hoạt tính enzyme protease và gelatinase mạnh, đồng thời đa kháng thuốc với các kháng sinh phổ biến, phản ánh thực trạng đề kháng trong môi trường nuôi.
• Pyocyanin được xác định là hoạt chất chính có khả năng ức chế vi khuẩn Vibrio sp. với nồng độ tối thiểu ức chế trong khoảng 20-120 µg/ml và vòng kháng khuẩn lên đến 38 mm.
• Nghiên cứu mở ra hướng phát triển chế phẩm sinh học thay thế kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản, góp phần nâng cao sức khỏe vật nuôi và bảo vệ môi trường.
• Các bước tiếp theo bao gồm tối ưu hóa quy trình sản xuất, thử nghiệm quy mô lớn và đánh giá an toàn trước khi ứng dụng thực tế trong nuôi tôm.

Hành động tiếp theo: Khuyến khích các viện nghiên cứu và doanh nghiệp phối hợp phát triển sản phẩm chế phẩm sinh học từ Pseudomonas aeruginosa, đồng thời triển khai các chương trình đào tạo và giám sát đa kháng thuốc trong nuôi trồng thủy sản.

Trích đoạn nội dung tài liệu

Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1. Tổng quan về vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas là một chi vi khuẩn xuất hiện ở mọi nơi trong môi trường. Sự biến dưỡng dễ thay đổi và linh động của chúng làm cho chúng có thể sống ở nhiều môi trường khác nhau như nước, đất, trên cây và trong các động vật. Vi khuẩn không chỉ phát triển trong môi trường không khí bình thường, mà còn có thể sống trong môi trường có ít khí oxy, và do đó có thể cư trú trong nhiều môi trường tự nhiên và nhân tạo.

Vi khuẩn này dinh dưỡng bằng rất nhiều các hợp chất hữu cơ ở động vật. Trong số những loài Pseudomonas này, có những loài tiêu biểu có thể được sử dụng trong công nghệ sinh học. Một trong số đó là loài Pseudomonas aeruginosa. aeruginosa trên môi trường King A.

Phân loại Giới (regnum) Bacteria Ngành (phylum) Proteobacteria 6 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang Lớp (class) Gamma Proteobacteria Bộ (ordo) Pseudomonadales Họ (familia) Pseudomonadaceae Chi (genus) Pseudomonas Loài (species) Pseudomonas aeruginosa 1.2 Đặc điểm Đặc điểm hình thái học chung cho Pseudomonas là Gram âm, tế bào hình que, di động nhờ roi ở đầu và không có bào tử. Các đặc điểm sinh lí là dị dưỡng, không lên men, linh hoạt về dinh dưỡng, không quang hợp hoặc cố định nitrogen. aeruginosa là loài điển hình thuộc giống Pseudomonas (Migula) [13]. Tế bào của chúng có dạng hình que, dài 1-1,5µm, rộng 0,5-1µm.

aeruginosa sử dụng hô hấp hiếu khí (oxy) làm sự trao đổi chất tối ưu mặc dù chúng cũng có thể hô hấp kị khí trên nitrat hoặc nhận điện tử khác thay thế. aeruginosa có thể chuyển hóa một loạt các phân tử hữu cơ, bao gồm các hợp chất hữu cơ như benzoate, điều này đã giúp P. aeruginosa trở thành một vi sinh vật rất phổ biến vì nó có thể được tìm thấy trong môi trường như đất, nước, con người, động vật, thực vật, nước thải và các bệnh viện [59]. Trong tất cả các hệ sinh thái thủy vực có chứa hàm lượng oxy hòa tan cao nhưng chất dinh dưỡng thực vật thấp, P.

aeruginosa là sinh vật chiếm ưu thế và điều này biến nó trở thành loài sinh vật phong phú nhất trên trái đất. Pseudomonas sp có khả năng tiết ra nhiều loại sắc tố: - Pyocyanin: là sắc tố phenazine, có màu xanh da trời, tan trong nước và tan trong chloroform, 96% số chủng P. aeruginosa có khả năng sinh sắc tố này. Pyocyanin sinh ra thuận lợi trong môi trường tiếp xúc nhiều với không khí, dễ dàng phát hiện khi nuôi vi khuẩn trên môi trường canh thang, thạch thường hoặc 7 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang dùng môi trường King A để phát hiện sinh sắc tố.

aeruginosa sinh sắc tố pyocyanin. - Pyoverdin (còn gọi là fluorescent): sắc tố có màu xanh lục, tan trong nước, nhưng không tan trong chloroform. Môi trường King B được sử dụng để phát hiện sắc tố pyoverdin. aeruginosa còn có các vi khuẩn như P.

monteilla cũng có khả năng sinh sắc tố này. - Pyorubin: sắc tố màu hồng nhạt, chỉ 1% số chủng P. aeruginosa sinh ra sắc tố này. - Pyomelanin: sắc tố màu nâu đen, chỉ 1-2% số chủng P.

aeruginosa sinh sắc tố này. Tuy nhiên không phải tất cả các chủng Pseudomonas đều sinh sắc tố, khoảng 5- 10% số chủng Pseudomonas không sinh sắc tố. King, Ward, và Raney đã tìm ra môi trường thạch Pseudomonas Agar P (môi trường agar King A) để tạo điều kiện cho vi khuẩn tiết pyocyanin và pyorubin, thạch Pseudomonas Agar F (môi trường agar King B) tạo điều kiện cho vi khuẩn tiết sắc tố fluorescein. aeruginosa thường được xác định sơ bộ bởi vẻ ngoài óng ánh như hạt trai và có mùi giống như nho hoặc bánh tortilla khi được nuôi cấy in vitro.

Các dấu hiệu nhận biết sự có mặt của P. aeruginosa trong lâm sàng thường bao gồm khả năng sinh cả hai sắc tố pyocyanin và fluorescein, cũng như khả năng phát triển tại nhiệt độ 42°C. aeruginosa có khả năng sinh trưởng trong diesel và nhiên liệu máy bay, nơi mà vi khuẩn này được coi là vi sinh vật sử dụng hydrocarbon, và gây ra sự ăn mòn vi thể.[14] Mặc dù được phân loại là một vi sinh vật hiếu khí, P. aeruginosa còn được xem như là vi sinh vật kị khí tùy nghi, vì vi khuẩn này có thể tăng sinh trong môi trường thiếu một phần hay toàn phần khí oxy.

Nó có thể tăng sinh yếm khí bằng cách sử dụng nitrat như là chất nhận điện tử cuối cùng, và thậm chí khi thiếu nitrat 8 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang nó cũng có thể lên men arginine bằng phosphoryl hóa ở mức cơ chất [23, 24, 41, 94, 95]. Cấu trúc gen P. aeruginosa có kích thước bộ gen khoảng 5,2 – 7.000 cặp bazơ với 65% nucletide là loại Guanine và Cytosine, bao gồm một lõi chính được bảo tồn và các phần phụ khác nhau. Bộ gen lõi của các dòng P.

aeruginosa phần lớn là giống nhau, biểu hiện sự đa dạng thấp, và chỉ chứa vài locus quy định những tính trạnh nổi bật, như locus pyoverdine, flagella, pilA, và locus sinh tổng hợp kháng thể O. Những đoạn gen quy định các tính trạng nằm rải rác khắp bộ di truyền và khoảng một phần ba trong số chúng nằm kề sát các gen tRNA hay mRNA. Tính đa dạng di truyền của vi khuẩn được hình thành bởi sự tương tác lẫn nhau giữa các họ đảo gen pKLC102/PAGI-2 vào các gen tRNALys hay tRNAGly. Các đảo gen riêng lẻ khác nhau về thứ tự các gen trao đổi chất, nhưng giống nhau về các gen tương kề truyền lại trực tiếp cho các chủng và các loài.

aeruginosa có một nhiễm sắc thể dạng vòng duy nhất và siêu xoắn trong tế bào chất [33]. Nó cũng mang rất nhiều plasmid nhiễm sắc thể huy động, điều này 9 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang rất quan trọng đối với tập tính sống của sinh vật. Ví dụ như các plasmid, TEM, OXA, và PSE được mã hóa để sản xuất betalactamase, chất cần thiết cho sức đề kháng của vi khuẩn với thuốc kháng sinh [28]. Phương pháp xác định vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 1.Phương pháp phân lập vi sinh truyền thống Đây là phương pháp thông dụng được các nhà nghiên cứu sử dụng để xác định các vi khuẩn nói chung.

Trong phương pháp vi sinh vật học, người ta nghiên cứu các đặc điểm hình thái, sinh lý và sinh hóa của các loài vi khuẩn. Đặc điểm hình thái của một loài vi khuẩn bao gồm cả các đặc điểm về tế bào (hình dạng, nội bào tử, tiêm mao, nhuộm Gram) và các đặc điểm về khuẩn lạc (màu sắc, đường kính, hình dáng). Các đặc điểm về sinh lý và sinh hóa như sự phát triển của các vi sinh vật ở các nhiệt độ, giá trị pH, nồng độ muối, nguồn năng lượng, hay các điều kiện môi trường khác. Tiếp đó là sự phát triển của chúng trên các kháng sinh khác nhau, hoạt động của các loại enzyme, và quá trình trao đổi chất… 1.

Phương pháp sinh học phân tử phân loại vi khuẩn Phân loại bằng sinh học phân tử là phương pháp mới nhưng có độ chuẩn xác cao. Phương pháp này có thể phát hiện mô tả và giải thích tính đa dạng sinh học ở mức phân tử, quan hệ giữa các loài và trong phạm vi loài [1]. Ngày nay phương pháp phân loại vi khuẩn bằng phương pháp xác định và so sánh trình tự gen mã hóa 16S rRNA đang được áp dụng phổ biến. Việc nghiên cứu phân tử rRNA là phương pháp hữu hiệu nhất để xác định mối quan hệ, tiến hóa của các vi sinh vật vì rRNA có mặt ở tất cả các loài vi sinh vật, có khả năng xác định, có tính bảo thủ cao, chúng chỉ khác nhau rất ít giữa các nhóm vi sinh vật.

Tuy nhiên, dựa vào sự khác nhau này, người ta có thể đánh giá được mối quan hệ phát sinh chủng loại và phân loại vi sinh vật. 10 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang Trong ba gen mã hóa rRNA của vi khuẩn có 5S rRNA, 16S rRNA và 23S rRNA thì gen 16s rRNA là phù hợp nhất cho việc nghiên cứu phân loại hiện nay. Gen mã hóa 5S rRNA có kích thước khoảng 120 nucleotide, do có kích thước nhỏ nên thông tin chứa đựng ít, do đó khó phân biệt được chính xác sự khác nhau giữa chi, giữa loài và trong loài của vi sinh vật cũng như vị trí phân loại của chúng. Gen mã hóa 23S rRNA có kích thước khoảng 2900 bp quá lớn cho nên không thuận lợi cho tách dòng, xác định trình tự và phân loại vi khuẩn.

Gen mã hóa 16S rRNA có kích thước khoảng 1500 nucleotide vừa đủ để phân loại chi tiết giữa các chủng vi sinh vật không gây khó khăn trong các bước xác định trình tự gen và được ưu tiên chọn lựa trong phân loại vi khuẩn. Cấu trúc của gen mã hóa 16S rRNA đã được các nhà khoa học nghiên cứu kỹ và đã thiết kế rất nhiều các cặp mồi chung dùng cho nhiều nhóm vi khuẩn cũng như các cặp mồi đặc hiệu riêng cho các chi và loài. Đây là một thuận lợi lớn cho nghiên cứu phân loại vi khuẩn và xạ khuẩn dựa trên gen mã hóa 16S rRNA [50]. Ứng dụng của vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa Vi khuẩn Pseudomonas sp có khả năng làm suy giảm các hydrocacbon thơm như methylbenzene - những sản phẩm của ngành công nghiệp dầu khí và thường được sử dụng làm dung môi cho sơn men và sơn cũng như trong sản xuất thuốc và hóa chất.

Methylbenzene được coi là chất gây ô nhiễm môi trường đang hiện diện trong không khí, đất và trên bề mặt nước [70]. aeruginosa có thể phá vỡ toluene, hình thức đơn giản nhất của methylbenzene. aeruginosa thoái hóa toluene thông qua quá trình oxy hóa của các nhóm methyl cho aldehyde, rượu và một acid, sau đó được chuyển đổi sang catechol (1,2-dihydroxybenzene). aeruginosa có thể được sử dụng trong kiểm soát ô nhiễm [51].

aeruginosa cũng được ứng dụng trong sản xuất chế phẩm sinh học kiểm soát dịch bệnh trong nuôi trồng thủy sản. aeruginosa giúp gia tăng sức 11 Luận văn thạc sỹ Nguyễn Huyền Trang khỏe và hệ miễn dịch của tôm bạc gân Penaeus latisulcatus khi cho tôm ăn với liều lượng 105 CFU/ml. aeruginosa YC58 cũng liên kết hoạt động với hệ vi sinh của ấu trùng hàu Cortez, C. Corteziensis, giúp gia tăng tỷ lệ sống và tăng trưởng của hàu ngọc Pinctada mazatlanica.

Ngoài ra, khi kết hợp vi khuẩn P. cepacia cũng có ảnh hưởng tích cực đến sự tăng trưởng và tỷ lệ sống của điệp N. Hoạt chất pyocyanin 1.Cấu trúc pyocyanin và sự tham gia của các gen Hợp chất phenazine gồm 6,000 loại là các hợp chất thứ cấp của quá trình nuôi cấy chủng Pseudomonas sp như: pyocyanin - sắc tố xanh, pyorubrin - sắc tố nâu, Phenazine-1-carboxylic acid - sắc tố nâu đỏ, những hợp chất này đều có khả năng kháng khuẩn.