D ITH CQU CGIATP.H CH MINH TRU NGD IH CB CHKHOA NGUY NT ND C M_ SU) HỌC VIÊN: 12310726 HƯỚNG NGHIEN C U: TINSINHH C CHUYEN NG NH: CONG NGH_ SINH HOC M SO CHUYEN NG NH: 604280 LUẬN VAN TH CS NGU IHƯỚNGD NKHOAH C PGS. NGUY NTH Y HUONG TP. HU CH MINH - tháng 08 nam 2014 LỜI CẢM ƠN Đầu tiên tôi xin gửi lời tri ân sâu sắc những đóng góp quý báu về vật chất lẫn tinh than từ Quý Thay Cô, Anh Chi Em đồng nghiệp, Bạn bè đồng môn và Cha Me, Anh Chị Em trong Gia đình xuyên suốt quá trình thực hiện Luận văn Thạc sĩ “Xây dựng Cơ sở dữ liệu vi sinh vật trên nền tảng Access 2013 phục vụ nghiên cứu và ứng dụng hướng đến đối tượng nhóm nghiên cứu nhỏ”. Nhờ sự hỗ trợ thiết thực và liên tục từ bên ngoài cộng với việc đầu tư thời gian và công sức của bản thân, sản phẩm đề tài cũng đến lúc phải hoàn thành.
Đến lượt mình, sản phẩm sẵn sàng được đưa vào ứng dung dé hồ trợ cho những ai cần đên nó. Đặc biệt, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến PGS. Nguyễn Thúy Hương, Chủ nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, Đại học Bách Khoa TP.HCM vì những đóng góp quan trọng trong việc định hướng mục tiêu thực hiện đề tài cũng như động viên tôi vượt qua những giai đoạn khó khăn nhất khi dé tài vấp phải. Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn đến tập thể Anh Chị Em Phòng Công nghệ Vi sinh, Trung tâm Công nghệ Sinh học TP.HCM đã tạo điều kiện về thời gian và không gian cho những thảo luận hữu ích xung quanh phương pháp thực hiện đề tài.
Thông qua việc chia sẻ cách quản lý tài liệu tham khảo của từng thành viên, tôi đã có một cái nhìn bao quát hơn về những chức năng mà sản phẩm đề tài cần có để hỗ trợ cộng đồng nghiên cứu được tốt nhất. Bên cạnh đó, tôi xin gửi lời cảm ơn đến Anh Nguyễn Tan Khoa, anh ruột của tôi, đã hỗ trợ hệ thống máy tính mạnh mẽ và những lời khuyên về mặt công nghệ nhằm giup dé tài thực hiện hiệu quả và vững chắc. Tôi luôn tâm niệm “Điều quan trọng là không ngừng cố gắng”. Do vậy, tuy sản phẩm bước dau có thé còn nhiều thiếu sót, nhưng qua những lần cố gắng tiếp theo, sản phẩm sẽ dan trở nên hoàn thiện đáp ứng được mục tiêu tổ chức và quản lý dữ liệu.
Từ đó sản phẩm có thể phục vụ đắc lực cho công tác nghiên cứu và ứng dụng Công nghệ Sinh học nước nhà. Hô Chí Minh, Thứ bảy ngày 28 tháng 06 năm 2014 ii TÓM TẮT Tổ chức và quản lý dữ liệu bài báo khoa học là một kỹ năng không thé thiếu của người làm nghiên cứu. Trong lĩnh vực Công nghệ Sinh học, với khối lượng tài liệu công bố ngày càng tăng, việc theo dõi và thống kê xu hướng nghiên cứu trong chuyên môn của mình đang là đòi hỏi ngày càng cấp thiết. Trên cơ sở này, đề tài hình thành một sản phẩm CSDL đáp ứng cho mục đích phân loại, quan lý và truy xuất dữ liệu trong phạm vi các tài liệu liên quan đến vi sinh vật.
Điểm nhấn của dé tài chính là phương tiện CSDL này được thiết kế sát với hoạt động nghiên cứu và ứng dụng trong các nhóm nghiên cứu nhỏ. Một CSDL mô hình được thành lập giúp minh họa ro nét sức mạnh của các phương pháp truy xuất dữ liệu thông thường nếu việc tổ chức dữ liệu khoa hoc được tiến hành có hệ thống băng sản phẩm của dé tài đưa ra. SUMMARY Organisation and management of scientific data is an indispensable skill to researchers. In the field of Biotechnology, volume published documents is increasing, studying trends and statistics to help researchers recognize new ideas is urgent demands.
Therefore, the aim of thesis is create a database product to meet for the purpose of classifying, managing and accessing data within documents related to microorganisms. Highlights of this database which was designed closely with research and application in small study groups. A model database was established to help illustrated the power of traditional methods of data access if the scientific data was carried out systematically following the guidelines of thesis product. lil LOI CAM DOAN Tôi xin cam đoan toàn bộ kết qua nghiên cứu từ dé tài là do chính tôi thực hiện.
Các phương tiện, phương pháp sử dụng trong đề tài đều được trích dẫn đây đủ và rõ ràng. Tôi chịu trách nhiệm hoàn toàn cho mọi sai sót néu có liên quan đến dữ liệu, phương pháp, phương tiện và hệ quả phát sinh từ việc triển khai kết quả đề tài vào thực tiễn. Tôi san sàng thực hiện các giải pháp can thiết nhăm khắc phục những thiêu sót dé sản pham của dé tài trở nên hữu ích trong nghiên cứu và ứng dụng Cong nghệ Sinh học vào cuộc sông. Học viên Nguyễn Tấn Đức IV MỤC LỤC 180/909922 V DANH SÁCH THUAT NG Ữ.-- - sEE 1E E9 569191 8 E9 E12 1v reered vii DANH SÁCH BANG woieecccccsccscsssscscsescsscscscscsesscscscscsssscscscsssssscsesesessssssscscsssssseesseens viii DANH SÁCH HINH W.ceeecccccccsscscsscscscsesssscscscscsscscscscsvsssscsessscsvsscsescssssecsessevssseescseesees ix MO ĐẦU.
| |S KO) 9 4 LL Dat Vai dé vec ccececcscesecececescececscsceceessvecscecesesvevscsceeseevavaceceesavavacaeeeeesasaes 4 1.2 Cơ sở lý WAN cece cccccscscsscscscsscscscsscsescsscscscsscstsnssessssssssssssesssssesenseeees 5 1.3 Tinh hình nghiên cứu và công bố trong lĩnh vực CNSH.4 Nghiên cứu tình huống thuộc lĩnh vực Công nghệ Vi sinh. 12 15 Tiêu chí xây dựng CSŠDÌU,.6 Phần mềm Microsoft Access 2013. WAT LIEU VA PHƯƠNG PHÁP .1 Quy trình thực hiỆn. VẬN HANH CƠ SỞ DU LLIỆU.
- + 66t ESE SE ESESEeEeEseEeeeseseree 50 3.1 Quy trình nhập dữ lIỆU.2 Chức năng tìm kiếm dit liệu .---- << << SE SESE+E+E£kEEEEeEEESEEEEEErkrerereee 54 3. Vận hành CSDL trong nhóm nghiên CỨU.--« «5S £ess 60 34 Xử lý sự cố liên quan đến CSIDL.5 _ Trích dẫn tài liệu tham Khao .-- - =6 k2 EE E823 E#E33E#E 23 vs E£Esveeed63 3.6 Chuyến giao dữ liỆU.---- ¿c6 SE +93 SE2E9EE 1219112121111 2111123111. PHAN TÍCH CSDL MÔ HÌNH.1 Thống kê khối lượng dữ liệu ool cs cscecsescecsesesessscsseseseseeeetees 66 A2 Tóm tắt danh mục dữ liỆU.3 Phân tích dữ liệu theo cau hỏi nghiÊn CỨU.4 Tổng hợp hình ảnh theo đối tượng vi sinh vật.5 Mô hình vận hành CSDLi.6 Dé xuất cải tiễn CSIDL. KẾT LUẬN VÀ KIÊN NGHỊ .-- - %1 SE E312 vs ng: 87 5.- Gv 11 11T 11T TT HT ng rkg 87 5.1111111 87 TÀI LIEU THAM KHẢO.
G-G G63 539191 3E 9191 1 1 111121 1E 1121 eo 88 PHU LLỤC.---- 5-5523 1 15 E121 151515151111 111511 111111151111 11 0110101110111 11 01111111 reg 91 LY LICH TRÍCH NGAANG. - s53 1198 1E 91919191 3 51111195 5111158 3E gxrxei 102 VỊ DANH SÁCH THUẬT NGỮ Thuật ngữ tiếng Anh Thuật ngữ tiếng Việt File Tài liệu Folder Thư mục Record Bản ghi Field Name Trường dữ liệu Data Type Loại dữ liệu Description Diễn giải Database Cơ sở dit liệu (CSDL) Table Bảng Table.Area Bang Area Online storage Lưu trữ trực tuyến Offline storage Lưu trữ ngoại tuyến Vil DANH SÁCH BANG Bang 0.1 Phân tích ưu và nhược của giải pháp phụ thuộc nguén lực bên ngoài .2 Phân tích ưu và nhược của giải pháp chủ động nguồn lực bên trong.1 Tiêu chí lựa chọn phan mềm xây dựng CSDL.2 Các thông số giới han của MS AcCeSS.1 Tổ hop từ khóa sử dung khi tim kiếm trong các CSDL ngoại Vi .2 Phương pháp xây dựng chức năng tìm kiếm .1 Trinh tự nhập dữ liỆU .-- G0000 HH ng 0 1v ke 51 Bang 3.2 So sánh phương pháp tim theo từ khóa và theo chủ đề.3 Chức năng truy xuất dit liệu.--¿--- 52525223 + SE E2 EErkrkrkrree 55 Bang 3.4 Cách khắc phục sự cô liên quan đến CSDL .1 Thong kê số lượng bản ghi trong CSDL mô hình (29/06/2014) .2 Danh mục các nghiên cứu về Bacillus spp. theo thời gian, quốc gia và phương pháp.00 nọ re 71 Bang 4.3 Kết quả lọc thông tin theo Bacillus — Các chi nam — Nội dung .4 Hình ảnh một số loài Colleotrichum spp.5 Những dé xuất cải tiến CSIDL.- 5-5-5252 S2 2E‡ESEE2E£EEEcErkererrrrrvees 86 Vill DANH SÁCH HÌNH Hình 0.1 Mối tương quan giữa dé tài Tin sinh học và dé tài Công nghệ Vi sinh .1 Mô hình tập hợp dữ liệu bài báo khoa học.2 Tốc độ tăng trưởng (%) bài báo từ năm 1996 đến 2012 .3 Số lượng công trình liên quan đến vi sinh vật giai đoạn 2002-2012 .4 Số lượng bài báo theo chủ dé trong ngành Công nghệ Sinh hoc .5 Mô hình thực hiện một dé tài nghiÊn CỨU.6 Đặc điểm vết bệnh thán thư trên ớt.7 Đặc điểm vi thé Bacillus spp. thường dùng trong đối kháng sinh học .8 Các phương thức kết nối dữ liệu .1 Quy trình thực hiỆn .2 Giao diện phan mềm FileCenter xem nhanh nội dung file PDE.3 Tương quan giữa nội dung bên trong và bối cảnh bên ngoài bài báo.4 Cau trúc cây thư mục của Folder lưu trữ trung tâm .5 Quản lý tài liệu theo mô hình quản lý vật fư.6 Minh họa tương tác giữa CSDL nội bộ và CSDL bên ngoài .7 Danh sách các khóa phân loại và mối liên hệ giữa các bảng chức năng và bang dữ liệu trung tam .8 Giao diện khung nhập dif liệu .9 Khung nhập tạp chí, trường đại học, cơ quan, đơn vị nghiên cứu.10 Giao diện nhập dữ liệu theo các nhóm từ khóa.11 Sử dụng chức nang Pivot Table dé phân tích CSDL mô hình .1 Trang bi hai màn hình giúp nhập dữ liệu được thuận lợi.2 Giao diện tìm nhanh theo tựa dé .- ¿+ + xxx sEsESE+E+E£EsEseeeseseree 56 Hình 3.3 Giao diện tìm theo nguồn sử dụng .4 Giao diện tìm theo loại tài lIỆUu.5 Giao diện tìm theo chủ dé.
- se E191 SE E11 SE vs ng: 57 Hình 3.6 Giao diện tim bài báo theo tap Chí.7 Giao diện tìm theo tac 214 .8 Giao diện tìm kiếm tổng hop .cecccccscccscscssssssesssesesscsessscssssesesessssseseseseens 59 IX Hình 3.9 Đề xuất mô hình vận hành CSDL trong thực tẾ.10 Cách thức trích dẫn tài liệu bang phần mềm bên ngoài .11 Sao chép dữ liệu theo đường dẫn băng phần mềm Copy Handler.1 Cơ cau phân bồ tài liệu theo mục đích sử dụng .2 Phân loại tài LIỆU. 9 ng re 69 Hình 4.3 Các bước khoanh vùng dữ lIỆU .4 Mối tương quan giữa Bacillus và các chi nam trong CSDL.5 Số lượng công trình xuất bản theo thời gian và quốc gia .6 Mối liên kết giữa CSDL trung tâm và nội dung khoa học của đề tài.85 MO DAU * LY DO CHON DE TÀI Theo báo cáo “An overview of scientific and scholarly journal publishing” trong năm 2012 trên thé giới có khoảng 11.550 tạp chí được công bố từ 657 nhà xuất bản. 50% trong số đó là các tạp chí có mức ảnh hưởng cao, nằm trong cơ sở dữ liệu (CSDL) Scopus. Trung bình có khoảng 1.8 triệu bài báo được đăng tải mỗi năm.
Nhà nghiên cứu đọc khoảng 270 bài báo/năm, thời gian đọc bài báo được rút ngăn từ 45-50 phút trong những năm 1990 xuống còn 30 phút như hiện nay [1].